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1.
《果树学报》2017,(8)
【目的】遗传结构分析能够提供个体的血统来源及组成信息,是遗传关系分析的重要手段。研究越橘栽培种和中国野生种的遗传结构差异,以期为我国越橘育种中野生越橘资源的发掘、利用提供遗传背景依据。【方法】筛选EST-SSR引物并对越橘属84份种质资源的基因组DNA进行PCR扩增,利用ABI 3730xl DNA遗传分析仪进行毛细管电泳分离,统计条带并计算遗传多样性指数,利用STRUCTURE软件构建遗传结构图并进行基于Nie’s遗传距离的聚类分析和主成分分析。【结果】1)从54对EST-SSR引物中筛选到8对高多态性引物,共检测到101个等位变异,平均值12.63,有效等位基因数(Ne)、Shannon’s多态性信息指数(I)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)平均值分别为8.711、2.262、0.523和0.860,多态性信息含量(PIC)为0.640~0.915,平均值为0.845,所选引物多态性高。2)贝叶斯遗传结构分析表明,当K=4时,ΔK最大,供试材料被划分为4个类群,类群S1主要是红豆越橘(Vaccinium vitis-idaea)和蔓越橘(V.macrocarpon),以红果类型为特征;类群S2主要是笃斯越橘(V.uliginosum),以抗寒为特征;类群S3主要包括南高丛越橘(V.corymbosum SHB)和兔眼越橘(V.ashei),以低需冷量为特征;类群S4主要包括北高丛越橘(V.corymbosum NHB)和半高丛越橘(V.corymbosum HHB),以高需冷量为特征,表明越橘种质资源内部存在明显的遗传结构差异,4个类群与材料的抗寒性、低温需冷量特性等有明显的对应关系。3)N-J聚类分析和主成分分析结果表明,野生越橘与引进的栽培品种之间亲缘关系较远。4)供试84份材料中Q值≥0.6的品种占91.67%,绝大多数供试越橘资源遗传背景较单一。【结论】从国外引进的越橘栽培种和我国野生种间存在一定程度的基因交流,不存在绝对的生殖隔离,可以通过杂交的方式获得变异植株,实现越橘种质创新和遗传基础拓宽,应加大我国野生越橘资源的发掘和利用。 相似文献
2.
【目的】采用高通量测序技术解析余甘子种质资源的群体遗传结构和遗传多样性，为余甘子系统分类、遗传资源创新利用提供理论基础。【方法】利用ddRADseq技术对112份余甘子种质资源进行高通量简化基因组测序，利用Cutadapt和Trimmomatic软件对原始数据进行过滤，筛选得到高质量测序数据；使用MUNEAK软件进行多态性标记发掘，基于获得的SNP和InDel标记，进行群体结构分析、主成分分析、系统发育分析及遗传多样性分析。【结果】余甘子测序样品共获得8934个SNP和InDel标记，群体结构分析将余甘子种质分为2个类群，类群划分与种质来源地相关，该结果与主成分分析和系统发育分析相一致。余甘子各种质间遗传距离为0.027～0.459，平均遗传距离为0.248；云南地区的余甘子种质的期望杂合度、观测杂合度及多态性信息含量值最高，依次为0.267、0.184及0.218；余甘子群体间的Fst在0.080～0.266之间，群体遗传分化程度中等偏高。【结论】该测序技术可有效地解析余甘子种质的群体结构和遗传多样性，为余甘子种质资源的鉴定评价、系统分类及遗传多样性研究提供参考。 相似文献
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苹果属植物种质多样性的SLAF-seq分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用简化基因组测序技术—特异性位点扩增片段测序技术（Specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq）对509份苹果属植物种质进行测序,获得586 454个SLAF标签,其中多态性SLAF标签463 612个;经过序列比对,根据完整度 > 0.94、次要等位基因频率（MAF）> 0.05,过滤筛选得到46 460个多态性单核苷酸（SNP）位点;基于这些SNP位点构建苹果属植物不同种的系统发生树并分析主成分。结果表明,通过SLAF-seq技术能够在全基因组范围内快速开发高通量的SNP标记,并直接用于苹果属植物种质资源遗传多样性研究中。34种509份苹果属植物的多样性水平较高（He = 0.318,I = 0.488,Ae = 1.520）,在多于1份试材的种群中,变叶海棠的遗传多样性水平最高,中国苹果的遗传多样性水平最低。综合聚类分析和主成分分析结果表明,供试苹果属植物分为5个基本的类群,Ⅰ山荆子类群,Ⅱ苹果属植物野生种类群,Ⅲ苹果栽培品种类群,Ⅳ以中国苹果、八棱海棠、花红、楸子和海棠花为主的类群,Ⅴ新疆野苹果类群。野生种丽江山荆子、山楂海棠、陇东海棠、变叶海棠、花叶海棠、滇池海棠和沧江海棠聚类比较紧密,栽培种之间的亲缘关系相对较近,栽培品种与东方苹果和森林苹果等野生种聚在一起,新疆野苹果与中国原产苹果属栽培种的亲缘与起源演化关系有待于进一步考究。 相似文献
4.
