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1.
对虾IHHNV荧光定量PCR检测方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank中对虾传染性皮下和造血器官坏死病毒(IHHNV)保守基因序列(AF218226),设计合成了1对引物和1条TaqMan探针,建立了检测IHHNV的荧光定量PCR技术.将建立的荧光定量PCR检测方法与常规PCR对比.结果显示,所建立的荧光定量PCR方法灵敏度可达2个拷贝,比常规PCR灵敏度高1 000倍.对保存的15份经常规PCR检测为IHHNV阳性的DNA样品进行荧光定量PCR检测,结果都为阳性,检测的病毒含量为2.15×107～4.21×104拷贝/μL.用该方法对不同浓度的样品进行了重复检测,表明该方法具有良好的重复性,可满足IHHNV的临床诊断需要. 相似文献
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根据G enBank中对虾传染性皮下和造血器官坏死病毒( IHHNV) 保守基因序列( AF218226), 设计合成了1对引物和1条TaqM an探针, 建立了检测IHHNV的荧光定量PCR技术。将建立的荧光定量PCR检测方法与常规PCR对比。结果显示, 所建立的荧光定量PCR 方法灵敏度可达2个拷贝, 比常规PCR 灵敏度高1 000倍。对保存的15份经常规PCR检测为IHHNV 阳性的DNA 样品进行荧光定量PCR检测, 结果都为阳性, 检测的病毒含量为2. 15 @ 107 ~ 4. 21 @ 104 拷贝/LL。用该方法对不同浓度的样品进行了重复检测, 表明该方法具有良好的重复性, 可满足IHHNV的临床诊断需要。 相似文献
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为了建立一种能在临床上快速、准确检测杂交鳢弹状病毒(HSHRV)的TaqMan实时荧光定量PCR方法,利用PCR技术扩增HSHRV-C1207 G蛋白的全长序列,构建重组质粒,作为荧光定量PCR的标准品,根据HSHRV-C1207 G蛋白的保守序列,设计合成了一对能特异性扩增143 bp片段的引物和TaqMan探针,以标准品为模板建立HSHRV的TaqMan实时荧光定量PCR检测方法,并对该方法的灵敏度、可重复性和特异性进行评价。结果显示:建立的荧光定量PCR检测方法标准曲线有较好的线性关系,相关系数(R2)为0.999,斜率为-3.290;荧光定量PCR最低可以检测到10个病毒核酸分子拷贝,而传统PCR方法最低可检测到1×103个拷贝;38个平行样品重复性实验组内变异系数为0.84%;对其他6种水产养殖常见病毒均无扩增反应。应用该方法对采集的21份患病鳢样品进行检测,其中18份为阳性,与细胞分离和电镜观察结果相同;以传统PCR方法检测同样的样品,仅13份为阳性。本研究建立的TaqMan实时荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性强,能较好的用于临床HSHRV的检测,对病毒病原定量检测与杂交鳢弹状病毒病的快速诊断具有重要意义。 相似文献
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近年来，虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)流行区域不断扩大，已经成为我国南美白对虾(Litopenaeus vannamei)养殖重要病原之一。本研究根据Gen Bank中虾肝肠胞虫18S r RNA保守区域设计一套特异性引物和荧光探针，通过优化反应条件，建立检测EHP的TaqMan探针实时荧光定量PCR(Real-time quantitative polymerase chain reaction,qPCR)检测方法。建立的方法呈良好的线性关系(R2=0.998)，灵敏度是巢式PCR的10倍。特异性试验表明：检测其他常见病原均为阴性，特异性好；重复性试验显示：批内批间变异系数均小于1.5%，重复性良好；对临床样品检测，与巢式PCR的符合率为97.81%。使用该方法对中山市、江门市和珠海市珠三角部分地区南美白对虾开展EHP流行病学调查，其中虾苗检出率为10.75%，成虾检出率为54.07%，部分区域检出率较高，要防范爆发风险。本研究建立的实时荧光定量PCR灵敏度高、特异性和重复性良好，具有较好的应用前景。 相似文献
