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利用伏马毒素合成基因对玉米种子寄藏镰刀菌的分子检测 总被引：1，自引：0，他引：1
我国玉米种子普遍受到拟轮生镰刀菌(Fusarium verticillioides)的侵染,该菌产生的伏马毒素对国家种质库中玉米种质的安全保存有着潜在的影响。fum1基因是F.verticillioides等镰刀菌中伏马毒素生物合成的必需基因。选用3对已知引物Fum5F/Fum5R、P1/P2和P3/P4分别对从玉米种子中分离出的9株镰刀菌和1株阴性对照菌链格孢菌进行PCR扩增检测,在F001和F003菌株中扩增出相应的特异性表达片段。测序表明,这些片段的长度分别为846bp、888bp和703bp,与已知fum1基因(AF155773)的同源性达99%以上。3对引物的检测灵敏度达到88pg/mL。结果表明,这3对引物都能够有效地检测产生伏马毒素的镰刀菌菌株,但引物Fum5F/Fum5R所扩增片段完全来自fum1基因内部,具有更强的特异性。在此定性检测基础上,需要进一步研究定量检测方法并进一步研究伏马毒素对农作物种质保存的影响。 相似文献
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为探究我国重大入侵害虫松树蜂Sirex noctilio的嗅觉分子机制，通过RT-PCR技术克隆松树蜂嗅觉共受体SnocOrco基因的cDNA全长序列，并进行生物信息学分析，且采用qPCR技术明确SnocOrco在组织中的特异性表达谱和时空表达特性。结果表明，SnocOrco基因（GenBank登录号：MK748989）开放阅读框全长1 446 bp，编码481个氨基酸，氨基酸序列具有7个跨膜螺旋结构和1个高度保守结构功能域Pfam：7tm_6。SnocOrco属于稳定的疏水性膜蛋白，同源性比对和系统发育分析结果显示，氨基酸序列与膜翅目、鳞翅目、鞘翅目和双翅目其它昆虫的Orco都具有很高的同源性，其中与麦茎蜂Cephus cinctus的CcinOrco同源性最高，达到87.14%，在系统发育树中聚为一支。qPCR结果显示，SnocOrco主要在雌、雄成虫触角中高表达，约为外生殖器中表达量的6 000倍和4 000倍，且在雌成虫中的表达量高于雄成虫中的表达量；在2~7日龄成虫触角中SnocOrco的相对表达量在2日龄时达到最高，之后随着日龄的增加呈下降趋势；昼夜节律显示，SnocOrco相对表达量从9：00—15：00呈先上升后下降的趋势，在11：00时达到最高。表明SnocOrco基因在松树蜂两性交流中起着重要作用。 相似文献
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为揭示禾谷缢管蚜耐药性的分子机理,采用RT-PCR方法克隆了禾谷缢管蚜谷胱甘肽-S-转移酶(glutathione S-transferases,GSTs)的cDNA序列,命名为RpGST1(GenBank登录号KP192850),并构建原核表达载体pET32-RpGST1,对RpGST1基因进行原核表达、SDS-PAGE和Western blotting检测。结果显示,禾谷缢管蚜RpGST1基因的编码区长651 bp,编码216个氨基酸,分子量约为24.06 kD,理论等电点为6.20;RpGST1基因在大肠杆菌中成功表达出一个分子量约为45 kD的融合蛋白,与预测的融合蛋白分子量大小一致。通过克隆RpGST1基因的cDNA序列并进行序列比对分析,表明构建了GST基因的原核表达载体并成功表达。 相似文献
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番茄叶霉病高抗基因Cf-9的CAPS标记创建 总被引：3，自引：0，他引：3
根据番茄叶霉病高抗基因Cf-9的基因序列设计3对特异扩增引物,以近等基因系和本组的多重PCR检测材料为试材,扩增Cf-9基因1～2867 bp之间的单拷贝片段,3对引物分别扩增出560 bp,1 000 bp,1 080 bp的特异片段。分别用限制性内切酶TaqⅠ,HindⅢ,HinfⅠ,EcorⅠ酶切,限制性内切酶TaqⅠ酶切特异引物SCAR1扩增的560特异片段具有酶切多态性,抗病品种酶切出450 bp,330 bp,290 bp的特异片段,感病品种酶切出450 bp,290 bp的特异片段。初步建成番茄叶霉病高抗基因Cf-9的CAPS标记,经近等基因系及其杂交种检验,结果稳定可靠,可用于番茄Cf-9抗病基因辅助选育。 相似文献
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为明确转录因子广泛锌指复合物（broad complex,BR-C）在棉铃虫Helicoverpa armigera生长发育过程中的作用,基于转录组序列从棉铃虫幼虫中肠克隆获得BR-C Z2的cDNA序列并对其氨基酸序列和蛋白结构进行生物信息学分析,利用原核表达系统表达其融合蛋白;用实时荧光定量PCR（real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR）技术分析BR-C Z2基因在棉铃虫体内的表达规律,以及2-十三烷酮（2-tridecanone,2-TD）处理后其在棉铃虫6龄幼虫中肠内的变化规律。结果显示,棉铃虫BR-C Z2基因的开放阅读框为1 257 bp,编码418个氨基酸,预测编码蛋白的分子量和理论等电点分别为46.63 kD和6.94,主要定位于细胞核中。系统进化树结果显示棉铃虫BR-C Z2与家蚕Bombyx mori的BR-C Z2亲缘关系最近。成功表达His-HaBR-C Z2融合蛋白。BR-C Z2基因在棉铃虫蛹期和6龄幼虫中肠组织中相对表达量最高;不同浓度2-TD处理后,棉铃虫BR-C Z2基因相对表达量变化趋势不同,其中15 mg/g浓度处理12 h后棉铃虫BR-C Z2基因相对表达量达到峰值,是对照的2.5倍,而20 mg/g浓度处理20 h后棉铃虫BR-C Z2基因相对表达量降到最低,为对照的45.13%。表明BR-C Z2基因可能参与棉铃虫的生长发育,并响应2-TD的胁迫。 相似文献