5.
《园艺学报》2019,(11)
利用简化基因组测序技术(SLAF-seq)对304份葡萄种质进行测序,最终获得466 618个SLAF标签,其中多态性SLAF标签392 374个。通过序列分析,获得481 192个有效单核苷酸(SNP)多态标记,并基于这些SNP分析和构建了304个葡萄种质的群体结构和系统发生树。结果表明,SLAF-seq技术能高效、低廉地开发出大量可用于群体遗传分析的SNP标记。通过构建进化树分析发现,欧亚种、欧美杂种及野生种葡萄彼此分开,其中姊妹系品种及具有亲子代关系的品种各自聚在一起,中国葡萄地方品种与国外古老葡萄品种的亲缘关系最近,且起源及遗传背景不详的古老葡萄品种与野生种的亲缘关系较改良品种更近。该结果可为后期进一步研究葡萄的起源进化提供参考,同时为构建SNP指纹数据库提供了基础数据。 相似文献
6.
为了探讨广东省和平县猕猴桃栽培品种和野生种之间的亲缘关系和类群聚合,试验采用优化后的猕猴桃RAPD分子标记方法,对源自广东省和平县的21个猕猴桃品种(引进和野生)进行分子多态性比较和聚类分析.结果表明:猕猴桃种间的相似性系数为65%～90%,依据不同的相似性系数水平把21个种及品种分为不同的类群、所聚类群与传统的形态学分类有一定的差异;猕猴桃野生种与栽培品种之间有较大的差异,但中华猕猴桃和美味猕猴桃2个种内的各个栽培品种在聚类上互有交叉.黄毛猕猴桃品种与毛花猕猴桃、京梨猕猴桃、阔叶猕猴桃等野生种之间差异小,亲缘关系较接近,推测可能起源于同一个祖先种.广东和平县猕猴桃属植物类型丰富,具有较高的遗传多样性. 相似文献
7.
《果树学报》2016,(4)
【目的】探讨不同程度的高温对高丛越橘叶片气孔特征及其气体交换参数的影响。【方法】以6个高丛越橘(Vaccinium corymbosum L.)品种的2 a生幼苗为试验材料(南高丛品种‘奥尼尔’‘海岸’和‘蓝脊’;北高丛品种‘公爵’‘布里吉他’和‘蓝丰’),利用人工气候箱控制生长温度的条件下,共设置4个温度处理,即对照(25℃)、轻度增温(30℃)、中度增温(35℃)和重度增温(40℃),利用印迹取样法及空间分析技术研究了6个越橘品种叶片气孔的结构特征和空间分布格局。利用Li-6400便携式光合测定系统测定了叶片的气体交换参数。【结果】研究发现叶片的气孔密度、气孔结构及其空间分布格局对增温产生的响应在南高丛和北高丛越橘2个类群之间没有明显的特异性区别。然而,高丛越橘叶片气孔特征对高温的响应在不同品种间却存在着较大的差异。高温改变了‘海岸’‘蓝脊’‘布里吉他’和‘蓝丰’的气孔结构特征,但没有对‘奥尼尔’和‘公爵’产生影响;同时,高温导致‘奥尼尔’和‘布里吉他’叶片气孔的空间分布变得更加规则。另外,高温处理导致高丛越橘品种叶片的净光合反应速率(Pn)、气孔导度(Gs)和蒸腾速率(Tr)均呈先升高后降低的趋势,但其最大值随着品种的不同而发生变化。【结论】高温条件下高丛越橘通过调整气孔结构特征和优化气孔的空间分布格局来进一步提高气体交换效率。然而,气孔结构和功能进行调整和优化的能力在品种间存在较大的差异,最终导致了各品种叶片气体交换参数对高温响应的不同,特别是在抵抗极端高温方面表现得尤为突出。 相似文献
8.
