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1.
《江苏农业科学》2015,(12)
对山西娘子关(SN)、兰州五泉山(LW)、兰州兴隆山(LX)3个淡水红毛菜(暗紫红毛菜)及江苏海门(JH)、浙江南麂岛(ZN)海水红毛菜的rbc L和18S r DNA区进行PCR扩增和序列分析。结果表明,rbc L、18S r DNA基因片段的A+T平均含量分别为61.6%、52.1%,且A+T含量均高于G+C含量;长度为1 455 bp的rbc L基因片段突变率为14.09%,长度为1 780 bp左右的18S r DNA基因片段突变率为11.85%,说明rbc L基因比18S r DNA基因具有更大的变异度。基于rbc L基因序列的分析结果显示,紫菜与红毛菜形成2个独立分支,样品中3个淡水红毛菜与国外其他地区的淡水红毛菜以100%置信度聚类在一起,与海水红毛菜形成明显的2个分支,表明淡水和海水红毛菜为2个独立存在的种群;18S r DNA基因序列分析结果显示,淡水与海水红毛菜间的遗传距离(0.118~0.122)大于红毛菜与紫菜间的遗传距离(0.066~0.117),且海水红毛菜与紫菜聚为一大支,与经典分类结果不同。本研究为我国红毛菜物种的亲缘关系鉴别和系统分类积累了基础资料。 相似文献
2.
利用16S rDNA PCR-RFLP和16-23S IGS PCR-RFLP技术对分离自四川攀枝花的43株葛藤根瘤菌进行了遗传多样性研究。供试菌株的16S rDNA用HaeⅢ、MspⅠ、HinfⅠ和TaqⅠ酶切后具有16种遗传图谱类型。16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析结果表明,在53%的相似性水平上,供试菌株与参比菌株分为两个分支,在81%的相似水平上所有菌株分为13个群。 相似文献
3.
石斑鱼不仅是重要的海水经济鱼类,而且具有重要的生态地位.但是,石斑鱼的分类、物种多样性、资源保护及其合理开发等需要对石斑鱼系统发育的分析与研究.线粒体基因是研究石斑鱼系统进化的理想分子标记,因此获得了青石斑鱼E.awoara长度为1 039bp的16S rDNA、tRNA-Leu和NA1部分序列,基于其及ND2、cyt b对石斑鱼系统发育进行了分析,结果表明石斑鱼遗传多样性与地域分布关系不大,不同系统树分析都表明同一石斑鱼物种的系统发生关系基本一致,石斑鱼种间亲缘关系较近.此外,也发现某些异种间亲缘关系比同种间亲缘关系近的现象. 相似文献
4.
[目的]从分子水平上实现对铁皮石斛及其混淆品快速准确的鉴别。[方法]通过对铁皮石斛及其混淆品的rDNA ITS区序列进行分析,计算遗传距离,并采用邻接法构建NJ系统树。[结果]8个来自不同产区的铁皮石斛rDNA ITS区序列全长636 bp;铁皮石斛及其6个常见混淆品药材ITS序列长度范围为636～641 bp,其中ITS区(不包括5.8S)片段长度为483 bp,含信息位点60个(12.4%),变异位点185个(38.3%);各样品间遗传距离范围为1.108%～2.594%,NJ系统树也表明铁皮石斛与其混淆品的亲缘关系较远。[结论]ITS序列可对铁皮石斛及其混淆品进行快速简便的鉴别。 相似文献
5.
对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18S rDNA及其转录间隔(ITS) 区序列PCR扩增并测序,获得18S rDNA和ITS基因序列长度分别为1 690 bp和654 bp.结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系.遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum )等分类学上较近的藻种18S rDNA序列相似度为97%～99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum)、海洋原甲藻(P.micans)、塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)等在分类学上相距较远的藻种,各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18S rDNA序列.以18S rDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致,18S rDNA序列相对保守,适合进行属以上关系的系统进化分析,而ITS序列变异较大,适合种属间鉴别分析,且ITS1和ITS2是变异很大的区域,适合种间的分子特异性鉴定,这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据,进而为治理赤潮提供帮助. 相似文献
6.
对威海近海海水和海泥中的产色素细菌进行筛选,从样品中分离出1株高产红色素的细菌S15,对其进行了初步鉴定,并对其色素性质进行了初步试验.利用16S rDNA通过引物对S15菌株基因组DNA进行扩增,测序得到其部分16S rDNA序列,经Blast调出与菌株16S rDNA同源的序列,用软件MEGA(4.0) 按照Neighbor-Joining 方法构建16S rDNA系统发育树,判断该菌为沙雷氏菌属的一个种.提取色素后,对该红色素理化性质的试验发现,其光、热等稳定性强,而H2O2、Ca2+、Fe3+对其稳定性影响显著. 相似文献
7.
