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1.
【目的】 探讨ADIPOQ遗传变异对绵羊生长性状的影响,找到与宁夏优质肉羊培育中生长性状相关的分子遗传标记,为宁夏优质肉羊的分子辅助育种的研究提供依据。【方法】 首先利用液相捕获测序技术获得ADIPOQ在杜泊羊、滩羊和小尾寒羊中的变异位点,同时采集383只3个品种的不同杂交后代群体耳组织,采用飞行质谱技术对确定的SNPs位点进行基因分型检测,并使用Haploview软件对多态性位点进行连锁不平衡分析和构建单倍型,与绵羊初生和3月龄的生长性状进行关联分析。【结果】 共筛选到7个SNPs位点,且7个位点在杂交后代群体中均表现出多态性,SNP1—SNP7位点的优势基因型分别为CC、GG、GG、CT、AG、GG和AA,优势等位基因分别为C、G、G、C、G、G和A。X 2检验发现,所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态（除SNP7位点在所有个体中偏离了平衡）。SNP1（F2代除外）、SNP4、SNP5和SNP6位点在各杂交后代及所有个体中均处于中度多态（0.25≤PIC<0.50）,SNP2和SNP3在F2代及SNP7在H1代群体中均处于中度多态（0.25≤PIC<0.50）,而在其他群体中处于低度多态（PIC<0.25）。连锁不平衡分析发现,SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成了两处强连锁,均构建出3种单倍型,组合后分别形成4和6种基因型,其中优势基因型分别为H1H1和H4H6。将SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后产生13种基因型,其优势基因型为H1H1H4H6。单个位点关联分析表明：SNP1位点在F1代群体中,GG基因型的初生胸围显著高于CG基因型（P<0.05）,在H2代群体中,CC基因型的初生体斜长显著高于CG基因型（P<0.05）。SNP2位点在H1代群体中,CC基因型的初生体高显著低于CG和GG基因型（P<0.05）。SNP3位点在F1代群体中,AG基因型的3月龄体重显著高于GG基因型（P<0.05）,在H1代群体中,AA基因型的初生体高显著低于AG和GG基因型（P<0.05）。SNP4位点在F1代群体中,CC基因型的3月龄体重显著高于CT和TT基因型（P<0.05）,在F2代群体中,CT基因型的初生体重和初生胸围显著高于TT基因型（P<0.05）,在H1代群体中,TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型（P<0.05）,在H2代群体中,TT基因型的初生体高和初生体斜长显著高于CT基因型（P<0.05）。SNP5位点在F2代群体中,AA基因型的初生体高和初生体斜长显著高于GG基因型（P<0.05）。SNP6位点的不同基因型在F2代、H1代和H2代的初生体重、体高、体斜长、3月龄体高和胸围上均有不同程度的显著差异（P<0.05）。SNP7位点在H2代群体中,AA基因型的初生体斜长显著高于GA基因型（P<0.05）。联合所有群体进行分析时发现,SNP2位点CG基因型的初生体重和体斜长显著高于GG基因型（P<0.05）,SNP4位点TT基因型的初生体重显著低于CC和CT基因型（P<0.05）,SNP6位点AA基因型的初生体重显著高于GG和GA基因型（P<0.05）、初生胸围显著高于GG基因型（P<0.05）,其他5个位点的基因型在生长性状上均无显著差异（P>0.05）。单倍型组合关联分析发现：H2H3基因型的初生体重和初生体斜长显著高于其他基因型（P<0.05）;而SNP5-SNP6单倍型组合中,H5H5基因型的初生体重显著高于H5H6和H6H6（P<0.05）、初生体高显著高于H5H6（P<0.05）、初生胸围显著高于H6H6（P<0.05）,H4H4基因型的3月龄体重显著高于H5H5基因型（P<0.05）、3月龄体高和体斜长显著高于H4H6基因型（P<0.05）、3月龄胸围显著高于H4H5、H5H6和H5H5基因型（P<0.05）。SNP2-SNP3和SNP5-SNP6形成的单倍型再组合后,H2H3H4H4基因型的初生体重、体高、体斜长和胸围最高,与其他基因型有不同程度的差异,H1H1H4H6的3月龄体斜长显著低于H1H2H4H4和H2H2H4H4基因型（P<0.05）。【结论】 ADIPOQ的遗传变异对绵羊的生长性状具有不同程度的影响,研究中的7个SNPs位点可以作为宁夏优质肉羊选育中生长性状的潜在分子标记。 相似文献
2.
