野生土坛树种群遗传多样性的SRAP分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

陈杰  韩维栋  莫定鸣  王秀丽 《广东农业科学》2015,42(10)

采用SRAP分子标记技术,对我国野生土坛树种群的遗传多样性进行分析。40对引物对8个土坛树种群共47个个体的样品DNA进行扩增。结果表明:物种水平上,多态位点百分率PPB为40.40%,Nei’s基因多样性指数H为0.4027,Shannon’s信息指数I为0.5874;在种群水平上,多态位点百分率平均为32.77%,Nei’s基因多样性指数平均为0.2992,Shannon’s信息指数平均为0.4373;种群内遗传多样性Hs为0.2992,种群总的遗传多样性Ht为0.4027。基因分化系数Gst为0.2570,种群间的遗传分化程度较低;种群间基因流Nm为1.4455。种群间的平均距离为0.2118。利用UPGMA法聚类可将8个群体划分为2大类,高桥独立为一群,其他为一大群;证明亲缘关系与地理距离存在一定的相关性。47个材料按UPGMA法聚类分析,结果不与同一种群的个体聚在一起。初步推测土坛树由三墩和琼山一带向四周扩散而来。  相似文献   

木荷种群遗传多样性的ISSR分析   总被引：11，自引：0，他引：11       下载免费PDF全文

金则新  李钧敏  李建辉 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》2007,33(3):271-276

利用ISSR分子标记技术,对木荷种群的遗传多样性和遗传分化进行分析.用12个引物对9个木荷种群共180个个体的样品进行扩增,共测到245个位点,其中多态位点221个,多态位点百分率(P)为90.20%.9个种群的P平均为53.02%.木荷种水平的Shannon信息指数(Ⅰ)为0.4548,Nei指数(h)为0.3016.各种群Ⅰ平均为0.2914,h平均为0.1974.表明木荷物种以及种群水平均具有较高的遗传多样性.AMOVA分子差异分析表明木荷种群的遗传变异34.37%存在于种群间,65.63%存在于种群内,种群间的基因分化系数(Gst)为0.3454.木荷种群间的基因流(Nm)为0.9476.木荷9个种群间的遗传距离平均为0.1547.利用算术加权平均数法(UPGMA)对木荷9个种群进行聚类,结果可分为3大类群.  相似文献   

濒危植物珙桐种群遗传多样性分析          下载免费PDF全文

关萍  张玉晶  石建明  陈业 《西南大学学报(自然科学版)》2015,37(9):71-76

采用ISSR分子标记技术,对珙桐6个种群和光叶珙桐1个种群共117份样品进行遗传多样性分析.结果表明:用12条引物对117份样品进行扩增,共检测扩增位点199个,其中多态性位点177个.在物种水平上,多态性位点百分率(PPL)为88.94%,Neis基因多样性(H)为0.278 4,shannon信息指数(I)为0.418 7.种群水平的多态性相对较低,多态百分率在35.18%~48.74%之间,Neis基因多样性(H)为0.126 0~0.179 5,shannon信息指数(I)为0.188 1~0.265 1.基于Neis遗传多样性分析得出的种群间遗传分化系数(Gst)为0.474 5,表明有47.45%的遗传变异存在于种群间,而种群内的遗传变异占总变异的52.55%,种群间基因流(Nm)为0.553 7.Mantel检测显示,种群间的遗传距离和地理距离之间不存在显著的相关性.  相似文献   

