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1.
miR-let-7广泛参与动物组织器官发育调控,是研究猪甲状腺发育的重要候选miRNAs。为了研究miR-let-7家族在约克夏猪(Sus scrofa)甲状腺生长发育过程中的作用,本实验一方面通过对不同发育阶段(胚龄105,出生后60、90、150日龄)的猪甲状腺组织切片进行苏木精-伊红染色(hematoxylin-eosin staining,HE),研究甲状腺发育形态学的变化;另一方面,采用原位杂交(in situ hybridization,ISH)和荧光定量PCR技术鉴定miR-let-7家族在不同生长阶段(胚龄105,出生后60、90、150日龄)约克夏猪甲状腺中的表达。HE染色结果发现,甲状腺滤泡随着日龄的增加逐渐增大。原位杂交结果显示,miR-let-7主要位于甲状腺的滤泡上皮细胞中,并且let-7的表达在出生后有先减少后增加的态势。通过荧光定量PCR结果发现,在生长期随着日龄的增加,let-7d-5p、let-7f和let-7g的相对表达量逐渐上升,let-7c、let-7d-3p、let-7e和let-7i的表达先升后降。研究结果提示,约克夏猪甲状腺miR-let-7的表达直接或间接影响甲状腺激素水平的变化,在甲状腺生长发育中发挥了重要的作用,为深入研究猪的生长发育提供了一个新的思路。 相似文献
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热胁迫下水稻miR396家族及靶基因OsGRFs的表达研究 总被引：1，自引：0，他引：1
miRNA是真核生物体内一类非编码的小RNA,在动植物发育过程中发挥重要作用,但迄今为止,其在水稻耐高温方面的分子机理研究很少。为进行水稻(Oryza sativa)高温胁迫下miRNA的功能研究,前期通过小RNA测序发现,miR396家族是响应水稻高温胁迫最显著的家族。为了进一步研究miR396家族响应高温胁迫的分子机制,本研究对水稻日本晴(Oryza sativa spp.japonica cv.Nipponbare)苗期叶片进行不同时间48℃高温处理,通过q RT-PCR法分析8个miR396家族成员以及12个预测的靶基因生长调节因子(growth regulating factor,GRF)家族的表达情况。结果显示,miR396家族8个成员及12个预测靶基因对高温胁迫应答不同。miR396a、miR396e和miR396f在每个时间的高温胁迫呈上升表达,而miR396b,miR396c,miR396d,miR396g,miR396h在1.5、3、6 h呈下降表达,在12、24 h呈不同程度上升表达;miR396a、miR396e和miR396f在高温胁迫下上升表达10倍以上,其中miR396f上升100倍以上。Os GRF家族随高温胁迫呈不规律的上升或下降表达,其中Os GRF2随着胁迫时间增加持续下降表达至8~10倍。并且Os GRF2与miR396a、miR396e和miR396f的表达呈高的负相关,表明Os GRF2为miR396a、miR396e和miR396f的靶基因。研究结果表明miR396在水稻耐高温方面有关键作用。 相似文献
3.
为筛选适用于大黄鱼miRNA研究的内参基因,选取饥饿试验组(EG)中饥饿21d及正常投喂组(CG,对照)的大黄鱼肌肉组织进行miRNA高通量测序,初步筛选得到稳定表达的6个miRNA:miR-23a-3p,miR-4508,miR-1961,miR-1297,miR-1956-3p和Let-7。采用实时荧光定量PCR法检测这6个miRNA和3个传统的内参基因(U6,5S和18S)在大黄鱼6种组织(肌肉、肝脏、肾、脾、脑和心脏)以及不同饥饿时间段的肌肉组织中的表达,并利用Ge Norm,Best Keeper以及Norm Finder对数据进行分析。结果表明,miRNA的表达稳定性优于传统内参基因。在CG组大黄鱼不同组织中,最稳定单内参基因是miR-23a-3p,最佳内参基因组合为miR-23a-3p和Let-7。在不同饥饿时间的EG组大黄鱼肌肉组织中,最稳定单内参基因是miR-23a-3p,最佳内参基因组合为Let-7和miR-1961。本试验结果为研究大黄鱼miRNA时内参基因的选择提供了参考。 相似文献
4.
