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1.
月季、蔷薇和玫瑰是隶属于蔷薇科蔷薇属的姊妹树种,由于长时间的杂交和人工栽培,三者的形态很难区分,急需开发一套分子标记对三者进行鉴定。据此,本研究获取了月季、蔷薇和玫瑰的叶绿体基因组序列,对其基因组序列的特点、简单重复序列(SSR)分子标记、核苷酸多态性及月季、蔷薇和玫瑰在蔷薇属内的系统发育关系进行了分析。结果表明：月季、蔷薇和玫瑰的叶绿体基因组全长分别为156 591、156 592、157 110 bp,均具有非常典型的四分体结构;月季、蔷薇和玫瑰叶绿体基因组分别含有131、137、136个基因,总GC含量均为37.00%;月季、蔷薇和玫瑰叶绿体基因组的结构高度相似,共线性关系良好,蛋白编码区域保守度与相似度最高;在月季、蔷薇和玫瑰的叶绿体基因组中分别鉴定出57、59、46个SSR,且绝大多数是单核苷酸重复序列;以筛选到的matK基因作为分子标记构建的系统发育树显示,蔷薇科蔷薇属植物聚为一个单系类群,可以区分月季、蔷薇和玫瑰,且月季与蔷薇的亲缘关系最近。本研究结果可为后续蔷薇属植物的遗传多样性、遗传结构及系统发育研究提供参考。 相似文献
2.
紫薇属植物在全世界约有 60 种,已培育出 500 多个品种。紫薇属植物是优良的园林观赏植物,
除花色艳丽夺目外,还有净化空气的特性,在园林和园艺应用中具有重要价值。目前,由于紫薇属植物频繁的
种间杂交和基因渐渗,形态分类系统已不能满足紫薇属植物的遗传多样性研究。随着现代生物技术发展,基于
叶绿体基因组的研究在物种亲缘关系研究中表现出明显优势,从叶绿体基因组中发掘的 DNA 片段及简单重复序
列常用作植物分子标记,便于植物的鉴定与分类。迄今已完成 22 种紫薇属植物叶绿体基因组的全序列测定,
利用贝叶斯法分析了 22 种紫薇属植物的系统发育关系,得出 22 种紫薇属植物为单系群;并归纳得出紫薇属
叶绿体基因组大小约为 150 kbp,最大的 Lagerstroemia venusta 长度为 152 521 bp,最小的 L. guilinensis 长度为
151 968 bp,其中 LSC 区长度为 83~84 kbp,SSC 区长度约 16 kbp,IR 区约 25 kbp,叶绿体基因组中 GC 含量为
37.6%~37.7%。综述了紫薇属植物叶绿体基因组的结构及其在 DNA 条形码、简单重复序列与系统发育中的应用,
旨在了解紫薇属植物叶绿体全基因组的研究现状,提高对紫薇属在园林应用中的评价认识,为该属基于叶绿体
基因组的种质资源鉴定、遗传和系统发育等方面深入研究奠定基础,为培育更多应用于园林观光的紫薇属植物
提供数据支撑。 相似文献
3.
利用不同分子标记分析烟草种质资源多态性 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]研究烟草种质资源的遗传多样性及亲缘关系。[方法]利用SSR、EST-SSR和In Del这3种分子标记对53份不同类型的烟草材料进行区别与鉴定。[结果]53份烟草材料可分为2大类群,2个亚类;与EST-SSR和SSR分子标记相比,In Del分子标记以其扩增谱带少、特异性强,易于识别和统计,更适合用于烟草种质资源遗传多样性分析与研究。[结论]该研究能够较好地揭示烟草栽培品种类型间的遗传多样性与亲缘关系,可为烟草种质鉴定和遗传连锁图谱构建提供科学依据。 相似文献
4.
收集了浙江省不同地方的6株浮萍(HN-YG-3、HZ-YXY-1、HZ-HZY-2、HA-LP-4、HA-HSD-5、ZS-DH-6)用于污水处理,分别在0、5、10、15、20 d时测定各水样的pH值、溶解氧(D0)、铵氮(NH4+-N)、硝态氮(NO3--N)和亚硝态氮(NO2--N),并比较了6株浮萍在处理污水20d以及在液体培养基纯培养条件下的淀粉积累能力.结果表明:各水样pH值和溶解氧含量总体上都比对照组低,且差异显著.铵氮在经浮萍处理15 d时,含量均上升,其中对照组和HZ-YXY-1上升幅度较小,其余各水样上升幅度较大,与对照组差异极显著.各水样硝态氮含量均上升,其中HA-LP-4含量最低,与对照组差异显著.亚硝态氮在经浮萍处理10 d时变化最显著,其中HA-LP-4含量最低,与对照组差异显著.在处理污水能力和积累淀粉能力方面,HZ-HSD-5和HZ-HZY-2均较强. 相似文献
5.
