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1.
《淡水渔业》2021,51(4)
为了评估金边鲤(Cyprinus carpio var.Jinbian)群体的遗传组成,制定合理的繁殖配组策略,本研究用24个QTL标记分析了金边鲤亲本群体的遗传结构及雌、雄个体间遗传距离。结果显示:在192尾样本中共检测到184个等位基因,群体平均等位基因数(N_o)、有效等位基因数(N_e)、观测杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)和多态信息含量(PIC)分别为7.667、3.941、0.590、0.707和0.670,表明群体处于高度多态水平(PIC≥0.5),具备进一步选育优良品种的遗传潜力。经Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验显示,金边鲤群体有10个位点显著或极显著偏离平衡,多数位点表现为杂合子缺失。在此基础上统计了金边鲤雌、雄个体间的遗传距离在0.1231～1.8563之间,遗传距离呈正态分布,且中间值位于0.7～0.9,占38.36%,结合聚类图将192个个体划分为3个繁殖组,组间呈现出显著的遗传分化,交叉配组能够有效避免近亲繁殖。研究结果为金边鲤选育、繁殖配组及持续利用提供参考。 相似文献
2.
黄河鲤全同胞家系的微卫星标记亲子鉴定 总被引：2，自引：1，他引：1
本研究利用11个高度多态的微卫星标记对26个黄河鲤(Cyprinus carpio haematoperus)全同胞家系中的417尾体重较大的正常体色个体(黄河鲤较大个体)和52尾红色个体(红鲤表型个体)进行了亲子鉴定。11个微卫星座位的平均等位基因数、平均观测杂合度(H_o)、平均期望杂合度(H_e)和平均多态信息含量(PIC)分别为8.2、0.792、0.792和0.76。当双亲未知且置信度为95%时,11个座位的累积排除概率达99.79%。除29尾黄河鲤较大个体以外,388尾黄河鲤较大个体和52尾红鲤表型个体准确地找到了其父母本,实际鉴定率为93.82%。通过对子代数目超过20尾的7个黄河鲤家系生长性状的比较分析,本研究成功鉴定出子代生长性状优良的黄河鲤亲本组合及其家系,同时也鉴定出包含隐性红色基因的黄河鲤杂合亲本,为进一步选育表型和体色纯正且生长快速的黄河鲤新品种提供了理论依据和技术手段。 相似文献
3.
微卫星QTL标记分析豫选黄河鲤群体遗传结构及生长性状相关性 总被引：1，自引：0，他引：1
用35个镜鲤微卫星QTL标记评估了豫选黄河鲤(Cyprinus carpio var.haematopterus)群体的遗传结构,并评估了不同基因型与生长性状(体重、体长、体高和体厚)的相关性,筛选了在群体中具有性状优势的基因型。35个微卫星标记在288个豫选黄河鲤个体中的扩增结果显示,各标记等位基因数为3~13,平均每个标记6.828 6个;平均有效等位基因数为4.520 8;平均观测杂合度为0.603 0;平均期望杂合度为0.701 9;平均多态信息含量为0.665 6,群体整体处于高度多态水平(PIC0.5)。利用SPSS19.0的GLM模型分析标记与性状的相关性,共17个微卫星标记与性状表现出不同程度的相关性,其中HLJ2456、HLJ2387和CA1677 3个标记与相应的性状相关性达极显著水平。用Duncan氏多重比较找到了每个微卫星标记具有生长性状优势的基因型,下一步可根据优势基因型指导豫选黄河鲤家系配组,开展基于QTL结果的分子聚合育种研究。 相似文献
4.
利用10个微卫星标记,对2代群体选育的建鲤(Cyprinus carpio var.Jian)和封闭水体的广西野生鲤鱼进行遗传多样性分析,共检测到53个等位基因,等位基因位点数在4~7个之间,平均等位基因数5.3个,片段长度在118~284 bp之间,有效等位基因在1.167 5~1.520 3,平均为1.360 2,广西野生鲤群体的有效等位基因数1.562,大于建鲤的1.388;位点观测杂合度在0.397~0.762之间,平均为0.562 6,期望杂合度0.301~0.629之间,平均0.463 3,广西野生鲤群体的期望杂合度0.581,大于建鲤的0.473;微卫星位点多态性信息含量(PIC)在0.289 7~0.685 0之间,平均多态信息含量0.438 8,为中度多态性,广西野生鲤群体多态信息含量0.685,大于建鲤的0.424,两个群体平均基因分化系数为0.106 9,广西本地野生鲤与建鲤的遗传距离为0.1463,相似性系数为0.828 4,表明广西野生鲤与建鲤之间存在明显的遗传异质性。 相似文献
5.
