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1.
CC趋化因子是一类能够促进动物体内炎症部位的各种白细胞的补充、激活和黏附的趋化性细胞因子家族,是鱼类天然免疫系统的重要组成部分。分析了从草鱼肠道cDNA文库中筛选到的CC趋化因子基因CCL24,并克隆了阅读框区域内的基因组序列。序列分析表明,CCL24基因由4个外显子和3个内含子组成;外显子拼接的序列与CCL24cDNA序列完全一致,编码95个氨基酸,有2个相邻的半胱氨酸(CC),为典型的CC趋化因子亚家族成员。此外,还发现草鱼CCL24基因存在可变剪接现象,第1内含子没有被剪切掉的非正常转录本翻译后可能产生没有CC趋化因子活性的24个氨基酸的短肽,而且这种转录本在精巢、头肾、皮肤、肝胰脏、肠道、肌肉、肾脏等组织均检测到;而正常剪接的CCL24转录本,仅在肾脏和肠道中检测到,且其表达量要明显低于非正常剪接的转录本。 相似文献
2.
筛选BAC基因组文库得到阳性克隆后，利用引物步移法测定斑点叉尾鮰SCYA107基因组序列。该基因由四个外显子和三个内含子组成；外显子拼接的序列与cDNA序列完全一致，编码96个氨基酸，在N端含有两个相邻的半胱氨酸（CC）和两个不相邻的半胱氨酸，为典型的CC趋化因子亚家族成员；其上游调控序列有一些与免疫相关的转录因子结合位点；斑点叉尾鲴SCYA107氨基酸的结构和功能与小鼠趋化因子CCL20比较接近，而蓝叉尾鲴则更接近人CCL8，它们氨基酸序列的差别是由于斑点叉尾鲴SCYA107基因序列中多了ACAAA这5个核苷酸，导致读码框移位提前出现终止子TGA所造成的。 相似文献
3.
筛选BAC基因组文库得到阳性克隆后，利用引物步移法测定斑点叉尾鮰SCYA107基因组序列。该基因由四个外显子和三个内含子组成；外显子拼接的序列与cDNA序列完全一致，编码96个氨基酸，在N端含有两个相邻的半胱氨酸（CC）和两个不相邻的半胱氨酸，为典型的CC趋化因子亚家族成员；其上游调控序列有一些与免疫相关的转录因子结合位点；斑点叉尾鲴SCYA107氨基酸的结构和功能与小鼠趋化因子CCL20比较接近，而蓝叉尾鲴则更接近人CCL8，它们氨基酸序列的差别是由于斑点叉尾鲴SCYA107基因序列中多了ACAAA这5个核苷酸，导致读码框移位提前出现终止子TGA所造成的。 相似文献
4.
MKLN1基因编码的muskelin蛋白主要通过其羧基端的kelch重复结构域与其它蛋白形成复合物行使功能。通过分析草鱼鳃组织的基因转录谱,发现其中的MKLN1基因存在(CT)15的微卫星序列,通过检测3个不同的草鱼种群,又发现(CT)9、(CT)10、(CT)11和(CT)13 4种多态性序列。通过克隆该段MKLN1基因组序列并与斑马鱼和红鳍东方鲀的MKLN1基因组序列比较,发现克隆得到的草鱼基因序列是由一个内含子和两个外显子组成,共编码144个氨基酸。通过进一步调查不同组织该基因的转录本,发现存在内含子剪接和内含子未被剪接的两个转录本。由于内含子序列未被剪接的转录本在内含子中存在TGA终止密码子,导致MKLN1基因翻译提前终止,翻译产物为失去部分kelch结构域的muskelin蛋白。相对于内含子正常剪接的转录本,没有被剪接内含子的转录本在各种组织中的表达量要明显低得多。简而言之,本研究发现了草鱼MKLN1转录本中的微卫星序列是来自未被剪切的内含子,而未被剪切的内含子导致该转录本编码部分kelch结构域缺失的muskelin蛋白。研究亮点:目前对于可直接锚定功能基因的I型微卫星标记研究很少。本文首次发现M... 相似文献
5.
MKLN1基因编码的muskelin蛋白主要通过其羧基端的kelch重复结构域与其它蛋白形成复合物行使功能。通过分析草鱼鳃组织的基因转录谱,发现其中的MKLN1基因存在（CT）15的微卫星序列,通过检测3个不同的草鱼种群,又发现(CT)9、(CT)10、(CT)11和(CT)13 4种多态性序列。通过克隆该段MKLN1基因组序列并与斑马鱼和红鳍东方鲀的MKLN1基因组序列比较,发现克隆得到的草鱼基因序列是由一个内含子和两个外显子组成,共编码144个氨基酸。通过进一步调查不同组织该基因的转录本,发现存在内含子剪接和内含子未被剪接的两个转录本。由于内含子序列未被剪接的转录本在内含子中存在“TGA”终止密码子,导致MKLN1基因翻译提前终止,翻译产物为失去部分kelch结构域的muskelin蛋白。相对于内含子正常剪接的转录本,没有被剪接内含子的转录本在各种组织中的表达量要明显低得多。简而言之,本研究发现了草鱼MKLN1转录本中的微卫星序列是来自未被剪切的内含子,而未被剪切的内含子导致该转录本编码部分kelch结构域缺失的muskelin蛋白。 相似文献
6.