石斛属植物rDNA ITS序列的克隆与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对24种石斛属植物的rDNA ITS序列进行克隆分析,以期为石斛属植物的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。以叶片基因组为模板,利用通用引物分别扩增24种石斛属植物的ITS序列,结果表明,ITS全长为634～646 bp,其中,58S序列的长度十分保守,均为164 bp;而ITS1和ITS2序列长度变异较大,分别为226～235 bp和241～247 bp。ITS1和ITS2序列具有丰富的变异位点,分别为176和166个;其中,信息位点分别为114和104个,发现了大量的转换、颠换和插入/缺失现象。而58S序列相对保守,有36个变异位点,其中信息位点16个。本研究表明,利用ITS序列可将本研究中的24种石斛属植物完全区分,这24种石斛属植物的遗传距离为0007～0302,其中鼓槌石斛和粟斑鼓槌石斛的遗传距离最小,亲缘关系最为接近;而金耳石斛与短棒石斛的遗传距离最大,亲缘关系最远。 相似文献
8.
9.
《东北林业大学学报》2015,(10)
对6个种源辽东冷杉的r DNA ITS序列进行了扩增、纯化和测序,比较分析了各种源r DNA ITS序列的长度、碱基变异位点、(G+C)含量和遗传距离,构建了系统发生树。结果表明:辽东冷杉6个种源的r DNA ITS序列总长度均为1 355 bp,其中ITS1、ITS2和5.8S r DNA序列长度分别为1 162、71和162 bp,种源间无长度差异;r DNA ITS序列中只有8个碱基变异位点,均位于ITS1序列上,碱基变异类型为碱基转换或颠换;ITS1和ITS2序列中的(G+C)含量分别为60.24%~60.59%和58.60%,种源间(G+C)含量差异极小;种源间遗传距离平均值仅为0.002 3,其中清原种源和宽甸种源的遗传距离最小(0),其他种源间的遗传距离在0.000 7~0.003 7。上述结果均表明辽东冷杉种源间亲缘关系较近,遗传变异程度较低。系统发生树将地理距离相近的种源聚在一起,表明辽东冷杉6个种源遗传距离与地理距离有明显的相关性。 相似文献
10.
郑州草坪白三叶草根瘤菌的分离与分子鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
《内蒙古农业大学学报(自然科学版)》2016,(6)
【目的】为研究郑州市区草坪白三叶草根瘤菌的遗传多样性。【方法】实验采用包括16S rDNA及IGS PCR-RFLP和16S rDNA基因序列分析方法。【结果】该研究从郑州市4个不同采样地点的草坪中采集白三叶草根瘤,并分离得到根瘤菌40株;经16S rDNA PCR-RFLP分析,初步确定所有供试菌株属于同一个属。而IGS PCR-RFLP分析将供试菌株分为四个类群,且来自郑州大学的供试菌株具有更加丰富的遗传多样性。对不同IGS型代表菌株的16S rDNA基因序列分析结果与16S rDNA PCR-RFLP的结果一致,表明所有供试菌都属于根瘤菌属(Rhizobium)。【结论】一共分离得到根瘤菌40株,它们都属于根瘤菌属,且分离自郑州大学的根瘤菌具有更加丰富的多样性。 相似文献
11.
以白阿魏侧耳(Pleurotus.nebrodensis)及其近缘种刺芹侧耳(Pleurotus.eryngii)、阿魏侧耳(Pleurotus.ferulae)为供试材料,利用差速离心法和改良的CTAB法提取供试菌株线粒体总DNA,并以此为模板,MS1和MS2为引物特异性扩增出供试菌株线粒体SSU rDNA 5′端的DNA片段,并对PCR产物纯化后进行序列测定。所测序列经比对后用BioEdit 6.0.5和MEGA 3.1软件分别对其序列长度、(G+C)含量和遗传距离进行分析,确定供试菌株间的亲缘关系。结果表明,白阿魏侧耳、刺芹侧耳、阿魏侧耳之间具有较近的亲缘关系,而且阿魏侧耳与白阿魏侧耳之间的亲缘关系比其与刺芹侧耳之间的亲缘关系更近,但白阿魏侧耳、刺芹侧耳、阿魏侧耳为3个不同的种。同时提示线粒体SSU rDNA 5′端序列可以区分不同种间亲缘关系。 相似文献
12.
