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从鲷科鱼类中黄猪鲷(Sparus latus)、黑鲷(S.macrocephalusM)、真鲷(Pagrosomus major)和平鲷(Rhabdosargus sarba)的线粒体DNA扩增出约430bp的细胞色素b(Cytb)基因，经Clastal X同源排序后得408bp序列，对该序列进行分析并结合GeneBank中黄鲷(Taius turnifrons)、灰鳍鲷(S.berda)、犁齿鲷(Evynnis japonica)和高背四长棘鲷(Argyrops spinifer)的该区段DNA序列比较，共发现126个核苷酸位点存在变异(30．7％)，序列中的转换大于颠换，碱基替换多发生在密码子的第3位点。黑鲷和灰鳍鲷亲缘关系最近，序列差异为3.8％；而黄鲷和平鲷的亲缘关系最远，序列差异为21．7％。用MEGA2．1软件中的NJ法构建的分子系统树，将上述8种类分为4组，其中黄鲷属、平鲷属和鲷属分类的结果与形态分类学的观点一致；而传统分类上把犁齿鲷、真鲷和高背四长棘鲷归为3个不同属，在本研究分子系统树中，这3个属却聚成一支。本研究目的在于从分子水平上阐明鲷科鱼类的分类与系统进化关系。 相似文献
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用RAPD技术探讨5种鲷科鱼类的亲缘关系 总被引：10，自引：1，他引：10
用RAPD技术对鲷科鱼类的黑鲷、真鲷、二长棘鲷、平鲷和黄鳍鲷进行亲缘关系的研究。在事先优化的反应条件下，在使用的60个随机引物中，有29个引物扩增出清晰稳定的片段，共计200条，大小在200～2500 bp之间。5种鲷均有其特异性扩增片段，可作为种类鉴别的依据。根据MEGA2.1软件的UPGMA和NJ程序构建的分子系统树显示：同属鲷属的黄鳍鲷和黑
鲷的亲缘关系最近，其次是二长棘鲷和真鲷，平鲷与二长棘鲷和真鲷的亲缘关系较近，与黄鳍鲷和黑鲷较远,黑鲷和二长棘鲷的亲缘关系最远。两种聚类的结果相一致。研究结果与借助形态学和生化特征进行的传统系统分析具有一致性。在40个个体之间遗传距离矩阵中，最大值达到0.8916。多数的遗传距离指数在0.50～0.85之间。通过分析，认为RAPD技术对分析属级间的亲缘关系具有一定的适用性。 相似文献
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应用细胞色素b序列对鲷科鱼类进行种类鉴定的可行性研究 总被引：3，自引：0，他引：3
从NCBI分子生物学数据库下载鲷科鱼类10属12种共24条Cytb序列,通过序列比对最终获得1070bp的共有序列。其中,共检测到675个单态位点,393个变异位点,2个未知位点,没有检测到插入缺失。每个种具有的种特征性位点数为4到24个不等,平均约为12.42个。种间遗传距离分布范围为0.105±0.010(SE)到0.220±0.017(SE),均值为0.180±0.0231(SD),而种内遗传距离要小于或等于0.018±0.004(SE),均值为0.007±0.006(SD),因此,种间遗传距离要远远大于种内遗传距离。系统发育分析发现,来源于同一种内的2条序列都被聚为一个类群。以上分析显示不同鲷科种类能够通过Cytb序列较好的进行区分,据此提出,当2个鲷科鱼类个体基于以上Cytb序列计算得到的遗传距离如小于0.018时可以初步判断属于同一种,大于0.105则为不同种。研究为鲷科鱼类的分子种类鉴定提供了部分基础资料。 相似文献
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2种虾虎鱼细胞色素b基因全序列克隆与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
测定了矛尾刺虾虎鱼（Acanthogobius hasta）和红狼牙虾虎鱼（Odontamblyopus rubicundus）的线粒体细胞色素b（Cytb）基因全序列。2种虾虎鱼Cytb基因序列全长均为1141bp,通过序列比对,检测到266个变异位点,序列中碱基转换频率高于颠换,碱基替换主要发生在密码子第3位。结合GenBank中的虾虎鱼科其他物种的细胞色素b基因全序列,利用Kimura-双参数模型分析遗传距离表明,10种虾虎鱼科鱼类的遗传差异在0.118~0.330之间,大头新虾虎鱼（Neogobius kessleri）与同属的裸喉新虾虎鱼（N.gymnotrachelus）遗传距离最小,为0.118;大头新虾虎鱼和矛尾刺虾虎鱼遗传距离最大,为0.330。以Cytb基因全序列构建的NJ进化树分析表明,10种虾虎鱼分为3个主要类群,红狼牙虾虎鱼和矛尾刺虾虎鱼聚为1支,且与其余8种虾虎鱼类遗传距离较远。 相似文献
