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1.
大鳞副泥鳅群体线粒体DNA D-loop序列遗传变异分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为探明大鳞副泥鳅野生资源状况,利用线粒体DNA D-loop序列,对天津5个大鳞副泥鳅自然群体的遗传多样性、遗传结构及种群历史动态进行分析。5个群体72个个体的D-loop基因序列全长912~914bp,其中多态性位点30个,共检测到22个单倍型,平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.813和0.0015,呈现高单倍型多样性和低核苷酸多样性的模式。5个群体间的遗传分化指数为-0.0205~0.0795,总的遗传分化指数为0.0712,属中等程度的遗传分化。单倍型网络进化图和单倍型系统发育树均未显示出明显的地理分布格局,中性检验和核苷酸不配对分布分析均表明,大鳞副泥鳅经历过种群扩张,扩张事件发生在第四纪更新世晚期。研究结果表明,应加强5个湿地大鳞副泥鳅群体的保护,适时开展大鳞副泥鳅良种选育工作,减少对大鳞副泥鳅野生资源的破坏。 相似文献
2.
3种泥鳅微卫星标记和D-Loop部分序列遗传变异分析 总被引：2，自引：2，他引：0
为进一步了解中国当前主要养殖鳅类种质资源现状,实验采用7个微卫星标记和线粒体D-Loop部分序列,对泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus,MA)、大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus,PD)和台湾大泥鳅(未见种属分类,TW)3种泥鳅进行群体遗传变异分析.结果显示,6个微卫星位点在3种泥鳅中均能获得有效扩增,1个微卫星标记(Mac239)只在MA中获得特异性扩增,而在PD和TW中未能获得有效扩增条带.在3种泥鳅共90尾个体的D-Loop 部分序列中发现32个单倍型,仅在PD和TW间存在1个共享单倍型.实验中共检测到65个变异位点,其中MA与PD和TW间存在29个特异性位点,而PD和TW间未检测到特异性位点.瓶颈效应和中性检验显示,TW近期可能发生有效群体数量的减少.基于微卫星标记和D-Loop部分序列的遗传变异分析显示,TW和PD间的Nei's遗传距离和K2P遗传距离最近(0.297和0.006),明显小于两者与MA间的遗传距离(1.011～1.899和0.095～0.099);分子方差分析(AMOVA)显示,3种泥鳅的遗传分化极显著(P＜0.01).群体间遗传结构和单倍型网络分析显示,3种泥鳅的遗传结构相对独立,仅在TW和PD间存在一定程度的遗传结构混杂.研究表明,泥鳅和大鳞副泥鳅在遗传结构上存在明显差异,可采用分子标记进行有效鉴别;台湾大泥鳅可能是大鳞副泥鳅的生态种群或遗传改良群体,而非有效物种. 相似文献
3.
为探索我国珠江流域大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)群体的遗传分化及亲缘关系,本研究采用8个微卫星分子标记,对我国珠江流域9个大鳞副泥鳅群体(佛山、高要、封开、肇庆、乳源、乐昌、韶关、河源和惠州)进行了遗传多样性分析。结果显示,8个微卫星位点共检测到 69个等位基因,平均等位基因(Na)和有效等位基因(Ne)分别为8.6和4.0个,平均观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He)分别为0.4426和0.7030。9个大鳞副泥鳅群体间的遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.2452和0.7697,表明群体间遗传分化水平较高,遗传交流水平低。采用UPGMA法,对 9个群体基于遗传距离进行聚类,可分为两大支,韶关、佛山和乳源群体聚为一支;另一支包含了其余的6个大鳞副泥鳅群体,分为3个小分支,分别为乐昌与肇庆群体、河源与惠州群体及高要与封开群体。研究表明,珠江流域的9个大鳞副泥鳅群体具有较高的遗传多样性,且群体间存在着一定的遗传分化,具有进一步选育的价值。 相似文献
4.
