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1.
本研究采用F1代群体简化基因组测序(RAD-seq)技术，构建了光皮树亲本的遗传图谱。统计结果显示，SNP基因分型共57 089个，校正后为57 071个，基因型为hk×hk、nn×np和lm×ll。过滤与筛选后统计占比，hk×hk为28.59%,nn×np为14.52%,lm×ll为12.92%。通过对F1代进行连锁遗传图谱标记，9个连锁群综合遗传距离从93.26到241.02 cM不等，综合覆盖图距为1 260.94 cM,平均每个连锁群1 091个标记，标记数最大的连锁群是Lg1,标记数为1 744个；标记数最小的连锁群是Lg9,只有579个。通过对SNP标记数、标记距离和覆盖图距3个参数指标进行相关性分析，SNP标记数与覆盖图距呈极显著正相关，相关系数0.907。本研究构建了光皮树高密度遗传图谱，为其农艺性状定位与基因挖掘奠定了良好的基础。 相似文献
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利用FsLinkageMap2.0和JoinMap4.0软件构建响叶杨×银白杨F1遗传整合图谱,在重组率为0.245时,二者构建的遗传框架图都包含20个主要的连锁群(4个以上标记),但2个遗传框架图的图距大小差异显著,利用JoinMap4.0构建的遗传图谱的标记排列顺序更加符合杨树一致性图谱上的标记排列顺序.估计杨树基因组总长度为2 695.56 cM,图谱的基因组覆盖度为93.34%.将利用MapMaker3.0和FsLinkageMap2.0构建的母本响叶杨的2个遗传图谱进行对比,共检测到32个对应连锁群和113个相同标记,利用FsLinkageMap2.0构建的响叶杨的遗传图谱上共显性标记的排列顺序与标记在杨树全基因组中的相对位置更符合. 相似文献
3.
枣高密度遗传图谱的构建与树干直径的QTL分析 总被引：5，自引：1，他引：4
以冬枣×临猗梨枣杂交F1代的150株个体为作图群体,利用AFLP标记和RAPD标记,对已有的枣遗传连锁图谱进行加密,构建1张包含388个AFLP标记和35个RAPD标记、由15个连锁群组成的高密度枣遗传连锁图谱,覆盖基因组总长度1309.4 cM,标记间平均距离3.1 cM.与原图谱相比,总图距增加72 cM,标记间平均距离缩短0.8 cM,大于10 cM的标记间隔减少7个,图谱饱和度显著提高.在新构建图谱的基础上,利用JionmapQTL4.0软件,首次对控制枣树干直径性状的QTL进行分析.共检测到控制枣树干直径的QTL 6个,分布在5个连锁群上,分别可解释38.1%,10.0%,14.4%,10.1%,13.4%和31.0%的表型变异值. 相似文献
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基于SSR和SRAP标记的簸箕柳×绵毛柳遗传框架图 总被引：2，自引：0，他引：2
以簸箕柳×绵毛柳的F1代为作图群体,构建1份柳树遗传连锁框架图,该图谱包含117个标记(56个SSR,54个SRAP,5个SCAR和2个性别标记),图谱总图距为1 631.4 cM,标记间平均图距为14.1 cM.估算柳树基因组的大小为2 261.39 cM,总的图谱覆盖率为72.14%.2个性别标记Sex-F和Sex-M被定位于该图谱第1和第17连锁群上,在第1连锁群上存在与雌性性别共分离的标记位点SCAR_AE08-780-5.通过基因组图谱初步比较研究发现,柳树框架图与毛果杨全基因组之间共有46个同源标记、15个同源连锁群,80.95%的同源标记具有共线性,这说明杨柳科基因组在进化过程中具有较高的保守性. 相似文献
