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八棱海棠肌动蛋白基因(MrACT)的克隆及分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以八棱海棠(Malus micromalus Makino)为材料,抽取RNA,反转录成cDNA。采用cDNA末端快速扩增(RACE)方法,5’-RACE获得长度1121bp的片段、3’-RACE获得883bp的片段,再通过设计引物扩增得到八棱海棠中一种肌动蛋白基因的cDNA的全长序列。该序列全长1134bp,推测其编码377个氨基酸,等电点为5.16,其编码的氨基酸与拟南芥(Arabidopsis thaliana)actin7编码的氨基酸只有2个氨基酸差别。通过对八棱海棠MrACT基因的表达分析,发现在不同组织中,该基因的表达水平没有明显差异,本文为进一步利用RT-PCR技术,以MrACT基因为内标,研究八棱海棠其他基因的丰度打好基础。 相似文献
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成熟猕猴桃果实中乙烯受体基因Ad-ETR2的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
在分析GenBank登录的植物乙烯受体家族氨基酸和核苷酸保守区序列基础上,设计简并引物,通过RT-PCR扩增出1个657bp大小的cDNA片段,测序结果表明,该片段穴Ad-ETR2雪编码219个氨基酸,它与其它植物乙烯受体核苷酸同源性为79.9%～86.5%,氨基酸的同源性为85.4%～95.9%,序列分析推断该基因片段可能是与番茄Le-ETR1结构和功能类似的一类乙烯受体。 相似文献
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杨梅酸性转化酶基因cDNA分离及表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
杨梅果实富含蔗糖,酸性转化酶是蔗糖代谢关键酶,根据植物酸性转化酶基因保守区序列设计引物,提取杨梅叶片RNA,逆转录获得cDNA,以此为模板通过PCR技术扩增到长度为516bp的基因片段,克隆入pMD18-T载体中,命名为MrIVR1(GenBank:DQ339699)。测序及同源性检索表明,该基因推导氨基酸序列与君子兰、葡萄、草莓、胡萝卜等酸性转化酶基因氨基酸序列同源性为60%～69%。运用ClustalX软件对植物转化酶基因进行了系统树分析,结果显示,MrIVR1编码的蛋白质属于细胞壁酸性转化酶。半定量RT-PCR表达分析显示,MrIVR1基因在杨梅果实发育早期表达量最高,随着果实的发育表达量下降,在成熟果实中表达水平较低。 相似文献
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甜瓜果实蔗糖磷酸合成酶基因cDNA片段的克隆及表达分析 总被引：2，自引：0，他引：2
根据在GenBank中登录的番茄、马铃薯等蔗糖磷酸合成酶基因的保守序列设计引物, 采用RT-PCR方法从甜瓜花后25 d的果实总RNA中扩增出目标cDNA片段, 克隆到pMD18-T载体中。序列分析表明, 该片段与番茄蔗糖磷酸合成酶氨基酸序列同源性为98.9% , GenBank中登记号为DQ355797。通过Northern blot检测其在甜瓜果实不同发育时期的表达变化, 结果表明该基因在甜瓜果实花后25 d开始表达,随着果实的成熟, 表达量升高。 相似文献
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本研究以黄伞菌丝cDNA为模板，设计简并引物，经PCR扩增出两条片段SLI和S12，经过回收、重扩增、克隆与鉴定后进行测序分析，结果发现SI．1的序列在Genebank中与三磷酸甘油醛脱氢酶（Glyceraldehyde-3-Dhosphate dehydrogease，GPD）基因的同源性达到85％，根据SLI序列设计引物，以黄伞菌丝体、原基、菇蕾、子实体菌柄、子实体菌盖的cDNA为模板进行PCR反应以验证其保守性，结果显示此片段在不同分化发育阶段表达量相同。 相似文献
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以朝鲜碱茅(Puccinellia chinampoensis)茎叶组织提取的RNA为模板,根据已报道的CAT基因同源序列设计引物,通过RT-PCR法扩增出1个CAT基因的cDNA序列并与其它植物CAT基因进行同源性比对。结果表明:该基因全长1 487bp,是一个完整开放阅读框,编码含492个氨基酸的蛋白,Genebank登陆号为:HM230827,命名PuCAT;朝鲜碱茅CAT基因的核苷酸和氨基酸序列与大麦、小麦的同源性最高;并对其信号肽、疏水性、跨膜结构、二级结构和主要功能域做了预测。半定量RT-PCR结果表明,PuCAT基因在4种胁迫处理条件下,有着不同的表达规律,总体而言,在朝鲜碱茅的根部和叶片均可以表达,但是在叶片中的表达量要高于在根中的表达。 相似文献
8.
