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1.
《分子植物育种》2015,(8)
本研究以‘富士’苹果红色芽变品种‘烟富8’果皮为试验材料,采用RT-PCR方法,克隆获得苹果UV-B受体基因UVR8的全长序列,命名为Md UVR8。结果显示,开放阅读框长度为1 359 bp,编码452个氨基酸,相对分子质量48.487 k D,等电点(PI)为5.56。蛋白质保守域分析表明,苹果UVR8蛋白包含7个RCC1结构域。蛋白质二级结构预测显示,苹果UVR8蛋白含有10个琢-螺旋,16个茁折叠,41个茁-转角。氨基酸同源性比对分析表明,苹果UVR8与已报道的其他植物的氨基酸序列相似性在69.54%~88.94%之间。核苷酸聚类分析表明,苹果和白梨首先聚为一类,其次是梅。本研究为苹果光受体对光应答的分子机理的进一步研究奠定了基础。 相似文献
2.
为获得更多小麦抗逆基因资源,利用RT-PCR方法克隆了磷脂酶D基因(PLD),命名为TaPLDα,并对基因及其蛋白进行了生物信息学分析.结果表明,TaPLDα开放阅读框为2 394 bp,编码812个氨基酸残基,等电点5.30,分子量为92 kDa.序列分析显示,TaPLDα基因编码的氨基酸序列含有N端C2结构域及2个保守的活性中心.预测TaPLDα蛋白是一个亲水性稳定蛋白且定位于细胞质,其二级结构含28.82％的α-螺旋、20.07％的延伸链、6.03％的B-转角和45.07％的不规则卷曲.该蛋白不存在信号肽,无跨膜区.TaPLDα与水稻、玉米和拟南芥的PLDα氨基酸序列之间具有高度的保守性,进化分析显示,小麦PLDα序列与毒麦、水稻和玉米PLD序列亲缘关系密切. 相似文献
3.
《分子植物育种》2020,(12)
生长素响应因子ARF在植物生长发育过程中发挥着重要的作用。本研究采用同源克隆和RACE相结合的方法,从杂交鹅掌楸叶片中克隆ARF2的同源基因,命名为LhARF2,对基因蛋白序列进行生物信息学分析,基因全长3 193 bp,包含2 589 bp的开放阅读框,编码862个氨基酸的蛋白质。蛋白质分子量为96.19 kD,理论等电点为6.21,为不稳定蛋白质;蛋白质二级结构包括α-螺旋、β-折叠、不规则卷曲和延伸链,以不规则卷曲为主;蛋白质三级结构分析显示该蛋白与拟南芥生长素响应因子(SMTL编号:4ldy.1)的序列相似性最高(67.89%)。功能结构域分析显示该蛋白质包括B3、Auxin_resp和AUX_IAA结构域。系统进化树分析表明LhARF2所编码的蛋白质与莲(Nelumbo nucifera) XP_010250544.1亲缘关系最近。激素诱导生根试验表明,拟南芥T2代幼苗相比较野生型,在没有激素处理下,根系长度差异不大;在外源激素IBA处理下,根系长度明显伸长。实时定量分析显示在IBA激素诱导下,根系和叶片表达量均上调,根系中LhARF2上调幅度分别高于WT和叶片。结果表明LhARF2基因在拟南芥中对根的生长具有促进作用,LhARF2基因受IBA激素正向调控。该研究结果为进一步分析杂交鹅掌楸LhARF2基因的功能及利用奠定基础。 相似文献
4.
新疆雪莲rbcs基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为获得新疆雪莲Rubisco（1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶）小亚基基因,并对其序列进行生物信息学分析;从已建立的新疆雪莲cDNA文库中,随机挑取单克隆,采用通用引物M13扩增并测序,测序结果在NCBI网址进行Blast比对,结果发现了2个与rbcs基因同源的序列并命名为sikrbcs1和sikrbcs2;生物信息学分析表明：sikrbcs1基因包含l个540 bp的完整开放阅读框,编码179个氨基酸,sikrbcs2基因包含l个420 bp的完整开放阅读框,编码139个氨基酸。sikrbcs1基因编码的蛋白质的理论等电点是8.90,分子量为20.1042 kD,具有2个跨膜区域,sikrbcs2基因编码的蛋白质理论等电点是7.58,分子量为15.1093 kD,不具有跨膜区域。氨基酸多序列比对表明,Sikrbcs1与黄顶菊和向日葵的相似性最高,达到83.89%,Sikrbcs2与向日葵的相似性最高达到57.54%;系统进化树显示表明,sikrbcs1和sikrbcs2都与菊花亲缘关系最近。 相似文献
5.
