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《林业科学》2017,(3)
【目的】16SrI组植原体对我国作物和生态植物危害严重。目前植原体尚不能分离培养,对于我国植原体不同株系间遗传变异和种群结构尚不清晰,通过多位点序列分析(MLSA)揭示我国不同地区16SrI组不同植原体株系的遗传多样性及其地理分布特征,比较不同植原体株系间不同持家基因的变异程度,为我国不同植原体株系的检测、分类鉴定和系统发育研究提供一定的参考方法和依据。【方法】应用rp,tuf,secA,secY,ipt,dnaK,fusA,gyrB,pyrG和rpoB共10个持家基因序列,结合16S rDNA序列,以全基因序列已完成的洋葱黄化植原体(OY-M)、翠菊黄化丛枝植原体(AYWB)、澳大利亚葡萄黄化植原体(CPA)、草莓致死黄化植原体(SLY)和苹果簇生植原体(CPM)共5种植原体株系为参照,分析我国10个省(市)苦楝丛枝、莴苣黄化、桑萎缩、泡桐丛枝和长春花绿变植原体株系(共18株)的遗传变异规律和系统发育关系,通过多重序列比对分析不同基因片段的序列多态性和变异程度。【结果】我国18株苦楝丛枝、莴苣黄化、桑萎缩、泡桐丛枝和长春花绿变植原体株系的rp,tuf,secA,secY,ipt,dnaK,fusA,gyrB,pyrG和rpoB多位点序列共有15种序列类型,从而揭示16SrI组不同植原体株系间丰富的遗传多样性。基于rp等10个基因多位点序列分析可将16SrI-B、D亚组的不同植原体株系清晰地分开。10株苦楝丛枝植原体株系与2株桑萎缩植原体株系系统发育关系最近,多位点序列分析可将这2种基于16S rDNA序列难以区分的植原体株系清晰地区分。10株苦楝丛枝植原体株系分为4个进化枝,其多位点序列存在8种序列类型,这4个分枝与植原体株系的地理分布关系密切。与我国长春花绿变和泡桐丛枝植原体株系相比,福建三明2株莴苣黄化植原体株系与日本洋葱黄化植原体株系OY-M系统发育关系较近。在已检测分析的植原体不同基因序列片段中,dnaK基因序列片段的变异水平最高。【结论】多位点序列分析可做为一种对植原体鉴定、区分以及株系遗传多样性全面检测的有效、可靠方法。在以后的研究中该方法可广泛应用于深入探讨植原体不同组间或亚组间株系的遗传变异和系统发育关系。 相似文献
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设计引物并 PCR扩增河北平山株系 PaWBPs 和江西吉安株系 PaWBJan 的 tmk 基因,直接和克隆测定tmk序列,利用DNAMAN,MEGA等软件进行序列多样性、序列变异、蛋白功能域、系统进化等比较分析。结果表明：从 PaWBPs和 PaWBJan中克隆测序的93条和41条 tmk-a中,分别有52和24种不同的序列,tmk-a ORF 可被划分为2类,tmk-a-1为639 bp,tmk-a-2为627 bp,PaWBPs株系tmk-a-1与tmk-a-2序列条数的比值约为2.5,而PaWBJan株系为3.3; PaWBPs有5个相同的 tmk-a-1序列与 PaWBJan的一个 tmk-a-1序列及枣疯植原体 tmk-Y 序列完全一致。因多位点突变,PaWBPs含假基因比例达48.1%,PaWBJan的为41.7%; tmk-b基因为单一序列,两株系的 tmk-b核酸序列相似性为99.8%,编码蛋白仅有一个氨基酸差异。TMK-a和 TMK-b中都具有胸苷酸激酶的3个保守功能域。系统进化分析显示,泡桐丛枝植原体的2个株系的所有tmk-a序列都与枣疯植原体tmk-X和tmk-Y等聚为一个进化枝Ⅰ中;而tmk-b与小麦蓝矮tmk-2等聚为另一进化枝Ⅲ,基于tmk-b序列和基于16S rDNA序列构建的系统进化树一致,tmk-b有助于植原体16Sr组水平的分类,而 tmk-a可用于植原体株系变异和遗传多样性分析。 相似文献
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《林业科学》2021,57(5)
【目的】了解羽脉山黄麻丛枝病在云南省玉溪市新平县的发生情况和危害程度,通过分子生物学方法确定病原物及其分类地位,为本地区植原体防控提供参考。【方法】利用普查法获得病害发病率,评估病害危害程度。利用植原体通用引物P1/P7及R16F2n/R16R2对感病植株总DNA进行巢式PCR扩增、克隆和测序,得到16S r DNA序列。再用植原体在线分类鉴定工具i PhyClassifier以及MegaX软件分别进行序列分析和构建基于16S r DNA序列的系统进化树,确定病害病原物及其分类地位,通过在线分析软件MUSCLE比较相关序列的同源性。【结果】根据调查发现羽脉山黄麻丛枝病发生于大约101°35'—101°53'E和23°56'—24°20'N之间,主要是在低海拔400～600 m温度相对较高的干热河谷地区,说明高温有利于植原体病害的发生。