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1.
根据A型猪流感病毒(SIV)的基质蛋白(M)编码基因保守序列设计合成一对特异性引物和一条Taq Man探针,建立了一种检测A型SIV的荧光RT-PCR方法。结果显示,该方法对H1N1、H3N2和H9N2亚型SIV均呈特异性扩增,对猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪流行性腹泻病毒和猪传染性胃肠炎病毒等猪的其他常见病毒无交叉扩增反应;该方法对M基因RNA对照(SIV-M-RNA)的最适线性检测范围为3.8×10~1~3.8×10~8拷贝数/反应,标准曲线方程为Y=-3.4365X+40.091,相关系数(R~2)为0.999 8,最低检出限为38个拷贝数的SIV-M-RNA。对3个不同浓度(3.8×10~3~3.8×10~5 copies/μL)的SIV-M-RNA进行组间和组内重复试验,每个浓度的Ct值变异系数均小于1.5%,具有良好的重现性。用该方法对860份进口猪的鼻拭子样本和78份国内猪场猪鼻拭子样本进行SIV检测,结果进口猪鼻拭子样本的SIV检测均为阴性,17份国内猪场猪鼻拭子样本SIV检测为阳性。本研究提供了一种快速、敏感和特异的A型猪流感病毒检测方法。 相似文献
2.
为建立检测鸭痘病毒的TaqMan荧光定量PCR方法,本试验克隆了鸭痘病毒P4b基因,构建重组质粒pMD-DPV-P4b,并将其作为标准阳性模板。参照GenBank收录的禽痘病毒P4b基因设计合成1对特异性引物及与该引物相匹配的特异探针。以定量的10倍系列稀释的质粒pMD-DPV-P4b为标准品,通过对反应条件进行优化,建立了一种检测鸭痘病毒的TaqMan荧光定量PCR方法。结果显示,该方法与禽流感病毒、鸭黄病毒、鸭肝炎病毒、新城疫病毒、鸭瘟病毒和小鹅瘟病毒等其他水禽病毒,以及山羊痘病毒和鸡痘病毒等其他痘病毒均无交叉反应,特异性好。该方法最低检测限为1.29×102拷贝/μL,比普通PCR检测方法高100倍。组内和组间变异系数均小于2%。结果表明,本试验所建立方法具有灵敏、特异、安全、快速的特点,适用于鸭痘病毒的检测。 相似文献
3.
猪圆环病毒3型TaqMan荧光定量PCR方法的建立和初步应用 总被引：2，自引：1，他引：1
为了灵敏而便捷的检测猪圆环病毒3型(PCV3),根据PCV3ORF2基因组保守序列设计合成4对引物,先使用荧光染料(SYBR)定量PCR法验证其能否有效扩增目的片段,并根据结果和引物对所扩增序列的交集进一步设计TaqMan探针,通过优化反应条件和反应体系建立快速检测PCV3的实时荧光定量PCR检测方法。结果显示,SYBR染料法和TaqMan探针法均能有效地扩增PCV3标准质粒以及其他阳性样品,并且对1.29×10~2~1.29×10~9拷贝·μL~(-1)的PCV3标准质粒(Pmd18-t-Cap)呈现良好的线性关系,该方法的检测灵敏度为1.29×10~2拷贝·μL~(-1),比常规PCR的灵敏度高100倍,该方法与猪圆环病毒2型、猪轮状病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒等病毒基因以及猪链球菌、猪肺炎支原体等细菌基因均无交叉反应,具有良好的特异性;批次内重复和批次间重复试验结果显示变异系数(CV)均小于1.5%,呈良好的可重复性。用该方法对2016年至2017年间收集的124份来自湖北省等地的猪病料DNA样品进行检测,结果显示本地区PCV3阳性率为8.06%(10/124),PCV2和PCV3共感染率为8.06%(10/124)。上述结果表明,本研究建立TaqMan荧光定量PCR能够灵敏特异的检测圆环病毒3型,为圆环病毒3型的临床检测提供有效手段。 相似文献
4.
