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1.
选择与羊同源性较高的牛ras相关的雌激素调节的生长抑制因子(ras-related estrogen-regulated growth inhibitor,RERG)基因组序列设计特异性引物,通过RT-PCR技术对RERG基因进行克隆测序及生物信息学分析.结果显示,克隆了羊RERG基因cDNA序列629 bp,完整的开放阅读框(ORF)为20～620 bp,其编码199个氨基酸.GenBank登录号分别为JN672576、JQ917222和JN580309.通过实时荧光定量RT-PCR技术分析RERG基因在贵州三大地方品种同一年龄段不同组织中的表达情况.结果表明,成年羊肺脏和脾脏表达量是最高,胸腺表达量最低,肌肉表达量为相对中度表达.为进一步研究地方品种羊生长性状的改善提供科学依据. 相似文献
2.
选择与羊同源性较高的牛独立生长因子1B(GFI1B)基因序列设计特异性引物,提取贵州黑山羊脾脏总RNA,通过RT-PCR技术对GFI1B基因进行克隆测序及序列分析。结果表明:首次克隆了贵州黑山羊GFI1B基因cDNA序列996 bp,GenBank登录号为JN662390,编码331个氨基酸。贵州黑山羊GFI1B基因与牛的同源性高达97.0%。聚类分析显示:哺乳动物、禽类和两栖类各为一类。生物信息学分析表明:山羊GFI1B分子包括1个低组分复杂性区域、6个锌指结构域ZnF-C4。同时,预测结果还表明GFI1B分子不包含信号肽序列且没有跨膜螺旋结构域,26个磷酸化位点,蛋白糖基化位点有7个。 相似文献
3.
《畜牧与兽医》2020,(9)
采用RT-PCR的方法对贵州黑山羊LYRM1基因进行了克隆,并对该基因的编码区序列进行生物信息学分析,利用qRT-PCR的方法检测LYRM1基因在贵州黑山羊不同组织中mRNA的相对表达量以及在不同月龄的时序表达。结果:黑山羊LYRM1基因的编码区全长369 bp,编码122个氨基酸,编码蛋白分子质量为14.4 kDa,理论等电点为9.73,不稳定系数为49.48,为不稳定蛋白;与GenBank数据库中提供的山羊LYRM1基因的编码区序列匹配度为99%,存在2个碱基的突变,分别为第177位和242位;通过LYRM1基因系统进化树得知,黑山羊与牛的进化距离较近,与斑马鱼进化距离较远。qRT-PCR结果显示LYRM1基因在贵州黑山羊7个组织中均有表达,在脂肪组织的表达量最高,背最长肌中的表达量最低;时序表达结果表明,LYRM1基因在黑山羊脂肪组织的整体表达趋势为先增加再减少,6月龄的表达量最高,7日龄最低。本试验成功克隆了黑山羊LYRM1基因编码区并进行了生物信息学分析,且检测了其在黑山羊不同组织中的表达以及在脂肪组织中的时序表达,为深入研究LYRM1基因功能奠定基础。 相似文献
4.
为探究会理黑山羊遗传分化状况,试验参考普通山羊肌肉生长抑制素（MSTN）基因设计引物,采用PCR方法扩增、克隆会理黑山羊MSTN基因编码区,并与其他物种相应基因编码区核苷酸序列进行比对分析。结果表明,会理黑山羊MSTN基因完整编码序列长度为1128 bp,由外显子1（372 bp）、外显子2（375 bp）和外显子3（381 bp）组成;会理黑山羊与建昌黑山羊、黔北麻羊同源性最高,均达97.4%,聚为一簇,亲缘关系最近,与牛、恒河猴、狗等物种的同源性最低,亲缘关系远;会理黑山羊MSTN基因编码区共编码375个氨基酸,会理黑山羊MSTN基因编码的各种氨基酸含量相差较大,其中以亮氨酸含量最丰富,达8.80%。本研究为会理黑山羊的遗传资源保护、开发与利用提供了分子遗传学研究基础。 相似文献
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6.
实验利用RT-PCR方法成功克隆了金堂黑山羊的LPL基因序列,全长1 641 bp.对其进行生物信息学分析表明,金堂黑山羊的LPL基因ORF(开放阅读框)长1 437 bp,编码478个氨基酸;与普通山羊、牛、小鼠等哺乳动物相比,核酸同源性为85.5%～99.9%,氨基酸同源性为89.5%～99.8%.两处比较均表现为:与普通山羊的同源性最高,与小鼠的同源性最低;与普通山羊相比,核酸序列只存在第64个核酸发生(A/G)突变,从而导致第22位氨基酸发生(H/R)突变.乙酰化位点分析表明,金堂黑山羊LPL乙酰化位点与其他物种一样,均为第3个氨基酸(丝氨酸).说明金堂黑山羊LPL基因存在种间保守性和特异性. 相似文献
7.