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二长棘犁齿鲷线粒体细胞色素b基因序列和分子系统发育分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用PCR技术克隆了二长棘犁齿鲷(Parargyrops edita Tanaka)线粒体细胞色素b(Cyt b)基因,该基因的全长为1140bp,并将该基因与GenBank中犁齿鲷、金头赤鲷、真赤鲷、四长棘鲷、黄牙鲷、平鲷、黑棘鲷和灰鳍棘鲷的Cytb序列进行了比较,共检测到407个核苷酸变异位点,占总序列的35.7%。同时结果也显示,二长棘犁齿鲷与犁齿鲷亲缘关系最近,序列差异仅为1.5%,与传统分类一致,它们应同属于犁齿鲷属;与金头赤鲷和真赤鲷的遗传差异分别为8.3%和8.4%,也处于种间的分化水平,且以较高的置信度(100%)在分子系统发育树上聚为一支,是否应该将它们归为一个属还有待于深入研究。 相似文献
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江豚线粒体Cyt b和D-loop片段序列分析及其分子系统学研究 总被引：1，自引：0，他引：1
对江豚（Neophocaena phocaenoides）mtDNA的Cyt b（377bp）和D—loop（343bp）片段进行了测序和分析,并与GenBank中鼠豚类及一角鲸类同源序列进行了比较。研究结果表明,Cytb基因片段的碱基组成平均为T：29．0％,C：28．8％,A：27．2％,G：15．0％;D—loop片段的碱基组成平均为T：35．9％,C：21．8％,A：32．4％,G：9．9％。Cytb基因片段共出现109个变异位点,简约信息位点107个,序列变异度为28．9％,碱基替代主要发生在密码子第3位点上,转换／颠换为13．3;D—loop片段共有109个变异位点,简约信息位点100个,序列变异度为31．8％,转换／颠换为2．4。构建的系统发育树显示,江豚是鼠豚科中较早分化出来的一个类群,与一角鲸科的亲缘关系最近。2个片段序列的分析结果一致,棘鳍鼠海豚Phocoena spinipinnis、太平洋鼠海豚P．sinus和黑眶鼠海豚Australophocaena dioptria聚为一支。 相似文献
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测定了二长棘犁齿鲷（Evynnis cardinalis）线粒体控制区全序列,并结合从GenBank中下载的9种鲷科鱼类的相应序列,采用ClustalX对控制区结构进行了分析,识别了相应的保守序列,包括终止相关序列ETAS、中央保守区的CSB-F、CSB-E、CSB-E、CSB-C、CSB-B和CSB-A序列,以及保守序列区的CSBl、CSB2和CSB3序列。以副鲈（Paralabrax clathratus）和条斑星鲽（Verasper moseri）为外群,用最大简约法（MP）和邻接法（NJ）构建了系统发育树。结果显示鲷科鱼类构成一个单系类群,二长棘犁齿鲷应该归入赤鲷属,建议有必要对犁齿鲷属和赤鲷属的分类地位重新评估。 相似文献
9.
为探明分布于我国华南沿海的黄鳍棘鲷群体的遗传多样性与遗传分化状况,实验采用线粒体控制区(D-loop)基因序列分析华南沿海的厦门、汕尾、阳江、海口、三亚、北海、钦州和防城港8个地理位置的黄鳍棘鲷群体的遗传多样性及群体遗传结构。结果显示,黄鳍棘鲷8个群体320条D-loop序列全长为947～958 bp。共检测到29个插入或缺失位点和210个变异位点,其中简约信息位点142个,单一变异位点68个;总体的变异位点、单倍型数、单倍型多样性(H_d)、平均核苷酸差异和核苷酸多样性(π)分别为210、268、0.998 43、14.790 65和0.015 70。聚类分析结果显示,8个群体被聚类为以琼州海峡分隔的东和西两个组群;8个群体间的遗传分化系数(F_(ST))为-0.012 68～0.466 74,基因流(N_m)为0.571 26～∞。方差分析显示组群间、组群内群体间和群体内个体间的核苷酸遗传变异分别为33.42%、0.32%和66.26%。中性检验显示Tajima’s D为-1.694 77,Fu’s Fs为-23.683 39,表明华南沿海黄鳍棘鲷经历了种群扩张事件。研究表明,中国华南沿海黄鳍棘鲷群体遗传多样性比较丰富,根据研究结果可以以琼州海峡为分界分为东组群和西组群2个管理单位进行种质保护。 相似文献
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星斑川鲽、钝吻黄盖鲽和石鲽是我国北方重要的经济海水鱼类。为探究这3种鲽科鱼类间的亲缘关系及遗传信息,本文采用了PCR扩增和直接测序的技术,对这3种鲽科鱼类各24尾个体的线粒体基因Cytb和COⅠ进行初步研究。测序得到的序列经人工处理校正后分析,其中Cytb基因片段可用长度为358bp,包含58个变异位点,20个转换位点,3个颠换位点;COⅠ基因片段可用长度为559bp,包含变异位点56个,转换位点18个,颠换位点3个;Cytb基因片段和COⅠ基因片段均表明黄盖鲽和石鲽具有较高的单倍型多样性与较低的核苷酸多样性,而星斑川鲽具有较低的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性。基于Cytb和COⅠ序列的两种系统发育树(邻接法和不加权对群法)均表明3种鲽科鱼类中星斑川鲽与石鲽亲缘关系更近,与黄盖鲽相对较远。鲽科鱼类物种遗传多样性及遗传结构的分析可以为鱼类的保护和管理提供重要的理论依据,为保障我国鲽科鱼类养殖业的健康可持续发展提供理论指导和科学依据。 相似文献