【目的】验证姜黄素是否能够通过转录因子E2相关因子2（Nuclear factor E2-related factor 2,Nrf2）信号通路减轻H2O2诱导的奶牛乳腺上皮细胞的氧化应激,为防治围产期奶牛代谢紊乱导致的氧化损伤提供理论依据。【方法】培养奶牛乳腺上皮细胞（MAC-T）,用500 μmol·L-1H2O2处理MAC-T细胞24 h后加入不同浓度的姜黄素（0、5、15或30 μmol·L-1）处理3 h;MAC-T细胞转染Nrf2 siRNA 48 h后,用500 μmol·L -1 H2O2处理奶牛乳腺上皮细胞系MAC-T细胞24 h后加入不同浓度的姜黄素（0、5、15或30 μmol·L-1）处理3 h。采用实时定量PCR（Quantitative real-time PCR,qPCR）、蛋白免疫印迹（Western blot,WB）和试剂盒等方法,检测Nrf2的蛋白表达量及下游靶基因NAD（P）H醌氧化还原酶1（NAD(P)H quinone oxidoreductase 1,NQO1）和血红素加氧酶1（Heme oxygenase 1,HO-1）的mRNA及蛋白表达量和超氧化物歧化酶（Superoxide dismutase,SOD）、谷胱甘肽过氧化物酶（Glutathione peroxidase,GSH-Px）、过氧化氢酶（Catalase,CAT）和丙二醛（Malondialdehyde,MDA）等氧化应激相关指标的活性及含量。【结果】（1）H2O2处理组MAC-T细胞中MDA含量显著高于对照组（P<0.01）,而CAT、SOD和GSH-Px的活性显著低于对照组（P<0.01）。15 μmol·L-1姜黄素+H2O2共同处理组和30 μmol·L-1姜黄素+H2O2共同处理组MAC-T细胞中MDA的含量显著低于H2O2处理组（P<0.01）,而CAT、SOD和GSH-Px的活性显著高于H2O2处理组（P<0.05,P<0.01）。（2）H2O2处理组总Nrf2蛋白水平显著低于对照组（P<0.01）,H2O2处理组Nrf2下游基因HO-1和NQO1的mRNA及蛋白表达量也显著低于对照组（P<0.01）。姜黄素处理组总Nrf2蛋白表达水平显著高于对照组（P<0.01）,姜黄素处理组HO-1和NQO1的mRNA及蛋白表达量也显著高于对照组（P<0.01）。姜黄素+H2O2处理组总Nrf2蛋白表达水平显著高于H2O2处理组（P<0.01）,姜黄素+H2O2处理组HO-1和NQO1的mRNA及蛋白表达量也显著高于H2O2处理组（P<0.01）。（3）si-Nrf2组与对照组相比,Nrf2的mRNA表达水平显著降低（P<0.01）。si-Control+H2O2+姜黄素组与si-Control+H2O2组相比,MDA的含量显著降低（P<0.01）,而CAT、SOD和GSH-Px的活性显著升高（P<0.01）。si-Nrf2+H2O2+姜黄素处理组与si-Control+H2O2+姜黄素组相比,MDA的含量显著升高（P<0.01）,而CAT、SOD和GSH-Px活性显著降低（P<0.01）。【结论】姜黄素可以通过增加Nrf2的表达,诱导下游抗氧化分子的转录从而缓解H2O2诱导奶牛乳腺上皮细胞的氧化应激。本研究为防治围产期奶牛代谢紊乱导致的奶牛乳腺上皮细胞氧化损伤提供理论依据。 相似文献
3.
【目的】挖掘小麦籽粒品质性状显著相关的SNP位点及候选基因,并揭示其遗传机理,为相关基因克隆和分子标记辅助选择提供理论依据。【方法】通过检测298份国内外春小麦品种（系）5个环境下蛋白质含量、湿面筋含量、沉降值、淀粉含量、籽粒硬度、出粉率和容重等7个籽粒品质性状的表型,并结合小麦55K SNP芯片,采用Q+K关联混合模型进行全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）。【结果】外引品种（系）、地方品种（系）和育成品种（系）的7个品质性状在不同环境下的变异系数分别为1.3%—13.4%、1.1%—18.6%和1.0%—13.9%。其中,外引品种（系）的蛋白质含量、湿面筋含量和沉降值的变异系数均为最高;新疆自育品种的淀粉含量、籽粒硬度和出粉率的变异系数最大,而新疆地方品种的蛋白质含量、湿面筋含量、沉降值、淀粉含量、籽粒硬度和出粉率6个品质性状的变异系数均介于外引品种（系）和新疆自育品种（系）之间。群体结构分析表明,298份小麦品种（系）可分为3个亚群。其中,亚群1包含128份（43.0%）试验材料,主要是来自新疆的地方品种（系）;亚群2包含24份（8.1%）试验材料,主要包括外引品种（系）和新疆地方品种;亚群3包含146份（48.9%）试验材料,主要是外引品种（系）。连锁不平衡分析表明A、B和D基因组及全基因组的LD衰减距离分别为10、10、6和8 Mb,依据全基因组的LD衰减距离,将在物理图谱上前后8 Mb区间内的位点认定为一个候选位点。通过GWAS共检测到85个与7个小麦籽粒品质性状显著关联的稳定位点（P<0.001）贡献率为3.7%—10.9%。在1B、1D、2D、3A、3D、4A、4B、5A、6A、6D、7A和7D染色体上均检测到稳定且同时与多个性状关联的位点。其中,7A染色体上的AX-109452823—AX-110545157同时与蛋白质含量、淀粉含量、湿面筋含量、沉降值、出粉率和籽粒硬度相关,且同时在4个环境中均被检测到。对稳定的位点进行候选基因发掘,筛选到10个可能与小麦籽粒品质相关的候选基因。其中TraesCS4A01G299800（阳离子氨基酸转运蛋白）、TraesCS7A01G059500（色氨酸脱羧酶）、TraesCS7A01G331200和TraesCS7D01G418700（木葡聚糖内转葡糖基酶/水解酶）对调控小麦籽粒氨基酸含量有重要作用。【结论】检测到85个稳定的且与小麦籽粒品质性状关联的位点,并筛选出10个与小麦籽粒品质性状相关的候选基因。 相似文献
4.
