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1.
干旱胁迫下柑橘叶片基因表达谱的cDNA-AFLP 分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为分离和鉴定柑橘干旱胁迫应答基因,应用cDNA-AFLP分析技术,以盆栽‘天草’橘橙枳砧嫁接苗为试材,对正常灌水和不同干旱胁迫处理下叶片的基因表达谱进行分析。利用81对引物组合进行扩增,共筛选获得113条差异表达转录衍生片段（TDF）,其中上调表达71条（63%）,下调表达29条（26%）,其余13条（11%）为瞬时表达。选取70个差异表达TDF进行克隆测序,共得到62个有效序列,BLAST结果表明：33个TDF与已知功能基因具较高同源性,功能涉及信号转导、能量代谢、离子通道和蛋白合成等,18个TDF与功能未知基因或假定基因同源性较高,其余11个TDF无同源序列,可能为新的未知功能基因。 相似文献
2.
柑桔LEAFY同源基因片段分离及特性研究 总被引：16，自引：0，他引：16
根据不同植物LEAFY ( LFY) 同源基因3’端序列高度保守性, 设计合成简并引物, 采用PCR 技术首次从柑桔基因组DNA 中分离出一条长883 bp 的柑桔LFY 同源基因( csLFY) 片段。序列分析表明, 所扩增的883 bp DNA 片段中包含一个长476 bp 的内含子, 拼接位点与其他植物的LFY 同源基因一致。由外显子推导的氨基酸序列与其它植物LFY 同源基因的相应区域氨基酸序列同源性为77 %～97 % , 其中与烟草NFL 和矮牵牛ALF 的同源性最高, 达到97 %。RT—PCR 研究表明, csLFY 在柑桔成年结果枝上的花芽和营养芽以及童期幼苗的营养芽中均有表达, 但童期营养芽中的表达强度明显低于花芽。 相似文献
3.
利用c DNA-AFLP 技术研究苹果柱型与非柱型c DNA的差异表达 总被引：1，自引：0，他引：1
以苹果(Malus×domestica Borkh. ) 柱型品种舞姿、非柱型品种富士及其杂交F1群体中柱型、非柱型单株为研究试材, 应用cDNA-AFLP ( cDNA-amp lified fragment length polymorphism) 技术, 研究柱型与非柱型苹果cDNA的差异表达, 探讨了苹果柱型基因Co表达的分子机制。通过64对引物组合的cDNA-AFLP分析获得了1 630条在柱型与非柱型苹果中差异表达的片段。经过BSA ( bulked segregant analysis) 分析和反向Northern杂交鉴定, 获得了11个差异表达的cDNA片段, 并进行了克隆、测序和序列同源性检索分析。有5个片段在GenBank数据库中发现同源序列, 其余的6个功能未知。核酸和氨基酸比对分析中同源性最高的是片段A7和A16。A7的核苷酸序列同源于红叶石楠Photinia fraseri 26S核糖体RNA (97% ) 、蛋白同源于玉米的细胞色素P450单加氧酶(91% ) , A16的核苷酸(85% ) 及蛋白(93% ) 同源于直果草属Triphysaria versicolor的α-expansin 2基因。对A7、A16两个候选基因片段再进行正向Northern杂交验证,在富士中表达最强, 在非柱型后代、柱型后代及舞姿中表达依次减弱。由此推断, 由细胞色素P450单加氧酶基因所调控的赤霉素GAS变化影响了苹果柱型性状的表达。 相似文献
4.
高温胁迫下番茄叶片差异表达基因的cDNA-AFLP分析 总被引：3，自引：0，他引：3
为鉴定番茄高温胁迫响应基因,应用cDNA—AFLP技术,以番茄耐热品系Saladette幼苗为研究对象,对高温胁迫早期叶片基因表达进行了mRNA指纹分析。通过768对引物组合的筛选,共分离得到187个差异表达的转录衍生片段（TDF）,其中增强表达或高温胁迫下特异性表达TDF153条,抑制表达34条。对其中47个TDF进行了克隆、测序和序列分析。结果表明：34个TDF与NCBI或TIGR已有序列同源（E—Value〈10^-5）,功能涉及信号传导、转录调控以及逆境诱导蛋白等,另有13个TDF无同源序列或同源性低,预测是一些未知功能基因。 相似文献
5.