基于EST数据库的葡萄APETALA2基因cDNA克隆及其表达分析 总被引：6，自引：0，他引：6
APETALA2(AP2)是拟南芥生长发育特别是花器官发育过程中重要的调控基因。利用生物信息学方法以拟南芥APETALA2基因cDNA序列作为模板,对葡萄EST数据库进行同源检索筛选,电子克隆出葡萄AP2基因(Vv-AP2)cDNA序列。以香悦葡萄花cDNA为模板,根据电子克隆的葡萄AP2基因cDNA序列设计特异引物,分别利用RACE技术和特异PCR技术获得该基因3’末端和5’末端,序列拼接后获得葡萄的APETALA2基因的cDNA全长。该cDNA的全长为2 208 bp,命名为Vv-AP2。Vv-AP2核苷酸序列有一个1 536 bp完整的开放读码框(ORF),其5’与3’末端非翻译区分别为268 bp和376 bp。其中,3’末端含有28 bp的Ploy+(A)。该基因在GenBank基因数据库的注册号为FJ809943。氨基酸推导结果表明该cDNA共编码了511个氨基酸,具备完全保守的核定位信号序列(KKSR)以及2个高度保守的重复序列即AP2结构域。分别采用半定量RT-PCR和SYBR Green I实时定量RT-PCR初步分析了Vv-AP2在葡萄叶、茎、花序、花等不同器官中的表达水平。其中,Vv-AP2在花序和花中的表达量明显高于叶和茎。 相似文献
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采用cDNA-AFLP技术分离了一个与番木瓜果实成熟衰老相关的差异片段,经生物信息学分析证实该片段属于半胱氨酸蛋白酶（Cysteine Protease,CP）基因。将差异片段序列在NCBI中的番木瓜基因组序列中搜索,获得了半胱氨酸蛋白酶基因DNA序列。设计开放型阅读框上、下游引物,以木瓜果肉RNA逆转录的cDNA为模板扩增该基因全长cDNA序列,命名为CpCP（登录号：JN689334）。该基因属于C1肽酶家族中的C1A亚家族,编码471个氨基酸,含有家族特有的催化三联体：Cys166-His302-Asn322。Real-time PCR结果显示CpCP在果实中大量表达,是根、茎、叶、花中表达量的几十倍;CpCP受乙烯处理诱导,受1-MCP处理抑制,表达模式与番木瓜果实成熟衰老进程一致,说明CpCP参与了番木瓜果实成熟衰老进程。 相似文献
10.
采用RT-PCR和RACE技术,从刺梨（Rosa roxburghii Tratt）果实中扩增出GDP-L–半乳糖磷酸酶（GDP-L-galactose pyrophosphatase,GGP）基因的全长cDNA序列,并分析其在不同组织和果实不同发育阶段的表达特点及其与AsA积累的关系。结果表明：刺梨GGP基因cDNA（RrGGP,GenBank 登录号：HM998753）包含1个长度为1 341 bp的开放阅读框（ORF）,编码445个氨基酸;其氨基酸序列与苹果、猕猴桃等的相似性均在80%以上。RT-PCR分析表明,该基因在刺梨不同器官中的表达差异明显：在果实中的表达量最强,叶中次之,而花和茎中只能检测到极微弱的表达。在果实不同发育时期都能检测到RrGGP的表达,在发育初期（花后50 d内）表达较弱,花后60 ~ 100 d呈高水平表达,而后随着果实成熟而下调。刺梨中RrGGP的表达特点与AsA积累高度一致,意味着该基因可能是果实发育过程中AsA合成的关键基因。 相似文献
11.