对棉铃虫齿唇姬蜂Campoletis chlorideae Uchida、腰带长体茧蜂Macrocentrus cingulum Brischke和麦蚜茧蜂 Ephedrusplagia-tor（Nees）3种寄生蜂28S rDNA D2区序列进行了聚合酶链式反应（PCR）,检索了GenBank核酸序列库中姬蜂总科和小蜂总科的其它26种寄生蜂的相应序列,利用29种寄生蜂及2种弹尾目昆虫28S rDNA D2区序列对寄生蜂进行了系统进化分析.结果表明,3种寄生蜂28S rDNA D2区序列与同一亚科的其他种相似性达90%以上.3种寄生蜂中,腰带长体茧蜂和麦蚜茧蜂与弹尾目昆虫的遗传距离较远,是较进化的种类;棉铃虫齿唇姬蜂与弹尾目昆虫的遗传距离较近,是较早分化的种类.29种寄生蜂系统进化分析表明,茧蜂科的蚜茧蜂亚科和长体茧蜂亚科处于同一分化地位,但有明显分化;小蜂总科与姬蜂科处于同一分化地位,比茧蜂科分化晚. 相似文献
13.
在植物基因组中核rDNA是高度重复的串联序列,其中18S rDNA与5.8S、26S rDNA共同构成一个转录单位。ITS(基因内转录间隔区)分布在18S-5.8S-26S区域,该区域包括3个部分:ITS1和ITS2以及位于它们之间高度保守的5.8S rDNA外显子区。兰科(Or-chidaceae)是单子叶植物中的第一大科,进化程度较高。文中介绍了ITS序列的结构特点,重点对ITS序列在兰科植物近缘种亲缘关系鉴定、系统进化及分子系统地理学研究中的应用及前景进行了综述。 相似文献
14.
对来自福建农林大学、闽清、闽侯和南平等地的6份狼尾草属菌草的ITS片段和叶绿体matK基因序列进行测定,并用Clustal X 2.0和MEGA 4.1软件对其进行比对分析,构建系统发育树.结果表明,6份菌草的ITS序列长度均为585 bp,其中变异位点0-3个,信息位点2个,遗传距离为0-0.089,平均遗传距离为0.022;mat K序列长度为880-881 bp,其中变异位点(信息位点)1个,遗传距离为0-0.016,平均遗传距离为0.010.ITS系统树结果显示6份共菌草聚成四类,其中杂交狼尾草和象草(MQ)聚类在第I类的同一分支,巨菌草和象草聚在第Ⅱ类的不同分支,表明其亲缘关系比较近;mat K序列系统树结果除了象草(MQ)外其余5份菌草均聚在了同一分支上,表明叶绿体mat K序列无法将供试的6份菌草区分开. 相似文献
15.
以采自广东省佛山市的鸽蛔虫(Ascaridia columbae)为研究对象,利用保守引物BD1和BD2扩增鸽蛔虫基因组DNA的ITS rDNA片段,对扩增产物进行克隆和序列测定。结果成功扩增出大小为1045bp的ITS rDNA序列。获得的鸽蛔虫的ITS rDNA序列(AC001、AC002)的5.8S rDNA与GenBank收录的鸡蛔虫5.8S rDNA序列(GenBank登录号为AJ001508)相似性分别为95.5%和94.3%,而与澳大利亚鸽蛔虫5.8 S rDNA序列(GenBank登录号为AJ001509)相似性分别为96.8%和95.5%。将获得的序列与蛔目不同科的代表性蛔虫的5.8SrDNA序列进行比对和系统进化分析,结果表明鸽蛔虫与鸡蛔虫处于同一进化分支上,也表明ITS rDNA是蛔虫分子鉴定的有效遗传标记,这对蛔虫分子分类学及分子流行病学的进一步研究打下了基础。 相似文献
16.
