枫香ISSR-PCR扩增条件的优化   总被引：2，自引：1，他引：1  

毕泉鑫  金则新  曾志成  叶文国  李建辉 《福建林业科技》2008,35(1):85-89

对浙江省天台山枫香自然种群的DNA进行提取和ISSR-PCR扩增条件的优化。分析了Mg2+浓度、4×dNTP浓度、BSA浓度、模板DNA用量、引物用量、Taq DNA聚合酶用量等对反应结果的影响。建立了适用于枫香ISSR分析最适宜的反应体系:10μl PCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol.L-1Tris-HCl,pH值9.0,50 mmol.L-1KCl,0.1%TritonX-100),2.0 mmol.L-1Mg2+,0.15 mmol.L-14×dNTP,2 mg.mL-1BSA,10 ng模板DNA,6 pmol引物,0.9 U TaqDNA聚合酶,引物UBC808的最适退火温度为52.4℃。用此反应体系对天台山枫香自然种群进行了遗传多样性分析,结果显示其多态位点百分率为84.26%,Nei指数为0.2665,Shannon信息指数为0.4044,其遗传多样性处于较高水平。  相似文献   

短柄ISSR-PCR反应体系的优化   总被引：1，自引：0，他引：1  

丁丽亚  金则新  李钧敏 《福建林业科技》2006,33(1):45-47

以短柄(Quercus glanduliferavar.brevipetiolata)的DNA为材料,对影响PCR扩增效果的一些因素诸如模板DNA用量、Taq酶的用量、镁离子浓度、dNTP的浓度、引物用量和牛血清白蛋白浓度等指标进行筛选和优化。结果显示适合短柄ISSR-PCR分析最适宜的PCR反应条件为:10μL PCR反应体积中,1×Taq酶配套缓冲液(10 mmol.L-1Tris-HCl,pH9.0,50 mmol.L-1KCl,0.1%Triton X-100),0.75UTaq DNA聚合酶,2 mmol.L-1MgCl2,0.2 mmol.L-14×dNTP,12 pmol引物,10 ng模板DNA,2 mg.mL-1牛血清白蛋白。短柄ISSR扩增较适宜的退火温度为54.4℃。  相似文献   

台湾水青冈ISSR-PCR体系的优化     

宋文静  金则新  李钧敏  李建辉 《福建林业科技》2009,36(2)

分析了ISSR-PCR体系中Mg2+、dNTP和BSA浓度,以及模板DNA、引物和TaqDNA聚合酶用量等6个因素对反应结果的影响,建立了适合于台湾水青冈ISSR-PCR扩增的反应体系:10μL PCR反应液中,含10 ng DNA,1.5 mmol.L-1Mg2+,0.125 mmol.L-14×dNTP,1×TaqDNA聚合酶配套缓冲液(10 mmol.L-1Tris-HCl,pH值9.0,50 mmol.L-1KCl,0.1%Triton X-100),0.6 UTaqDNA聚合酶,2 mg.mL-1BSA和3pmol引物。应用优化的ISSR-PCR体系从100个ISSR引物中筛选出12个稳定性好,重复性高的引物,对22株台湾水青冈个体的DNA进行扩增,结果表明优化的ISSR-PCR体系完全适合于台湾水青冈的ISSR分析。  相似文献   

龙眼SRAP-PCR反应体系的优化   总被引：1，自引：0，他引：1  

姜帆  高慧颖  陈秀萍  郑少泉 《福建林业科技》2007,34(4):20-23,45

为建立龙眼的SRAP-PCR体系,对影响SRAP-PCR的退火温度、引物浓度、dNTP、模板DNA、Mg2+等因素进行优化。确定优化的龙眼SRAP-PCR反应体系为:10×buffer(Mg free)2.5μl,dNTP mixture(10 mmol.L-1)2.0μl,primer(10μmol.L-1)(0.7+0.7)μl,Mg2+(25 mmol.L-1)1.0μl,模板DNA 40 ng,Taq DNA聚合酶1.5 U,以双蒸水补足至25μl。退火温度51℃。利用该优化的体系对来自中国、泰国、印度尼西亚的16份龙眼种质进行SRAP扩增,电泳显示获得了清晰、稳定的扩增结果。  相似文献   