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以寄生于三疣梭子蟹血淋巴中的血卵涡鞭虫虫体为抗原,制备了多克隆血清抗体。抗体经健康梭子蟹血淋巴吸附处理后,间接ELISA检测效价达7680。应用该抗体建立了血卵涡鞭虫的间接荧光抗体检测技术(IFAT)。采用常用显微镜检、PCR及 IFAT三种方法对采集的养殖青蟹、梭子蟹、及海捕梭子蟹等18个样本进行了检测。检测结果显示：常规显微镜检阳性检出率为33.3%,而IFAT及PCR检测阳性率77.8%,符合率达100%;阳性虫体被染上黄绿色荧光,而正常梭子蟹血细胞则未被染色;可检测到血卵涡鞭虫不同生活阶段的营养体、腰鞭孢子及合孢体阶段。本文为血卵涡鞭虫的流行病学调查及生活史研究提供了简便实用的方法。 相似文献
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以寄生于三疣梭子蟹血淋巴中的血卵涡鞭虫虫体为抗原,制备了多克隆血清抗体.抗体经健康梭子蟹血淋巴吸附处理后,间接ELISA检测效价达7 680.应用该抗体建立了血卵涡鞭虫的间接荧光抗体检测技术(IFAT).采用常规显微镜检、PCR及IFAT 3种方法对采集的养殖青蟹、梭子蟹及海捕梭子蟹等18个样本进行了检测.检测结果显示:常规显微镜检阳性检出率为33.3%,而IFAT及PCR检测阳性率77.8%,符合率达100%;阳性虫体被染上黄绿色荧光,而正常梭子蟹血细胞则未被染色;可检测到血卵涡鞭虫不同生活阶段的营养体、腰鞭孢子及合孢体阶段.为血卵涡鞭虫的流行病学调查及生活史研究提供了简便实用的方法. 相似文献
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利用透射电镜技术研究了梭子蟹肌孢虫在三疣梭子蟹体内的组织分布和形式特点,结果显示,梭子蟹肌孢虫主要寄生在骨骼肌、血淋巴、鳃、胃和肠,而在心脏、肝胰腺、性腺和神经等部位未发现。在胃和肠的结缔组织以及骨骼肌中发现梭子蟹肌孢虫的分裂体,表明其可以在这些组织的细胞中增殖,尤其是在骨骼肌细胞中,大量不同发育时期的虫体显示了该虫对骨骼肌的亲嗜性。梭子蟹肌孢虫的分裂体以及其他增殖期的细胞仅寄生于宿主细胞内,而成熟的孢子可存在于宿主细胞内和细胞外基质中。梭子蟹肌孢虫的孢子有6种存在形式,在宿主细胞内和宿主细胞外基质中各有3种。孢子在宿主细胞内的存在形式:1孢子直接寄生于宿主细胞质中,自由游离,无膜包围;2孢子被单层膜包围,类微绒毛样突起物部分溶解,这种情况见于专业性吞噬细胞——无颗粒细胞内;3孢子被层状环形膜结构包围,类微绒毛样突起物清晰,这种情况见于非专业性吞噬细胞内。孢子在宿主细胞外基质中的存在形式:1孢子自由游离,无膜包围,类微绒毛样突起物清晰;2多个孢子被体液性被囊包围,类微绒毛样突起物清晰;3孢子无膜包围,孢外壁与类微绒毛样突起物消失。本研究阐明了梭子蟹肌孢虫在三疣梭子蟹体内的组织分布和孢子的存在形式,为进一步研究微孢子虫在宿主蟹体内的迁移规律提供了重要的基础数据。 相似文献
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白斑综合征病毒(WSSV)3种PCR检测方法的灵敏度比较 总被引：1，自引：0，他引：1
