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每个SSR序列的基本重复单元次数在不同基因型间的差异,从而形成其座位的多态性.SSR技术在果树育种中,主要应用在构建遗传图谱、DNA指纹图谱的建立种质资源的遗传多样性等.本文主要简述了SSR标志的原理和特点,并从亲缘关系和遗传多样性、遗传连锁图谱构建及基因定位、DNA指纹和品种鉴定、分子标记辅助育种等方面介绍了近年来SSR技术作为一种新的DNA分子标记技术在果树上的应用现状及前景. 相似文献
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菠萝基因组SSR分子标记的开发 总被引：1，自引：0，他引：1
《果树学报》2010,(4)
实验采用SAM法,以"台农17号"菠萝作为开发基因组SSR分子标记的植物材料,并对开发获得的SSR标记在16个菠萝品种中进行了验证。利用两对锚定引物和12对接头引物筛选菠萝基因组SAM文库,从中开发得到86条含有SSR位点的序列,对这86条序列用MISA软件搜索后得到94个SSR位点,其中单核苷酸重复3个,二核苷酸重复91个。二核苷酸重复仅有2种重复单元,一种是GA/CT,占二核苷酸重复总数的57.14%(52/91),另一种是AC/GT,占二核苷酸重复总数的42.86%(39/91)。研究未发现三核苷酸及以上的重复单元。36对SSR引物对16个材料的扩增结果显示,24对引物能够扩增出清晰、重复性好且符合预期大小的条带,其中13对引物具有多态性,可成为下一步构建菠萝指纹图谱、遗传多样性分析及基因定位等研究中有用的SSR标记。 相似文献
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利用SSR标记技术对12个黄桃品种（系）进行遗传多样性检测.结果发现,SSR标记能够揭示材料间的遗传多样性,从蔷薇科苹果属35对SSR引物中筛选出8对扩增稳定的特异性引物,构建其指纹图谱.8对SSR引物共扩增出78条DNA片段,其中44条具有多态性,多态性比率为54.6％,材料间的遗传相似系数在0.64 ～0.88之间,平均为0.759.通过聚类,从分子水平对黄桃品种（系）的遗传关系进行分析,并对12份黄桃种质材料进行了SSR标记分类,为黄桃种质资源的研究利用提供参考. 相似文献
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【目的】基于‘细榧’(Torreya grandis‘Xifei’)和‘圆榧’(T.grandis‘Dielsii’)种子转录组数据,开发SSR分子标记,为榧属植物遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer 3.0设计引物,随机选择49对引物进行多态性扩增。【结果】在22 976条评估数目中,包含SSR位点5 458个,共鉴定出6种类型的SSR。单核苷酸重复、三核苷酸重复和二核苷酸重复分别占SSR总数的64.9%、18.56%和14.77%。对5 458个SSR位点设计出4 633对SSR引物,随机选择49对在10份榧属植物中进行多态性扩增,其中16对引物表现出多态性,各个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数3个,多态信息含量PIC、观测杂合度Ho、期望杂合度He的平均值分别是0.464 4、0.283 7和0.500 6。【结论】榧树转录组测序数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物。所开发的引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建和分子标记辅助选择育种提供标记选择。 相似文献
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榧树转录组SSR信息分析及其分子标记开发 总被引：2，自引：0，他引：2
《果树学报》2017,(10)
【目的】基于‘细榧’(Torreya grandis‘Xifei’)和‘圆榧’(T.grandis‘Dielsii’)种子转录组数据,开发SSR分子标记,为榧属植物遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer 3.0设计引物,随机选择49对引物进行多态性扩增。【结果】在22 976条评估数目中,包含SSR位点5 458个,共鉴定出6种类型的SSR。单核苷酸重复、三核苷酸重复和二核苷酸重复分别占SSR总数的64.9%、18.56%和14.77%。对5 458个SSR位点设计出4 633对SSR引物,随机选择49对在10份榧属植物中进行多态性扩增,其中16对引物表现出多态性,各个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数3个,多态信息含量PIC、观测杂合度Ho、期望杂合度He的平均值分别是0.464 4、0.283 7和0.500 6。【结论】榧树转录组测序数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物。所开发的引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建和分子标记辅助选择育种提供标记选择。 相似文献
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分子标记技术是基于生物体基因组的遗传分析方法,在植物的亲缘关系分析、遗传多样性分析、遗传图谱构建、分子辅助育种、品种鉴定等研究中已有广泛应用。其中微卫星分子标记(Simple sequence repeats,SSRs)技术作为一种新世纪遗传学研究工具,以其信息量大,重复性好、可靠性高和多态性丰富等优点,在植物遗传育种研究中表现出很大的优势。本文简要介绍了简单重复序列(SSRs)标记的分布、功能、技术优缺点和产生多态性的机理,并对SSR标记在植物遗传多样性、遗传图谱构建、基因定位与克隆、分子标记辅助育种等研究中的应用情况进行了综述,为植物资源利用、开发和保护等研究领域的应用提供参考。 相似文献
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海南椰子栽培品种的SSR标记分析 总被引：2，自引：0，他引：2
