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1.
利用PCR技术扩增得到珠江和长江水系共24个赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)个体mtDNA CR和Cyt b基因片段,并测定其序列。对1 345 bp的组合序列进行分析,共检测到23个单倍型,22个单突变位点,102个简约信息位点。在139个突变位点中:转换位点100个,颠换位点30个,插入/缺失位点14个;A+T的含量(61.5%)明显高于C+G的含量(38.5%)。4个水域个体间的遗传变异率在0～7.43%之间,组合序列的单倍型多样性(H)、平均核苷酸差异数(K±SD)和核苷酸多样性(π)分别为0.977 8、17.271 0和0.029 7,均表现出较高的遗传多样性水平。对4个群体的组合序列进行FST分析,并构建分子系统树和单倍型进化网络关系图。结果表明:不同水系群体间存在显著遗传差异,而同一水系内的不同群体间差异不显著。AMOVA分析表明:梧州、新丰、武汉和宜昌4个群体间显著性的遗传分化主要由不同水系群体间的遗传差异所致,珠江或长江流域内群体间不存在遗传分化,进一步印证了FST的分析结果。珠江和长江水系间的遗传分化主要是因地理隔离导致的生殖隔离,分属"长江群体"或"珠江群体"。但在同一水系内,主要因为赤眼鳟的半洄游习性使得它们之间存在广泛的基因交流,没有出现遗传分化。 相似文献
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测定了珠江水系的广西桂平、广东英德和钦江水系的广西钦州3个群体共计34尾白肌银鱼细胞色素b的5＇端1023 bp序列,发现43个变异位点和28个简约信息位点,共19种单倍型;平均单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(Pi)分别为0.888和0.00990,表现出较高的遗传多样性.同一水系的桂平、英德群体间分化程度很低,Fat和Nm 值分别为0.053 69和8.81,而珠江水系2个群体与钦江群体间的Fst值分别为0.380 46、0.395 88,Nm值分别为0.81、0.76,不同水系间的群体呈高度分化.在邻接树上出现2个无明显地理聚群的较弱谱系分支,表明正处于谱系拣选状态;估算分歧时间大约在4000年前,为全新世时期;中性检测表明3个群体在过去没有发生种群的快速扩张;AMOVA 分析显示遗传变异主要集中在群体内的个体间(89.8％);表明珠江水系的白肌银鱼可以视为一个大的随机交配的群体,而钦江水系群体则由于琼州海峡阻隔而与珠江群体出现明显遗传分化.建议将珠江和钦江群体应作为不同的管理保护单位(MUs)加以保护. 相似文献
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为了探究长江中下游鳙(Hypophthalmichthys nobilis)的种质遗传现状,该研究收集了石首(SS)、长沙(CS)、瑞昌(RC)、扬州(YZ)和张家港(ZJG)的长江种群(YR,219尾),对其D-loop序列进行检测分析,并结合NCBI下载整理的珠江种群(PR,213尾)和北美种群(NA,33尾)开展比较研究。结果显示,在YR、PR和NA的D-loop序列中分别检测到35、96和11个变异位点,并分别界定37、62和3个单倍型。在长江中下游的5个鳙群体中,单倍型多样性(Hd)介于0.798~0.897,核苷酸多样性(π)介于0.00338~0.00653。长江中下游5个鳙群体间,RC与ZJG (FST=0.012)和CS与YZ (FST=0.018)的遗传分化不显著(P>0.05),其余群体间均存在显著遗传分化(FST介于0.031~0.125,P<0.05);群体间检测到不同程度的基因流(Nm介于3.509~39.993)。基于单倍型网络分析,长江中下游的鳙D-loop序列单倍型存在多个分支,并在群体间存在明显的共享;YR和PR的中心单倍型存在广泛共享,PR的特有单倍型均为外围单倍型,并推测NA的形成存在不同的遗传来源。基于中性检验结果,推测PR在历史上经历过种群扩张。研究表明,长江和珠江的鳙种群维持了较高的遗传多样性,可为其种质资源保护和利用奠定物质基础。 相似文献
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安徽长江水系黄鳝的群体遗传结构分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究安徽长江水系黄鳝(Monopterus albus)的遗传多样性和群体遗传结构,测定了其6个地理群体(当涂、无为、繁昌、贵池、怀宁和望江)共178尾个体的线粒体DNA控制区部分序列.对其长度为556～558 bp的控制区同源序列进行分析,共检测到变异位点41个(变异率7.35％),单倍型56种.平均单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.694～0.954、0.00237～0.01382.群体分化指数(Fst)和基因流(Nm)分别为0.01974～0.87529、0.07124～24.82928,分子变异分析(AMOVA)中,群体间遗传变异占61.72％,表明黄鳝群体间具有明显的遗传分化.基于单倍型或群体间遗传距离的分子系统进化树均显示,6个地理群体分为两支:当涂与繁昌群体聚为一支,其余4群体聚为另一支. 相似文献