最近的研究表明,血管活性肠肽(VIP)与家禽的就巢习性密切相关。本研究采用反转录PCR方法从黒番鸭(Cairina moschata)母鸭下丘脑组织中克隆了血管活性肠肽受体(VIPR-1)基因的cDNA序列,长度为1125bp,编码355个氨基酸(GenBank登录号:JN625215)。序列比对结果表明,该序列与家禽(鸡、火鸡、鹌鹑)和哺乳动物(人、小鼠、猪、牛)的基因序列分别有93%~94%和69%~71%的同源性,而相应氨基酸序列的同源性分别为96%和70%~72%。荧光定量PCR结果发现,黒番鸭VIPR-1基因的表达量在产蛋期、就巢期和休产期差异显著(P<0.05)或极显著(P<0.01),就巢期表达量最高,休产期次之,产蛋期表达量最低,表明VIPR-1基因与繁殖阶段变化密切相关;对不同组织VIPR-1的表达量分析发现,VIPR-1在垂体、下丘脑和卵巢中均有表达,其中垂体最多,其次是下丘脑,卵巢中的表达量最低,差异极显著(P<0.01)。研究结果提示,VIPR-1基因具有高度保守性,参与下丘脑-垂体-卵巢轴(特别是垂体)对黑番鸭就巢行为的调控。 相似文献
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前期对固始鸡1日龄和36周龄下丘脑miRNA的Solexa测序分析表明,let-7a为鸡(Gallus domesticus)下丘脑发育过程高丰度差异性表达miRNA.为全面了解鸡let-7a的功能,采用实时定量PCR检测了1日龄和36周龄固始鸡两个发育阶段13种组织中let-7a的表达情况.结果表明:let-7a在所检测的组织中呈广泛性表达,其在下丘脑中的表达趋势与高通量测序结果一致;1日龄时,let-7a在下丘脑和肾脏中高丰度表达,在肺中低丰度表达,其他组织中适度表达;36周龄时,let-7a在各组织中的表达量都较低,除了在肺中的表达量较1日龄上升外,其余各组织的表达量都下降.同时,采用两种算法预测了let-7a的靶基因,并对107个共有靶基因进行了基因本体功能(Go)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,结果显示:靶基因主要在生物学过程调节相关的生物学过程中富集,尤其是与矿物质和磷代谢相关的调节过程;且在粘着斑、细胞外基质受体互作、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等3个通路中显著富集(P＜0.01).这些结果为进一步研究let-7a功能提供了有益线索. 相似文献
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MLO基因是植物特有的一类基因家族,在调控植物抵抗生物和非生物胁迫方面起着重要作用。为了揭示葫芦科作物MLO基因的遗传变异及系统发育关系,本文以黄瓜、甜瓜和西瓜基因组数据为基础,利用生物信息学方法对其MLO基因家族进行鉴定与分析。结果发现,黄瓜、甜瓜和西瓜基因组中共含有42个MLO基因家族成员,每一个物种均含有14个成员,且保守性强;系统发育关系揭示了这些成员在黄瓜、甜瓜和西瓜基因组中并不呈现一一对应关系,表明MLO型基因在这3种植物分化之后分别发生了扩展和丢失;进一步将其与模式植物拟南芥、番茄、豌豆MLO型白粉病基因进行聚类分析:一方面,借助于拟南芥MLO基因的分类标准,揭示了在黄瓜、甜瓜和西瓜基因组中也存在双子叶植物MLO型白粉病基因的特异区组,他们各自至少包含3个候选的白粉病基因,序列比对进一步发现这些基因均具有MLO型白粉病基因的典型结构特征,如7个跨膜结构域、钙调蛋白结合区以及两个缩氨酸区域(I和II);另一方面,大部分区组中包含的MLO基因均来源于拟南芥和黄瓜、甜瓜和西瓜MLO基因家族的成员,表明了MLO基因家族在拟南芥和葫芦科作物分化之前就已经存在。EST表达分析表明MLO基因广泛地参与到黄瓜、甜瓜和西瓜器官的营养生长和生殖生长。研究结果为揭示黄瓜、甜瓜和西瓜MLO基因的进化关系、功能及克隆表达分析奠定了基础。 相似文献
