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【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。 相似文献
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【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为 3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为 1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。 相似文献
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为了解和掌握青海省引进和收集藜麦种质资源的遗传背景和多样性,本研究选择11个表型性状和221对SSR引物对114份藜麦种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,114份藜麦种质资源的11个表型性状差异极显著（P＜0.01）,变异系数范围为4.57%~87.79%,主穗直径的变异最大（87.79%）,籽粒直径的变异最小（4.57%）;遗传多样性指数范围为0.47~2.29,单株产量的遗传多样性指数最大（2.29）,茎秆长最小（0.47）。46对多态性较好的SSR引物扩增出165条多态性条带,每对引物的平均等位变异数为3.59,观测等位基因（Na）平均值为1.65,有效等位基因（Ne）平均值为1.50,Shannon’s信息指数（I）和Nei’s基因多样性指数（He）平均值分别为0.39和0.27,平均多态性比率为64.35%。通过聚类分析发现,114份藜麦种质基于表型性状和SSR分子标记的聚类结果存在一定的相似和差异,来源地相同的种质被分到了不同的类群,来源地不同的种质被分到了同一类或单独聚成一类,说明参试藜麦种质资源的表型性状和分子遗传信息多样性较丰富。 相似文献
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中国苦荞SSR分子标记体系构建及其在遗传多样性分析中的应用 总被引：9，自引：3，他引：6
【目的】从分子水平优化并构建用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析的SSR分子标记体系,为综合评价中国苦荞种质资源提供依据。【方法】以50份苦荞种质为试验材料,用正交设计法[L16(45)]筛选适用于苦荞SSR标记分析的PCR反应体系,浓度梯度检测最佳胶分离效果,并从250对不同科属作物SSR引物中筛选出19对引物进行苦荞遗传多样性分析。【结果】优化的苦荞SSR反应体系为DNA模板30 ng,Taq酶2.0 U•L-1,dNTP、引物和Mg2+终浓度分别为150 μmol•L-1、0.1 μmol•L-1、2.0 mmol•L-1,总体积为25 μL,6%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。SSR引物筛选率为7.6%,蓼科同属甜荞的SSR引物适用于苦荞SSR扩增。19对引物共检测到157个等位变异,每对SSR引物检测到的等位变异2-11个,平均等位变异（NA）7.42个,平均多态性信息量（PIC）0.888,平均鉴定力（DP）5.684,2对为SSR骨干引物。利用Popgen Ver.1.31软件,当遗传相似度（GS）为0.578时,50份苦荞材料被分为5个组群,聚类结果与苦荞地理分布相关性不大。四川苦荞资源组群各遗传多样性参数均最高,该区域苦荞种质资源多样性最丰富。利用骨干引物可鉴定部分近缘苦荞品种。【结论】构建的SSR分子标记体系适用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析,甜荞SSR引物可用于苦荞SSR标记分析,TBP5和Fes2695为苦荞SSR骨干引物,50份苦荞材料遗传多样性丰富,可划分为5个组群。 相似文献
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利用41对SSR引物对82份春小麦种质资源进行遗传多样性分析。供试引物的平均等位位点数为10.93个,引物多样性指数(Hi)变异为0.251 2～2.995 8,多态性信息量(PIC)为0.676 534～0.950 860;选用Xgwm、DP、Wmc和Xbarc 4个系列的SSR引物,不同类型SSR引物的多态信息含量、多样性指数、平均等位位点数间有较大差异。表明,选用合适的引物类型,对遗传多样性研究有重要的意义;在遗传距离0.39处,供试材料通过SSR标记聚类分析可被分成7个大类19个亚类。 相似文献
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探究以贵州为主的西南地区朝天椒种质遗传多样性,为朝天椒种质的保续、利用与分子标记辅助选择提供准确参考依据。利用20个SSR(简单串联重复序列)分子标记,对112份西南地区朝天椒种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,20对SSR引物共检测出65个等位变异,每对引物的等位变异为2～4个,平均每对引物3.25个等位变异,平均有效等位基因数为1.829 4,平均多态性信息量(PIC)为0.544 0,平均Shannon’s信息指数(I)为0.723 4,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Nei’s期望杂合度的平均值分别为0.492 0、0.433 7、0.431 8,所筛选出的20对SSR引物多态性较高,能较好地反映朝天椒不同地方种间的遗传多样性信息。聚类结果表明,供试材料居群间遗传相似系数(GS)值为0.569 2～0.953 8,平均值为0.773 3,朝天椒种质间的遗传相似性相对较高,材料间的亲缘关系比较接近。在GS值0.767 0处将供试材料分为4类,显示出112份朝天椒材料总体情况与地理分布有一定关联,但也存在区域间和省内外间的互相渗透,每个类别均聚集了不同地理来源的种质。 相似文献