《中国兽医学报》2020,(5)
建立一种TaqMan荧光定量PCR检测方法,用于非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)保守结构蛋白P72基因的检测。参照GenBank登录的ASFV P72相关基因序列,设计合成1对特异性引物与1个TaqMan探针,通过对反应条件和反应体系进行优化,建立了快速检测ASFV的TaqMan实时荧光定量PCR方法,对该方法的灵敏性、特异性与重复性进行了验证。结果显示,该方法能有效扩增1.0×10~0～1.0×10~9拷贝/μL ASFV-P72标准质粒,建立的标准曲线呈现良好的线性关系;检测灵敏度为1.0×10~0拷贝;对猪流行性腹泻病毒、猪δ冠状病毒、高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒等病原不发生交叉反应;重复性试验结果显示变异系数(CV)小于1%。结果表明,本试验建立的TaqMan荧光定量PCR检测方法具有良好的灵敏性、特异性和重复性,可用于临床样本中ASFV的检测,从而更好地对ASF疫情进行监测和诊断。 相似文献
5.
《黑龙江畜牧兽医》2016,(3)
为了建立一种快速、敏感和特异地检测非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)的方法,试验根据ASFV CP530R基因序列设计1对特异性引物和探针,通过优化反应条件,建立了一种检测ASFV的Taq Man-MGB探针实时荧光PCR方法,并对该方法进行了特异性、定量线性范围、敏感性和重复性等试验评价。结果表明:该方法仅对ASFV发生特异性扩增反应,不与伪狂犬病毒(PRV)、猪细小病毒(PPV)和猪圆环病毒2型(PCV-2)、经典猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪流感病毒(SIV)发生交叉反应,具有良好的特异性。用该方法检测质粒标准对照(PCR2.1-ASFV-CP530R)的线性范围为6.1×102~6.1×109copies/μL,标准曲线方程为y=-3.449x+38.10,相关系数(R2)为0.999,最低可检测到61个拷贝的质粒标准对照分子;对5个不同浓度(6.1×103~6.1×107copies/μL)的质粒标准对照进行双份样品的4次重复检测,每个浓度质粒标准对照的Ct值变异系数均小于2.0%,具有良好的重现性;用该方法对126份进口猪的血液样品和38份猪肉样品进行ASFV检测,结果均为阴性。说明本方法可用于活猪临床样品和生猪样品中ASFV的检测。 相似文献
6.
《中国预防兽医学报》2018,(11)
为建立同时快速鉴别检测羊痘病毒属病毒(CaPV)的方法,本研究设计了一对针对CaPV的通用引物和3条特异性的TaqMan MGB探针,并对其反应条件进行优化,建立了单管同时鉴别检测3种病毒的多重TaqMan MGB荧光定量PCR方法。结果显示,该多重荧光定量PCR方法仅对牛结节性皮肤病病毒(LSDV)、山羊痘病毒(GTPV)和绵羊痘病毒(SPPV)有特异性扩增,而对牛痘病毒等其它相关病毒核酸无扩增。在10~2拷贝/μL～107拷贝/μL浓度范围内有良好的线性关系;对LSDV、 GTPV、SPPV的最低检测限分别为14.8拷贝/μL、32.9拷贝/μL、26.7拷贝/μL。标准曲线相关系数(R2)均为0.999。批内及批间变异系数均小于1.5%。应用本研究建立的方法和OIE陆生动物手册推荐普通PCR方法分别对185份临床样品和67份模拟样品进行检测,该方法检出率比普通PCR方法高约1.6%。本研究建立的CaPV多重TaqMan-MGB荧光定量PCR方法具有特异性强、敏感性高、重复性好、操作简便快速等优点,适用于CaPV临床样品的快速鉴别检测。 相似文献
7.
根据GenBank中的羊口疮病毒基因组(AY386264)ORFVgORF121及ORFVgORF122基因的DNA序列,应用Beacon Designer 7.7软件设计一对引物和一条TaqMan探针,以含有该引物扩增序列的重组质粒作为阳性标准品,建立了羊口疮病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法。该方法组内及组间重复试验变异系数均低于2%,上机检测时间不超过40min,检测灵敏度达1×101copies/μL,山羊痘及禽痘病毒特异性检测均为阴性,标准曲线的相关系数(R2)为0.998 088,线性关系良好。应用该方法对云南保山和普洱送检的羊口疮临床组织病料进行绝对定量检测,送检样品抽提DNA中病毒拷贝数分别为1.35×108copies/μL和9.62×107copies/μL。结果表明,研究建立的羊口疮病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法具有特异、灵敏、稳定、快速和安全的特点,适于羊口疮临床组织样品的早期检测及常规病原监测。 相似文献
8.