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以美洲黑杨×青杨F2代为作图群体,利用AFLP和SSR标记技术构建分子连锁图谱。连锁图共有19个较大的连锁群,16个二联体(Doublets),7个三联体(Triplets)和5个较小的连锁群。19个较大的连锁群上包括356个AFLP标记和12个SSR标记,总图距为3382 4cM,标记间的平均间距为9 69cM。估计基因组长度为2607～3319cM,平均为3042cM,同时采用Lander和Bishop的方法计算期望基因组覆盖度,平均值分别为96 7%和98 4%。 相似文献
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利用毛新杨×毛白杨的杂交群体构建了毛新杨×毛白杨的AFLP分子遗传图谱,这个群体对杨树溃疡病的抗性是正态分布。本实验使用AFLP分子标记技术对这一构图群体进行了分析,共选用了19对PstI/MseI引物和4对EcoRI/MseI引物,得到标记662个,其中3∶1标记占43 2%,异倍标记占14 5%,偏分离标记(P<0 05)占48 8%。在双亲整合的图谱中,239个标记形成22个含4个以上标记的连锁群,总图距4418cM,标记间的平均图距是18 5cM。图中还有8个重复位点和7个只与连锁群中的某一个标记连锁,但却无法加入这一连锁群的标记,这可能是由染色体的同源性造成的。此外还得到15个属于双亲共有的只有2～3个标记的小连锁群,13个父本独有的连锁群和21个母本独有的连锁群。 相似文献
8.
为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点。结果表明,利用猕猴桃参考基因组进行电子酶切预测,选择HaeIII酶进行酶切,得到237773个SLAF标签,其双端比对效率为91.40%,酶切效率为96.41%,说明SLAF建库正常。测序后各样品所获得的读长数为1279534~8460233,测序质量值Q30范围为92.61%~94.88%,均值为93.84%,测序获得的GC比例为43.52%~47.18%。共开发1656258个古茶树SLAF标签,样品的平均测序深度为24.21×,其中多态性SLAF标签有462897个,根据所获得的多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共得到2690638个群体SNP标记,根据完整度大于0.8且次要基因频率(MAF)大于0.05的标准进行过滤,得到283376个高一致性的群体SNP标记。 相似文献
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以已构建的尾叶桉和细叶桉RAPD连锁图谱为基础,利用CAPS技术对54个细叶桉EST序列在尾叶桉和细叶桉遗传图谱上的定位研究表明:7个EST序列在作图群体中呈等位片段多态性,包括母本尾叶桉特有的3个(其中1个偏分离)、父本细叶桉特有的2个和父母本共有的2个;共有4个EST-CAPS标记整合到尾叶桉RAPD连锁图谱,分散于不同的连锁群,各连锁群大小均有小幅增加;细叶桉RAPD连锁图谱上也整合了4个EST-CAPS标记,分散于不同的连锁群,各连锁群大小均有不同程度的增加;另外,尾叶桉上的1个偏分离标记未整合到任何连锁群.EST-CAPS可以有效用于桉属树种遗传图谱构建. 相似文献
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以已构建的尾叶桉和细叶桉RAPD连锁图谱为基础，利用CAPS技术对54个细叶桉EST序列在尾叶桉和细叶桉遗传图谱上的定位研究表明：7个EST序列在作图群体中呈等位片段多态性，包括母本尾叶桉特有的3个（其中1个偏分离）、父本细叶桉特有的2个和父母本共有的2个；共有4个EST—CAPS标记整合到尾叶桉RAPD连锁图谱，分散于不同的连锁群，各连锁群大小均有小幅增加；细叶桉RAPD连锁图谱上也整合了4个EST—CAPS标记，分散于不同的连锁群，各连锁群大小均有不同程度的增加；另外，尾叶桉上的1个偏分离标记未整合到任何连锁群。EST—CAPS可以有效用于桉属树种遗传图谱构建。 相似文献
