新城疫病毒分离株P基因的分子特性和遗传进化     

梁俊文  田夫林  黄兵 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2009,37(1):49-55

【目的】探讨新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)磷蛋白基因(P基因)的分子进化特点,为科学防控新城疫(Newcastle disease,ND)提供依据。【方法】对1997~2007年国内分离的13个NDV毒株的P基因进行扩增测序,与15个已发表的国内外不同时期的NDV毒株P基因进行核苷酸和推导的氨基酸遗传变异分析及分子特性研究。【结果】国内NDV分离株P基因核苷酸和P蛋白氨基酸高度同源,同源性分别为93.9%~99.8%和93.4%~99.2%。国内NDV毒株与LaSota、Clone30和F48E9等P基因核苷酸和P蛋白氨基酸同源性分别为82.2%~87.7%,81.3%~83.8%;与国外毒株则分别为82.1%~90.2%,81.1%~90.7%。氨基酸序列分析表明,我国毒株具有独特的氨基酸位点。分子进化分析表明,NDVP基因中核苷酸同义替代率高于非同义替代率。【结论】国内分离NDV毒株P蛋白遗传距离较近,而与LaSota、Clone30、F48E9以及国外毒株遗传距离较远,有一定的地域性。NDVP基因以净化选择的方式进化。  相似文献   

5株野生鸟类Ⅸ型NDV分离株HN基因的分子特征分析     

张鹏  马静  杨增岐 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2010,38(6):1-6

【目的】探讨新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)血凝素-神经氨酸酶基因(HN基因)的分子进化特点,为科学防控新城疫(Newcastle disease,ND)提供依据。【方法】对2008年从陕西省周至县楼观台及其周边地区分离的5个野生鸟类NDV毒株的HN基因进行扩增与测序,与8个国内外不同时期已发表的NDV毒株HN基因进行核苷酸和推导的氨基酸序列的遗传变异分析及分子特性研究。【结果】所有分离株与国内参考强毒株F48E9和国外参考强毒株Herts-33在HN基因C末端终止密码子的位置相同,符合强毒株的特征。从核苷酸和氨基酸同源性来看,分离株与F48E9的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.6%~99.8%和99.1%~99.7%,与LaSota、B1和clone-30的同源性分别为90.2%~91.8%和87.9%~88.5%,与ZJ1的同源性为84.8%~85.0%和89.3%~89.7%;从系谱进化分析来看,这5个毒株与F48E9关系较近,同属一支,与LaSota、ZJ1、Herts-33等疫苗株和参考毒株关系较远。【结论】该生态区NDV野生鸟类分离株与目前流行的基因Ⅶ型毒株和传统疫苗毒株的关系较远,且具有强毒株的分子特征,因此必须加强该地区野生鸟类新城疫病毒的监测。  相似文献   

鸽源新城疫病毒陕西分离株P基因的克隆及序列分析     

韩青松  代鹏  杨增岐 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2010,38(6):7-12

【目的】对鸽源新城疫病毒(NDV)陕西分离株P基因进行克隆和序列分析,为研究P基因及V基因的功能奠定基础,并为防治新城疫提供科学依据。【方法】参考GenBank发表的NDV基因序列设计1对特异性引物,RT-PCR扩增NDV/Pigeon/ShX/China/2003P基因的全长片段,并进行克隆、序列测定和分析。【结果】NDV/Pigeon/ShX/China/2003P基因全长1 451 bp,其完整的ORF长度为1 188 bp,编码395个氨基酸。同源性比较可知,NDV/Pigeon/ShX/China/2003与其他分离株P基因的核苷酸序列同源性在63.6%~92.9%,推导的氨基酸序列同源性在67.7%~92.2%。系统发育进化树表明,NDV/Pigeon/ShX/China/2003与鸽源分离株P68亲缘关系最近,与F48E9和La Sota毒株处于进化树的不同分支。【结论】NDV/Pigeon/ShX/China/2003与国内外已报道的NDV毒株间存在较大变异。  相似文献   

