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1.
家蚕AFLP分子连锁图谱的构建及其分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以F2代91个个体作为作图群体，为家蚕（Bombyx mori）茧质性状的QTLs定位构建了一张较高密度的AFLP家蚕分子连锁图谱。692个有效位点中的550个构成了a和b亚群，其中a亚群21个连锁群含233个标记，b亚群为28个连锁群含317个标记。a、b亚群中各连锁群上标记数目变化范围在4～43和3～35个，连锁群总长度为1868．10和2677．50cM，连锁群的长度变化在22．3～424．3和2．4～366．5cM，标记的平均图距变化在3．39～17．43和0．80～26．96cM，位点间的平均距离为8．81和9．26cM。平均图距小于10cM的连锁群有14和18个，大于10cM小于20cM的连锁群有7个。连锁群上位点平均数为11．1和11．31个，连锁群的平均长度为89．0和95．6cM。a、b亚群平均总长为2272．8cM，平均图距9．06cM。符合QTLs定位的基本要求。 相似文献
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短季棉育种是缓解我国当前粮棉争地矛盾、实现粮棉双丰收的有效途径。研究短季棉早熟及相关性状的遗传,寻找与其相关基因紧密连锁的分子标记对于短季棉育种具有重要意义。以百棉2号×TM-1组合构建的F2为作图群体,利用SSR标记构建遗传连锁图,采用复合区间作图法对短季棉早熟及相关性状在F2群体中进行QTL定位,构建了一张含152个SSR标记、40个连锁群、总长1010.3cM、覆盖棉花基因组的22.6%、标记间平均距离为5.91cM的短季棉分子标记遗传连锁图谱,得到的40个连锁群已定位到相应的21条染色体上,为短季棉分子遗传图谱进一步饱和奠定了良好的基础;检测出22个控制早熟及相关性状的QTL,其中检测到的主效QTL可用于短季棉标记辅助选择育种。 相似文献
3.
饲草型小黑麦遗传图谱的构建及抗条锈QTL定位 总被引：1，自引：0，他引：1
为构建小黑麦(Triticale(×Triticosecale))F_2代群体的遗传图谱,并对抗条锈病数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)进行定位,本研究以小黑麦杂交F_2代群体为作图群体,利用简单重复序列内部扩增多态性(inter-simple sequence repeats,ISSR)分子标记筛选得到的14对多态性引物对其进行扩增,运用Joinmap 4.0作图软件构建了1张小黑麦遗传连锁图谱,并对抗条锈病QTL进行了定位分析。结果显示,小黑麦遗传图谱包含7个连锁群(分别命名为LG1~LG7),图谱总长度为542.9 cM,标记间平均距离为5.90 cM,总共有92个位点;小黑麦F_2群体184个单株的锈病抗感性呈连续变异,分布频率大致接近正态分布,可用于QTLs定位;运用Map QTL 6.0软件,以LOD≥2.0为阈值,共检测到6个抗条锈病QTLs(QDR1,QDR3,QDR4,QDR5-1,QDR5-2,QDR6),分布在LG1、LG3、LG4、LG5和LG6连锁群上。上述QTL对条锈抗性的贡献率为5.1%~11.2%,QDR5-1为主效QTL,加性效应的变化范围为-0.18~0.27。本研究定位的小黑麦抗条锈病QTL可以为抗条锈病基因克隆、转化、利用及提高抗锈病品种选育效率提供一定的理论依据。 相似文献
4.
