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利用从103对简单重复序列（SSR）引物中筛选出的62对多态性引物,对8份“大五星”天然三倍体枇杷株系和1份二倍体枇杷单株进行 PCR 扩增,共扩增出152个等位位点,每个位点扩增出2～3个等位基因,平均2.45个,引物多态信息量介于0.099至0.586之间,平均多态信息量为0.358．62对 SSR 引物将供试枇杷株系完全区别开,各株系间 Dice 相似系数范围为0.493～0.954,A376与 A368株系之间的 Dice 相似系数最高,A313与 A332株系之间的 Dice 相似系数最低．在62对引物中,CL22.Contig1,NZ02b01,Hi15h12,EJ014,CH04c06和 CH01h02共6对引物能鉴定出 A379,A322,A348和 A332这4个“大五星”天然三倍体枇杷株系的倍性． 相似文献
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【目的】利用NCBI数据库中桃的EST信息开发SSR引物,分析成都平原主栽桃品种的遗传多样性,探讨各遗传相似系数在桃SSR分析中的适用性,以期为桃种质资源的研究提供参考。【方法】利用来自NCBI-EST数据库的100对SSR引物对12个不同形态的桃品种进行PCR扩增,分析筛选20对多态性好、稳定性高且均匀分布于桃8个连锁群的引物对40个桃品种进行PCR扩增,并采用5个遗传相似系数分别对扩增结果进行分析。【结果】使用20对引物共检测出68个多态性等位基因位点,每对引物的等位基因数在2~5之间,平均为3.4。多态信息含量在0.36~0.73间变化,平均为0.54。Jaccard相似系数为0.106~1.000;Jaccard系数的共表型相关系数rc最高,为0.772;Dice系数次之,为0.719;Jaccard和Dice系数的系统树一致性最高,CI_c为1。Nei’s基因多样性指数在种级水平上和类群水平上分别为0.603和0.374,相应的Shannon’s信息指数分别为1.041和0.591。40个桃品种在聚类中首先分为观赏桃和食用桃2大类,再细分为各类群,聚类结果与传统系谱基本吻合。【结论】基于NCBI数据库中桃的EST信息开发的SSR引物多态性较好,可用于桃的SSR分析。Jaccard和Dice系数适合桃的SSR分析。桃品种总体遗传多样性较丰富,但水蜜桃品种仍需加强种质创新。 相似文献
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为精准鉴定贵州荞麦种质资源,采用SSR分子标记对60份荞麦种质进行遗传多样性分析,构建DNA分子身份证数据库。结果显示,从100对SSR引物中筛选出16对稳定性好、多态性丰富的引物,在60份供试种质中共扩增出174个多态性条带;Shannon’s信息指数、Nei’s多样性指数、多态信息指数均值分别为0.337、0.206、0.693,引物的多态性较好,能有效揭示60份荞麦种质的遗传多样性;在Dice遗传相似系数为0.374时,所有供试材料可聚为A、B、C 三组;当Dice遗传相似系数为0.484时,将苦荞组（A组）更细分为A1、A2两个小组。采用毛细管电泳及8%的聚丙烯酰胺凝胶（PAGE）电泳对SSR标记扩增产物进行双验证,2种方法的聚类结果一致。结果表明,本研究开发的高效性SSR分子标记能够有效地鉴定贵州荞麦重要种质的遗传多样性且用于构建分子身份证。 相似文献
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《新疆农业大学学报》2016,(1)
为快速、准确的对现有新疆野苹果种下类型和栽培品种进行鉴定,构建新疆苹果资源的DNA指纹图谱数据库。本研究利用SSR分子标记技术,先筛选鉴别能力强的SSR特征引物,再应用组合法构建62份新疆苹果资源DNA指纹图谱,最终对新疆野苹果种下类型和部分栽培品种进行聚类分析。研究显示,使用12对引物进行PCR扩增,共扩增条带80条,其中多态性条带79条,多态性百分率98.75%,筛选出鉴别能力最强的4对特征引物CH03d07、MS06g03、CH02a08、CH02b12;应用组合4对引物对62份新疆苹果种质资源构建指纹遗传图谱,能有效区分所有供试材料;同时根据该图谱的特异性标记位点,在遗传相似系数0.62处可将62个供试材料分为4大类群。从分析结果看,本研究构建的SSR标记适于构建新疆苹果资源的DNA指纹图谱库。 相似文献
