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1.
应用SSR分子标记,对河南省15个居群共288份狗牙根材料进行遗传多样性及群体遗传结构分析,结果表明,10对引物共扩增出173条条带,其中163条为多态性条带,多态性条带百分率为94.29%,表明河南省狗牙根具有丰富的多态性。15个居群间的遗传分化系数为0.3857,即发生在居群间的遗传变异达到38.57%,大部分的遗传变异发生在居群内部,居群间基因流为0.7964,居群之间存在一定程度的基因交流。不同居群间遗传一致度的变化范围是0.746~0.964,平均为0.767。15个居群间的UPGMA聚类分析结果表明居群间没有完全按照地理来源进行聚类,遗传距离和地理距离矩阵之间的Mantel检验结果表明狗牙根居群间的遗传距离与地理距离之间无相关性。288份狗牙根材料之间的遗传距离为0.0173~0.5205,平均为0.3113,UPGMA聚类结果将所有材料分为3组。基于Structure软件的群体遗传结构分析结果表明,可将288份狗牙根材料分为2个亚群和一个混合型群体,与288份材料的UPGMA聚类结果基本一致,由此可判断两个亚群的遗传背景单一,混合型群体存在一定的种质基因渗透,遗传背景较为复杂。 相似文献
2.
本研究利用SCoT标记对洞庭湖地区9个野生南荻居群的遗传多样性和遗传结构进行分析。结果表明:27条SCoT引物共扩增出429条清晰的带,其中多态性带为394条,多态性条带比率为91.39%,平均每条引物扩增多态性条数是14.60条,多态性信息含量(PIC)为0.206~0.688,平均为0.394;该地区南荻遗传多样性丰富,遗传多样性指标水平较高(PPB=91.39%、H=0.3266、I=0.4911);其野生居群具有一定程度的遗传分化(Gst=0.1141),遗传变异主要存在于居群内;居群间的基因流(Nm)为3.88;根据非加权配对类平均法(UPGMA)聚类分析,将南荻9个野生居群分为三类,同一流域的居群聚为一类;材料间的遗传距离与地理距离不存在相关性。 相似文献
3.
《中国草地学报》2017,(2)
利用AFLP标记研究了11份贵州野生白刺花的遗传变异情况,结果表明:(1)8对AFLP引物共扩增出719条条带,平均扩增89.9条条带,平均多态信息含量为0.46,多态性条带共613条,平均多态性条带76.6条,多态性条带占85.4%,表明各材料间出现了较大的遗传变异。(2)供试材料样本间平均相似系数为0.701,白刺花的遗传相似性系数较小,说明贵州区域的野生材料出现了较大的遗传变异。(3)聚类分析发现所有供试材料可以分为4大类,聚类结果混乱,主成分分析发现材料间分布分散,缺乏规律性。(4)遗传距离与地理距离的Mantel检验发现白刺花的遗传变异与其地理距离相关性差。 相似文献
4.
采用SRAP方法分析,对采自中国四川岷江、青衣江和沱江流域的29份野生苞子草(Themeda caudata(Nees) A.Camus)材料进行遗传多样性分析。结果表明:用20对SRAP引物组合共得到158条可统计条带,其中多态性条带98条,平均每对引物扩增出4.9条多态带,多态性条带比率为62.03%。材料间的遗传相似系数GS值变化范围为0.6899～0.9430,平均GS值为0.8755,这些结果表明供试野生苞子草具有丰富的遗传多样性;对所有材料进行聚类分析,在GS值为0.78的水平上,可聚成2大类;在GS值为0.81的水平上,第2大类Ⅱ可聚为2亚类;在GS值为0.83的水平上,第2亚类Ⅱ又可聚为3子类,大部分来自相同或相似生态地理环境的材料聚为一类;基于Shannon多样性指数估计6个苞子草生态地理类群内和类群间的遗传分化,发现类群内的遗传变异占总变异的50.77%,而类群间的遗传变异占总变异的49.23%;对各生态地理类群基于Nei氏无偏估计的遗传一致度聚类分析说明,各生态地理类群间的遗传分化与其所处的生态地理环境具有一定的相关性。 相似文献
5.
