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1.
《南方农业学报》2015,(8)
【目的】研究云南东方蜜蜂群体的遗传多样性及其遗传分化,为其种质资源保护和有效利用提供参考依据。【方法】对云南不同地理东方蜜蜂群体线粒体的COII部分序列(1~259 bp)进行测序,并分析其遗传分化情况。【结果】在6个云南东方蜜蜂群体的线粒体COII部分序列中发现有5个变异位点,并确定存在7种单倍型,其单倍型多样度为0~0.644,核苷酸多样度为0~0.00420,群体间的遗传分化系数(Fst)为0.00966~0.69753。从基于mt DNA COII单倍型的东方蜜蜂NJ系统发生树可以看出,云南东方蜜蜂群体mt DNA COII序列的7种单倍型与我国境内其他地区及邻国日本的单倍型聚为一类,而与其他国家或地区的单倍型分开。【结论】云南东方蜜蜂群体遗传多样性丰富,不同地理群体间遗传分化明显,尤其是武定东方蜜蜂群体的整齐度较差、遗传结构较复杂。 相似文献
2.
[目的]调查青藏高原地区东方蜜蜂种群遗传结构。[方法]利用线粒体DNA分子标记对青藏高原地区东方蜜蜂样本进行群体检测;对单倍型数量、频率分布、单倍型多样度、核苷酸多样度等指标进行统计分析;对地理种群内/间的遗传变异进行分子方差分析;对地理种群间的遗传距离矩阵与地理距离矩阵进行蒙特尔(Mantel)检验;利用邻接法、最大简约法和贝叶斯法分析单倍型间系统发育关系。[结果]青藏高原地区东方蜜蜂种群蕴藏着较丰富的遗传多样性,全部样本的单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.939和0.003 92;分子方差分析结果显示:尽管种群内变异对总变异的贡献率始终最大(45.5%,P≤0.01),但不同地理种群间的变异也达到显著水平(38%,P≤0.05)。[结论]人为基因交流是影响青藏高原地区东方蜜蜂种群遗传结构的因素之一;山脉、高原阻隔是塑造青藏高原地区东方蜜蜂种群遗传结构的主要作用因素。 相似文献
3.
以线粒体DNA COⅠ区间基因片段为指标,利用生物信息学软件分析了陕甘宁青晋地区5个省15个采样点共443群东方蜜蜂的遗传分化状况.所得序列全长625 bp,共定义了21个线粒体单倍型,总单倍型多样度为0.536±0.029,总核苷酸多样度为:0.001 16±0.000 08.单倍型网络关系图、系统发育树以及分子方差分析数据显示,这些种群总体遗传分化不显著,所采集样本的变异主要存在于组内群体间和群体内,组间变异不显著. 相似文献
4.
《浙江大学学报(农业与生命科学版)》2017,(4)
为了解浙江省丽水市中华蜜蜂(中蜂)的遗传多样性及分类地位,基于mtDNA tRNA~(leu)~COⅡ序列对丽水市9个区县共94个中蜂样本进行序列测定和相关分析。群体多样性分析显示:丽水市中蜂的平均核苷酸多样度(Pi)为0.003 52,平均单倍型多样度(Hd)为0.772±0.036,多样性较高;共发现20个单倍型,其中主体单倍型占总样本数的41.5%,与已报道的福建主体单倍型以及广州序列相同,支持丽水中蜂划为华南中蜂类型;丽水中蜂的第二大单倍型的分布频率与福建中蜂明显不同,同时首次报道2个新发现的单倍型,提示丽水中蜂有其独特的遗传背景。单倍型聚类分析显示,丽水中蜂的单倍型与地理分布有较大关系,说明丽水多山环境的地理隔离可能形成了地区间中蜂的分化。该研究为丽水中华蜜蜂的资源保护及开发利用提供了重要的理论依据。 相似文献
5.