鳅科鱼类DNA条形码分析及泥鳅和大鳞副泥鳅的分子鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
采集了23种鳅科鱼类89尾个体的线粒体COI基因5端序列,分析了碱基组成以及不同鳅科鱼类之间的种间遗传距离和种内遗传距离。结果显示,鳅科鱼类的种间遗传距离显著大于种内遗传距离,表明以COI作为鳅科鱼类DNA条形码进行品种鉴定具有一定的可行性。在建立鳅科鱼类DNA条形码的基础上,设计了主要物种泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)和大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)特异性引物,结果显示,该引物具有较高的特异性和灵敏度,能够实现对泥鳅、大鳞副泥鳅及其混合样品的物种鉴定。 相似文献
5.
大鳞副泥鳅７个群体遗传变异的微卫星分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用泥鳅的微卫星引物跨种扩增大鳞副泥鳅,通过家系扩增、PCR产物测序筛选出6个座位,用于大鳞副泥鳅7个野生群体的遗传结构分析。结果显示,群体的平均等位基因数在3.167与4.833之间,平均观测杂合度（Ho）在0.248与0.417之间,平均期望杂合度（He）在0.379与0.505之间,多个座位存在零等位基因、杂合子缺失现象,显示大鳞副泥鳅种群遗传多样性较低。采用 UPGMA 法对7个群体基于 DA 遗传距离进行聚类,可分为4类,位于长江中下游的沙市、澧县、武汉、鄱阳湖群体先聚为一类,后与石首群体聚类,最后与珠江水系的广州群体聚类,而位于长江上游的泸州群体则单独聚为一类。群体的 F-统计量（Fst）为0.2987,表明群体间存在显著的遗传分化,主要由泸州群体与其它地区群体间的遗传分化引起。 相似文献
6.
根据线粒体D-loop序列研究了南四湖大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）群体（n=30）的遗传多样性。通过PCR技术对线粒体D-loop序列进行扩增,获得大小约1000 bp的扩增产物。PCR产物经纯化和测序后,得到了963 bp的核苷酸片段。用CLUSTALX软件进行排序比较,在30个个体中,共检测到33个变异位点,包括12个转换位点、21个颠换位点。运用MEGA5.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了UPGMA与NJ系统树。用DNASP软件计算出的单倍型个数（H）为15,单倍型多样性（h）为0.899,核苷酸多样性（pi）为0.008,平均核苷酸差异数（k）为7.79。结果表明,南四湖大鳞副泥鳅的mtDNA D-loop个体序列变异程度较大,遗传多样性较为丰富。 相似文献
7.
以线粒体COI和D-loop序列为分子标记，基于88个样本研究了黑龙江流域3个蛇(鱼句)(Saurogobio dabryi)种群的遗传多样性和遗传结构。结果表明，比对剪切后的COI和D-loop序列长度分别为582～583 b、834～583 b,基于COI序列总体的单倍型多样性(0.377 3)略低于基于D-loop序列的单倍型多样性(0.577 0),但基于两个序列总体的核苷酸多样性指数相等，且仅有0.000 9。群体间遗传距离分别为0.000 9(COI)和0.000 9～0.001 0(D-loop),群体间遗传分化指数分别为-0.004 9～0.007 6(COI)和-0.002 8～0.011 4(D-loop),遗传分化均不显著(P>0.05)。分子方差分析(AMOVA)显示，群体内遗传变异占总变异的100.02%(COI)和99.49%(D-loop),总的遗传变异主要源自群体内。单倍型系统发育树和TCS网络图表明，所有的单倍型随机地聚集在一起，没有形成明显的地理格局。中性检验和核苷酸错配分析显示，3个蛇(鱼句)群体历史上发生过种群扩张事件。综上，3个蛇(鱼句)... 相似文献
8.