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大黄鱼、鮸鱼及美国红鱼线粒体DNA的Cyt b基因序列比较 总被引：1，自引：0，他引：1
利用PCR技术对大黄鱼Pseudosciaena crocea、鮸鱼Scioenops ocellatus和美国红鱼Miichthys miiuy线粒体DNA的细胞色素b（Cytb）基因片段进行了扩增，PCR产物直接测序，分别获得大黄鱼和美国红鱼1140bp的序列，鮸鱼1125bp的序列。通过对3种鱼的cnb序列的比对分析，得出3种鱼序列的相似性为91．49％；分析了3种鱼序列的碱基组成及碱基变异情况，发现3种鱼的序列差异明显，碱基替换较多，可以将cytb基因作为种间分子鉴定或更高分类界元遗传分析的分子标记；计算了3种鱼序列的遗传距离并构建了系统树，结果显示，鮸鱼与美国红鱼的遗传距离较近。 相似文献
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以采自都柳江40尾粗唇(Leiocassis crassilabris)个体为样品,采用PCR和DNA测序技术对粗唇都柳江种群Cyt b基因和D-loop序列进行了分析。获得了长度分别为1 118 bp、776~778 bp的粗唇Cyt b基因、Dloop序列。2段序列的碱基组成均为A+T的含量高于G+C的含量,但Cyt b基因碱基变异率(0.27%)显著低于D-loop的碱基变异率(3.34%~3.35%)。对粗唇D-loop序列结构进行了分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区等的特征序列。都柳江粗唇40个个体Cyt b基因、D-loop序列中分别有3、20个多态位点,分别定义了4、10种单倍型。都柳江粗唇种群Cyt b基因和D-loop序列的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数分别为0.146、0.000 13、0.150和0.404、0.003 17、2.444。都柳江粗唇种群遗传多样性较低,开展该种鱼类种群遗传多样性的研究和保护十分必要。 相似文献
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通过对金鱼(Carassius auratus var.)的5个代表品种草金(grass goldfish)、红龙睛(red dragoneye goldfish)、鹤顶红(red-head wen goldfish)、水泡(blisters-eyegoldfish)、黑寿(white-head oval goldfish)线粒体DNA细胞色素b基因全序列进行测定,结果发现金鱼Cytb基因全序列1141bp,其中T、C、A、G4种碱基含量分别为29.1%,27.8%,28.4%,14.5%,A T的含量(57.8%)高于C G的含量(42.2%)。草金、红龙睛、鹤顶红、水泡、黑寿Cytb基因全序列一样。结果表明,细胞色素b基因在金鱼种内是相当保守的,草金、红龙睛、鹤顶红、水泡、黑寿起源于同一祖先。将鲫鱼和金鱼线粒体Cytb基因序列比较分析,同源性达97.9%,应该还在同一种的水平上。 相似文献
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基于16S rRNA和Cyt b基因序列探讨2种梅童鱼的遗传分化 总被引：2，自引：0，他引：2
比较分析了棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）和黑鳃梅童鱼（C.niveatus）的16SrRNA和Cytb基因片段序列差异及遗传分化程度。在长度为526bp的16SrRNA和379bp的Cytb基因片段的核苷酸序列中,2种间共检测到44处核苷酸替代。分析结果表明,2个基因片段的鸟嘌呤（G）含量较低,在Cytb蛋白质编码基因第三密码子位点上表现尤为明显。基于16SrRNA和Cytb基因片段分析结果显示,2种间平均遗传距离分别为0．012和0．111。构建的系统树显示2种梅童鱼在这2个基因片段上存在显著的遗传分化。根据Cytb基因2％／百万年的进化速率推断,棘头梅童鱼与黑鳃梅童鱼的分化时间约为550万年,发生于上新世（Pliocene）早期。 相似文献
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对采于青海省玛柯河的6尾黄石爬(鱼兆)和四川省都江堰的1尾青石爬(鱼兆)线粒体DNA细胞色素b(Cyt b)基因进行了PCR扩增并进行序列测定。结果表明,黄石爬(鱼兆)6个个体均属同一单倍型。在Cyt b基因全长1140 bp中,2种鱼类存在29个变异位点(2.54%),其中23个(79.3%)突变位点为转换,6个(20.7%)突变位点为颠换。2种鱼类序列差异偏低,提示分化较晚,致使物种间在Cyt b基因上未能积累丰富的碱基变异。黄石爬(鱼兆)遗传多样度较低,可能与其栖息环境的改变有关。 相似文献