为了研究福建东方蜜蜂的遗传变异和遗传多样性,在全省采集9个样点,共424群东方蜜蜂样本,进行线粒体DNA tRNAleu-COⅡ序列分析.结果表明,tRNAleu-COⅡ片段序列包括93 bp的非编码区和259 bp的COⅡ编码区.在整个352 bp序列中,共检测到23个多态位点和27种单倍型,平均单倍型多样度为0.484 3,平均核苷酸差异数为0.687,平均核苷酸多样度为0.001 93.福建东方蜜蜂各样点间不存在遗传分化,总体遗传分化系数为0.003,各样点的基因流参数为49.75~249.75. 相似文献
6.
《云南农业大学学报(自然科学版)》2015,(3)
他留乌骨鸡、兰坪绒毛鸡和武定鸡为分布于云南西北部和中部地区的优良地方鸡遗传资源。本研究采用mt DNA母系遗传标记,对这3个地方鸡的群体遗传变异进行了检测和遗传多样性分析。在他留乌骨鸡中检测到33个核苷酸变异位点,共定义16种单倍型,单倍型多样度为0.855±0.036,核苷酸多样度为0.017 15±0.000 58,群体内遗传距离为0.018±0.004;在兰坪绒毛鸡中发现18个核苷酸变异位点,共定义7种单倍型,单倍型多样度为0.545±0.079,核苷酸多样度为0.004 65±0.001 29,群体内遗传距离为0.005±0.001;在武定鸡中观测到36个变异位点,共定义26种单倍型,单倍型多样度为0.922±0.018,核苷酸多样度为0.015 34±0.000 80,群体内遗传距离为0.016±0.003。单倍型中介网络分析显示:他留乌骨鸡和武定鸡均包含A,B,E,F,G和H等6个母系世系,但各世系的构成比存在较大差异:他留乌骨鸡中A,B,E,F,G和H世系的构成比为35.19%,5.55%,5.55%,16.67%,27.78%,9.26%,而在武定鸡中却为34.72%,22.22%,12.50%,12.50%,15.28%,2.78%;兰坪绒毛鸡仅含有A,F和G等3个世系,构成比为2.13%,89.36%,8.51%,云南土著鸡血统占97.87%,主要由F世系构成。上述结果揭示云南3个地方鸡群体存在较大遗传分化,他留乌骨鸡和武定鸡群体变异丰富,兰坪绒毛鸡群体变异较为贫乏,但其母系遗传组成独特。本研究结果支持家鸡多个母系起源的论点。 相似文献
7.
《云南农业大学学报(自然科学版)》2016,(1)
为探讨云南省东方蜜蜂的遗传多样性,本研究以线粒体DNA COⅠ~COⅡ区间基因片段为指标,利用生物信息学软件分析了云南省6个采样点共179群东方蜜蜂的遗传多样性。结果显示:(1)所得线粒体DNA片段的碱基长度为760 bp,碱基组成为:A为40.4%,T为42.4%,C为10.7%,G为6.5%,表现出A+T偏倚性;(2)共发现28个变异位点,其中,简约信息位点18个,单一多态位点10个;(3)定义了29种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.884和0.002 69;(4)聚类分析结果显示云南省东方蜜蜂无明显遗传分化现象,与国内重庆、甘肃、北京等地亲缘关系较近,与台湾地区亲缘关系较远;与国外的韩国、日本亲缘关系较近,而与马来西亚等地的亲缘关系较远。 相似文献
8.
海南中华蜜蜂线粒体DNA的遗传多样性 总被引：1，自引：1，他引：0
采用线粒体DNA tRNAleu-COII片段的序列分析方法,对海南16个样点的715群中华蜜蜂(Apis cerana cerana)进行遗传多样性研究,明确了海南中华蜜蜂线粒体DNA tRNAleu-COII片段序列的遗传多样性及单倍型的分布特点.结果共发现48种单倍型,其中新发现43种单倍型.共检测到38个变异位点,包括12个单一多态位点、23个简约信息位点、1个插入位点和3个缺失位点.海南中华蜜蜂单倍型多样度为0.742±0.017,平均核苷酸差异数为1.248,核苷酸多样度为0.00354±0.00013,这表明海南中华蜜蜂线粒体DNA tRNAleu-COII片段具有丰富遗传多样性.海南中华蜜蜂普遍在117位点发生G→A的转换,发生比例为74.27%. 相似文献
9.
