棉花细菌人工染色体文库构建方法探讨     

高海燕  王省芬  刘方  彭仁海  张艳  马峙英  王坤波 《棉花学报》2013,25(1):9-16

 细菌人工染色体(Bacterial artificial chromosome, BAC）文库是开展基因组测序、基因图位克隆、分子标记、物理作图等研究的重要基因组资源。本文在构建了二倍体野生棉阿非利加棉（Gossypium herbaceum var. africanum）BAC文库的基础上,就棉花细菌人工染色体基因组文库构建过程中高分子量基因组DNA的提取、部分酶切片段选择、DNA的回收、连接转化以及BAC文库的保存等过程中一些细节和注意事项进行了比较详细的分析比较,希望能为棉花BAC文库的构建提供一些可供借鉴的经验。  相似文献   

甘蓝基因组细菌人工染色体文库的构建     

邢苗苗  田多成  李海龙  姚丽君  冀瑞琴  康俊根 《华北农学报》2014,(5)

细菌人工染色体（ BAC）文库是克隆甘蓝抗病优质重要基因的基础,以抗枯萎病、富含硫代葡萄糖苷的结球甘蓝自交系R4P1为材料,美国Epicentre公司的CopyControl TM pCC1BACTM为载体,构建了甘蓝细菌人工染色体文库。该文库有73344个克隆,插入片段平均大小约97 kb,空载率＜3％,覆盖甘蓝基因组约10．9倍,筛选到甘蓝任一基因的概率为99．99％,这些结果表明,构建的文库质量较好,可用于后续分析。构建的甘蓝BAC文库不仅可用于枯萎病基因的克隆,而且为克隆其他重要的功能基因及基因组学等的研究奠定了基础。  相似文献   

雷蒙德氏棉细菌人工染色体文库的构建     

《分子植物育种》2016,(8)

细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库是开展基因组测序、基因图位克隆、分子标记开发、物理作图等研究的重要基因组资源。本研究以二倍体野生棉雷蒙德氏棉(G.raimondii,D5)为材料,从成株期暗培养的黄化幼嫩叶片中得到纯净、完整和高质量的基因组DNA。经脉冲场凝胶电泳检测,所提取基因组DNA大于700 kb。经酶切、片段选择、连接转化,构建了雷蒙德氏棉的基因组BAC文库,文库共包含26 880个克隆,平均插入片段为127 kb,覆盖该棉种全基因组的3.7倍左右,克隆空载率小于5%。该文库的构建,为雷蒙德氏棉基因组物理图谱的构建、功能基因的定位与克隆、以及比较基因组研究提供了重要的基因组资源。  相似文献   

陆地棉雄性不育恢复系18R的BAC文库构建   总被引：2，自引：1，他引：1  

周焘  郭红媛  张锐  梁成真  石雅丽  郭三堆 《棉花学报》2009,21(3):252-254

 18R雄性不育恢复系农艺性状优良,恢复性状稳定,对不育系能够100%恢复,是研究棉花三系互作的重要材料。本研究以pCC1BAC(BamHI)为载体,构建了18R的细菌人工染色体（BAC）文库。建立的文库包含139,200个BAC克隆。分析结果表明, BAC文库DNA插入片段为50～200 kb,91%的克隆插入片段为80～150 kb,平均102 kb,空载率<2%,覆盖6.3倍基因组。  相似文献   

高纤维强力棉花种质系苏远7235 BAC文库的构建   总被引：1，自引：3，他引：1  

王省芬  马骏  马峙英  张桂寅  郑拥民 《棉花学报》2006,18(4):200-203

苏远7235是我国利用异常棉等多个野生种创造的高纤维强力棉花种质系,是开展棉花纤维品质研究的重要材料。本研究以pIndigoBAC-5(HindIII-cloning ready)为载体,构建了苏远7235的细菌人工染色体(Bacterial Artificial Chromosome,BAC)文库,该文库包含30336个BAC克隆。分析结果表明,重组克隆苏远7235 DNA插入片段为50-140 kb,平均120 kb,空载率2.1%,89.6%的克隆插入片段大于100 kb。  相似文献   