贵州地方火龙果芽变种质DNA指纹图谱及遗传多样性的ISSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】为了构建火龙果芽变种质的DNA指纹图谱,并揭示种质间的遗传关系,【方法】以贵州近几年选育的一些优良火龙果种质为试材,采用ISSR标记技术和NTSYS 2.01软件对这些新种质及其原始品种进行分析。【结果】利用筛选出的52条引物进行PCR扩增,共扩增出364个清晰、重复性好的标记,其中215个(60%)为多态性标记。M08、845和881等3个引物扩增出的标记能将22份种质区分开来。采用NTSYS 2.01软件计算,供试种质间的相似性系数为0.70~0.96,平均0.81,其中红肉种质间平均值为0.82,白肉为0.89。UPGMA聚类分析显示,在相似系数0.9处可将供试材料分为11类,其中7份分别各自聚类(红肉占86%)。【结论】火龙果体细胞变异率较高,且红肉品种高于白肉品种,通过芽变选种能有效地实现遗传改良。 相似文献
9.
中国枣树干腐病菌(Botryosphaeria dothidea)群体遗传多样性的ISSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《果树学报》2017,(8)
【目的】从分子水平上揭示我国枣树干腐病菌群体的遗传特点,探究其遗传变异的规律。【方法】采用正交实验设计的方法,对影响ISSR-PCR扩增的4个因素进行研究。采用ISSR分子标记,对161株供试病原菌进行PCR扩增,通过Pop Gene和Arlequin软件对其群体遗传多样性和遗传分化情况进行分析。【结果】从40条ISSR引物中筛选到10条扩增多态性良好的引物,建立了适合枣树干腐病菌ISSR-PCR扩增的体系。采用该体系共在132个位点扩增出条带,其中多态性位点129个,多态性位点百分率为97.93%。Pop Gene结果显示,在物种水平上,供试病原菌的基因多样性指数和Shannon信息指数分别为0.256 3和0.397 8。分子方差分析表明,不同地理种群间的遗传变异占总变异量的7.94%,不同地理种群内的各自然种群间的遗传变异占总变异量的24.46%,自然种群内各分离株的遗传变异占总变异量的67.58%。聚类分析结果表明,在遗传相似系数为0.19时,可将9个病原菌自然种群划分为6个不同的聚类群。【结论】我国枣树干腐病菌(B.dothidea)群体具有丰富的遗传多样性,群体内多样性大于群体间多样性。自然种群内各分离株的遗传变异是我国枣树干腐病菌遗传变异的主要来源。我国枣树干腐病菌的各自然种群之间的遗传亲缘关系与其地理来源无明显相关性。 相似文献
10.
苹果属种质资源亲缘关系的SSR分析 总被引：15，自引：1，他引：15
应用SSR技术对59份苹果属材料进行基因组的多态性分析,从20对引物中筛选出12对SSR引物扩增出176个等位基因,平均每个位点14.7个等位基因。位点杂合度为0.4039～0.7412,遗传多样性指数为0.6156。用3对引物(CH02a04、CH02g04和CH01f03b)即可区分全部供试材料。NTSYS软件进行相似系数计算,UPGMA法聚类分析将59份苹果属材料分为3大类群,即栽培品种、地方品种和新疆的野生苹果、野生种或其变种。栽培品种中具有相同亲本起源的品种被紧密地聚到了一起,相似系数较高;地方品种与新疆的野生苹果的聚类相互交错,呈现出新疆的野生苹果作为东亚基因中心的起源种与中国各地方品种在起源演化上的相关性;各野生种及其变种类型均聚到了一起,与传统的系谱基本一致。 相似文献
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基于SSR标记的100份葡萄资源亲缘关系和群体遗传结构分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《果树学报》2021,(8)
