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1.
本研究旨在通过不同品种绵羊背最长肌的全基因组甲基化差异分析,鉴定差异甲基化区域（DMR）和差异甲基化基因（DMG）,为解析绵羊骨骼肌发育差异奠定基础。采用全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）技术开展了周岁龄滩羊、湖羊和滩湖F2代背最长肌全基因组DNA的甲基化水平检测和差异甲基化区域分析,探讨品种间DNA甲基化水平的差异。结果显示,全基因组范围内滩羊、湖羊和滩湖F2代胞嘧啶（C）甲基化（mC）率分别为3.55%、3.18%和3.56%,3个群体的甲基化水平基本一致。对滩羊和湖羊的甲基化水平进行比较,在不同序列环境下共检测到97 731个DMRs和10 784个DMGs。在CG、CHH、CHG序列环境下3个群体甲基化水平无显著差异。对DMGs通过基因本体（GO）和相关信号通路（KEGG）分析,共检测到419个GO条目和20个信号通路,显著富集在细胞过程、细胞组分、结合、长期抑制等相关条目中。筛选出5个与肌肉调控有关的候选基因ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3、MYH10。本研究绘制了滩羊、湖羊和滩湖F2代全基因组甲基化图谱,为表观遗传调控肌肉发育研究和肉质候选基因的筛选提供理论参考。 相似文献
2.
本研究旨在分析不同体重苏姜猪的全基因组DNA甲基化差异，以期筛选出影响苏姜猪体重的差异甲基化基因（differentially methylated genes，DMGs）。利用全基因组重亚硫酸盐测序（whole genome bisulfite sequencing，WGBS）技术分析了3头180日龄高体重和3头180日龄低体重苏姜猪的全基因组DNA的甲基化程度、差异甲基化区域（differentially methylated regions，DMRs）和DMGs，对DMGs进行GO和KEGG分析，鉴别影响苏姜猪体重的候选基因。结果显示，苏姜猪全基因组范围内胞嘧啶（C）的平均甲基化率为4.1%，胞嘧啶（C）甲基化平均98.41%发生在CG序列上，CG序列环境下外显子、内含子和3'UTR的甲基化水平高于启动子和5'UTR。本研究共检测出1 657个DMRs和575个DMGs，8号染色体上DMRs分布最多，88.89%的DMRs的长度在500 bp以内，62.78%的DMRs分布在远端基因间区，98个DMGs显著富集于TOR信号的负调控、碳水化合物衍生物分解代谢过程、脂肪细胞因子信号通路、FoxO信号通路等53个GO条目和29个信号通路，鉴别到5个与苏姜猪体重相关的候选基因：瘦素受体（leptin receptor，LEPR）基因、肿瘤坏死因子受体相关因子6（tumor necrosis factor receptor associated factor 6，TRAF6）基因、生肌因子6（myogenic factor 6，MYF6）基因、钙依赖性分泌激活因子2（calcium dependent secretion activator 2，CADPS2）基因和表皮生长因子（epidermal growth factor，EGF）基因。本研究利用WGBS绘制了高、低体重组苏姜猪的全基因组DNA甲基化图谱，为深入研究苏姜猪体重差异的分子机制奠定了基础。 相似文献
3.
旨在研究玻璃化冷冻对牛GV期卵母细胞全基因组甲基化的影响。本研究收集新鲜、玻璃化冷冻的牛GV卵母细胞，采用单细胞全基因组甲基化测序（ScWGBS）技术对新鲜、玻璃化法冷冻牛GV卵母细胞的全基因组甲基化水平进行检测，旨在揭示两者DNA甲基化模式的差异。结果表明，玻璃化冷冻不会对牛GV卵母细胞的全基因甲基化水平造成显著影响。基于基因本体（GO）和信号通路（KEGG）对140个差异甲基化区域（DMRs）进行分析，发现DMRs主要参与细胞发育、细胞骨架组织等功能，主要富集在PI3K-Akt信号通路、GnRH信号通路等，并筛选出与卵母细胞成熟（TSC2）、细胞骨架（NUDC）、细胞活力（MAFK）等相关的基因。上述结果，可为提高GV卵母细胞玻璃化冷冻效率奠定信息基础和研究方向。 相似文献
4.