花生Clp蛋白酶基因(AhClpP)的克隆与序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
Clp蛋白酶通过蛋白质水解作用来清除细胞内由逆境引起的异常和具有潜在毒性的蛋白或多肽,从而保证细胞正常的生理功能。从优质大花生鲁花14种子不同发育时期混合cDNA文库中发现一条序列,全长为1 212 bp,3′端含有polyA尾,通过blastx搜索得知其为Clp蛋白酶基因。该序列与GenBank中EZ736390.1的序列相似性达到99%。以该花生cDNA序列为模板设计引物,以花生幼嫩种子cDNA为模板克隆得到花生Clp蛋白酶基因。序列分析表明,AhClpP基因的开放阅读框长度为843 bp,编码280个氨基酸,预测其分子量为30.9 kDa,等电点为9.07,编码的蛋白包含S14-ClpP-2保守结构域,无信号肽,定位于线粒体。通过与其他植物Clp蛋白酶的氨基酸序列比对,发现与拟南芥、蓖麻的Clp蛋白酶同源性较高。花生AhClpP基因的克隆为进一步研究其生物学功能和应用奠定了基础。 相似文献
6.
《分子植物育种》2015,(3)
开花抑制基因FLC(FLOWERING LOCUS C)是春化作用中的关键基因,是控制开花时间的枢纽。本研究采用RT-PCR方法,以柱型苹果杂交后代群体中早花株系为试验材料,克隆得到柱型苹果花发育相关基因Md FLC。结果显示,Md FLC开放阅读框长度为603 bp,编码201个氨基酸,推测蛋白质分子量为47.68 k D,等电点为5.18;Md FLC蛋白二级结构包含9个α-螺旋,2个β-折叠区和12个β-转角,具有MADS典型的结构域。系统进化树分析表明,Md FLC与沙梨FLC进化关系最近,与豌豆的亲缘关系最远。半定量PCR及荧光定量PCR分析结果表明,Md FLC基因在普通型苹果‘富士’及柱型苹果株系(95-31,95-41,95-45,95-107,95-152)的花芽和花不同部位(花瓣,花蕊,花萼,花托)均有表达,在柱型苹果花芽、花瓣、花蕊、花萼及花托中的表达量均低于在富士苹果中对应部位的表达量,在花芽中的表达差异尤为显著,暗示了Md FLC基因参与了柱型苹果花芽分化以及开花进程。 相似文献
7.
利用RT-PCR技术从苦荞中克隆出2条漆酶（laccase）基因,运用生物信息学技术对2个基因序列进行分析,预测结构域、二级和三级蛋白结构,进行蛋白同源比对及进化树分析。结果表明,FtLAC-1基因序列开放阅读框为1695bp,编码564个氨基酸,FtLAC-2基因序列开放阅读框为1707bp,编码568个氨基酸。FtLAC-1和FtLAC-2蛋白预测分子量分别为61.41和62.47kDa,理论等电点分别为9.45和9.41,为亲水性蛋白,2个基因序列相似性较低,氨基酸序列同源性不高。qRT-PCR分析出其在苦荞不同组织器官存在差异性表达。结论为进一步探索FtLAC-1和FtLAC-2在苦荞薄果壳形成中的功能提供理论基础。 相似文献
8.
《分子植物育种》2017,(1)
利用CODEHOP和RACE方法,从珍稀观赏植物金花茶(Camellia nitidissima)花瓣中克隆得到了β-胡萝卜素环羟化酶(β-carotene hydroxylase,BCH)基因的cDNA全长,命名为CnBCH。碱基序列分析结果表明,该CnBCH基因全长1 089 bp,包含58 bp的5'非翻译区(untranslated regions,UTR)、105 bp的3'UTR和927 bp编码308个氨基酸的开放阅读框。生物信息学分析表明,该基因编码的蛋白质为不稳定亲水性蛋白,分子量为34.42 k D,无信号肽,含有4个跨膜结构域,一个脂肪酸羟化酶超家族(FA_hydroxylase super family)功能结构域以及BCH功能结构域(PLN02601);CnBCH二级结构以α-螺旋为主,其次为无规则卷曲,β-折叠所占比例最少。氨基酸序列比对分析结果显示,CnBCH与茄科、蔷薇科等植物BCH蛋白同源性都在70%以上,与柿树(Diospyros kaki T.)BCH同源性最高。本研究为进一步了解CnBCH基因的功能及其在金花茶花瓣类胡萝卜素合成中的作用提供了帮助。 相似文献
9.