玉米ZmcpSRP54基因可变剪接分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《山东农业科学》2019,(6)
cpSRP54基因在植物叶绿体发育中发挥重要作用。本研究用生物信息学方法对玉米ZmcpSRP54蛋白进行了进化分析,利用RT-PCR方法对玉米ZmcpSRP54基因全长cDNA进行了克隆,进而对其进行可变剪接分析。结果表明,玉米ZmcpSRP54蛋白与其它7个物种的cpSRP54蛋白有很高的相似性。鉴定到玉米ZmcpSRP54基因25个不同转录本,1个为标准剪接转录本,其它24个为可变剪接转录本。24个可变剪接转录本共使用了17种非标准剪接位点,4种可变剪接方式,主要以可变的3′端位点、可变的5′端位点和外显子跳跃3种可变剪接方式为主。预测出18种不同长度的ORF,编码18种不同长度的多肽。11个多肽其保守结构域氨基酸序列发生部分缺失,6个多肽其保守结构域氨基酸序列发生全部缺失,1个编码全新的多肽。这些结果将为玉米ZmcpSRP54基因的功能研究提供重要信息。 相似文献
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试验通过PCR-SSCP技术检测略阳乌鸡酪氨酸酶基因(TYR)部分启动子区、全部外显子和部分内含子的遗传多样性,并对不同基因型进行了测序和比对分析。结果表明,略阳鸡群体在TYR位点具有较为丰富的遗传变异,在所检测的启动子区有2个单核苷酸多态(SNP)位点;外显子1有2个SNP位点,外显子2、3、4没有检测到变异位点,外显子5存在5个SNP位点;检测的部分内含子2中发现2个SNP位点。mRNA上的7个变异位点有3个发生在编码区,但都是同义突变,没有造成氨基酸变异。表明略阳乌鸡和普通鸡的酪氨酸酶没有氨基酸序列差异,TYR基因在鸡的遗传上是高度保守的。启动子区和内含子区的遗传变异是否与酪氨酸酶的转录剪接和表达量有关,进而影响乌鸡黑色素的沉积还有待进一步研究。 相似文献
8.
采用RT–PCR和cDNA末端快速扩增技术克隆草鱼(Ctenopharyngodon idellus) II型小肽转运载体(PepT2)基因全长cDNA序列,对其进行生物信息学和共线性分析,并采用实时荧光定量PCR技术检测分析健康草鱼PepT2基因在不同组织中的表达情况。结果表明：草鱼PepT2基因的cDNA序列全长为2733 bp,包括开放阅读框2169 bp(编码722个氨基酸残基),5′非编码区82 bp和3′非编码区482 bp;草鱼PepT2基因结构含有20个外显子和19个内含子;预测蛋白相对分子质量为8.032×104,等电点为6.01,该蛋白具有与哺乳动物同源蛋白类似的12个螺旋跨膜结构,并且在跨膜区9和10之间有1个大的外环,跨膜区氨基酸高度保守,含有6个蛋白激酶C磷酸化位点和3个N–糖基化位点;预测的PepT2蛋白三级结构包含有18个α–螺旋和21个β–折叠;氨基酸序列同源性分析结果显示,草鱼PepT2氨基酸序列与斑马鱼(Danio rerio)的同源性最高,为86.65%,与其他所比较的物种的同源性则为52.83%~68.15%;系统进化树分析表明,草鱼与斑马鱼的亲缘关系最近;与斑马鱼相比,草鱼PepT2所在的染色体保留着大多数基因,具有保守的基因块;实时荧光定量表达分析表明,草鱼PepT2在肠道中的表达量最高,在肾脏中的表达量次之。 相似文献
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家蚕酸吡哆醇氧化酶cDNA克隆、鉴定及基因结构分析 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]了解家蚕维生素B6关键代谢酶磷酸吡哆醇氧化酶(PNP0)的基因结构.[方法]利用生物信息学原理和PeR方法,克隆出编码家蚕(Bombyx mori)PNPO的cDNA(GenBank登录号:DQ452398);采用T7启动子/T7 RNA聚合酶原核表达系统对cDNA进行体外表达,并通过酶活检测进行表达产物的功能鉴定;依据家蚕基因组数据库信息和得到的cDNA,对家蚕PNPO基因结构进行分析.[结果]克隆到的cDNA含有771 bp的完整可读框,编码一条分子量为29.86 kD、含257个氨基酸残基的蛋白质.序列比对显示此蛋白质与人类PNPO具有51.44%的同源性,包含PNPO家族共有的保守序列,但在人和大肠杆菌PNPO中具有重要作用的几个氨基酸残基在此蛋白质中被替换.在以磷酸吡哆醇(PNP)为底物时,表达产物Pro-PNPO的酶活力约为17 nmol·min-1·mg-1.家蚕PNPO基因包含5个外显子和4个内含子,跨越3.5 kb DNA序列,所有外显子/内含子交接点都遵从gt/ag剪接规则,基因的5'端启动子调控区发现有TATA-box和CAAT-box保守基序.[结论]获得家蚕PNPO基因,可利用该基因在分子水平上研究家蚕的VB6代谢特征,弄清PNPO家族的特征及其在生物进化过程中的演变规律. 相似文献