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以暗纹东方纯（Takifugu fasciatus）肝脏的线粒体DNA为模板，按照红鳍东方豚（Takifugu rubripes）线粒体DNA序列设计合成特异引物进行PCR扩增，克隆并测定线粒体细胞色素b（Cyt b）及其侧翼tRNA基因的全序列，结果显示，克隆的暗纹东方纯Cyt b基因（1137bp）及其5’端上游的tRNA^Glu基因和3’端下游的tRNA^Thr基因序列共1327 bp。用DNA分析软件对暗纹东方纯与GenBank中10个目13种鱼类的Cyt b序列进行比较分析，显示暗纹东方纯与这些鱼类的Cyt b基因具有较高的同源性，与同属红鳍东方纯的同源性最高，为96．1％；与同目不同科的矛尾翻车纯（Masturus lanceolatus）和翻车纯（Mola mola）的同源性分别为74．1％和74．8％。tRNA^Glu基因由69个碱基组成，tRNA^Thr基因由72个碱基组成，与红鳍东方纯相应tRNA的碱基组成完全相同。推定的这两种tRNA的二级结构都具有典型的三叶草型结构，各臂的碱基配对率高，稳定性好。根据暗纹东方纯与其他13种鱼的Cyt b基因序列同源性所建立的进化树比较，结果与传统的分类地位基本吻合。 相似文献
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为探究线粒体CO I和Cyt b基因作为DNA条形码在鲌属鱼类鉴定中的可行性,分别扩增达氏鲌(Culter dabryi)、海南鲌(C.recurviceps)、尖头鲌(C.oxycephalus)、蒙古鲌(C.mongolicus)、拟尖头鲌(C.oxycephaloides)和翘嘴鲌(C.alburnus)六种鲌属鱼类线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(Cytochrome C oxidase subunit I,CO I)和细胞色素b(Cytochrome b,Cyt b)的基因片段,并对六种鲌属鱼类同源序列的碱基组成、种内与种间遗传距离以及系统进化分别进行分析。结果表明:长度为645 bp的CO I基因片段中,A、T、G、C4种碱基平均含量分别为25.65%、28.18%、18.33%和27.84%;长度为970 bp的Cyt b序列片段中,A、T、G、C碱基平均含量分别为27.97%、27.93%、14.53%和29.57%。基于CO I基因序列的种间平均遗传距离为3.54%,种内平均遗传距离为0.17%,种间遗传距离为种内遗传距离的20.82倍;基于Cyt b基因序列的种间平均遗传距离为5.92%,种内平均遗传距离为0.18%,种间遗传距离为种内遗传距离的32.89倍。基于CO I基因的系统进化关系显示除尖头鲌与拟尖头鲌外,其余4种鲌均形成独立分支,而基于Cyt b基因的系统发育关系显示六种鲌属均能独立形成分支,鲌属六种鱼能够进行有效区分,将CO I和Cyt b作为DNA条形码进行鲌属鱼类的物种鉴定是可行的,联合使用可以获得更好的鉴定效果。 相似文献
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长江中上游4个鲢群体遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
鲢(Hypophthalmichthys molitrix)是我国重要的淡水经济鱼类,长江是其重要的种质资源库。为了研究长江中上游鲢群体遗传多样性现状,比较中上游群体的遗传分化,本研究采用线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b基因(Cyt b)和控制区(D-loop)序列分析了长江中上游鲢群体遗传多样性及遗传分化状况,为鲢资源的保护和开发提供科学依据。采集了长江中上游江津(JJ)、宜昌(YC)、嘉鱼(JY)、黄冈(HG)等4个鲢群体共151尾样本。结果表明:135条Cyt b序列共检测出53个多态位点和19种单倍型,150条D-loop序列共检测出94个多态位点和48种单倍型,平均单倍型多样性指数(Hd)和核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.693、0.00748和0.902、0.01557,2个标记数据均显示上游群体遗传多样性较中游群体高;群体间的分化指数(FST)和基因流(Nm)均表明长江上游(JJ)和中游(YC、JY、HG)地理群体间存在显著遗传分化。基于单倍型构建的NJ系统发育树及单倍型中值连接网络分析图显示,长江中上游鲢群体可划分为两个谱系,其中一个谱系主要源自上游群体。 相似文献