2种类型的烟草扭脉病毒外壳蛋白基因的序列和结构分析     

张振甲  王德亚  于成明  王增辉  师科荣  李凡  原雪峰 《植物病理学报》2016,46(2):241-246

 烟草丛顶病主要由烟草丛顶病毒(Tobacco bushy top virus ,TBTV)和烟草扭脉病毒(Tobacco vein distorting virus ,TVDV)复合侵染引起。其中,TVDV的CP蛋白可分别包装TBTV和TVDV形成病毒粒子;但也存在TVDV单独侵染不携带TBTV的病样。本文利用RT-PCR对自然状态下携带TBTV的TVDV(采自云南弥渡)和不携带TBTV的TVDV (采自云南保山)的cp基因进行序列克隆,发现TVDV弥渡分离物的cp基因为618个核苷酸,而TVDV保山分离物的cp基因为621个核苷酸,二者的核苷酸序列一致性为90.02 %,氨基酸序列一致性为89.81 %;而长度相同的TVDV cp基因序列一致性为98.5 % ~ 100 %。表明这2个cp基因属于2种不同类型。系统发育树分析也表明这2个cp基因属于进化距离较远的2个群。利用SWISS-MODEL进行同源建模,发现2种类型的TVDV CP蛋白的主要空间结构域基本一致,存在细小的结构域及结构域之间无规则卷曲角度的差异,整体空间结构没有发生明显改变。推断TVDV保山分离物CP蛋白中关键氨基酸的序列突变是导致CP无法包装TBTV,从而在病害传播过程中丢失TBTV的主要因素。  相似文献   

甘薯褪绿斑病毒外壳蛋白的分子变异及其特异抗血清制备     

乔奇  秦艳红  张德胜  田雨婷  王爽  王永江  张振臣 《植物病理学报》2014,44(6):634-640

 甘薯褪绿斑病毒(Sweet potato chlorotic fleck virus,SPCFV)是侵染甘薯的主要病毒之一。本研究利用RT-PCR方法克隆了SPCFV中国4个分离物的外壳蛋白(CP)基因。序列分析表明,cp基因全长900 bp,编码299个氨基酸残基。4个分离物cp基因的核苷酸序列一致性为78.3%～89.9%,推导的氨基酸序列一致性为91.3%～95.7%,存在较大的分子变异。不同分离物CP氨基酸序列N末端的第3-32位氨基酸为多变区。将四川分离物的cp基因克隆到原核表达载体pET-28a(+)上,SDS-PAGE分析表明,经IPTG诱导,cp基因在大肠杆菌BL21(DE3)中得到了高效表达。以表达的蛋白为抗原免疫家兔,制备了SPCFV CP的特异性抗血清。ACP-ELISA检测结果表明,制备的抗血清效价达1∶128 000,可用于田间甘薯样品的检测。  相似文献   

侵染百合的黄瓜花叶病毒亚组Ⅱ分离物cp基因克隆和序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

赵丹  孔宝华  李凡  蔡红  王连春  陈海如 《植物病理学报》2007,37(5):456-460

 从云南大理的东方型百合上得到黄瓜花叶病毒分离物(CMV-DL), ELISA检测初步确定为CMV亚组Ⅱ分离物, 设计并合成CMV亚组Ⅱ的特异引物, RT-PCR扩增得到1条约800 nt的特异片段, 经克隆及序列测定, 该片段长828 nt, 包含的外壳蛋白(CP)基因由657 nt组成。将该分离物的cp基因与其它14个CMV分离物进行同源性比较, 在核苷酸水平上与CMV亚组I和亚组Ⅱ的同源性分别为76.8%~78.1%和98.6%~99.2%;在氨基酸水平上与CMV亚组I和亚组Ⅱ的同源性分别为82.0%~84.3%和95.9%~100.0%。结果表明CMV-DL为CMV亚组Ⅱ成员。  相似文献   