光皮树无性系ISSR-PCR反应体系的建立   总被引：1，自引：0，他引：1  

李昌珠  李培旺  张良波  刘汝宽  肖志红  李力 《经济林研究》2009,27(2):6-9,70

以光皮树基因组DNA为材料,采用单因素实验,测试了退火温度、模板用量、dNTP浓度、Taq酶用量、Primer浓度、Buffer用量和Mg2+浓度等因素对ISSR-PCR的影响.优化的反应体系和条件:总体系为25 μL,引物0.2 μmol/L,模板20 ng、Mg2+2.5 mmol/L、Taq酶0.5 U、dNTP为0.1 mmol/L和Buffer为2.5 μL.扩增程序:94 C预变性5 min,1个循环;94 C变性50s,52 C退火1 min,72 C延伸1.5 min,40个循环;72C后延伸10min,1个循环.该体系的建立为今后利用ISSR进一步研究光皮树遗传连锁图谱构建、遗传多样性、种质资源鉴定与和基因定位奠定了技术基础.  相似文献   

刚竹ISSR反应体系的正交优化   总被引：1，自引：0，他引：1  

孙志娟  项艳  汪结明  沈周高 《竹子研究汇刊》2007,26(4):17-21

采用正交设计的方法,对刚竹ISSR-PCR反应体系中的5因素(Taq酶、Mg2 、dNTP、模板DNA和引物)4个水平进行优化筛选,建立了刚竹ISSR-PCR反应的最佳体系,即20μL反应体系中含有1×buffer、Taq酶1.5 U、Mg2 2.5 mmol.L-1、模板DNA 80 ng、dNTP 0.15 mmol.L-1、引物0.4μmol.L-1;通过梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度。  相似文献   

光皮树ISSR-PCR扩增条件和反应体系优化     

李培旺  李昌珠  饶力群  张良波  肖志红 《湖南林业科技》2008,35(4)

以光皮树基因组DNA为材料，采用单因素实验，测试了退火温度、模板用量、dNTP浓度、Taq酶用量、Primer浓度、Buffer用量和Mg^2＋浓度等因素对ISSR-PCR的影响。优化的反应体系和条件：总体系为25μL，引物0．2μmol／L、模板20ng、Mg^2＋ 2．5mmol／L、Taq酶0．5U、dNTP为0.1mmol／L和Buffer为2.5μL。扩增程序：94℃预变性5min，1个循环；94℃变性50s，52℃退火1min，72℃延伸1．5min，40个循环；72℃后延伸10min，1个循环。该体系的建立为今后利用ISSR进一步研究光皮树遗传连锁图谱构建、遗传多样性、种质资源鉴定和基因定位奠定了技术基础。  相似文献   

南酸枣ISSR-PCR反应体系的建立及优化     

叶金山  李万和  龚斌  杨春霞 《江西林业科技》2015,(2)

以南酸枣叶片基因组DNA为模板,采用单因子实验方法对影响ISSR反应体系的dNTP、Mg2+、引物浓度、模板DNA、Taq酶等5个因子进行优化,结果表明,在20 L ISSR反应体系中,各反应物的最适含量为：2.5 mmol/L Mg2+、0.2 mmol/L dNTP、0.25～0.5 mol/L引物、20 ng DNA和0.5 U Taq聚合酶。利用该优化体系扩增85条ISSR引物,有65条有扩增产物,38条具有多态性,并且利用842引物扩增不同南酸枣DNA模板,扩增的目的条带清晰、多态性好、稳定性强,可以用于后期的南酸枣种质资源鉴定及遗传多样性研究。  相似文献   

油茶ISSR反应体系建立及优化     

温强  叶金山  雷小林  江梅  黄莉莉  江香梅  徐林初 《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2006,26(6):22-26

以改进的CTAB高盐法提取油茶嫩叶总DNA,进行简单重复序列间扩增(ISSR)分析,分别测试了退火温度、模板DNA浓度、M g2+浓度、dNTP s浓度、T aqDNA聚合酶用量和是否加入去离子甲酰胺对反应结果的影响.油茶ISSR分析的最适反应体系为:在20μL PCR反应体积中,含20 ng模板DNA,2.5 mm o l.L-1M gC l2,0.2 mm o l.L-1dNTP s,1UT aqDNA聚合酶,0.5pm o l.μL-1引物,1%去离子甲基酰胺.扩增程序为:94℃预变性2 m in;94℃变性30 s,52℃退火30 s,72℃延伸90 s,反应38个循环;最后在72℃延伸7 m in.  相似文献   

漾濞核桃RAPD反应优化体系的建立     

杨恩  陈少瑜  张雨  范志远  习学良 《福建林业科技》2005,32(4):25-28,48

以漾濞核桃中的大姚三台核桃为实验材料,通过对影响RAPD扩增结果的主要因子Tag酶、Mg+2、引物、模板DNA、dNTPs等不同的浓度和组合的试验研究,确定了漾濞核桃的最适反应体系和扩增程序,即在25μL反应体系中,0.75 u.L-1Taq DNA聚合酶,3.0 mmol.L-1Mg+2,0.3 mmol.L-1引物,含1.6 mg.L-1模板,2.5 ul 10×Buffer,dNTPs各0.2 mmol.L-1。扩增程序为:94℃预变性300 s,94℃变性40 s,36℃退火60 s,72℃链延伸120 s,45次循环后,72℃延伸600 s。  相似文献   