为了实现分子标记或基因辅助育种在牙鲆养殖中成功运用,并快速提高牙鲆产量,使用微卫星标记首次构建了国内第一张牙鲆遗传连锁图谱。采用基因组测序的方法,筛选出大量微卫星序列,从中随机挑选1 000条序列设计合成引物,利用2009年建立的第10号家系为作图群体,使用JoinMap4.0软件,构建了牙鲆(Paralichthys olivaceus)SSR标记遗传连锁图谱。雌雄图谱分别由24个连锁群组成,其中雌性图谱标记212个,总长度1 320.4 cM,覆盖率为77.7%;雄性图谱标记198个,总长度1 361 cM,覆盖率为76.1%。每个连锁群长度变动在9.3～116.1 cM之间,连锁群上的标记数在3～21个之间。各连锁群上的SSR标记并不是均匀分布的,其中1、3和8号连锁群存在标记密集区。该图谱能够进行初步的QTL定位分析和基因定位相关研究,为开展牙鲆基因和QTL的精细定位及分子标记辅助育种(MAS)等提供更有效的依据。 相似文献
5.
草莓抗炭疽病遗传图谱及其QTL初分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为获得与草莓炭疽病密切相关的分子标记,需构建高密度与抗病相关的遗传连锁图,本研究以易感草莓炭疽病品种宝交早生（Hokowase）与高抗草莓炭疽病品种甜查理（SweetCharlie）杂交的210个F2代群体材料为作图群体,构建了包含34个AFLP标记和109个SSR标记的分子遗传图谱,并对抗草莓炭疽病相关因素进行了QTL分析。该图谱共包括7个连锁群和133个遗传标记,平均每个连锁群有19个遗传标记。遗传图谱总覆盖长度为451．8cM,标记间平均距离为3．4cM。经复合区间作图法分析得到3个与草莓炭疽病抗性相关基因座（QTL）,其中2个与Colletotrichumacutatum抗性相关,分布在LG3和LG5连锁群上,可解释表型变异的31．6％;1个与Colletotrichumgloeosporioides抗性相关,分布在LG6连锁群上,可解释表型变异的68．4％。 相似文献
6.
利用复合杂交群体定位陆地棉产量性状QTL 总被引：2，自引：1，他引：1
以共同亲本渝棉1号分别与中棉所35和贝尔斯诺杂交F1代,再次杂交得到复合杂交群体.利用6 565对SSR引物对3亲本进行多态性引物筛选,获得92对多态性引物.以多态性引物检测复合杂交群体172个单株的标记基因型,共获得96个标记位点,其中4对引物产生两个位点.构建的遗传连锁图谱包括63个标记、19个连锁群,总长656.0 cM,标记问平均距离10.4 cM,覆盖棉花基因组14.8%.利用多QTL作图方法,以复合杂交群体F2株系的产量性状鉴定结果,检测到7个产量性状QTL,即1个单株铃数(BN)、2个单铃重(BW)、1个衣分(LP)、1个单株籽棉(SC)和2个单株皮棉(LC).7个QTL分布于4条D基因组染色体,其中第19染色体分布4个QTL.同时,不同亲本之间存在产量性状QTL等位基因的差异. 相似文献
7.
插入/缺失（InDel）标记在植物基因组中广泛分布,然而谷子中InDel标记的数量十分有限。为挖掘InDel位点和开发分子标记,本研究基于衡谷12号和长农35号的深度重测序结果,分析其单核苷酸多态性（SNP）、InDel和结构变异（SV）。利用JoinMap 4软件构建连锁遗传图谱,利用WinQTLCart 2.5软件定位株高数量性状位点（QTL）,利用生物信息学、测序和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行候选基因分析。研究表明,3种变异类型数量由多到少排序为SNP>InDel>SV;获得1 392个在衡谷12号和长农35号中具有多态性的InDel标记,多态性率为35.14%,这些标记在谷子9条染色体上分布不均;获得一张包含467个InDel标记的谷子遗传连锁图谱,该图谱总图距448.45 cM,平均图距0.96 cM;利用F2群体定位了4个株高QTL(qPH5-1、qPH5-2、qPH9-1和qPH9-2),进一步利用重组自交系（RIL）群体对其中2个效应值较大的QTL(qPH5-1和qPH9-2)进行验证,结果重新检测到qPH9-2,似然比的自然对数（LOD）值为9... 相似文献
8.