棉花细菌人工染色体文库构建的方法优化   总被引：4，自引：1，他引：4  

王省芬  郑拥民  张桂寅  李喜焕  LIU Chun-ji  马峙英 《棉花学报》2004,16(3):170-174

以我国抗病、优质、丰产的棉花优良品种中棉所12号为材料,对棉花细菌人工染色体(BAC)文库构建过程中的一些关键技术,如plug的制备、DNA的部分消化、酶切片段的选择、插入片段与载体的摩尔比值、连接产物的浓缩等进行了研究,建立了构建棉花BAC文库的适宜方法体系。依照该方法初步构建了含有38000个克隆的棉花BAC文库。经检测,插入片段平均大小约为120kb,蓝斑率小于0.5%,空载率小于1%。插入片段与载体的最适摩尔比为1∶15,一次转化可以获得约2000个克隆,cfu·μl 1高达4。该方法为进一步构建中棉所12号多倍基因组的BAC文库、从而进行棉花基因组有关研究奠定了基础。  相似文献   

樟树细菌人工染色体(BAC)文库的构建及质量检测     

《分子植物育种》2016,(9)

樟树(Cinnamomum camphora(L.)Presl)是一种具有材用、药用、油用、香料和生态环境建设等多种用途的樟科植物代表种。本研究以樟树幼嫩叶片为材料,通过提取高分子量核DNA(HMW-DNA)构建了第一个樟树细菌人工染色体(BAC)文库。该文库一共有36 960个克隆,平均插入片段为120 kb,覆盖樟树全基因组5.7倍左右,空载率小于1%。随机挑选10个BAC克隆进行末端测序说明BAC克隆为正常可用的单克隆。以此为基础,对樟树的BAC文库进行了测序,最终得到287.28 G的数据。樟树基因组BAC文库的构建,为樟树重要功能基因的克隆、功能验证、物理图谱的构建和全基因组测序等研究工作奠定了基础。  相似文献   

高抗黑胫病烤烟BAC文库的构建及分析     

DONG Qing-Yuan  MA De-Qing  YANG Xue  LIU Yong  HUANG Chang-Jun  YUAN Cheng  FANG Dun-Huang  YU Hai-Qin  TONG Zhi-Jun  SHEN Jun-Ru  XU Yin-Lian  LUO Mei-Zhong  LI Yong-Ping  ZENG Jian-Min 《作物学报》2020,46(6):869-877

烟草是重要的模式植物。本研究利用pIndigoBAC536-S载体及Hind III限制性内切酶酶解烟草基因组DNA的方法,构建了烟草新品系14-60的细菌人工染色体(BAC)文库。该文库共包含414,720个克隆,保存在1080块384板中。随机挑选的120个烟草BAC克隆检测结果表明,外源插入片段大小为97.0～145.5 kb,平均约为123 kb,空载率极低(0),覆盖烟草基因组11倍。用烟草hem A基因、eIF4E-1基因、NtFT基因的特异引物进一步验证,该文库质量高、可用性强,为烟草黑胫病抗性基因的克隆以及其他重要农艺性状和品质性状等功能基因克隆研究提供了基础资源。  相似文献   

籼稻品种H359基因组可转化人工染色体(TAC)文库的构建     

刘华清  周君丽  段远霖  黄代青  吴为人  薛勇彪 《分子植物育种》2003,1(1):27-32

村建能够通过农杆菌介导转化植物的人工染色体文库可以加快突变基因的精细定位和克隆的速度。为了克隆水稻突变基因的需要，我们利用pYLTAC7载体构建了籼稻品种H359基因组的TAC文库。该文库包含41088个克隆，保存在107块384孔板中。插入片段大小在50—100kb之间，平均插入大小为77kb，推测该库覆盖水稻基因组接近7．4倍。  相似文献   

植物基因分离的图位克隆技术   总被引：2，自引：0，他引：2  

闫其涛  逯慧  毛万霞  李建粤 《分子植物育种》2005,3(4):585-590

传统的基因功能克隆、表型克隆方法具有基因表达产物不清楚,难以进行相关基因分离等缺点。目前,图位克隆技术日渐成熟,已成为分离基因的有效方法,并在分离不同的植物基因中得到了广泛的应用。本文简要介绍图位克隆技术原理,并详细阐述图位克隆操作的4个重要技术环节：筛选与目的基因紧密连锁的分子标记、目的基因的定位、构建高质量容易操作的大片段基因组文库和目的基因的筛选和鉴定。本文还概述了近年来利用图位克隆技术分离植物基因的研究成果以及最新研究进展,并对图位技术的应用前景作出展望：在不久的将来,在比较基因组学中统一遗传系统理论的指导下,在具有高多态性水平的以PCR为基础的分子标记日趋饱和的背景下,应用图位克隆技术在植物基因克隆研究中必将取得更加辉煌的成果。  相似文献