《分子植物育种》2015,(1)
过氧化物酶(POD)是植物生长发育过程中调控生物体代谢及细胞抵御活性氧伤害的关键基因酶。本研究利用RACE结合RT-PCR技术克隆得到大蒜芥POD基因Sa POD全长c DNA序列。该基因全长1 315 bp,其中开放阅读框为975 bp,编码含有325个氨基酸,预测编码蛋白质的等电点为4.94,分子量为109.62 k D。Sa POD与小盐芥、拟南芥、荠菜、琴叶拟南芥、盐芥、棉花和蓖麻子的POD蛋白质序列相似性分别为96%、92%、92%、91%、78%、74%和75%,说明该基因与POD同源。Sa POD基因的克隆将为进一步基因的功能分析奠定基础。 相似文献
10.
《作物杂志》2017,(5)
WRKY转录因子是植物中广泛存在的一种转录因子,参与植物的生物胁迫与非生物胁迫。采用RTPCR克隆黄瓜CsWRKY23基因cDNA序列,对序列进行结构域、基因结构分析,构建系统发育树,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析该基因在黄瓜根、叶组织中的表达。结果表明:CsWRKY23的cDNA开放读码框全长1 431bp,含有5个外显子,4个内含子;编码476个氨基酸,含有两个WRKY结构域,编码蛋白的分子量为52.2kDa、等电点为6.43;系统发育分析表明CsWRKY23与拟南芥AtWRKY33同源。qRTPCR结果表明该基因响应低温胁迫,并在根、叶组织中的表达均上调。本研究为进一步鉴定该基因在非生物胁迫的功能奠定了基础。 相似文献
11.
SOC1/TM3(Suppressor of overexpression of constans 1/Tomato MADS-box gene 3)是MADS-box家族一员,它能够整合多条开花途径的开花信号,调节植物由营养生长向生殖生长的转变。为了解梅花成花转变过程的分子机理,采用RT-PCR的方法从梅花长蕊绿萼中克隆到3个SOC1的同源基因,分别命名为Pm SOC1-1、Pm SOC1-2和PmSOC1-3,并采用荧光定量PCR对3个基因的表达模式进行了分析。序列分析表明,3个基因的编码区长度分别为645 bp(Pm SOC1-1)、654 bp(Pm SOC1-2)和660 bp(Pm SOC1-3);编码的氨基酸长度分别为214,217,219 aa。系统进化结果显示,Pm SOC1-1、Pm SOC1-2和Pm SOC1-3分别与拟南芥SOC1/TM3亚家族中的SOC1、AGL42/71/72和AGL14/19聚为一组。实时荧光定量分析结果表明,3个Pm SOC1-like基因均在茎、叶等营养器官中表达量较高,在花、果实和种子等生殖器官中表达量较低;在梅花花芽分化过程中,3个Pm SOC1-like基因的表达量整体呈下降趋势,推测PmSOC1-like基因可能在诱导梅花由营养生长向生殖生长转变过程中起重要作用。 相似文献
12.
Growth Regulating Factor (GRF)家族基因是一类植物特有的转录因子,广泛参与植物多个重要的发育过程。为了研究大豆中的GRF转录因子的功能,本研究从大豆‘天隆1号’品种中克隆获得全长为1 038 bp的cDNA序列,由于该序列的编码蛋白与拟南芥GRF5具有高度的相似性,因此将其命名为GmGRF5基因。通过RT-PCR进行组织部位表达分析,发现GmGRF5基因在大豆各个组织部位均有表达,且在花中的表达量最高。通过ExPASy-Protparam分析发现,该蛋白质的分子量为39.463 48 kD,是具有一定亲水性、不稳定的碱性蛋白。该蛋白含有GRF家族蛋白的两个保守功能域(QLQ和WRC)。利用SOPMA对该蛋白的二级结构预测,显示其主要由无规则卷曲(72.05%)、α-螺旋(13.83%)、延伸链区(9.8%)和β-转角(4.32%)组成。此外,还利用不同的生物信息学软件对其三级结构、跨膜域、亚细胞定位、互作蛋白进行了分析,并构建系统进化树。结果表明,Gm GRF5基因在进化过程中具有高度的保守性,在大豆中具有潜在的功能多样性。 相似文献
13.