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美洲黑杨×青杨木材性状QTLs定位研究 总被引：8，自引：0，他引：8
利用来自 87个F2 代单株的 81 0个标记 (784个AFLP标记和 2 6个SSR标记 )构建了美洲黑杨×青杨杂种分子连锁遗传图谱。该图谱包括 1 9个主要连锁群 ,共有 36 8个标记 (35 6个AFLP标记和 1 2个SSR标记 )。框架图总图距为 3382 4cM ,平均标记间距为 9 6 9cM。利用区间作图法在LOD≥ 2 ,检测区间为 2cM条件下检测到 8个与木材性状有关的QTLs。其中与木材基本密度关联的 3个QTLs贡献率分别为 2 7 1 %、2 7 1 %、2 5 5 % ,与微纤丝角关联的QTLs贡献率为 1 8 6 % ,与纤维长度关联的QTLs贡献率为 4 8 9% ,与纤维宽关联的 3个QTLs贡献率分别为 1 7 4 %、2 7 4 %和 4 8 3%。这 8个QTLs遗传作用方式均为超显性 ,其中只有 2个与基本密度关联的QTLs来自于美洲黑杨 ,其余 6个均来自于青杨。 相似文献
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以毛新杨无性系TB0 1×毛白杨无性系LM5 0的回交子代 12 0株个体为作图群体 ,对控制叶片表型性状如叶长、叶宽、叶面积和叶柄长以及春季萌芽时间共 5个性状的数量性状位点 (quantitativetraitloci,QTLs)进行分析。运用AFLP标记技术结合拟测交作图策略构建了含有 393个AFLP标记的毛白杨及毛新杨的遗传连锁框架图。毛白杨遗传图上共含有 2 4 7个AFLP标记位点 ,连锁位点覆盖毛白杨基因组总长约 32 6 5 1cM ,而毛新杨遗传连锁图上共含有 14 6个标记位点 ,连锁位点覆盖毛新杨基因组总长约 1992cM ,这些连锁图的每一连锁群上含有的标记数为 4～ 30个。在此基础上 ,利用区间作图软件共检测到控制叶片表型性状的QTLs14个 ,位于 9个连锁群上 ;而对于春季萌芽时间共检测到 3个QTLs,分别位于 3个不同的连锁群上。在检测到的 17个QTLs中 ,每一QTL可解释表型变异的 7 6 %～ 15 8%。此外 ,发现控制叶长、叶宽和叶面积等相关性状的QTLs位于相同的基因组区域 ,这些QTLs主要位于毛白杨遗传连锁图的TLG2和TLG11以及毛新杨连锁图的TBLG1连锁群上。据控制叶片表型和春季萌芽时间的QTLs所处的基因组区域 ,可推测叶片表型和春季萌芽时间这两类性状是由各自相应的基因控制。 相似文献
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贵州白花泡桐种源试验苗期初报 总被引：1，自引：1，他引：1
白花泡桐(Paulownia fortunei)是泡桐属内分布区域最广的树种,我省现有四种泡桐也以白花泡桐分布最广。白花泡桐由于长期自然条件的影响及基因与环境交互作用的结果,其群体问及群体内个体间都存在着不同程度的差异,并表现出不同的经济效益。因此把白花泡桐自然分布各地理区域的地方群体和优良单株集中于一个或多个地点进行试验,就可以比较鉴定种源间及种源内个体间变异的差异,并为选择最优种源及单株提供科学依据。 相似文献