采用RT-PCR方法从‘凤丹’牡丹（Paeonia ostii‘Fengdan’）种子中克隆得到1个与ABA信号途径相关的转录因子基因PobZIP1,并利用超高效液相色谱—串联质谱（UPLC–MS/MS）的方法测定了不同发育时期种子的ABA含量。PobZIP1 cDNA全长957 bp,编码318个氨基酸,其编码的蛋白C末端含有bZIP转录因子的典型结构域,GenBank登录号为KJ009392。PobZIP1蛋白与拟南芥bZIP转录因子聚类分析显示,PobZIP1转录因子属于拟南芥bZIP转录因子的A亚族,与AtbZIP39/ABI5聚在一起。与其他物种bZIP蛋白的系统进化分析表明,牡丹PobZIP1与蔷薇科的苹果bZIP亲缘关系最近。SqRT-PCR结果表明：PobZIP1在‘凤丹’牡丹根、茎、叶和花芽中均有表达,其中花芽中的表达量最低,根、茎、叶中的表达量相近。在种子发育过程中,PobZIP1的表达呈现出先增加后降低的趋势。ABA含量测定结果显示,随着种子的发育ABA含量迅速上升,达到最大值后缓慢下降并保持在较高水平。推测种子发育后期,较高含量的ABA和表达相对较高的PobZIP1可能是诱导种子休眠形成的原因。 相似文献
12.
龙眼TIR1和ABP1基因的克隆及其在体胚发生过程中的表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
AIM: To investigate the expression and the role of histone deacetylase 8 (HDAC8) in cardiac hypertrophy and the effects of valproic acid sodium (VPA, a histone deacetylase inhibitor) on the expression of HDAC8 and cardiac hypertrophy in two-kidney two-clip (2K2C) renovascular hypertensive rats. METHODS: Male SD rats were randomly divided into sham operation group, 2K2C group, high dose VPA (400 mg穔g-1穌-1) treatment group, low dose VPA (200 mg穔g-1穌-1) treatment group and candesartan (10 mg穔g-1穌-1) treatment group.Four weeks after surgery,the rats were intraperitoneally injected with VPA for 4 weeks. Sham operation and 2K2C rats were given vehicle for 4 weeks. All animals were sacrificed 8 weeks after surgery. The ratio of left ventricular weight to body weight (LVW/BW) was calculated and pathological changes of the myocardium were observed with HE staining. The mRNA expression of atrial natriuretic factor (ANF) and HDAC8 was examined by RT-PCR. The protein level of HDAC8 was also measured by Western blotting analysis. RESULTS: Compared with the control rats, the mRNA and protein expression of HDAC8 significantly increased in the myocardium in 2K2C rats while the mRNA and protein expression of HDAC8 was significantly decreased by VPA treatment in 2K2C rats. The mass index (as measured by LVW/BW) and cardiomyocyte cross areas were markedly increased and myocardial fibers were disordered in 2K2C rats, but these parameters were markedly reversed after treated with VPA for 4 weeks, indicating that VPA attenuated cardiac hypertrophy. Moreover, VPA also decreased the mRNA expression of ANF. CONCLUSION: HDAC8 may play an important role in cardiac hypertrophy in 2K2C renovascular hypertensive rats. VPA inhibits the expression of HDAC8 and prevents the development of cardiac hypertrophy. 相似文献