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结球甘蓝遗传多样性的SSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用62对SSR引物对36个结球甘蓝种质材料进行了遗传多样性分析。结果表明,有40对SSR引物在36个种质材料间表现为多态性。共检测到146个等位基因位点,每对引物的等位基因位点变幅为2～7个,平均为3.65个,有效等位基因数为127.88个,平均为3.20个。每个SSR位点的多态信息量(PIC)变化范围为0.182～0.832,平均为0.644。36个种质材料间遗传相似系数变幅为0.473～0.815,平均为0.720。UPGMA聚类分析结果显示,在相似系数为0.62的水平上可将36个甘蓝种质材料聚为三大类群,利用SSR分子标记可以从DNA水平上进行结球甘蓝遗传多样性分析。 相似文献
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用SSR标记研究谷子品种的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
用37对SSR标记对40个谷子品种(来自我国的37个谷子品种及从印度、俄罗斯引进的3个谷子品种)进行遗传多样性研究,37对引物共检测出228个等位变异,引物检测出的等位变异数在3～12之间,平均每个位点检测出的等位变异数为6.16,37个位点的平均多态信息量(PIC)为0.697.研究这37个SSR标记重复单元出现次数与多态信息量及等位变异数之间的相关性,发现多态信息量与等位变异数呈极显著相关,相关系数达到0.802(P<0.01),而多态信息量与重复单元出现次数之间相关性也达到显著水平.相关系数达到0.429(P<0.01).对40个谷子品种进行聚类,在遗传相似系数为0.79时聚为5组,聚类结果表明除山西外几乎所有来自我国不同地区的谷子育成品种都被聚成1组,多数农家品种聚类群与生态类型存在一定的一致性. 相似文献
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用5′锚定PCR技术分离出32个枇杷特异SSR位点,对其中适合设计引物的28个位点设计了相应的引物,并分别与对应的5′锚定的简并SSR引物配对,应用于5个枇杷品种的基因组PCR扩增。结果表明,27条引物在5个受试枇杷品种中有扩增产物,其中24条为可用引物,另外3条引物因为扩增产物不符合SSR标记的特征不能用作SSR标记的引物。 相似文献
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从76对SSR引物中筛选出29对多态引物,对我国9个主要苎麻品种进行了遗传多样性研究。结果表明:共检测到152个位点,其中多态性位点为127,占总扩增位点的83.55%,每对引物检测到2～11个位点,平均为4.38个,片段大小介于100～600bp;Popgene分析显示Nei基因多样性为0.337 1,Shannon信息指数为0.507 1;聚类分析结果显示9个苎麻品种的遗传相似系数为0.58～0.78,在遗传相似系数为0.62处可将全部材料分为A、B、C三大类,聚类分析结果与系谱来源有较好的一致性。 相似文献
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为分析白杨派优良无性系之间的遗传关系，采用毛细管电泳荧光SSR分子标记技术，构建10个白杨派优良无性系DNA指纹图谱，并进行遗传分析。结果表明，从20对引物中筛选出7对位点多态性高且重复性好的引物，共扩增出41个多态性位点，平均每对引物扩增5.9个，每个引物扩增多态位点在4~8之间。无性系间遗传相似系数区间为0.415~0.902，平均遗传相似系数为0.657，遗传变异性丰富。Shannon指数和基因多样性指数分别为1.433 4和0.694 3，表明无性系间具有较高的遗传多样性。聚类分析表明，10个白杨派无性系中，秦白杨1号、秦白杨3号、秦白杨5号与84K聚为一类，07-17-18、07-23-23与07-30-11与I-101聚为一类，与实际亲缘关系相符。利用2对多态性SSR引物PMGC-2020和PMGC2607构建了白杨派无性系指纹图谱，该图谱可将无性系全部区分开。 相似文献
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苹果栽培品种的SSR鉴定及遗传多样性分析 总被引：3，自引：0，他引：3
应用SSR技术对40个苹果栽培品种进行遗传多样性分析,12对SSR引物扩增出114个等位基因,平均每个位点9.5个,位点杂合度为0.237 8~0.682 7,遗传多样性指数为0.534 4。用3对引物(Hi01c11、Hi03d06和GD162)可将供试的40个品种完全区分开。聚类分析结果显示,40个苹果品种的相似系数的变化范围为0.705~0.982,表现出较高的遗传多样性。供试品种在相似系数0.862处被分为5大类群,与品种的系谱来源基本吻合。 相似文献