濒危植物珙桐遗传多样性与遗传结构的ISSR分析     

李雪萍  郑雪  朱文琰  贺春玲  高水平 《广东农业科学》2012,39(6):121-123

采用10条ISSR引物对我国珍稀濒危植物珙桐的6个天然居群和2个人工居群的229份材料进行分析,共检测到127个分子量在200～2 000 bp之间的位点,其中多态性位点119个、多态位点百分率93.81%;各居群多态位点百分率在40.21%～76.29%之间,平均为58.64%。物种水平上,珙桐的Nei’s基因多样性Hs=0.3013,Shannon’s遗传多样性信息指数I=0.4566。居群水平上,各居群的Nei’s基因多样性介于0.1491～0.2690之间,各居群的平均Nei’s基因多样性Hs=0.2191,各居群的Shannon’s遗传多样性信息指数(I)介于0.2200～0.4028之间,平均Shannon’s遗传多样性信息指数I=0.3232。居群间基因间分化度(Gst)为26.27%,基因流Nm为1.4。结果显示珙桐的遗传多样性较高,8个居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。  相似文献   

基于AFLP分子标记的不同类型野生桂花种群遗传结构分析     

徐沂春  胡绍庆  赵宏波 《浙江农林大学学报》2014,31(2):217-223

桂花Osmanthus fragrans具有极高的经济价值和观赏价值。研究野生桂花种群的遗传多样性有利于为新品种的选育以及野生桂花资源的保护提供重要的依据。利用扩增片段长度多态性(AFLP)技术对江西全南(衰退型)和福建长汀(稳定型)这2个桂花自然种群96个个体进行了遗传多样性评估。7对引物组合共检测到330个清晰位点,其中多态位点276个,占83.64%。在物种水平,桂花的Shannon多态性信息指数(I)为0.428 3,Nei’s基因多样性(He)为0.285 6,表明桂花具有丰富的遗传多样性;在种群水平,福建长汀种群的多态性指数均高于江西全南种群,表明包含不同世代、具有较好自然更新能力的长汀种群携带更丰富的遗传信息;分子方差分析(AMOVA)表明:桂花的遗传变异主要存在于种群内(71%),种群间的遗传变异只占29%;2个种群间存在一定的遗传分化(Gst=0.161 6),种群间基因流较小(Nm=2.594 9)。  相似文献   

濒危药用植物珊瑚菜遗传多样性的RAPD分析     

王爱兰  李维卫  刘笑 《安徽农业大学学报》2015,42(5):792-796

采用RAPD分子标记对全国11个居群的291个珊瑚菜样本进行了遗传多样性研究。结果显示,10个引物共检测到79条清晰的谱带,其中多样性条带65条,多样性条带百分率(PPB)为82.28%;POPGENE32分析显示,其物种水平平均有效等位基因数(Ne)平均值为2.12;Nei’s遗传多样性指数(h*)平均值为0.35;Shannon多样性指数(I*)平均值为0.56;居群水平总的遗传多样性指数(Ht)为0.51,其中68.63%(Hs=0.35)的遗传分化来自于居群内,31.37%的遗传分化来自于居群间(GST=0.31),居群间基因流(Nm)为1.10。本研究表明野生珊瑚菜具有较高的遗传多样性,且居群内变异大于居群间变异。由此推断珊瑚菜的濒危原因主要来源于野生生态环境的破坏,应当加强种质资源的保护。  相似文献   

濒危植物夏蜡梅遗传分化研究   总被引：5，自引：0，他引：5  

谈探  金则新  李钧敏  张文标 《西北林学院学报》2008,23(2):77-82

为阐明小尺度范围内濒危物种夏蜡梅种群的遗传分化,保护和恢复夏蜡梅种质资源,采用ISSR分子标记技术,对浙江省临安市清凉峰镇的5个夏蜡梅种群的遗传结构进行分析.12个引物对夏蜡梅5个种群100个个体进行扩增,共得到171个位点,其中多态位点98个,总多态位点百分率(P)为57.31%,平均为25.03%.夏蜡梅总Shannon指数(I)为0.268 9,平均为0.148 8;总Nei指数(h)为0.174 5,平均为0.102 8.P、I、h均表明夏蜡梅总体水平的遗传多样性较高,而种群水平的遗传多样性较低.AMOVA分子变异分析结果显示,47.01%的变异存在于种群间,52.99%的变异存在于种群内;种群内与种群间的遗传分化均很明显.夏蜡梅种群间基因流较低,为0.717 3,显示夏蜡梅种群间的基因流动部分受阻.5个种群的平均遗传距离为0.105 1,根据种群间的遗传距离进行UPGMA聚类,结果为生境相似的种群聚在一起.夏蜡梅种群间较高水平的遗传分化主要是本身的生物学特性以及对微生境适应的结果.  相似文献   

