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1.
《江苏农业科学》2018,(20)
利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,简称Cytb)基因和控制区(D-loop)序列作为分子标记,调查洪泽湖湖鲚的遗传多样性。结果表明,Cytb基因和D-loop区序列碱基A+T含量均高于G+C含量,显示碱基组成具有偏倚性。40条Cytb基因序列检出14个变异位点,定义13个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 762±0. 067、0. 0018 2±0. 000 28,平均碱基差异数为2. 073; 40条D-loop区序列检出54个变异位点,定义17个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0. 727±0. 078、0. 006 10±0. 001 00,平均碱基差异数为7. 378。13个Cytb基因单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 004之间,17个D-loop区单倍型之间的遗传距离在0. 001~0. 018之间,邻接法(neighbourjoining method,简称NJ)系统进化树显示单倍型聚为1支。Cytb基因和D-loop区序列中性检测Tajima's D和Fu's F_s结果产生的D和F_s值为负值,且Cytb基因的F_s值统计结果有极显著差异(P 0. 01)。同时,Cytb基因序列的岐点分布图呈现单峰型,均表明洪泽湖湖鲚近期经历了种群扩张。整体来看,洪泽湖湖鲚资源具有较高的遗传多样性,呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性的特征。 相似文献
2.
【目的】探讨6个罗非鱼群体内的遗传多样性及群体间的遗传关系。【方法】利用20个微卫星标记分析6个罗非鱼群体的遗传多样性,研究其群体内遗传多样性和群体间遗传关系。【结果】19个微卫星位点扩增产物具有多态性,每个位点平均等位基因数为7.63;吉富尼罗罗非鱼、广东尼罗罗非鱼、美国尼罗罗非鱼和埃及尼罗罗非鱼遗传多样性较高,其平均杂合度分别为0.6150,0.5999,0.5927和0.6227,平均多态信息含量分别为0.6070,0.5302,0.5095和0.5205,平均有效等位基因数分别为2.8663,3.1321,2.6495和3.3668;而广东和美国2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低,其平均杂合度分别为0.3548,0.3805,平均多态信息含量分别为0.2817和0.2807,平均有效等位基因数分别为1.9338和1.7077。UPGMA系统树分析结果表明,6个罗非鱼群体分为2支,其中2个奥利亚罗非鱼群体聚为一支,4个尼罗罗非鱼群体聚为一支。【结论】4个尼罗罗非鱼群体具有丰富的遗传多态性,而2个奥利亚罗非鱼群体的遗传多样性较低。19个微卫星标记均可用于罗非鱼群体的遗传多样性和系统发生关系的分析。 相似文献
3.
为了研究罗非鱼群体的遗传多样性及其系统进化关系,以尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、奥利亚罗非鱼(O.aureus)、莫桑比克罗非鱼(O.mossambicus)、吉富罗非鱼(GIFT)和3种红罗非鱼(中国台湾红罗非鱼、马来西亚红罗非鱼、以色列红罗非鱼)7个群体为材料,对其线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)的序列进行PCR扩增和序列比对,分析7个罗非鱼群体的遗传变异情况。在324个样品中检测出180个多态性位点和98个单倍型,平均单倍型多样性为0.944,核苷酸多样性为0.036。中性检验Tajima’s D值显示GIFT、莫桑比克罗非鱼和奥利亚罗非鱼群体在经历瓶颈效应和/或纯化选择后种群规模扩大。7个罗非鱼群体间的遗传距离为0.000～0.071,种群遗传分化指数(Fst)值为0.016～0.994。AMOVA分析显示,大多数遗传变异来自群体间(70.78%)。研究还发现,本实验中的奥利亚罗非鱼遗传多样性最低,其余6个群体的遗传多样性较丰富。利用COⅠ基因对7个罗非鱼群体的遗传结构进行分析,丰富了罗非鱼种群特别是红罗非鱼的遗传背景数据,对其种质资源利用具有一定的指导意义。 相似文献
4.