应用简单重复序列（SSR）标记方法,对海南的11个椰子栽培品种进行了遗传多样性分析。选取30对引物用于PCR扩增,有23对引物扩增出有效多态性片段136条,平均多态性百分率为95.77%,每对引物扩增出的带数2~12条不等,平均为6.17条,每个SSR位点的多态信息量（PIC）变化于0.173~0.896之间,平均为0.561。11份材料之间遗传相似系数变化范围0.061~0.861,说明海南椰子栽培品种之间存在丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,11个椰子栽培品种分为四个类群和两个亚群。SSR标记反映出的品种间亲缘关系与形态学研究的分类结果并不完全吻合。 相似文献
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分子标记技术在兰花遗传育种中的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
分子标记技术在兰花遗传图谱构建、遗传多样性和物种亲缘关系、分子标记辅助选择、品种（系）指纹图谱构建及杂种纯度鉴定等研究领域可广泛应用.综述了随机扩增多态性DNA标记（RAPD）、扩增片段长度多态性标记（AFLP）、限制性片段长度多态性（RFLP）、单核苷酸多态性标记（SNP）等分子标记的基本原理、主要特点以及在兰花育种研究应用中的情况和展望. 相似文献
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ISSR和SRAP标记技术在兰花植物种质资源研究中的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
分子标记技术在兰花种质资源的亲缘关系鉴定与遗传多样性分析、分子遗传图谱的构建与目的性状基因的标记定位、基因库的构建和基因克隆、辅助育种选择及品种纯度鉴定等研究领域被广泛利用与推广.现从简单重复序列间扩增(Inter-simple sequence repeat,ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术的基本原理、方法、特点以及在兰花植物种质资源的遗传育种中的应用现状和前景进行了综述与探讨. 相似文献
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选取不同品种（系）橄榄成熟果进行转录组测序,结果获得296 314条序列,应用MISA软件进行SSR位点分析,获得86084个SSR位点,分布在70686条序列中,SSR在所检测序列中出现频率为23.86%,其中54735条序列含有两个及以上的SSR位点,占比达68.4%;橄榄转录组中SSR序列以复合型核苷酸、单核苷酸、二核苷酸重复类型为主,三者占SSR总数的88.88%;单核苷酸、二核苷酸重复类型中优势基元分别为A/T、AG/CT/TC/GA。以6个不同橄榄品系（种）为研究对象,对随机挑选的99对SSR引物进行有效性与多态性筛选,最终开发了53个有效性SSR分子标记,12个多态性SSR分子标记。利用开发的12个多态性EST-SSR标记对59份橄榄种质进行多态性评价与群体结构分析,结果共检测到48个多态性位点,香农多样性指数平均0.876,多态信息含量平均0.426。利用混群模型分组、UPGMA聚类和PCA对59份橄榄种质进行群体结构分析,混群模型分析结果与UPGMA聚类结果、主成分分析结果有类群上的交叉,但类群数有所不同,混群模型将其划分为3个类群;UPGMA聚类分析在遗传相似系数为... 相似文献
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SSR标记及其在葡萄上的应用 总被引：3，自引：0，他引：3
SSR(simple sequence repeat)作为第2代基于PCR的一种新型DNA分子遗传标记,数量丰富、多态性高、重复性好、分布于整个基因组、特异位点扩增、发生频率高、共显性遗传。对SSR引物开发,SSR标记在葡萄品种鉴别、系谱重建、遗传图谱构建、商业品种保护等方面的研究进展进行了综述,并指出了未来的研究方向。 相似文献
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《果树学报》2010,(6)
利用磁珠富集法分离出菠萝蜜微卫星位点,并成功设计出菠萝蜜(Artocarpus heterophyllus Lam.)SSR(简单序列重复,Simple sequence repeat)分子标记引物。基因组DNA经MseI酶切后,用生物素标记的简单重复序列做探针与其杂交,杂交复合物固定到包被有链霉亲和素的磁珠上,经过一系列的洗涤过程,含有SSR的酶切片段被吸附到磁珠表面。这些片段经洗脱下来后,先用对应的引物扩增,再进行克隆和测序。实验共挑出83个阳性克隆进行测序,成功设计合成SSR引物19对。并通过这19对SSR引物对20份菠萝蜜种质资源进行分析,全部能扩增出特异性条带,其中18对引物扩增的条带具有多态性,可以作为菠萝蜜分子标记使用。 相似文献
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利用核基因组简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）DNA标记,对11份化州橘红及其相关种质的遗传多样性进行了研究。结果表明：6对SSR分子标记引物共扩增出32个等位基因,每对引物可扩增3～8个等位基因;11份种质在SSR位点上的PIC值介于0.1763到0.4400之间,平均为0.2761。聚类分析表明,在Nei s遗传相似系数0.85处,可将所研究的种质分为6组,其中有5组分布有化州橘红种质,表明化州橘红不同种质间有较大的遗传差异。 相似文献
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ISSR和SRAP标记技术在葫芦科植物种质资源研究中的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
阐述了简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术的基本原理和特点,综述与探讨了分子标记技术在葫芦科植物种质资源的亲缘关系鉴定与遗传多样性分析、分子遗传图谱的构建与目的性状基因的标记定位、基因库的构建和基因克隆、辅助育种选择及品种纯度鉴定等研究领域的广泛利用与推广,以期更合理高效地保护和利用葫芦科植物种质资源。 相似文献