甜槠种群在不同演替阶段森林群落中的遗传多样性   总被引：3，自引：0，他引：3  

李钧敏  金则新 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》2006,32(2):232-236

利用RAPD技术对甜槠种群在浙江省天台山不同演替阶段森林群落(针叶林、针阔混交林、常绿阔叶林)中的遗传多样性和遗传分化进行了分析.3个甜槠种群平均多态位点百分率为67.98%,总多态位点百分率为92.13%.Shannon信息指数估算的3个种群的遗传多样性以常绿阔叶林种群最高,平均为0.4188;其次是针阔混交林种群,平均为0.3873;最低的是针叶林种群,为0.3613.在总的遗传变异中,种群内占75.00%,种群间占25.00%.Nei指数计算的3个种群的基因多样性大小也是常绿阔叶林种群(0.2858)＞针阔混交林种群(0.2642)＞针叶林种群(0.2434).种群间的遗传分化系数为0.2473,基因流为1.5542.3个种群间的遗传距离在0.1757～0.2134之间.通过聚类分析,常绿阔叶林种群与针阔混交林种群先聚合,再与针叶林种群聚在一起.  相似文献   

基于GBS测序的古蔺野生茶树遗传多样性与群体遗传结构分析     

王小萍  刘飞  李明红  张厅  赖谦  刘晓  熊元元  唐晓波  李春华  王云 《西南农业学报》2023,(6):1141-1149

【目的】研究古蔺县野生茶树的遗传多样性和群体遗传结构，揭示其遗传分化特征。【方法】利用GBS技术对65份野生茶树进行简化基因组测序，基于获得的高质量SNP,对参试野生茶树进行遗传多样性参数、遗传分化Fst变量、系统进化、PCA主成分以及遗传结构分析。【结果】65份野生茶树测序共获得74.48 G数据，540 633 846条高质量reads,通过比对获得769 893个高质量SNP;平均有效等位基因数为1.1284个，多态性位点比例(PPL)为57.33%,观测等位基因数(Na)为0.4267～0.9147,最小等位基因频率(Maf)为0.1514～0.5000,基因多样性指数(Nei)与期望杂合度(He)变化范围分别为0.0632～0.1328和0.0404～0.1233,多态性信息含量(PIC)介于0.0312～0.1025,香农指数(Shi)为0.0576～0.1990,遗传分化指数Fst变化范围为-0.7042～0.4372;遗传结构与系统进化分析可将65份野生茶树材料划分为2个亚群，而PCA分析则可划分为4个亚群。【结论】65份野生茶树遗传多样性指数较低，亲缘关系较近，存在频...  相似文献   

麂角杜鹃遗传多样性的ISSR分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

赵芯  金则新  李建辉  谈探 《江苏农业科学》2010,(3)

利用ISSR分子标记技术,对浙江省大明山4个麂角杜鹃种群的遗传多样性和遗传分化进行分析.用12个引物对84个麂角杜鹃个体的样品进行扩增,共检测到176个可重复位点,其中多态位点155个,总多态位点百分率为88.07%,4个种群平均多态位点百分率为64.35%.采用Shannon信息指数计算的4个种群总的遗传多样性为0.464 0,平均为0.394 9;采用Nei指数计算的4个种群总的基因多样性为0.309 9,平均为0.273 3,表明麂角杜鹃种群遗传多样性处于较高水平.AMOVA分子分析显示,94.66%变异来源于种群内,5.34%变异来源于种群间.4个麂角杜鹃种群间的遗传分化系数为0.112 4,基因流为3.946 9,遗传相似度平均为0.936 8,遗传距离平均为0.065 4.利用算术加权平均数法(UPGMA)对麂角杜鹃4个种群进行聚类,结果可分为2大类群.  相似文献   