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AIM: To study the expression of nucleostemin (NS) gene in human breast tumor tissues and the relations of NS gene expression level with histological grades,histological types and TNM stages of the tumor.METHODS: Total RNA was isolated from human breast tumor tissue.The methods of electrophoresis and RT-PCR were used in measuring NS gene expression level,and the relations of NS gene expression level with histological grades,histological types and TNM stages of the tumor were analyzed.RESULTS: The results indicated that there was no NS gene expression detected in normal breast tissues,and NS gene expression in malignant breast tumor tissues (P<0.01) was higher than that in the benign breast tumor tissues.The higher histological grades of the breast cancer showed the stronger NS gene expression (P<0.01),the higher TNM stages of the breast cancer showed the stronger NS gene expression (P<0.01),and the level of NS gene expression had not correlation with the histological types (P>0.05).CONCLUSION: It is suggested that there is no relation of NS gene expression level with histological types of the breast cancer,but there is a marked correlation of NS gene expression level with the histological grades and TNM stages. 相似文献
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草莓果实发育过程中糖代谢相关基因的表达分析 总被引：3，自引：0，他引：3
为了分析草莓（Fragaria × ananassa Duch.）果实发育过程中可溶性糖积累与相关基因表达量的关系,以‘杜克拉’草莓7个发育时期的果实为试材,利用实时荧光定量RT-PCR的方法,分析果实发育中蔗糖转运蛋白及糖代谢关键酶（酸性转化酶、蔗糖合成酶和蔗糖磷酸合成酶）4个基因的表达量以及可溶性糖含量的变化趋势。结果表明,蔗糖、葡萄糖和果糖含量随着果实发育都呈逐渐增加的趋势,尤其蔗糖积累与果实成熟的关系较密切。随着果实发育,蔗糖磷酸合成酶基因表达量呈逐渐增加的趋势,尤其在果实发育的后期增加较快;蔗糖合成酶和酸性转化酶基因表达量除了白熟期和转色期外,呈逐渐降低的趋势;蔗糖转运蛋白基因表达量呈先升后降,降后又升的变化趋势,尤其在白熟期前急剧增加。结合可溶性糖和基因变化趋势分析表明,蔗糖转运蛋白和蔗糖磷酸合成酶在草莓果实发育过程中发挥着重要的作用。 相似文献
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根据GenBank 发表的丁香酚合成酶（EGS）基因的蛋白保守序列设计引物,利用RT-PCR结合RACE-PCR 技术,从古老月季（Rosa chinensis）品种‘月月粉’盛开期的花瓣中获得了1 个新的丁香酚合成酶基因RcEGS1,GenBank 登录号为JQ522949。该基因全长为1 171 bp,开放阅读框（ORF）951bp,编码317 个氨基酸;蛋白质理论分子量为35.64 kD,等电点为7.36。氨基酸同源性分析表明,RcEGS1与矮牵牛PhIGS1 的氨基酸同源性达到70%,与罗勒ObEGS1 的同源性为59%,与月季RhEGS1 的同源性仅为48.2%。运用实时荧光定量PCR 法分析RcEGS1 在不同组织部位和不同开放时期花瓣中的表达,发现其在叶片和茎段中没有表达,在花瓣和萼片中有表达,在盛开期的花瓣中表达量最高。 相似文献
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AIM: To investigate the expression of protein and mRNA of Smad4 in different developmental stages of the rat ovary. METHODS: Rat ovaries of different developmental stages were collected. The expression of Smad4 protein was detected and evaluated by immunohistochemistry and image analysis system. Smad4 mRNA was measured by semi-quantitative RT-PCR. RESULTS: Smad4 protein was expressed mainly in follicles. In the early stage, Smad4 protein was expressed mainly in primordial and preantral follicles. No significant difference was found among the granulosa cells, theca cells and stromal cells of antral and mature follicle after sexual maturity (P>0.05). The staining intensity of Smad4 