【目的】通过分析陕A群和陕B群选育自交系组配的杂交种产量,评估自交系的配合力,并开展以产量和配合力为目标性状的全基因组关联分析,挖掘产量及其配合力的关联位点,为陕A群和陕B群选育玉米自交系的改良及育种中的应用提供依据。【方法】基于NCⅡ遗传设计,以陕A群和陕B群选育的85份优良玉米自交系为亲本,构建包含246份F1的杂交种群体,在3个环境下进行产量测试,并评估产量的一般配合力和特殊配合力;利用6H90K芯片进行亲本基因型检测,获得63 879个高质量SNP标记,并进行群体遗传特征分析,在杂交种群体推测出高质量SNP标记55 951个,采用加性模型和非加性模型对杂交种产量、一般配合力和特殊配合力开展了全基因组关联分析,并基于B73参考基因组对显著关联SNPs内的基因进行挖掘和功能注释。【结果】3个环境下的产量表现符合正态分布且变异广泛,产量广义遗传力为59.04%,环境效应显著;杂交种产量、一般配合力和特殊配合力三者之间均达到极显著相关性,杂交种产量与特殊配合力的相关性（r=0.95）大于与一般配合力的相关性（r=0.62）;陕A群与陕B群遗传特征具有一定差异,陕A群具有较高的一般配合力。全基因组关联分析分别检测到7、5和9个SNP与杂交种产量、一般配合力和特殊配合力显著相关（-log10(P)>3.86）,其中4个SNP为杂交种产量和特殊配合力共定位,最终锚定了17个关联SNP。对不同性状关联位点的优势等位基因型分析发现,4个GCA关联SNP受加性效应控制,F1产量BLUE关联位点可分为4种表现形式,以显性效应为主,其杂合基因型为最优等位基因型或次优等位基因型。通过功能注释发现,候选基因在玉米生长发育和籽粒建成中特异表达,例如GRMZM2G165828、GRMZM2G057557均与玉米籽粒发育相关。【结论】一般配合力和特殊配合力共同影响杂交种的产量,特殊配合力效应影响更大;一般配合力和特殊配合力具有不同的遗传基础,可通过有利等位基因聚集提高一般配合力。在F1杂交种群体采用全基因组关联分析策略可开展配合力相关遗传解析,挖掘产量及其配合力相关遗传位点,可加速关联位点在分子育种中的应用。 相似文献
5.
【目的】通过研究饲粮中添加不同水平维生素D3（VD3）对快大型黄羽肉种鸡及其子代肉鸡生产性能、胫骨指标与钙磷代谢的影响,确立黄羽肉种鸡VD3需要量,为黄羽肉种鸡营养需要量的制定提供科学依据。【方法】试验采用单因素随机分组设计,选用720只48周龄快大型岭南黄羽肉种母鸡,根据体重和产蛋率一致原则分为6个处理组,每组6个重复,每重复20只,各处理分别饲喂添加0（对照组）、800、1 600、2 400、3 200、4 000 IU·kg-1 VD3的试验饲粮,试验期8周。种鸡饲养试验结束后选取种蛋孵化,子代肉鸡按照种鸡的组别进行分组分栏饲喂（基础饲粮中含1 000 IU·kg-1VD3）,试验期63d。【结果】（1）与对照组相比,添加800 IU·kg-1 VD3显著提高平均蛋重（P<0.05）;添加1 600与3 200 IU·kg-1 VD3显著增加种蛋的蛋壳强度（P<0.05）;添加1 600 IU·kg-1 VD3增加蛋壳厚度（P<0.05）;添加4 000 IU·kg-1 VD3显著提高种鸡脱脂胫骨比例与骨密度（P<0.05）,添加VD3可不同程度地提高种鸡胫骨折断力（P>0.05）;添加VD3可提高种鸡血浆中钙、磷含量,降低AKP活性（P<0.05）。（2）种鸡饲粮添加VD3对子代肉鸡生长性能指标无显著影响（P>0.05）;但与对照组相比,添加4 000 IU·kg-1 VD3显著提高子代鸡胫骨折断力（P<0.05）,添加800、1 600或4 000 IU·kg-1VD3显著增加子代肉鸡胫骨密度（P<0.05）,添加1 600—4 000 IU·kg-1VD3可不同程度地提高子代鸡脱脂胫骨比例（P>0.05）;添加VD3提高了子代肉鸡1日龄血浆中钙、磷含量,降低AKP活性（P<0.05）,但对21、63日龄子代肉鸡无显著影响（P>0.05）。【结论】饲粮中添加VD3显著影响黄羽肉种鸡产蛋性能、种蛋蛋壳品质、肉种鸡及其子代肉鸡胫骨指标与钙磷代谢。综合试验观测与回归模型来估测黄羽肉种鸡VD3需要量,饲粮添加800 IU·kg-1 VD3即可获得最优产蛋性能,1 650—1 828 IU·kg-1 VD3获得最优蛋品质,而获得种鸡和子代肉鸡最优胫骨性状均需要较高的种鸡饲粮VD3水平（4 000 IU·kg-1）。 相似文献
6.