千岛湖和长江黄尾鲴种群的遗传变异研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解千岛湖黄尾鲴种群与长江水系相关种群的遗传变异与关系,我们对千岛湖(浙江省的汾口、富文、临岐)及其他地区(安徽泾县和江西南昌县)共5个地理种群的黄尾鲴(Xenocypris davidi)的线粒体COⅠ序列进行了分析。在92条黄尾鲴序列中,共检测出10个变异位点,归结为10个单倍型。单倍型网络结构显示其分布格局与地理格局呈现一定程度的对应关系。通过群体间遗传分化的分析显示,千岛湖与长江群体间存在显著遗传分化(Fst为0.110 55~0.453 67),同时,千岛湖的群体间无分化(Fst最大值为0.066 05)以及长江的泾县和南昌群体间存在显著遗传分化(Fst=0.399 93)。种群间遗传距离显示出千岛湖3个群体的关系更为密切,泾县和其他各群体分化最为明显。中性检测和核苷酸失配分析均表明,黄尾鲴南昌群体在历史上可能发生过种群扩张事件,而其他群体未呈现明显的种群扩张迹象。 相似文献
10.
《西南农业学报》2015,(4)
本研究对来自合作藏猪(合作群体、玛曲群体、碌曲群体)共386头(份)的线粒体D环(mt DNAD-loop)高变区核苷酸进行了分析。结果表明,在长度为435 bp的核苷酸序列中共检测到23个多态位点,占所测核苷酸的5.287%,其中有2个单一多态位点和21个简约信息位点,合作猪单倍型多样度(Hd)为0.873、核苷酸多样度(Pi)为0.00549、平均数核苷酸差异(k)为2.338。合作群体单倍型多样度和核苷酸多样度最高(0.883、0.00549)、碌曲群体最低(0.839和0.00348)。合作群体对合作藏猪遗传变异贡献RS(k)、遗传独特性贡献和总体遗传贡献RT(k)最高。就维持合作藏猪总体多样性而言,合作群体起到正效应,玛曲群体、录取群体两类群的存在对于合作藏猪的遗传多样性提高起负作用。 相似文献
11.
为了更有效地保护、管理和繁育缅甸蟒(Python bivittatus)濒危物种,有必要利用分子技术对地方物种多样性和遗传分化进行研究。试验采用TA克隆双向测序方法对来自海南的37条缅甸蟒和来自越南的28条缅甸蟒部分控制区II序列进行了测定。结果表明,两个地理群体共分为25个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.877±0.025,核苷酸多样性(π)为0.004 76±0.000 41,平均核苷酸差异数(k)为2.676,显示缅甸蟒整体遗传多样性不高;通过比较两群体遗传多样性,发现海南缅甸蟒的单倍型多样度要高于越南缅甸蟒,但核苷酸多样性和平均核苷酸差异数低于越南缅甸蟒;基于控制区构建ML树和Network网络分析显示,两群体均各自形成了明显的两大分支;通过计算得到两群体的固定指数(Fst)为0.201(P0.001),显示海南缅甸蟒与越南缅甸蟒存在极显著差异。 相似文献
12.
绵羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用PCR-SSCP技术对8个绵羊群体的806个个体的线粒体DNA控制区(D-loop)5′端部分序列进行遗传多样性分析,以探讨山西省的3个绵羊品种(系):山西肉用绵羊母本品系、山西细毛羊和晋中绵羊与其它国内外品种的遗传多样性差异。共检测出6种单倍型,依次记为A、B、C、D、E和F。杜泊和大尾寒羊的主单倍型分别为B和E,其他群体均为F。单倍型多样度以考力代最低,为0.109;其它7个群体的单倍型多样度都较高,最高的为杜泊,达0.741;山西肉用绵羊、山西细毛羊和晋中绵羊的单倍型多样度分别为0.579、0.724和0.624。主成分分析显示山西肉用绵羊和小尾寒羊聚在一起,表明其间亲缘关系较近,与其它6个国内外品种遗传关系较远。 相似文献
13.