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Gonzalez E Kulkarni H Bolivar H Mangano A Sanchez R Catano G Nibbs RJ Freedman BI Quinones MP Bamshad MJ Murthy KK Rovin BH Bradley W Clark RA Anderson SA O'connell RJ Agan BK Ahuja SS Bologna R Sen L Dolan MJ Ahuja SK 《Science (New York, N.Y.)》2005,307(5714):1434-1440
Segmental duplications in the human genome are selectively enriched for genes involved in immunity, although the phenotypic consequences for host defense are unknown. We show that there are significant interindividual and interpopulation differences in the copy number of a segmental duplication encompassing the gene encoding CCL3L1 (MIP-1alphaP), a potent human immunodeficiency virus-1 (HIV-1)-suppressive chemokine and ligand for the HIV coreceptor CCR5. Possession of a CCL3L1 copy number lower than the population average is associated with markedly enhanced HIV/acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) susceptibility. This susceptibility is even greater in individuals who also possess disease-accelerating CCR5 genotypes. This relationship between CCL3L1 dose and altered HIV/AIDS susceptibility points to a central role for CCL3L1 in HIV/AIDS pathogenesis and indicates that differences in the dose of immune response genes may constitute a genetic basis for variable responses to infectious diseases. 相似文献
12.
【目的】明确鲫鲤杂交鱼减数分裂关键基因（Spo11和Mlh1）的序列和表达特征,揭示异源双亲减数分裂因子在杂交品系的传代中是否存在选择压力,为解析远缘杂交跨越生殖障碍打下遗传学基础。【方法】以已形成稳定品系的鲫鲤杂交鱼为研究对象,包括红鲫（RCC）、湘江野鲤（CC）、鲫鲤杂交子代（F1）和异源四倍体鲫鲤（4nAT）,通过分子克隆、序列比对及Western blotting等方法研究Spo11基因和Mlh1基因在鲫鲤杂交鱼中的遗传规律和表达特征,并分析其与原始父母本间的关系。【结果】RCC、CC、F1和4nAT的Spo11基因CDS序列绝大部分为1152 bp,仅4nAT中存在1157 bp的CDS序列;在F1和4nAT中均稳定获得2种原始亲本的独立遗传片段,且在4nAT中还检测到原始父母本重组基因片段［4n-SPO11-11-2（MT648223）］,其与原始母本RCC-Spo11基因对应片段的相似性为96.2%,与原始父本CCSpo11基因对应片段的相似性为93.7%,表明Spo11基因表达模式并非完全保守性及4nAT存在遗传变异性。Mlh1基因CDS序列在鲫鲤杂交鱼中同样稳定存在,表现出稳定的杂合遗传特征,即F1和4nAT中既存在RCC-Mlh1基因CDS序列（相似性为99.5%）,也存在CC-Mlh1基因CDS序列（相似性为99.4%）,鲫鲤杂交鱼相应的遗传片段和原始亲本间仅存在极少的基因位点变异。Western blotting检测结果表明,SPO11蛋白和MLH1蛋白在鲫鲤杂交子代中均能正常表达。其中,4nAT的精巢中仅表达相对分子量较大的SPO11-β亚体,而F1的精巢中仅表达相对分子量较小的SPO11-α亚体。【结论】F1和4nAT能稳定杂合遗传原始亲本RCC的Spo11基因和Mlh1基因,虽然在CDS序列结构上存在少量差异,但最终都能独立表达相关蛋白,即杂交鱼形成过程中减数分裂关键基因的表达正常可为其跨越生殖障碍打下分子基础。 相似文献
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黄牛Gli3基因第10外显子多态性及其与生长性状相关性 总被引：1，自引：0，他引：1