为了探讨不同PCR检测方法的灵敏度,分别利用TaqMan实时定量PCR、世界动物卫生组织(OIE)公布的巢式PCR引物(简称OIE)、黄海水产研究所种质资源与工程育种研究室(GB)设计的引物(简称GB)及2种巢式PCR对应的一步法PCR,对具有不同白斑综合征病毒(White Spot Syndrome Virus,WSSV)含量的中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)样品进行检测.结果显示,当使用已知病毒含量的标准品进行检测时,TaqMan实时定量PCR方法可以检测到l0个WSSV拷贝;OIE巢式PCR与GB巢式PCR方法分别可检测到104和103个WSSV拷贝;单独使用OIE巢式PCR的外引物和内引物扩增时,分别可检测到5×104和2.5×104个WSSV拷贝;单独使用GB巢式PCR的外引物和内引物进行一步法PCR扩增时,分别可检测到104和5×103个WSSV拷贝.使用上述PCR方法分别对44份未知WSSV含量的样品进行验证,定量PCR方法检测阳性率为84.09%,OIE巢式PCR与GB巢式PCR方法检测的阳性率分别为18.18%和27.27%;单独使用OIE巢式PCR的外引物和内引物扩增检测的阳性率均为15.91%;单独使用GB巢式PCR的外引物和内引物扩增检测的阳性率分别为18.18%和20.45%.根据以上结果,PCR方法检测WSSV的灵敏度由高到低依次为:定量PCR、巢式PCR、一步法PCR. 相似文献
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选择派琴虫保守的核糖体DNAITS-2区域设计引物和TaqMan探针,通过对反应体系和反应条件进行优化,建立了实时荧光定量PCR检测派琴虫的方法。所构建方法检测质粒模板DNA的动态范围为2.6×10^1～2.6×10^7拷贝,敏感度可检测到26拷贝质粒DNA,而且与包拉米原虫、隐孢子虫等其他寄生性原虫无交叉反应,也不受贝类组织DNA的干扰。利用本研究所建立的方法对来自我国山东、福建等不同沿海海域的30份贝类样品进行检测,检出阳性样品3份。研究表明,本研究所构建的派琴虫实时荧光定量PCR检测方法具有快速、灵敏和特异等优点,可满足国内养殖场及进出口水生动物携带派琴虫的检测需要。 相似文献
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栉孔扇贝急性病毒性坏死病毒荧光定量PCR检测方法的建立和应用 总被引：1，自引：2，他引：1
根据栉孔扇贝(Chlamys farreri)急性病毒性坏死病毒(Acute viral necmbiotic virus,AVNV)的基因序列,选择保守区段,应用Beacon Designer 7.0软件设计了一对能特异性扩增90 bp片段的引物和Taq Man探针,建立并完善了AVNV荧光定量聚合酶链式反应(Huorescent quantitative polymerase chain reaction,FQ-PCR)诊断方法.该方法在108～102病毒拷贝范围内有较好的线性关系,AVNV拷贝数(X)和循环数(G1)的相关关系为:IgX=-0.29C1+13.28(相关系数R2=0.998);检测AVNV的灵敏度为102拷贝;特异性实验表明只对AVNV基因组呈阳性反应.应用FQ-PCR对76份采自夏季发病期前后的栉孔扇贝样品进行检测,结果发现68份样品检测结果为阳性,阳性检出率为89.47%,高于普通PCR的阳性检出率(80.26%).研究结果表明,该方法快速、灵敏,特异、重复性良好且能实现AVNV的定量检测,对AVNV的快速诊断和分子流行病学的调查以及AVNV疫情监测具有重要意义. 相似文献
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通过设计筛选引物和探针、优化反应浓度和退火温度,构建一种尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)的微滴式数字PCR(dd PCR)检测方法,分析该方法的敏感性、特异性及重复性,并应用于临床样品检测。结果显示：当引物、探针浓度分别为0.9μmol·L-1、0.3μmol·L-1且退火温度为56.9℃时,建立的罗非鱼无乳链球菌dd PCR方法阴、阳性微滴分布界限明显,平均拷贝数高,有较高扩增反应效率;线性关系线良好(R2=0.997 3),最低检测限为2.56 copies·μL-1;与猪链球菌2型、鱼类海豚链球菌和其他5种常见的水生动物疫病病原体无交叉反应;重复变异系数为3.15%;临床样品检测结果与实时荧光PCR方法结果的符合率100%,与细菌分离鉴定方法结果符合率为94.12%。结果表明,建立的罗非鱼无乳链球菌dd PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可对罗非鱼无乳链球菌感染的临床样品进行定量检测,为尼罗罗非鱼无... 相似文献