以730只固始鸡和安卡鸡F2代资源群为素材，12周龄屠宰测定体重、屠体重、腹脂重、肌间带宽、皮下脂肪厚，并检测血清17种生化指标，分析生化指标与体脂性状的关系。结果表明：谷草转氨酶、1-谷氨酰转肽酶、胆碱脂酶活性与腹脂率（AFR）、肌间带宽（IFW）、皮下脂肪厚（SFD）均呈显著负相关（P〈0．05）；总胆固醇、高密度脂蛋白、低密度脂蛋白与腹脂率呈显著负相关（P〈0．05）；葡萄糖、甘油三脂、高密度脂蛋白、低密度脂蛋白与肌间脂肪宽呈显著负相关（P〈0．05）；碱性磷酸酶、总胆固醇与皮下脂肪厚呈显著相关（P〈0．05），但相关系数均较小。 相似文献
7.
【目的】通过探究杂合型伴性矮小基因对鸡脂肪沉积的影响,了解其脂肪沉积动态变化的规律,为优质肉鸡和地方鸡种生产性能研究奠定基础。【方法】将正常体型的固始公鸡和广西瑶鸡公鸡（ZDWZDW）分别与正常型母鸡（ZDWW）和矮小型母鸡（ZdwW）交配,将杂交后代在同一条件饲养。分别于60日龄、90日龄、120日龄从每个杂交后代中各选取鸡只100只（公母各半）,进行体尺指标的测定;分别于60日龄和90日龄从固始鸡的杂交群体中各选取鸡只10只（公母各半）,进行体脂含量动态变化的研究;另于120日龄从固始和广西瑶鸡的杂交后代群体中各选鸡只10只（公母各半）,进行体脂含量的测定;采用全自动生化分析仪测试血清生化指标;采用索氏抽提法测定胸肌、腿肌中肌内脂肪（IMF）的含量;通过制作石蜡切片,在显微镜下测定肌纤维直径和肌纤维密度。【结果】杂交后代个体体型均为正常型,固始鸡母本正常型群体的公、母鸡随日龄呈现了不同的脂肪沉积特性。母鸡的体脂指标包括腹脂重、腹脂率、皮下脂肪厚和肌间脂肪宽前期均保持在低水平,在120日龄得到显著提高,而公鸡的体脂水平一直维持在低水平;固始鸡母本矮小型群体公、母鸡随日龄表现了相似的脂肪沉积动态变化特性,120日龄公、母鸡的体脂沉积水平均显著高于60日龄/90日龄;母本矮小型群体公鸡（dw杂合子）表现了完全不同于母本正常型群体公鸡（DW纯合子）体脂变化的特性,其90日龄和120日龄的腹脂重、腹脂率、皮下脂肪厚和肌间脂肪宽均显著高于母本正常型群体公鸡。进一步整合120日龄固始鸡杂交群体和广西瑶鸡杂交群体的体脂数据发现,群体因素对腹脂重、肌间脂肪宽、皮下脂肪厚和胸肌肌内脂肪含量的效应均达到显著水平,特别是母本矮小型公鸡（dw杂合子）的腹脂重、腹脂率、肌间脂肪宽、皮下脂肪厚和胸肌肌内脂肪含量均极显著高于母本正常型公鸡（DW纯合子,P<0.01）。母本矮小型与母本正常型群体间在总胆固醇（TC）、甘油三酯（TG）、低密度脂蛋白（LDL）含量、高密度脂蛋白（HDL）含量上均无显著差异。母本正常型和母本矮小型后代的肌纤维特性包括肌纤维密度、肌纤维面积、肌纤维直径均无显著性差异。【结论】杂合伴性矮小型基因改变了公鸡的脂肪沉积特性,显著提高了公鸡的腹部脂肪、皮下脂肪和肌间脂肪的沉积;改善了胸肌的肌内脂肪含量;而对血脂指标无显著影响;对肌纤维特性无显著影响。 相似文献
8.