本研究采用线粒体COI序列为分子标记，探究了长江、淮河下游8个湖泊鲢(Hypophthalmichthys molitrix)群体的遗传多样性和遗传结构。通过PCR和测序技术，获得鲢COI基因序列片段。分析结果显示：COI序列片段长度为630 bp, 243条COI序列共检出23个变异位点，定义14种单倍型，平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.692和0.005 12。8个群体的单倍型多样性为0.508～0.803,核苷酸多样性为0.002 41～0.006 94,表明鲢群体的遗传多样性有较大差异。分子方差分析结果显示，遗传变异主要来自于群体内，遗传分化指数(FST)为0.008 3,表明群体间没有显著遗传分化。系统发育树和网络结构图显示，单倍型分化为2个分支，但群体没有形成特定的地理遗传结构。中性检验结果和歧点分布曲线表明，鲢群体没有显著偏离中性选择，群体大小保持相对稳定。 相似文献
9.
额尔齐斯河银鲫形态学及COI基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用传统形态学方法和线粒体COI基因序列分析对额尔齐斯河银鲫(Carassius auratus gibelio)两个群体的形态和遗传差异进行了比较。结果显示:通过对8个可量性状和20个框架数据的主成分分析可以看出,两个群体分别占据两个不相重叠的区域,两个群体在形态上存在明显分化。COI基因序列分析显示,两群体之间遗传距离为0.012,群体间遗传距离是群体内最大遗传距离的4倍,两群体间在编码的氨基酸序列上出现了一处替换,群体遗分化指数值为0.96078,基因流值为0.01,表明群体间缺乏基因交流,群体间有明显的遗传分化。 相似文献
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为评估泥鳅、大鳞副泥鳅选育群体的遗传育种潜力,通过聚合酶链反应(PCR)扩增和一代测序技术,获得经两代群体选育的泥鳅自繁(M)、大鳞副泥鳅自繁(P)及其正交(MP)、反交(PM)等4个子代泥鳅种群的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因COⅠ片段,并分析了其遗传多样性和群体结构。结果显示：(1)4种泥鳅的COⅠ基因片段碱基组成相似,均表现为A+T的含量(54.0%～56.2%)高于C+G的含量(43.8%～46.4%);(2)4种泥鳅COⅠ基因片段的682个位点中,共检测到135个多态位点(占19.79%),其中128个为简约信息位点,7个为单碱基变异位点,变异均为转换或颠换,未发现碱基的插入与缺失;(3)M、P、MP、PM各定义15个单倍型,单倍型多态性均为1.000±0.024,核苷酸多态性分别为0.020 66±0.006 48、0.025 80±0.002 31、0.029 61±0.005 62和0.022 30±0.001 94,均具有高单倍型多样性和高核苷酸多态性;(4)M、P、MP、PM种内遗传距离分别为0～0.020、0～0.024、0～0.027和0～0.023,种间遗传距... 相似文献
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应用RAPD标记技术对魁蚶Scapharca broughtonii1个韩国群体与3个中国群体的遗传多样性进行RAPD分析。对4个群体的133个个体进行扩增,共检测到171个位点。其中,多态性位点为167个,4个群体的多态性位点比例:韩国群体为86.55%、黄岛群体为90.06%、蓬莱群体为85.96%和前三岛群体为89.47%;4个群体的Shannon’s多样性指数为(0.460±0.232)~(0.491±0.214),Nei’s多样性指数为(0.308±0.171)~(0.331±0.199),表明4个群体遗传多态性较高;4个群体遗传分化指数在0.006~0.121之间。其中,韩国与中国的3个群体分化明显,说明韩国与中国3个群体的遗传结构差异较大,黄岛群体与前三岛群体间的遗传分化最小。基于4个群体Nei’s遗传距离的UPGMA方法进行聚类分析显示,黄岛群体与前三岛群体最先聚类,两群体间距离最短,再与蓬莱群体聚类,最后与韩国群体聚类。这些数据可为魁蚶种质资源的合理开发和保护及遗传改良提供科学依据。 相似文献
12.