【目的】利用选择信号分析方法在伊犁鹅和霍尔多巴吉鹅中筛选与产蛋性状相关的候选基因。【方法】选取健康状况良好、饲养管理水平一致的2岁伊犁鹅母鹅和霍尔多巴吉鹅母鹅各24只,采集血液样本,提取基因组DNA,利用全基因组重测序技术进行选择信号检测分析,筛选出受到选择的候选区域,针对注释基因进行GO功能和KEGG通路富集分析,进一步筛选出与鹅产蛋性状相关的候选基因。【结果】全基因组重测序的平均测序深度为15.28×,与参考基因组比对率在97.31%以上。通过群体分化指数(Fst)对伊犁鹅和霍尔多巴吉鹅2个群体进行分析,共筛选到1 231个候选区域。与核苷酸多样性(Pi)进行联合分析后,伊犁鹅群体共筛选出10个候选区域,得到5个注释基因;霍尔多巴吉鹅群体中共筛选出353个候选区域,得到263个注释基因。GO功能和KEGG通路富集分析发现,初步筛选出6个可能与鹅产蛋性状相关的候选基因(BMP2、BMP6、MIS、ENO1、LIF、EP300),还发现了IL-18基因可能与禽类的免疫有关。【结论】本研究筛选出6个可能与鹅产蛋性状相关的候选基因,为揭示鹅产蛋性状的分子调控机制提供了参考。 相似文献
5.
《畜牧兽医学报》2017,(9)
旨在从基因表达变化的角度分析蛋鸡产蛋前后肝功能变化以及这种变化对营养物质转化代谢的影响。本研究选用产蛋前1周与产蛋后1周的全同胞白来航蛋鸡作为研究对象,应用RNA-seq技术获得其产蛋前后肝转录组表达数据,经生物信息学分析,筛选出与营养物质代谢有关的重要基因。测序结果分析得出,差异表达大于两倍以上的基因有222个(P0.05)。通过对差异表达基因进行GO富集分析和KEGG通路分析,发现所筛选的差异表达基因主要涉及脂类代谢和色氨酸代谢过程。其中,部分差异表达基因的功能尚不明确,如产蛋后肝中大量表达的环指蛋白186。通过转录组测序,得到了白来航蛋鸡产蛋前后肝差异表达基因,分析了由这些基因影响的肝中物质代谢途径变化。发现这些基因可能在蛋鸡产蛋前后通过调节肝中营养物质的代谢过程进而影响蛋鸡在产蛋后对饲料中营养物质的利用率。 相似文献
6.
旨在探究产蛋各期番鸭肝腺苷酸活化蛋白激酶（AMPK）信号通路基因表达和肝脂肪酸组成,为番鸭肝脂质代谢应答产蛋提供机理研究。本研究选取开产前22周龄、产蛋初期30周龄、产蛋中期40周龄和产蛋末期60周龄母番鸭各15羽,全自动生化仪测定血脂水平,苏木精-伊红（HE）染色和油红O染色观察肝组织学结构,实时荧光定量PCR （qRT-PCR）检测肝AMPK通路基因表达,气相色谱-质谱联用法（GC-MS）检测产蛋各期肝脂肪酸组成。结果表明,总胆固醇（TC）、低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）、甘油三酯（TG）和极低密度脂蛋白胆固醇（VLDL-C）水平在40周龄显著高于22、30和60周龄（P<0.05）;高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）水平在30和40周龄显著低于22和60周龄（P<0.05）。肝HE和油红O染色切片显示,肝在22周龄呈实质状,至产蛋40和60周龄,肝脂滴沉积明显（P<0.05）。AMPKα1在22、30、40和60周龄呈本底低水平表达,并显著低于产蛋各期肉碱脂酰转移酶1（CPT1）和脂肪酸合成酶（FAS）的表达量（P<0.05）,FAS在22、40和60周龄均呈高水平表达（P<0.05）;羟甲基戊二酰辅酶A还原酶（HMGR）、肝细胞核因子4α（HNF4α）、乙酰辅酶A羧化酶1（ACC1）和固醇调控元件结合蛋白-1（SREBP1c）在40周龄表达量显著高于22和30周龄（P<0.05）。肝中饱和脂肪酸（SFA）、单不饱和脂肪酸（MUFA）和多不饱和脂肪酸（PUFA）主要由C16∶0、C18∶0、C18∶1和C20∶2 n-6构成,分别占总脂肪酸含量的32%、16%、30%和9%。C14∶0和C16∶0含量在40周龄显著高于22周龄（P<0.05）;C24∶0、C20∶2 n-6和PUFA含量在60周龄显著高于22和40周龄（P<0.05）。综上,番鸭产蛋期肝通过上调FAS等脂质合成基因表达,合成大量长链脂肪酸,沉积于肝,并增加血脂水平。 相似文献
7.
