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1.
【目的】明确海南黄牛胰岛素样生长因子2受体基因(IGF2R)遗传多态性及其在海南黄牛群体中的遗传分布情况,为进一步揭示IGF2R基因对海南黄牛生长性状的调控机理提供理论依据,也为分子标记辅助选择提供新的候选位点。【方法】构建海南黄牛DNA混池,通过PCR扩增和测序技术对海南黄牛IGF2R基因编码区(CDS)进行基因多态性分析,并以Chromas序列比对筛选出错义突变SNP位点;应用PCR-RFLP对202头海南黄牛个体进行基因型鉴定,同时对筛选到的SNP位点进行连锁不平衡及单倍型分析,评估海南黄牛群体中各单倍型的分布情况;通过生物信息学方法分析各单倍型和SNP位点对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构、蛋白理化性质及蛋白二级结构的影响。【结果】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点,分别为SNP1(g.63977A>G)、SNP2(g.63999T>C)、SNP3(g.69772G>A)和SNP4(g.94987A>C),其中SNP1、SNP2和SNP3位点间呈强连锁不平衡状态。4个SNPs位点在海南黄牛群体中均表现为中度多态性,且处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。海南黄牛群体中存在4种单倍型(F>0.01),分别是H1(ATG)、H2(GCA)、H3(ACA)和H4(GCG);各单倍型及SNP4突变型对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构及其最小自由能均有影响。海南黄牛IGF2R蛋白为亲水蛋白,存在跨膜结构和信号肽,其二级结构主要由无规则卷曲和延伸链构成,α-螺旋和β-转角的占比较小。【结论】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点,在海南黄牛群体中均表现为中度多态性,且处于Hardy-Weinberg平衡状态。海南黄牛IGF2R基因SNP位点突变对其mRNA二级结构及稳定性均会造成影响,致使IGF2R蛋白二级结构肽链构象发生改变,进而对海南黄牛生长性状的调控造成影响。 相似文献
3.
[目的]明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素(MSTN)基因的多态性,筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记,为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据.[方法]以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代(F2)为研究对象,提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池,PCR扩增MSTN基因全部外显子序列,直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析,探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响.[结果]在鸡MSTN基因第1外显子(Exon-1)筛查到6个SNPs位点,分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T,且6个SNPs位点均为同义突变.在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性,但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性,以C为优势等位基因,而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性.A234G位点突变对鸡MSTN基因mRNA二级结构稳定性无影响,G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象,A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变.鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白,存在信号肽,但不存在跨膜区域,其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成,且以无规则卷曲占比最高.[结论]MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富,其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变,可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究. 相似文献
4.
选用135头体重(493±33)kg,年龄相近皖东育肥牛,颈静脉采血,利用DNA直接测序法测定CAPN1、CAST基因多态性;试验结束屠宰试验育肥牛,取肉样分析皖东牛肉质性状,分析肉质性状与基因多态性相关性。结果表明,皖东牛CAPN1基因存在AA型和BB型2种基因型,4个单核苷酸多态性位点(SNPs),其中内含子8的C429G和G437A位置各1个突变位点,内含子9的C572T位置1个突变位点,外显子9的G458C位置1个突变位点;CAPN1基因中度多态且极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。皖东牛CAST基因有CT基因型和CC基因型,5个SNPs位点,其中内含子8的A220G、A223G和G239A位置各1个突变位点,外显子9的C369T和G375A位置各1个突变位点;CAST基因中度多态并处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。BB基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于AA基因型(P<0.05),CT基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于CC基因型(P<0.05),基因型对其他肉质性状影响差异不显著(P>0.05)。CAPN1和CAST基因多态位点与肌肉嫩度密切相关,可作为皖东牛肉质性状提升候选基因。 相似文献
5.
研究旨在探索CXCR1(Chemokine(C-X-C motif)receptor 1)基因编码区SNPs与荷斯坦牛泌乳性状及部分繁殖性状间关系。用飞行时间质谱法检测865头荷斯坦牛CXCR1基因编码区c.642 AG、c.816 CA、c.980 AG和c.1068 GA 4个SNPs位点,同时收集采样牛2010年12月至2012年7月繁殖指标和2010年至2014年奶牛生产性能测定(Dairy herd improvement,DHI)记录。采用多因素方差分析法分析CXCR1基因CDS区SNPs基因型与测定日产奶量、乳脂率、乳蛋白率等泌乳性状和产犊间隔、产后首配泌乳天数、配种次数和妊娠泌乳天数关系。结果表明,CXCR1-642 AG和CXCR1-980 AG对乳中体细胞评分(Somatic cell score,SCS)影响显著(P0.05),c.642 AG、c.816 CA、c.980 AG和c.1068 GA对乳中乳脂率、蛋白率和总固体影响显著(P0.05)。CXCR1-980 AG和CXCR1-1068 GA位点AA型个体测定日产奶量显著高于AG和GG型(P0.05),但CXCR1-980 AG AA型乳蛋白率、SCS和总固体显著低于AG和GG型(P0.05)。CXCR1-816 CA位点对产犊间隔影响达显著水平(P=0.033),AC基因型个体产犊间隔显著低于AA型个体。而CXCR1-642 AG、CXCR1-980 AG和CXCR1-1068 GA位点对产犊间隔、产后首配泌乳天数、配种次数以及妊娠泌乳天数均无显著性关联(P0.05)。CXCR1-980 AG和CXCR1-1068 GA对荷斯坦牛产奶量和乳品质存在显著遗传效应,CXCR1 c.816 CA位点对产犊间隔影响显著。CXCR1基因CDS区SNP可作为提高产奶量和乳品质、缩短产犊间隔候选分子标记之一。 相似文献
6.