基于EST-SSR标记的珠子参野生种质资源遗传多样性分析     

杨维泽  左应梅  张金渝  杨天梅  杨绍兵  杨美权  邓先能  许宗亮  陈秀花  李新华 《西南农业学报》2019,(1)

【目的】利用EST-SSR标记分析云南省珠子参野生资源的遗传多样性。【方法】利用17对人参属EST-SSR引物对云南省珠子参主要分布区的19个珠子参野生居群进行遗传多样性分析。【结果】在物种水平,17对人参属EST-SSR引物在19个珠子参居群中共检测到346个位点,其中多态位点296个,平均为17. 4个,珠子参的等位基因数(A)为1. 8555,Nei’s基因多样性(H)为0. 2023、Shannon指数(I)为0. 3230;在居群水平,19个居群的等位基因数(A)为1. 0954～1. 2977,Nei’s基因多样性(H)为0. 1043～0. 1387,Shannon指数(I)为0. 0309～0. 1077,多态位点数(PPB)为8. 67%～29. 77%。居群间的遗传分化系数(Gst)为0. 6357,居群每代迁移数(Nm)为0. 2866。遗传相似度和聚类分析的结果表明,19份珠子参居群被划分为2个大类群,其中第二类群16个居群被分为4个小类群。【结论】珠子参总体上具有丰富的遗传多样性,但各个居群的遗传多样性不高,居群间缺乏基因交流;居群间遗传分化水平高,遗传差异主要存在于居群间;聚类分析显示,不同表型的珠子参虽然形态差异较大,但遗传差异不大。  相似文献   

雌黄连木遗传多样性     

《江苏农业科学》2017,(18)

利用10对扩增片段长度多态性(AFLP)引物对来自河南长葛、安阳2个地区5个不同种群的139份雌黄连木样品进行遗传多样性研究。结果显示,在种水平上,香农(Shannon)信息指数(Ⅰ)为0.492 7,Nei’s基因多样性指数(He)为0.335 3,表明雌黄连木种群的遗传多样性处于中等水平。在研究中雌黄连木的遗传分化系数Gst为0.1508,由分子变异方差分析(AMOVA)显示,85.25%的变异存在于种群内,以上2个结果都表明:雌黄连木种群间存在较低的遗传分化,且遗传变异主要来源为种群内。基因流N_m为2.814 9,表明较高的基因流可能是导致雌黄连木具有中等遗传多样性的主要原因之一。  相似文献   

舟山鮸鱼群体遗传多样性的AFLP研究   总被引：1，自引：0，他引：1  

彭志兰  柳敏海  傅荣兵  罗海忠  夏枫峰  徐志进 《上海海洋大学学报》2010,(2)

利用AFLP分子标记技术对舟山近海海域野生亲代和人工繁育子一代(F1)的2个鮸鱼(Miichthysmiiuy)群体遗传多样性进行分析研究。结果表明:8对选择性引物在2个群体60个个体中,共扩增出505条清晰条带,其中多态片段为369条,总的多态位点比例为73.07%。亲代和F12个群体的多态位点数,多态位点比率,Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息多样性指数分别为367、349、72.51%、68.86%、0.422 2、0.4139。两群体内遗传相似系数亲代为0.987 6,子代为0.971 5。鮸鱼亲代群体的Nei’s遗传多样性指数、遗传相似度和Shannon信息多样性指数比子代群体的都要高。群体间的遗传相似系数和遗传距离分别为0.979 6、0.020 6;基因分化系数Gst为0.022 3,群体间无显著遗传分化;经分子方差(AMOVA)分析,结果表明97.78%的遗传变异来源于群体内个体间,群体间无显著遗传变异。  相似文献   

