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为了从亚组水平上明确云南元谋县的蔓草虫豆丛枝植原体的分类地位,本研究以rp(Ⅱ)F1/rp(Ⅱ)R1为引物,利用PCR对感病蔓草虫豆总DNA进行rp基因扩增.扩增产物进行序列分析和编码蛋白特性预测,并通过生物信息学软件对rp基因编码的rp122、rps3蛋白特性进行分析.结果 表明,PCR扩增测序得到1171 bp的特异性片段,该片段包括全部rpl22基因和大部分rps3基因,两基因相互重叠,分别编码128和237个氨基酸.通过同源性比对及系统进化树分析,从亚组水平明确了蔓草虫豆丛枝植原体是16SrⅡ-A亚组成员,且归属于rp-iii亚进化支.预测rp基因所编码的rp122和rps3蛋白均为脂溶性蛋白,且二级结构包括螺旋、卷曲和折叠.本研究结果可为深入研究蔓草虫豆丛枝植原体蛋白跨膜运输的分子机理提供一定的理论参考. 相似文献
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研究旨在通过逆转录聚合酶链式反应（RT-PCR）从分子方面鉴定附子地道产区四川江油乌头花叶病植株的病原物种类及分析其特性。通过对黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus, CMV）的外壳蛋白基因(Coat Protein,CP)设计特异引物,对江油中坝附子GAP生产基地的乌头花叶病植株进行克隆、转化并测序。结果表明：从江油花叶病乌头植株中克隆得到基因大小为375 bp的片段,鉴定为黄瓜花叶病毒,命名为CMV-FZ,该序列为一段有效的长为375 nt的氨基酸编码区,推测编码125个氨基酸残基。依据外壳蛋白核苷酸序列建立了CMV不同分离物的系统进化树并对该序列进行蛋白组学分析,CMV-FZ与国内外已报道代表性CMV亚组分离物CP基因的核苷酸与氨基酸的序列相似性为74.8%~98.2%和73.4%~99.2%,其中与与CMV亚组II的核苷酸和氨基酸序列相似性为96.1%-98.2%和96.0%-99.2%,该分离物与中国分离物（CMV-PCT2）氨基酸序列相似性最高,达到99.2%。遗传进化分析显示,CMV-FZ与中国分离物（Zin和Hubei-1）和美国分离物（DKRD）亲缘关系较近,聚在同一分支,属于CMV亚组II。以上结果表明伴有花叶症状的乌头受到黄瓜花叶病毒的侵染。 相似文献
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《分子植物育种》2015,(7)
中国用于杂交粳稻生产的细胞质雄性不育系仅有滇Ⅰ型和BT型,它们的不育系产生的花粉都为染败型,而且具有相同的恢保关系、同为配子体不育。因此,基于花粉败育特点和恢保关系等常规技术无法鉴别这两种不育系。本研究利用线粒体特异引物LD24对27个滇Ⅰ型不育系和9个BT型不育系进行PCR扩增,结果显示滇Ⅰ型不育系无扩增片段,BT型不育系具有1个605 bp的片段。该片段的DNA序列与水稻LD型雄性不育细胞质线粒体基因组的一个604 bp片段相似性达99%,该片段包括一个位于rps1基因下游的一段230 bp序列及rps1与orf187基因间隔区上游的一个374 bp序列。本研究的结果说明利用LD24标记的PCR产物可以有效地鉴别水稻滇Ⅰ型和BT型雄性不育细胞质。 相似文献
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江苏水稻黑条矮缩病病毒的RT-PCR分析和快速检测 总被引：7，自引：0，他引：7
为了明确江苏新发生的矮缩病害为水稻黑条矮缩病,采用RT-PCR和序列测定方法对其病原进行了精确鉴定。根据水稻黑条矮缩病病毒基因组序列的信息,设计扩增RNA聚合酶基因、外壳蛋白基因和RNA沉默抑制子基因以及核心蛋白基因部分编码区的4对引物,提取感染水稻黑条矮缩病病毒的水稻植株总RNA并进行RT-PCR扩增,可以在感病植株中分别扩增出水稻黑条矮缩病病毒基因组特有的4个条带,测序结果表明,来源于江苏南京的分离物的4个基因部分编码片段与已登录的对应基因片段核苷酸序列同源性达99％以上,共发现7个碱基的突变。经生物信息学分析发现7个单碱基突变都是同义突变,氨基酸序列没有改变。根据以上结果确认该病病原为水稻黑条矮缩病病毒。利用该方法可以对水稻和其他寄主进行早期病毒检测。 相似文献
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甘薯S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因克隆与表达 总被引：6，自引：0，他引：6