《江苏农业科学》2020,(5)
华鳈(Sarcocheilichthys sinensis)是一种兼具食用和观赏价值的小型鲤科鱼类。采用Cytb和D-loop 2个线粒体DNA序列对洪泽湖、千岛湖和西湖3个群体的45尾华鳈样本进行了遗传变异与遗传结构分析。结果显示,在长度为404 bp的Cytb序列中,共检测出变异位点22个(5.4%),定义了10种单倍型;在998 bp的D-loop序列中,变异位点有40个(4.0%),构成了7种单倍型。2个标记在华鳈群体中的平均单倍型多样性、核苷酸多样性和平均核苷酸差异数分别为0.840±0.033、0.012±0.002、4.759±1.660(Cytb)和0.755±0.036、0.006±0.002、6.430±2.241(D-loop),表现了较高的遗传多态性。遗传多样性大小顺序为洪泽湖西湖千岛湖,3个群体间基因交流较少,表现出极大的遗传分化,此外,分子变异分析结果表明华鳈变异的主要来源为群体内变异。本研究结果将为了解我国东部地区华鳈的遗传多样性现状提供基础资料,同时为华鳈种质资源保护与合理利用提供参考。 相似文献
5.
奥尼罗非鱼及其亲本的微卫星分析 总被引：2，自引：0，他引：2
运用SSR技术对奥利亚罗非鱼（Oreochromis aureus♂）、尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus♀）及其杂交子代（O．aureus♂×O．niloticus♀）的遗传多样性进行了研究。从12对微卫星引物中筛选出8个微卫星特异性位点,其中奥利亚罗非鱼（♂）特异位点7个;尼罗罗非鱼（♀）5个;杂交子代6个。利用这8个位点检测3个群体的遗传结构,共检测到63个等住基因,平均等位基因2．4394个,奥利亚罗非鱼（♂）、尼罗罗非鱼（♀）和杂交子代的平均观测杂合度分别为O．7083、0．9015和0．9787;平均期望杂合度分别为0．5341、0．5761和0．6435,平均多态信息含量（PIC）分别为0．4133、0．4693和0．5584。结果表明,3个群体的遗传多样性水平都较高,其中杂交子代群体的遗传多样性水平最高,奥利亚罗非鱼群体遗传多样性最低;基于Nei＇s遗传距离的聚类分析显示尼罗罗非鱼（♀）和杂交子代的遗传距离较近。 相似文献
6.
利用微卫星分析吉富罗非鱼群体的遗传多样性 总被引：2，自引：2，他引：0
[目的]为吉富罗非鱼种质资源的保护、评价以及育种提供理论依据.[方法]利用微卫星分子标记技术分析广东省化州光辉养殖场有限公司新选育的吉富罗非鱼第16代群体(F16)的遗传多样性.[结果]筛选出的8个微卫星位点在吉富罗非鱼群体中共检测到44个等位基因,各位点的等位基因数为3~8个,平均5.5个,而平均有效等位基因数为4.77个.等位基因片段长度为118~256 bp,平均观测杂合度(H0)为0.8058,平均期望杂合度(He)为0.7292,群体内个体间在不同位点的平均基因多样性为0.7044,群体内平均固定系数(FIS)为-0.2261,平均多态信息含量(PIC)为0.7044.所检测的8个位点均为高度多态位点(PIC>0.5000).[结论]研究所选用的吉富罗非鱼群体的多态信息含量较丰富,具有较高的遗传异质性和较大的选育空间,可作为下一步选育工作的基础选育群体. 相似文献
7.
通过对线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和控制区(D-loop)进行序列特征和遗传多样性检测,分析达氏鳇(Huso dauricus)亲鱼群体30个个体的序列特征及遗传多样性。结果表明,Cyt b基因长1 138 bp,G+C含量为47.03%,共定义单倍型5个、多态性位点(S)2个,简约信息位点1个,单倍型多样性指数(H_d)为0.372,平均核苷酸差异数(K)为0.384,核苷酸多样性指数(π)为0.000 34;D-loop区序列全长845 bp,G+C含量为37.41%,共定义单倍型6个,多态性位点8个,简约信息位点3个,单倍型多样性指数为0.424,平均核苷酸差异数为1.069,核苷酸多样性指数为0.001 27。基于线粒体D-loop与Cyt b序列的研究结果表明,养殖达氏鳇亲鱼群体的遗传多样性偏低,在利用达氏鳇亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的影响。 相似文献
8.