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以抗氰戊菊酯棉铃虫六龄幼虫中肠组织总RNA为模板,采用特异性引物,通过对反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)的条件进行不断探索和优化,成功克隆出全长为1 557 bp的基因片段(GenBank登录号DQ497428)。该片段包括一个完整的开放阅读框架(1 515 bp)及5'端的42个碱基,编码504个氨基酸残基。与国外报道的细胞色素P450 CYP6B7基因(GenBank登录号AF031468)的核苷酸、氨基酸同源性分别为97.75%和98.81%,为CYP6B7的等位基因。Northern杂交分析表明,抗性品系棉铃虫中肠组织中CYP6B7 mRNA的表达量明显高于敏感品系的,初步表明CYP6B7在棉铃虫对氰戊菊酯的抗药性中起着重要作用。 相似文献
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为研究高粱转录因子BZR1基因家族的表达特征,以高粱BTx623为材料,通过生物信息学及实时荧光定量PCR (quantitative real-time PCR,qPCR)技术对高粱BZR1基因家族进行鉴定和激素应答分析。结果表明,在高粱基因组中共鉴定到9个BZR1基因家族成员,根据染色体位置命名为SbBZR1-1~SbBZR1-9,其氨基酸序列长度在191~716 aa之间,理论分子量大小在20.99~80.41 kD之间,理论等电点在4.75~10.62之间;系统进化树分析显示,高粱BZR1基因家族与单子叶水稻和玉米的同源性为67%~100%;该家族各个成员之间外显子和内含子的数量差异较大。SbBZR1-3、Sb-BZR1-4和SbBZR1-9基因在高粱不同器官中的表达具有组织特异性;经200 μmol/L脱落酸处理后,SbBZR1-3基因的相对表达量逐渐升高,在9 h时达到最大,而高粱SbBZR1-4和SbBZR1-9基因的表达受到显著抑制;SbBZR1-3和SbBZR1-4基因在1 μmol/L油菜素内酯诱导下呈降低-升高-降低的表达趋势,但SbBZR1-9基因的表达受到显著抑制;在1 mmol/L γ-氨基丁酸和100 μmol/L褪黑素处理下,SbBZR1-3、SbBZR1-4及SbBZR1-9基因均显著上调表达;经10 μmol/L吲哚乙酸处理后,Sb-BZR1-3基因呈先升高后降低的表达趋势,SbBZR1-9基因的表达受到显著抑制,SbBZR1-4基因呈升高-降低-升高-降低的表达趋势。表明高粱BZR1基因家族在激素应答过程中具有重要作用。 相似文献
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梨网蝽触角嗅觉相关基因分析 总被引：5，自引：4，他引：1
为阐明梨网蝽Stephanitis nashi对其寄主植物的化学感受机制,本研究采用高通量测序平台对梨网蝽成虫触角进行转录组测序,基于7大数据库对转录组数据进行基因功能注释,筛选获得梨网蝽的主要嗅觉相关基因并进行生物信息学和系统进化树分析。结果表明：共获得28 017条 unigenes,长度在1 000 bp以上的unigenes有9 921条;通过与7大数据库进行BLAST比对,梨网蝽触角转录组数据中的17 891条unigenes被成功注释;在已成功注释的unigenes中,鉴定得到12个 OBP基因和17个CSP基因,其中OBP基因所编码的蛋白有6个属于Classic家族;而CSP基因所编码的蛋白全部具有4个保守的半胱氨酸位点,符合昆虫CSP基因的结构特征。进化分析结果显示,梨网蝽6个OBP基因的氨基酸序列与其他昆虫OBP基因的氨基酸序列聚为3个分支;梨网蝽16个 CSP基因与其他昆虫CSP基因的进化树也聚为3个分支。 相似文献
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为明确小热激蛋白在沙葱萤叶甲Galeruca daurica应对温度胁迫中的作用，采用PCR方法克隆沙葱萤叶甲小热激蛋白基因Hsp20（GdHsp20.6）完整的开放阅读框（open reading frame，ORF）序列，应用在线软件对GdHsp20.6基因进行生物信息学分析，通过原核表达技术诱导表达及纯化其编码蛋白，并通过实时荧光定量PCR（real-time quantitative PCR，RT-qPCR）技术分析不同温度胁迫下GdHsp20.6基因的表达量。结果显示，GdHsp20.6基因ORF序列长度为543 bp，编码180个氨基酸，预测分子量为20.6 kD，无跨膜区和信号肽。GdHsp20.6氨基酸序列有高度保守的α-结构域。GdHsp20.6氨基酸序列与其它鞘翅目昆虫的Hsp20氨基酸序列有较高的一致性，其中与花绒寄甲Dastarcus helophoroides的Hsp20.99氨基酸序列的一致性最高，为63%。GdHsp20.6基因在大肠杆菌Escherichia coli BL21（DE3）细胞系中成功表达，经异丙基-β-D-硫代吡喃半乳糖苷（isopropyl-β-d-thiogalactoside，IPTG）诱导后GdHsp20.6蛋白成功表达，十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳（sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis，SDS-PAGE）和Western-blot分析表明融合蛋白大小与预测大小一致，并纯化获得了纯度较高的目的蛋白GdHsp20.6。低温（-10~5℃）和高温（35~40℃）处理1 h以及处理后25℃恢复30 min均能诱导GdHsp20.6基因表达上调，并且0℃处理30~120 min也能诱导GdHsp20.6基因表达上调。表明GdHsp20.6基因在沙葱萤叶甲应对低温和高温胁迫中可能起着重要作用。 相似文献
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东北春麦区2006-2007年小麦白粉病菌群体毒性监测 总被引：1，自引：1，他引：0