利用PCR-SSCP和DNA测序技术研究708头黄牛Gli3基因第10外显子的多态性,发现此外显子存在SSCP多态。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现2个新的SNP多态位点(NW_001494928:g.205649TC,205754AC),这2个SNP完全连锁。南阳牛不同基因型与生长发育性状的相关性分析显示,CC基因型个体的24月龄平均日增体质量指标显著大于TT基因型个体(P0.05),其余各项指标基因型间差异不显著(P0.05)。因此,该位点有可能作为南阳牛生长性状辅助选择的标记之一。秦川牛和郏县红牛群体中没有发现与该基因座多态显著相关的性状。 相似文献
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为了探讨雌激素受体(ESR1)基因的多态性及其与鹌鹑蛋品质的关系,采用PCR-RFLP和直接测序法对中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑、北京白羽鹌鹑3个群体的ESR1基因与鹌鹑蛋品质性状进行关联分析。结果表明:鹌鹑ESR1基因外显子1、外显子4、外显子8在北京白羽鹌鹑、中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑3个群体中都检测到了CC、CT、TT三种基因型。外显子1在3个鹌鹑群体中均表现为CC基因型频率最高;外显子8在3个鹌鹑群体中均表现为TT基因型频率最高;外显子4在中国黄羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑中TT基因型频率最高,分别为0.409、0.617,而北京白羽鹌鹑以CC基因型频率最高(0.667)。相关性分析结果显示,在3个检测群体中,外显子4的CC基因型和CT基因型的蛋黄高度和蛋黄指数显著高于TT基因型(P<0.05),TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型和CT基因型(P<0.05),CT基因型和TT基因型的蛋壳厚度显著高于CC基因型(P<0.05)。外显子8在蛋黄指数上,CC基因型显著高于CT基因型和TT基因型(P<0.05);CT基因型和TT基因型的蛋黄宽度显著高于CC基因型(P<0.05)。ESR1基因可以作为有价值的候选基因应用于蛋用鹌鹑的分子标记辅助选择。 相似文献
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棉花GhCCR4基因表达载体构建及GUS基因的瞬时表达 总被引：1，自引：1，他引：1
研究以GUS基因为报告基因,构建CCR4基因的瞬时表达载体,首先酶切带有CCR4基因的 pGEM-T-CCR4载体,获得CCR4基因目的片段,然后将其克隆到瞬时表达载体pGUS/NIa中,获得由CaMV35S启动子调控目的基因的pGUS-CCR4融合表达载体,使目的基因能够和GUS基因同时表达.采用基因枪法将pGUS-CCR4转化到洋葱表皮细胞中,暗培养24 h,经GUS组织化学染色,检测到多个洋葱细胞呈现蓝色,表明构建的瞬时表达载体可在植物细胞中高效表达.为进一步在棉花中研究GhCCR4基因的功能奠定了实验基础. 相似文献
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采用PCR-SSCP法对白羽番鸭脂联素基因内含子进行SNP检测,并分析SNP对肉质的遗传效应。结果表明,检测到3种基因型(CC、CT和TT)和2个等位基因(C和T),CT和C分别为优势基因型和优势等位基因。序列比对发现,在内含子内存在1个SNP位点T290C,该位点在白羽番鸭群体中表现为中度多态,处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);最小二乘法分析表明,CC基因型个体的IMF显著高于TT基因型个体(P<0.05),失水率极显著低于TT基因型个体(P<0.01);CT基因型个体的失水率显著低于TT基因型个体(P<0.05)。结果揭示,T290C位点可能对脂肪沉积有显著影响,CC基因型是白羽番鸭肉质较为优良的基因型。 相似文献
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VIPR\|1基因是研究家禽就巢性状的重要候选基因,研究选用处在产蛋期、就巢期的黑番鸭为研究对象,通过PCR\|RFLP和测序的方法,对VIPR\|1基因内含子12进行多态性检测,并分析其与就巢性状之间的关系。结果表明：VIPR\|1基因内含子12存在一个AfaⅠ酶切位点,该位点在内含子12的902 bp处发生了C→T的碱基突变,产生了CC,CT和TT三种基因型。通过对产蛋黑番鸭与就巢黑番鸭个体的研究,发现所测产蛋黑番鸭基因型的分布情况为CC（32）,TT（40）和CT（42）,就巢黑番鸭基因型的分布为CC（18）,TT（40）和CT（18）,经卡方独立性检验,产蛋黑番鸭与就巢黑番鸭两者之间基因型的分布差异显著（P＜005）。表明黑番鸭VIPR\|1基因第12内含子C902T突变与黑番鸭的就巢性状显著相关。 相似文献