共查询到10条相似文献，搜索用时 218 毫秒
1.
为解析高粱窄叶的分子调控机制，挖掘影响高粱叶片发育的关键差异表达基因。利用0.1%EMS化学诱变野生型BTX623获得高粱窄叶突变体nal1(narrow leaf1)，以野生型植株BTX623和窄叶突变体nal1为材料，对不同发育时期的叶片长、叶片宽、株高、穗长等性状进行表型分析。结果表明：与野生型BTX623的叶片相比，2叶1心时，窄叶突变体nal1的叶片开始变窄；开花期植株和成熟期植株叶片宽和叶片长差异极显著；成熟期窄叶突变体nal1穗较松散，但植株株高差异不显著。开花期剑叶转录组分析结果表明：高粱窄叶突变体nal1和野生型BTX623开花期剑叶共筛选到差异表达基因1 520个，通过KEGG、GO富集分析得出，功能注释基因显著富集在植物激素信号转导、玉米素生物合成、光合作用天线蛋白、次级代谢产物生物合成等通路上；进一步研究发现参与调控生长素和玉米素信号转导的差异表达基因有17个，参与调控玉米素生物合成的差异表达基因为7个，这些基因在窄叶突变体nal1中差异表达，直接影响生长素、玉米素的信号转导和玉米素的生物合成。因此推测突变体nal1通过调节生长素、玉米素的信号转导和玉米素的生物... 相似文献
2.
穗发芽是威胁粮食安全的全球性重要灾害.以玉米穗发芽突变体(viviparous) vp-like4与自交系郑58、Mo17组配的F2分离群体为材料,利用转录组测序技术(RNA-seq),结合生物信息学方法,比较野生型和与之对应的突变体的差异表达基因,并分析差异基因功能以及相关的代谢通路,探索调控玉米穗发芽发生的分子机制.结果 表明:在突变体中共有3376个差异表达基因(DEGs),其中有2252个上调表达基因,1124个下调表达基因.GO(Gene ontology)功能富集分析结果显示,2151个差异基因被注释,并被富集在716个GO分类条目上,这些被富集的条目主要与新陈代谢以及胁迫响应相关.参考KEGG数据库对差异基因的代谢途径进行分析,发现差异基因显著富集在植物激素信号转导(Plant hormone signal transduction)、淀粉和蔗糖代谢(Starch and sucrose metabolism)、光合作用(Photosynthesis)等途径中.以上结果表明,筛选到的差异基因以及其所属的GO分类条目和代谢途径与玉米穗发芽的发生紧密相关,同时也为深入研究穗发芽基因以及相关的调控网络提供了重要的数据支持. 相似文献
3.
《西南农业学报》2019,(11)
【目的】发掘尼罗罗非鱼响应光周期变化的重要功能基因,为研究光周期变化对罗非鱼产生影响的分子机制提供参考。【方法】采用新一代高通量测序RNA-seq技术分析24L∶0D、12L∶12D和0L∶24D 3个光周期条件下尼罗罗非鱼脑组织基因表达变化情况。【结果】转录组测序结果显示:3个组别分别产生55 524 504、61 410 946和58 855 762个Clean reads。12L∶12D光周期与0L∶24D光周期文库比较发现279个差异表达基因,12L∶12D光周期与24L∶0D光周期文库比较发现304个差异表达基因,24L∶0D光周期与0L∶24D光周期文库比较发现383个差异表达基因。GO分类分析表明,差异表达基因属于生物学过程、细胞定位和分子功能的42个类别。KEGG通路显著性富集分析差异表达基因共涉及143条代谢途径,包括单纯疱疹感染、ECM-受体相互作用、细胞因子-细胞因子与受体相互作用、肠道IgA生成免疫网络、细胞粘附分子(CAMs)、Wnt信号等通路。【结论】光周期变化影响尼罗罗非鱼脑组织基因表达水平,表达差异基因主要富集在单纯疱疹感染、细胞因子-细胞因子与受体相互作用、Wnt信号通路等信号通路。 相似文献
4.
【目的】为了探究不同光源条件下与花生株高变化相关的基因。【方法】以冀花5号（直立型）和开选01-6（匍匐型）品种为研究材料,分别在LED光和自然光两种培养条件进行盆栽试验。【结果】冀花5号在强光条件下株高显著变矮,而开选01-6变化幅度不大,表明冀花5号对光照反应相对敏感。转录组的PCA结果显示LED光源下冀花5号和开选01-6距离相对较近,自然光源下冀花5号和开选01-6距离较近,说明光照对基因表达的影响大于基因型间的差异影响。GO和KEGG注释分析发现不论在差异表达数目、基因类型或主要响应的调控网络上,冀花5号和开选01-6对不同光源的响应存在显著差异,尤其差异基因在植物昼夜节律相关的通路上显著富集,暗示着植物昼夜节律调控网络对株型的形态建成至关重要。进一步分析发现分别有16个和19个植物昼夜节律相关基因在开选01-6和冀花5号中特异响应,分别有6个和17个植物激素信号转导相关基因在开选01-6和冀花5号中特异响应,表明这些基因在花生株型形态建成中起着关键调控作用。【结论】昼夜节律调控途径是调控株高变化的主要途径,植物生长激素信号在其中也起了关键作用。以上研究结果对育种家深入理解不... 相似文献
5.