鸡繁殖性能近交衰退是地方鸡遗传资源活体保种过程中面临的重要问题之一,本研究旨在探讨全基因组CpG岛（CpG island,CGI）区DNA甲基化在鸡繁殖性能近交衰退中的作用。分别从狼山鸡高近交组和低近交组中各选取健康母鸡3只,即试验分2个组,每组3个重复,然后采用全基因组重亚硫酸盐测序（WGBS）技术,检测分析两组个体性腺轴组织（包括卵巢和下丘脑）全基因组DNA甲基化差异,筛选差异甲基化区域（DMRs）,并对CpG岛区差异甲基化基因进行功能注释和富集分析。结果表明,狼山鸡高近交组和低近交组比较,其卵巢和下丘脑基因组整体甲基化水平均不存在显著差异（P>0.05）;高、低近交组间差异甲基化区域检测发现,下丘脑和卵巢中分别检测到5 948和4 593个差异甲基化区域,其中1 798和995个差异甲基化区域位于基因组CpG岛区,分别注释到1 020和552个基因;下丘脑中,这些CpG岛区差异甲基化基因显著富集在信号转导、神经系统发育、生殖系统发育和卵母细胞成熟调控等繁殖相关的GO条目,以及转化生长因子β信号通路、乙型肝炎、脂肪酸代谢、胰岛素信号通路等19条KEGG信号通路（P<0.05）;卵巢中,CpG岛区差异甲基化基因显著富集于12条信号通路（P<0.05）,包括慢性骨髓白血病、流感A、精氨酸和脯氨酸代谢、粘着连接等,一些与卵子发育和性激素分泌相关的信号通路也被富集到,如黄体酮介导的卵母细胞成熟、卵母细胞减数分裂、GnRH信号通路、雌激素信号通路等,其中包含CDC27、ADCY8、AKT3等10个差异甲基化基因。因此,本研究在狼山鸡高、低近交组间检测到了大量差异甲基化区域,并发现大量差异甲基化基因与繁殖性状相关,推测这些基因CpG岛区DNA甲基化可能在狼山鸡繁殖性能近交衰退调控中发挥重要作用,研究结果为进一步深入探索鸡繁殖性能近交衰退调控机制奠定了基础,为物种资源保护和家禽育种工作提供了理论参考依据。 相似文献
8.
《畜牧兽医学报》2018,(11)
旨在通过不同性别大白猪的全基因组高分辨率单碱基甲基化差异分析,检测差异甲基化区域(DMR)和差异甲基化基因(DMG),为进一步解析公母猪骨骼肌发育差异奠定基础。本研究采用全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)技术分析了4头210日龄长白猪(公、母各半)背最长肌全基因组DNA的甲基化程度和差异甲基化区域,探讨性别间DNA甲基化水平的差异。结果表明,全基因组范围约有5%的胞嘧啶(C)发生了甲基化(mC);母猪和公猪的总体甲基化水平基本一致。共检测到1 629个DMRs和841个DMGs。母猪的DMRs平均甲基化水平明显高于公猪。通过基因本体分析(GO)和相关信号通路(KEGG)分析,共检测到171个GO条目和10个信号通路,显著富集在轴突导向、细胞连接、细胞粘附、ECM受体互作等相关过程中;筛选出5个与不同性别肌肉调节相关的候选基因。本研究绘制了不同性别大白猪的高分辨率单碱基全基因组甲基化图谱,为不同性别表观遗传研究以及肌肉发育和肉质相关候选基因的筛选提供了信息参考。 相似文献
9.