【目的】检测绵羊ADIPOQ基因多态性及连锁现状,评估该基因突变对绵羊生长及胴体性状的影响,以期丰富绵羊相关重要经济性状的分子遗传研究基础。【方法】以8个不同品种的商品绵羊为研究对象,利用PCR-SSCP方法检测ADIPOQ基因Exon-1区和Exon-2区变异,利用GLMs模型进行评估该基因突变对绵羊生长及胴体性状的影响。【结果】绵羊ADIPOQ基因Exon-1区和Exon-2区共检测到13个突变位点,其中Exon-2区发现的c.46T/C突变导致编码氨基酸p.Tyr16His转变。Exon-1区等位基因A1和B1为优势等位基因,Exon-2区等位基因A2和D2为优势等位基因,且两个区域的等位基因均存在种群差异,大多数品种在两个区域中的变异为中度多态（0.25<PIC<0.5）,只有美利奴羊在Exon-2区为高度多态（PIC>0.5）,特克塞尔、派伦代和丘陵陶塞特羊在Exon-2区为低度多态（PIC<0.25）;两段区域间存在的突变位点为高度连锁,且趋向于共同遗传（D’=0.952,r 2=0.365）。关联分析结果表明,ADIPOQ基因Exon-1区变异对绵羊生长性状存在性别差异,携带等位基因A1的公羔具有较低的断尾重、断奶重和断奶前生长速度（P<0.05）,而携带等位基因A1的母羔却与生长性状无显著关联;携带等位基因B1的公羔与生长性状无显著关联,但携带等位基因B1的母羔却具有较高的断尾重（P<0.05）;同时发现基因型为B1B1的公羔个体具有更高的断尾重和断奶重（P<0.05）;胴体性状关联分析结果表明,携带等位基因A1的群体具有较低的热胴体重、腰部瘦肉量、后腿瘦肉量和总瘦肉量（P<0.05）,携带等位基因B1的群体则具有较高的后腿瘦肉量、后腿瘦肉比例和较低的肩部瘦肉比例（P<0.05）;基因型为B1B1的个体均有较高的热胴体重、腰部瘦肉量、后腿瘦肉量和总瘦肉量（P<0.05）。 【结论】绵羊ADIPOQ基因的两段区域具有丰富的多态性,Exon-2区域中的c.46T/C为非同义突变。Exon-1区变异影响绵羊的生长性状和胴体性状,淘汰携带等位基因A1的个体和选留存在等位基因B1的个体、或留存B1B1基因型的个体和淘汰A1A1的个体,均可有效改善绵羊后代群体的部分生长性状和胴体性状。 相似文献
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以固始鸡和安卡红鸡杂交建立的F_2代资源群为研究材料,探讨肌间脂肪宽、皮下脂肪厚、腹脂重和腹脂率的遗传分离规律。结果表明:肌间脂肪宽、皮下脂肪厚、腹脂重和腹脂率在F_2代发生了很大的分离,4个性状在不同性别间均呈极显著差异,公鸡极显著低于母鸡;正交群体皮下脂肪厚显著低于反交群;肌间脂肪宽、皮下脂肪厚、腹脂重和腹脂率在家系间存在极显著差异;体重等级对4个脂肪相关性状的效应在公、母鸡群间有明显差异,体重等级对公鸡脂肪性状的影响较弱,仅对公鸡肌间脂肪性状有显著影响,而对母鸡的肌间脂肪宽、皮下脂肪厚、腹脂重和腹脂率的影响均达极显著水平。结果提示该资源群体可有效地用于脂肪相关性状的定位和功能基因的克隆。 相似文献
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针对南疆枣种植品种单一,无法满足多元化市场需求的现状,本研究综合评价引进枣品种,为筛选出适合当地立地条件的优良枣品种提供依据。本研究以新疆南疆引进的20个枣品种为供试材料,评价果实的外观品质和内在品质,运用主成分分析法对9个性状进行综合分析,建立枣果实品质综合评价模型,为选择优良枣品种提供数据支持。结果表明,9个性状指标提取出5个主成分,分别为可食率因子、酸度因子、果形因子、营养因子、果实硬度因子,累积方差贡献率达85.49%;不同枣品种果实品质的综合评价模型为F综=0.242 8F1+0.203 1F2+0.171 1F3+0.140 1F4+0.097 7F5;综合评价排名前5的品种是长鸡心、上海白浦、茶壶枣、骨头小枣、冬枣,综合评价的结果与实际栽培表现基本一致。 相似文献
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【目的】研究鸡Lpin1基因3′-UTR遗传变异/单倍型及其在品种间的分布，并预测这些变异对miRNA结合位点的潜在效应。【方法】根据鸡Lpin1基因组序列（GenBank登录号：NC_006090）设计一对特异性引物，采用PCR直接测序结合克隆测序的方法，进行鸡Lpin1基因3′-UTR及其邻近外显子在品种间的遗传变异/单倍型分析。【结果】①从6个品种中发现了8个变异位点，包含两个插入/缺失变异。这些变异均位于鸡Lpin1基因的3′-UTR，3′-UTR的变异频率为17SNPs/kb；②在鸡Lpin1基因3′-UTR区域，从固始鸡、卢氏绿壳蛋鸡中分别检测到7个变异位点，未检测到河南斗鸡品种内的变异；③用次要等位基因频率≥5%的6个变异位点（g.11A＞T，g.77C＞G，g.108_109delinsG，g.110_111delinsG，g.270A＞G和g.348G＞T）进行单倍型的构建和分析，从6个品种鸡中共检测到6种单倍型，其中P1和P4单倍型是群体的优势单倍型，频率均大于30%，河南斗鸡仅包含一种单倍型；④g.77C＞G变异可引起多个miRNA结合位点的增加/丢失。【结论】鸡Lpin1基因3′-UTR具有丰富的变异，3′-UTR变异位点/单倍型在品种间的分布存在明显的差异。 相似文献