高温胁迫下番茄叶片差异表达基因的cDNA-AFLP鉴定 总被引：1，自引：1，他引：0
为鉴定番茄高温胁迫响应基因,应用cDNA-AFLP技术,以番茄耐热品系Saladette幼苗为研究对象,对高温胁迫早期叶片基因表达进行了mRNA指纹分析。通过768对引物组合的筛选,共分离得到187个差异表达的转录衍生片段(TDF),其中增强表达或高温胁迫下特异性表达TDF153条,抑制表达34条。对其中47个TDF进行了克隆、测序和序列分析。结果表明：34个TDF与NCBI或TIGR已有序列同源（E-Value<10-5）,功能涉及信号传导、转录调控以及逆境诱导蛋白等,另有13个TDF无同源序列或同源性低,预测是一些未知功能基因。 相似文献
6.
《中国瓜菜》2014,(Z1)
R基因产物是植物抵抗病原物侵害的重要组成部分,在目前已经发现的植物抗病基因中,NBSLRR类占了绝大多数,在植物抗病基因中占有重要地位。NBS结构域是NBS-LRR基因编码蛋白中最保守的部分,含有8个保守基序,包括P-loop(又称Kinase-1a)、Kinase-2a、Kinase-3a和GLPL疏水结构域等。对西瓜NBS的克隆和分析将有助于筛选西瓜抗病基因及各种抗病基因的分子标记,而且通过对西瓜NBS的结构、表达和调控的研究,将有助于深入阐释西瓜的抗病机制。以根结线虫抗病西瓜材料‘红籽瓜’和感病西瓜材料‘ZDPI0006’为试材,根据西瓜NBS保守区设计简并引物及特异引物50对,根据葫芦科抗病基因序列在西瓜基因组数据库搜索同源序列,并以此设计特异引物1对,分别提取西瓜叶片g DNA和RNA并反转录成c DNA,采用PCR扩增西瓜抗病基因同源序列,琼脂糖电泳检测回收目标条带,克隆测序后结果提交到Gene Bank进行序列比对,提交至Pfam在线分析蛋白质功能,利用Clustalx与其他物种的抗病基因进行同源性分析,利用dnasp等软件进行序列多态性分析。结果表明,49对引物中共有43对引物在抗、感材料中成功扩增到目的片段,其中有4对引物在抗感材料中扩增出差异片段,简并引物W856在抗、感材料间扩增到一条约750bp的差异片段,测序结果提交至NCBI比对显示其与预测的黄瓜抗TMV的N端类似蛋白存在88%的同源性,根据葫芦科抗病基因在西瓜基因组数据库搜索同源序列设计的特异引物W6580在抗、感材料间扩增出大小一致的约800bp的片段,测序结果提交至NCBI比对,结果显示其与预测的黄瓜抗线虫类似蛋白存在90%的同源性,dnasp软件分析显示抗、感材料之间存在4个单核苷酸多态性位点。 相似文献
7.
《果树学报》2010,(5)
为了分离枣树(Ziziphus jujuba Mill.)与花发育有关的基因,以壶瓶枣结果枝为试材,通过比对不同植物FLO/LFY保守核苷酸序列,设计引物,用反转录RT-PCR的方法克隆获得一长445 bp的cDNA片段,命名为ZjLFY(DDBJ/EMBL/GenBank的注册号为:AB531503)。该基因在核苷酸水平和氨基酸水平上,与多种植物同源物表现出较高的同源性。半定量RT-PCR分析结果表明,ZjLFY在不同生长发育阶段的结果枝先端组织以及叶片、根、茎、花、果实中均有表达,呈组成型表达,说明ZjLFY除了具有调节花发育的保守功能外,表现出不同于其他植物同源基因的表达特征,可能是成年枣树营养生长与花发育的关键调节基因,参与结果枝分化、生长与花芽分化等过程。Southern印迹分析证明,ZjLFY在枣基因组中是以单拷贝存在的。 相似文献
8.