捻转血矛线虫丙硫咪唑敏感虫株和耐药虫株miRNA-mRNA关联比较分析 总被引：1，自引：1，他引：0
旨在比较分析捻转血矛线虫敏感虫株和耐药虫株miRNA表达谱,探讨miRNA与捻转血矛线虫丙硫咪唑耐药性相关基因之间的调控机制。运用Illumina Hiseq2000平台进行测序并进行cDNA文库的构建,利用RNAhybrid、Miranda和TargetScan对测序得到的数据进行靶基因预测,并取交集作为miRNA的靶基因预测结果,使用Bowtie、RepeatMasker、MIREAP、Rfam、miRBase和DAVID等生物信息学分析软件和权威数据库系统,筛选出差异的miRNA以及与捻转血矛线虫耐药相关的miRNA并进行靶基因预测,同时对KEGG pathway和GO功能富集到的靶基因和可能参与调控的通路进行预测分析。结果表明,敏感虫株和耐药虫株共筛选显著差异表达的miRNA共294个,其中113个上调,181个下调。对miRNA和其靶向调节的mRNA进行关联分析,共关联到1 770个miRNA-mRNA对为负调控关系,其中涉及到274个差异的miRNA和603个差异的mRNA。显著差异表达的miRNA靶基因被注释到了1 430条GO terms和327条KEGG pathway,富集到FoxO信号通路(FoxO signaling pathway),mTOR信号通路(mTOR signaling pathway),PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)等与耐药相关的一些抗性通路。综上,通过对miRNA表达谱分析以及miRNA-mRNA靶向分析,发现捻转血矛线虫敏感虫株和耐药虫株显著差异表达的miRNA和其对应的靶基因,并对部分耐药相关通路中存在的靶基因及显著差异的靶基因所在的通路进行筛选和分析,为后续进一步通过转录组学深层次挖掘捻转血矛线虫产生耐药性的关键基因及相关调控分子提供科学依据。 相似文献
6.
[目的]明确相关基因在育成期蛋鸡肝脏脂质代谢调控过程中的作用机理,为改善蛋鸡的生产性能打下基础.[方法]分别选取高能量(12.14 MJ/kg)和低能量(10.88 MJ/kg)饲料饲喂育成期蛋鸡,利用Illumina NextSeq 500平台对蛋鸡肝脏进行转录组测序,通过HTSeq和DESeq等生物信息学方法筛选出差异表达基因,并以超几何分布对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析.[结果]从低能组和高能组蛋鸡肝脏样品RNA-seq测序获得的原始序列均超过8000万条,且能比对上基因组和基因的序列均在80.00%以上.其中,基因序列占87.32%~89.78%,基因间序列占10.22%~12.68%;外显子序列在基因序列中的所占比例很高,为78.10%~82.88%,内含子序列所占比例在17.12%~21.90%.相对于低能组,高能组蛋鸡肝脏中有82个基因上调表达、106个基因下调表达.差异表达基因GO功能富集分析发现有314个显著富集的GO功能(P<0.05,下同),其中,241个富集在生物过程(BP),18个富集在细胞组分(CC),55个富集在分子功能(MF).脂质代谢过程和细胞脂质代谢过程富集的基因分别有16和14个,占差异表达基因总数的8.51%和7.45%;脂质代谢过程较细胞脂质代谢过程多出的基因是PLIN1和FGF19.差异表达基因KEGG信号通路富集分析发现有4条显著富集的KEGG信号通路,且均与蛋鸡肝脏的脂质代谢相关.[结论]育成期对蛋鸡进行高能饮食饲喂,主要是通过上调或下调脂质代谢相关基因表达而影响肝脏脂质代谢,最终实现蛋鸡生产性能调控. 相似文献
7.