《西南农业学报》2017,(10)
【目的】探究家兔血管生成素样蛋白4(angiopoietin-like protein 4,ANGPTL4)基因第6外显子内的多态性及其与家兔部分生长性状的关联性。【方法】采用PCR产物测序法检测家兔ANGPTL4基因外显子内的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并应用PCRRFLP酶切分型技术对3个家兔品种(天府黑兔、伊拉兔和新西兰兔)共495个群体样本进行酶切分型,分析SNPs与3个家兔品种部分生长性状的关联性。【结果】ANGPTL4基因第6外显子中共检测发现3个遗传变异位点(c.823 GA为非同义突变,c.867 TC和c.975 TC均为同义突变),且完全处于连锁状态(r2≥0.75),由此选择c.823 GA位点作为遗传效应分析位点。关联性分析得出3个家兔群体内AG基因型和GG基因型与3个品种部分生长性状具有较高的遗传效应。【结论】ANPGTL4基因可以是与家兔生长发育相关的候选基因,以此为培育肉兔新品种提供辅助分子遗传选择依据。 相似文献
7.
【目的】研究伊犁马MCT1基因多态性与速度性能的关联性,为专门化用途速度马的选种育种提供技术支撑。【方法】以50匹参加2 000 m速度赛的2岁伊犁马为研究对象,运用DNA直接测序法筛选伊犁马MCT1基因第2、3外显子的突变位点,分析其多态性位点以及与伊犁马2 000 m比赛成绩的关联性。【结果】在伊犁马MCT1基因第2外显子上发现一个SNP位点,在伊犁马MCT1基因第3外显子上没有发现突变位点,在g.52168582处,碱基T突变为碱基G,此突变位点为错义突变,该突变导致其编码氨基酸由苯丙氨酸变为亮氨酸,属于中度多态位点,处于Hardy-Weinberg平衡状态,共存在TT、TG、GG 3种基因型,TT基因平均速度高于GG和TG基因型平均速度,且TT基因型平均速度显著高于GG基因型平均速度(P<0.05)。【结论】在伊犁马MCT1基因第2外显子g.52168582T>G处TT基因型更有利于伊犁马2 000 m比赛速度。 相似文献
8.
利用黔北麻羊和贵州白山羊构建品种DNA池,设计1对引物分别扩增其TFAM基因第2外显子及第1内含子部分序列.PCR产物纯化后进行双向测序,DNAStar和BLAST分析确定多态性位点.利用生物信息学软件分析SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白二级、三级结构的影响.结果表明:在羊TFAM基因中筛选到5个SNPs:T 1005C、G1099C、A1130C、G1164C、T1287C,其中T1005C为同义突变,G1099C为错义突变,导致编码的甘氨酸(Gly)变为半胱氨酸(Cys);A1130C、G1164C、T1287C 3个突变位点均位于内含子区.SNPs位点对TFAM基因RNA二级结构和TFAM蛋白结构有一定影响. 相似文献
9.
《江苏农业科学》2016,(9)
为研究牛血管生成素样蛋白4(angiopoietin-like protein 4,ANGPTL4)在调节脂肪和能量代谢中的作用,采用DNA测序技术,对关岭黄牛92头个体ANGPTL4基因的多态性进行研究,分析多态性位点与关岭黄牛生长性状的相关性。结果表明,在扩增片段为752 bp的产物中,发现387 CT、418 CT、449 AT等3个突变位点,3个突变位点均处于哈代-温伯格不平衡状态(HWE)(P0.05),3个多态位点的多肽信息含量(PIC)均为中度多态。相关性检测结果表明,418 CT突变位点不同基因型关岭黄牛的体高、体斜长、胸围、腹围表现出差异极显著(P0.01),449AT突变位点不同基因型关岭黄牛的体高表现出差异显著(P0.05),胸围、腹围表现出差异极显著(P0.01)。 相似文献
10.