千岛湖细鳞鲴和黄尾鲴COI种群遗传结构比较的初步研究 总被引：1，自引：0，他引：1
利用线粒体COI基因序列,比较了千岛湖水库共栖的细鳞鲴(Xenocypris microlepis)和黄尾鲴(X.davidi)的遗传资源状况。结果显示,在532 bp的一致序列中,黄尾鲴碱基T、C、A、G平均含量分别为27.3%、18.0%、28.7%、26.0%;细鳞鲴分别为25.2%、19.6%、29.3%、25.9%。黄尾鲴种群的变异位点为5个,细鳞鲴种群变异位点为3个。多样性分析显示,黄尾鲴的遗传多样性高于细鳞鲴。在两个物种中各发现4个单倍型,黄尾鲴4个单倍型中,有3个是共享单倍型,而细鳞鲴中仅1个共享单倍型,黄尾鲴富文和临岐群体之间存在显著的分化(Fst=0.048 09),细鳞鲴汾口群体和富文(Fst=0.238 10)、临岐群体(Fst=0.260 72)之间存在显著的遗传分化。单倍型的NJ树将四个单倍型分为两个支,推测可能是由于二次迁入或者多样性丧失导致。 相似文献
13.
利用线粒体D-loop区和COI基因序列分析了全州禾花鲤(Quanzhou Procypris merus)、融水禾花鲤(Rongshui P.merus)和野生鲤鱼群体的遗传多样性和系统进化关系。基于D-loop区序列分析结果表明:序列长度为927～930 bp,共统计变异位点53个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为33.4%、32.9%、14%和19.7%,A+T(66.3%)明显高于G+C(33.7%);总体的单倍型数(h)、单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为40个、0.95和0.008 3;遗传分化指数(Fst)为0.224 59。基于COI基因序列分析结果显示:序列长度为897～899 bp,共统计变异位点33个;A、T、G、C核苷酸平均含量分别为26.7%、28.5%、17.8%和27%,且A+T(55.2%)高于G+C(44.8%);总体的h为25个,Hd为0.91,π为0.003 16;Fst值为0.191 43。在3个群体内和群体间遗传距离分别在0.003～0.009和0.003～0.01,远小于种群分类水平0.05。分子方差分析(AMOVA)结果表明,77.54%(D-loop)和80.86%(COI)变异来自群体间变异,22.46%(D-loop)和19.14%(COI)来自群体内变异。单倍型进化树和网络图显示,全州禾花鲤和野鲤群体均存在单独聚为一支的单倍型,而融水群体未出现单独成支现象。研究表明,线粒体D-loop区作为反映3个群体间遗传多样性的灵敏度要高于COI基因,并且3个群体均属于高单倍型多样性和高核苷酸多样性。综上,3个群体间出现了较为明显的分化现象。 相似文献
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为揭示中国大獭蛤(Lutraria maxima)遗传多样性现状,基于线粒体Cytb和D-Loop序列,分析了北海、涠洲岛、湛江、厦门、福州大獭蛤5个地理群体的遗传多样性及遗传结构。结果显示:基于Cytb和D-Loop序列获得的单倍型数分别为73和27,总体单倍型多样性指数/核苷酸多样性指数分别为0.834 5±0.030 3/0.002 3±0.001 4、0.445 6±0.049 8/0.001 4±0.001 3。分子变异分析(analysis of molecular variance, AMOVA)结果显示,99.68%(Cytb)和101.16%(D-Loop)变异来自群体内,0.32%(Cytb)和-1.16%(D-Loop)变异来自群体间;遗传距离分别为0.001 8～0.002 9(Cytb)和0.000 8～0.002 0(D-Loop),群体间分化指数F_(st)值分别为-0.008 0～0.010 1(Cytb)和-0.014 3～-0.007 2(D-Loop),且均无显著分化(P>0.05)。中性检验Tajima’s D和Fu’s F_S值均为负值(P<0.05),核苷酸不配对分布曲线呈现单峰型,这些都表明大獭蛤种群在近期经历过扩张现象,扩张时间约在更新世晚期,距今约为1.3×10~4～6.6×10~4年。上述结果表明,大獭蛤具有较高的单倍型多样性指数和较低的核苷酸多样性指数的特征,群体间无明显遗传分化,可作为一个管理保护单位。研究可为中国东、南海沿岸地区大獭蛤资源保护和持续发展与利用提供基础的参考材料。 相似文献