《中国草地学报》2017,(3)
用7条ISSR引物研究我国18个野生斑茅居群的遗传多样性和遗传结构,结果表明:(1)7条ISSR引物共扩增出69条清晰条带,多态性条带59条,占83%;观测等位基因数、有效等位基因数、Shannon指数和Nei’s基因多样性指数等指标均显示我国斑茅遗传多样性丰富。(2)斑茅居群内的变异大于居群间,由此推测斑茅是异花授粉的地理广布种。(3)聚类分析发现,斑茅居群间存在明显的遗传分化,遗传距离和地理距离的Mantel检测发现两者的相关性弱。(4)斑茅各居群间的基因流较小,地理环境的隔离及生境异质影响到斑茅变异在居群内和居群间的分布、聚类结果及斑茅的居群结构。 相似文献
6.
青藏高原东南缘老芒麦自然居群遗传多样性的SRAP和SSR分析 总被引：3，自引：0，他引：3
基于SRAP和SSR分子标记分析了青藏高原东南缘8个老芒麦自然居群遗传变异及群体遗传结构,获得下述结果:1)16对SRAP引物在90个单株中共扩增出384条可统计条带,其中多态性条带334条,占86.98%;16个SSR位点共检测出等位变异221个,平均每个位点13.8个,其中具有多态性的位点数192个,占86.88%。2)2种分子标记检测到老芒麦居群水平的基因多样性(He)分别为0.1092和0.1296,而物种水平的基因多样性达0.2434和0.3732。3)基于2种标记的Nei氏遗传分化指数Gst(0.5525和0.5158)表明老芒麦居群出现了较大程度的遗传分化,居群间的基因流非常有限,分别为0.4050和0.4694,老芒麦的遗传变异主要分布在居群间,居群内变异相对较小,Shannon多样性指数和分子方差变异(AMOVA)分析显示了相似的结果。4)基于聚类分析结果表明各居群间存在较为明显的地理分化,8个居群分化为采集地范围内的南、北和中部3个分支。通过对老芒麦遗传多样性和遗传结构的分析提出了对该物种遗传多样性的保护策略。 相似文献
7.
采用SRAP标记分析了12个源于四川境内长江主要支流(岷江、青衣江和沱江)流域野生斑茅居群的遗传多样性和遗传结构,结果表明:18对SRAP引物共扩增205条带,其中多态性条带153条,占总条带数的74.63％,平均8.5条;研究区域斑茅具有丰富的遗传多样性,遗传多样性指标水平较高(PPB=74.63％、h=0.2278、I=0.3454);研究区域内斑茅居群具有一定程度的遗传分化(Gst=0.2129),居群内部的遗传变异大于居群间的遗传变异;基因流估计值(Nm)为1.8481;按Nei's遗传距离将12个斑茅居群分为四类,来自同一流域的材料优先聚为一类.通过对斑茅遗传多样性、遗传结构及聚类结果的分析,推测斑茅是一种异花授粉的广布种,说明河流影响斑茅居群间基因的交流. 相似文献
8.
为了探究不同居群红砂（Reaumuria soogorica）的遗传多样性水平及居群遗传结构。本研究运用SSR分子标记技术对来源于内蒙古、宁夏、甘肃16个不同居群的299份红砂材料进行遗传多样性分析。结果表明11对引物共扩增出67个等位基因，扩增等位基因多态率为83.58%，多态信息含量（Polymorphism information content，PIC）为0.396；居群的等位基因数（Allele number，Na）和有效等位基因数（Effective number of alleles，Ne）为3.735，2.221；香农信息指数（Shannon information index，I）为0.763；居群间遗传分化系数（Fixation index，Fst）为0.041~0.210，平均值为0.088。AMOVA结果表明，居群间的遗传差异仅占变异总来源的5.8%。本研究得出结论红砂的基因多态性为中度，等位基因不均匀的分布在染色体上。观测杂合度和固定指数说明居群内杂合度缺失，纯合体过量。Fst指数表明居群间分化程度较低，且红砂的遗传变异主要来自源于个体内DNA序列的不同。Mantel检测得出遗传距离和地理距离显著相关。聚类分析表明居群间的基因交流是影响居群聚类的重要因素。STRUCTURE结构分析将材料分为5个亚群，第Ⅴ亚群内红砂个体血统较为纯正，第Ⅱ亚群内个体血统混杂。 相似文献
9.