根据牛FSHR基因序列设计引物,以波尔山羊和莱芜黑山羊基因组为模板,应用PCR技术克隆测定了FSHR基因第10外显子序列,并与牛该区段序列进行了比较研究。结果表明,PCR扩增获得的片断为1643bp,三畜种FSHR基因第10外显子长均为1233bp。莱芜黑山羊和波尔山羊的第10外显子序列与牛该序列相比,同源性分别为97.49%和97.41%,分别在31个和32个位点发生碱基突变。均引起10处氨基酸密码改变。波尔山羊该序列与莱芜黑山羊的比,同源性为99.60%,且3个位点有碱基突变,其中 1184和 1365位点突变引起氨基酸密码改变。 相似文献
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为了探究山羊C-X-C趋化因子受体1(C-X-C motif chemokine receptor 1,CXCR1)基因的特点,试验以金堂黑山羊脾脏cDNA为模板克隆了CXCR1基因,借助生物信息学软件及在线软件分析序列,并采用实时荧光定量PCR方法检测CXCR1基因在金堂黑山羊脾脏、肺脏、肌肉、心脏和肠的5个组织中的相对表达量。结果表明:克隆得到的CXCR1基因序列全长为1 140 bp,完整CDS编码区长1 107 bp,共编码368个氨基酸;所得氨基酸序列与牛进行比对,两者同源性为96.8%;编码蛋白为带正电荷、具有疏水性的稳定蛋白;有7个跨膜结构和32个磷酸化位点,无信号肽;二级结构中α-螺旋比例最高,为54.35%;获得的三级结构模型与人的CXCR1蛋白(PDB:2lnl.1.A)同源性最高,为81.49%;氨基酸比对结果与系统进化树结果相近,金堂黑山羊与牛的亲缘关系最近;CXCR1基因主要表达于肌肉和心脏。说明CXCR1基因可能在山羊肌肉发育相关的信号通路中发挥作用。 相似文献
9.
根据牛FSHR基因序列设计引物，以波尔山羊和莱芜黑山羊基因组为模板，应用PCR技术克隆测定了FSHR基因第10外显子序列，并与牛该区段序列进行了比较研究。结果表明，PCR扩增获得的片断为1643bp，三畜种FSHR基因第10外显子长均为1233bp。莱芜黑山羊和波尔山羊的第10外显子序列与牛该序列相比，同源性分别为97．49％和97．41％，分剐在31个和32个位点发生碱基突变。均引起10处氨基酸密码改变。波尔山羊该序列与莱芜黑山羊的比，同源性为99．60％，且3个位点有碱基突变，其中＋1184和＋1365住点突变引起氨基酸密码改变。 相似文献
10.
为了加快我国内羊产业发展,提高肉用绵羊的繁殖力,试验以蒙古羊为研究对象,以FSHβ基因作为绵羊高繁殖力的候选基因,采用RT-PCR技术对蒙古羊FSHβ基因的部分序列进行了克隆与序列分析.结果表明:克隆得到的蒙古羊FSHβ基因全长870 bp,其编码区为250 bp,共编码83个氨基酸,3'非编码区620 bp;采用DNASTAR软件分析得到FSHβ基因序列中的A、T、G、C比例分别为27.36%、21.61%、24.94%、26.09%,G+C含量(51.03%)高于A+T的含量(48.97%);通过与GenBank中其他物种的FSHβ基因cDNA序列进行同源性比较发现,蒙古羊FSHβ基因cDNA序列与牛、山羊、猪和人的同源性分别为95%、98%、92%和75%;由进化树可以看出蒙古羊与牛的亲缘关系最近,与鸡最远. 相似文献
11.
为了解γ干扰素(IFN-γ)基因在金堂黑山羊体内的表达情况,采用RT-PCR法克隆金堂黑山羊IFN-γ基因,用ExPASy网站对其蛋白质结构进行生物信息学分析,并构建系统发育进化树,最后采用荧光定量PCR法检测了IFN-γ基因在健康金堂黑山羊5个组织器官中的表达情况。结果表明:金堂黑山羊IFN-γ基因长580 bp,蛋白质编码区(CDS区)为519 bp,共编码172个氨基酸,氨基酸序列有13个磷酸化位点,在第39位和第106位有2个糖基化位点,三级结构以α-螺旋为主,中间均匀夹杂着无规则卷曲,金堂黑山羊IFN-γ是一种带正电荷的不稳定的亲水性蛋白质;金堂黑山羊与山羊、绵羊、野水牛IFN-γ基因的开放阅读框(ORF)序列同源性均为98%;实时荧光定量PCR检测到IFN-γ在健康金堂黑山羊各组织器官中表达量不同,在脾脏中的相对表达量最高,在心脏和肌肉中几乎没有表达。说明IFN-γ基因较为保守,可能参与山羊的免疫应答反应。 相似文献
12.