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为分析辐射诱变对拓宽大豆种质资源遗传基础的作用,以晋大78及其经60Co辐射处理产生的66份M5代群体为材料,利用60对SSR引物进行遗传多样性分析。结果表明:18对筛选出的引物共检测到45个等位变异,平均每个等位变异数为2.5,不同位点的等位变异数为2～6个;多态信息量的变幅为0.058～0.760,平均每个引物的多态信息量是0.359;Shannon's指数范围为0.134～1.642,平均值=0.581;M5代群体与未辐射的晋大78之间的遗传相似系数的变幅为0.625～1.000。在遗传相似系数GS=0.72处,可将材料分为三大类。诱变后代中47份诱变后代材料诱变成功,与晋大78之间的相似系数GS小于1。诱变成功的材料遗传多样性丰富,与晋大78差异明显。 相似文献
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为了获得性状优良的水稻种质资源,采用EMS方法对缙恢21进行诱变,M4代获得不同类型的稳定突变材料,选取36份性状明显不同的突变材料进行SSR分子标记分析。从覆盖水稻12对染色体的200对SSR引物中筛选出15对扩增产物具有稳定多态性的引物,检测到59个等位基因,有效等位基因数为46.2574,有效等位基因百分数为78.40%,每对引物检测出3~5个等位基因,平均为3.9333个;遗传多样性指数在0.9951~1.3849之间,平均为1.2071;每个位点的多态性信息量变化于0.8285~0.9794之间,平均为0.9134。聚类分析得出,36份材料的遗传相似系数变幅为0.515~1.000,并在遗传相似系数0.63处将36份材料分为两大类群。 相似文献
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利用从枇杷上开发的SSR引物对67份枇杷属种质资源进行了遗传多样性分析.从59对引物中筛选出17对
多态性较高且稳定的引物,17对引物共扩增出53条谱带,每对引物扩增2至6条谱带,平均扩增3.12条.供试材
料相似系数介于0.53~1.00之间,平均多态信息含量(PIC)为0.436,平均观察等位基因数为3.118,平均有效等
位基因数为2.166,平均Nei’s基因多样性为0.507,平均Shannon信息指数为0.821,平均观测杂合度为0.637,平
均期望杂合度为0.511,表明供试材料具较丰富的遗传多样性.聚类分析表明,可将67份材料分为4类,野生品种
和栽培品种在聚类结果中没有被区分开,但是绝大多数是被区分开的.栽培枇杷也没有因果肉颜色而分别聚类.此
外,对野生枇杷和栽培枇杷中部分材料的分类作了探讨. 相似文献
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本研究基于滇黄精转录组序列开发简单重复序列(SSR)标记并将其应用于黄精属资源分析。设计合成了45对SSR引物，经PCR扩增验证，选择其中20对SSR引物对75份黄精属资源进行分析。结果表明，共在46 416个Unigene中检出含有二核苷酸～六核苷酸重复类型的SSR位点60 238个，序列SSR发生频率为22.78%,平均分布距离约7.07 kb; SSR位点中的主导类型是二核苷酸和三核苷酸重复，分别占50.06%和34.89%。测试的45对SSR引物中有34对(75.56%)可扩增SSR条带。筛选的20对引物共扩增出153个条带，多态率为98.69%,每对引物扩增条带4.00～14.00个，平均7.65个，不同SSR标记的多态性信息含量为0.626～0.973,平均为0.870。75份材料的等位基因数和遗传相似系数分别为7.00～52.00个和0.531～0.941,平均值分别为24.65个和0.689,显示出丰富的遗传多样性。基于SSR标记分析的聚类图显示，在遗传相似系数0.666处可将供试材料分为4类，较好地反映了供试材料的分类归属。此外，还发现5份多花黄精材料具有特异性的SS... 相似文献
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为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444 865条unigenes,共鉴定出141 132个SSR位点,出现频率为31.72%,平均每3.45 kb出现1个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以A/T和AT/AT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125 616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33条条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.756 9处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。 相似文献