【目的】构建产蛋前后各期伊犁鹅卵巢转录组文库,结合生物信息学分析揭示不同产蛋期伊犁鹅卵巢组织差异表达基因,并鉴定出影响鹅卵巢发育的关键基因,为伊犁鹅的繁殖调控提供理论参考。【方法】选择处于开产期（KL组）、产蛋期（CL组）及休产期（XL组）的伊犁鹅各4只,屠宰后取其卵巢组织,用于构建卵巢转录组文库。通过新基因挖掘、基因差异表达、基因注释以及蛋白互作网络分析筛选出与鹅卵泡发育相关的候选基因;随机挑选8个差异表达基因,应用实时荧光定量PCR验证其表达情况。【结果】伊犁鹅卵巢组织学结果表明,在开产期时,伊犁鹅卵巢表面有大量初级卵泡,而产蛋期卵巢则显示出卵泡的层级性,在休产期卵巢中可观察到卵泡出现向内凹陷、闭锁的现象。通过转录组测序（RNA-Seq）,从构建的12个伊犁鹅卵巢cDNA文库中获得有效读数57 811 186~85 328 377条,Q30值均>93.38%,每个样品所产的测序读数于鹅参考基因组上的比对率在82.79%~89.24%。在卵巢中注释的新基因共有1 112个,单核苷酸多态性（SNP）位点总数为1 642 273~2 425 069个;SNP和插入缺失（InDel）均主要注释于内含子区域;各时期的可变剪切类型主要集中为最后1个外显子可变剪切（TSS）及第1个外显子可变剪切（TTS）。在KL vs CL、XL vs CL及XL vs KL组中分别有337、1 136和525个差异表达基因,共有差异表达基因为α2A肾上腺素能受体（ADRA2A）、表皮蛋白（CP）、非转移性黑色素瘤糖蛋白B （GPNMB）及α-1-抗胰蛋白酶样（LOC106033756）。GO功能富集分析发现,差异表达基因主要富集在肽基酪氨酸磷酸化的正调控、细胞黏附及质膜外侧等过程。KEGG通路富集分析发现,差异表达基因主要显著富集于神经活性配体-受体相互作用、ECM-受体相互作用及类固醇生物合成等。结合蛋白互作网络分析,筛选到与鹅卵巢发育相关的潜在调控因子Bruton’s酪氨酸激酶（BTK）、血小板源性生长因子受体α（PDGFRA）、整合素β3（ITGB3）等。实时荧光定量PCR结果显示,RNA-Seq结果准确可靠。【结论】本研究揭示了产蛋前后各期伊犁鹅卵巢组织中的基因表达差异,筛选到影响伊犁鹅卵巢发育的神经活性配体-受体相互作用、ECM-受体相互作用、类固醇生物合成等重要通路与BTK、PDGFRA和ITGB3等关键候选基因,为了解鹅卵巢组织调控产蛋性能的分子机制提供了理论支撑。 相似文献
10.
旨在探究鸡微粒体甘油三酯转运蛋白样基因（MTTPL）生物学特性及其表达调控机制,为进一步探讨其在鸡肝脂质代谢中的生物学功能奠定基础。本研究首先采用PCR和测序技术,克隆MTTPL cDNA序列;利用在线软件对MTTPL蛋白结构域、三维空间结构及系统进化树进行分析;构建pcDNA3.1-MTTPL-EGFP过表达载体,通过与内质网标签蛋白的表达载体DsRed-λ共转染鸡肝癌细胞系（LMH）细胞,对MTTPL进行亚细胞定位;分别采集不同周龄卢氏绿壳蛋鸡（1日龄、1周龄、10周龄、30周龄每个周龄各8只）组织样,采用荧光定量PCR分析MTTPL基因和鸡微粒体甘油三酯转运蛋白基因（MTTP）的时空表达谱;然后用0.5、1和2 mg·kg-1体重浓度的17 β-雌二醇分别处理海兰褐鸡（每组20只）12和24 h后,分析雌激素对肝MTTPL和MTTP表达的影响;最后用1、50、和100 nmol·L-1 17β-雌二醇及雌激素受体拮抗剂分别处理鸡胚肝原代细胞12 h （每组3个重复）,研究雌激素调控MTTPL基因表达的作用机制。结果表明,鸡MTTPL的CDS区全长为2 646 bp,可编码881个氨基酸,与人和鸡MTTP拥有共同的祖先;定位于细胞内质网;鸡MTTPL和MTTP具有与人MTTP相同的功能域,且三维结构相似度偏差较小,分别为0.090和0.064;MTTPL基因在鸡肝和肾组织中高表达,MTTP在鸡肝、肾和小肠中高表达;在肝中,MTTPL和ApoB的表达水平随周龄的增加均显著上升（P<0.05）,而MTTP的表达仅在10周前随周龄增加显著升高（P<0.05）,而在产蛋前（10周龄）和产蛋期（30周龄）无显著变化（P>0.05）;在17β-雌二醇处理鸡12和24 h时后,MTTPL及ApoB在肝中均显著上调表达（P<0.05）,而MTTP在高浓度处理时表达量显著下调（P<0.05）,在低浓度时无显著变化;与对照组相比,雌激素可显著上调鸡胚肝原代细胞中ApoB和MTTPL的表达（P<0.05）,而MTTP表达水平无显著变化;与雌激素处理组相比,雌激素及受体ERα拮抗剂MPP共处理组MTTPL基因表达水平显著降低（P<0.05）;与MPP和雌激素共处理组相比,ERα和ERβ受体拮抗剂ICI和TAM处理组MTTPL基因表达水平无显著变化。综上所述,鸡MTTPL位于内质网中,具有与人MTTP相似的功能结构域;MTTPL和MTTP均在肝中相对高表达,且MTTPL在产蛋期鸡肝的表达显著高于产蛋前期,而MTTP无显著变化。雌激素可通过与ERα受体结合调控鸡MTTPL的表达,而MTTP不受雌激素调控。表明MTTPL可能在鸡产蛋期肝脂质代谢中发挥重要作用。 相似文献
11.