绵羊UCP1基因碱基突变与其蛋白结构和功能 总被引:1,自引:1,他引:0
【目的】检测两个绵羊群体中解偶联蛋白1(uncoupling protein 1,UCP1)基因的单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism,SNP),预测和分析碱基改变对蛋白结构和功能的影响。【方法】利用PCR-SSCP结合测序的方法检测UCP1基因编码区的SNPs,用生物信息学方法分析UCP1蛋白的理化性质和结构。【结果】UCP1基因编码区存在4个SNPs,其中c.214G>A(Val72Met)和c.273C>T位于外显子2,c.624C>T和c.757G>A(Ala253Thr)位于外显子5。进一步分析导致氨基酸改变的c.214G>A和c.757 G>A突变发现,此两个突变只对UCP1蛋白的理化性质和转录因子结合位点有细微改变,未引起UCP1蛋白空间构象的变化,对蛋白表达的影响不大。【结论】基于对人类中两个与肥胖相关的外显子突变型蛋白结构的比较说明,UCP1蛋白结构的改变可能影响其功能。 相似文献
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为研究秦川牛MYH8基因的多态性及其与秦川牛生长性状的关联性,选取163头健康的30月±2月龄秦川牛,采用DNA测序技术发现MYH8基因外显子上的SNP位点,并以PCR-RFLP技术分析秦川牛群MYH8基因型,研究其遗传多样性,再通过SPSS 19.0软件分析SNP位点与秦川牛体尺性状和胴体性状的关联性。研究结果表明,在MYH8基因第33外显子上存在3个SNP位点,分别在基因序列26 064、26 094和26 100bp 3处,且26 064bp处(TC)为同义突变,26 094bp处(TC)为错义突变,26 100bp处(CG)为错义突变。关联分析显示,C26100G突变发生在体斜长指标,表现为GG基因型个体的群体均值显著高于GC、CC基因型个体(P0.05);而其他突变中不存在显著性差异。某些基因型(T26064C突变处TC基因型和T26094C突变处CT基因型)可能为优势基因型,但还需通过更多个体验证。说明:MYH8基因对秦川肉牛生长性状存在一定影响。 相似文献
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黄牛Gli3基因第10外显子多态性及其与生长性状相关性 总被引:1,自引:0,他引:1
利用PCR-SSCP和DNA测序技术研究708头黄牛Gli3基因第10外显子的多态性,发现此外显子存在SSCP多态。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现2个新的SNP多态位点(NW_001494928:g.205649TC,205754AC),这2个SNP完全连锁。南阳牛不同基因型与生长发育性状的相关性分析显示,CC基因型个体的24月龄平均日增体质量指标显著大于TT基因型个体(P0.05),其余各项指标基因型间差异不显著(P0.05)。因此,该位点有可能作为南阳牛生长性状辅助选择的标记之一。秦川牛和郏县红牛群体中没有发现与该基因座多态显著相关的性状。 相似文献
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【目的】探究关岭牛心脏型脂肪酸结合蛋白 (FABP3)和脂肪型脂肪酸结合蛋白 (FABP4)基因的分子特征及其在不同年龄段和不同组织中的表达差异,为揭示牛FABP3和FABP4基因对脂肪酸的调控作用机制提供理论依据。【方法】通过RT-PCR扩增关岭牛FABP3和FABP4基因蛋白编码区(CDS)序列,采用ProtScale、 ProtParam、 SOPMA、SWISS-MODEL、 TMHMM-2.0、 SignalP-5.0及NetPhos-3.1等在线软件进行生物信息学分析,同时以实时荧光定量PCR检测FABP3和FABP4基因在3日龄关岭犊牛、 24月龄关岭牛 (成年)及24月龄杂交牛 (关岭牛×利木赞牛)各组织中的表达情况。【结果】关岭牛FABP3、 FABP4基因CDS序列全长分别为402和399 bp,对应编码133和132个氨基酸残基,其蛋白二、三级结构以无规则卷曲和延伸链为主,均无跨膜结构域和信号肽,且为稳定的亲水性蛋白。关岭牛FABP3、FABP4氨基酸序列分别存在26和21个磷酸化位点,其中又以苏氨酸磷酸化位点为主;关岭牛FABP3和FABP4蛋白与FABP1、 FABP6、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARγ)、脂蛋白脂肪酶(LPL)及激素敏感脂肪酶(LIPE)等存在互作关系。基于FABP3和FABP4氨基酸序列相似性构建的系统发育进化树均显示,关岭牛与牦牛的亲缘关系最近,其次是绵羊,与鸡和斑马鱼的亲缘关系较远。FABP3和FABP4基因在关岭牛和杂交牛各组织中均有不同程度的表达,其中, FABP3基因以在心脏中的相对表达量最高,且在成年牛中的相对表达量极显著高于犊牛和杂交牛(P<0.01,下同); FABP4基因以在脂肪中的相对表达最高,且在犊牛中的相对表达量极显著高于成年牛。【结论】关岭牛FABP3和FABP4基因具有较高的遗传保守性,且以在心脏和脂肪中的表达水平较高,与脂肪酸代谢密切相关。 相似文献
14.