从实验室建立的甘薯冷胁迫抑制消减文库中分离出一cDNA片段,经NCBI比对后发现该片段与其它植物的S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因具有90%的同源性,根据相关物种S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因cDNA序列设计引物,以甘薯总RNA为模板,经RT-PCR扩增首次获得全长1182bp的甘薯SAMS完全编码区,NCBI比对分析结果表明：该片段与不同种属植物sams基因的编码区序列的核苷酸相似性达85.48%, 所推导的氨基酸序列相似性达93.6%。根据核苷酸序列和氨基酸序列分别构建了SAMS系统进化树,从分子水平阐明了植物种属间的亲缘进化关系,为其种质资源利用提供理论依据。利用该序列与原核表达载体pET32a连接构建融合表达载体pET-SAMS,酶切鉴定后转入大肠杆菌BL21,在不同温度下诱导3h后均表达出一63KDa大小融合蛋白。 相似文献
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茅苍术种植基地内发现少数植株表现为扁茎、叶序紊乱、花变叶等症状,与植原体侵染引发的症状类似。为确定是否是植原体侵染,以及是何种植原体侵染,本研究利用植原体通用引物P1/P7和R16F2n/R16R2对扁茎变异茅苍术植原体的16S rDNA基因序列进行巢式PCR扩增、克隆、测序,并进行分析。结果表明,所得扩增产物约1.2 kb的植原体特异片段,通过对实验结果分析,确定该苍术变异原因为植原体感染。系统进化分析结果表明,引起茅苍术发生扁茎变异的植原体属于翠菊黄化组(Aster yellows group)16SrI-B亚组。本研究首次从分子水平确定了引起中国湖北英山地区茅苍术扁茎变异的病原菌为植原体,明确了其分类地位,为指导苍术该病害流行学研究和苍术植原体防治提供了理论依据。 相似文献
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多酚氧化酶（polyphenol oxidase,PPO）是一类植物体内广泛存在的由核基因编码的能与铜结合的金属蛋白酶。它是诱导许多果蔬等农产品产生酶促褐变的主要原因,同时在植物的生长发育、抗病虫害及果实品质形成等方面也起到了一定的作用。本文用RACE的方法,从草莓幼果cDNA中成功扩增出PPO基因的3′端部分序列。序列分析表明该基因片段编码424个氨基酸。与其他物种PPO核苷酸序列比较相似性为72％-80％,氨基酸相似性为82％～87％。草莓多酚氧化酶基因的成功克隆,为草莓抗褐变的研究及果实品质的改良打下了坚实的理论基础。 相似文献
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单核细胞增生李斯特菌新疆野毒株XS5 SigmaB操纵子的克隆、序列分析及其编码蛋白结构预测 总被引：1，自引：1，他引：0
为了解单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes LM.)新疆野毒株XS5 SigmaB操纵子的分子生物学特征。对LM-XS5的SigmaB操纵子部分基因序列进行了克隆与序列分析,预测该操纵子各基因编码蛋白质的二三级结构及功能活性位点,分析其同源性。结果表明：成功扩增出3000 bp的SigmaB操纵子片段,序列分析显示该片段中包含RsbV、RsbW、RsbX和SigmaB 4个基因,它们编码的蛋白质含有不同的功能活性位点,其中RsbV的5~102位AA为“STAS-抗-抗-SigamB因子”,RsbW的43~157位AA间为HATPase_c功能域,RsbX的32~198位AA间为PP2Cc超家族区域,SigmaB的8~264位AA为RNA聚合酶全酶中的SigmaB因子的区域。LM-XS5与其他3种革兰氏阳性菌的SigmaB基因的同源率在50%左右,与LM参考株的同源率在92.18%~100%之间。 相似文献
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槟榔黄化病是世界各地槟榔生产上普遍发生的毁灭性病害。至今没有根治的有效方法,根本原因是其病原还没有明确鉴定。有报道表明槟榔黄化病的病原可能是植原体。本文利用巢式PCR方法,对海南3个市县采集的28个黄化病植株的不同器官进行了植原体检测,结果表明在2市县9个槟榔黄化病病株叶片中检测到了植原体,而在根和茎中没有发现植原体。同源性聚类发现其属于翠菊黄花组B亚组。 相似文献
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枣疯病植原体的快速检测 总被引：2，自引：1，他引：1
以表现丛枝症状的‘金丝4号’枣树为试材,以叶片总DNA粗提物为模板通过PCR扩增技术克隆16S rDNA基因,建立了枣疯病植原体快速检测方法。序列分析结果显示,枣疯病植原体‘金丝4号’株系（JWB-Jinsi4,TA）与JWB-G1（AB052876）同源性为99.7%,归属于16Sr Ⅴ-B组。实验结果表明,以DNA粗提物为模板的PCR扩增技术,可快速有效地检测枣疯病植原体,为生产实践中枣疯病的诊断和防治提供技术支持。 相似文献
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棉花叶绿体70S核糖体S7蛋白基因的克隆和序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