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《山东农业科学》2016,(1)
为明确抗感黄曲霉花生种质的遗传多样性和亲缘关系,发掘优良抗性种质,本研究利用46对多态性SSR引物分析48份抗感黄曲霉或相关花生种质的遗传多样性,平均每对引物可扩增出5.15个等位变异,平均PIC值为0.604;聚类分析将48份种质分为8组,其中抗性种质被分成5组;低产毒种质91048、抗侵染种质AR-3、PI337409F和GFA-2以及抗圆柱状黑腐病种质PERRY与其它种质存在较大的遗传差异,可作为理想的育种材料;抽取5个标记共35个多态位点建立了48份抗感黄曲霉或相关花生种质的"引物+0,1字符串"计算机化的DNA指纹图谱。筛选出的优异种质可在抗黄曲霉品种培育中作亲本利用,以拓宽其遗传基础。 相似文献
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采用叶绿体SSR(cpSSR)分子标记对从国内外引进的64份山药种质资源进行遗传多样性分析,构建DNA指纹图谱,旨在为山药品种亲本选择,山药种质创新及品种改良提供依据。结果显示:从21对cpSSR引物中筛选出10对扩增稳定、多态性高的引物,在64份山药种质材料中扩增出69个条带,多态性条带59个,多态性比率高达85.51%,平均观测等位基因数(Na)为2,平均有效等位基因数(Ne)为1.569 3(1.231 1~1.916 0),平均Shannon信息指数为0.560 6(0.329 0~0.671 1),平均Nei’s基因多样性指数(He)为0.378 1(0.184 8~0.478 1),表明64份山药种质资源具有丰富的遗传多样性。聚类分析结果表明,遗传相似系数变幅为 0.55~0.93,在相似系数为 0.63时,可将64份山药种质资源分为4类,结果表明,基于cpSSR 分子标记的山药种质资源的分类在种间具有较好的区分能力,但是cpSSR 分类表现出较大的地理分布的相关性,而与形态特征关系不密切。选用较少的引物区分较多的品种为原则,采用2对引物成功构建供试种质的DNA指纹图谱,为山药种质资源鉴定和品种选育亲本的选择提供理论依据。 相似文献
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为深化韭菜种质资源遗传多样性研究,应用ISSR分子标记方法,进行韭菜资源遗传多样性和亲缘关系分析。筛选15条多态性好的ISSR引物,对36份韭菜种质资源建立起DNA指纹库,扩增指纹多态性比率达96.3%,是韭菜种质资源研究的一种有效分子标记;应用Nei-li相似系数法估算出36份材料间的遗传相似系数(genetic similarity)为0.60～0.82,遗传多样性比较丰富。可见,ISSR分子标记是进一步开展韭菜种质资源DNA指纹库构建与分子标记辅助育种技术研究的有效手段。 相似文献
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广东省大豆种质资源遗传多样性分析及DNA 分子身份证构建 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】对广东省大豆资源进行遗传多样性分析,筛选有效的SSR 分子标记,以及构建快速鉴定的DNA 分子身份证。【方法】收集了广东省19 个市37 个县市共96 份大豆种质资源,提取基因组DNA 后,利用30 对SSR 引物进行PCR 扩增,通过测序检测获得相关多态性结果进行聚类分析以及DNA 分子身份证构建,记录相关品种性状并转化为可视化信息。【结果】毛细管电泳检测结果表明,30 对SSR 引物在96 份大豆材料之间均具有清晰稳定的多态性片段,共扩增出273 个多态性等位变异片段,平均每对引物扩增出多态性等位变异片段数14.29 个;不同引物揭示的多态性信息含量（PIC）的范围为0.3891~0.9310,平均值为0.6786,30 对引物可用于区分广东大豆资源。通过聚类分析发现,所收集的大豆样品可以分为3 个类群,具有遗传多样性。从PIC 最高者开始进行引物组合,筛选出6 对能将96 份大豆区分开的引物。【结论】基于6 对SSR 引物扩增结果,对多态性片段排序,通过数字与英文结合编码,成功构建96 份大豆资源的DNA 分子身份证,为广东省大豆种质资源鉴定提供了重要依据。 相似文献
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《天津农业科学》2015,(5):1-6
为探明由山西不同生态型大豆品种组成的自然群体的遗传多样性,为优异种质资源的筛选和应用提供理论依据,以102个大豆品种组成的自然群体为研究材料,采用59对SSR引物对该群体进行遗传多样性分析。结果表明:59对引物最终筛选出50对多态性好的引物,共检测出157个等位变异,不同位点的等位变异数为2~7个,平均等位变异数为3.14个,其中等位变异数最多的为Satt263,有7个。香农指数变幅为0.097 3~1.668 4,香农指数平均值为0.844 9,多态性信息量的变幅为0.038~0.761,平均每个引物的多态性信息量为0.431。标记将102个大豆材料在遗传距离GD=0.805处聚为3个群组,群组1有52个材料,群组2由48个材料组成,群组3仅有2个材料。 相似文献