一株新城疫病毒分离株全基因组序列的克隆与分析     

魏雪涛  李银  刘宇卓  张敬峰 《江苏农业学报》2008,24(2):159-163

根据GenBank上所公布的新城疫病毒(NDV)的全基因组序列,设计了10对引物,运用RT-PCR方法获取了三黄鸡新城疫病毒(SHJ00株)全基因组序列,并对其进行了比较分析。结果表明:此株三黄鸡新城疫病毒(SHJ00)的全基因组序列由15 192个碱基组成,在NP基因和P基因之间的非翻译区多了6个核苷酸ACACTC;与NDV一致,SHJ00基因由6个ORF组成,即3′-NP-P-M-F-HN-L-5′;测序后拼接的F基因长1 672 bp,包含完整的开放阅读框(1 662 bp),编码553个氨基酸,F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112R-R-Q-K-R-F117,具有强毒株序列特性;根据NDV基因分型标准,三黄鸡新城疫病毒SHJ00株归属基因Ⅶ型新城疫病毒;F基因与国内外NDV代表株的核苷酸同源性为80.9%~97.7%,其中与F48E9同源性为84.3%,与Lasota的同源性为82.0%;测序后拼接的HN基因长为1 716 bp,编码571个氨基酸,与国内外NDV代表株的核苷酸同源性为80.0%~98.1%,其中与F48E9同源性为84.5%,与Lasota的同源性为81.4%。  相似文献   

3株鸽源新城疫病毒陕西分离株F基因的克隆与序列分析   总被引：2，自引：1，他引：1  

樊荣  张淑霞  杨增岐  党如意  张鹏  王波  韩青松 《西北农业学报》2009,18(6):47-51

对3株鸽源性新城疫病毒F基因进行扩增和序列分析,探讨分离毒株相互之间以及与疫苗毒之间的遗传进化关系.采集病料,通过非免疫鸡胚接毒传代分离病毒,HA及HI试验鉴定其为ND病毒;设计特异性引物,RT-PCR扩增分离ND病毒F 基因的重要功能区片段(1 395 bp),并对其进行克隆、测序及序列分析.结果表明:3株鸽源NDV陕西分离株相互之间F 基因核苷酸序列的同源性在98.0%～99.3%,氨基酸序列同源性为98.5%～99.1%;其F 基因裂解位点的氨基酸组成与NDV 强毒株的特征性结构(112 R-R-Q-K-R-F117 )一致.系统发育进化树表明,此3 株强毒株与某贵州分离株(登录号:EF589137) 高度同源,处于进化树的同一分支,属于基因Ⅵ型.分离到的3株鸽源NDV之间同源性较高,鸡胚病变和序列分析表明其为强毒,与传统的La Sota,B1等疫苗株同源性很低.  相似文献   

藏鸡NDV的分离鉴定及F基因的遗传进化分析     

朱洪云  旦巴次仁 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2012,40(10):31-37

【目的】探讨藏鸡NDV的毒力和F基因的遗传进化特征。【方法】从采集的藏鸡病料中分离鉴定NDV,通过测定鸡胚平均致死时间（MDT）和1日龄雏鸡脑内接种致死指数（ICPI）来确定分离株的毒力。采用RTPCR方法克隆藏鸡NDV分离株F基因,测序后进行序列分析,并进行进化分析。【结果】共分离鉴定出F5、FX10、F20、F74、F75、F17、F72、FH2等8株NDV,其中F17、F72、FH2为强毒株,其余5株为弱毒株。8株病毒F基因ORF均为1 662 bp,编码553个氨基酸,强毒株ORF编码产物含有12个半胱氨酸残基,弱毒株有13个半胱氨酸残基,比强毒株在27位(强毒株C²⁷变为R²⁷)多了1个半胱氨酸残基;有6个潜在的糖基化位点。分离的8株NDV与GenBank中发表的20株NDV参考毒株比较结果表明,F蛋白氨基酸序列变异位点较多,主要集中在8-30,97-124,45,385-386,402-403,479-494,509-520位氨基酸处,强毒株AA替代较集中,而弱毒株保守区较多且AA替代较分散。分离NDV株之间F基因编码区核苷酸序列同源性为83.5%～99.9%,其中强毒株之间同源性为95.2%～99.4%,弱毒株之间同源性为99.4%～99.9%。分离NDV株之间F基因编码的氨基酸同源性为87.5%～99.5%,其中强毒株之间同源性为95.3%～98.2%,弱毒株之间同源性为98.6%～99.5%。进化分析显示,3株强毒株均为基因Ⅶ型,5株弱毒株均为基因Ⅱ型。【结论】分离了8株藏鸡NDV,其中3株为强毒株,属于基因Ⅶ型;5株为弱毒株,属于基因Ⅱ型。  相似文献   