香果树RAPD扩增条件的优化及遗传多样性初步分析   总被引：11，自引：0，他引：11  

李钧敏  金则新 《福建林业科技》2004,31(2):36-40

对浙江省天台山自然香果树种群的DNA进行了提取和RAPD扩增条件的优化,分别测试了镁离子、dNTP、模板DNA含量、引物浓度、DNA聚合酶量和牛血清白蛋白浓度对反应结果的影响,通过各因子的组合研究,可知香果树RAPD分析较适宜的扩增条件为:15μLPCR反应体积,1×Taq酶配套缓冲液,1 8mmol·L-1MgCl2,2UTaq酶;10ng模板DNA;20pmol引物;dATP、dCTP、dGTP、dTTP各0 1mmol·L-1。以此适宜条件对12个引物进行扩增,共扩增出51个DNA片段,多态位点百分率为45 1%,种群内遗传多样性较低,进一步研究不同种群香果树的遗传多样性具有一定的意义。  相似文献   

樟树ISSR-PCR反应体系优化研究   总被引：3，自引：1，他引：3  

邢建宏  陈存及  张国防  彭东辉  刘宝  陈碧华 《福建林业科技》2006,33(3):96-100

以樟树基因组DNA为材料,分析了影响樟树ISSR-PCR的主要参数,确立了适用于樟树的ISSR反应体系和扩增条件。结果表明获得清晰、重复性高的樟树ISSR-PCR扩增条件为:20μL PCR反应体积中,1×PCR Buffer(10 mmol.L-1Tris.HCl,pH8.3,50 mmo.lL-1KCl),2.0 mmo.lL-1MgCl2,200μmol.L-1dNTPs,50 ng模板DNA,200 nmo.lL-1引物,0.5 UTaq DNA聚合酶。在扩增过程中,引物的适宜退火温度比其Tm值平均高3℃。这为今后利用ISSR标记技术开展樟树种间遗传多样性分析提供参考。  相似文献   

红锥ISSR—PCR扩增体系的优化     

刘海龙  董民利  杨开太  蒋华  覃子海 《广西林业科学》2011,40(4):288-291

对广西红锥种群的DNA进行提取和ISSR—PCR扩增体系进行优化。分析了退火温度、模板DNA浓度、Mg^2＋浓度、dNTPs浓度、TaqDNA聚合酶用量对反应结果的影响。红锥ISSR—PCR分析较适宜的扩增体系是：25μL PCR反应体积中，buffer（10mM Tris-HCl，pH9．0，50mM KCl，0．1...  相似文献   

油茶随机扩增多态DNA条件的研究   总被引：10，自引：0，他引：10  

张云  黄儒珠  刘大林  齐清琳  刘国敏  叶锋 《福建林业科技》2003,30(2):5-8,13

以改进的CTAB法提取油茶嫩叶总DNA,进行随机扩增多态DNA(RAPD)分析,分别测试了Mg2+浓度、引物浓度、dNTP浓度、模板DNA浓度和TaqDNA聚合酶用量对反应结果的影响,确定了油茶RAPD分析的最适反应体系:在25μlPCR反应体积中,含20ng模板DNA,2 5mmol·L-1MgCl2,0 2mmol·L-1dNTP,0 3μmol·L-1引物,1UTaqDNA聚合酶。扩增程序为:94℃预变性180s;94℃变性60s,37℃退火90s,72℃延伸120s,反应40个循环;最后在72℃延伸5min。  相似文献   

刨花润楠SRAP-PCR体系建立与优化     

周鹏  林玮  周祥斌  陈晓阳 《广东林业科技》2017,33(4):29-33

以刨花润楠(Machilus pauhoi)1.5 a生小苗幼嫩叶片为试材,对影响刨花润楠SRAP-PCR扩增的模板DNA量、引物、dNTP和Mg2+体积摩尔浓度、Taq DNA聚合酶、退火温度6个主要因素进行优化.结果表明,SRAP-PCR的最佳反应体系为:25μL的SRAP-PCR反应体系中,2.5μL 10×PCR buffer、模板DNA量60 ng、Mg2+2.0 mmol/L、dNTP 0.225 mmol/L、引物0.3μmol/L和Taq DNA聚合酶1.25 U.对优化的反应体系和扩增程序的验证结果表明,优化的刨花润楠SRAP-PCR反应体系和扩增程序是稳定可行的.  相似文献