大白菜几丁质酶基因CHB4的克隆及序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
根据已知的几种十字花科植物几丁质酶基因保守序列设计特异性引物, 以大白菜叶片基因组DNA为模板, 通过PCR反应扩增出约1 kb的DNA片段和几丁质酶基因5′端序列片段(150 bp) 。利用不同浓度的水杨酸处理苗龄7 d的大白菜, 选择酶活力较高的处理植株叶片提取RNA, 采用RACE技术扩增。研究结果表明, CHB 4基因的DNA序列长度为1 517 bp (DDBJ 登录号: AB257452) , 包含有1个长度为508 bp内含子。该基因编码的产物是由268个氨基酸残基组成的蛋白质, 氨基酸序列与油菜ClassⅣ类几丁质酶的同源性达99% , 与其它几种高等植物的同源性达50%以上。 相似文献
9.
以富源花魔芋为试材,采用大棚盆栽种植方式进行了不同钾处理(处理0、1、2、3的K2SO_4施用量分别为0.0、2.2、4.4、6.6g/株)的魔芋种植试验,并在施钾肥后5、15、30、60d测定了富源花魔芋叶片叶绿素、可溶性蛋白质、可溶性糖、丙二醛(MDA)含量以及超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)、过氧化氢酶(CAT)活性。结果表明:施用适量硫酸钾(处理2)有利于提高叶片叶绿素、可溶性蛋白质、可溶性糖含量,增强了叶片SOD、CAT、POD活性,降低了魔芋叶片MDA含量,对魔芋抗氧化酶系统以及膜质过氧化系统有一定的生理效果,增强了魔芋植株抵抗逆境和抗衰老的能力,进而影响了叶片的光合作用和同化物的合成、转化和运输,获得了魔芋的高产。处理2收获时大芋重量为485.71g,折合产量36 428.25kg/hm~2,是处理0的1.50倍,是处理3的1.56倍。 相似文献
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利用cDNA-AFLP技术研究大白菜白引2号杂交种及其亲本在幼苗期、莲座期、结球期的基因差异表达。结果表明：在3个发育期,发现有29条差异片段,其中5个差异片段出现在幼苗期,14个差异片段出现在莲座期,10个差异片段出现在结球期|19个差异片段在杂种中表达,3个差异片段在双亲中同时表达,2个差异片段仅在母本中表达,5个差异片段仅在父本中表达。将29个差异片段的序列在白菜基因组序列数据库网站（http://brassicadb.org/brad/）进行BLAST分析,均找到了对应的染色体位置。其中17个差异片段分别有明确的基因及编码蛋白与其相对应。其中有两个基因片段分别含有AP2/EREBP结构域和PPR结构域,这两个结构域在控制植物生长发育方面具有重要作用。 相似文献
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AIM: To reveal the molecular mechanisms of heat adaptation by study the change of gene expression in rat liver when the rats exposed to hyperthermia stress and heat adaptation. METHODS: Differentially expressed genes in rat liver in association with heat adaptation were identified using the suppression subtractive hybridization (SSH) technique to prepare subtracted cDNA libraries in heat adaptation. The PCR-amplified cDNA fragments generated by SSH were then ligated into the plasmid pGEM-T (Promega). PCR-select differential screening technique was used to filtrate differentially expressed genes. Each of these differentially expressed genes was sequenced and was compared to known sequences in the GenBank database. RESULTS: eight up-regulating expressed genes segments were isolated from the up-regulating differentially expressed library, three of which were known gene such as p53 and five genes were new expressed sequence tags. CONCLUSION: Up-regulating expressed genes such as p53 maybe participate in the signal transduction pathway of heat adaptation. 相似文献
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为明确山东地区番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus,To CV)侵染茄子的情况,采用RT-PCR分子检测鉴定疑似感染To CV的茄子叶片样品及发病茄子植株上的烟粉虱(Bemisia tabaci)体内To CV的带毒情况。结果表明:10份茄子叶片样品中有6份扩增得到约463 bp的特异条带,经测序与Gen Bank中To CV序列相似性达到99.0%以上,To CV检出率为60%;系统进化分析显示,山东寿光地区To CV茄子分离物cp-1与北京番茄分离物BJ亲缘关系最近。温室内发病茄子植株上的烟粉虱体内携带To CV,带毒率为70%。 相似文献