小麦黄色花叶病毒不同分离物外壳蛋白(CP)基因序列的比较分析     

韩成贵  李大伟  于嘉林 《植物病理学报》1999,29(3):216-220

 核苷酸序列分析结果表明,小麦黄色花叶病毒(W YMV)不同分离物的外壳蛋白基因存在一定的差异。邓州分离物CP基因在其31~33nt处均缺失了3个核苷酸,其余分离物与潢川分离物及日本分离物长度一致,均为882nt。不同分离物CP基因核苷酸序列同源性为97.3%~98.9%,由此推导的氨基酸序列同源性为97.6%~99.3%,外壳蛋白N末端的110个氨基酸和C末端的55个氨基酸在各个分离物间是高度保守的。潢川分离物有5个氨基酸与其它5个分离物明显不同。WYMV不同分离物外壳蛋白序列分析结果进一步确认了WYMV与WSSMV为Bymovirus属的2种不同病毒。  相似文献   

来源于桃和苹果的苹果褪绿叶斑病毒的部分分子生物学特性和cp基因的原核表达   总被引：1，自引：0，他引：1  

郑银英  王国平  洪霓  宋艳苏  游红 《植物病理学报》2007,37(4):356-361

 从桃和苹果上分离得到苹果褪绿叶斑病毒ACLSV-HBP和ACLSV-C2个分离物,采用RT-PCR法进行扩增,所获扩增片段经序列测定,其全长分别为1768nt(ACLSV-HBP)和1751nt(ACLSV-C)。这2个分离物扩增片段全长的同源性为83%,mp基因片段核苷酸和推导编码氨基酸序列同源性分别为82.6%和87.1%;cp基因均由582nt组成,其核苷酸和推导编码氨基酸序列同源性分别为87.8%和95.9%。将2个分离物的cp基因与已报道ACLSV分离物进行序列同源性比较,结果显示ACLSV-HBP与SX/2的cp基因核苷酸序列及推导编码氨基酸序列同源性最高,分别为94.0%和96.4%。将ACLSV-HBP分离物的cp基因克隆到原核表达载体pGEX-KG,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,SDS-PAGE分析表明,融合蛋白大小约为46kDa。Western-blot分析表明,该基因在大肠杆菌内得到高效表达,融合蛋白具有抗原性。  相似文献   

我国灰比诺葡萄病毒分离物检测及基因序列分析     

范旭东  张尊平  任芳  胡国君  李正男  董雅凤 《植物病理学报》2018,48(4):466-473

 灰比诺葡萄病毒(Grapevine Pinot gris virus, GPGV)是国内新近报道的葡萄病毒,能引起葡萄叶片褪绿斑驳、皱缩及变形等症状,严重影响葡萄长势。为明确我国GPGV的发生及基因序列变异情况,本研究采用RT-PCR方法对采自我国15个省(市)自治区的195个葡萄样品进行检测,其中55个葡萄样品检测出GPGV。对49个GPGV阳性分离物的外壳蛋白(coat protein, cp)和运动蛋白(movement protein, mp)基因进行克隆、测序, 序列分析结果显示:来源于国内外的GPGV分离物cp基因和mp基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为85.30%~100%和95.00%~100%、85.73%~99.87%和95.58%~100%。基于cp和mp基因序列构建的进化树,将GPGV分离物划分为3个明显的组群。其中,大部分GPGV分离物被划分在组群1内,其它中国GPGV分离物形成2个新的组群2和3。本研究是关于中国GPGV分离物基因序列变异的初次报道,可为进一步开展GPGV分子检测的技术研发及不同变种的致病性研究提供依据。  相似文献   

