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1.
秦川牛微卫星基因位点遗传多样性分析 总被引：6，自引：2，他引：4
利用PCR 技术和电泳银染技术检测了秦川牛BM2113、IDVGA2、TGLA44、IDVGA27、ETH10、ILSTS005、和IDVGA46等7个微卫星位点的多态性分布,计算了各个基因座的表观及期望杂合度、有效等位基因数、多态信息含量、固定指数和Shannon信息熵。结果显示,秦秦川牛群体的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,所选微卫星位点可用于秦川牛遗传多样性评估。 相似文献
2.
‘早胜牛’微卫星基因位点遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了从分子水平上分析‘早胜牛’的遗传多样性,采用PCR技术和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术检测了‘早胜牛’IDVGA46、ILSTS005、IDVGA27、TGLA44、IDVGA2、BM2113和ETH10这7个微卫星位点的多态性分布,并计算‘早胜牛’各个微卫星位点基因座的等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度、多态信息含量。结果显示:112头‘早胜牛’样品在7个微卫星位点上共有25个等位基因,平均等位基因数为3.5714,平均有效等位基因数为3.0004,平均期望杂合度为0.6996,平均多态信息含量为0.6526。分析结果表明‘早胜牛’群体的遗传杂合度比较高,遗传多样性丰富,所选的微卫星座位点可用于‘早胜牛’遗传多样性评估。 相似文献
3.
本文选用10个微卫星标记分析了我国5个引进家兔品种的DNA多态性。通过计算有效等位基因数、多态信息含量、遗传杂合度,分析了各品种内的遗传变异。结果表明：在五个品种中,新西兰兔有效等位基因数最多,为6.5455;加利福尼亚兔有效等位基因数最少,为3.000。比利时兔平均多态信息含量和平均杂合度最大,分别为0.5704和0.8233,加利福尼亚兔平均多态信息含量和平均杂合度最小,分别为0.4997和0.5897。 相似文献
4.
福建黄兔的遗传多态性及分类 总被引：2，自引：0，他引：2
用8个微卫星标记对福建黄兔的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果表明：（1）8个微卫星标记在所检测的福建黄兔群体中都表现出较丰富的多态性,在6个群体微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0.6622(0.5723~0.7222),各群体的PIC差异不显著;全部群体平均杂合度为0.6857(0.5904~0.7267)。这显示黄兔群体的多态信息含量、杂合度等指标有较好的一致性,说明福建黄兔品种内在微卫星位点上均具有丰富的遗传多样性。（2）根据奈氏标准遗传距离,并进行UPGMA聚类分析,结果显示6个群体间的遗传变异不大。福建黄兔地方品种在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;从遗传距离及聚类分析结果表明这些群体黄兔属于同一个地方品种。 相似文献
5.
基于SSR、InDel分子标记的红甜菜遗传多样性分析 总被引：2，自引：2，他引：0
本研究旨在了解21份国内外红甜菜品种的遗传多样性及其演化地位。利用Indel和SSR分子标记，对21份红甜菜遗传多样性研究。结果表明，InDel标记共得到25个基因位点，24个位点具有多态性，Shannon’s信息指数平均值为0.583，Nei’s基因多样性指数平均值为0.370，等位基因K为2~4个，平均2.4个，平均观测杂合度为0.235，期望杂合度0.398，多态信息含量PIC值为0.330；SSR标记共扩增出28个基因位点，全部具有多态性，平均每个标记扩增出3.5个多态性基因位点，Shannon’s 信息指数平均值为0.926，Nei’s基因多样性指数平均值为0.548，等位基因K为2~7个，平均4.625个，平均观测杂合度0.399，期望杂合度0.587，多态信息含量PIC值为0.523。本研究发现红甜菜品种大多因亲缘关系较近，因此在选育新品种时，建议尽量选择遗传距离较远的品种作为亲本。 相似文献
6.