根据H1和H3亚型猪流感病毒(SIV)血凝素(HA)编码基因的保守序列,分别设计合成特异性引物和Taq Man-MGB探针,建立了一种检测H1和H3亚型SIV的二重荧光RT-PCR方法。结果显示,该方法仅对H1和H3亚型SIV呈特异性扩增,对H9亚型SIV、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪瘟病毒(SFV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)无交叉扩增反应;用该方法检测H1和H3亚型SIV的HA基因的RNA标准对照(SIV-H1-RNA,SIV-H3-RNA),最适线性检测范围分别为3.7×10~1~3.7×10~8拷贝数/反应和3.4×10~0~3.4×10~8拷贝数/反应,最低检出限分别为38和34个拷贝数;该方法的组内试验和组间试验的变异系数均小于2.0%,显示其具有良好的可重复性。用该方法对520份进口猪的鼻拭子样本和78份国内猪鼻拭子样本进行SIV检测发现,进口猪鼻拭子样本的SIV检测结果均为阴性,12份国内猪鼻拭子样本的H1亚型SIV检测结果为阳性,5份国内猪鼻拭子样本的H3亚型SIV检测结果为阳性。本方法的建立为H1和H3亚型SIV检测提供了一种快速、敏感和特异的技术手段。 相似文献
9.
结核病与BCG疫苗接种个体TaqMan探针荧光定量PCR诊断方法的建立及初步应用 总被引：1，自引：1，他引：0
为快速鉴别诊断结核病(TB),本研究以GenBank登录的致病性结核分枝杆菌复合群、人型结核杆菌和牛分枝杆菌特有基因为对象,设计并合成引物及探针,建立TaqMan探针荧光定量PCR检测方法。实验结果表明,该方法对标准质控菌株反应呈阳性,对卡介苗(BCG)及其他微生物样品反应呈阴性;对结核分枝杆菌或牛分枝杆菌标准菌株的检测灵敏度可达单个菌细胞水平。对45份结核菌素PPD皮肤试验结果为阳性的临床样本进行TaqMan探针荧光定量PCR检测,36份为阳性;而对PPD检测为阴性的50份临床样本进行检测时,7份为阳性。本研究结果表明,所建立的方法可用于TB的鉴别诊断,可对由BCG接种或环境中分枝杆菌引起的PPD检测假阳性样本进行鉴别,对TB的快速检测和早期诊断具有重要意义。 相似文献
10.
为快速特异检测羊痘病毒属病毒（CaPVs）,比较了牛结节性皮肤病病毒（LSDV）、山羊痘病毒（GTPV）和绵羊痘病毒（SSPV）的全基因组序列,选择保守区域设计特异性引物和探针,建立了一种CaPVs通用的Cycleave PCR检测方法。特异性结果显示,该方法在40 min内即可检出CaPVs,与口蹄疫病毒、羊口疮病毒、牛病毒性腹泻病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、蓝舌病病毒均无交叉反应;灵敏性结果显示,最低检出限为4.98 copies/μL;重复性结果显示,批内和批间重复变异系数均小于2%。对131份临床样本进行检测发现,该方法与世界动物卫生组织（WOAH）推荐的常规PCR方法相比,敏感性为100%,特异性为91.55%,总符合率为95.42%。以上结果表明,本研究建立的Cycleave PCR检测方法特异、敏感、重复性好,且操作简便,适用于CaPVs的高通量、快速检测。 相似文献
11.
为了建立检测(番鸭)呼肠孤病毒(DRV)感染的方法,本研究根据DRV的σNS基因核苷酸序列设计引物及TaqMan探针,经过反应条件的优化,建立了该病毒的TaqMan探针实时荧光RT-PCR检测方法.用已知浓度的重组质粒为标准品,构建的标准曲线的相关系数达到99%.试验表明,该方法的重复性、稳定性、特异性良好,且灵敏度高,可以检测到1.0×10~2拷贝/μL的标准品,比普通PCR至少高100倍.该检测方法对DRV人工感染番鸭肝脏组织检出率达到100%.本实验所建立的TaqMan探针荧光RT-PCR为的快速检测以及进行分子流行病学的调查提供了新的技术手段. 相似文献
12.
13.