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猪(Sus scrofa)SARM1基因是重要的抗猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)候选基因,建立稳定表达SARM1的猴胚胎肾上皮细胞系(MARC-145)是进行SARM1功能研究的基础。本研究成功构建p EGFP-N1-p SARM1真核表达载体,并在MARC-145细胞中瞬时转染,结果显示,猪SARM1-GFP融合蛋白定位于MARC-145细胞的线粒体。使用浓度为800μg/m L的G418对转染p EGFP-N1-p SARM1的细胞进行加压筛选6 d,并进一步使用单克隆法筛选出稳转细胞系,结果显示,稳转细胞系形态正常,绿色荧光稳定表达。RT-PCR和Western blot检测结果均显示SARM1基因在稳转细胞系中稳定表达。应用q RT-PCR方法在PRRSV感稳转细胞系12 h后可以检测到PRRSV开放阅读框7(open reading frame 7,ORF7)在稳转细胞系中表达,并且稳转细胞系中ORF7的表达量在感染后12、24和48 h极显著低于普通MARC-145细胞中的表达量(P<0.01)。组织半数感染量(50%tissue culture infective dose,TCID50)测定进一步证明PRRSV在稳转细胞系中复制能力较低。本研究为进一步开展猪SARM1在PRRSV感染过程中的功能研究提供了基本材料。 相似文献
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为阐明毛竹NF-Y家族基因的结构、进化关系和表达情况,本研究利用水稻和拟南芥NF-Y家族的蛋白序列,通过Blast比对分析,鉴定出33个毛竹NF-Y家族基因。基于植物NF-Y亚家族成员的氨基酸序列特征,毛竹33个NF-Y家族成员分为3个亚家族,分别命名为Ph NF-YA、Ph NF-YB和Ph NFYC。构建毛竹、二穗短柄草、粟、水稻和拟南芥NF-Y家族系统发育树,结果表明,毛竹各NF-Y亚家族成员的进化趋势不同,与Ph NF-YA亚家族相比,Ph NF-YB和Ph NF-YC在进化上较为保守,毛竹在NF-YA亚家族上可能出现了扩增,而在NF-YB和NF-YC两个亚家族上可能出现了成员丢失现象。通过Cufflinks等软件对毛竹7个组织材料的转录本深度测序数据分析,发现有些NF-Y家族基因在各器官中普遍表达,如Ph NF-YA7、Ph NF-YA3和Ph NF-YB8在根茎叶中均有表达;有些NF-Y家族基因则在特定器官表达,如Ph NF-YA1、Ph NF-Y2、Ph NF-YA4和Ph NF-YA10在竹笋幼根表达。实时荧光定量RT-PCR分析毛竹NF-Y家族基因在毛竹笋各个组织的表达情况,结果表明,毛竹NF-Y家族基因在不同的节间组织中差异表达。本研究结果为进一步深入探究毛竹NF-Y家族基因功能奠定了理论基础。 相似文献
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BBX转录因子家族参与植物幼苗的光形态建成、开花、光周期调控及避荫反应等,在高等植物的生长发育过程中起到重要作用。为了解葡萄中BBX基因家族功能,本研究利用生物信息学方法对葡萄BBX基因家族成员的数量、结构、启动子、氨基酸特性、染色体定位及基因进化进行分析。结果表明,葡萄BBX家族有25个成员,以酸性蛋白为主;亚细胞定位表明,有4个分泌途径信号肽,VvBBX2、VvBBX5、VvBBX7、VvBBX20;有2个叶绿体转运肽,VvBBX23、VvBBX24;有1个线粒体靶向肽VvBBX1。染色体定位分析发现,25个VvBBXs基因主要分布在1、3、4、5、7、9、11、12、14、18、19共11条染色体上;系统发育进化分析发现葡萄BBX家族成员分为5个亚家族;葡萄与拟南芥的同源性分析发现,葡萄BBX蛋白家族有很强的保守性;在葡萄BBX基因启动子序列中含有光相应元件、激素类响应元件、低温响应元件等多种顺式作用元件。葡萄BBX基因家族在不同发育时期不同葡萄组织中的表达谱显示,该基因家族具有一定时空表达特异性;不同光照条件下,葡萄BBX基因的相对表达量有显著变化,这表明葡萄BBX基因家族与光形态建成及光合作用有着密切的关系。本研究结果为葡萄BBX基因家族的进一步功能分析提供了重要研究基础。 相似文献