【目的】通过表型性状鉴定分析,从山西太谷国家葡萄种质资源圃内保存的资源中,筛选出不同葡萄种质资源进行SSR分析,揭示这些不同来源的葡萄种质资源之间的亲缘关系和群体遗传结构,为葡萄种质资源的科学管理和分子标记辅助育种提供参考。【方法】以100份葡萄种质为材料,依据基因组DNA测序挖掘出的SSR引物数据,筛选出33对多态性核心引物,根据标准分子质量记录扩增DNA多态性条带,获得数据矩阵。利用每对SSR引物在100份葡萄种质资源中的等位基因组成,计算33对SSR引物的位点多态性信息含量(PIC)、100份葡萄种质资源个体间的Nei’s遗传距离,并利用MEGA 7.0软件构建NJ邻接聚类树,推断葡萄原始集合与核心集合的遗传结构。【结果】100个样本中的33对SSR标记共检测到423个等位基因,每对引物扩增条带数4～26条,平均扩增条带数为12.82条。葡萄种质资源之间的Nei’s遗传距离为0.4～0.8,占资源总量的97.80%。通过遗传结构分析并预测其最佳分组数K为2,即葡萄核心集合主要分为2个亚群,分别为欧亚种群的鲜食葡萄和杂种群,其中杂种群涵盖了欧美杂种、美洲种、中国野生种及欧亚种的酿酒品种。来自国外的美洲种的砧木和来自山西的野葡萄聚在一起,同时与欧美杂种和酿酒品种也聚为一类。可能是由于人为选种和选用目的的不同造成各品种之间遗传背景的混杂。这一结论还需进一步研究证明。【结论】33对引物将100份葡萄分为两个集群,第一集群主要为葡萄亚种鲜食葡萄品种,第二集群主要包含了欧亚种酿酒品种、欧美杂种、美洲种、中国野生种4个亚种群。 相似文献
12.
《果树学报》2015,(3)
【目的】从花粉超微结构层面,探讨新疆欧洲李种质资源各类型间亲缘关系及进化程度。【方法】运用扫描电镜的方法对5个欧洲李类型29个新疆欧洲李单株的花粉形态特征进行了观察测量及分析。【结果】供试单株花粉粒均为等极而辐射对称的单粒花粉,萌发器官属N3P4C3型,极轴均值在27.70~41.47μm,赤道轴均值在14.67~21.34μm,极轴和赤道轴的变异系数分别为8.88%和7.51%。5个欧洲李种质类型中,塔城槟子和塔城酸梅的花粉外壁纹饰类型几乎相同,基本都属于"条纹-穿孔",伽师酸梅、国外引进欧洲李品种和野生欧洲李花粉外壁纹饰的主要类型分别为"疣状-穿孔"、"条纹/脑纹-穿孔"和"宽条纹/疣状-穿孔"。【结论】新疆欧洲李花粉形态具有一定的遗传多样性,主要体现在不同种质类型间。聚类分析显示,伽师酸梅和野生欧洲李的亲缘关系较近,而国外引进欧洲李品种和塔城酸梅及塔城槟子的亲缘关系较近。新疆欧洲李种质类型的进化程度由低到高为:伽师酸梅、野生欧洲李、国外引进欧洲李品种、塔城酸梅、塔城槟子。 相似文献
13.
《果树学报》2016,(3)
【目的】由丁香假单胞猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae,Psa)引起的溃疡病是猕猴桃生产中最具毁灭性的病害,明确病菌的群体遗传特性将对了解病害发生规律和防治策略的制定具有重要理论意义。【方法】采用ERIC-PCR(enterobacterial repetitive inter-genic consensus)和BOX-PCR指纹技术分析了陕西省猕猴桃主要栽培区Psa的遗传特性。【结果】ERIC-PCR聚类结果显示,相似系数为0.626时,72个Psa菌株被分为6个类群,其中供试菌株中的75.7%属于第Ⅱ类群,且菌株无明显的采集地和寄主品种的聚类。BOX-PCR指纹聚类分析可将86个Psa菌株分为8个类群(相似系数为0.668),其中第Ⅰ类群菌株数量最多,占供试菌株数量的69.8%,其地理来源为眉县、周至、杨凌及其全部的意大利供试菌株,其中来源眉县的81.6%的菌株都聚集在该类群;菌株未表现出明显的寄主品种类群。【结论】陕西省猕猴桃溃疡病菌基因组存在丰富的遗传多样性;ERIC-PCR和BOX-PCR多态性分析技术可为我国Psa基因多样性的研究提供一个有效途径。 相似文献
14.