MADS-box家族基因编码的转录因子,在植物、动物及微生物的发育过程中起着重要调控作用,本研究从马尾松幼苗转录组测序结果中筛选到1条具有完整开放阅读框的MADS-box基因序列,设计特异性引物并克隆获得该基因,通过生物信息学方法分析该基因的序列特征、编码蛋白的理化特性、结构域以及进化关系等,并应用荧光定量PCR技术分析该基因在马尾松幼苗不同组织中的表达活性。结果表明,克隆得到的MADS-box基因开放阅读框为672 bp,命名为Pm MADS4。Pm MADS4编码223个氨基酸,含有MADS保守域和K-box次级保守域。蛋白质理论分子量为24854.15 kD,理论等电点为7.83;其蛋白质结构主要由大量的α-螺旋(58.74%)和大量随机卷曲(31.84%)构成;亚细胞预测该基因主要在细胞核(43.5%)、线粒体(17.4%)、高尔基体(13.0%)和细胞质(13.0%)中发挥生物学作用。系统进化分析显示,Pm MADS4属于MADS-box家族基因中MIKC型的GMADS分支。组织特异性表达分析发现,Pm MADS4在马尾松幼苗的顶芽和茎中高表达,表达量分别是根部的239倍和123倍;在根部、初生叶和针叶中的表达量相对较低,表明Pm MADS4可能广泛参与马尾松幼苗地上部分分生组织的发育过程。本研究结果为Pm MADS4基因在马尾松幼苗生长发育调控方面的深入研究提供了数据基础。 相似文献
14.
大豆耐盐相关基因STL的克隆与分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用RACE技术从大豆中克隆出一条耐盐相关基因STL(GenBank登录号为DQ234265),该基因全长为1286bp,其中编码区为717bp,编码一个由238个氨基酸组成的蛋白质。STL与拟南芥的耐盐蛋白STO(salttoleranceprotein,GenBank登录号NP_849598)具有63.6%的同源性。RT-PCR分析发现,当用1mol/LNaCl处理大豆叶片不同时间时,大豆STL的表达量并未发生显著变化,与拟南芥STO的表达模式相似,推测STL在大豆中也具有类似的耐盐功能。 相似文献
15.
叶籽银杏GbMADS5基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
MADS-box基因是一类编码转录因子的基因大家族,在植物的发育过程中具有重要作用。本研究采用RT-PCR技术从叶籽银杏（Ginkgo biloba var.epiphylla Mak.）中克隆了MADS-box基因GbMADS5。序列分析表明,该基因编码区全长为666bp,含有一个完整的开放阅读框,编码221个氨基酸残基组成的蛋白质,具有典型的植物MADS-box基因结构,编码肽链包含了MADS区、I区、K区和C末端,但该基因不具有拟南芥（Arabidopsis thaliana）AG基因的N端区域。GbMADS5基因编码的蛋白序列与其它植物的MADS-box蛋白序列有着较高的一致性,与裸子植物（Gymnospermae）的AG基因相似性最高,其中与苏铁（Cycas revolute）的同源性高达91.07%。系统发育树分析显示,GbMADS5基因属于AG亚家族基因。 相似文献
16.
大豆尿黑酸叶绿基转移酶基因的克隆与进化分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用基于EST的电子克隆方法,以拟南芥(Arabidopsis thaliana)的尿黑酸叶绿基转移酶基因(Homogentisate phytyltransferase,HPT)cDNA序列为信息探针,对大豆的EST数据库进行同源检索筛选,获得了1 777 bp长大豆HPT基因的cDNA序列(GenBank登录号为:AY956421),经RT-PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,表明与电子克隆序列一致;该基因具有完整的开放阅读框架(ORF,173～1 408 bp),推测编码411个氨基酸的蛋白。该蛋白与拟南芥(Ara-bidopsis thaliana)、苜蓿(Medicago sativa)、水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)、光合集胞蓝细菌(Synechocystis)的序列进行了比较,发现该基因具有保守性。 相似文献
17.
为了研究木薯(Manihot esculenta Crantz)的抗逆境胁迫机制,从水稻低温诱导及抗旱基因OsLTI6A出发,同源克隆了木薯的抗逆基因MeLIT6A,并对其序列和功能进行了分析研究。MeLIT6A的基因组序列全长为273 bp,其中ORF长度为173 bp,内含子长度为99 bp;编码1个含有57个氨基酸残基的蛋白,含有1个与Pmp3超级家族同源性极高的保守区域。该基因推导蛋白MELTI6A与蓖麻的、拟南芥的、水稻的、玉米的低温诱导蛋白基因6A (LTI6A)的推导蛋白的同源性分别为：89.7%。81.0%、74.1%和87.9%。蛋白功能分类预测MELTI6A是1个非酶类的、疏水性较高的、有2个透膜区域的蛋白,可能有转运蛋白和作为受体蛋白的功能,与拟南芥的AtLTI6A的功能相似。 相似文献
18.