小麦籽粒品质相关性状属于数量性状,由多基因控制。为了探索小麦(Triticum aestivum L.)品质相关性状的遗传基础,以波兰小麦(Triticum polonicum L.)品系XN555×普通小麦品系中13产生的重组自交系(recombinant inbred lines,RILs)群体(包含99个F10株系)为研究材料,采用SSR(simple sequence repeat)分子标记技术构建遗传连锁图谱;根据2012年和2013年的表型数据,采用完备区间作图法(inclusive composite interval mapping,ICIM)定位籽粒硬度、籽粒蛋白质含量、面粉蛋白质含量和湿面筋含量等品质性状QTL。获得了由241个SSR标记位点组成的A、B染色体组的14个连锁群图谱,覆盖基因组1 338.92 cM,标记间的平均遗传距离为5.56 cM。共定位24个品质性状QTL,分布在1A、3A、4A、5A、6A、1B、2B、3B和5B等9条染色体上。其中,籽粒蛋白质含量和面粉蛋白质含量各7个QTL,湿面筋含量和籽粒硬度各5个QTL,4个性状的单个QTL可分别解释表型变异的8.30%～29.69%、6.90%～29.50%、10.10%～18.43%和7.93%～30.49%。两年都在6A染色体的Xbarc104～Xcfa2114标记区间内与Xbarc104相距1.2 cM处检测到湿面筋含量QTL,并于2012年和2013年分别检测出了面粉蛋白质含量和籽粒蛋白质含量的QTL。本研究为利用波兰小麦改良普通小麦以及在小麦品质改良中应用分子标记辅助选择提供依据。 相似文献
9.
缺磷是抑制全球水稻产量主要因素之一。本研究利用Asomonori（粳型）/IR24（籼型）杂交重组自交株系,对5个水稻苗期性状（相对苗高、相对根长、相对根重、相对苗重以及相对总重）在缺磷条件下的响应QTL进行定位。共检测到20个水稻苗期生长对缺磷响应的QTL位点,分别位于第1（4QTLs）、第4（4QTLs）、第5（2QTLs）、第7、第8（4QTLs）、第9（2QTLs）、第11（2QTLs）和第12号染色体上,其中13个QTLs位于与C3029C、XNpb302、C621B、C621C、R2976和C1263分子标记紧密连锁的6个基因组区域上。另外,每个性状均能从双亲中检测到正负效应QTL位点,这些能解释重组自交系群体中出现超亲和连续分布的现象。本文主要报道了水稻第5、第7和第11染色体上存在水稻苗期生长对缺磷响应的QTL位点。研究表明,该结果及其中检测到的QTLs两侧的连锁分子标记可用于水稻苗期耐低磷性分子育种。 相似文献
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抽穗期（headingdata,HD）和株高（plantheight,PH）是水稻（Oryza sativaL.）非常重要的农艺性状。本研究利用金23B（Jin23B）和青谷矮1号（QGA-1）构建的BC3F1群体及其衍生的BC3F2群体通过分子标记定位水稻抽穗期和株高的QTL（quantitativetraitlocus）。构建的遗传连锁图包含105对SSR标记和8对InDel标记,图谱较好地覆盖了水稻12条染色体。两年来共定位到了9个抽穗期相关QTLs,6个株高相关的QTLs,其中抽穗期和株高最大效应都来源于第7染色体。抽穗期QTLqHD7-3在2011年LOD为37.07,可以解释的表型贡献率为41.05%,加性效应为11.68;株高QTLqPH7-2在2011年LOD为43.73,可以解释的表型贡献率为54.17%,加性效应为21.60;2012年LOD为42.66,可以解释的表型贡献率为54.39%,加性效应为19.95。qHD7-3和qPH7-2位于同一区域RM214-RM5543之间,Ghd7也位于这一区间,该QTL可能是Ghd7的等位基因。抽穗期QTLqHD2定位于第2染色体上标记ZH282和RM71之间,在两年内都能检测到,其LOD值分别为4.56和4.99,可解释的表型贡献率分别为4.31%和7.99%。株高QTLqPH4定位于第4染色体上标记RM241和RM317之间,其两年内的LOD分别为2.89和2.67,解释的表型贡献率为9.42%和8.78%。抽穗期QTL qHD2和株高QTL qPH4所定位的区间没有相关的基因或QTL报道,这两个QTL可能含有控制抽穗期和株高的新基因。本研究通过遗传定位证明了株高和抽穗期是由主效QTL和微效QTL共同控制的,并发掘了新的抽穗期和株高的QTL,为育种家利用分子标记辅助选择培育新品种提供更多的选择。 相似文献