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为了解金花茶种质的遗传关系,利用SLAF-seq测序技术对在不同地区收集的25份金花茶种质与山茶科其他5份种质进行测序。以猕猴桃基因组为参照,对金花茶基因组DNA酶切构建SLAF-seq文库,利用SLAFseq测序技术对其进行高通量测序、SNP标记开发及其进化关系分析,在多态性SLAF标签上开发特异性SNP位点,最后根据SNP位点构建25份金花茶种质与山茶科其他5份种质的进化树。最终共开发1471113个SLAF标签,其中多态性SLAF标签有69597个;共得到443819个群体SNP位点,其中高一致性的群体SNP位点119452个。遗传分析结果表明,金花茶种群的遗传多样性水平较高,可分成2个大的类群,其中第2类群包含了全部收集的金花茶种质,其又可分为3个亚族,这3个亚族的分化有明显的地域特征。第1亚族主要是来源于越南的金花茶品系,第2亚族由2个越南的金花茶品系和5个中国的金花茶品系组成,第3亚族全部由来源于中国的金花茶品系组成。研究结果从基因组水平揭示不同地区金花茶种质之间的遗传关系,所开发的SNP位点可进一步用于金花茶种群的进化分析、重要性状的关联分析等。 相似文献
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美洲黑杨(Populus deltoides Marsh)×青杨(P.cathayana Rehd.)分子连锁图谱的构建 总被引：19，自引：3，他引：16
利用随机扩增ＤＮＡ多态性ＲＡＰＤ方法，在美洲黑杨（Ｐ．ｄｅｌｔｏｉｄｅｓＭａｒｓｈ）×青杨（Ｐ．ｃａｔｈａｙａｎａＲｅｈｄ．）３代谱系中分析分子标记，构建出第１张美洲黑杨×青杨分子连锁图谱。共从３００个１０ｍｅｒ随机引物中筛选出７９个适合引物，检测出可供构图的分离标记１８０个。该图谱由２０个连锁群，１１０个ＲＡＰＤ标记组成。总图距为覆盖基因组总长度的７０３５％，标记间的平均间距为１７２７ｃＭ．连锁群长度在３７１～１８９８，相应标记分别在３～１０。本图谱为杨树抗病、虫和其它性状基因定位提供了框架结构，为实现杨树分子遗传育种迈进了最重要的一步。 相似文献
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《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2020,(10)
【目的】利用ddGBS技术获得桉树树种间高质量SNP标记,为桉树系统分类提供新思路。【方法】通过对14个桉树树种(每个树种各两份样品)进行ddGBS建库测序分析,发掘SNP位点,开展位点注释及核苷酸多样性分析,并且通过IQ-TREE软件采用最大似然法(ML)构建系统进化树。【结果】测序共获得30.49 Gb的数据,平均每个样品的数据量为1.09 Gb;平均Q30为98%,表明测序质量好;平均GC含量(44.0%)与巨桉参考基因组接近;样品与巨桉参考基因组比对匹配率在45.0%～88.9%之间,平均为77.8%。按照数据无缺失、平均测序深度≥4 x、最小杂合比为0.05的条件筛选SNP,最终获得42 222个高质量SNP位点,其中14个桉树树种的特有SNP位点数为428～2 107不等。利用SnpEff软件进行位点注释分析后发现约有12 237个SNPs位于外显子区域。基于最终获得的42 222个高质量SNP位点构建系统进化树,14个桉树树种聚类结果与Hill和Johnson的桉属双蒴盖亚属及伞房属的分类结果一致。【结论】采用ddGBS技术高效发掘高质量SNP位点,可广泛应用于桉树SNP开发。利用开发的高质量SNP位点构建的系统进化树为桉树的进化研究提供了理论支持。通过ddGBS技术进行SNP标记开发及分型将对桉树关联遗传学研究和重要性状QTL定位具有重要意义。 相似文献
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林木遗传图谱构建和数量性状基因定位 总被引：5，自引：1，他引：5
本文简要介绍了９０年代以来利用ＲＦＬＰ和ＲＡＰＤ分子标记的构建林木的遗传连锁图谱，并应用高密度的遣传连锁图谱上的分子标记进行林木重要数量性状的ＱＴＬ作图，进而阐明了控制多基因的数目，确定ＱＴＬ在染色体上的位置，测定单个基因的作用效应，遗传连锁图谱构建和数量性状基因定位预示林木遗传育种研究将产生深刻的变革。 相似文献