根据兔的遗传图谱及相关报道选择了8个微卫星基因座对195只福建黄兔群体进行群体遗传学检测;计算其有效等位基因数 杂合度、多态信息含量,并通过最小二乘分析微卫星遗传标记与体重、体尺性状的相关性。结果表明选用的8个微卫星座位的杂合度在0.5904～0.7267之间,平均为0.6857。多态信息含量在0.5723～0.7222之间,平均为0.6622。许多微卫星基因型与体尺体重有较强相关。微卫星座位Sol33 209bp等位基因对1月龄体重有较强的相关效应;座位Sat12 125bp和座位Sol33 201bp等2个等位基因对3月龄体重有较强的相关效应;座位Sol33 213bp等位基因对8月龄体重有负面影响;座位Sol44 217bp、座位Sol33 209bp、以及座位Sol03 236bp等4个等位基因对体长性状有相关效应;座位Sol44 227bp、座位Sol33 209bp、座位Sol30 170bp以及座位Sol03 244bp等4个位基因对胸围性状有相关效应;座位Sol44 203bp等位基因对胸围性状有负面影响。5个微卫星基因座的基因型Sol33 （209／213)、Sat12（125)、Sol30 170、Sol03（236／244)、Sol44（203／227)对福建黄兔体尺体重存在相关性。这为进一步QTL定位提供理论依据。 相似文献
7.
牦牛MSTN基因内含子Ⅱ遗传多样性研究 总被引：3，自引：1，他引：2
利用PCR-SSCP技术研究了5个牦牛群体共计401头个体的MSTN基因第2内含子的多态性.结果表明:牦牛MSTN基因第2内含子存在多态性,测序发现该片段第192 bp处有一个A 到G的单碱基突变.所检测的5个牦牛群体中,除新疆巴州牦牛群体未检测到AA基因型,其他4个群体中均发现AA、AB和BB 3种基因型,大通牦牛、甘南牦牛、青海高原牦牛群体中均以BB型为优势基因型,而天祝白牦牛和新疆巴州牦牛则以AB为优势基因型.不同牦牛群体中均检测到A,B两个等位基因,并且B基因频率均高于A基因频率,B等位基因为各牦牛群体中的优势等位基因.各群体经过χ~2检验,在该基因座上,甘南牦牛、天祝白牦牛、青海高原牦牛3个群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),大通牦牛、新疆巴州牦牛两个群体处于不平衡状态(P＜0.05).分析了5个牦牛群体的遗传结构,发现大通牦牛的基因杂合度、有效等位基因数、多态信息含量等均最低,分别为:0.171,1.207,0.157;而天祝白牦牛的基因杂合度,有效等位基因数、多态信息含量等均最高,分别为:0.490,1.961,0.370;新疆巴州牦牛的基因杂合度、有效等位基因数、多态信息含量等均略低于天祝白牦牛. 相似文献
8.
为了更好地保护极度濒危的普氏原羚物种,选择非损伤性样品-粪便作为研究材料,选用10对非洲糜羚微卫星引物和10对绵羊微卫星引物作为筛选普氏原羚基因组DNA微卫星位点的引物。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星PCR的扩增产物,结果发现20对引物中有8对引物在普氏原羚基因组DNA中扩增出了多态性位点。通过等位基因数目和等位基因频率对这8个位点的基因杂合度、多态性信息含量、有效等位基因数进行了计算,结果发现这8个位点在39个普氏原羚粪便样品中的基因杂合度介于0.71~0.84,平均杂合度为0.78;多态性信息含量介于0.79~0.66,平均多态信息含量为0.73;有效等位基因数介于3.40~6.08,平均有效等位基因为5.98,这表明所筛选到的8个微卫星基因座在研究普氏原羚粪便样品中均为中高度多态性基因座,具有比较明显的遗传变异,完全适合普氏原羚各种分子遗传分析。因此试验应用这8对多态性引物对39个粪便样品的个体进行识别,发现这39个粪便样品来自35个不同的个体。 相似文献
9.