花分生组织决定基因APETALA2(AP2)属于植物ABCDE模型基因,在花器官发育过程中起着重要的调控作用。为进一步了解芍药AP2基因的生物学功能,利用RACE扩增和测序技术克隆plAP2基因序列,利用生物信息学在线程序对其序列特征、蛋白结构及功能、亚细胞定位进行预测,并利用MEGA 5.0构建不同植物AP2分子进化树,最后利用qPCR检测其在内外花瓣中的差异表达情况。结果显示,克隆获得芍药AP2基因(plAP2)cDNA序列全长1 935 bp,其ORF全长为1 578 bp,编码525个氨基酸。蛋白结构与功能分析表明,plAP2蛋白为亲水性不稳定蛋白,无跨膜结构和信号肽,表明为非分泌蛋白;核定位信号位于氨基酸序列139-147(KKSRRGPRS);二级结构包括α-螺旋(24%)、β-折叠(19%)、β-转角(28%)和无规则卷曲(28%);plAP2蛋白存在8个糖基化位点和64个磷酸化位点,plAP2蛋白包含2个相同的保守结构域:AP2/(Ethylene-Responsive factors,ERF)(151-213aa和243-306aa)。亚细胞定位主要在细胞质(45.0%)中,少量分布于微体、线粒体基质间隙和溶酶体;进化树分析表明,芍药AP2基因与牡丹高度同源且亲缘关系最近;qPCR检测显示外瓣AP2表达量均极显著高于内瓣(P0.01)。克隆出芍药AP2全长cDNA序列,系统地揭示了plAP2蛋白基本结构、功能位点区域、细胞定位以及组织表达情况,为今后深入研究plAP2基因功能提供基础素材和理论参考。 相似文献
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野巴旦杏AlsCBF基因的克隆及生物信息学分析 总被引：1，自引：1，他引：0
对克隆获得的野巴旦杏基因AlsCBF进行生物信息学分析,从而为该基因的功能鉴定提供理论基础,以期为新疆巴旦杏的抗寒育种提供基因来源。通过采用RT-PCR和RACE方法从野巴旦杏中克隆到植物抗逆途径关键转录因子CBF基因全长并命名为AlsCBF,GenBank登录号为HQ908653。生物信息学分析表明：该基因全长1171 bp,其中编码区长714 bp,编码237个氨基酸,其蛋白的分子式为C1156H1832N332O356S15,相对分子质量为26.5581 kDa,理论等电点为6.76,该蛋白为亲水性蛋白,无信号肽存在;其蛋白质二级结构以α-螺旋、β-折叠和无规卷曲为主。肽链可能含有8处丝氨酸磷酸化位点,1处苏氨酸磷酸化位点。三维结构预测表明其符合AP2结构域模型特点。本研究通过对AlsCBF基因的生物信息学分析,获得了该基因的相关信息,并与已有研究结果进行比对分析,推测该基因在植物抗寒过程中有重要的作用。 相似文献
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本研究以珍稀濒危植物银缕梅为材料,利用同源克隆与RACE技术克隆得到一个AP1-like基因的c DNA全长序列,命名为Psu AP1。利用生物信息学方法对它所编码的氨基酸序列进行分析,结果表明,该基因序列全长916 bp,开放阅读框长度为747 bp,编码248个氨基酸,分子质量约28.62 k D,理论等电点为9.84,是一种不稳定亲水蛋白。保守结构域分析表明该基因属于MADS-box家族基因;序列比对分析显示其氨基酸序列与连香树相似性最高,达78.57%,进化树聚类分析也表明Psu AP1与连香树的氨基酸亲缘关系最近。亚细胞定位分析显示该蛋白定位于细胞核。二级结构中同时含有琢-螺旋、延伸链和无规则卷曲结构,分别占比47.18%、11.29%、41.53%。荧光实时定量PCR分析表明,Psu AP1基因在花及果实中均有大量表达,推测其与花的发育以及果实的成熟相关。Psu AP1基因的克隆以及表达分析使银缕梅开花调控机理的研究取得了新的突破,为该基因功能的进一步深入研究提供了实验材料以及理论基础。 相似文献