为了建立一种灵敏、特异、快速的山羊痘病毒实时定量检测方法,根据山羊痘病毒(AY077835)gp006基因序列,应用Beacon Designer 7.7软件设计合成一对PCR引物。将被检测的目的 DNA片段克隆PEASY-T1质粒,制备重组质粒标准品,以期建立以质粒拷贝数为单位的标准曲线。通过反应条件的优化及引物浓度的筛选,建立了山羊痘病毒SYBR GreenⅠ实时定量PCR(real-time PCR)检测方法,最佳引物浓度为400nmol/L。组内重复试验和组间重复试验变异系数均低于2%,最低检测限为1×101 copies/μL,上机检测时间在1h以内。用该方法对2011年流行于云南华坪、景谷及2003年流行于云南宣威、寻甸和昆明的山羊痘临床组织样品进行定量检测,结果送检组织样品抽提DNA中病毒含量分别为1.03×105、5.30×103、1.51×104、4.74×103、7.20×104 copies/μL。结果表明,所建立的real-time PCR具有灵敏、特异、快速的特点,适合于山羊痘临床组织样品的定量检测。 相似文献
14.
实时荧光定量PCR快速检测鸭病毒性肠炎标准方法的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
根据GenBank(登录号:EF417996)中鸭病毒性肠炎病毒U31基因的序列,设计了1对特异性引物及TaqMan探针,扩增片段长度为76 bp.以鸭病毒性肠炎弱毒疫苗株DNA为阳性标准品模板,建立了实时荧光定量PCR检测鸭病毒性肠炎病毒的方法.该方法能在鸭病毒性肠炎病毒DNA样本中检出荧光信号,定量范围为:2.1×109～2.1×100个拷贝数,最小检出量为2.1×100个拷贝;用该方法对人工感染试验的4只鸭组织器官、粪便、血液等样品重复测定3次,病毒模板DNA的检出率为100%,对鸭正常组织、巴氏杆菌、大肠杆菌、沙门菌和鸭病毒性肝炎、鹅源禽流感H5毒株、新城疫、小鹅瘟病毒等DNA检测不出现特异性荧光信号.经过重复性和实际临床样本检验证实,该方法真实可靠,而且从核酸提取到报告检测结果耗时不超过4 h,不仅实现了对鸭病毒性肠炎的快速诊断,也实现了对该病毒DNA由定性到定量的检测. 相似文献
15.
以牛支原体p80基因为靶基因,设计特异性引物与探针,优化反应体系,建立了牛支原体TaqMan探针实时荧光定量PCR(TaqMan real-time PCR)检测方法,并对该方法进行了特异性、敏感性、重复性评估以及临床样本检测。结果显示,特异性试验中,牛支原体2个菌株Cq值均小于18,其余13个非牛支原体菌株Cq值均大于36;敏感性试验中,最低可检3.89拷贝/μL靶DNA,是普通PCR的10~4倍(普通PCR 3.89×10~4拷贝/μL);重复性试验中,组内、组间重复的变异系数均小于1%;44份牛的临床样品利用TaqMan real time PCR检出6份阳性(阳性率为13.64%),分离培养鉴定检出7份阳性,普通PCR检测全部阴性。本研究建立了一种敏感、特异、稳定的牛支原体TaqMan real time PCR检测方法,可用于牛支原体的快速诊断和核酸定量检测。 相似文献
16.
《中国兽医杂志》2016,(10)
基于非洲猪瘟病毒(ASFV)CP204L基因序列设计1对特异性引物和TaqMan-MGB探针,通过优化反应条件建立了一种检测ASFV的TaqMan-MGB实时荧光PCR方法。结果显示,该方法仅对ASFVDNA呈现特异性扩增,不与猪的其他常见病毒发生交叉反应,具有良好的特异性。该方法对标准对照质粒(PCR2.1-CP204L)的线性检测范围为4.2×10~1~4.2×10~9copies/μL,标准曲线方程为Y=-3.452 3X+39.014,相关系数(R~2)为0.998 8,检测下线为4.2个拷贝。对5个不同浓度(4.2×10~3~4.2×10~7copies/μL)的质粒标准品进行4次双份样品的重复检测,Ct值变异系数均小于1.5%,表明该方法具有良好的重现性。用该方法对总计164份的进口猪临床样品和生猪肌肉样品进行ASFV检测,结果均为阴性。该方法的建立为活猪临床样品和生猪肌肉样品中ASFV检测提供了一种快速、敏感和特异的技术手段。 相似文献
17.