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牡蛎中副溶血弧菌荧光定量PCR检测方法的建立及其应用 总被引：5，自引：0，他引：5
以副溶血弧菌毒素调控基因(toxin regulations,toxR)作为靶标基因,设计特异性引物及TaqMan探针,以含toxR基因的质粒为模板,建立质粒拷贝数与CT值的标准曲线,分别采用含toxR基因质粒、纯培养的副溶血弧菌和添加副溶血弧菌的牡蛎(Ostrea)模拟样品进行灵敏度试验,结果表明,其灵敏度分别为15拷贝、18 CFU/mL和180CFU/mL.同一个样品的30次重复性试验表明,试验内及试验间的变异系数分别为0.95%和1.5%.结果显示,本研究建立的副溶血弧菌荧光定量PcR检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于牡蛎等水产品中副溶血弧菌的定量检测. 相似文献
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在异育银鲫（）引起的“喉孢子虫病”常会导致池塘养殖苗种和成鱼大量死亡。因此,建立一种特异性强、灵敏度高和易于操作的检测方法对于该病的早期诊断以及防治具有重要意义。本研究基于洪湖碘泡虫18S rDNA基因序列设计合成两组特异性引物,通过外引物组和单条内引物组合及条件优化,建立了洪湖碘泡虫单管半巢式PCR检测方法,并对该方法的特异性、灵敏度及临床应用分别进行了验证。结果显示,该检测方法特异性好,只有洪湖碘泡虫扩增为阳性,瓶囊碘泡虫（Thelohanellus wuhanensis）及异育银鲫肌肉样品等均为阴性;最低检测灵敏度极限为4.2 copy/μL;对疫区养殖池塘健康异育银鲫的卵巢、肾脏及脾脏组织样品检测发现洪湖碘泡虫阳性率分别为40%、32%和8%,检出率显著高于普通PCR。因此,本研究所建立的检测方法特异性强、灵敏度高,可应用于洪湖碘泡虫的早期快速检测。 相似文献
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《渔业科学进展》2016,(2)
根据Gen Bank中公布的虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei)(EHP)SSU r DNA序列设计1对特异性引物,建立并优化了EHP的SYBR Green I实时荧光定量PCR(q PCR)检测方法。结果显示,该方法在60℃的退火温度时扩增效果最好,产物的熔解曲线为1个单峰,构建的方法对8.3×101–8.3×108 copies/μl的EHP SSU r DNA片段的检测响应具有良好的线性关系,扩增产物阈值循环数(Ct)与模板起始量的对数[log(Sq)]的关系为Ct=–3.369 log(Sq)+39.364(R2=0.992),扩增效率为98.1%,检测灵敏度下限为8.3×101 copies/μl,在线性范围内具有良好的组内和组间重复性。对实际样品的检测表明该方法比已报道的套式PCR的检测灵敏度约高4倍。利用本方法对采集自江苏、海南和山东的3批凡纳滨对虾样品的肝胰腺组织DNA(Hp DNA)中的EHP SSU r DNA进行了q PCR检测,结果显示,EHP的载量指数与对虾生长速率呈负相关关系,肝胰腺中EHP载量在103 copies/(ng Hp DNA)时代表了较高的风险水平。本研究建立的q PCR方法具有特异、灵敏、快速、定量的优点,所建立的方法及检测数据可为EHP的防控提供技术参考。 相似文献