云南球孢白僵菌的遗传多样性研究     

杜广祖  王晶晶  陈斌  肖关丽  李正跃  和淑琪 《云南农业大学学报(自然科学版)》2012,27(3):327-334

 球孢白僵菌是一种广谱性虫生真菌,在害虫种群的自然控制中发挥着重要作用。为弄清云南省球孢白僵菌种群的遗传多样性,丰富云南虫生真菌多样性内容,本研究采用ISSR分子标记技术对云南不同地区及不同寄主来源的39个球孢白僵菌菌株的遗传多样性进行了分析。结果表明,有11个ISSRs可用于39个球孢白僵菌菌株群体PCR扩增,每个引物扩增5～15条DNA带。供试39个球孢白僵菌菌株群体的多态位点百分率(PPL)达99.09％,不同寄主来源亚种的Nei基因多样性(He)为0.3478,居群间的基因分化系数(Gst)为0.0724,总基因多样性(Ht)为0.3518,亚种群内基因多样性(Hs)为0.3263,不同寄主亚种群间的基因流(Nm)为6.4044;不同地理来源白僵菌种群Nei基因多样性指数He为0.3444,Shannon 指数I为0.5152;总基因多样性Ht为0.3473,亚种群内基因多样性Hs为0.2131,亚种群间的基因分化系数Gst为0.3862。综合遗传多样性结果,云南省球孢白僵菌种群遗传结构复杂、遗传异质性明显,从寄主来源来看,居群间遗传变异较小,居群内遗传分化较大;从地理来源来看,居群间遗传变异较大,居群内表现遗传变异较小。  相似文献   

舟山(鱼免)鱼群体遗传多样性的AFLP研究     

彭志兰  柳敏海  傅荣兵  罗海忠  夏枫峰  徐志进 《上海水产大学学报》2010,19(2)

利用AFLP分子标记技术对舟山近海海域野生亲代和人工繁育子一代(F1)的2个鮸鱼(Miichthysmiiuy)群体遗传多样性进行分析研究。结果表明:8对选择性引物在2个群体60个个体中,共扩增出505条清晰条带,其中多态片段为369条,总的多态位点比例为73.07%。亲代和F12个群体的多态位点数,多态位点比率,Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息多样性指数分别为367、349、72.51%、68.86%、0.422 2、0.4139。两群体内遗传相似系数亲代为0.987 6,子代为0.971 5。鮸鱼亲代群体的Nei’s遗传多样性指数、遗传相似度和Shannon信息多样性指数比子代群体的都要高。群体间的遗传相似系数和遗传距离分别为0.979 6、0.020 6;基因分化系数Gst为0.022 3,群体间无显著遗传分化;经分子方差(AMOVA)分析,结果表明97.78%的遗传变异来源于群体内个体间,群体间无显著遗传变异。  相似文献   

木兰科濒危植物大果木莲遗传多样性的ISSR分析     

陈少瑜  韩燕  吴涛  付玉嫔  司马永康  郝佳波 《福建林学院学报》2010,30(1)

采用ISSR分子标记技术对云南省3个大果木莲天然居群进行遗传多样性分析。结果表明,在物种水平上,大果木莲的多态位点百分率(PPB)为70.71%;有效等位基因数(Ne)为1.4121;Nei′s基因多样性指数(H)为0.2433;Shannon信息指数(I)为0.3651。在居群水平上,其PPB为44.1%;Ne为1.2704;H为0.1573;I为0.2343。通过Nei′s遗传多样性分析得到居群间的遗传分化系数(Gst)为0.3595,由遗传一致度进行了3个居群的UPGMA聚类。  相似文献   

小慈姑克隆多样性与居群分化     

陈锦华  汪小凡 《华中农业大学学报》2006,25(2):194-198

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳和等位酶分析方法,测定了小慈姑4个自然居群的克隆多样性,结果表明小慈姑克隆多样性水平较高。在种群水平上的克隆大小(Ne)为1.670 3,基因型比率(PD)为0.598 7,克隆的基因型多样性Simpson指数(D)为0.990 1,克隆的基因型分布均匀性Fager指数(E)为0.781 1。不同居群之间在多态性位点的数目、分布以及等位基因的表现上具有较大的差异,并且居群间的遗传分化与地理因素有关。  相似文献   