为了更好地保护极度濒危的普氏原羚物种,选择非损伤性样品-粪便作为研究材料,选用10对非洲糜羚微卫星引物和10对绵羊微卫星引物作为筛选普氏原羚基因组DNA微卫星位点的引物。通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星PCR的扩增产物,结果发现20对引物中有8对引物在普氏原羚基因组DNA中扩增出了多态性位点。通过等位基因数目和等位基因频率对这8个位点的基因杂合度、多态性信息含量、有效等位基因数进行了计算,结果发现这8个位点在39个普氏原羚粪便样品中的基因杂合度介于0.71~0.84,平均杂合度为0.78;多态性信息含量介于0.79~0.66,平均多态信息含量为0.73;有效等位基因数介于3.40~6.08,平均有效等位基因为5.98,这表明所筛选到的8个微卫星基因座在研究普氏原羚粪便样品中均为中高度多态性基因座,具有比较明显的遗传变异,完全适合普氏原羚各种分子遗传分析。因此试验应用这8对多态性引物对39个粪便样品的个体进行识别,发现这39个粪便样品来自35个不同的个体。 相似文献
10.
为了分析绵羊KAP11-1基因的核苷酸序列变异,采用PCR-SSCP方法和DNA测序技术检测了欧拉羊、甘肃高山细毛羊、滩羊、湖羊和青海细毛羊5个群体(749只个体)KAP11-1基因的单核苷酸多态性,同时分析了等位基因频率、遗传杂合度、有效等位基因数和多态信息含量等群体遗传特征。结果表明,5个绵羊群体的KAP11-1基因中共检测到c.93C/T、c.240G/A、c.285C/G/A和c.331A/G 4个单核苷酸多态位点,且c.331A/G为非同义突变。等位基因A在5个群体中出现的频率最高(87.70%),为优势等位基因,其次为等位基因B(基因频率为11.03%),等位基因C和D的频率最低(分别为0.53%和0.74%)。群体遗传学分析结果表明,滩羊KAP11-1基因的遗传杂合度、有效等位基因数和多态信息含量均高于其余4个群体。KAP11-1基因作为羊毛经济性状的主要候选基因之一,其核苷酸序列的变异导致KAP11-1中相应氨基酸的改变,最终可能会影响羊毛纤维的结构和羊毛主要经济性状。 相似文献
11.
【研究目的】利用5个微卫星位点对两个SPF莱航鸡封闭群进行了遗传检测,探讨群体内的遗传多态性,以期为实验用鸡遗传质量监测提供理论依据。【方法】PCR扩增后用ABI-3100Avant全自动基因分析仪进行电泳检测,用Genemapper3.1软件进行片段大小分析,收集电泳结果并进行基因分型。【结果】5个微卫星标记在A、B两个鸡群中共检测到20个等位基因,平均为4个;两个鸡群的平均杂合度为0.6211,平均多态信息含量为0.6663,表明所选标记在SPF莱航鸡群中有较高的多态性;adl176位点的180峰仅出现在A群中,188、191两峰在两个群体中的频率相差极大,可作为品系鉴定的理想引物。【结论】大部分微卫星具有多态性,若进行大范围筛查,必能找到一些特异位点为遗传监测所用。 相似文献
12.
为筛选出多态性EST-SSR位点,来评价乐清湾缢蛏养殖群体遗传的样性变化。采用40对EST-SSR引物对浙江省乐清湾缢蛏养殖群体进行全基因扫描,结果显示,有29对引物能获得稳定的特异性条带（占总数的72.5%）,其中14个微卫星位点具有多态性（占总数35%)。14个位点共检测到等位基因数（Na）61个,每个位点的等位基因数变化从2~12个。各引物观测杂合度（HO）、期望杂合度（HE）和多态信息含量(PIC)变化范围分别为0.025~0.868、0.258~0.850、0.242~0.834;位点YC-1、YC-11、YC-1２、YC-16、YC-27、YC-35（p<0.05）显著偏离哈代-温伯格平衡。说明缢蛏EST序列中有较丰富的SSR位点;乐清湾缢蛏养殖群体遗传多样性较丰富,但有所下降,需加强资源保护。 相似文献
13.