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【目的】探寻预测陆地棉F1表现的方法,降低育种成本,提高育种效率。【方法】采用60个陆地棉亲本,通过部分NCII交配设计,形成一个由亲本和180个F1杂交组合组成的部分NCII群体,用亲本加性效应（additive effect,A）、一般配合力（general combining ability,GCA）和表型中亲值（mid-parent value,MP）等3种预测方法对F1的产量和纤维品质性状进行预测。【结果】陆地棉皮棉产量杂种优势明显。皮棉产量正向中亲优势的组合占97.78%,中亲优势平均达19.63%;正向超亲优势的组合占79.44%,超亲优势平均达8.47%。3种预测方法对F1表现具有不同的预测效果,其中,以亲本加性效应对F1的表现预测效果最优,其对皮棉产量、铃数、铃重、衣分、纤维长度、纤维强度和马克隆值等7个目标性状预测精度（pearson相关系数）达到0.738—0.928。性状的加性方差分量和亲本杂交次数对预测效果有影响。加性方差分量越大,所有方法的预测精度都越高;随着每个亲本杂交次数的增加,加性效应预测和GCA预测的精度提高,但表型中亲值预测的效果基本无变化。【结论】陆地棉F1的表现可以通过利用包含亲本的部分NCII设计群体和亲本的加性效应进行有效预测,采用“大群体、少杂交”的策略可以在保持预测效果的同时降低预测的工作量。 相似文献
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【目的】明确F3代波杂山羊XKR4基因多态性与生长性状的关联性,筛选出优异基因为后期培育新品系提供理论依据。【方法】以F3代波杂山羊为研究对象,通过血液DNA混池测序鉴定XKR4基因SNP位点,统计SNP位点的等位基因频率、基因型频率、遗传纯合度（Ho）、期望杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）及多态信息含量（PIC）等,以卡方（χ2）检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并利用SPSS 25.0分析不同基因型与F3代波杂山羊生长性状的关联性。【结果】 F3代波杂山羊XKR4基因Intron-1区域存在2个SNPs位点,分别是C194069A和T194091A。C194069A位点的等位基因频率中C>A,优势基因型为CC型; T194091A位点的等位基因频率中T>A,优势基因型为TT型;C194069A和T194091A位点均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。关联分析结果表明:在初生群体中,T194091A位点AA基因型与其他基因型的体斜长存在显著差异（P<0.05,下同）;在3月龄群体中,C194069A和T194091A位点各基因型的生长性状指标间均无显著差异（P>0.05,下同）;在6月龄群体中,C194069A和T194091A位点AA基因型的体重分别与相应位点的CC基因型和TT基因型存在显著差异;在12月龄群体中,C194069A位点AA基因型在体重和胸围方面均极显著优于CC基因型（P<0.01,下同）,在体高方面与CC基因型存在显著差异,T194091A位点AA基因型的体重、体斜长分别与TT基因型呈显著或极显著差异。此外,在0~6月龄和0~12月龄,C194069A和T194091A位点AA基因型的日增重与CC基因型和TT基因型分别存在呈显著或极显著差异。【结论】 F3代波杂山羊XKR4基因存在2个SNPs位点（C194069A和T194091A）,且均表现为AA基因型个体的生长性能优于其他基因型个体,即XKR4基因可作为F3代波杂山羊生长性状的候选基因。 相似文献
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【目的】筛选优异亲本和强优势杂交组合选育，为棉花F2生产应用提供理论依据。【方法】以8个核背景不同的陆地棉材料为亲本，采用5×3的NCⅡ遗传交配设计，在大田环境条件下，测定亲本、F1、F2和对照品种苗期株高、叶片SPAD值和光合作用参数。【结果】株高、SPAD值和净光合速率的广义遗传力和狭义遗传力较高，部分性状的F2遗传力高于F1。苗期各性状一般配合力好的亲本为P1(中901)、P2(ZB)、P6(大桃)和P7(Z98);杂交组合F1和F2在苗期性状(株高、SPAD值、净光合速率、气孔导度、胞间CO2浓度、蒸腾速率)中特殊配合力表现较好的为组合2(中901×Z98)、组合5(ZB×Z98)、组合7(SJ48×DT)。15个杂交组合的F1和F2在苗期各性状中较对照表现出不同的竞争优势，... 相似文献