in follicles changed in relation with their development. Its expression in oocytes of antral and mature follicles was significantly decreased, as compared to that of preantral follicles (P<0.05, P<0.01). And it was markedly higher in the theca cells of antral and mature follicle than that of preantral follicles (P<0.01). No significantly difference was found in the granulosa cells of different developmental stages (P>0.05). The RT-PCR demonstrated that Smad4 mRNA was expressed in all developmental stages of the rat ovary, and from the 3rd week on, the expression of Smad4 mRNA was significant higher than that of the 1 day postnatal. CONCLUSION: The expression of protein and mRNA of Smad4 in the rat ovary indicate that TGF-βs may regulate the folliculogenesis by Smad signal transduction model. 相似文献
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以短枝型富士苹果‘龙富短枝’（Malus × domestica Borkh.‘Longfu Duanzhi’）枝条为试材,
采用RT-PCR 结合RACE 技术,克隆获得苹果赤霉素受体基因MdGID1a,GenBank 基因数据库的登录号
为JF516247。该基因编码区共1 035 bp,推测其编码345 个氨基酸。氨基酸序列分析显示,其具有HSL
基因家族的保守氨基酸结构域HGG 和GXSXG,与其它植物赤霉素受体基因具有较高的同源性。其启动
子序列包含植物激素和光等响应元件。实时定量qRT-PCR 分析表明,MdGID1a 在短枝型‘龙富短枝’和
普通型‘长富2 号’枝条不同生长阶段、在叶片、枝条、果实、花和叶芽中的表达水平存在明显差异。
苹果赤霉素受体基因MdGID1a 在短枝型苹果枝条伸长过程中具有一定的调控作用。 相似文献
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利用RT-PCR技术从茶树‘龙井43’cDNA中克隆得到1个编码茶树脱氢抗坏血酸还原酶基因CsDHAR，该基因全长639 bp，编码212个氨基酸，属于谷胱甘肽转移酶（GST）超级家族成员，具较高保守性。系统进化分析结果表明CsDHAR蛋白与拟南芥DHAR1、DHAR2进化关系近，在不同物种间，与毛果杨、胡杨等植物亲缘关系较近；理化性质分析表明CsDHAR属于亲水性蛋白；结构分析表明CsDHAR蛋白具典型功能结构域，三级结构主要由α–螺旋和不规则卷曲构成。荧光定量PCR分析显示，CsDHAR在茶树叶片不同发育阶段表达量差异不显著；对‘龙井43’与‘安吉白茶’中CsDHAR进行荧光定量PCR分析，‘龙井43’在低温、高温处理4 h表达量最高、干旱和高盐处理24 h表达量最高；‘安吉白茶’在高温、高盐处理4 h表达量最高，干旱处理2 h表达量最高。不同逆境胁迫下CsDHAR均被诱导表达，表明该基因参与茶树响应逆境胁迫调节过程。 相似文献
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从■(Prunus salicina Lindl.var.cordataJ.Y.Zhang et al.)成熟叶片均一化全长cDNA文库中新分离得到了1个PPO基因,命名为PsPPO2,基因登录号为JF681036.1。经NCBI-BLAST分析,其核苷酸序列与蔷薇科果树中的河北鸭梨和富士苹果果实的PPO基因具有很高的同源性,分别为81%和80%;与作者先前分离克隆的PsPPO1和PsPPO3基因同源性分别为55%和56%,说明此克隆是PPO基因家族的新成员。通过RT-PCR分析,PsPPO1、PsPPO2和PsPPO这3个基因在■不同生长发育时期和果实受损伤后的表达模式。在叶片发育过程中,PsPPO2表达量都很高;PsPPO1在嫩芽和幼叶中表达;PsPPO3只在嫩芽中表达;在果实发育的不同时期,PsPPO2和PsPPO3在早期表达,随着果实成熟表达量下降,PsPPO1在褐变果中表达量较高。受机械损伤后,PsPPO1受诱导,而PsPPO2和PsPPO3不受诱导。 相似文献
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银杏类黄酮糖基转移酶基因全长序列克隆及表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以银杏（Ginkgo biloba L.）雄株叶片为试材,采用同源基因克隆及RACE-PCR方法,克隆到了类黄酮糖基转移酶（UDP-glycose：flavonoid glycosyltransferase,UFGT）基因GbUFGT的全长cDNA序列,其在GenBank中的注册号为JN640564.2。该基因编码区长1 491 bp,编码496个氨基酸。GbUFGT蛋白具有保守的PSPG基序、UDP–葡萄糖基转移酶和UDP–葡萄糖醛酸基转移酶结构域,与其他植物中的UFGT蛋白同源性较高。GbUFGT基因组序列与其cDNA序列相同,无内含子。半定量RT-PCR结果表明,GbUFGT在整个银杏叶片发育期均可较高水平的表达,且不同发育期表达水平无明显变化,属非发育时期特异性基因。 相似文献