深入了解西瓜核心种质资源的群体结构及遗传多样性,可以准确指导亲本间杂交组合的有效配置,避免具有相似遗传背景材料的组合,以便提高育种效率。据此,本研究通过采用45对具有多态性的SSR标记对不同来源的78份西瓜核心种质进行了多元统计分析。结果表明,45个SSR标记共检测出175个位点,其中具有多态性位点数为165个,多态性比率达95.41%,且每对引物平均检测到等位基因位点3.67个,PIC大小范围在0.049~0.781之间,平均值为0.415,其有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)、多样性指数(I)及Nei's基因多样性指数(H)在该群体水平上分别为2.258、0.479、0.521、0.850和0.476,同时筛选出了28对多态性高、带型稳定、易于统计的核心引物,构建了78份西瓜核心种质的SSR指纹图谱。群体结构分析表明,78份西瓜核心种质资源划分为2大类群和4个亚群,其中来自不同地域的美国材料和日本材料分别独立趋于2大类群中,而中国种质材料普遍交叉分布于2大类群中,且各亚群之间存在着明显的基因交流,分子方差分析表明种质间遗传多样性主要存在于品种间和居群间。 相似文献
14.
Manoj Kumar Mishra Patrizia Tornincasa Barbara De Nardi Elisa Asquini René Dreos Lorenzo Del Terra Rajkumar Rathinavelu Paola Rovelli Alberto Pallavicini Giorgio Graziosi 《Journal of Crop Science and Biotechnology》2011,14(1):25-37
An EST-based PCR-RFLP method was employed to gain insight into genome organization in eight allopolyploid Coffea arabica cultivars and seven diploid coffee species. The PCR-amplified products at 19 EST loci were digested with 46 different restriction
enzymes and size fractioned in agarose gels. Most often, the sum of the fragments length was double or more than the PCR product.
In arabica, this condition could be explained by assuming the presence of duplicated loci in paralogous chromosomes and this
was supported by considerable evidence of multiple loci SSR amplification. Based on the RFLP analysis, 12 EST loci were polymorphic.
The level of polymorphism was higher in different species compared to the arabica varieties. Sequencing of the amplified products
revealed a SNP frequency of 0.021 among diploid species and of 0.007 among arabica varieties. We propose that the involvement
of two genomes in C. arabica maintains a residual level of heterozygosity in the form of paralogous chromosomes, while the self-fertilization in this
species tends to drive of homozygosity. The heterozygosity of paralogous chromosomes in arabica creates valuable polymorphism
essential for species diversity and survival in various ecological niches, while self-fertility tends to preserve in homozygosity
many genes of functional significance. 相似文献
15.
Kyoung-In Seo Gi-An Lee Kyung-Ho Ma Do-Yoon Hyun Yong-Jin Park Jong-Wook Jung Sok-Young Lee Jae-Gyun Gwag Chung-Kon Kim Myung-Chul Lee 《Journal of Crop Science and Biotechnology》2011,14(2):97-103
Castor bean (Ricinus communis) is cultivated for seed oil throughout tropical and subtropical regions but the understanding of its genetic variability
is limited. Because applicable microsatellite markers are not sufficient, we isolated and characterized polymorphic simple
sequence repeat (SSR) loci acquired from a microsatellite-enriched genomic DNA library of castor bean. Finally, 28 SSR loci
revealed polymorphisms in a castor bean collection consisting of 72 accessions. A total of 73 alleles were detected, with
an average of 3.18 alleles per locus, and the polymorphism information content (PIC) ranged from 0.03 to 0.47 (mean = 0.26).