为探究清水江鲤(Cyprinus carpio)种质资源现状,基于分子标记和形态指标对其进行分析。研究发现清水江鲤群体呈现较高遗传多态性水平,12个微卫星位点的等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、表观杂合度(H_o)、期望杂合度(H_e)和多态性信息含量(PIC)均值分别为10、8.37、0.54、0.86和0.84。遗传结构分析结果推测实验个体来源于3个理论种群,并将来源概率70%的个体分成3个区组,进行遗传变异分析。基于微卫星标记的遗传分析,发现区组间达到中等水平的遗传分化(F_(ST)0.05,P0.01);区组间Nei’s遗传距离为0.473~0.546,区组间个体遗传结构相对独立。基于形态学指标,研究发现个体间存在较大形态差异,体质量的变异系数最大(38.0%);区组间在背鳍硬棘数、侧线鳞数、侧线上鳞数和尾柄长/体长等性状间存在显著差异(P0.05);此外,基于形态学数据的欧式距离与Nei’s遗传距离的聚类结果相符。结果表明,清水江鲤群体表现出较高的遗传多样性水平,且群体内存在显著遗传分化。 相似文献
6.
为了检测驯食配合饲料的大口黑鲈(Micropterus salmoides)3个选育世代群体遗传多样性水平变化,利用微卫星标记技术对驯食配合饲料大口黑鲈选育基础群体(Sp0)和第二、三和四代选育群体(Sp2、Sp3和Sp4)共240尾样品进行检测。结果显示,18个微卫星位点共获得44个等位基因。Sp0、Sp2、Sp3和Sp4的平均观测杂合度(H_o)分别为0.4895、0.4802、0.4579和0.4206,平均期望杂合度(H_e)分别为0.4615、0.4454、0.4621和0.3916,平均多态信息含量(PIC)分别为0.3791、0.3659、0.3764和0.3257。4个群体间的配对比较群体间遗传分化指数(F_(st))值在0.01612～0.16162之间、遗传距离(D_a)在0.0249～0.1434之间。遗传变异来源(AMOVA)分析显示,只有8.38%的变异来自于群体间,其余遗传变异均来自于个体间。研究表明,经连续多代选育之后,易驯食配合饲料的快长大口黑鲈选育群体具有中度遗传多样性,具备选育潜力,可继续进行选育。 相似文献
7.
为了掌握元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang)3个连续选育世代群体遗传结构变化情况,采用微卫星分子标记分析了群体遗传多样性水平和遗传结构。结果显示：15个微卫星位点在3个群体中共获得116个等位基因,平均7.73个/位点,每世代平均等位基因数从7.266 7减少至5.066 7,观测杂合度从0.768 0降低至0.758 5,多态信息含量从0.763 4降低至0.745 1,遗传多样性水平降低。相邻世代间的遗传距离从0.080 6减小至0.044 9,遗传相似性从0.846 4增加至0.874 7,遗传相似性逐步提高。相邻世代间的遗传分化系数(Fst)从0.068 1降低至0.023 0,世代间的遗传分化已处于低分化水平,人工选育已对元江鲤育种群体的遗传结构产生了显著影响。 相似文献
8.
6个野生与选育鲤群体的微卫星遗传分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用12个微卫星标记对鲤(Cyprinus carpio)的4个野生群体[清水江鲤、太湖鲤、黄河鲤(C.carpio haematopterus)和黑龙江鲤(C.carpio amurensis)]和2个选育群体[福瑞鲤(C.carpio var.FFRC)和松浦镜鲤(C.carpio var.specularis'Song-pu')]共208尾个体进行遗传分析。结果显示,12个位点共检测到341个等位基因,平均等位基因数为28.67,其中1个位点(HLJ1127)检测到正向选择压力;选育群体的遗传多样性参数普遍低于野生群体,其中松浦镜鲤群体的各项参数均值最低(Na=6.82,Ho=0.54,PIC=0.50),清水江鲤群体的各项参数均值最高(Na=21.25,Ho=0.80,PIC=0.91);分子方差分析显示,整体遗传变异主要来自群体内,但群体间呈极显著遗传分化(P0.01);基于群体Nei's遗传距离的UPGMA聚类树和PCo A分析表明,鲤4个野生群体间遗传距离较近,而与2个人工选育群体间遗传距离较远;基于个体遗传结构及PCo A分析显示部分野生个体遗传结构比较混杂,而选育个体的遗传结构则相对单一。研究表明,中国鲤野生资源具有较高的遗传多态性,而人工选育群体维持着较纯的遗传种质。 相似文献
9.