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根据GenBank中公布的虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei) (EHP) SSU rDNA序列设计1对特异性引物,建立并优化了EHP的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR (qPCR)检测方法.结果显示,该方法在60℃的退火温度时扩增效果最好,产物的熔解曲线为1个单峰,构建的方法对8.3×101-8.3×108 copies/μ1的EHP SSU rDNA片段的检测响应具有良好的线性关系,扩增产物阈值循环数(Ct)与模板起始量的对数[log(Sq)]的关系为Ct=-3.369 log(Sq)+39.364 (R2=0.992),扩增效率为98.1％,检测灵敏度下限为8.3× 10(1) copies/μ1,在线性范围内具有良好的组内和组间重复性.对实际样品的检测表明该方法比已报道的套式PCR的检测灵敏度约高4倍.利用本方法对采集自江苏、海南和山东的3批凡纳滨对虾样品的肝胰腺组织DNA (HpDNA)中的EHP SSU rDNA进行了qPCR检测,结果显示,EHP的载量指数与对虾生长速率呈负相关关系,肝胰腺中EHP载量在103 copies/(ng HpDNA)时代表了较高的风险水平.本研究建立的qPCR方法具有特异、灵敏、快速、定量的优点,所建立的方法及检测数据可为EHP的防控提供技术参考. 相似文献
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建立一种敏感性高、特异性强、重复性好的罗非鱼湖病毒反转录微滴式数字PCR (RT-ddPCR)检测方法,可为罗非鱼湖病毒的定量检测提供技术支持。参照NCBI中GenBank登陆的TiLV第3段全基因序列,选择hypothetical protein gene基因作为靶位基因设计合成了1对引物和探针,以TiLV-cDNA为模板,摸索、优化反应方法,建立与实时荧光RTPCR检测方法的线性关系,分析方法的敏感性、特异性、重复性,最后进行临床样品检测。结果显示,当引物、探针浓度分别为500、300 nmol·L-1且退火温度为54.2℃时,建立的TiLV RT-ddPCR扩增反应效率最高、阴阳性微滴分布界限最明显、平均拷贝数较高;敏感性强,检测限低至2拷贝·μL-1,且在1～90 000拷贝·μL-1范围内与实时荧光RT-PCR检测的线性关系较好(R2=0.995 8);检测变异系数低(4.86%);与其他5种常见的水生动物疫病病毒[鲤浮肿病毒(Carp edema virus, CEV)、锦鲤疱疹病毒(Koi herpesvi... 相似文献
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细菌鞭毛蛋白编码基因hag具两端的保守序列及中间可变区域,在细菌的分类和鉴定中可作为分子标记。本研究克隆了坚强芽孢杆菌鞭毛蛋白编码基因hag部分序列,根据所得核酸序列设计套式引物Bfho和Bfhi,进行菌株的套式PCR特异性检测。此外,采用内引物Bfhi建立坚强芽孢杆菌荧光定量PCR特异性检测方法并确定该方法的检测限,对15个模拟样品进行检测并对阳性组中坚强芽孢杆菌的含量进行定量分析。结果显示,克隆得到的坚强芽孢杆菌hag基因长为1213 bp,经比对,与枯草芽孢杆菌hag基因相似性为13%-15%。荧光定量PCR方法对坚强芽孢杆菌菌株PC004和PC024的检测限分别为17.3×103和19.7×103 CFU/ml。模拟样品检测结果显示,15个样品中检测出7个阳性,并同时定量各样品中坚强芽孢杆菌的含量。本研究建立的坚强芽孢杆菌检测方法特异性强、操作时间短、灵敏度高,可为该菌的实际检测提供技术支持。 相似文献
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[目的]建立鳗鲡疱疹病毒（Anguillid herpesvirus, AngHV）的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR（qPCR)检测方法。[方法]利用PCR扩增出AngHV ORF49的序列,克隆至pET-32a载体,构建重组质粒pET-32a-ORF49,作为qPCR的标准品;根据ORF49序列设计引物,以梯度稀释的重组质粒为模版,进行SYBR Green Ⅰ qPCR扩增,制作标准曲线,建立AngHV的qPCR检测方法,并评价其灵敏性、特异性、重复性和应用效果。