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小麦穗部性状是与籽粒产量关系密切的重要农艺性状。本研究以一个由99个株系组成的来源于波兰小麦(Triticum polonicum L.)和普通小麦(Triticum aestivum L.)品系中13杂交后代的F8重组自交系(recombinant inbred lines,RIL)群体为实验材料,利用微卫星(simple sequence repeat,SSR)标记对穗长、穗粒数和有效小穗数进行数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)定位分析。所构建的A染色体组和B染色体组共14个连锁群的遗传连锁图谱由115个SSR标记位点组成,图谱全长822.9cM,标记间的平均遗传距离为7.16cM。采用复合区间作图法在两年的环境中检测到分布在2A、3A、3B、5B和7B染色体上的6个穗长QTL,5个穗粒数QTL和2个有效小穗数QTL,表型变异贡献率分别为9.21%～22.94%,9.18%～19.71%和11.48%～13.01%。两年中都在3A染色体上的Xbarc12～Xbarc310区间内检测到控制穗粒数的主效QTL,说明该QTL较少受环境条件的影响,是一个稳定可靠的穗粒数QTL。该QTL与最近标记的遗传距离为0.01cM,可用于小麦产量性状的分子标记辅助育种。 相似文献
12.
玉米叶夹角和叶向值的QTL定位 总被引：4，自引：0，他引：4
叶夹角和叶向值是评价玉米株型的重要指标。本研究以甜玉米自交系组合T14×T4的F2为作图群体,构建了包含192个SSR标记位点的遗传连锁图谱,覆盖玉米基因组1260cM,平均图距6.56cM。通过测定F2、F2:3家系的叶夹角和叶向值,应用复合区间作图法在两个世代中共检测到26个QTL,其中14个与叶夹角相关的QTL,分别位于第2、5、6、7和8染色体上,单个QTL可解释的表型变异为3.3%～26.2%;12个与叶向值相关的QTL,分布于第1、2、3、7和10染色体上,单个QTL可解释的表型变异为3.1%～20.7%。在第2、3、5染色体上分别检测到1、1、2个同时在F2、F2:3家系都稳定表达的QTL,分别落在区间bnlg1329～bnlg1613、umc1148～umc2275和umc1097～umc1692,可作为相关数量性状基因的候选基因。发现1个同时控制叶夹角和叶向值性状的QTL,位于第2染色体上的bnlg1017-umc2129区间,对两性状的表型贡献率分别为10.8%和10.6%。本研究的结果有望为玉米耐密型育种及分子辅助选择育种提供一定的理论依据。 相似文献
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玉米主要营养品质性状的QTL定位 总被引：3，自引：0，他引：3
淀粉、蛋白质和油分是普通玉米籽粒的主要营养成分.本研究通过SSR分子标记,以玉米(Zeamays L.)杂交种黄C×178的F2群体构建的遗传连锁图,结合2007年重庆(F口2)、2007年海南(F2.3)和2008年重庆(F2:4)三个环境品质检测结果,运用区间作图法,对品质性状进行全基因组QTL扫描,共检测到16个品质性状QTL.其中,油分含量检测到6个位点,解释性状表型变异6.2％～17.8％;蛋白质含量检测到5个位点,解释性状表型变异6.3％～ 12.0％;淀粉含量检测到2个位点,解释性状表型变异6.3％～10.0％.16个QTL多数以超显性和部分显性为主.这16个与品质性状相关的QTL可作为利用分子标记辅助育种途径进行玉米遗传改良的依据. 相似文献