对2006-2007年采自黑龙江、吉林、辽宁的80份小麦白粉病菌标样进行分离、纯化得到113个单孢子堆菌系,经生理小种及群体毒性频率测定,共鉴定出29个生理小种,优势小种均为15号小种。15号小种在2006年和2007年的频率分别为15.3%和14.8%,其次为415号和11号小种。小麦白粉菌毒性基因v1、v3 a、v3 b、v3 c、v5、v6、v7、v8、v1+2+9和v17毒力频率较高(>66%),而v2、v4、v12、v16和v21毒力频率较低(<21%),说明目前在东北春麦区含有Pm2、Pm4、Pm12、Pm16和Pm21等抗病基因的品种在育种中有较高的利用价值。 相似文献
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利用高通量测序分析侵染贵州火龙果的病毒 总被引：1，自引：1，他引：0
对疑似感染病毒的火龙果(Hylocereus undatus Britt.)进行高通量测序,分析病毒种类和相对含量,为火龙果病毒诊断和检测提供理论基础。测序reads经拼接和注释,共3 969条contig注释为病毒,包含44 354 147条reads。10条contig注释为CVX-NTU(JF937699),其含有的reads占所有病毒reads数量的85.18%;10条contig注释为ZyVX(AY366208),占所有病毒reads数量的4.97%;6条contig注释为SchVX(AY366207),占所有病毒reads数量的3.75%;6条contig注释为CVX(AF308158),占所有病毒reads数量的0.26%。拼接获得的CVX-NTU序列完全覆盖CVX-NTU(JF937699)基因组,核苷酸序列一致性为97%。编码的5个ORF核苷酸序列与CVX-NTU(JF937699)一致性为97%~98%,氨基酸序列一致性为97%~99%。拼接获得的CVX-NTU序列与CVX、ZyVX和SchVX的核苷酸序列一致性分别为78%、75%和70%。这是首次利用高通量测序检测火龙果病毒的报道。 相似文献
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库尔勒香梨主要病毒多重RT-PCR检测技术研究 总被引：11，自引：1，他引：10
利用nad5基因作为内标系统,研究建立了库尔勒香梨上苹果茎痘病毒(ASPV)、苹果褪绿叶斑病毒(ACLSV)和苹果茎沟病毒(ASGV)等的RT-PCR检测技术,在此基础上研究建立了库尔勒香梨多重RT-PCR内标检测系统。并对回收的特异片段进行了克隆、鉴定和测序。测序结果表明:库尔勒香梨上的ACLSV与GenBank中D14996序列(日本苹果上的ACLSV分离物)中的6860~7536bp片段有116个碱基的差异,序列相似性为83.75%;库尔勒香梨上的ASPV与GenBank中D21828序列(德国梨脉黄病毒相关分离物)中的8869~9238bp片段有72个碱基的差异,序列相似性为79.5%;库尔勒香梨上的ASGV与GenBank中AB004063序列(日本ASGV分离物)中的6039~6311bp片段有21个碱基的差异,序列相似性为92.3%。 相似文献
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ABSTRACT The genome of Tomato leaf curl virus (ToLCV) from Bangalore, India, a whitefly-transmitted geminivirus, was cloned (pIND9) and sequenced. The circular DNA of 2,759 nucleotides (U38239) is organized similarly to that of other begomoviruses with monopartite genomes. Comparison of the nucleotide sequence of pIND9 with other tomato-associated begomoviruses from India (Tomato leaf curl Bangalore virus [ToLCBV, Z48182]) and Tomato leaf curl New Delhi virus-Severe (ToLCNdV-Svr, U15015) showed moderate DNA sequence identities (82 to 87%) between capsid protein (CP) genes but low identities (66 to 67%) for the intergenic regions and the replication-associated protein (Rep) genes (75 to 81% identity). Phylogenetic trees generated with nucleotide sequences of the Rep and CP genes of 26 begomoviruses indicated that this ToLCV is distinct from other begomoviruses and that it may be a recombinant virus derived from at least three different viral lineages. Tomatoes (Lycopersicon esculentum) inoculated with the cloned DNA monomer of ToLCV (pIND9) via particle bombardment developed leaf curling and yellowing symptoms. The virus was transmitted by Bemisia tabaci biotype