TAC1基因在哺乳动物神经系统中广泛表达,其编码蛋白参与季节性生殖活动的调节。该研究对杜泊羊速激肽(Tachykinin,TK)基因序列进行了克隆及生物信息学分析。结果表明:克隆出杜泊羊TAC1基因组序列,得到3个克隆片段。通过生物信息学分析,克隆片段一的长度为860 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达93%,基因片段缺失4%;克隆片段二的长度为881 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达100%,没有基因片段的缺失;克隆片段三的长度为846 bp,经BLAST对比,与云南黑山羊第4号染色体相似度达98%,没有基因片段的缺失,但有3个突变位点,分别为位于85 bp处的G/C突变、位于88 bp处和629 bp处的G/A突变、位于108 bp处和290 bp处的T/C突变。杜泊羊TAC1基因开放阅读框全长423 bp,共编码140个氨基酸。与Gen Bank已发表的其他动物TAC1基因参考序列进行比较,结果显示杜泊羊与绵羊、瘤牛、野猪、猕猴、人和大熊猫的TAC1基因同源性分别为98.9%、97.3%、88.1%、85.8%、85.0%、84.5%。通过蛋白质结构预测,发现杜泊羊TAC1基因编码蛋白没有跨膜结构域。 相似文献
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《黑龙江畜牧兽医》2020,(11)
为了探讨金堂黑山羊转化生长因子β受体1(transforming growth factorβreceptor 1,TGFβR1)基因的基本特点,克隆了TGFβR1基因,并对其核酸序列及编码蛋白进行分析,同时采用qRT-PCR方法检测TGFβR1基因在金堂黑山羊7种组织/器官中的表达情况。结果表明:克隆获得TGFβR1基因的序列长度为1 715 bp(GenBank登录号为MK397779),其开放阅读框(ORF)长度为1 506 bp,共编码501个氨基酸;在同源性比较中,金堂黑山羊TGFβR1序列与西藏绒山羊的同源性最高,达99.9%;TGFβR1蛋白相对分子质量为55.9 ku,等电点为7.19,预测为亲水性蛋白,其二级结构主要为随机卷曲和α-螺旋,有5个O-糖基化位点、3个N-糖基化位点和50个磷酸化位点。组织表达分析显示TGFβR1基因在脾脏中表达量最高。说明TGFβR1基因可能参与了机体的免疫应答。 相似文献
14.
为了研究山羊RF酰胺相关肽(RFRP)与繁殖性状的相关性,试验采用RT-PCR技术和q PCR技术对山羊RFRP c DNA进行克隆、序列分析和组织表达研究。结果表明:金堂黑山羊RFRP基因编码区全长537 bp,编码179个氨基酸; RFRP基因编码区核苷酸序列与山羊、绵羊、牛、野猪、人、褐家鼠和小鼠的同源性为72. 5%~100%;利用NJ法以序列编码区构建物种间分子系统进化树,聚类结果符合动物学分类结果。常年发情的多羔金堂黑山羊垂体RFRP基因表达量显著低于季节性发情、单胎藏山羊(P0. 05),但其他组织的表达量在品种间无显著差异(P0. 05);垂体和卵巢中RFRP基因表达量显著高于子宫和输卵管(P0. 05)。说明RFRP可能是影响山羊季节性发情、排卵活动的重要因素之一。 相似文献
15.