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猕猴桃种质资源的SRAP遗传多样性分析及指纹图谱构建 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨猕猴桃种质资源的遗传多样性,利用SRAP标记对32份猕猴桃种质资源进行遗传多样性分析,并构建其DNA指纹图谱。结果表明,从49对SRAP引物中筛选出12对引物进行PCR扩增,共扩增出191条带,其中多态性条带186条,多态性比率为97.38%。各引物多态性信息含量(PIC)、观测等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)的平均值分别为0.893 3、1.969 0、1.400 6、0.221 0和0.387 9,说明32个猕猴桃品种(系)间具有较丰富的遗传多样性。分子方差分析(AMOVA)结果显示:32个猕猴桃种间遗传变异占总变异的51.87%,种内遗传变异占总变异的48.13%。利用UPGMA构建32份猕猴桃种质资源的聚类树状图,在遗传相似系数为0.77处可将32个猕猴桃品种(系)分为4组,聚类结果与猕猴桃传统分类基本一致。利用4对引物扩增的15个多态性位点构建了32个猕猴桃品种(系)的DNA指纹图谱,可以将32个猕猴桃品种(系)区分并准确鉴定。 相似文献
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为明确黄淮麦区小麦品种(系)的遗传基础,采用SRAP(Sequence-related Amplified Polymorphism,相关序列多态性扩增)分子标记检测70份黄淮麦区小麦品种(系)的遗传多样性。结果表明,SRAP引物可产生清晰条带,47对引物组合检测出1 144个等位变异,其中具有多态性314个,多态性条带比列为27.5%,每对引物平均检测出6.68个多态性等位变异。SRAP引物的多态信息含量(PIC)为0.144 5~0.686 3,平均值为0.471 7。黄淮麦区中,河南省小麦品种(系)的多样性指数最高(0.584),与其他各省遗传距离最近(0.145),基因交流最多。江苏省小麦品种(系)多样性指数最低(0.366),与其他各省遗传距离最远(0.250),基因交流最少。聚类分析表明,遗传相似系数为0.334~0.801,平均值为0.596。供试材料可分为3大类5个亚类,群体遗传结构分析与聚类结果基本一致,SRAP分子标记可用于小麦遗传多样性检测和群体结构的判断和划分,可高效揭示种质资源的遗传背景和亲缘关系。 相似文献
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广东夏大豆新品种（系）分子身份证的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
建立快速简便鉴定广东夏大豆种质资源的方法。对大豆20个连锁群上的159对SSR引物进行筛选,其中48对引物扩增清晰、稳定,用其检测34份广东夏大豆材料,将数字化后的等位变异片段用资源特征分析软件ID Analysis 1.0进行分析。结果表明,48对多态性引物平均等位变异数为3.88,平均基因多样性指数为0.50,平均引物多态性信息含量(PIC)为0.45,可用于区分广东夏大豆资源。仅需5对引物(Sat_267、Sat_235、Satt277、Sat_351和Sat_292)可将全部34份种质区分开,成功构建了一套广东夏大豆种质的分子身份证。 相似文献
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为了解东北地区小粒大豆品种(系)的遗传多样性特点,利用21对SSR引物对来自东北不同地区来源的44份小粒大豆品种(系)进行遗传多样性分析.结果表明,供试的44份东北地区小粒大豆品种(系)共检测到115个等位变异,平均每个位点等位变异数5.5个,等位变异数在3～11个之间,多态性信息含量指数(PIC)在0.309 1～0.8157之间,平均为0.629 7.利用6对高多态性的SSR引物构建了 44份小粒大豆品种(系)的指纹图谱,可以有效区分44份小粒大豆材料.44份小粒大豆品种(系)间的遗传相似系数变异范围为0.25～0.95,聚类分析结果表明44份小粒大豆材料可以分为5个类群,可以反映不同来源的小粒大豆品种(系)间的亲缘关系,可为小粒大豆遗传改良提供参考. 相似文献
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【目的】分析广西乐业县野生春兰种质资源的遗传多样性,构建其DNA指纹图谱,为野生春兰种质资源的分类和鉴定提供科学依据。【方法】采用iPBS分子标记分析收集于广西乐业县81份野生春兰种质资源和4个春兰栽培品种的多态性位点比率(PPL)、多态性信息含量(PIC)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性(He)和Shannon信息指数(I)。从83条iPBS引物中筛选出扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物,对供试85份春兰种质的基因组DNA进行PCR扩增,统计凝胶电泳特征性谱带;采用POPGEN 1.32计算各野生春兰种质的遗传多样性指数,并基于其遗传相似系数进行UPGMA聚类;利用引物扩增条带多态性位点构建春兰种质数字指纹图谱。【结果】筛选出的6条引物扩增获得105条清晰谱带,其中,多态性条带95条,多态性比例为90.48%;85份春兰种质的平均PIC、平均Na、平均Ne、平均He和平均I分别为0.8050、1.7923、1.2204、0.2765和0.4590。供试春兰种质间的遗传相似性系数变辐为0.690～0.981,在相似系数0.704处,可将85份春... 相似文献