西瓜花叶病毒2号新疆昌吉分离物外壳蛋白基因核苷酸序列分析   总被引：6，自引：1，他引：5  

刘卫荣  向本春 《植物病理学报》2008,38(6):576-581

 利用RT-PCR从新疆昌吉地区表现花叶、疱斑、扭曲等症状的南瓜病株上检测到西瓜花叶病毒2号新疆昌吉分离物(简称WMV-2-XJ-CJ),并测定了该分离物外壳蛋白(CP)基因序列。序列分析表明,新疆昌吉分离物CP基因全长850个核苷酸,编码197个氨基酸。与国内外报道的12个WMV-2CP基因相比,其核苷酸序列同源性为92.6%~98.3%,由此推导的氨基酸序列同源性为94.7%~99.3%。新疆昌吉分离物在CP N'端可变区明显不同于国内外报道的核苷酸序列。WMV-2新疆昌吉分离物与日本和郑州分离物较其它国家和地区的分离物多出6个核苷酸,但其核苷酸及其推导的氨基酸序列差异较大。新疆昌吉分离物外壳蛋白有2个氨基酸残基明显不同于其它分离物,其中蚜传株系的特征结构域DAG突变为DAE。  相似文献   

一种侵染滇重楼的Potexvirus病毒分离物分子鉴定及其3'末端序列分析     

董家红  丁铭  方琦  罗延青  张仲凯  李展  杨斌  李晓明 《植物病理学报》2007,37(3):237-241

 从云南武定的滇重楼上得到一个病毒分离物Paris-YN,病毒粒体为弯曲线状。利用RT-PCR扩增获得一条1074bp的片段,序列比较分析发现其与马铃薯X病毒属(Potexvirus)病毒3'末端的结构最为相似,且与属内的白三叶草花叶病毒等20个不同分离物3'末端有36.7%~58.9%的同源性;该病毒cp基因长639个核苷酸,编码212个氨基酸(22.8kDa),与20个Potexvirus病毒分离物的CP氨基酸序列比较发现,Paris-YN与白三叶草花叶病毒的CP氨基酸同源性最高(60.1%)。证据表明,该分离物可能为Potexvirus的新成员,暂命名为重楼X病毒(Paris polyphylla virus X)。  相似文献   

辽中地区西瓜花叶病病原的分子鉴定   总被引：21，自引：1，他引：20  

陈红运  赵文军  程毅  李明福  朱水芳 《植物病理学报》2006,36(4):306-309

 利用ELISA和RT-PCR方法对采自我国辽中地区的西瓜花叶病样品进行检测,表明其病原为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)。将此分离物(CGMMV-Wcn)的外壳蛋白基因克隆后进行序列分析,结果表明其cp基因由486个碱基组成,编码161个氨基酸,与已报道的其它分离物一致;CGMMV-Wcn所致症状与西瓜株系(CGMMV-W)相同,且二者cp基因的氨基酸序列完全一致,因此该分离物应为CGMMV-W。  相似文献   

番木瓜环斑病毒南瓜分离物外壳蛋白基因的克隆及序列分析          下载免费PDF全文

杨国慧  张仲凯  崔崇士 《植物保护学报》2007,34(3):273-276

利用电镜和酶联免疫法在云南省采集到的5份南瓜病样中检测到番木瓜环斑病毒(Papayaring spot virus,PRSV)。为了进一步从分子水平确定云南省南瓜病毒病原种类,并为下一步转基因育种提供抗性基因,采用反转录PCR(RT-PCR)方法扩增了5个分离物的外壳蛋白(coat protein,CP)基因片段,并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明,番木瓜环斑病毒石屏分离物(PRSV-SP)和番木瓜环斑病毒蒙自分离物(PRSV-MZ)的CP基因长873nt,编码290个氨基酸,番木瓜环斑病毒峨山分离物(PRSV-ES)、番木瓜环斑病毒版纳分离物(PRSV-BN)和番木瓜环斑病毒宾川分离物(PRSV-BC),3个分离物CP基因长867nt,编码288个氨基酸。PRSV5个分离物核苷酸序列的同源性在94%以上,氨基酸序列的同源性在96%以上。与国内外17个分离物相比,核苷酸序列同源性为89.6%~98.7%,氨基酸序列同源性为86.5%~99.6%。其中PRSV-SP和来自于越南分离物PRSV-V47无论是核苷酸序列,还是氨基酸序列同源性都达到了最高,而5个分离物与来自于巴西(PRSV-BR)、美国(PRSV-USA)、墨西哥(PRSV-Y)核苷酸序列同源性均低于90%。  相似文献   