从日本进口的红鳍东方鲀Takifugu rubripes受精卵发育至性成熟的120尾亲鱼群体中,选择22个分布于每个连锁群的微卫星标记进行了遗传分析,以分析红鳍东方鲀亲本群体的遗传多样性,并筛选出有效鉴定群体遗传特征的特异性微卫星标记。结果显示:等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ae)的范围分别介于4.000~13.000和1.834~7.706之间。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)的范围分别为0.173~0.977、0.456~0.872和0.427~0.857。Hardy-Weinberg遗传偏离指数(d)介于-0.746~0.344。群体内个体间的遗传距离在0.51~0.86之间,依据遗传距离的远近将全部个体分成4个群体,每个群体23~38个体。各项遗传参数表明:该实验群体具有较为丰富的遗传多样性,不同个体之间拥有相对较远的亲缘关系,可以根据个体间的遗传距离制定育种计划,建立家系进行选育研究。实验所选的22个微卫星标记具有高度多态性,可作为分析红鳍东方鲀群体遗传多样性的候选标记。 相似文献
10.
利用高通量测序的方法,从熊本牡蛎基因组中开发了20对具有多态性的微卫星标记,通过微卫星标记位点比较了野生群体和养殖群体的遗传多样性。野生群体中,所有位点共扩增出330个等位基因,等位基因数(N_a)范围为6～39,平均等位基因数为16.500 0;有效等位基因数(N_e)范围为1.352 9～33.361 7,平均值9.517 2;观测杂合度(H_o)范围为0.200 0～1.000 0,平均值0.671 5;期望杂合度(H_e)范围为0.265 6～0.987 7,平均值0.832 1;ShannonWeiner指数(Ⅰ)范围为0.648 3～3.585 8,平均值2.276 9;多态信息含量(PIC)范围为0.254 5～0.969 2,平均值0.803 5,共有16个位点符合Hardy-Weinberg平衡。养殖群体中,N_a平均值为10.250 0,N_e平均值为5.843 4,H_o平均值为0.639 1,H_e平均值为0.763 6,I平均值为1.791 4,PIC平均值为0.720 7。结果显示,熊本牡蛎养殖群体的遗传多样性低于野生群体,但仍然维持在高度多态水平。研究表明,在熊本牡蛎人工繁育过程中,使用大数量的亲本进行繁育,可有效防止选育群体的遗传多样性降低,但人工选育对选育群体的遗传多样性也产生了一定的影响。另外,分析了这些引物在近缘种葡萄牙牡蛎、长牡蛎、香港牡蛎、有明牡蛎、僧帽牡蛎、咬齿牡蛎以及舌骨牡蛎中的通用性情况,发现XB1-6、XB1-39和XB1-45 3个位点在8个物种中均能扩增出目的条带,XB1-41仅能在熊本牡蛎中扩增出目的条带。 相似文献
11.
利用自主开发的微卫星标记对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)进行微卫星多重PCR体系构建,最终成功建立4组多重体系,每组体系包含4个微卫星位点,并成功应用于3个家系的亲子鉴定中。结果显示:(1)本研究筛选的16个微卫星标记,平均观测杂合度为0.8206,平均期望杂合度为0.8164,平均多态信息含量为0.7927,具有丰富的多态性;(2)运用Cervus 3.0软件对已知系谱信息的3个中华绒螯蟹家系共95个子代个体进行亲子鉴定分析,结果显示,选用任意两组微卫星多重PCR体系时,累积实际正确鉴定率均超过94.74%;使用任意三组微卫星多重PCR体系时,累积实际正确鉴定率均大于98.95%;使用四组微卫星多重PCR体系时,累积实际正确鉴定率达到100%。并且当选用组合1、2和组合3,或者选用组合1、3和组合4时,对3个家系的累积正确鉴定率达到了100%,因此选用这些组合不但可以获得准确的系谱信息,还能减少工作量,降低成本。本研究构建的微卫星多重PCR体系能为中华绒螯蟹的种群选育和家系管理提供便捷、高效的途径。 相似文献
12.