《黑龙江畜牧兽医》2010,(3)
为了加快我国肉羊产业发展,提高肉用绵羊的繁殖力,试验以蒙古羊为研究对象,以FSHβ基因作为绵羊高繁殖力的候选基因,采用RT-PCR技术对蒙古羊FSHβ基因的部分序列进行了克隆与序列分析。结果表明:克隆得到的蒙古羊FSHβ基因全长870bp,其编码区为250bp,共编码83个氨基酸,3′非编码区620bp;采用DNASTAR软件分析得到FSHβ基因序列中的A、T、G、C比例分别为27.36%、21.61%、24.94%、26.09%,G+C含量(51.03%)高于A+T的含量(48.97%);通过与GenBank中其他物种的FSHβ基因cDNA序列进行同源性比较发现,蒙古羊FSHβ基因cDNA序列与牛、山羊、猪和人的同源性分别为95%、98%、92%和75%;由进化树可以看出蒙古羊与牛的亲缘关系最近,与鸡最远。 相似文献
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采用同源序列克隆技术结合RT-PCR和RACE技术,首次从内蒙古绒山羊睾丸组织中克隆出羊CDK2基因的全长cDNA序列（GenBank登录号为EF035041）。结果显示：羊CDK2基因的cDNA序列长为1355bp,5′端非翻译区为174bp,3′端非翻译区为266bp,开放阅读框为894bp,编码298个氨基酸。与牛CDK2基因cDNA序列同源性为98％,氨基酸序列完全一致;和其他哺乳动物CDK2基因的cDNA序列同源性也达92％以上;氨基酸序列同源性为93％以上。说明CDK2在结构和功能上有很高的保守性。 相似文献
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山羊ADD1基因 exon13～18、intron 13～17序列的克隆分析 总被引：1，自引：0，他引：1
提取湘东黑山羊基因组总DNA,用所设计的引物以聚合酶链式反应扩增山羊ADD1基因,并进行克隆测序。通过对克隆所得片段的测序结果分析,得到了山羊ADD1基因外显子(exon)13~18、内含子(intron)13~17序列,并将序列提交GenBank,获两个序列号:DQ483057、DQ455606;对编码序列(exon 13~18)与牛、人同区域进行Blast对比,同源性分别达到了97.43%和86.12%。聚类分析结果表明,在6个物种中,牛与山羊ADD1基因的同源性最高,其它几个物种间同源系数相差不大,在83%至89%之间。 相似文献
18.
云岭黑山羊BMPR-IB基因部分编码区的克隆及多态性分析 总被引：4，自引：0，他引：4
应用RT-PCR方法从云岭黑山羊卵巢组织克隆与产羔性状相关的BMPR-IB基因。结果表明,克隆的BMPR-IB基因扩增片段长467 bp,扩增片段位于该基因编码区第497与963位碱基之间,与已报道的野生型山羊、绵羊、猪、人和鼠的BMPR-IB基因该编码区的同源性分别为99%、99%、92%、92%和87%;与野生型山羊相比,云岭黑山羊BMPR-IB基因第498位和575位碱基存在多态性位点,其中第498位碱基由T突变为C,组成的密码仍编码天冬氨酸（Asp,D）,为同义突变;第575位碱基由C突变为T,编码的氨基酸由脯氨酸（Pro,P）变为亮氨酸（Leu,L）,为错义突变;BMPR-IB蛋白的二级结构在错义突变位点可能具有多种构象。本研究结果为深入研究BMPR-IB基因与云岭黑山羊产羔性状间的关系奠定了基础。 相似文献
19.
贵州地方山羊品种遗传背景的微卫星分析 总被引：4，自引：4，他引：4
用15个牛微卫星位点,以波尔山羊为对照,研究了4个贵州地方山羊品种(贵州白山羊、贵州黑山羊、黔北麻羊、榕江小香羊)的遗传背景。结果:可分析的多态位点6个(BM1258、D1S104、ILSTS030、INRA063、INRABERN192、RM088),占40%(6/15),反应了牛微卫星位点与山羊有较高同源性;贵州地方山羊品种比波尔山羊具有较高的遗传多样性,高低顺序是贵州白山羊>贵州黑山羊>黔北麻羊>榕江小香羊>波尔山羊;群体遗传分化大,群体变异主要存在于品种内,而品种间的变异较小;贵州白山羊与贵州黑山羊遗传距离最近,其次是榕江小香羊、黔北麻羊,与波尔山羊遗传距离最远,这与它们的地理分布及品种形成相符。 相似文献
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《畜牧与兽医》2017,(8):10-15
为探究Kiss-1和GPR54基因在山羊季节性繁殖中的作用,分别在四川省金堂县和理县各选取5只10月龄处于发情前期的藏山羊和金堂黑山羊为研究对象,对Kiss-1和GPR54基因编码区进行序列及组织表达分析。结果显示:金堂黑山羊和藏山羊Kiss-1基因编码区均长408 bp,编码135个氨基酸,两品种间存在2处同义突变。GPR54基因编码区均长244 bp,编码81个氨基酸,两品种间存在1处同义突变;金堂黑山羊Kiss-1和GPR54基因CDs区核苷酸序列与藏山羊的同源性分别为99.5%、99.6%;Kiss-1和GPR54基因在两品种山羊的卵巢、子宫、输卵管、垂体中均有表达,但只有Kiss-1基因在金堂黑山羊垂体中的表达量显著高于藏山羊(P0.05),而在其他组织品种间差异不显著(P0.05)。提示:Kiss-1基因可能参与调控山羊季节性繁殖,而GPR54基因是否是引起季节性繁殖的原因还有待进一步研究。 相似文献