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目的 获得与甜瓜抗霜霉病基因连锁的分子标记或功能标记,用于甜瓜分子标记辅助选择育种。为进一步克隆甜瓜抗霜霉病主效基因奠定基础。方法 以野生高抗霜霉病资源DM-4和感病自交系DM-2为亲本,构建F2代分离群体,利用BSA-seq对甜瓜抗霜霉基因进行QTL定位,开发InDel分子标记,并在双亲及其F2群体单株进行筛选验证。结果 甜瓜抗霜霉病主效QTL位于第9号染色体。在候选区间开发了37个InDel分子标记,有9个PCR产物大小在抗、感双亲表现出差异,用F2单株验证,结合田间表型鉴定结果,引物InDel 15和InDel 20准确率分别为95 %和98 %,引物InDel 15和InDel 20在抗病亲本中扩增产物大小分别为251和349 bp,在感病亲本中分别为231和324 bp。结论 引物InDel 15和InDel 20可以作为分子标记进行抗霜霉病辅助选育,加快了甜瓜抗霜霉病育种速度。 相似文献
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【目的】筛选出F3代香苏杂交猪Dickkopf-1基因(DKKI)的单核苷酸多态性位点(SNPs),并分析基因多态性与生长性状的关联性,为培育香苏杂交猪新品系提供参考依据,同时为深入研究DKK1基因生物学功能打下基础。【方法】通过DNA混池测序的方法对164头F3代香苏杂交猪群体DKK1基因进行SNPs鉴定,采用Excel 2017计算不同基因型的基因频率、基因型频率、遗传纯合度(Ho)、期望杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)及多态信息含量(PIC),以卡方(χ2)检验分析基因型是否处于Hardy-Weinberg平衡状态,并在此基础上分析F3代香苏杂交猪SNPs位点与生长性状的关联性。【结果】在F3代香苏杂交猪DKK1基因的Exon-3,4区域发现6个SNPs位点,分别是A2010T、G2012C、C2014T、A2040C、C2042A和G2044C。6个SNPs位点的Ho均高于He,其中,A2010T、G2012C、A2040C、C2042A和G2044C等5个SNPs位点的PIC处于中度多态水平,C2014T位点的PIC则处于低度多态水平。χ2检验结果表明,仅C2042A位点处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态(P<0.01),其他5个SNPs位点(A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C)均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。关联分析结果表明,F3代香苏杂交猪DKK1基因A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C位点的不同基因型在体高、胸围、管围、胸深和腿臀围方面表现出差异显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)。【结论】F3代香苏杂交猪DKK1基因A2010T、G2012C、C2014T、A2040C和G2044C位点不同基因型与体高、胸围、管围、胸深和腿臀围呈显著或极显著相关,可作为培育新品系的主效候选基因或与主基因紧密连锁的分子标记。 相似文献
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【目的】探讨不同生长速度鸡品种（配套系）线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据。【方法】以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系（中快速型5个、慢速型3个）、2个地方鸡种（固始鸡、藏鸡）、2个引进鸡种（隐性白羽鸡、安卡鸡）、1个白羽肉鸡（罗斯308）、817杂交肉鸡以及1个高产蛋鸡配套系（大午褐壳蛋鸡）共计15个鸡种为研究对象,采集血液提取DNA后进行PCR扩增,对15个鸡种共683个个体mtDNA D-loop区全序列进行测序,使用DnaSP 5.10软件分析各个鸡种遗传多样性和单倍型特点,使用MEGA 4.0软件计算种间遗传距离,构建不同单倍型与红色原鸡之间NJ系统发育树,分析起源和亲缘关系。【结果】15个鸡种线粒体D-loop区全序列大小为1 231—1 232bp,序列长度为1 231 bp的个体在859 bp处存在C碱基缺失。683个个体共检测到45个变异位点,组合为53个单倍型,可以分为A、B、C和E共4个单倍型群,其中中快速型肉鸡、817杂交肉鸡以及高产蛋鸡均是E单倍型为优势单倍型（≥48.89%）;慢速型黄羽肉鸡中鸿光黑鸡优势单倍型为B单倍型,京海黄鸡优势单倍型为A单倍型,雪山鸡4种单倍型相对均衡,3个慢速型黄羽肉鸡配套系E单倍型比例≤38.46%;地方鸡种中固始鸡的单倍型为A和C型,藏鸡的单倍型为A和B型。15个鸡种单倍型多样度（Hd）分布在0.496—0.853,核苷酸多样度（Pi）分布在0.00146—0.00673,遗传多样性相对丰富的品种（配套系）是新兴矮脚黄鸡、雪山鸡、京海黄鸡和罗斯308;遗传多样性程度相对较低的品种（配套系）是藏鸡、高产蛋鸡、安卡鸡、新兴麻鸡4号和墟岗黄鸡1号。