叶绿体基因组具有高度保守性，来源于不同植物的叶绿体基因同源性很高。应用ＰＣＲ技术，从棉花叶绿体基因组扩增并克隆了长度为１．０ｋｂ的叶绿体ＤＮＡ片段。该片段含有叶绿体核本小亚基Ｓ７蛋白基因ｒｐｓ７。采用限制性内切酶消化连接的策略构建亚克隆，并测定了该片段的含部核苷酸序列。结果表明，棉花叶绿体ｒｐａｓ７基因与烟草、不稻的相庆基因同源性高，分别为９７．９％和８９．５％，３非编码区的同源性分别为９６．３％ 相似文献
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番茄WRKY转录因子基因片段的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
【研究目的】本研究以番茄苗为实验材料,克隆出番茄WRKY转录因子的一个基因片段并对其核酸序列进行分析。【方法】根据本课题组已经克隆出的番茄特异的WRKY基因片段和番茄EST序列设计特异引物,利用RT-PCR技术获得番茄WRKY转录因子的一个基因片段并连接到pMD19-T载体中,转化DH5α,,筛选阳性克隆,用双酶切分析法对其进行鉴定并进一步对核酸序列进行测序分析。【结果】结果表明,克隆获得的WRKY转录因子基因片段约为680bp,用GenBank中的Blastn程序分析表明,其与CaWRKY（AY789641.1）、WIZZ（wizz mRNA）（AB028022.1）的相似性分别为86％和84％。【结论】WRKY转录因子在番茄中受JA诱导,这为克隆番茄WRKY基因全长,进而为番茄抗病育种奠定基础。 相似文献
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淀粉分支酶(SBE)催化葡萄糖以α-(1,6)糖苷键连接,形成分支结构。SBE有3种同工酶形式：SBEⅠ、SBEⅡa和SBEⅡb,目前的研究主要集中在SBEⅡb上,而对于SBEⅠ在淀粉合成的作用报道极少。为了明确SBEⅠ在玉米淀粉合成中的作用,扩增了玉米SBEⅠ基因的337 bp片段,以pMD19-T为中间载体,pCambia3301为目标载体,构建玉米SBEⅠ基因的RNAi载体,命名为pC3301-SBEⅠ。通过限制性内切酶酶切鉴定,表明pC3301-SBEⅠ载体构建正确,可用于农杆菌介导的玉米自交系转化工作。 相似文献
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桑树对矿区土壤中重金属的原位去除效应研究 总被引：5，自引：2，他引：5
为了研究矿区栽培种桑树对4种金属的富集特征和能力,在湖南浏阳七宝山矿区污染土壤上,以‘湖桑一号’为研究材料,分别测定植物各部分和土壤中Cu、Pb、Cd、Zn 4种重金属含量。结果表明：桑树各部位单位重量中Cu的含量的趋势为根(33.13 mg/kg)>叶(13.38 mg/kg)>皮(7.51 mg/kg)>骨(4.93 mg/kg),Pb的含量的趋势为根(33.13mg/kg)>叶(10.32 mg/kg)>皮(3.35 mg/kg)>骨(1.73 mg/kg),Cd的含量的趋势为根(4.53 mg/kg)>叶(1.90 mg/kg)>皮(1.57 mg/kg)>骨(1.03 mg/kg),Zn的含量的趋势为根(317.72 mg/kg)>叶(186.53 mg/kg)>皮(105.07 mg/kg)>骨(89.16 mg/kg)。每平方米耕作层土壤上桑树对Cu的迁移总量为12116.1 mg,修复年限为2.01年,对Pb的迁移总量为7409.83 mg,修复年限为15.45年,对Cd的迁移总量为2056.4 mg,修复年限为1.26年,对Zn的迁移总量为254532.8 mg,修复年限为0.39年。 相似文献
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为进一步研究DNA连接酶Ⅰ在类病毒复制中的作用,以感染桑花叶萎缩类病毒的桑树叶片为材料,通过在同源基因保守区设计简并引物进行PCR扩增和cDNA末端扩增,获取桑树DNA 连接酶Ⅰ基因。结果获得桑树DNA连接酶Ⅰ基因MuLigI长2730 bp的mRNA序列,基因编码区长2367 bp,编码788个氨基酸,含典型的DBD结构域(173~351 aa)和CD催化结构域(405~771 aa),N端含有核定位(NLS)和线粒体定位信号(MLS)。研究所得桑树DNA连接酶Ⅰ基因具有保守的结构域和活性位点,可能和番茄的DNA连接酶Ⅰ基因一样,参与了桑花叶萎缩类病毒的复制过程。 相似文献
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为了研究二氢黄酮醇还原酶（DFR）在石榴花色形成中的作用,根据GenBank中登录的相关物种DFR基因的保守序列设计简并引物,采用RT-PCR方法,从‘重瓣粉花’石榴花瓣总RNA中扩增出cDNA片段。测序结果表明,该cDNA片段长446 bp,编码148个氨基酸,序列分析表明,该片段与蓝灰石竹、水蓼、苦荞麦、荞麦、甜樱桃、金荞麦、菠菜、马六甲葡萄、山葡萄、马蹄纹天竺葵、仙客来等物种的氨基酸同源性在78%~81%以上,存在一个底物结合特异性决定的氨基酸基序“TVNVQPVQRPVHDETSWSDLDFVWAT”,说明已成功克隆到‘重瓣粉花’石榴DFR基因的cDNA片段,在GenBank中登录号为JN381544。 相似文献