该处连续3年发生此病害,2018年7月调查得知其平均发病率为38.9%,属中度危害。PCR扩增获得约1 246 bp的羽脉山黄麻丛枝病植原体16S r DNA序列(株系:TLWBYN01,登录号:MN513329)。分析表明TLWBYN01与翠菊黄化植原体(Candidatus Phytoplasma asteris)的参考菌株(M30790)相似度为99.8%,因此该植原体为‘Candidatus Phytoplasma asteris’相关菌株,属于16S r I组成员。TLWBYN01的F2nR2片段虚拟RFLP模型与16S r I-X亚组的参考模型番木瓜束顶植原体(登录号:JF781308)最为相似,相似系数为0.98,17种限制性内切酶的酶切图谱显示与16S r I-X参考株只有MseI不同,因此该植原体属于16S r I-X亚组的变种。比较得出TLWBYN01与16S r I-X亚组成员番木瓜束顶植原体(JF781308)和印度葫芦植原体(LT594117、LT594118)同源性分别为99.2%和99.6%。【结论】玉溪市新平县发现的羽脉山黄麻丛枝病属局部常发病害,中度危害,但一旦感染,就会严重影响植物生长。羽脉山黄麻丛枝植原体属16 Sr I组成员,也是报道较少的植原体16S r I-X亚组的一个变种,且羽脉山黄麻为新发现的植原体新寄主。 相似文献
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植原体分子分类的现状与问题 总被引：6，自引：0，他引：6
从 2 0世纪 80年代末开始 ,植原体的DNA分子分类研究取得了实质性进展 ,植原体的系统学位置被确定为柔膜菌纲的一个单系发育类群 ,作为一个暂定属 (Candidatusgenus)处理。利用 16SrDNA、16S 2 3S间隔区、rp、Tuf等一系列基因序列及其RFLP图谱 ,对全世界近 30 0种植原体进行了分子分类。按照李英敏和Seemuller的分类系统 ,植原体分别被划分为 14个 16SrDNA类群和 2 0个 16SrDNA类群。根据ICSB的规定 ,每一个 16SrDNA类群作为一个暂定种 (Candidatusspecies)。每个 16SrDNA类群内有较大的遗传分化 ,可分为很多亚组。目前全世界共发表了 5个植原体暂定种 ,分别为“CandidatusPhytoplasmaaurantifolia” ,“CandidatusP .aus traliense” ,“CandidatusP .australasia” ,“CandidatusP .fraxini”和“CandidatusP .japonicum”。其中的 4个种是16SrDNA类群的亚组。植原体暂定种的概念还存在一些理论和实践上的问题。文中列出了李英敏的分类框架 ,并讨论了植原体分子分类的发展方向 相似文献
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以感病泡桐组培苗提取的DNA为模板,采用PCR方法扩增pPaWBNy-2-ORF4的部分片段.将目的片段克隆到原核表达载体pGEX-4T-3,重组质粒pGEX-p2ORF4转化大肠杆菌Rosseta(DE3)菌株.IPTG诱导表达,分子量约为38 kDa的含GST标签的融合蛋白得到表达.切胶回收目的蛋白,免疫大白兔制备抗血清.间接ELISA测定抗血清的效价约为1:4096,免疫印迹实验显示:抗血清能够与原核表达的GST融合蛋白发生特异的免疫反应,与pPaWBNy-1-ORF5的原核表达蛋白无明显的交叉反应.利用制备的抗血清,在感病泡桐饲毒的茶翅蝽中检测到分子量约为18 kDa的蛋白条带,而在无菌茶翅蝽和感病泡桐组培苗中均未检测到,表明pPaWBNy-2-ORF4在饲毒的茶翅蝽中表达,而在感病泡桐组培苗中未表达或表达量低于检测水平.据此推测,该基因参与茶翅蝽传播泡桐丛枝植原体. 相似文献
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为给野扁桃的遗传改良和自交不亲和机制的进一步研究提供理论依据,以新疆野扁桃花药为试材,利用RT-PCR和RACE技术克隆野扁桃自交不亲和性花粉特异性决定因子编码基因SFB全长序列。采用BLAST进行序列比对,ORF Finder寻找开放阅读框,CDD分析蛋白保守结构域,Prot Param分析蛋白理化性质,TMHMM预测蛋白跨膜区,Signal P预测蛋白信号肽,Sub Loc预测蛋白亚细胞定位,SOPMA分析蛋白二级结构,DANMAN进行氨基酸多序列比对,MEGA6进行系统进化分析,Prot Fun预测蛋白功能。结果表明:克隆到的Pt SFB16基因和Pt SFB17基因属于F-box基因家族,与其它多种植物的SLF/SFB基因的序列相似度为88%,推导的氨基酸序列均具有F-box蛋白典型结构;Pt SFB16基因ORF长1 146 bp,编码381个氨基酸,Pt SFB17基因ORF长1 131 bp,编码376个氨基酸;预测2个SFB蛋白均为略显亲水性、不稳定的细胞质蛋白,二级结构均以α-螺旋,延伸链和无规则卷曲为主,SFB/SLF蛋白在蔷薇科李属植物中具有较高的系统进化一致性,种间同源性可能大于种内同源性,SFB蛋白可能的功能主要有辅助因子生物合成、能量代谢和裂合酶。 相似文献