B from tomatoes infected via particle bombardment to healthy tomatoes and by sap inoculation from infected tomatoes to tomato, Nicotiana benthamiana and N. tabacum. This ToLCV is a distinct member of the genus Begomovirus from India that differs from the previously characterized Tomato leaf curl Sadasivanagar virus isolate Bangalore 1 (L12739), ToLCBV (Z48182), ToLCBV isolate Bangalore 4 (AF165098), and the bipartite ToLCNdV (U15015, U15016). Thus, this ToLCV is named Tomato leaf curl Karnataka virus (ToLCKV). 相似文献
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Three cDNA clones for cytochrome P450s, CYP6B2, CYP6B6 and CYP6B7 which have 84–87% protein sequence identity have been isolated previously from Helicoverpa armigera, and the CYP6B7 mRNA was found to be over-expressed in a pyrethroid-resistant field population. Subsequent analysis has shown that over-expression is observed in a majority of individuals in all populations tested. Single-pair crosses between resistant and sensitive individuals indicated that the pyrethroid resistance co-segregated with the over-expression of this mRNA. Southern analysis indicated that the over-expression, which was confined to midgut only in many insects, was not related to gene amplification. These observations add weight to the conclusion that CYP6B7 is the cytochrome P450 form involved in pyrethroid resistance, and that over-expression of cytochrome P450 CYP6B7 is a common cause of pyrethroid resistance in H. armigera. The results suggest that specific probes for CYP6B7 protein or mRNA could provide the basis for the development of tools for monitoring pyrethroid resistance due to mixed function oxidase activity in field populations of this insect. © 1998 Society of Chemical Industry 相似文献
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烟粉虱Bemisia tabaci 已严重危害农作物的正常生长,而新烟碱类杀虫剂噻虫嗪已被广泛用于烟粉虱的防治,但由于常年应用,致使烟粉虱对噻虫嗪产生了严重的抗性,而目前其抗药性分子机制尚不明确。本研究通过荧光定量PCR比较分析烟粉虱噻虫嗪抗性及敏感种群,发现细胞色素P450基因CYP6DV5在噻虫嗪抗性品系中的表达量为敏感品系的2.95倍,依据基因组数据库克隆该基因的全长序列,序列分析结果表明, 该基因具有细胞色素P450基因的保守结构域,属于典型的昆虫P450基因。进一步分析其在不同发育阶段和部位中的表达量,发现细胞色素P450基因CYP6DV5在烟粉虱成虫阶段和头部表达丰富,同时噻虫嗪能够显著诱导该基因的表达。通过RNA干扰试验,发现敲低CYP6DV5基因表达能够显著提高烟粉虱对噻虫嗪的敏感性。结果表明,CYP6DV5基因参与了Q型烟粉虱对噻虫嗪抗性的形成。研究结果将有助于揭示烟粉虱对噻虫嗪的抗性形成机制,并为烟粉虱的综合治理提供理论基础。 相似文献
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A wheat cytochrome P450 cDNA (CYP71C6v1) was cloned by RT-PCR and heterologously expressed in yeast. The microsomal fractions derived from this strain could catalyze the metabolism of some sulfonylurea herbicides such as chlorsulfuron, triasulfuron, metsulfuron-metyl, bensulfuron-metyl, and tribenuron-metyl, but not sulfonylurea herbicides such as thifensulfuron and pyrazosulfuron. Kinetic parameters Km for chlorsulfuron and triasulfuron were 57 (±15) μM and 38 (±16) μM in vitro, respectively. Analysis of the metabolites demonstrated that the CYP71C6v1 functioned as a 5-phenyl ring hydroxylase when chlorsulfuron and triasulfuron were the substrates. 相似文献