四川青衣江、岷江流域鹅观草遗传多样性的溶蛋白分析 总被引：4，自引：0，他引：4
用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE)技术对采自青衣江流域和岷江流域的97份鹅观草材料的种子醇溶蛋白进行了分析。在对四川青衣江、岷江流域鹅观草居群的醇溶蛋白分析中,鹅观草材料醇溶蛋白带谱存在显著差异,共出现27个条带,其中多态性条带25条,占总条带数的92.59%;鹅观草的遗传相似性与其地理分布较为一致,表现在:1)青衣江、岷江流域鹅观草总遗传多样性指数为0.345 1,其中青衣江流域鹅观草遗传多样性指数为0.340 0,岷江流域鹅观草遗传多样性指数为0.310 0,表明青衣江流域鹅观草比岷江流域存在更为丰富的遗传变异,多样性指数更高;但流域间遗传分化系数仅为0.04,表明两江流域间遗传分化较小;各居群间遗传变异系数达0.326,表明总遗传多样性的32.6%来自居群间。2)在同一流域不同居群也存在遗传分化,其中青衣江流域各居群(除峨眉山居群分散聚在各居群外)能聚在一起;而岷江流域各居群在成都平原区段互相渗透,但能以上、中、下游区段聚开;青衣江流域各居群中以蒙山居群遗传多样性指数最高,达0.339 8,洪雅居群最低,仅0.094 7;岷江流域上游居群多样性指数最高,为0.301 7,而下游以乐山居群遗传多样性指数最低,为0.131 7。3)同一居群内鹅观草存在遗传变异,两江流域以蒙山居群变异最大,多样性指数最高。对居群遗传多样性的研究还表明,鹅观草垂直分布的遗传多样性高于水平分布;在成都平原居群由于生境片断化,导致岷江流域鹅观草生境片断化后小居群遗传分化增加,而整个成都平原“大居群”遗传多样性降低。 相似文献
10.
《中国草地学报》2016,(4)
应用AFLP标记对采自中国7个省市自治区的49份野生扁蓿豆种质材料进行遗传多样性及遗传结构的分析。研究结果显示:(1)利用4对条带清楚且稳定的AFLP引物组合共扩增出298个条带,其中多态性条带有219个,多态性条带比率为73.5%,每个引物扩增多态性条带数平均为54.8条。(2)49份野生扁蓿豆种质间多态性比率平均为32.70%,Nei’s基因多样性指数平均为0.115,Shannon多样性指数平均为0.172,表明供试种质材料间遗传多样性较丰富,遗传多样性水平较高。(3)河北省的扁蓿豆种质遗传变异最丰富,辽宁省的扁蓿豆种质变异幅度最小,不同地理类群间的扁蓿豆种质遗传多样性指数有显著差异。(4)种质材料间基因分化系数为0.6436,说明64.36%的遗传变异来源于不同种质材料间;地区间基因分化系数为0.2895,说明28.95%的遗传变异来源于不同地区间。表明地区间差异小于种质材料间的遗传变异。(5)UPGMA方法的聚类分析和主成分分析结果表明,49份种质材料间的遗传相似系数(GS)为0.5849~0.9904,遗传距离(GD)为0.0096~0.5363,49份扁蓿豆种质分为6大类,表现出明显的地域性。 相似文献
11.
剪股颖属植物遗传分化及系统关系的分子标记研究 总被引：4，自引：3，他引：4
剪股颖属植物形态变异大、倍性复杂、种间易于杂交,导致异名多、分类混乱。本研究采用4种分子标记技术,对包括匍茎剪股颖、巨序剪股颖及红顶草在内的7种剪股颖,共58个个体的遗传分化和系统关系进行研究。根据谱带清晰程度及多态性,筛选出9个RAPD引物、2个SSR引物、5个ISSR引物及1个SCAR标记,并建立了最适的PCR反应条件。采用最大简约法和距离法对7种剪股颖植物进行系统树分析,并用靴带检验法计算内部分支的支持率。启发式搜索得到的简约树和由UPGMA方法得到的表征树近乎相同,其中,匍茎剪股颖和红顶草构成单系类群并得到100%的置信支持。红顶草显示了匍茎剪股颖特异性特征谱带,但同时具有不同于匍茎剪股颖的遗传分化,支持将红顶草视为匍茎剪股颖一个变种的观点。对匍茎剪股颖与巨序剪股颖间的遗传分化进行了探讨。 相似文献
12.
Yifan Liu Ming Zhang Yunjie Tu Jianmin Zou Keyin Luo Gaige Ji Yanju Shan Xiaojun Ju Jingting Shu 《The Journal of Poultry Science》2021,58(4):211
To investigate the population structure and genetic diversity of indigenous chicken breeds in Guizhou, a total of 150 individual samples were collected from 12 breeds, including seven local chicken breeds in Guizhou Province, three Chinese native breeds found in other provinces, and two commercial breeds. The genotype datasets were obtained using a 50K single nucleotide polymorphism array method, and then a series of population analyses were performed. The obtained population parameters and linkage disequilibrium decay indicated a higher degree of genetic diversity in Guizhou chickens than in commercial breeds. Two Guizhou local breeds, Wumeng black-bone and Weining, were clustered with a breed from a neighboring province, Xinwen black-bone, which exhibited similar ancestral composition patterns. A newly found breed, Wumeng crested, had high genetic diversity and displayed genetic differences from other Guizhou breeds. These findings provide insight into the establishment of efficient conservation and utilization programs for Guizhou chicken breeds. 相似文献
13.