丽金龟亚科(Rutelinae)部分种类16S rRNA-ND1基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
将测得的丽金龟亚科(Rutelinae)7个样本的16S rRNA-ND1基因部分序列与GenBank数据库中的11条同源序列进行比较,应用DNAStar5.0和Mega 3.1软件,分析核苷酸序列组成和遗传距离,构建分子系统发育树。结果表明:在获得的810bp序列长度中,变异位点218个,简约信息位点155个;A+T使用表现明显的偏向性(73.3%)。丽金龟亚科9个属间的遗传距离在0.054~0.152之间变动;属内种间的距离为0.021~0.064。中华弧丽金龟(Popillia quadriguttata)和日本弧丽金龟(Popillia japonica)具有十分相近的亲缘关系。以白星花金龟(Potosia brevitarsis)和太异爪犀金龟(Heteronychus lioderes)为外群重建的NJ、ME树均支持丽金龟亚科中9属16个种分为2个分支格局的结果 :原喙丽金龟属(Prodoretus)、鳞喙丽金龟属(Lepadoretus)、喙丽金龟属(Adoretus)聚为一支;弧丽金龟属(Popillia)、藜丽金龟属(Blitopertha)、发丽金龟属(Phyllopertha)、彩丽金龟属(Mimela)、塞丽金龟属(Anisoplia)分化为第二分支。其中,异丽金龟属(Anomala)的不同种优先聚集在该属分支下,证实基于分子分类与形态分类的一致性。 相似文献
17.
基于28S rDNA D2区序列的陕南凹缘菱纹叶蝉分子系统学与遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨陕南桑园凹缘菱纹叶蝉(Hishimonus sellatus Uhler)系统关系与遗传多样性,对陕南7个主要蚕桑产区共132头凹缘菱纹叶蝉的 28S rDNA基因D2区序列进行核苷酸多样性和遗传差异分析,同时研究单倍型之间的分子系统关系和网络进化图。结果表明,总群体共存在多态性位点63个,单倍型8个,优势单倍型H_1占单倍型总数的74.2%,遗传分化程度较低。分子方差分析显示:种群内变异占总组分的98.94%,差异不显著,且其基因流系数Nst和种群地理距离之间不存在相关性(R~2=0.019 7),说明各个地理种群之间存在渐渗杂交。 相似文献
18.
核糖体RNA基因在酵母分类鉴定中的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
核糖体DNA在酵母分类鉴定中发挥着重要作用。本文介绍了核糖体的构成,核糖体RNA基因26S rDNA D1/D2区域、18S rDNA、ITS-5.8S rDNA和IGS rDNA片段作为分子标记的原理方法、在酵母菌种鉴定和分子系统发育中的应用,同时对rDNA各个序列片段在国内外酵母分类鉴定应用中的问题和前景进行探讨。 相似文献
19.
为了研究地沟油与食用油中微生物群落结构多样性,采用NA培养基分离纯化菌株,16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用Hinf Ⅰ和TaqⅠ2种限制性内切酶对扩增产物进行ARDRA酶切,通过MVSP软件进行聚类分析(UPGMA),并对代表菌株进行测序.结果表明:从地沟油和食用油中分离出的18株细菌,其16S rDNA酶切聚类分析显示在84％的相似水平上分成5个类群,表现出了丰富的遗传多样性.16S rDNA序列测定及系统进化分析表明,这18株菌主要为解淀粉欧文氏菌(Erwinia amylovora)、嗜线虫沙雷氏菌(Serratia nematodiphila)、黏质沙雷氏菌(Serratia marcescens)、嗜麦芽寡养单胞菌(Stenotrophomonas maltophilia). 相似文献
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云纹石斑鱼和赤点石斑鱼杂交子一代线粒体相关基因的母性遗传特征分析 总被引：1，自引：0，他引：1
郑乐云 《上海海洋大学学报》2014,23(3):351-358
对云纹石斑鱼和赤点石斑鱼及其正反杂交子代的3种线粒体基因(COⅠ、16S rDNA、Cyt b)和核基因Tmo-4c4进行序列分析,其中16S rDNA序列中有明显的插入缺失位点,而其他3个基因序列无插入缺失变异。在12个分析样本中,COⅠ同源序列(387 bp)中共检测到41个核苷酸多态性位点,16S rDNA(529 bp)中有21个核苷酸多态位点,Cyt b(383bp)中有49个核苷酸多态位点。Tmo-4c4(467 bp)有8个核苷酸多态位点。序列差异分析和遗传距离比较结果显示,正反杂交子一代的3个线粒体基因序列与母本基因序列的同源性都为100%,与父本的基因序列同源性分别为COⅠ:90%和89.4%;16S rDNA:96%和96%;Cyt b:87%和87.2%。核基因Tmo-4c4正反交子一代与母本的序列同源性为98.9%~99.6%之间,与父本的同源性为98.7%~99.4%之间,没有明显的遗传差异。以上结果表明了云纹石斑鱼和赤点石斑鱼杂交子一代在3种线粒体基因上严格按照母性遗传的规律,而核基因Tmo-4c4没有明显的遗传偏向性。 相似文献