长白山中华蜜蜂（Apis cerana cerana）遗传多样性分析 总被引：3，自引：2，他引：1
长白山中华蜜蜂是我国东北地区的重要蜜蜂资源,具有独特的分布区域、生物学特性和形态特性.本研究通过A107、AP043、AP085、AP313、AT101等5对微卫星引物与mtDNA tRNAku-COII 357 bp片段,对110只长白山中华蜜蜂进行遗传多样性研究.长白山中华蜜蜂在5个微卫星位点的平均期望杂合度、平均观察杂合度、平均香农指数分别为0.2110±0.2333、0.0645±0.0718、0.4031±0.4202,PIC值除A107为0.5541外,其它4个位点分别在0-0.1644之间;mtDNA标记检测到的单倍型多样度为0.249±0.054,核苷酸多样度为0.00074±0.00017,平均核苷酸差异为0.263,表现出很低的遗传多样性.长白山中华蜜蜂的遗传结构较为单一,5个微卫星位点的遗传结构均以一种等位基因为主,线粒体单倍型H1（Japan1）占83.64％,且在长白山中华蜜蜂研究中首次发现H3（登录号：KF673779）、H5（登录号：KF673782）、H7（登录号：KF673780）、H8（登录号：KF673781）等4种单倍型.长白山中华蜜蜂种群数量少,遗传多样性低,遗传结构单一,面临着灭绝的风险.长白山中华蜜蜂的资源保护刻不容缓,需要尽快建立保护区. 相似文献
14.
《山西农业科学》2016,(4):432-435
测定铁倍蚜属枣铁亚种7个种群共58个个体的mt DNA COI基因部分序列,分析其种群遗传结构和变异。结果表明,在测得的1 257 bp COI基因序列中有100个变异位点,58条序列共产生23个单倍型,其平均单倍型多样度为0.943±0.015,核苷酸多样度为0.020±0.002,其中,4个单倍型为不同种群的共享单倍型(2个单倍型为主体单倍型),11个单倍型为独享单倍型,8个单倍型为同一种群不同个体共享。AMOVA分析显示,枣铁亚种种群间的遗传变异较高,且分化显著。TCS网络图和聚类关系综合分析显示,不同单倍型按地理分布形成较明显的簇群,其中,云南水富所有个体单独构成一个分支,与其余种群关系较远,该种群可能属于不同的种。 相似文献
15.
【目的】揭示西北马鹿(Cervus elaphus)群体的遗传多样性及系统地位,为科学地保护和利用我国西北地区马鹿资源提供基础研究材料。【方法】对塔里木马鹿、阿尔泰马鹿、天山马鹿、甘肃马鹿及阿拉善马鹿5个群体108个个体的D-loop全序列进行扩增、测序,分析其碱基组成及变异,构建系统发育树,研究西北马鹿群体遗传结构、群体遗传多样性及其系统地位。【结果】共检测到40个单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.998±0.006,平均核苷酸多样度(Pi)为0.041±0.005,平均核苷酸差异数(K)为36.08。构建NJ和MP分子系统发育树发现,塔里木马鹿与其他马鹿遗传距离较远,分属于不同的类群;阿尔泰马鹿、天山马鹿及甘肃马鹿之间均存在基因交流,可能是群体间引种杂交所致。【结论】西北地区马鹿整体遗传多样性丰富;中国马鹿可能起源于欧洲;部分马鹿群体间存在基因交流情况。 相似文献
16.