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为探究胆汁酸对动物肠道菌群组成的影响,明确胆汁酸、肠道细菌与肠道功能间的关系,通过胆总管结扎,构建肠道内源胆汁酸缺乏的大鼠模型,模型大鼠灌服鹅去氧胆酸7 d后,取结肠组织,分别进行HE染色、ELISA和Western Blot杂交试验,观察肠道组织形态变化,探究鹅去氧胆酸对大鼠肠道炎症因子和NF-κBp50/p65表达水平的影响;利用高通量测序分析大鼠肠道菌群结构的变化,揭示鹅去氧胆酸影响肠道菌群结构和肠道功能的机制。结果表明,鹅去氧胆酸能够显著降低肠道中芽孢梭杆菌属、红椿菌属及丹毒菌属细菌的丰度,改变大鼠肠道菌群结构,下调p50、p65亚基的表达水平,抑制NF-κB信号通路,降低TNF-α、IL-6、IL-1β等炎症因子的表达水平,有益于维持肠道正常功能。综上所述,胆汁酸可能通过改变肠道菌群结构,影响肠道功能。本试验为胆汁酸及肠道菌群的重要生理功能的研究提供了理论依据。 相似文献
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泛素家族是一类含有保守性泛素结构域的蛋白质统称,主要通过ATP依赖性的泛素-蛋白水解酶复合体通路选择性降解细胞蛋白的各种生理活动。本研究基于HMM模型,已知泛素氨基酸序列作为训练集,搜索拟南芥信息资源数据库并鉴定AtUBQ家族成员,然后对这些基因编码的蛋白质序列进行基因结构分析、染色体定位、多序列联配、系统发育树构建和组织差异表达分析。结果表明,AtUBQ家族中共有13个推定的AtUBQ基因,命名为AtUBQ01~AtUBQ13,均属无内含子基因且结构基本相同,非均匀分布于拟南芥5条染色体;AtUBQ家族可划分为A、B和C3个亚家族,其中76.92%的基因编码蛋白质属于A亚家族;EST搜索发现除AtUBQ02和AtUBQ07基因无EST数据支持外,余下的AtUBQ基因在拟南芥根、芽和叶等7个组织中呈现差异表达,仅见AtUBQ08和AtUBQ10基因在上述7个组织中均表达,而AtUBQ03基因仅表达于叶中。本研究结果可为进一步开展该家族的生物学功能和分子进化机制的研究提供基础资料。 相似文献
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myf6基因属于MyoD家族成员之一,为成肌细胞分化成肌管的重要调控因子。本研究旨在克隆鹅(Anser anser)myf6基因,并进一步探讨该基因的结构与功能,揭示其在胚胎期和填饲后的表达特征。以鹅肌肉总RNA为模板,采用RACE的方法,克隆该基因全长cDNA序列,并进行生物信息学分析。运用实时荧光定量PCR检测myf6基因在鹅不同胚胎期mRNA的表达规律,以及填饲对其表达的影响。鹅myf6全长cDNA为1 196 bp,包括90 bp的5'UTR,383 bp的3'UTR和723 bp的开放阅读框(ORF),共编码240个氨基酸(GenBank登录号:JQ905627)。经预测鹅myf6编码蛋白的分子量为26 214.4,等电点为5.68,平均亲水性为-0.595,为不稳定亲水蛋白。预测鹅myf6蛋白具有Basic和HLH这两个明显的结构域,bHLH蛋白结构域形成剪刀状α-螺旋二聚体,且不同物种间HLH氨基酸序列高度同源。鹅myf6基因CDS区序列与鸭(Anas platyrhynchos)同源性最高,为98.62%,与哺乳类同源性在81%左右,与鱼类同源性较低,仅62%～66%。