【目的】分析黄丹木姜子（Litsea elongata）叶绿体基因组特征,为木姜子属物种鉴定、遗传多样性分析和资源保护提供理论参考。【方法】基于Illumina HiSeq 2000高通量测序平台对黄丹木姜子叶绿体基因组进行测序,利用GeSeq在线工具对叶绿体基因组进行注释,并利用REPuter、MISA、CodonW和IQ-TREE等生物信息学软件对其基因组结构、基因数目、序列重复、密码子使用偏性和系统发育进行分析。【结果】黄丹木姜子叶绿体基因组全长为154028 bp,具有典型的四分结构,编码126个基因,其中蛋白编码基因82个,rRNA基因 8个,tRNA基因 36个。叶绿体基因组的注释基因中,有9个基因含1个内含子,有3个基因含有2个内含子,其余基因均不含内含子;44个基因编码蛋白参与光合作用信号途径,21个基因编码蛋白构成了核糖体大小亚基。黄丹木姜子叶绿体基因组含有32对长序列重复和90个SSR位点,其中,正向重复和回文重复最多,均为12对,反向重复和互补重复分别为6和2对;95.56%的SSR位点位于单拷贝区［大单拷贝区（LSC）和小单拷贝区（SSC）］,仅4.44%的SSR位点位于反向重复区（IR）。黄丹木姜子叶绿体蛋白编码基因GC含量为39.14%,GC3s为27.95%,平均有效密码子数（ENC）为49.04,说明其密码子偏性弱;相对同义密码子使用度（RSCU）大于1.00的密码子31个,其中13个以A结尾,16个以U（T）结尾。系统发育进化树分析结果显示,木姜子属的14个物种聚为两组,其中黄丹木姜子和10种木姜子属植物聚在一个组,与日本木姜子的亲缘关系最近。【结论】黄丹木姜子叶绿体基因组结构保守,偏好A或U（T）结尾的密码子,鉴定的SSR位点可用于物种鉴定和群体遗传学研究。 相似文献
6.
乌桕[Sapium sebiferum(L.)Roxb.]是我国极富经济价值的优良树种。在前期安徽籽用乌桕良种选育的基础上,进一步采用ISSR分子标记方法,对优良单株的遗传分子标记及亲缘关系进行分析。结果表明,筛选的10条引物在6种供试材料中均能稳定、清晰的扩增出条带,6个样品遗传多样性丰富,初步建立了5个乌桕优良单株的遗传分子标记。进一步聚类分析表明,形态学表现性状相近的乌桕优良单株,在分子生物学上的亲缘关系也较近,合适的引物能将品质优劣的籽用乌桕品种区分开来,表明用ISSR分子标记来鉴定乌桕优良品系的方法是可行的。 相似文献
7.
为筛选出适合兜兰属植物的DNA条形码序列。本研究基于GenBank中下载的29种兜兰属植物的253条序列,利用遗传距离法及分子系统学方法分析兜兰属植物候选条形码。结果表明,在选取的3个候选序列片段中对兜兰属植物鉴定的成功率最高的是核糖体ITS(nrITS)序列,分辨率为62.96%,其次是叶绿体matK序列,分辨率为50%,最后是叶绿体rbcL序列,分辨率仅为21.43%,因此,本研究推荐nrITS序列作为兜兰属植物的DNA条形码候选序列,叶绿体matK序列作为补充序列。 相似文献
8.
[目的]用RSAP标记技术分析中国境内分布的33种野生石斛的遗传多样性及亲缘关系。[方法]建立石斛RSAP-PCR反应体系,从45对RSAP引物中筛选出33对多态性引物,对33种野生石斛的基因组DNA进行PCR扩增。[结果]这33对引物共扩增出2 047条带,其中多态性条带为2 044条,多态性比例99.8%,平均每对引物产生61.9条多态性条带。材料间遗传相似系数变化范围为0.081-0.442,说明本实验所测试的材料具有较广的遗传基础。根据RSAP标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析,将33种野生石斛分为6类。结果表明剑叶石斛和滇桂石斛之间亲缘关系最近,而华石斛与喇叭唇石斛、细叶石斛之间亲缘关系最远。[结论]石斛具有丰富的遗传多样性,该研究可为石斛属的分类、育种及杂交亲本的选择提供分子水平依据。 相似文献
9.
[目的]从DNA水平揭示整个榕属植物的分类及系统发育规律。[方法]应用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对粤西地区常见榕属植物进行基因组DNA多态性分析。[结果]结果表明,榕属植物多态性占72.93%,显示出榕属植物丰富的遗传多样性。[结论]RAPD技术可以从分子水平鉴定榕属植物品种,揭示榕属植物种质资源的亲缘关系以及遗传背景,为榕属植物的栽培育种及资源的合理保护提供科学依据。 相似文献
10.