[目的]评价不同吉富罗非鱼群体的遗传多样性,筛选出鉴别不同群体的分子标记,为吉富罗非鱼种质资源保护及其新品种选育提供理论依据.[方法]对48尾来自两个不同群体的吉富罗非鱼进行尾静脉采血,抽提其基因组DNA,应用微卫星标记技术判定其等位基因和基因型,然后采用GenAlEx 6.2、Cervus 3.0和Populations软件进行数据分析,计算有效等位基因数(Ne)等群体遗传多样性相关参数,对两个吉富罗非鱼群体进行遗传差异分析.[结果]从50对微卫星引物中筛选出23对扩增产物稳定、条带清晰、特异性好的引物,扩增出的DNA片段大小在110～388 bp.利用23个微卫星位点,从两个吉富罗非鱼群体中共检测到89个等位基因和163种基因型,平均每个位点的等位基因数(Na)3.8个、基因型7.1种.两个吉富罗非鱼群体的平均观察杂合度(Ho)分别为0.6383和0.5957,平均期望杂合度(He)分别为0.5759和0.5559;23个位点在两个群体中平均多态信息含量(PIC)分别为0.5131和0.4942,平均固定系数(FIS)分别为-0.1184和-0.0718;两个群体间的遗传距离(DA)为0.1287,平均遗传分化系数(FST)为0.135.UNH911、GM141、GM287、GM134等4个位点在两个群体中扩增的条带存在明显差异.[结论]两个吉富罗非鱼群体遗传多样性水平较高,均存在杂合子过剩现象,群体间遗传分化程度中等,具有较强的环境适应能力,且选育空间大.UNH911、GM141、GM287、GM134等4个微卫星位点可作为鉴别两个吉富罗非鱼群体的分子标记,也可用于分子标记辅助育种研究. 相似文献
9.
《西南农业学报》2020,(1)
【目的】为评估施氏鲟和西伯利亚鲟后备亲鱼群体的遗传多样性,为鲟鱼的遗传选育提供参考。【方法】以施氏鲟和西伯利亚鲟亲鱼群体为研究对象,进行了线粒体控制区(D-loop)全序列和细胞色素b(Cyt b)基因序列对比分析,探讨2标记对鲟鱼遗传多样性分析结果的差异与关系。【结果】西伯利亚鲟和施氏鲟Cyt b和D-loop的A+T含量均高于G+C含量,碱基组成具有偏倚性。Cyt b基因在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点5个,单倍型多样性0.151,核苷酸多样性0.00036;在施氏鲟中定义单倍型4个,多态性位点4个,单倍型多样性0.612,核苷酸多样性0.00114。D-loop在西伯利亚鲟中定义单倍型3个,多态性位点2个,单倍型多样性0.385,核苷酸多样性0.00040;在施氏鲟中定义单倍型5个,多态性位点55个,单倍型多样性0.707,核苷酸多样性0.02242。【结论】西伯利亚鲟和施氏鲟亲鱼群体的遗传多样性匮乏,尤其在利用西伯利亚鲟亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的不利影响。 相似文献
10.
为了解安徽省养殖青鱼群体的遗传多样性变化,基于线粒体Cytb基因与D-loop区采用直接测序的方法,分析了安徽省滁州、怀远和无为3个青鱼养殖群体的遗传多样性和群体分化,并评估突变、环境选择和基因流等因素对遗传多样性的影响。结果显示:3个群体具有丰富的遗传多样性(Hd 0.5,Pi 0.05);群体间出现了高度分化(Fst 0.15),但是仍有遗传背景交叉;Cytb基因与D-loop区分别检出9个和41个变异位点;群体间基因交流明显(Nm 1);受到纯化选择作用(Ka/Ks=0～0.099)。 相似文献
11.