为了建立快速检测水貂犬瘟热病毒的TaqMan荧光定量PCR方法,试验根据犬瘟热病毒核衣壳蛋白基因的保守区域设计一对特异引物和探针,优化体系反应条件,并进行敏感性试验、特异性试验、重复性试验和水貂外周血淋巴细胞感染犬瘟热病毒后的检测。结果表明:建立的TaqMan荧光定量PCR检测方法最低检出量为3.96个拷贝;与水貂细小病毒、水貂阿留申病毒均无交叉反应;批内重复和批间重复循环阈值(Ct)变异系数均小于1%;应用该方法可成功检出水貂外周血淋巴细胞中的犬瘟热病毒。说明建立的检测方法敏感性、特异性、重复性好,可以用于水貂犬瘟热病毒的临床检测。 相似文献
18.
本研究旨在建立一种灵敏、快速检测猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)的TaqMan荧光定量RT-PCR方法。参照GenBank中PDCoV有关基因序列,设计一对特异性引物用于扩增PDCoV M 基因。将测序正确的基因片段克隆入pMD18-T载体,构建重组质粒作为建立标准曲线的病毒模板。设计合成一对特异性引物与TaqMan探针,进行反应条件和反应体系的优化,建立快速检测PDCoV的TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法,并进行该方法的灵敏性、特异性与重复性验证。结果表明,该方法能有效扩增1.0×10^1 ~1.0×10^9 拷贝·μL^-1 的PDCoV标准质粒,建立的标准曲线呈现良好的线性关系。该方法的检测灵敏度为1.0×10^1 拷贝·μL^-1;对猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪伪狂犬病病毒等病原不发生交叉反应,具有很好的特异性;重复性试验结果显示变异系数(CV)小于1%,重复性良好。对2017—2018年期间收集的河南省不同猪场的100份腹泻病料进行检测,PDCoV的阳性检出率为23%(23/100),与PDCoV SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的符合率为100%。人工感染PDCoV的仔猪,取攻毒后不同时间的粪便样品,应用本研究建立方法与常规RT-PCR方法对样品进行检测,TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的灵敏度远远优于常规RT-PCR。上述结果表明,本研究所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法能够灵敏、特异地检测PDCoV,可用于临床PDCoV的检测。 相似文献
19.
为建立鉴别绵羊痘病毒(SPPV)和山羊痘病毒(GTPV)的检测方法,本研究针对这2种病毒的基因组序列,分别设计2对特异性引物,通过对引物浓度、退火温度等的优化,建立了快速鉴别检测SPPV和GTPV的双重PCR方法。该方法分别扩增出SPPV长度为177 bp和GTPV长度为222 bp的目的片段。特异性试验结果显示,该方法对牛疙瘩皮肤病病毒、犬细小病毒、大肠杆菌O157、沙门氏菌、健康羊组织和牛组织均无扩增。敏感性试验显示,该方法最低可检测1.725×107copies/μL的SPPV和1.71×106copies/μL的GTPV。应用该方法对50份临床病料样品进行检测的结果与病毒分离鉴定结果一致,均检出5份感染GTPV的病料和2份感染SPPV的病料,表明该方法可以用于临床病料样品的检测。 相似文献
20.
《中国兽医学报》2016,(4):572-578
山羊痘和绵羊痘是由羊痘病毒引起的一种急性、热性、接触性传染病。为了更快、更准确的诊断该病,本研究根据Gen Bank已经发表的GTPV和SPPV参考毒株(登录号分别为AY077836和AY077832)A29L基因序列,设计合成了1对特异性引物和2条Taq Man探针,同时制备重组质粒标准品。经过反应条件的优化,建立了羊痘病毒实时荧光定量PCR检测方法,对所建立的实时荧光定量PCR方法反应体系的特异性、灵敏性和重复性进行了评价,并用此方法对19份临床样品进行了检测。结果显示:该诊断方法与4种非羊痘病毒不发生交叉反应,并且山羊痘病毒和绵羊痘病毒之间也不发生交叉反应。该方法的重复性试验变异系数均低于2%,并且双重实时荧光定量PCR最低浓度检测限分别为470和440 fg。对标准阳性模板进行定量检测,生成的标准曲线相关系数分别为0.995和0.997。在检测的临床样品中,GTPV和SPPV阳性分别有14和4份,混合感染有1份。结果表明所建立的方法具有良好的特异性,灵敏性、稳定性,可以对GTPV和SPPV进行准确的定量检测。 相似文献