荣昌猪是我国优良地方品种,巴马香猪和贵州小型香猪为我国独特小型猪品系。本研究采用美国猪基因组协作计划推荐的19个微卫星标记对荣昌猪、荣昌猪B系、巴马香猪、贵州小型香猪及外来猪种大白猪进行了遗传学检测和分析。结果表明:19个微卫星位点在群体中均表现为多态,每位点等位基因数10~23个。5个猪种中荣昌猪B系的遗传多样性最高,荣昌猪次之;2种小型猪的遗传多样性较低,其中巴马香猪的等位基因数(121个)略大于贵州小型香猪(114个),但其遗传多样性指数(平均期望杂合度0.6535±0.0347)小于贵州小型香猪(0.6919±0.0227),反映了巴马香猪较低的基因杂合度和较小的遗传变异;大白猪的遗传多样性最低。从品系的共有等位基因来看,荣昌猪B系基因背景组成中其亲本品系荣昌猪所占比例(30.22%)要大于大白猪(24.37%);大白猪和其他4个猪群体的共享等位基因数均较低(21.24%~25.12%);巴马香猪和贵州小型香猪之间共有等位基因数最高(45.06%)。采用基于遗传距离的NJ法和基于基因频率的最大似然法进行系统聚类,除了大白猪明显为独立分支及荣昌猪B系表现出较远的聚类关系外,其他3个猪种间的聚类有所不同。 相似文献
14.
为探究中国沼泽型水牛品种或类群的遗传多样性,本研究采用了沼泽型水牛30个微卫星标记结合LabChip芯片检测法对德昌水牛、德宏水牛、温州水牛、贵州水牛、西林水牛、富钟水牛及两个引进品种摩拉水牛、尼里－拉菲水牛等40个样本进行了检测和遗传多样性分析。结果表明,在30个微卫星DNA标记上共发现332个等位基因,平均基因多样性和PIC值分别为0.7808和0.7554。聚类分析结果显示,德宏水牛和德昌水牛先聚为一类,随后与富钟水牛、贵州水牛、温州水牛、西林水牛聚为一类;摩拉水牛与尼里－拉菲水牛聚为一类。本研究证实了所选的30个沼泽型水牛微卫星DNA标记可作为有效的遗传标记用于水牛品种间的遗传多样性分析,同时也丰富了当前的水牛微卫星标记资源。 相似文献
15.
DENG Ting-xian PANG Chun-ying ZHU Peng LU Xing-rong DUAN An-qin LIANG Xian-wei 《中国畜牧兽医》2016,43(11):2989-2996
This study was aimed to investigate the genetic diversity of swamp buffalo breeds in China.The analysis of genetic diversity was performed in 40 buffalo individuals from 8 buffalo breeds（Dechang buffalo,Dehong buffalo,Wenzhou buffalo,Guizhou buffalo,Xilin buffalo,Fuzhong buffalo,Murrah buffalo and Nili-Ravi buffalo）by 30 microsatellite loci and LabChip chip test method.The results showed that 332 alleles at 30 microsatellite loci were found in 8 buffalo breeds,the average values of gene diversity and PIC were 0.7808 and 0.7554,respectively.Cluster analysis indicated that Dechang buffalo and Dehong buffalo firstly clustered together,followed by Fuzhong buffalo,Guizhou buffalo,Wenzhou buffalo and Xilin buffalo.Moreover,Murrah buffalo and Nili-Ravi buffalo clustered together.Our findings revealed that the 30 microsatellite loci could be used as an effective genetic marker for the analysis of genetic diversity among the buffalo breeds,which enriched the current SSR marker resources in buffalo. 相似文献
16.
为了研究贵州地方鸡种的遗传多样性与系统进化,试验通过PCR直接测序的方法,测定了6个贵州地方鸡种的90个个体线粒体DNA控制区部分序列,并进行了序列分析。结果表明,DNA控制区序列长度为780 bp,A、G、C、T 4种核苷酸的平均比例分别为26.14%、13.38%、25.98%、34.50%;共发现40个变异位点(不包含种内变异位点),占分析位点总数的5.13%;共确定30个单倍型,6个群体内单倍型变异度总体为0.914,变化范围为0.506～0.976。6个群体间表现出显著的遗传分化和较高水平的群体遗传多态性。 相似文献
17.