利用8个微卫星标记对福建牡蛎(Crassostrea angulata)基础群体、‘金蛎1号’选育系F6和野生群体进行遗传多样性分析。结果表明,每个位点在各群体的等位基因数为7~24个,各群体在所有位点的平均等位基因数为10.3~17.6个,平均等位基因丰度为9.8~16.8。平均观测杂合度和平均期望杂合度分别为0.655~0.662和0.788~0.872。经邦弗朗尼校正,哈迪–温伯格平衡检验结果显示,在24个群体–位点组合中18个群体–位点组合显著偏离平衡(P0.01)。群体内近交系数F_(is)值介于0.0095~0.2874,平均值为0.1992,遗传分化系数F_(st)介于0.0224~0.1627,平均值为0.0767,暗示选育群体中存在较低水平的非随机交配现象,属于中度偏低分化。研究表明,连续的选育对群体的遗传分化产生了一定的影响,但是,选育群体仍然具有较高水平的遗传多样性。 相似文献
13.
长江草鱼多态微卫星位点的分离及后备亲鱼的遗传多样性分析 总被引：3，自引：1，他引：2
本研究采用磁珠富集法分离了10对具有多态性的草鱼(Ctenopharyngodon idellus)微卫星位点,并对140条长江野生草鱼组成的后备亲鱼群体的遗传结构进行了分析。结果显示:本试验得到的草鱼微卫星序列主要是以2个碱基为重复单位、重复次数在5～22之间的多重复单元,重复次数在10次以上的微卫星序列较易得到多态性;77个微卫星座位中,完美型、非完美型和混合型微卫星标记所占的比例分别为87.01%、2.60%和10.39%;群体遗传分析显示,10个多态性微卫星座位中,除了GC39座位外,其它座位都符合哈迪-温伯格平衡,适用于草鱼群体的遗传结构分析;每个座位检测到3～8个等位基因,平均有效等位基因数为3.9302,多态信息含量在0.4129～0.8107之间变动,平均为0.6678,除了GC78座位为中度多态外,其他9个座位均为高度多态。基因分化系数、Shannon指数、平均观测杂合度和平均期望杂合度的平均值分别为0.3457、1.4262、0.9511和0.7193,表明该群体的遗传多样性比较丰富。 相似文献
14.
镜鲤两个繁殖群体的遗传结构和几种性状的基因型分析 总被引：9，自引：2，他引：9
利用扩增效果好、在群体中具有多态性的28个微卫星标记，检测国家换新良种场的镜鲤繁殖群体和黑龙江水产研究所松浦实验场的镜鲤繁殖群体的遗传组成，计算了两个群体的有效等位基因数，期望杂合度和多态信息含量等遗传参数，换新与松浦两个群体的有效等位基因数分别为2.874和3.102, 期望杂合度分别是0.565和0.603,多态信息含量分别是0.534和0.568；遗传结构分析研究结果表明这两个群体的多样性较高,信息含量丰富,具有进一步筛选出优良品种的遗传基础。但连锁不平衡分析表明这两个群体在较大的选择压力下，已严重偏离Hardy-Weniberg平衡，要保持群体的优良性状相关的遗传基础，应该在进一步的选种中注意增加群体的遗传多样性。也用28个基因座的不同基因型与换新208个亲本的体重值进行了连锁分析，得到12个与镜鲤体重相关的基因型，其中紧密相关的基因型3个；分析了一些严重偏离平衡的基因型，并分析了出现这种现象的可能原因，同时探讨了一些基因型与胚胎期致死或易感病基因连锁的可能性。为描述基因型偏离程度，创造了基因型偏离指数，并用其对群体中一些基因型出现的偏离现象进行了探讨。图1表2参19 相似文献
15.
为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构,利用SSR-seq技术和15个微卫星位点,对1个家系选育群体(FP)、1个群体选育群体(IP)和1个未经选育的普通养殖群体(CP)的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,15个微卫星位点共检测出112个等位基因,FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数(Na)分别为5.077、5.133和6.133个,平均有效等位基因(Ne)分别为2.816、2.873和3.638个,平均观测杂合度(Ho)分别为0.522、0.441和0.501,平均期望杂合度(He)分别为0.595、0.599和0.667,平均多态性信息含量(PIC)分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体(FP) He与Ho的差值(0.073)低于IP (0.158)和CP (0.166),平均固定指数(F)(0.115)低于IP (0.248)和CP (0.246)。3个群体间遗传分化系数(Fst)介... 相似文献
16.