构建的系统进化树显示,所有哺乳类、鸟类、硬骨鱼各形成一个大的分支,两栖类形成独立分支,鹅首先与绿头鸭(Anas platyrhynchos)聚成一支,分子进化地位上关系最近,其次聚类顺序较近的物种为红原鸡(Gallus gallus),该结果与这些物种在生物学上的分类是较一致的。荧光定量PCR结果显示,鹅myf6 mRNA在胚胎早期第7天就有少量的表达,7天以后表达量逐渐上升,随后在胚胎中期表达量明显升高;其在E18肌肉组织中表达量达到高峰后下降,胚胎发育后期E21 myf6 mRNA的表达量是E25的近4倍,E25后逐渐趋于平稳;E18与E14、E15、E25和E28的表达差异极显著(P0.01),E21与E25、E28的表达也差异极显著(P0.01),与E14、E15的表达差异显著(P0.05)。在鹅的胸肌和腿肌组织中,填饲组myf6 mRNA表达量高于对照组中该基因的表达量,且胸肌组织达到显著水平(P0.05)。鹅myf6基因的表达具有组织特异性,该结果为进一步研究生肌调节因子myf6基因结构及其在鹅胚胎期肌肉发育中的作用提供了理论基础。 相似文献
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非表达因子基因(NPR1)是植物系统获得抗性的激活子,也是植物响应病原菌侵染过程中的核心因子之一,在植物抗病性方面发挥着非常重要的作用。为明确高粱NPR1基因家族成员及SbNPR1的表达特性,本研究通过生物信息学及实时荧光定量PCR(RT-qPCR)方法,对高粱NPR1基因家族进行鉴定和表达分析。结果表明,共鉴定到5个高粱NPR1基因SbNPR1~SbNPR5,其氨基酸序列长度介于480~621 aa之间,理论分子量介于50.496 81~67.648 06 kDa之间,理论等电点介于5.64~6.11之间;系统进化分析显示,SbNPR1与甘蔗Sh253P03亲缘关系最近;基因结构分析表明,该家族各个成员之间的外显子和内含子数量差异变化较小;RT-qPCR分析表明,SbNPR1基因在高粱不同器官中的表达具有组织特异性;经激素独脚金内酯(GR24,1 μmol·L-1)和水杨酸(SA,1 mmol·L-1)处理后,SbNPR1的表达分别被抑制和诱导;20%的聚乙二醇(PEG6000)和250 mmol·L-1的NaCl处理下,SbNPR1的表达呈现先升高后降低的趋势,在0.5 h表达量达到最大值,之后下调;而经甘露醇(D-mannitol,300 mmol·L-1) 处理后,SbNPR1基因表达量在3 h后开始下降;高粱经病原相关分子模式(PAMPs)flg22(100 nmol·L-1) 和几丁质(Chitin, 8 nmol·L-1)处理后,SbNPR1受到flg22的诱导表达,在12 h时表达量最高,而在Chitin作用下,SbNPR1的表达受到抑制。本研究为进一步探索NPR1家族在调节高粱抗性、信号转导、植物激素以及胁迫调控等过程中的作用提供了基础。 相似文献
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绒山羊的绒毛品质、产量与皮肤毛囊的生长发育密切相关。本研究旨在构建绒山羊(Capra hircus)成纤维细胞生长因子5基因(fibroblast growth factor 5,FGF5)的毛囊特异性表达载体,并证明其表达的有效性。分别以绒山羊基因组和c DNA为模板,利用PCR方法克隆角蛋白关联蛋白6-1(keratin associated protein 6-1,KAP6-1)基因的启动子和FGF5基因的编码区序列(coding sequence,CDS),并将这两个元件连接到去除CMV启动子的真核表达载体p EGFP-N1上,FGF5与增强绿色荧光蛋白(enhanced green fluorescent protein,EGFP)基因表达框之间以猪捷申病毒(Porcine teschovirus,PTV)2A(P2A)相连,构建毛囊特异性表达载体p EGFP-N1-KF。