[目的]为小尾寒羊的选育和利用提供参考。[方法]选取与小尾寒羊FecB基因紧密连锁的5个微卫星位点(OarHH55、OarJ1A、McM53、BM1329、BM143),分析其在小尾寒羊群体中的多态性,并初步探索其与小尾寒羊高繁殖性能的关系。[结果]5个微卫星位点在小尾寒羊群体中的平均纯合度为0.37,平均杂合度为0.63,说明小尾寒羊微卫星位点存在一定程度的变异。其中,McM53的纯合度最小、杂合度最大,而OarHH55的纯合度最大、杂合度最小。5个微卫星位点均为高度多态性,其中OarHH55、OarJ1A、McM53和BM143的多态信息含量均大于0.6,接近0.7,是较理想的基因选择标记。[结论]该研究结果对小尾寒羊和其他绵羊繁殖性能进行标记辅助选择具有借鉴意义。 相似文献
12.
【研究目的】利用5个微卫星位点对两个SPF莱航鸡封闭群进行了遗传检测,探讨群体内的遗传多态性,以期为实验用鸡遗传质量监测提供理论依据。【方法】PCR扩增后用ABI-3100Avant全自动基因分析仪进行电泳检测,用Genemapper3.1软件进行片段大小分析,收集电泳结果并进行基因分型。【结果】5个微卫星标记在A、B两个鸡群中共检测到20个等位基因,平均为4个;两个鸡群的平均杂合度为0.6211,平均多态信息含量为0.6663,表明所选标记在SPF莱航鸡群中有较高的多态性;adl176位点的180峰仅出现在A群中,188、191两峰在两个群体中的频率相差极大,可作为品系鉴定的理想引物。【结论】大部分微卫星具有多态性,若进行大范围筛查,必能找到一些特异位点为遗传监测所用。 相似文献
13.
【目的】基于微卫星标记特点,采用计算机模拟技术,探讨畜禽保种群遗传多样性的变化过程。【方法】选择30个均匀分布于基因组、具有4—10个等位基因的标记位点,位点间无相互作用;模拟产生的畜禽保种群公母比例为1﹕5、随机交配、各家系随机等量留种、群体规模保持世代恒定,世代间无重叠,群体有效大小分别为Ne=10、20、50、100和200,保种繁殖50个世代,1 000次重复。采用多态性位点数（num-p）、平均等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ae）、观测基因杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、稀有等位基因数（RA）、缺乏丰富位点数（NRP）作为遗传多样性度量指标。【结果】保种群体的遗传多样性总体趋势随保种世代而逐渐降低,不同群体规模遗传多样性的降低速度差异显著,相比基础群,Ne值越大,num-p、Na、Ae、Ho、He和 RA的下降速率越慢,且当Ne=100和200时,num-p基本维持50个世代不变,RA则分别增加0.86%和2.49倍;而Ne值越大,NRP的增加速率越慢。【结论】遗传漂变导致了群体内遗传多样性的丢失。小群体中遗传漂变导致的遗传多样性丢失速度比大群体更高,发生在闭锁群体水平上的有效群体规模的减少将加快基因漂变速度,从而降低保种群体内的遗传多样性。 相似文献
14.
虾夷扇贝群体的遗传结构及微卫星标记与体尺、体重的相关性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
选用39个虾夷扇贝Patinopecten yessoensis多态性微卫星分子标记对大连獐子岛海域虾夷扇贝一个家系群体（以獐子岛海域底播虾夷扇贝和日本产野生虾夷扇贝为父母本交配产生的F1代）的有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）等进行了检测,以卡方检验估计群体Hardy—Weinberg平衡。结果表明：在39个基因座位中共检测到105个等位基因,每个座位检测到的等位基因数为2—4个不等,等位基因片段大小为95～440bp,平均等位基因数为2．70个,平均有效等位基因数为2．40个,观测杂合度平均值0．6280,期望杂合度平均值为0．5240,平均多态信息含量为0．4556,经卡方检验（P〈0．01）值显示多于半数的位点都发生了偏离。采用SAS8．2软件中的一般线性模型（GLM）对39个微卫星标记与虾夷扇贝群体的生长性状进行连锁显著性检验。结果表明：在39个微卫星座位中,HLJX202位点与体重、壳长、壳高、壳宽都显著相关,HLJX109、HLJX196位点与体重、壳长、壳高显著相关,HLJX183位点与壳长、壳高显著相关,而HLJX128和HLJX236位点分别只与壳宽和体重显著连锁。 相似文献
15.