ZHANG Wen-li 《中国畜牧兽医》2014,41(6):172-176
To explore the genetic diversity and origin for genetic resource protection of Huili Black goat, the mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop was investigated. mtDNA D-loop sequences of 41 goats were analyzed by PCR, sequencing techniques, and biological information and the phylogenetic trees were constructed. The mtDNA sequences of the Huili Black goat ranged from 1211 to 1213 bp, and 2 sequences were 1211 bp, 29 sequences 1212 bp, and 10 sequences 1213 bp. The content of A+T (60.1%) was higher than one of G+C (39.9%). There were 9 haplotypes, and the haplotype diversity was 0.842+0.00368. The nucleotide diversity was 0.01542+0.00034. The phylogenetic analysis showed that Huili Black goat was distributed in a branch, and were closed to Jianchang Black goat, Chengdu Ma goat, Jintang Black goat, Guizhou White goat, Guizhou Black goat, but they were less related to Capra falconeri. Huili Black goats had rather abundant genetic diversity, and were greatly affected by other goat breeds in history. 相似文献
18.
【Objective】 The objective of this study was to evaluate the genetic diversity and genetic structure of Sus scrofa in Guizhou,so as to provide theoretical basis for further conservation genetics research and population ecological management,and then lay a foundation of the research of Sus scrofa conservation biology and its adaptation to the environment.【Method】 The mitochondrial Cytb gene of Sus scrofa was amplified by PCR and sequenced.Combined with 55 mitochondrial Cytb gene sequences of Sus scrofa downloaded from GenBank in other 9 regions in China,Mega 7.0 software was used for base composition and genetic distance analysis,and DNAsp6 software was used for genetic diversity analysis.【Result】 The ratio of Cytb gene (1 140 bp) of Sus scrofa in Guizhou was similar with other region,and AT content was higher than GC content.The 11 sequences had 6 variation sites and 4 haplotypes.The haplotype diversity was 0.600,and the nucleotide diversity was 0.00118.Haplotype diversity and nucleotide diversity were only higher than those of Sus scrofa populations in Jiangxi and Northeastern region.The genetic distance within species was small,and the genetic relationship was close.The neutral test Tajima's D and Fu's Fs values were negative,and the difference was not significant.The mismatch distribution analysis showed a unimodal distribution,it showed that Sus scrofa population in Guizhou was relatwely stable in history.The haplotype diagram was constructed using Network,and the analysis of haplotype phylogenetic tree constructed by Mega 7.0,which showed the haplotypes of Sus scrofa in Guizhou were shared with populations reported in other region (Hap_1 and Hap_10).【Conclusion】 This study concluded that Sus scrofa population in Guizhou was experiencing an expansion phase,but the population genetic diversity was lower than the populations in other region in China,the genetic distance of intrapopulation was small,and moderate comparing with the populations from other region in China.Therefore,the conservation management on genetic biodiversity of Sus scrofa in Guizhou should be paid more attention. 相似文献
19.
贵州南部草坪草引种栽培试验研究 总被引：19，自引：4，他引：15
根据连续三年的田间观察试验结果，对引种栽培的１３种草坪草品种，从物候斯、覆盖度、密度、再生速度、品质特性及抗逆性等进行对比分析。筛选出了适合贵州南部生态条件下栽培的优良草坪草品种－梅里安早熟禾、爱肯尼早熟禾、剪股颖、匍茎股颖等，从而为贵州南部建坪草种的选择奠定了基础。 相似文献
20.
中国野生鸭茅遗传多样性的ISSR研究 总被引：7，自引：2，他引：7
以宝兴鸭茅和国外安巴鸭茅品种为对照,用ISSR分子标记技术对四川、重庆、云南、贵州、新疆等地的32份野生鸭茅材料进行遗传多样性研究。试验筛选出引物12个,共扩增出多态性带88条,平均每个引物扩增的多态带数为7.3条,多态性条带比率(PPB)为83.18%,材料间遗传相似系数为0.692 0~0.926 0。这说明我国鸭茅具有较丰富的遗传多样性。根据研究结果进行了聚类分析和主成分分析,可将32份中国野生鸭茅材料分为五大类,同一地区的鸭茅品种(系)基本聚在同一类,呈现出一定的地域性分布规律。并对我国鸭茅种质资源的收集保存提出建议。 相似文献