表达载体转染绒山羊胎儿成纤维细胞后,对细胞表达产物进行q RT-PCR和Western blot检测。酶切鉴定结果表明,载体p EGFP-N1-KF构建成功;q RT-PCR结果表明,FGF5正常表达;Western blot结果显示,P2A能够有效剪切FGF5和EGFP融合蛋白。表明成功得到了绒山羊FGF5基因的毛囊特异性表达载体并在绒山羊胎儿成纤维细胞中能正常表达。本实验为进一步研究绒山羊FGF5基因在毛囊发育和周期调控中的作用提供了技术支持。 相似文献
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快速碱化因子是近年来新发现的一种植物多肽类信号分子。根据已知的普通白菜两用系中可育株系特异表达的快速碱化因子基因BcMF14序列,在其编码框两侧设计引物,从紫菜薹中克隆出该类信号分子基因,命名为BcMF14p(登陆号:EF523517),全长273 bp,不含内含子,编码框包含222个核苷酸,编码73个氨基酸。NCBI在线同源比对结果表明该基因属于快速碱化因子家族,与花椰菜、拟南芥等的快速碱化因子核苷酸序列相似性达到86%以上。对该信号分子的表达进行RT-PCR分析,结果显示BcMF14p只在紫菜薹花蕾、花、角果等生殖器管中表达,在茎、叶等营养器官中不表达,说明BcMF14p可能参与紫菜薹生殖发育过程中的信号传导。 相似文献
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泛素特异蛋白酶是一个广泛存在于真核生物中且高度保守的基因家族，通过去泛素化作用调节细胞蛋白的各种生理活动。为了系统探究葡萄UBP基因家族功能，本研究运用生物信息学方法对葡萄UBP基因家族成员进行鉴定与分析，利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术分析VvUBPs基因在不同非生物胁迫下的表达模式。结果表明，VvUBP基因家族包括27个成员，编码序列（CDS）长度为594～4 812 bp，编码氨基酸序列长度为197～1 603 aa。系统进化分析结果显示，UBP基因家族可分为8个亚组（GⅠ～GⅧ）。VvUBPs在茎中的表达水平相对较低，VvUBP27、VvUBP10和VvUBP23分别在卷须、花和叶中表达水平较高。外源茉莉酸甲酯（MeJA）处理可显著诱导VvUBP5、VvUBP12、VvUBP18和VvUBP27等4个基因高表达，外源水杨酸（SA）处理可显著诱导VvUBP5和VvUBP19基因高表达。VvUBP15在盐胁迫浓度0.6%时的表达量增加最明显，VvUBP6在弱光胁迫下表达显著下降以及VvUBP25在高温胁迫6 h时增幅最大。综上，VvUBP基因家族成员能够响应不同的非生物... 相似文献
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为了研究南极磷虾油对脂代谢的调节作用,利用非标记(Label-free)蛋白质定量技术,比较分析灌胃南极磷虾油对高脂模型小鼠肝脏蛋白的表达影响。结果表明,与模型组相比,灌胃磷虾油后,试验组和正常组中差异蛋白表达上调的分别有125个和109个,下调表达的分别有99个和95个。进一步分析脂代谢差异蛋白发现,在试验组和正常组中表达上调的分别是棕榈酰蛋白硫酯酶1 (PPT1)、载脂蛋白B100(APOB100)、短支链酰基辅酶A脱氢酶(ACADSB)、3-羟基酰基-CoA脱水酶3(HACD3)和磺基转移酶1A1(SULT1A1);表达下调的分别为酰基辅酶A合成酶中链家族成员3(ACSM3)和酰基辅酶A合成酶家族成员2(线粒体)(ACSF2)。结合脂代谢通路分析和蛋白质相互作用网络图进一步推测,ACADSB、ACSM3和ACSF2等蛋白质在南极磷虾油调节脂代谢中起着重要的调控作用。本研究结果为深入解析南极磷虾油的作用机理和调节脂代谢的分子机制提供了依据。 相似文献