伏牛白山羊6个微卫星标记的遗传多样性分析 总被引：6，自引：1，他引：5
选取位于绵羊第6号染色体上与牛多胎基因FecB紧密连锁的2个微卫星基因座OarAE1 01、BM1329,牛第3号染色体上的微卫星基因座BMS1248,绵羊第4号染色体上的2个微卫星基因座MAF70、OarHH35及牛第8号染色体上的微卫星基因座BM1227,对伏牛白山羊遗传多样性进行检测。结果表明,6个微卫星基因座在伏牛白山羊中共检测到50个等位基因,其中平均多态信息含量(PIC)为0.789,且每个微卫星基因座的PIC>0.5,平均有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(H)分别为5.165、0.903。由此表明,6个微卫星标记均具有高度多态性,可用于伏牛白山羊遗传多样性的分析。 相似文献
16.
滩羊八个微卫星位点的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
选取了8个微卫星位点对甘肃滩羊群体遗传多样性进行检测,计算了等位基因频率、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量.结果表明:位点OarFCB128的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最高(Ne=10.26,H=0.902,PIC=0.885);位点MCM38的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量最低(Ne=6.18,H=0.838,PIC=0.809);8个微卫星位点在滩羊群体中多态性丰富.表明滩羊群体的遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,所选微卫星位点可用于滩羊遗传多样性评估. 相似文献
17.
[目的]分析秦川牛的遗传多样性,加强对该品种资源的保护。[方法]利用15个微卫星座位,运用多重荧光PCR技术对59头秦川牛个体的基因组DNA进行扩增,通过等位基因频率、多态信息含量、基因杂合度和有效等位基因数分析秦川牛品种的遗传多样性。[结果]结果表明:在15个座位的等位基因数为5～18个,平均等位基因数为10.3个;各座位上的杂合度都较高,平均杂合度为0.7959;平均有效等位基因数为5.3066;15个座位中多态信息含量为0.6441～0.8649,均为高度多态。[结论]通过荧光标记可用于牛品种遗传多样性的分析,并可为进一步QTL定位和标记辅助选择研究提供参考。 相似文献
18.
根据比较基因组学方法,利用绵羊6号染色体上与主效多胎基因(FecB)紧密连锁的4个微卫星标记OarAE101、OarHH55、BM1329和BMS2508,对波尔山羊进行了等位基因频率、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度的遗传检测。结果表明,4个微卫星位点在波尔山羊上多态性丰富;OarAE101基因座的多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(He)分别为0.847 4,6.553 1和0.862 8;OarHH55基因座分别为0.767 6,4.302 9和0.796 8;BM1329基因座分别为0.841 4,6.305 2和0.857 6;BMS2508基因座分别为0.783 1,4.6104和0.8096。4个微卫星位点均为高度多态位点,可用于波尔山羊遗传多态性评估和多胎性状研究。 相似文献
19.
绵羊和山羊基于两种标记的遗传分化初步研究 总被引：1，自引：0，他引：1
对湖羊、同羊及长江三角洲白山羊的随机样本分别进行14个结构基因座和7个微卫星标记的遗传检测,比较由2种遗传标记获得的群体基因平均杂合度、多态信息含量及群体有效等位基因数,分别根椐2种类型的基因频率资料,计算3个群体间的标准遗传距离并加以比较.结果表明由微卫星等位基因频率获得的群体基因平均杂合度、多态信息含量及有效等位基因数显著大于由结构基因座获得的,由结构基因座资料计算的3个群体间标准遗传距离为0.026
8～0.248 7,微卫星标记资料计算的3个群体间标准遗传距离为0.232 1～1.231
3,绵山羊群体间显著大于绵羊间.结构基因座和微卫星标记一致揭示了3群体内的遗传变异程度由大到小依次为同羊、湖羊、长江三角洲白山羊;微卫星标记较结构基因座标记更能表达近缘种间进化趋异水平;可将FCB11、MAF33、AE101、FCB128及FCB304位点作为研究绵山羊近缘种间遗传分化的标志性位点. 相似文献