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《渔业科学进展》2017,(4)
采用形态学分析(壳长、壳宽和壳高)和分子标记技术(细胞色素氧化酶I基因,COI)对洪泽湖河蚬(Corbicula fluminea)黄色和黑色2个群体的形态和遗传多样性特征进行研究。形态参数统计分析结果显示,2个群体的形态特征之间有显著性差异。经PCR扩增和序列测定,获得614 bp COI基因序列,2个群体的COI基因序列的碱基组成高度一致,均表现出A+T的含量(64.8%)明显高于G+C的含量(35.2%)。28个黑色个体发现7种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.794和0.04274;30个黄色个体发现5种单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.607和0.02825。单倍型之间的遗传距离在0.002-0.091之间,其NJ和MP系统发生树表明,COI基因单倍型聚为2个明显分支。分子方差分析(AMOVA)结果显示,F_(st)=0.21736(P0.01),21.74%的变异来自群体间,78.26%的变异来自群体内,2个群体之间有显著的遗传分化。研究表明,应将洪泽湖河蚬黑色和黄色群体分别作为独立单元进行管理和保护。 相似文献
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泥鳅线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR和DNA测序技术对4个泥鳅（Misgurnus anguillicaudatus）群体的线粒体DNA控制区序列进行比较,研究其遗传多样性和控制区的结构。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区片段序列为918～920bp。32个序列中共发现了56个多态位点,其中32个转换位点,19个颠换位点,5个转换与颠换同时存在的位点,定义了32种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区（ETAS）、中央保守区（CD）和保守序列区（CSB）的关键序列。4个地理群体的单倍型多样性（Hd）、核苷酸多样性（Pi）和平均核苷酸差异数（K）分别为0．992、0．012和10．698。群体间的平均Kimura双参数遗传距离（Kimura 2-parameter distance,K2-P）、遗传分化指数（Fst）、基因交流值（Nm）和分子方差分析（AMOVA）均表明4个泥鳅群体具有较高的遗传分化,基因交流贫乏。利用核苷酸序列构建的NJ分子系统树揭示4个群体分为2个谱系,除范县群体外,其余各群体间相互交叉聚集。 相似文献
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中国沿海光裸方格星虫6个地理群体遗传多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为科学保护和开发我国光裸方格星虫自然资源,本研究以cytb基因全长为分子标记分析了山东烟台、福建古雷、香港、海南儋州、海南陵水、广西东兴6个光裸方格星虫群体的遗传多样性。结果显示,203个个体共检出128个单倍型,299个多态位点,核苷酸多样性和单倍型多样性分别为0.0488和0.9773,且变异主要来自群体间(88.4%)。6个光裸方格星虫群体间遗传分化指数(F_(st))分析结果显示,南方5个群体间F_(st)0.15,基本无分化或呈低度分化;而烟台与南方5个群体间的固定指数都很大,F_(st)0.15,群体间呈高度分化。中性检验(Fu’s Fs、Tajima’s D)结果为负值,北方群体和南方群体的核苷酸错配分布图为单峰,单倍型网络分布图为以主单倍型为中心的放射状结构。用203条cytb序列构建的系统发育树显示,烟台群体聚为一个进化支,南方群体聚为一个进化支。研究表明,中国沿海的光裸方格星虫群体在历史上经历过大规模群体扩张,但目前遗传多样性较低,说明光裸方格星虫对环境变化的适应能力较差,应加强野生资源的保护,在进化关系上,烟台群体与其他5个群体之间存在较大的遗传分化,但是否已经形成隐秘种仍需进一步的研究。 相似文献
18.