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利用差异显示技术克隆辣椒抗疫病相关DNA序列的研究 总被引：6，自引：0，他引：6
用辣椒疫霉菌对八叶期的辣椒品种茄门和93-100-17-1-0进行诱导处理,提取接种前后的总RNA,利用mRNA差异显示技术,结合植物抗病基因保守结构域,DDRT-PCR的一端引物为oligo(dT)15A、oligo(dT)15G、oligo(dT)15C,另一端为来源于不同抗病基因同源序列的简并引物B1、C1、D1,其扩增产物在6%聚丙烯酰胺凝胶上得到两个差异表达的带。回收差异片段并克隆到T-载体上测序,经BLAST检索,发现为两个新的序列,GenBank登录号为AY497910、AY497911。 相似文献
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乌塌菜是白菜亚种的一个变种,叶面上有皱泡是安徽乌菜区别于其他白菜亚种的一个典型特征。采用Illumina高通量测序技术对安徽乌菜(黄心乌和黑心乌)和叶面平展的普通白菜进行转录组测序,共获得27.75 Gb clean data,各样品clean data均达到4.00 Gb,Q30碱基百分比在90.53%以上。将测序数据进行de novo拼接后得到127 988条转录本和46 950条unigene,平均长度分别为1 327.71 bp和856.26 bp。以FDR(false discovery rate)0.01且差异倍数FC(fold change)≥2为标准筛选安徽乌菜和普通白菜的差异表达基因,共筛选到1 296个差异表达基因。对所得差异表达基因进行不同数据库比对,共有1 156个差异表达基因被注释,其中1 150个差异表达基因注释到nr数据库;864个差异表达基因注释到GO数据库;200个差异表达基因注释到KEGG数据库,分属80条代谢通路。 相似文献
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在低氮胁迫下，以黄瓜品种津研4 号叶片为供试材料，以cDNA 为模板，依据黄瓜基因组数
据库中Csa002986 基因编码区全序列，应用Primer Premier 5.0 软件设计引物，克隆得到黄瓜钙依赖蛋白
激酶基因（calcium-dependent protein kinase，CDPK）。该基因全长1 584 bp，编码527 个氨基酸。预测
该基因编码的蛋白是一个稳定的亲水蛋白，无跨膜结构，无信号肽，存在蛋白激酶结合区、EF 手型钙结
合区、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性位点、N 酰基化位点等多个位点。CDPK 基因在不同氮浓度处理下黄瓜
各部位表达分析结果显示，在无氮条件下，CDPK 基因在茎尖表达量最高，其次为叶和茎；在低氮条件下，
CDPK 基因在茎中表达量最高，其次为茎尖和叶；在正常及高氮条件下，CDPK 基因在茎尖表达量最高，
其次为茎和叶。CDPK 基因在叶中的表达模式分析结果显示，在无氮及低氮胁迫下CDPK 基因表达量增加，
随着氮浓度的降低，CDPK 基因的表达量增加并明显高于对照；在高氮胁迫条件下，CDPK 基因的表达量
低于对照。 相似文献
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AIM: To obtain differentially expressed cDNA fragments in the cerebellum of rats and screen unknown expressed sequence tag (EST). METHODS:Suppression subtractive hybridization (SSH) was carried out, in which the cDNA fragments of cerebellum were taken as "tester" and correspondingly that of cerebrum and brain stem as "driver". The homogeneous sequences between the tester and driver were excluded and the rare sequences in cerebellum were enriched by SSH. The differentially expressed cDNA fragments were further cloned for the construction of subtracted cDNA libraries and sequencing. RESULTS: 32 clones were selected and 34 cDNA fragments were sequenced. 8 of 32 were proved to be true positive with reverse Northern assay, 13 of 34 fragments were identified to be new cDNA fragment and given the gene sequence numbers by GenBank (AW288461-AW288474).CONCLUSION:SSH is very useful method for screening differentially expressed genes.Our data may be helpful to understand the molecular mechanism of brain function. 相似文献