为鉴定牛BBOX1基因选择性多聚腺苷酸化的不同变异体及其3'UTR的多态性,采用3'RACE的方法检测出BBOX1基因3个不同3'UTR全长的APA变异体,短APA变异体3'UTR长度为229 bp,长APA变异体3'UTR长度分别为664 bp和678 bp。利用SSCP与测序相结合的方法,在BBOX1基因的3'UTR中检测到10个多态性,其中7个为SNP,分别为c.12TC、c.100AG、c.241TC、c.480TC、c.557TC、c.606TC和c.650TC;3个为插入或缺失突变,分别为c.28_29ins C、c.434_435del GT和c.512_513ins TGC。SNP c.650TC定位在Poly(A)加尾信号PAS3中,使加尾信号序列AAUAAA突变成AACAAA,导致3'UTR长度为678 bp的变异体出现。 相似文献
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GRAS(GIBBERELLIN-INSENSITIVE, repressor of ga1-3 and SCARECROW)基因家族作为重要的植物转录因子在调控植物生长发育、抵抗逆境胁迫的各种信号转导途径中发挥重要作用。为进一步挖掘该家族小麦抗赤霉病相关基因,从禾谷镰刀菌诱导的小麦转录组测序数据筛选出差异表达基因TaPAT1-2D(TraesCS2D02G198200.1),克隆该基因的全长序列,并对其进行生物信息学和表达模式分析,以及亚细胞定位和酵母转录激活活性研究。生物信息学分析结果表明:TaPAT1-2D序列全长1 668 bp,编码555个氨基酸,分子量约为61.34 ku; TaPAT1-2D蛋白含有典型GRAS功能结构域,在进化关系上与水稻OsCIGR2(LOC_Os07g39470.1)关系较近;TaPAT1-2D启动子区包含茉莉酸甲酯、脱落酸、生长素等植物激素响应元件与光应答元件等。实时荧光定量PCR结果显示,接种禾谷镰刀菌孢子液72 h后,TaPAT1-2D基因在4个不同赤霉病抗性小麦品种中的相对表达水平明显上调,表明该基因参与赤霉病的响应过程。农杆菌介导的烟草中瞬... 相似文献
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Xiaokang ZHUO Tangchun ZHENG Zhiyong ZHANG Suzhen LI Yichi ZHANG Lidan SUN Weiru YANG Jia WANG Tangren CHENG Qixiang ZHANG 《农业科学与工程前沿(英文版)》2021,8(2):196
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【目的】研究伊犁马脂蛋白脂酶(lipoprotein lipase,LPL)基因多态性及其对肉质性状的影响,为专门化肉用马选种提供技术支撑。【方法】以41匹成年伊犁马为研究对象,采集颈静脉血液样本及其三角肌、背阔肌、臂三头肌、腹外斜肌和臀中肌5个部位肌肉样本,提取伊犁马DNA样本并测定肉质性状,利用PCR测序法筛选LPL基因突变位点并进行多态性分析,结合伊犁马肉质性状数据与LPL基因多态性进行关联性分析。【结果】所选马匹中共检测出2个突变位点(g.715T>C和g.12074C>A),均为内含子突变,2个位点均只检测出2种基因型,为低度多态位点。g.715T>C位点TT基因型马匹背阔肌和臀中肌失水率显著高于TC基因型马匹(P<0.05),背阔肌剪切力极显著大于TC基因型马匹(P<0.01),腹外斜肌剪切力极显著小于TC基因型马匹(P<0.05),三角肌和臀中肌剪切力显著大于TC基因型马匹(P<0.05);g.12074C>A突变位点CC基因型马匹臂三头肌和臀中肌失水率极显著低于CA基因型马匹(P<0.01),背阔肌和腹外斜肌失水率显著低于CA基因型马匹(P<0.05),臂三头肌熟肉率极显著高于CA基因型马匹(P<0.01),三角肌和腹外斜肌熟肉率与CA基因型马匹呈显著差异(P<0.05),臂三头肌和腹外斜肌剪切力极显著高于CA基因型马匹(P<0.01)。【结论】LPL基因g.715T>C和g.12074C>A位点是影响伊犁马肉质性状的潜在位点。 相似文献