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基于连锁不平衡水稻源库相关性状的关联分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为挖掘水稻源库相关性状优异等位基因,利用分布于12条染色体的6 704个SNP标记与来自31个国家和地区的261份籼稻核心种质资源的剑叶长、剑叶宽、剑叶叶面积、倒2叶长、倒2叶宽、倒2叶叶面积、每穗粒数、千粒重、单株产量共9个源库相关性状进行群体结构、连锁不平衡状况和全基因组关联分析.结果表明,261份籼稻核心种质资源的9个源库相关性状的变异系数介于12.46％ ～26.21％,表型变异丰富.群体结构显示261份籼稻核心种质资源的最适亚群数为3.LD分析表明,SNP位点之间存在着一定程度的连锁不平衡,在显著水平-logP ＞3(P＜ 10-3)下,共检测到68个与9个水稻源库相关性状显著相关的QTL位点,其中与源性状相关的QTL位点55个,与库性状相关的QTL位点13个.在第2、第5和第11染色体上检测到同时影响源库性状的关联位点4个,可能对通过分子标记辅助育种改良品种的源库性状具有重要参考价值. 相似文献
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利用AFLP对桃遗传连锁图的加密及加密前后连锁图的比较分析 总被引：3，自引：0，他引：3
以桃(Pruns persica (L.) Batsch)品种大久保与兴津油桃杂交F2 代109株后代为作图群体，利用AFLP分子标记对已构建的桃遗传连锁图进行加密，在原有作图数据的基础上又增加了35个符合孟德尔分离比例的AFLP标记，其中28个新的标记被加到了遗传连锁图上。应用Mapmaker分析软件将所有的144个标记构建到包含11个连锁群的连锁图谱中，连锁群的总长度为1167.6 cM，覆盖了桃基因组范围的97.3%。连锁群的平均长度为106.15 cM，标记间的平均距离为12.04 cM。与已构建的连锁图比较，发现9个新的标记被加到了第9连锁群，而原有的5个标记丢失了；在第6连锁群，不仅标记间的顺序改变了，而且标记间的平均距离也加大了。另外，第3和第11连锁群间、第1和第10连锁群间，一些标记的位置发生了变化，并对产生这些差异的原因进行了初步分析。 相似文献
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桃作为果树中的模式植物,许多重要的质量性状基因已被定位,呈数量性状遗传的果实成熟期是桃的重要经济性状。本研究以大久保桃(Prunus persica(L.)Okubo)自交后代为群体,通过群体分离分析法(bulk segregation analysis,BSA)法对果实成熟期主效基因进行简单重复序列(SSR)标记,在165对SSR引物中筛选出3对与桃果实成熟期相关,分别为:显性标记UDP96-003和共显性标记BPPCT015、UDP97-402。通过对随机群体中的电泳结果进行FsLinkageMap2.0软件分析和单标记方差分析,得出3个分子标记在一个连锁群上,相对顺序依次为UDP96-003、UDP97-402和BPPCT015,且两两间遗传距离分别为21和13.2cM,且均与果实成熟期主效基因连锁。用FsQtlMap软件对控制桃果实成熟期基因进行区间定位,得出在BPPCT015和UDP97-402之间存在着一个控制桃果实成熟期的主效数量性状基因座(QTL),其LOD值为13.35,效应值达0.623,对果实成熟期的表型平均遗传值分别为qq:84.59d、Qq:100.08d和QQ:115.25d,即该位点单基因效应值约15d。该研究结果对前人的推论提供了实验证据,并将该基因锚定在两个SSR标记之间。 相似文献
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水稻分蘖最大角度的QTL分析 总被引：8，自引：0，他引：8