Values for observed (HO) and expected (HE) heterozygosity ranged from 0.00 to 0.19 (mean = 0.11) and from 0.04 to 0.54 (mean = 0.31), respectively. To understand genetic
relationships within the castor bean collection, a dendrogram was constructed based on profiles of the 28 SSR loci. These
newly developed SSRs will be useful tools for assessing genetic diversity and population structure in castor bean. 相似文献
16.
利用微卫星标记分析建鲤种质资源的研究 总被引：2，自引：1，他引：1
为了评估和合理利用建鲤种质资源。从建鲤繁育群体中随机选取185尾鱼,用20个微卫星位点进行遗传多样性分析。结果表明：20个微卫星位点在该群体中所检测到的等位基因片段长度在114~316 bp,共检测出156个等位基因和402种基因型,各位点等位基因数为5~13个,平均7.8个,基因型数10~44种,平均20.1种;各位点观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别在0.346~0.978和0.619~0.880之间,平均分别为0.6434和0.757;所检测的20个位点多态信息含量(PIC)在0.552~0.868之间,平均为0.7253,都属于高度多态位点(PIC>0.5)。实验结果表明,该建鲤繁育群体多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高,具有较大的选育潜力。群体内平均固定系数(FIS)为0.1479,说明该建鲤群体存在杂合子缺失现象。根据个体间的遗传距离构建的聚类图可以清楚地显示每个个体之间的遗传差异,这可为建鲤保种和繁殖配组提供依据,避免近交现象。 相似文献
17.
保守性强、重复性好、多态性高的微卫星位点可被有效用于构建作物DNA条形码。选取目前生产上主要推广种植、代表不同来源系统的12个棉花品种作为微卫星位点筛选材料,参考我室构建的四倍体栽培棉种种间高密度遗传图谱信息,从376对覆盖全基因组的SSR引物中,筛选出51对引物可扩增出带型清晰且多态性高的微卫星位点。这些引物在12个供试品种中共产生155个等位位点,每对引物揭示的等位基因位点在2~7之间,平均值为3.04。参照微卫星位点的染色体定位和多态信息,在每条染色体上选择一个多态性相对高的SSR位点,其相应的26对SSR引物被推荐为构建棉花品种DNA条形码的一套首选引物,并初步应用于12个品种的DNA条形码编制。其余25对引物作为候选引物。使用该套引物扩增出的微卫星位点可用于大量棉花品种DNA条形码构建,为棉花品种真实性和纯度的分子鉴定奠定基础。 相似文献
18.
为了有效利用微卫星技术分析虾夷扇贝的群体遗传结构并筛选与虾夷扇贝生长相关的标记。采用19个多态性微卫星分子标记对虾夷扇贝一个家系群体进行了遗传多样性分析。结果显示：19个微卫星位点共获得60个等位基因,每个位点的等位基因数(Na)为2~4个,等位基因片段大小为113~312 bp,平均等位基因数为3.26个,平均有效等位基因数(Ne)为3.0175个,观测杂合度(Ho)平均值为0.2952,期望杂合度(He)的平均值为0.6352,平均多态信息含量(PIC)值为0.5671。经卡方Hardy-Weinberg检验(P<0.01)显示多于半数的位点都发生了偏离。运用SPSS 16.0对微卫星标记与虾夷扇贝生长性状的相关性进行分析,结果表明：DQ679223与壳宽显著相关,EF056526与体重、壳长、壳高、壳宽显著相关,DQ221720与体重、壳高、壳宽显著相关,FJ262409与体重显著相关。研究结果表明：虾夷扇贝的群体遗传多样性水平较高,有较高的遗传改良潜力,可以利用筛选的与虾夷扇贝生长相关的标记进行辅助育种,提高育种效率。 相似文献