15个鸡种Kiumura双参数距离范围为0.0016—0.0113,其中罗斯308种内遗传距离最大,而817杂交肉鸡和高产蛋鸡的种内遗传距离最小;种间遗传距离最大为高产蛋鸡与藏鸡之间,最小为高产蛋鸡与817杂交肉鸡之间;中快速型黄羽肉鸡配套系相互之间遗传距离相对较小,而与慢速型黄羽肉鸡配套系以及地方鸡种之间遗传距离相对较大;京海黄鸡和鸿光黑鸡均是与藏鸡遗传距离最小。聚类分析显示,A、B单倍型群与红色原鸡滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型与红色原鸡印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与红色原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种以及印尼亚种交叉聚为一枝。【结论】不同生长速度鸡种之间线粒体D-loop区遗传多样性程度差异较大;E单倍型与肉鸡生长速度具有较强的相关性,中快速型群体均以E单倍型为优势单倍型,而慢速型群体E单倍型比例均低于40%;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,显示其在中性选择下被驯化。研究结果为肉鸡品种选育和溯源以及资源化开发利用提供了理论依据。 相似文献
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【目的】 地方品种黄鸡是中国重要的家禽遗传资源,系统评估其遗传多样性水平,为提高利用率和制定科学的保护策略提供依据。【方法】 对新测的694份样本和下载的589份样本,合计28个中国南方地方品种黄鸡共1 283份的线粒体DNA片段（D-loop,519 bp）遗传多样性进行整合分析,构建单倍型中介网络图,通过单倍型地理分布格局、主坐标分析、分子变异分析和中性检测,确认其内部的群体遗传结构和群体历史。通过分析亚洲和太平洋地方鸡线粒体DNA地理分布格局,推测中国南方地方品种黄鸡稀有单倍型类群的来源。【结果】 从1 283份样本检测到101个变异位点,其中92个为多态位点。定义了169种单倍型,归属于6个单倍型类群A-E和G,其中A-C和E为优势单倍型类群,D和G为稀有单倍型类群,占总体样本比例分别为15.43%、49.26%、18.55%、16.37%、0.31%和0.08%。河南省单倍型类群最丰富（6个）;广东省单倍型数量最多（61）,浙江省（19）和海南省（12）较少。单倍型类群A和B在28个黄鸡品种中均有分布;D只分布于淮南麻黄鸡、固始鸡、宁都黄鸡和霞烟鸡中;G只分布于固始鸡中。从单倍型类群D的分布频率和单倍型数量来看,中国南方地方品种黄鸡单倍型类群D可能来源于东南亚地区。从单倍型类群G的地理分布和中介网络图来看,河南和南亚的单倍型类群G可能来源于中国西南地区。中国南方地方品种黄鸡总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.903±0.005和0.01269±n.d.。河南省和湖南省的单倍型多样性和核苷酸多样性最高,分别为0.916±0.011、0.01358±0.00039和0.913±0.012、0.01345±0.00042;海南省的单倍型多样性最低（0.736±0.076）,江西省的核苷酸多样性最低（0.00981±0.00072）。在不同地方品种间,淮南麻黄鸡、固始鸡和郧阳大鸡的单倍型多样性最高,江汉鸡、淮南麻黄鸡和黄郎鸡的核苷酸多样性最高,洪山鸡、广西三黄鸡和萧山鸡的单倍型多样性和核苷酸多样性最低。文昌鸡与河田鸡的遗传关系最近,与历史记载相吻合。地方品种黄鸡群体遗传分化不明显,分子变异主要来源于品种内。中性检测显示黄鸡在品种水平上近期未经历明显种群扩张,但单倍型类群A、B和E经历明显的扩张历史。【结论】 结果表明地方品种黄鸡总体上保留着较高的遗传多样性水平,处于较好的保种状态,但洪山鸡、萧山鸡和广西三黄鸡应加强保护。地方品种黄鸡存在杂交现象,整体上经历了群体扩张历史。东南亚和西南地方鸡对中国南方地方品种黄鸡有一定的遗传贡献。 相似文献
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【目的】构建甜瓜高密度遗传图谱,为研究甜瓜重要性状基因定位及功能分析奠定基础。【方法】以甜瓜材料K7-4(高抗霜霉病)和K7-2(高感霜霉病)为亲本,杂交再自交得到 F2分离群体。构建GBS文库并进行双末端测序,使用滑动窗口的方法进行基因型分型,SAM TOOLS软件检测SNP位点,采用Joinmap 4.0软件进行排图,用perl SVG模块绘制连锁图,用win QTL cart 2.5进行QTL检验,根据复合区间作图法,使用R/qtl软件包进行QTL定位。【结果】构建了总长为4 823.55 cM的遗传图谱,标记间平均遗传距离为1.43 cM。在苗期、生长中期和生长后期共检测到26个与甜瓜霜霉病性状相关的QTL。【结论】基于GBS-seq技术获得了甜瓜高密度遗传图谱,最终将抗霜霉病基因关联到CM3.5.1_scaffold00005上的6,831,227~7,830,935 bp,约1Mb的区间范围内。 相似文献