侵染云南花魔芋的马铃薯Y病毒属病毒分离物的检测及分子鉴定     

罗延青  丁铭  方琦  董家红  王玲  李永军  张仲凯 《植物病理学报》2009,39(1):88-90

 YN80 was isolated from Amorphophallus rivieri Durieu showing mosaic and crinkle symptoms in Songming, Yunnan province. Flexuous filamentous particles were found in diseased leave sap and pinwheel inclusion bodies were found in the leave tissue. YN80 had positive reaction to universal antibody of Potyvirus by DAS-ELISA. 3'-terminal sequence of YN80 was cloned and sequenced. cp gene of YN80 consisted of 987 nt, encoded 328 aa (36.1 kDa). Sequence analysis showed that YN80 shared the highest identity (97.0%)with CP amino acid sequence of Dasheen mosaic virus (DsMV). These data indicated that YN80 was an isolate of DsMV. This is the first molecular identification of A. rivieri Durieu isolate of DsMV in China.  相似文献   

侵染白附子的芋花叶病毒分子变异研究     

秦艳红  高素霞  刘玉霞  文艺  杨瑾  李雪梦  王凤丽  戚文平  康宇静  王飞  鲁传涛 《植物病理学报》2022,52(6):881-890

为明确侵染白附子的芋花叶病毒(dasheen mosaic virus, DsMV)的分子变异情况,对51个DsMV白附子分离物(DsMV-BF)的外壳蛋白(Coat Protein,CP)基因和3个分离物的近全长基因组序列进行了克隆和测定,DsMV-BF的CP基因大小有855个和942个核苷酸两种类型,51个白附子分离物之间CP基因的核苷酸和氨基酸一致率分别为88.3%～100%和91.9%～100%,BF8、BF30和BF38分离物之间多聚蛋白的核苷酸和氨基酸序列一致率分别为82.9%～95.9%和90.7%～95.9%,与GenBank中其他分离物之间多聚蛋白的核苷酸和氨基酸序列一致率分别为76.9%～99.4%和85.6%～99.0%;P1基因的分子变异较大,P1基因大小有987个和990个核苷酸两种类型;CP基因核苷酸序列系统进化树分析结果表明,侵染白附子的DsMV分离物可分为两个亚组;重组分析结果表明BF8和BF30分离物各检测到1个重组事件,BF38检测到2个重组事件。  相似文献   

侵染云南鸡蛋果的病毒种类鉴定及CMV cp 基因序列分析     

柳勤海  兰平秀  吕霞  李凡  谭冠林 《植物病理学报》2022,52(6):1021-1024

Viral diseased Passiflora edulis samples showing mosaic, shrinking, chlorosis, and malformation were collected from Yuxi, Wenshan, Dehong, and Xishuangbanna in Yunnan Province. Forty diseased samples were detected by RT-PCR/PCR using degenerate primers of members in genera of Umbravirus, Tobamovirus, Luteovirus, Orthotospovirus, Begomovirus, Badnavirus, Potyvirus and specific primers of cucumber mosaic virus (CMV). Results showed that CMV, telosma mosaic virus (TeMV) and papaya leaf curl Guangdong virus (PaLCuGdV) were detected in the diseased P. edulis samples. CMV showed the highest detection rate of 27.5 %, while TeMV and PaLCuGdV had the rates of 20.0% and 7.5% respectively among the P. edulis samples. Mixed infections of PaLCuGdV+CMV, PaLCuGdV+TeMV and CMV+TeMV were also found in these samples. The 657 nucleotide (nt) CMV full-length coat protein (CP) gene was cloned and sequenced from two diseased samples in Yuxi (YYXi-JDG, Acc. No. MW495062) and Xishuangbanna (YXSBN-JDG, Acc. No. MW495063), respectively. These two CMV isolates shared 97.3% identity of nt sequence with each other, while had 76.9%-97.7% and 77.0%-98.2% nt identity with other CMV isolates, respectively. Phylogenetic tree showed that the two CMV isolates from P. edulis belonged to CMV subgroup Ⅰ, and no obvious geographic differentiation and host specificity relationship was found among the selected 33 CMV isolates worldwide.  相似文献   