为了进一步探究子房室数不稳定（子房无毛、3～5室、花柱3～5裂）茶组（section Thea）居群种质（UONG）的亲缘关系,明确居群内个体的变异是否引起了种间变异,以重庆、云南及其他部分省份87个山茶属茶组和非茶组植物（外类群对照）种质为材料,利用SLAF-seq技术进行简化基因组测序和分子标记分析。测序共获得2 804 071个SALF标签,平均测序深度为11.73×。通过SALF标签比对参考基因组,共获得25 069 219个群体SNP分子标记。基于高一致性SNP数据,系统发育树、遗传结构和PCA分析等方法均将调查种质分为3种类型,即云南等的茶组和非茶组种质（Ⅰ类）、重庆大茶树居群种质（Ⅱ类）和多个省份来源的茶系（常见栽培种和‘川小种’）种质（Ⅲ类）。Ⅰ类种质中茶组植物,包含了五室茶系、五柱茶系、秃房茶系和茶系种质。Ⅱ类种质由UONG和茶系种质（形态特征介于UONG与常见茶系种质之间）组成。此外,遗传分化系数FST表明,Ⅱ类种质与其他几类种质遗传分化程度最高（> 0.3）,Ⅰ类与Ⅲ类种质之间也存在较高的遗传分化（> 0.2）。简化基因组测序分类结果和FST值表明,调... 相似文献
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葡萄果粒形状简化基因组关联分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了寻找控制葡萄果粒形状的基因位点,本研究中对304个葡萄种质的果形性状了进行简化基因组关联分析。对葡萄种质材料的基因组DNA进行测序,平均测序深度为8.13×,共开发466 618个SLAF标签,其中多态性SLAF标签有392 374个。比对测序分析获得了4 241 729个SNP标记,进一步根据完整度大于0.8以及次要基因型频率大于0.05的标准进行过滤,共得到481 192个SNP。本次检测到的控制葡萄果粒形状的相关位点为首次报道,除基于一般线性模型的SNP rs26137624外,其余检测表型遗传变异贡献率均大于11%。基于一般线性模型和混合线性模型分别关联到7个和3个显著性SNP标记,且均位于2号染色体上。通过筛选每个显著性SNP标记上下游区域,对关联区域进行功能基因挖掘,共得到10个有预测功能注释的基因和7个未知功能的基因。 相似文献
16.
部分芍药种质资源的RAPD分析 总被引：6，自引：0，他引：6
对5种野生芍药和26个栽培芍药品种的亲缘关系进行了RAPD分析。17条引物在所有供试样本中共扩增出153条反应带，其中多态带149条。对RAPD扩增结果采用UPGMA法进行聚类分析，在遗传相似度0.32处，块根芍药(Paeonia anomala)被单独分为一类，其它30份材料归为另一类；在遗传相似度0.54处，川赤芍(P.veitchii)、草芍药(P.obovata)和美丽芍药(P.mairei)3个野生种先后从30份材料中分别单独分离出来，而野生种芍药(P. lactiflora)则与所有的栽培品种聚为一类。该结果表明26个品种间的遗传背景相对一致，并与野生种芍药的遗传基础最为近密，与其它4种野生芍药的遗传差异则较大。按照与栽培品种亲缘关系由近到远的次序，4个野生近缘种依次排布为：美丽芍药、草芍药、川赤芍和块根芍药。研究结果从分子水平揭示出中国芍药品种群遗传背景狭窄，利用野生近缘种改良现有品种尚具有广阔空间。 相似文献
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引进国外的野生甜瓜种质资源果实形态多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《果树学报》2017,(3)
【目的】探究从国外引进的野生甜瓜种质资源的遗传多样性和遗传关系,为野生甜瓜种质资源的评价、分类和高效利用提供参考依据。【方法】以国外引进的100份野生甜瓜种质为材料,采集果实性状数据用于分析野生甜瓜种质资源的遗传多样性,另以我国的薄皮甜瓜、厚皮甜瓜、‘看瓜’和野生甜瓜为参照,分析国外引进野生甜瓜与我国甜瓜种质资源之间的亲缘关系。【结果】国外引进野生甜瓜果实的质量性状和数量性状平均多样性指数分别为0.98和1.79,显示出果实的数量性状具有更丰富的多样性;聚类分析表明,在欧氏距离3.0处可将国外引进野生甜瓜种质资源分为野生和半野生2个类群,在半野生类群中又可分为2个亚群,其中亚群ⅰ包含了参照种质薄皮甜瓜,亚群ⅱ则包含了参照种质厚皮甜瓜。【结论】引进的野生甜瓜种质资源具有丰富的遗传多样性,以果实的数量性状最为突出,并可以分为野生和半野生2种类型,呈现出野生甜瓜向栽培甜瓜驯化的聚类结构,暗示这些甜瓜野生种质在栽培甜瓜的起源与驯化过程中起到重要作用。 相似文献
18.