《福建林学院学报》2019,(2)
为揭示与泡桐丛枝病相关的长链非编码RNA(lncRNA),探讨其调控模式,利用高通量测序平台Illumina HiseqTM2000对泡桐的健康苗、丛枝病苗和利福平处理的丛枝病苗进行测序,筛选出差异表达的lncRNAs和靶基因,并对靶基因进行基因本体论(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集性分析。结果表明:共鉴定出的3 237个候选lncRNAs,其中PT/PTI、PT/PTIL-100和PTI/PTIL-100中差异表达并且相同的lncRNAs有147个,靶基因富集于40个GO和119条代谢通路。通过比较分析,发现72个lncRNAs可能与泡桐丛枝病发生相关,其靶基因主要参与的KEGG代谢途径有磷脂酶D信号通路、Wnt信号通路、ABC转运、糖基磷脂酰肌醇(GPI)-锚定生物合成途径、次生代谢产物的生物合成、泛素介导的蛋白水解、玉米素生物合成、甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢等。预测lncRNAs(TCONS_00009507、TCONS_00019521、TCONS_00012917、TCONS_00030963和TCONS_0002705)调控靶基因参与泡桐丛枝植原体与泡桐互作和影响细胞周期改变泡桐形态建成,为泡桐丛枝病发生机理的研究奠定基础。 相似文献
8.
以野生灵芝[Ganoderma lucidum(Leyss. ex Fr.)Karst.](D)、自然单核灵芝（Mo）、双核灵芝（Mu）的菌丝体为材料,利用高通量测序技术筛选差异表达基因,并进行GO分析和KEGG富集分析。通过差异基因分析,筛选出568个差异表达基因。GO分析结果表明,野生灵芝（D）与自然单核灵芝（Mo）菌丝体的差异表达基因主要富集在转录调控及DNA模板化、tRNA氨酰化、组蛋白甲基化等过程;野生灵芝（D）与双核灵芝（Mu）菌丝体的差异表达基因主要富集在染色质沉默、L-丝氨酸代谢、硫化合物代谢等过程;自然单核灵芝（Mo）与双核灵芝（Mu）菌丝体的差异表达基因主要富集在染色质沉默、DNA模板转录、谷氨酸分解等过程。KEGG富集结果表明,自然单核灵芝（Mo）与双核灵芝（Mu）菌丝体在代谢通路上有明显的差异,差异基因主要被注释到过氧化物酶、维生素代谢等通路。野生灵芝（D）与自然单核灵芝（Mo）菌丝体、野生灵芝（D）与双核灵芝（Mu）菌丝体的差异基因并没有KEGG富集的结果,说明其代谢通路没有明显差异。筛选出3个品系中表达量差异均显著的基因,共12个,并对基因的主要功能进行预测... 相似文献
9.
以松乳菇子实体为研究材料,采用de novo测序对松乳菇子实体进行测序与生物信息学分析,探究松乳菇子实体生长发育过程中幼菇期(LDG-1)和成熟期(LDG-2)基因表达的差异,并探寻影响松乳菇生长发育相关的主要基因和代谢通路。测序结果显示,共获得7.44G(LDG-1)和7.21G(LDG-2)的分析数据(clean reads)。KOG功能注释结果显示,松乳菇在幼菇期(LDG-1)和成熟期(LDG-2)具有全面而复杂的基因功能类别。GO富集结果提示,松乳菇在不同生长阶段(LDG-1和LDG-2)的生物代谢功能存在一定的差异。基因表达水平与聚类分析显示,ATP酶、多功能伴侣蛋白等家族基因为LDG-1和LDG-2主要高表达基因,在能量代谢与参与调控细胞周期中起重要作用。分析差异表达基因发现,相较于LDG-1期,LDG-2期有16 789个差异表达基因,其中7 635个基因上调,9 154个基因下调。差异表达基因KEGG富集通路分析结果显示,氧化磷酸化途径是松乳菇幼菇期生长发育过程中能量代谢的关键途径。进一步分析显示,MAPK信号通路是影响松乳菇子实体发育的关键信号通路,在促进松乳菇子实体进行有性生殖和调控菌丝体的极性生长中起重要作用。 相似文献
10.
为探究clpV基因在禽致病性大肠杆菌（Avian pathogenic Escherichia coli, APEC）感染雏鸡气管黏膜过程中发挥的作用及机制。将APEC野生株（DE17）及其基因缺失株（DE17ΔclpV）感染7日龄雏鸡气管,12、24 h后收集雏鸡气管黏膜细胞进行转录组学测序,筛选野生株和缺失株的差异表达基因,进行GO和KEGG富集分析。结果显示,在感染12 h后,共筛选到108个差异表达基因（36个上调,72个下调）;在感染24 h后,共筛选到59个差异表达基因（34个上调,25个下调）。GO分析表明,差异表达基因主要富集在细胞内信号转导、RNA聚合酶Ⅱ的转录正调控等生物学过程;蛋白质结合、ATP合成、DNA结合等分子功能类;生物膜及膜的组成成分、细胞质等细胞组分功能;KEGG分析表明,差异表达基因主要富集在紧密连接通路、内质网中的蛋白质加工通路、细胞因子与细胞因子受体相互作用通路、内吞通路、Wnt信号通路等。结论为clpV基因缺失后,会使部分差异表达基因的表达量下调,对细胞因子-细胞因子受体相互作用等通路产生影响。 相似文献