[目的]探讨笼养花尾榛鸡的遗传分化。[方法]采用PCR和DNA直接测序技术测定线粒体细胞色素Cyt b基因全序列,结合Gene Bank收录的其他松鸡科同源序列,利用生物学软件进行分析。[结果]15只花尾榛鸡样本Cyt b基因序列中,共检测到核苷酸多态位点12个,具有6种单倍型,笼养吉林花尾榛鸡遗传多样性水平较低。系统分析结果显示,吉林花尾榛鸡与松鸡科榛鸡属亲缘关系最近,与北美榛鸡属亲缘关系较远。[结论]花尾榛鸡属于松鸡科榛鸡属,不应并入北美榛鸡属。 相似文献
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[目的]研究红掌种质资源的遗传多样性,为红掌的种质创新和杂交育种提供依据。[方法]利用形态学标记对46个红掌种质资源的36个形态学性状进行研究。[结果]46个红掌品种的遗传多样性丰富,遗传变异系数为0.24~0.36,遗传多样性指数为0.343 8~2.111 9。其中,佛焰苞长的变异系数最大,为0.36;佛焰苞颜色遗传多样性指数最大,为2.111 9。UPGMA聚类分析表明,这46个红掌品种可划分为4大类,包括3个较小的类群和1个较大的类群。[结论]该研究中应用的一些形态学标记对于红掌品种鉴定、遗传多样性分析和杂交育种具有重要的应用价值。 相似文献
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[目的]鉴定海南民族习用2种香药两用藤类降真香的原植物品种,保护和开发海南降真香资源。[方法]采用实地调研、采访观察山区植物生长状况和形态特征、收集标本,用基原鉴定法、性状鉴定法以及植物DNA条形码技术鉴别海南降真香原植物品种。[结果]海南大叶降真香和海南小叶降真香的藤本植物形态、香药材性状特征及DNA条形码特征分别与两粤黄檀Dalbergia benthamii Prain和斜叶黄檀Dalbergia pinnata(Lour.)Prain相吻合。[结论]海南民族习用2种藤类降真香分别来源于豆科蝶形花亚科黄檀属植物两粤黄檀Dalbergia benthamii和斜叶黄檀Dalbergia pinnata富含树脂的木材。 相似文献
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[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。 相似文献
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[目的]对一株新型丁醇产生菌进行鉴定,并研究其发酵条件。[方法]通过富集培养、分离筛选纯化微生物菌株,利用气相色谱仪检测分离菌株的丁醇产量,并利用形态学观察、生理生化分析及16S rDNA分子鉴定确定分离菌株的种类。[结果]试验得到一株高产丁醇菌HIT1,其发酵时适宜的葡萄糖浓度为25 g/L,适宜的发酵初始pH为6.5,且与酵母粉相比,其能更好地利用蛋白胨作为氮源;试验确定HIT1为多粘类芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa)。[结论]该研究在一定程度上拓宽了产丁醇菌种的资源库,为综合开发利用生物丁醇奠定了菌种多样性基础。 相似文献
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[目的]研究分析了贵州黑山羊mtDNACytb基因的遗传多样性,为贵州黑山羊遗传资源的保护、开发及利用奠定分子遗传学方面的基础。[方法]测定贵州黑山羊品种16个个体的细胞色素b基因全序列,分析其碱基组成和序列间碱基的变异。[结果]在该品种(群体)中观察到6次T-C间发生碱基转换,其中有5个碱基替换发生在密码子第3位点,有1个碱基替换发生在密码子第1位点,且所有的变异均为同义突变;观察到4种单倍型。单倍型多样度(H)为0.442,核苷酸多样度(π值)为0.145%+0.159%。以绵羊为外群构建分子系统发生树,结果初步提示,贵州黑山羊有两个母系起源,其中支系A占81.25%(13/16),支系B占18.75%(3/16)。[结论]贵州黑山羊有两个母系起源(支系A和支系B),且该品种线粒体DNA多态度较为贫乏。 相似文献
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[目的]建立地衣芽孢杆菌的分子鉴定方法。[方法]通过对地衣芽孢杆菌TS-01的16S和ITS序列进行克隆测序和差异性分析,以该区序列为靶序列设计地衣芽孢杆菌TS-01的特异性引物,并用该引物扩增全部受试菌种。[结果]从ITS和16S rDNA区间设计了地衣芽孢杆菌种特异性引物,特异性引物PCR的最佳退火温度为67.2℃,循环数为24个;地衣芽孢杆菌TS-01可扩增出1条905 bp的标记片段,其他受试菌株均为阴性,从而证明试验得到了在种水平上对该菌种进行准确鉴定的特异16S-ITS标记。[结论]地衣芽孢杆菌TS-01分子鉴定方法的建立,为地衣芽孢杆菌的分子诊断奠定了基础。 相似文献
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[目的]研究20种荷花材料遗传多样性和亲缘关系。[方法]利用ISSR-PCR体系筛选出16条多态性引物,并利用16条ISSR引物对20种荷花材料进行PCR扩增。[结果]16条引物扩增出225个位点,多态性位点占75.56%。通过Popgene32软件计算出20个荷花品种间的相似性系数为0.577 8~0.951 1,平均值为0.779 6。通过聚类分析将20个荷花品种分为两大类,白洋淀红莲和冬瓜莲可归为一类,其他18个品种划分为第二类。[结论]ISSR标记技术可有效应用于不同荷花品种的遗传多样性分析和亲缘关系的鉴定。 相似文献