濒危植物夏蜡梅遗传分化研究     

谈探    金则新 ˇ  李钧敏  张文标 《西北林学院学报》2008,23(3)

为阐明小尺度范围内濒危物种夏蜡梅种群的遗传分化,保护和恢复夏蜡梅种质资 源,采用 ISSR分子标记技术,对浙江省临安市清凉峰镇的5个夏蜡梅种群的遗传结构进行分析。1 2个引 物对夏蜡梅5个种群100个个体进行扩增,共得到171个位点,其中多态位点98个,总多态 位点百 分率（P）为 57.31%,平均为25.03%。夏蜡梅总Shannon指数 （I）为0.268 9,平均为 0.148 8; 总 Nei指数 （h）为0.174 5,平均为0.102 8。 P、I、h均表明夏蜡梅总体水平的遗传多 样性较高,而种群 水平的遗传多样性较低。AMOVA分子变异分析结果显示,47.01%的变异存在于种群间,5 2.99% 的变异存在于种群内;种群内与种群间的遗传分化均很明显。夏蜡梅种群间基因流较低, 为0.717 3,显示夏蜡梅种群间的基因流动部分受阻。 5个种群的平均遗传距离为0.1051,根据 种群间的遗 传距离进行UPGMA聚类,结果为生境相似的种群聚在一起。夏蜡梅种群间较高水平的遗传 分化 主要是本身的生物学特性以及对微生境适应的结果。  相似文献   

南阳牛遗传多样性的RAPD分析     

梁子安  鲁云风  王庆林 《河南农业科学》2007,(9):99-100,103

用RAPD技术对南阳牛种质资源的DNA进行检测,采用Popgene软件对扩增结果进行统计分析表明:筛选的16个引物共得到了236条扩增DNA片断,其中89.7%的扩增条带表现出多态性。平均每个位点有1.989 6个等位基因,有效等位基因数为1.233 3。Nei遗传多样性指数为0.159 7,Shannon's遗传多样性指数为0.270 3。种群总的遗传多样性Ht为0.163 7,种群内的遗传多样性Hs为0.130 5,种群的基因分化系数为0.202 8,种群间的基因流为1.965 3。  相似文献   

基于SSR的西南地区野生菰资源遗传多样性及遗传结构分析     

《江西农业大学学报》2017,(2)

菰属(Zizania latifolia(Griseb.)Trucz.)为禾本科水稻近缘属之一,携带水稻育种所需的多种优良性状基因。采用本项目前期筛选出来的19对水稻SSR标记,对我国西南地区4省市25个野生菰居群进行了遗传多样性及遗传结构分析。POPGEN32软件分析显示,19对SSR标记扩增谱带的多态性条带百分比为100%;在物种水平上,西南地区野生菰等位基因数和有效等位基因数分别为2和1.608,Nei’s基因多样性指数和Shannon’s多样性信息指数分别为0.349和0.517;25个野生菰居群间的遗传相似性系数为0.603 6~0.937 2,遗传距离介于0.064 8~0.504 8。NTsys2.10e聚类分析结果显示,阈值在0.196时,25个居群聚被分成10组;阈值为0.238时,第Ⅰ组可再聚分为4个亚组。居群间平均基因流为Nm=0.788。AMOVA分析结果显示,西南地区野生菰88.87%的变异存在于居群内部,11.13%的变异存在于居群间。研究结果表明,西南地区野生菰资源有着丰富的遗传多样性,遗传漂变在西南地区野生菰植物的遗传分化中起到了一定的作用,各居群的聚类结果与地理分布无明显相关性。推测选择压力可能在西南地区野生菰遗传分化中起着重要作用。研究结果有助于加深对我国西南地区乃至更大范围内野生菰资源遗传进化的认识,同时为野生菰种质资源保护提供理论依据。  相似文献