对江苏省扬州高邮、苏州张家港、泰州海陵3个地区宽体金线蛭自然群体的线粒体Cytb基因全序列进行了测定和分析。结果显示:宽体金线蛭Cytb基因全长1 146 bp,样本的A、G、T、C平均含量分别为27.57%、15.77%、43.49%、13.17%,A+T含量(71.06%)明显高于G+C含量(28.94%)。在77个宽体金线蛭样本中,共检测到96个多态位点,其中有58个简约信息位点,获得47个单倍型,共享单倍型数目1个。3个宽体金线蛭群体的平均单倍型多样性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异数分别为0.9781、0.0133、15.20,其中泰州海陵群体的单倍型多样度(0.987 7)和核苷酸多样度(0.013 1)最高。3个群体间的遗传分化指数F_(st)为0.065 1～0.175 6,且差异显著(P0.05),不同群体间存在一定的遗传分化。分子方差分析(AMOVA)表明,11.13%的变异来自群体间,88.87%的变异来自群体内。用邻接法构建的单倍型系统发育进化树显示,不同地理群体的个体呈交错分布,没有形成明显的地理谱系。中性检验和核酸不配对分布结果表明,3个宽体金线蛭野生群体总体大小保持相对稳定,没有发生明显的种群扩张。 相似文献
17.
【目的】了解唐家河国家级自然保护区中华蜜蜂的遗传多样性,为进一步保护和利用唐家河中华蜜蜂资源提供科学依据。【方法】以基因片段mt DNA t RNAleu~COⅡ的非编码区作为分子标记,对唐家河各个地区共37个中蜂样本进行序列测定及相关分析。【结果】唐家河中蜂的核苷酸多样度(Pi)为0.030 34,单倍型多样性(Hd)为0.839±0.041;共发现14个单倍型,主体单倍型TJH2和TJH4分别占总样本数的29.73%和27.03%。此外本研究首次报道了3个新发现的单倍型。【结论】唐家河中蜂具有丰富的遗传多样性,其单倍型的分布与地理、气候等因素有较大关系。 相似文献
18.
对中国具代表性的东方蜜蜂遗传资源中7个种群的线粒体DNA tRNA~(leu)~COⅡ基因进行扩增和测序,并进行遗传多样性比较及亲缘关系分析。结果表明,共发现43个单倍型,其中10个单倍型在GenBank数据库对比确认属于新发现单倍型;7个群体中,阿坝中蜂、滇南中蜂和海南中蜂遗传多样性水平较高,长白山中蜂遗传多样性水平较低,其他群体遗传多样性居中;不同种群间遗传距离变化较大,其中海南中蜂与滇南中蜂、阿坝中蜂间的遗传距离最大,长白山中蜂与云贵中蜂、北方中蜂、华南中蜂间的遗传距离最小;聚类分析显示7个种群可聚为4个类群。 相似文献
19.
《云南农业大学学报(自然科学版)》2021,(1)
【目的】阐明腾冲雪鸡群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对144只腾冲雪鸡样品的mtDNA D-loop区序列变异进行检测,在此基础上结合已发表的云南其他地方鸡数据进行群体遗传学分析。【结果】在所检测的腾冲雪鸡序列中,碱基T、C、A和G平均含量分别为30.2%、29.8%、27.3%和12.6%,序列A+T平均含量为57.6%;共检测到33个核苷酸多态位点,占检测核苷酸位点总数的6.35%,其中4个为单一信息位点,29个为简约信息位点,数据突变形式主要为转换。在该群体中共发现21种单倍型,单倍型多样度(H)为0.890±0.011,核苷酸多样度(π值)为0.016 41±0.000 28,序列间平均核苷酸差异数和整个群体平均遗传多样性分别为8.534和0.017±0.004。系统发育分析显示:腾冲雪鸡包含A、B、E、F和G 5个母系世系,各世系所占的比例分别为25.00%、20.83%、15.28%、30.56%和8.33%。【结论】揭示腾冲雪鸡遗传多样性丰富,在世系组成比例上有别于云南其他地方鸡,且与它们有一定遗传分化。 相似文献
20.
为了解陕北地区黄牛的遗传多样性及遗传背景,采用直接测序技术对55头饲养在陕北榆林地区的秦川牛及其多个杂交后代群体的线粒体DNA D-loop区826bp序列进行测定。结果表明,榆林地区黄牛D-loop区序列A+T平均含量为61.5%,G+C含量38.5%;共检测到33种单倍型和84个变异位点,核苷酸多样度(π)为0.021 43,单倍型多样度(h)为0.970,表明陕北榆林地区的黄牛具有丰富的遗传多样性。NJ法聚类结果显示,该地区的黄牛品种或群体有2个母系起源。 相似文献