花生斑驳病毒青岛分离物cp基因序列克隆与分析     

刘媛媛  侯珊珊  常文程  阴筱  贾金磊  李向东  迟玉成 《植物病理学报》2010,40(6):647-650

 Peanut mottle virus(PeMoV) was detected via RT-PCR from two peanut samples(QD5 and QD6) with mottle symptom collected from Qingdao, Shandong Province.The 3'-terminal 892 bp fragments of their genome were cloned and sequenced.The cp genes of QD5 and QD6 were 837 bp in length and encoded 278 amino acids(aa), with DAA at aa sites regulating aphid transmission.QD5 and QD6 shared nucleotide identities of 95.3%-99.4% and aa identities of 93.5%-99.6% in cp genes with other PeMoV isolates available in the GenBank.The phylogenetic results showed that PeMoV were clustered to three groups, America, Asia and Australia, which were consistent with their geographical origins.This is the first molecular evidence on the incidence of PeMoV in China.  相似文献   

引起玉米粗缩病的水稻黑条矮缩病毒山东分离物的分子特性     

陈佳  朱芹芹  袁从阳  孙作文  李向东  周涛  范在丰 《植物病理学报》2008,38(5):540-543

 Four isolates of Rice black-streaked dwarf virus (RBSDV) were collected from the maize plants showing rough dwarf symptom in Linyi and Tai'an,Shandong province.The S10 genomic sequences of these isolates were determined and compared with those of 14 other RBSDV isolates.All of the four sequences were 1 801 base pairs (bp) long including the 5'-UTR of 21 bp and the 3'-UTR of 103 bp.They all contained an open reading frame of 1 677 bp (22-1698),encoding the coat protein (CP) of 558 amino acids.The sequences of these four RBSDV isolates and those of the major cp gene of 14 other isolates available in the GenBank were divided into two groups in the phylogenetic tree.Recombination analysis indicated that the isolate Lym2 was likely a recombinant of isolates Lym1 and Zhjs.  相似文献   

进境荷兰百合中车前草花叶病毒的分子鉴定及序列分析     

李鑫  陈雅诗  朱连  张寅寅  黑多尔  廖富荣 《植物病理学报》2017,47(2):197-202

对一株进境隔离种植中疑似病毒症状的荷兰百合进行检测、鉴定。采用RT-PCR方法对疑似样品的部分基因序列进行扩增、测序,比对后,建立系统发育树进行亲缘关系分析。结果表明,采用香石竹潜隐病毒属和马铃薯X病毒属(CarlapCar1I/M4T和Potex 5/Potex 1RC)简并引物均可扩增到预期大小的片段(1 257 nts和737 nts)。序列分析显示,扩增片段与车前草花叶病毒(Plantago asiatica mosaic virus,Pl AMV)3'端序列(包含TGBp2、TGBp1、CP,3’-NTS)和部分依赖于RNA的RNA聚合酶基因序列一致性可达79.9%~99.5%和80.5%~99.3%。利用PlAMV的特异性引物(PlAMV-cpup/PlAMV-cpdw)进行检测,结果进一步证实该百合样品含有PlAMV。通过建立系统发育树得出,该病毒分离物与来自荷兰的PlAMV百合分离物优先聚为一簇,表明二者的亲缘关系最近。这是我国口岸首次截获车前草花叶病毒的报道。  相似文献