两株鸡新城疫病毒强毒株的分离与分子鉴定   总被引：1，自引：0，他引：1  

李春华  蒋凤英  王英  胡建华  邹勇  孙凤萍  魏晓锋  高骏  金佩芳 《上海农业学报》2008,24(2):32-35

从上海市发病鸡群中分离到两株新城疫病毒(NDV),其MDT分别为51.2 h和50.4 h,ICPl分别为1.850和1.875,均为强毒株.用RT-PCR扩增F基因cDNA片段,并将其分别克隆到pGEM-T easy载体中.序列分析结果表明,两分离株的F基因片段均为1 654 bp,编码551个氨基酸,其F蛋白的氨基酸序列同源性达100%,但与常见疫苗株的氨基酸同源性仅为78.3%～83.7%.F蛋白裂解位点序列均为112R-R-O-K-R-F117,属于基因Ⅶ型NDV.  相似文献   

新城疫病毒河北分离株F基因的克隆与序列分析     

王爱华  周静  杜冬华 《河北农业大学学报》2010,33(1)

通过RT-PCR技术扩增和克隆2003—2007年由河北省分离到的、具有一定代表性的鸡新城疫病毒分离株F基因,与GeneBank中已发表的NDV不同基因型代表株F基因相应核苷酸片段及其氨基酸序列进行比较,构建系统发育进化树并确定分离株的毒力强弱及所属基因型。结果显示,分离株在该区段没有碱基缺失和插入,但有多处点突变分散存在。分离株F基因核苷酸序列与国内外已发表毒株相应序列核苷酸同源性为80.5%~98.5%,推导的氨基酸序列同源性为77.5%~97.7%。表明目前河北新城疫的流行以基因Ⅶ型为主,同时兼有传统的基因Ⅵ型和基因Ⅱ型。  相似文献   

H9N2禽流感病毒陕西分离株HA基因的遗传变异分析     

温肖会  王晶钰  王学艳 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2009,37(4):13-18

【目的】对H9N2禽流感病毒HA基因全序列进行分析,了解H9N2禽流感分离毒株HA基因的遗传变异情况。【方法】根据GenBank已发表的H9N2毒株的基因序列,设计了2对H9N2禽流感病毒HA基因特异性引物,运用RT-PCR方法对XL、LF和WN分离株进行了扩增,然后将PCR产物送出进行测序,用DNAstar 5.0软件对测序结果进行了分析。【结果】XL、LF和WN 3株H9N2分离株间HA基因的核苷酸同源性为99.7%~99.9%,推导氨基酸的同源性为99.1%~99.6%;分离株与参考毒株HA基因核苷酸的同源性为96.2%~99.0%,推导氨基酸的同源性为96.2%~98.6%。通过对3个H9N2分离株间HA基因核苷酸序列的比较,发现共有5个位点的核苷酸发生突变,其中4个位点核苷酸的改变导致相应的氨基酸发生突变。HA蛋白的7个受体结合位点比较保守,但是其在551~553位缺失了潜在的糖基化位点。【结论】3株H9N2分离株裂解位点氨基酸序列完全符合低致病性禽流感的特征RSSR↓G,但是LF裂解位点附近333位脯氨酸(Pro)突变为组氨酸(His),即非极性氨基酸向极性带正电氨基酸(碱性氨基酸)转变,裂解位点的变化可能是H9N2禽流感病毒生物学特性改变的分子基础。  相似文献   

新城疫病毒的分离与鉴定     

徐丹雯  魏和朋  胡顺林  石火英 《安徽农业科学》2015,(25):117-119

[目的]对活禽市场进行新城疫病毒的流行病学调查.[方法]从活禽市场采集40份鸡泄殖腔棉拭子,由SPF鸡胚扩增病毒,收集病毒尿囊液;采用RT-PCR技术扩增新城疫病毒的DNA,并测序.[结果]共分离出4株新城疫病毒.通过对分离株F蛋白的氨基酸序列分析发现,分离株裂解位点附近的氨基酸残基组成均为112ERQERL117,符合新城疫病毒弱毒株裂解序列特征,而且分离到的NDV之间具有较高的同源性,介于86.3％ ～ 93.9％,并与疫苗株LaSota的F基因核苷酸序列属于同一分支.[结论]小型活禽市场中鸡携带了弱毒新城疫病毒,因此应加强活禽市场的管理.  相似文献