利用籼稻(Oryza sativa sp indica)协青早B/密阳46所构建的重组自交系(RIL)群体(XM-RIL)及其相应分子遗传图谱,在海南和杭州两地试验,测量分蘖最大角度,应用检测QTL加性效应、上位性效应和G×E互作效应遗传分析方法,对该性状2个环境下数据进行联合分析.共检测到2个加性效应显著的QTLs,其中,qTA8-2的LOD值为21.7,贡献率为23.2%;qTA9-2的LOD值为22.0,贡献率为19.5%;增加分蘖最大角度的基因前者来自母本、后者则来自父本;这2个QTLs均不存在显著的G×E互作.试验还检测到3对显著的加性×加性双基因互作效应,它们与环境间的G×E互作也均未达显著水平,对该性状表型变异的总贡献率仅为7.69%,显得较为次要. 相似文献
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施氮和不施氮对玉米子粒品质性状的影响及QTL分析 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究以玉米杂交种农大108的F2:4、F2:5家系为材料,构建了包含199个SSR标记,覆盖玉米10条染色体的遗传连锁图谱,图谱总长度2101.1 cM,平均间距为10.6 cM。在施氮（+N）和不施氮（-N）两种条件下对群体进行了鉴定,利用近红外反射光谱(NIRS)方法测定了群体子粒的蛋白质、淀粉、油分和赖氨酸含量。结果表明,在不施氮条件下子粒的蛋白质、脂肪和赖氨酸含量下降,而淀粉含量上升,但不同材料的变化幅度不同。采用复合区间作图法共检测到24个与玉米子粒品质性状相关的QTLs,其中施氮条件下13个,不施氮条件下11个,涉及21个不同位点的QTLs,分布在1,2,3,4,7,9染色体上,且集中在第3染色体上的QTLs有6个,第9染色体上的QTLs有7个,分别占测到总QTLs的28.57%和33.33%。单个QTL贡献率在8.05%~34.31%之间,其中,qPro1a是不施氮条件下与蛋白质含量相关的主效QTL,qOil3b是不施氮条件下与油分含量相关的主效QTL,贡献率分别达34.31%和17.66%。在21个不同的QTLs中,9个表现加性效应,8个表现部分显性。 相似文献
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水旱稻根基粗、千粒重主效QTL近等基因系的构建及鉴评 总被引：4，自引：0，他引：4
近等基因系的选育是分子遗传图谱构建、数量性状基因定位及分子标记辅助育种的重要基础之一。本文利用分子标记辅助目标性状QTL前景选择及恢复轮回亲本基因组的背景选择，再结合表型选择获得了定位在水稻4号、6号染色体上根基粗、千粒重2个主效QTL的近等基因系。其中有9个系入选旱田根基粗主效QTL brt4.1的近等基因系，根基粗的表型值为1.07～1.16mm，较轮回亲本越富提高6.11％～15.18％，平均遗传背景恢复率达97.22％；千粒重主效QTL的近等基因系有11个系入选，千粒重的表型值为21.25～26.25g，较轮回亲本越富的增幅为7.05％～32.16％，平均遗传背景恢复率为95.97％。另外，本文还就分子标记辅助近等基因系选育中背景选择标记数的确定、基于QTL-NILs的基因克隆等进行了讨论。 相似文献
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水稻汕优63重组自交系重要农艺性状的QTLs和互作分析 总被引：19，自引：1，他引：19
利用水稻（Oryza sativaL.spp.indica)汕优63重组自交系群体241个株系，进行了株高，抽穗期，产量和产量构成因子等9个重要农艺性状分析，定位了这些数量性状的基因位点（QTLs）。结果表明，这些性状在重组自交系群体中均存在双向超亲分离，其分布接近正态分布，共检测到45个主效QTLs和47对互作QTL位点影响上述9个性状，贡献率为2．83％－28．46％，第7染色体C1023－R1440区间为最适跃区段，同时检测到5个性状的主效QTL与3个性状的互作有关，为典型的一因多效现象，为分析水稻杂种优势和分子标记辅助选择提供了理论基础。 相似文献