ENU诱变草鱼及其雌核发育后代的微卫星遗传分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为了获得雌核发育ENU诱变草鱼(Cetpharyngodon idellus)群体的相关遗传参数,实验采用Partec Cy Flow倍性分析仪测定ENU诱变草鱼群体(Q群体)和雌核发育ENU诱变草鱼群体(E群体)相对DNA含量分别为24.02和23.80,二者的DNA含量接近,均为二倍体。选取28个微卫星标记对Q群体和E群体多样性进行了检测。结果表明,E群体和Q群体的平均等位基因分别为3.7143、5.1786,平均有效等位基因分别为2.1857、4.0028,平均期望纯合度分别为0.5122、0.2814,平均期望杂合度分别为0.4878、0.7186,多态信息含量(PIC)平均值分别为0.4282、0.6606。从个体在微卫星位点的纯合率分析,在E群体中,每个个体的纯合度均小于1.00,说明没有完全纯合的个体。从每个微卫星位点在群体的纯合率分析,除了微卫星位点5476,HLJC118和HLJC81外,其他位点的纯合度以不同的速率得到明显的提高。综上所述,经过减数雌核发育方法,ENU诱变草鱼群体的各微卫星位点的纯合度以不同的速率得到提升,遗传多样性明显降低,此方法可以获得纯合度较高的雌核发育ENU诱变草鱼个体,为ENU诱变草鱼良种选育提供了重要的遗传数据资料。 相似文献
17.
本文利用15对微卫星分子标记，对德国镜鲤选育系F4天津群体中的高背型和长条型德国镜鲤的遗传结构进行分析，结果表明：两种体型德国镜鲤F4群体平均等位基因数分别为5．0和5．1，平均期望杂合度分别为0．5527和0．5591．平均观测杂合度分别为0．5906和0．5824，平均多态信息含量分别为0．5653和0．5470。以卡方检验估计群体Hardy—Weinberg平衡显示有大部分位点发生了偏离。两体型间遗传相似性为0．8330，相似性较高。群体间遗传分化微弱（Fst=0．0242），群体内变异占总变异的97．58％。说明高背型德国镜鲤和长条型德国镜鲤在遗传结构上差异较小。由天津群体的等位基因数为5．05，期望杂合度为0．5559，观测杂合度为0．5865，多态信息含量为0．5562，可知天津群体属于中度多态，遗传多样性保持较高水平。 相似文献
18.
随机选取津鲢和长江鲢各36尾,用16个微卫星标记进行遗传多样性分析。结果显示:16个微卫星位点在2个群体中共检测到等位基因105个,基因型241种,每个位点等位基因数3～15个,平均6.6个,基因型4～37种,平均15.1种。2个鲢群体平均观察杂合度(Ho)分别为0.5393和0.5392,平均期望杂合度(He)分别为0.5887和0.5762,结果表明该2个鲢群体遗传多样性水平较高。2个鲢群体平均多态信息含量(PIC)分别为0.5602和0.54,固定系数(FIS)表明这2个鲢群体表现为杂合子缺乏(FIS0)。2个鲢群体之间的遗传距离为0.0566,平均遗传分化系数(Fst)值为0.021,说明仅有2.1%的遗传变异来源于群体间。 相似文献
19.
散鳞镜鲤两个保种群体的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
利用20个微卫星标记分析国内仅存的两个散鳞镜鲤（Cyprinus carpio）保种群体（SP、CJ）的遗传多样性。结果表明：共检测到147个等位基因,平均值为7.35,有效等位基因数（Ae）、期望杂合度（He）以及多态信息含量（PIC）的平均值分别为2.7828、0.6041和0.5386。SP群体的Ae、He以及PIC值分别为3.1126、0.6479和0.5948,大于CJ群体（2.4529、0.5602和0.4823）。在两个群体中,群体特有等位基因共53个,其中9个为低频等位基因。对20个引物在两个群体中等位基因的显著性分析表明：其中有16个引物可以作为区分两个群体的特异性分子标记。瓶颈效应分析结果显示：2个群体均经历了瓶颈效应。同胞率检测结果（SP 97.5%;CJ 96.7%）偏高说明群体内近交压力较大。哈迪-温伯格平衡检测表明：两个群体大部分位点偏离平衡并处于杂合子过剩状态。两个群体间的遗传距离（D）为0.5625,SP和CJ群体的个体均各聚为一支。群体间的遗传分化指数（Fst）为0.1138,Nm值为1.9462。该研究表明：散鳞镜鲤群体遗传多样性水平较高,其中SP群体的遗传多样性水平高于CJ群体,两群体处于中度遗传分化。 相似文献