[结果]结果显示,qPCR的Ct值与标准品的拷贝数线性关系良好,且线性范围广,获得的标准曲线的相关系数（R2）达到0.999,扩增效率为100.855%;该方法特异性好,仅特异性检测AngHV,而对鲤疱疹病毒Ⅲ型（Cyprinid herpesvirus 3, CyHV-3）、蛙虹彩病毒（Rana grylio virus, RGV）和鳗鲡虹彩病毒（Eel iridovirus, EIV）无扩增;该方法重复性好,组内和组间变异系数均小于2%;该方法灵敏性高于普通PCR法,最低可检测到10个病毒拷贝,而普通PCR法为1000个病毒拷贝。应用分析结果表明,感染AngHV的欧洲鳗鲡（Anguilla anguilla）的主要组织器官内均可检测到AngHV,并且鳃、鳍和皮肤黏液内的病毒量明显高于其他组织器官;对保存的25份疑似鳗鲡“脱黏败血综合征”病料进行检测,阳性检出率为96%,而普通PCR法的阳性检出率仅为76%。[结论]本研究建立的AngHV SYBR Green Ⅰ qPCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可用于AngHV的快速和定量检测,对鳗鲡“脱黏败血综合征”的防控也具有重要意义。 相似文献
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近年来包括急性肝胰腺坏死病(AHPND)在内的多种新发疫病的流行,使我国甲壳类养殖业遭受了严重的经济损失。为了筛查导致山东潍坊某养殖场中一虾蟹混养池塘内患病三疣梭子蟹感染的可能病原,本研究采用分子生物学检测方法,对三疣梭子蟹样品进行了白斑综合征病毒(WSSV)、传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)、虾血细胞虹彩病毒(SHIV)、致急性肝胰腺坏死病副溶血孤菌(Vp_(AHPND))、虾肝肠胞虫(EHP)、偷死野田村病毒(CMNV)、黄头病毒(YHV)和肝胰腺细小病毒(HPV)等8种病原的检测,并对样品进行了组织病理和原位杂交分析。分子生物学检测结果显示,患病三疣梭子蟹样品呈Vp_(AHPND)阳性,而呈现WSSV、IHHNV、SHIV、EHP、CMNV、YHV和HPV阴性。对样品进行Vp_(AHPND)套式PCR第二轮扩增产物的序列测定、比对和进化树分析,结果显示,扩增产物序列与致病副溶血弧菌质粒上pirA~(vp)毒力基因片段具有99%的同源性,该序列与已报道的多个致病副溶血弧菌PirA聚在进化树的同一主分支上。组织病理学分析显示,患病三疣梭子蟹的肝胰腺小管上皮细胞坏死,心肌纤维呈溶解样病变,鳃丝上皮柱突细胞明显坏死,胸神经节的神经细胞损伤严重,并且这些组织中还可见大量的细胞核固缩现象;原位杂交结果显示,肝胰腺、心肌、鳃组织及胸神经节中的病变部位均存在Vp_(AHPND)探针的蓝紫色杂交信号。以上表明,虾蟹混养池塘中三疣梭子蟹在自然状态下感染了Vp_(AHPND),并导致肝胰腺、心肌、鳃和胸神经节发生了严重病理损伤。本研究首次在养殖三疣梭子蟹中检测到Vp_(AHPND)感染并揭示了感染所致的病理变化,相关结果为揭示Vp_(AHPND)自然宿主种类和养殖三疣梭子蟹病害防控提供了基础信息。 相似文献
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建立一种实用的标记方法,对更好地评价三疣梭子蟹增殖放流效果和良种选育工作非常重要。本实验采用注射可视嵌入性荧光、剪附肢两种手段对不同期别三疣梭子蟹进行标记,以研究标记的适用性及对个体生长的影响。对不同发育阶段三疣梭子蟹进行两个部位荧光注射,统计蜕壳后可识率。结果显示,II、III期幼蟹适合腹面区域注射,IV期以后适合游泳足基节和头胸甲背面的薄膜关节注射;标记后,经过两次蜕壳,识别率在80%以上,但3次蜕壳后,识别率较低;根据标记组、未标记组生长数据,通过单因素方差分析发现：标记对三疣梭子蟹个体生长无显著性影响。VII期以后的幼蟹,更适合剪附肢法,该法操作简单,识别率高,对个体生长、存活无显著性影响(P≥0.05)。因此本研究得出：将两种个体标记方法结合起来应用,更合理、更科学,为梭子蟹增殖放流、良种选育等研究提供有力的工具。 相似文献