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利用RT-PCR和RACE技术对小菜蛾[Plutella xylostella(L.)]4龄幼虫谷氨酸门控的氯离子通道(GluCl)受体cDNA全长进行了克隆和序列分析。通过设计简并性上、下游引物扩增出小菜蛾GluCl受体α亚基基因192bp的cDNA片段,根据得到的片段序列设计3′和5′特异性引物采用RACE技术进行3′和5′末端的克隆,获得了小菜蛾GluCl受体的cDNA的完整序列,GenBank登录号为GQ221939。该基因全长2144bp,其开放阅读框(ORF)1344bp,编码447个氨基酸。相似性分析表明:它与果蝇和赤拟谷盗的相似性均为73%,与埃及伊蚊的相似性为75%,与东亚飞蝗的相似性为79%;氨基酸分析后显示它具有GluClα亚基的典型特征,表明克隆的cDNA序列是小菜蛾GluClα亚基基因的序列。 相似文献
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ABSTRACT The biological and molecular properties of Tomato leaf curl Gujarat virus from Varanasi, India (ToLCGV-[Var]) were characterized. ToLCGV-[Var] could be transmitted by grafting and through whitefly transmission in a persistent manner. The full-length genome of DNA-A and DNA-B of ToLCGV-[Var] was cloned in pUC18. Sequence analysis revealed that DNA-A (AY190290) is 2,757 bp and DNA-B (AY190291) is 2,688 bp in length. ToLCGV-[Var] could infect and cause symptoms in tomato, pepper, Nicotiana benthamiana, and N. tabacum when partial tandem dimeric constructs of DNA-A and DNA-B were co-inoculated by particle bombardment. DNA-A alone also is infectious, but symptoms were milder and took longer to develop. ToLCGV-Var virus can be transmitted through sap inoculation from infected tomato plants to the above-mentioned hosts causing the same symptoms. Open reading frames (ORFs) in both DNA-A and DNA-B are organized similarly to those in other begomoviruses. DNA-A and DNA-B share a common region of 155 bp with only 60% sequence identity. DNA-B of ToLCGV-[Var] shares overall 80% identity with DNA-B of Tomato leaf curl New Delhi virus-Severe (ToLCNDV-Svr) and 75% with ToLCNDV-[Lucknow] (ToLCNDV-[Luc]). Comparison of DNA-A sequence with different begomoviruses indicates that ToLCGV-[Var] shares 84% identity with Tomato leaf curl Karnataka virus (ToLCKV) and 66% with ToLCNDV-Svr. ToLCGV-[Var] shares a maximum of 98% identity with another isolate of the same region (ToLCGV-[Mir]; AF449999) and 97% identity with one isolate from Gujarat (ToLCGV-[Vad]; AF413671). All three viruses belong to the same species that is distinct from all the other geminivirus species described so far in the genus Begomovirus of the family Geminiviridae. The name Tomato leaf curl Gujarat virus is proposed because the first sequence was taken from an isolate of Gujarat, India. 相似文献