《果树学报》2017,(6)
【目的】从分子水平探究南丰柑橘种质间的亲缘关系。【方法】应用SSR技术对28份南丰柑橘种质进行基因组的多态性分析。【结果】从91对引物中筛选得到13对SSR引物,可区分全部供试材料。共扩增得到64个等位基因,平均每个位点4.92个等位基因。以遗传相似系数0.18为界,金柑属金柑单独聚为1类,柑橘属27份供试样品聚为1类。以相似系数0.59为阈值,27份柑橘属供试种质分为5个类群,其中南丰蜜橘品种群(包含小果系、大果系、桂花蒂系、早熟系)所有20份供试种质与‘蜜广’聚为一类,‘小叶广’‘火广’‘火橘’聚为一类,‘红广’‘红橘’‘本地早橘’各为一类。【结论】南丰广橘品种群中‘蜜广’与南丰蜜橘品种群有较近的亲缘关系,而‘红广’与亲本南丰蜜橘和‘红橘’的亲缘关系均较远。‘小叶广’‘火广’和‘火橘’亲缘关系较近。 相似文献
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【目的】研究江西省内野生毛花猕猴桃雄性种质的多样性。【方法】对江西省野生毛花猕猴桃雄性种质资源开展调查和收集,分析花器表型性状变异和SSR遗传多样性。【结果】供试68份毛花猕猴桃雄性种质的雄花花器在表型性状和DNA分子水平上均存在明显的变异和较丰富的遗传多样性,表型性状平均变异系数为29.19%,其中变异幅度最大的为花粉量(53.41%),最小的为花冠直径(15.47%)。通过表型聚类分析,可将该68份种质资源分为两大类群,类群A可分为2个亚类,大部分样品聚为第1亚类,主要表现为花梗较短,花冠较大,花粉活力较高,花冠颜色为粉红;第2亚类总体表现为花梗较长,花冠较小,花粉活力中等。类群B仅有2份样品,其特征为花冠大、雄蕊数多和高花粉量,在DNA分子水平上,筛选到的15对SSR有效引物共扩增出87个等位位点,均为多态性位点。Shannon’s信息指数为1.04,多态信息含量为46.48%。UPGMA聚类分析可将供试种质材料分为3类。2种聚类结果相似,Mantel分析中表型性状与分子标记结果呈显著相关(r=-0.79,p0.05),SSR分子标记在一定程度上反映了不同毛花猕猴桃雄性种质表型性状的变异情况。【结论】68份野生毛花猕猴桃雄性种质表现出较丰富的遗传多样性。其中花粉量、单花雄蕊数、花粉活力、花瓣颜色、花丝颜色、花梗长度是造成表型性状差异的主要因素。SSR分子标记分析与毛花猕猴桃花器表型聚类结果具有显著相关性,毛花猕猴桃雄花的多种表型性状是环境和基因共同作用的结果。 相似文献
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【目的】分析贵州地方柑橘品种‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征及分子标记,为研究该品种的系统进化关系、丰富柑橘类果树叶绿体分子标记奠定基础。【方法】提取‘惠水金橘’成熟叶片总DNA,构建小片段插入文库并测序,以甜橙叶绿体基因组为参考,筛选叶绿体基因组相关序列组装,开展SSR(simple sequence repeat,简单重复序列)预测、SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)/InDel(insertion-deletion,插入缺失)分析以及聚类分析。【结果】组装后获得叶绿体基因组全长为160 698 bp,GC含量为38.42%,共有117种基因被注释;检测到92个SSR位点,大部分的SSR位点都偏向于A/T组成;检测到417个SNPs位点、149个InDels位点、InDel的标记密度约为每kb 0.927个。进化树显示该品种与其他宽皮柑橘聚为一大类。【结论】利用高通量测序技术挖掘柑橘叶绿体基因组DNA分子标记是可行的。 相似文献