12.
长链非编码RNA（lncRNA）在许多生物学过程中发挥着重要的调节作用。河南农业大学家禽种质资源创新工程研究中心通过对产蛋前期（20周龄）和产蛋高峰期（30周龄）卢氏绿壳蛋母鸡肝脏组织的转录组分析,筛选出了一个在产蛋高峰期母鸡肝脏中表达水平显著上调的lncRNA（lncLER）。本研究利用半定量PCR（RT-PCR）、实时荧光定量PCR分析了lncLER在卢氏绿壳蛋母鸡不同发育时期和不同组织中的表达规律,并从个体和细胞水平研究了体内、体外雌激素处理对lncLER表达的影响。结果表明,lncLER在卢氏绿壳蛋母鸡各组织中均有不同程度的表达,且在产蛋高峰期肝脏中的表达量较高;雌激素在个体和细胞水平可显著上调lncLER的表达。本试验初步阐明了lncLER基因在卢氏绿壳蛋母鸡中的表达调控规律,为进一步研究lncLER在鸡产蛋过程中的生物学功能奠定了基础。 相似文献
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YUE Caijuan LIANG Xiaojun WANG Xiuqin MA Qing MA Jifeng ZHANG Junli WANG Xiaowei Eerhehua 《中国畜牧兽医》2007,47(10):3058-3068
It aimed to identify the differential methylation region (DMR) and differential methylation gene (DMG) through the analysis of the genome-wide methylation difference of the longest muscle of the sheep's back of different breeds of sheep,and laid the foundation for the analysis of the differences in sheep skeletal muscle development.In this study,one-year-old sheep(Tan sheep and Hu sheep and Tan-Hu F2) were sanned by the whole genome bisulfite sequencing method(WGBS).The degree of methylation and differentially methylated region in the whole genome DNA of longissimus dorsi(LD) muscle were studied to explore the difference of DNA methylation in level in sheep.The results showed that the methylation (mC) rates of cytosine (C) were 3.55%,3.18% and 3.56% in Tan sheep,Hu sheep and Tan-Hu F2,respectively.A total of 97 731 DMRs and 10 784 related DMGs were detected.In CG,CHH and CHG sequences,the methylation levels of the three groups were not significantly different.419 GO terms and 20 related signal pathways were detected by GO and KEGG analysis,respectively,which were showed to be significantly enriched in cellular process,cell part,binding,long-term depression,and so on.Five candidate genes,ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3 and MYH10 were sreened out in muscle tissues.This study provided genome-wide methylation of pattern of three groups (Tan sheep and Hu sheep and Tan-Hu F2).The results provided reference information for the epigenetic study of Tan sheep and screened candidate genes related to muscle development and meat quality. 相似文献
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Pengfei Gong Yang Jing Yumeng Liu Lijian Wang Chunyan Wu Zhiqiang Du Hui Li 《Journal of animal science》2021,99(1)
The methylation status of pivotal genes involved in fat deposition in chickens has been extensively studied. However, the whole-genome DNA methylation profiles of broiler abdominal adipose tissue remain poorly understood. Using whole-genome bisulfite sequencing, we generated DNA methylation profiles of chicken abdominal adipose tissue from Northeast Agricultural University broiler lines divergently selected for abdominal fat content. We aimed to explore whether DNA methylation was associated with abdominal fat deposition in broilers. The whole-genome DNA methylation profiles of fat- and lean-line broilers abdominal adipose tissue were constructed. The DNA methylation levels of functional genomic regions in the fat broiler were higher than those in the lean broiler, especially in the 3′ untranslated regions (UTRs) and exons in the non-CG contexts. Additionally, we identified 29,631 differentially methylated regions and, subsequently, annotated 6,484 and 2,016 differentially methylated