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在攀枝花市米易县车桑子Dodonaea viscosa种植区调查丛枝病的发生情况。应用植原体16S rDNA基因的通用引物R16m F2/R16mRl和R16F2/R16R2对具有典型植原体侵染症状和无症车桑子进行检测,巢式PCR得到约1.2 kb的特异性片段,经过测序并在NCBI数据库进行比对,获得1条植原体特定的16S rDNA基因序列(DvWB-PZHMY1);将测得的序列与已报道的植原体序列进行同源性比对,并构建系统进化树,结果显示获得的植原体序列均聚类到16S rI-B亚组中。风险评估分析表明,车桑子丛枝病达到中度风险级别,应给予重视。 相似文献
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[目的]不同组植原体检测和鉴别的特异性探针已有报道,为了筛选出适合于我国不同组植原体检测和鉴别的特异性探针,建立管芯片检测和鉴别植原体技术,并对我国发生的疑似植原体病害进行鉴别。[方法]通过PCR扩增结合管芯片杂交技术,对收集到的15种植原体侵染的植物样品及其健康对照进行检测和鉴别。[结果]建立了管芯片检测和鉴别植原体技术体系。15种病害样品中,13种获得显著的阳性杂交信号,并且所有的健康对照都呈现为阴性。13种植原体病害依16Sr DNA直接测序可分为16SrⅠ、Ⅱ、Ⅴ、XIX四组植原体。在所有探针中,植原体的通用探针(Pp-502)可以检测到所有确定的植原体样品。16SrⅠ组特异性探针(PpⅠ-465)可以确定16SrⅠ组的泡桐丛枝、苦楝丛枝、桑树萎缩和莴苣黄化4种植原体样品。16Sr II组特异性探针(PpⅡ-629)仅可以确定16Sr II组的花生丛枝、甘薯丛枝和臭矢菜丛枝3种植原体样品。但16Sr V组的枣疯病、樱桃致死黄化和重阳木丛枝及16Sr XIX组的板栗黄化皱缩植原体与其他组专化性探针皆有明显的交叉杂交信号。相比于PCR扩增的凝胶电泳检测,管芯片检测的灵敏度提高了1 000倍。对疑似植原体病害的诊断结果显示河南濮阳的红花槐丛枝的病原应为16Sr V组植原体,福建福州的长春花黄化丛枝应为16SrⅠ组植原体;而北京戒台寺牡丹黄化皱叶和内蒙古包头柳树丛枝未出现任何植原体专化的杂交信号。[结论]管芯片杂交技术作为一种检测和鉴别植原体的方法,可应用于我国植原体病害调查和诊断,并为植原体的鉴别和分类提供可靠的依据。 相似文献
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四川省林学会建设长江上游生态屏障学术研讨会纪要 总被引：1，自引：0，他引：1
四川省林学会于 2 0 0 1年 1 2月 1 9日至 2 0日在四川农业大学举行了“建设长江上游生态屏障学术研讨会”。应邀参加研讨会的有四川农业大学、四川省林业科学研究院、四川省林业勘察设计研究院和四川省林业厅的专家、教授、研究员、高级工程师和从事管理工作的领导、部门负责人等共 3 0人。受四川省林学会理事长曹正其厅长的委托 ,副理事长、省林业厅副厅长杨冬生教授出席指导并作了学术报告。研讨会由学会秘书长张江陵高级工程师主持。四川农业大学为研讨会的顺利举办作了周详的安排。会议收到论文 1 9篇 ,有 1 5位专家发了言。大家围绕建… 相似文献
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To discuss the role of the gelatinous layer (G-layer) on the origins of the physical properties peculiar to the tension wood fiber (TW fiber), the deformation process of an isolated TW fiber caused by a certain biomechanical state change was formulated mathematically. The mechanical model used in the present formulation is a four-layered hollow cylinder having the compound middle lamella (CML), the outer layer of the secondary wall (S1) and its middle layer (S2), and the G-layer (G) as an innermost layer. In the formulation, the reinforced matrix mechanism was applied to represent the mechanical interaction between the cellulose microfibril (CMF) as a framework bundle and the amorphous substance as a matrix skeleton in each layer. The model formulated in the present study is thought to be useful to investigate the origins of extensive longitudinal drying shrinkage, large tensile growth stress, and a high axial elastic modulus, which are rheological properties peculiar to the TW. In this article, the detailed process of the mathematical formulation is described. In a subsequent article, some TW properties from a 70-year-old Kohauchiwakaede (Acer sieboldianum Miq.) will be analyzed using the newly developed model. 相似文献
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对岷江上游干旱河谷荒坡20个植物种群生态位进行了测定。结果表明:1)岷江上游干旱河谷主要植物种群生态位的测定以采用Simpson指数和重要值为宜,而生态位重叠则宜应用Pianka生态位重叠指数和综合优势比。2)垫状卷柏生态位宽度最大,它与高山韭、披针苔草、多茎景天、细柄草5个种群形成了共优群落。生态位宽度值分别为32.34,25.89,29.30,22.92和25.77。3)植物种群间有着较为普遍的生态位重叠但整体而言重叠值又比较小。植物生态位发生分离的程度还不够高,群落各种群间在竞争、互惠等种间相互作用上还没有达到较好的协调。 相似文献
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魏文彪 《绿色中国(A版)》2004,(9)
3月8日《钱江晚报》报道:因为“破烂王”的存在,杭州市一部分废旧物资得以回收再生;同样因为他们的存在,公共设施偷窃者有了稳定的“回收点”,去年杭州市仅失窃窨井盖就有1万多个……于是,出现了一种声音,认为杭州应提前一步行动,让“破烂王”下岗。 “破烂王”存在的不合理,其中之一就是破坏城市市容。认为“废品收购点、走街串巷收破烂的小车、着装邋遢的收废品人员,在一定程度上都是一个城市市容的伤疤。”收废品人员的形象确实难说是美的,与城市日新月异的市容的确形成了反差。但美与不美却是相对的。当人们想到一个人为了 相似文献
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对已不能很好发挥农田防护作用的成过熟防护林,必须加快对其更新改造,才能保证农田防护林建设的质量和标准,充分发挥防护林的防护效益。北京市房山区对残破、病虫害严重的老龄防护林网更新改造过程中,在组织领导、管理机制、资金保障、科技支撑等方面,探索出一套农田防护林更新改造措施,确保了更新改造的顺利进行。 相似文献
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在分析了大连市中心区声环境功能区划调整必要性的基础上,全面评估了现有区划实施效果,以问题为导向提出了区划调整的方法体系,并阐述了区划调整结果的可行性,为城市环境噪声管理和防治提供科学依据。 相似文献
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影响防风带近距离防风效果的结构因子的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
以山西北部半干旱风沙区为研究区,调查现有防风林带的距离防风效果,用回归分析法分析了冠层疏通度、冠下疏通度、林带宽度、栽植密度、林带与风向夹角、林带高和平均枝下高占林带高的百分比与距离带缘5倍树高处的风速降低百分数之间的关系。结果表明：影响防风林带近距离防风效果的主导因子为冠下疏透度、林带与风向的夹角和枝下高占林带高的百分比。 相似文献