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本文介绍了一种适合于植物特别是桑树各种组织的RNA快速提取方法 ,它具有简便、快速等特点 ,且所提取的RNA样品质量较高 ,可直接用于cDNA合成、cDNA文库的构建以及Northernblot等分子生物学操作。 相似文献
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植物通过小干扰RNA(siRNA)介导的RNA干扰机制来防御外来病毒感染,通过对感病植物材料小RNA(sRNA)的深度测序,获得这一过程中产生的与病毒序列高度一致的siRNA序列信息,可以快速地鉴定侵染植物的病毒组成。以采集自浙江省桐乡市桑园疑似感染桑花叶卷叶病(原称桑花叶型萎缩病)的桑树叶片为材料提取总RNA,构建sRNA文库并进行深度测序,对测序得到的总sRNA进行组装后,比对鉴定出桑花叶卷叶病相关病毒(mulberry mosaic leaf roll-associated virus,MMLRa V),并分别得到占MMLRa V 2个组分全基因组14.19%和21.86%的核酸序列。进一步以感病桑叶组织的总RNA为模板,通过RT-PCR扩增获得部分MMLRa V基因组序列,经Sanger测序确定采集的感病桑树叶片中只存在MMLRa V。通过生物信息学方法分析表明,MMLRa V来源siRNA在基因组中的长度分布、5'端碱基偏好性及热点区分布等具有明显特点。研究结果显示,利用siRNA深度测序技术鉴定桑树病毒是非常高效的手段。 相似文献
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为了能有效检测桑树中的类似类病毒小分子RNA(mscRNA),给解明mscRNA与桑树花叶型萎缩病发生的关系提供依据,以来自不同蚕区和不同季节发病桑园中的桑树花叶型萎缩病病株叶片为材料,采用LiCl法和DEAE纤维素柱层析法分别提取病叶组织中的mscRNA,然后利用往返聚丙烯酰胺凝胶电泳(Return-PAGE)进行检测鉴定,并对mscRNA在2mol/LLiCl溶液中的溶解性及该检测方法的灵敏度进行分析。结果显示:采用LiCl法和DEAE纤维素柱层析法都可以有效地提取阳性材料中含有的mscRNA;在溶解及不溶于2mol/LLiCl的阳性材料RNA样品中均含有丰富的mscRNA,mscRNA在LiCl溶液中的溶解性与已知类病毒的溶解性有很大的差异;当提取的病桑叶片组织总RNA量为480ng时,通过Return-PAGE可以检测到mscRNA,当总RNA量≤96ng时,已检测不到其中含有的mscRNA;在36株发病植株的叶片总RNA样品中,有7个样品检测出含有mscRNA,检出率约19%,在一些病症明显的植株样品中未检测出mscRNA,而在一些病症较轻的植株样品中却检测出mscRNA。检测结果提示:mscRNA与桑树花叶型萎缩病症的表现没有表现出明显的关联。 相似文献
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为揭示牦牛不同组织间受RNA编辑导致转录产物发生的差异变化,进而为牦牛的组织分化、系统遗传调控等研究提供候选基因。本研究以3头4.5岁类乌齐母牦牛的大脑、小脑、臀部脂肪以及肌肉组织作为试验材料,通过Illumina 4000测序平台对各组织表达产物进行扫描,利用SPRINT和JACUSA筛选差异的RNA编辑位点,分析RNA编辑位点的分类、注释以及变异风险评估等。结果发现了总计24 784个RNA编辑位点,其中在4个组织中均发现存在编辑事件的有4 015个位点;4个组织中的RNA编辑位点主要以A-G和T-C编辑类型为主;发现其中一个高风险编辑位点位于SON基因中,使该基因的翻译提前终止,这将导致该组织一些特定位点的RNA与DNA结合出现问题。本研究预测并分析了类乌齐牦牛大、小脑和臀部肌肉、脂肪组织中RNA编辑差异位点的类型和分布,为进一步研究牦牛组织分化和生长发育中重要的调控基因提供了新的参考。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2021,(1)
为揭示牦牛不同组织间受RNA编辑导致转录产物发生的差异变化,进而为牦牛的组织分化、系统遗传调控等研究提供候选基因。本研究以3头4.5岁类乌齐母牦牛的大脑、小脑、臀部脂肪以及肌肉组织作为试验材料,通过Illumina 4000测序平台对各组织表达产物进行扫描,利用SPRINT和JACUSA筛选差异的RNA编辑位点,分析RNA编辑位点的分类、注释以及变异风险评估等。结果发现了总计24 784个RNA编辑位点,其中在4个组织中均发现存在编辑事件的有4 015个位点;4个组织中的RNA编辑位点主要以A-G和T-C编辑类型为主;发现其中一个高风险编辑位点位于SON基因中,使该基因的翻译提前终止,这将导致该组织一些特定位点的RNA与DNA结合出现问题。本研究预测并分析了类乌齐牦牛大、小脑和臀部肌肉、脂肪组织中RNA编辑差异位点的类型和分布,为进一步研究牦牛组织分化和生长发育中重要的调控基因提供了新的参考。 相似文献
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环状RNA(circRNA)是一类单链共价闭合的环状非编码RNA,长度约为100个核苷酸,是由线性前体mRNA通过反向剪接产生的内源转录产物,可调节真核生物的基因表达.随着下一代测序(next-generation sequencing,NGS)技术、基因沉默(小干扰RNA)技术和CRISPR/CAS技术等分子生物学技... 相似文献
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猪卵泡颗粒细胞总RNA提取方法改进的探讨 总被引:3,自引:0,他引:3
RNA是一类非常有用的生物大分子,在分子生物学研究领域正发挥越来越重要的作用。本文介绍一种改进过的从动物组织提取总RNA的方法,实践证明,该方法重复性好,实用性强。用此方法提取的猪卵泡颗粒细胞总RNA,无DNA污染物等问题,完全满足分子克隆、基因表达等分子生物学研究的需要。 相似文献