genes (DMGs) in the gene body and promoter regions between the two lines, respectively. Functional annotation showed that the DMGs in promoter regions were significantly enriched mainly in the triglyceride catabolic process, lipid metabolism-related pathways, and extracellular matrix signal pathways. When the DMG in promoter regions and differentially expressed genes were integrated, we identified 30 genes with DNA methylation levels that negatively correlated with their messenger RNA (mRNA) expression, of which CMSS1 reached significant levels (false discovery rate < 0.05). These 30 genes were mainly involved in fatty acid metabolism, peroxisome-proliferator-activated receptor signaling, Wnt signaling pathways, transmembrane transport, RNA degradation, and glycosaminoglycan degradation. Comparing the DNA methylation profiles between fat- and lean-line broilers demonstrated that DNA methylation is involved in regulating broiler abdominal fat deposition. Our study offers a basis for further exploring the underlying mechanisms of abdominal adipose deposition in broilers. 相似文献
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DNA甲基化调控牛AQP1基因的胎盘特异性印记 总被引：1，自引：1，他引：0
为揭示牛AQP1（aquaporin 1）基因在不同组织及胎盘中的印记状态，以及DNA甲基化修饰在印记中的调控机制，本研究采用基于SNP的PCR产物直接测序的方法，对32头健康雌性成年荷斯坦奶牛心组织及15个自然分娩后的胎盘试验样本进行检测，确定了5头杂合子个体牛和3个杂合子胎盘，对其组织（心、肝、脾、肺、肾、肌肉和脂肪）和胎盘进行AQP1等位基因表达分析及印记状态分析，利用亚硫酸氢盐测序法分析AQP1基因位于启动子和第一个外显子区的CpG岛在牛心、肝组织、2个胎盘和对应精子中的DNA甲基化状态。结果发现，在杂合子牛被检测的7个组织中，AQP1基因呈现双等位基因表达；而在胎盘中，AQP1基因为单等位基因表达。通过分析杂合子胎盘对应的亲本基因型，发现AQP1基因为母源等位基因表达，即父源印记。进一步比较分析AQP1基因启动子区CpG岛在牛组织、胎盘及对应精子中的甲基化状态，在双等位基因表达的心脏、肝脏组织中，该区域未发现差异甲基化区（differentially methylated regions，DMR）；而在单等位基因表达的胎盘中，存在差异甲基化区，同时父源等位基因精子中为重甲基化状态。以上结果说明，牛AQP1基因为胎盘特异性单等位基因表达的父源印记基因，且AQP1基因位于启动子和第一个外显子区的CpG岛甲基化修饰参与调控牛胎盘的印记表达；在被检测的组织中为双等位基因表达。 相似文献
16.
Bo Zhang Dongmei Ban Xiao Gou Yawen Zhang Lin Yang Yangzom Chamba Hao Zhang 《畜牧与生物技术杂志(英文版)》2019,(2)
Background: Tibetan pigs, which inhabit the Tibetan Plateau, exhibit distinct phenotypic and physiological characteristics from those of lowland pigs and have adapted well to the extreme conditions at high altitude.However, the genetic and epigenetic mechanisms of hypoxic adaptation in animals remain unclear.Methods: Whole-genome DNA methylation data were generated for heart tissues of Tibetan pigs grown in the highland(TH, n = 4) and lowland(TL, n = 4), as well as Yorkshire pigs grown in the highland(YH, n = 4) and lowland(YL, n = 4), using methylated DNA immunoprecipitation sequencing.Results: We obtained 480 million reads and detected 280679, 287224, 259066, and 332078 methylation enrichment peaks in TH, YH, TL, and YL, respectively. Pairwise TH vs. YH, TL vs. YL, TH vs. TL, and YH vs. YL comparisons revealed6829, 11997, 2828, and 1286 differentially methylated regions(DMRs), respectively. These DMRs contained 384, 619,192, and 92 differentially methylated genes(DMGs), respectively. DMGs that were enriched in the hypoxia-inducible factor 1 signaling pathway and pathways involved in cancer and hypoxia-related processes were considered to be important candidate genes for high-altitude adaptation in Tibetan pigs.Conclusions: This study elucidates the molecular and epigenetic mechanisms involved in hypoxic adaptation in pigs and may help further understand human hypoxia-related diseases. 相似文献