长江水系中华绒螯蟹线粒体DNA的遗传多样性研究 总被引：3，自引：0，他引：3
本文对长江水系南京和江都地区中华绒螯蟹共61个个体的线粒体COI基因进行了限制性片段长度多态性(RFLP)分析。应用PCR技术扩增了中华绒螯蟹线粒体COI基因,选用8种能识别4碱基的限制性内切酶对该基因片段进行RFLP分析。在两个群体中共检测出8种复合单倍型,其中复合单倍型AAAAAAAA和BBBBBAAB为两个群体所共有,它的个体数所占的百分比在两个群体(南京和江都)中分别为87.9%、12.1%和50.0%、25.0%。在南京群体中,复合单倍型间的遗传距离为0.077,而在江都群体中,复合单倍型间的遗传距离为0.004～0.077；南京和江都群体的线粒体COI基因多态度(或称核苷酸多样性指数)π值分别为0.008和0.019。结果说明长江水系中华绒螯蟹具有一定的群体内遗传多样性。 相似文献
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基于线粒体COI、Cyt b、D-loop基因序列对福建厦门（XM）、广东阳江（YJ）、海南海口（HK）和广西北海（BH）的4个多鳞鱚（Sillago sihama）群体进行遗传结构分析。经PCR扩增和测序获得4个多鳞鱚群体195条线粒体COI + Cyt b + D-loop片段序列。结果表明，单倍型多样性指数（Hd）为0.88266~0.98785，核苷酸多样性指数（π）为0.00098~0.00257，整体Hd与π分别为 0.92784 和 0.00158。遗传分化系数（Fst）和基因流（Nm）分别为0.00075~0.14888和2.85851~333.0833。分子方差分析（AMOVA）结果显示，分组间群体内变异比例分别占93.33%、86.57%和94.49%，主要变异均来自群体内。综上，基于COI、Cyt b和D-loop的分析结果，厦门群体和北海、海口、阳江群体间存在中等程度的遗传分化，可作为两个管理保护单位进行保护。本研究为促进中国南方沿海多鳞鱚资源的可持续利用及遗传多样性保护提供参考依据。 相似文献
20.
为研究西江流域广西境内卷口鱼(Ptychidio jordani)种群的遗传变异情况,自广西境内6个江段采集了139尾样本,采用PCR与DNA测序技术分析其线粒体D-loop序列的遗传多样性及群体历史动态;139条D-loop序列长度均为725 bp,碱基组成A+T (65.7%)远远高于C+G (34.3%),共检测到变异位点25个,转颠换比R值为11.5。139尾样本共定义23个单倍型。单倍型的NJ系统树以及网络结构图显示,23个单倍型间有2个明显分支,不同地理群体来源的单倍型混杂分布在2个分支中,未能观察到明显的地理聚群。6个群体遗传多样性较好,单倍型多样性Hd=0.71585~0.92063,核苷酸多样性Pi=0.00173~0.00668,遗传分化极其显著(遗传分化系数Fst=0.36737,P<0.001)。AMOVA分析表明,群体内变异占63.26%,群体间为36.74%。中性检验(Tajima’s D= –0.50322,P=0.34600;Fu’s Fs= –5.05210,P=0.08800)与核苷酸错配分布表明,西江流域卷口鱼种群近期内未经历过种群扩张。综上所述,西江流域广西境内的卷口鱼遗传多样性表现为高单倍型、低核苷酸多样性的特征,群体间不同程度的遗传分化表明水坝阻隔及捕捞因素可能促进其发生,而水利梯级开发可能是促进卷口鱼群体遗传分化的首要原因。 相似文献