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通过线粒体D-loop区测序对东北地区的五个引进鸭品种(樱桃谷鸭、长岛鸭、北北京鸭、康贝尔鸭、白冠鸭)20个个体进行了遗传结构的分析,通过对mtDNA D-loop部分序列进行扩增,对PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了710bp的核苷酸序列.通过Mega软件对所得的序列进行比较,共检测出86个位点碱基存在变异,其中包括16个简约信息位点;利用Mega的"Pairwisedistance"计算个体间的相对遗传距离.结果表明:其序列差异在0.000～0.082之间,得出20个个体有18种单倍型;并构建了系统发育树.运用DNASP软件计算所得该群体核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样度(Hd)和平均核苷酸差异数(K)分别为0.01911、0.9842和13.3588.研究结果表明:鸭种群线粒体D-loop区序列个体变异程度很小.但种群的遗传多样性水平很高,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析. 相似文献
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用RAPD及mtDNA D-loop区序列揭示长江下游长春鳊遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小. 相似文献
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应用RAPD和mtDNA D-loop区序列对长江下游长春鳊群体的遗传多样性进行分析.从40个随机引物中筛选出扩增条带清晰的28个引物,对24尾采自长江下游常熟江段长春鳊的基因组DNA进行扩增,共检测到178个位点,扩增片段大小在0.2～2 kb之间,其中多态位点有83个,占46.63%;个体间最大的遗传距离为0.132 6,最小的遗传距离为0.047 6,平均遗传距离为0.088 5;群体的Shannon多样性指值为0.098 6.RAPD结果表明该长春鳊群体的遗传多样性处于中等水平.对其中8尾长春鳊mtDNA D-loop区序列(938 bp)进行了分析,发现了8种单倍型,检测出17个多态性核苷酸变异位点,多态位点比例为1.81%,变异位点为15个转换,2个颠换;单倍型多态性(h)为1.000,核苷酸多态性(pi)为0.006 2,平均核苷酸差异数(K)为5.821,单倍型间平均遗传距离为0.006 3.结果说明长春鳊mtDNA D-loop区在个体间的遗传差异较小. 相似文献
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[目的]全面了解光倒刺鲃的遗传多样性和遗传结构,为其种质资源保护和利用提供科学依据.[方法]采用自行设计的引物对9条水系共209尾光倒刺鲃样本的线粒体COI基因序列进行测定与分析,并探讨其遗传结构和遗传多样性水平.[结果]在209条COI基因序列中,共检测到12个单倍型,单倍型多样性为0.801,核苷酸多样性为0.0082.单倍型系统树显示,所有群体聚成2支,东江群体的全部样本及北江、赣江和九龙江水系的部分样本组成Ⅰ支,其余样本组成Ⅱ支.单倍型网络分析显示,东江群体单倍型与北江、赣江和九龙江部分个体关系较近,但与其他个体关系相对较远;珠江水系大部分群体与长江、钱塘江、九龙江大部分群体分布于不同的分支.AMOVA分析表明,光倒刺鲃COI基因序列变异主要来自地理区内群体间,占82.33％.错配分析及中性检验显示,大多数群体相对稳定,未发生过群体扩张.[结论]光倒刺鲃群体的遗传多样性总体偏低,应加强对其种质资源的保护;东江水系与珠江水系其他群体既存在一定隔离,又存在着基因交流;珠江水系群体与长江水系群体间分化明显. 相似文献
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中国少鳞鳜不同群体mtDNA控制区序列的遗传变异分析 总被引：4，自引：0，他引：4
少鳞鳜为东亚特有鱼类,为了解中国少鳞鳜在我国不同水域内的遗传结构特征,利用PCR扩增和直接测序法分析了长江、钱塘江、西江、南渡江34尾样品mtDNA控制区的序列差异。在长度838 bp的同源序列中,共发现81个变异位点,占分析位点总数的9.67%;定义了4个单倍型,每个群体仅发现一个单倍型,群体之间没有共享单倍型,且每个群体都有鉴别位点。群体间的核苷酸歧义度（Dxy）在0.360%-8.043%之间,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体间的差异最大。分子变异分析（AMOVA）得出群体间的遗传分化指数（Fst）为1.000（P〈0.001）,差异极显著。构建的NJ树中,4个群体分为两支,一支为南渡江群体,另一支为长江、钱塘江、西江群体。这些表明中国少鳞鳜群体的遗传多样性较低,不同地理群体之间出现了明显的遗传分化,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体之间的分化水平最高。 相似文献
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少鳞鳜为东亚特有鱼类,为了解中国少鳞鳜在我国不同水域内的遗传结构特征,利用PCR扩增和直接测序法分析了长江、钱塘江、西江、南渡江34尾样品mtDNA控制区的序列差异。在长度838 bp的同源序列中,共发现81个变异位点,占分析位点总数的9.67%;定义了4个单倍型,每个群体仅发现一个单倍型,群体之间没有共享单倍型,且每个群体都有鉴别位点。群体间的核苷酸歧义度（Dxy）在0.360%-8.043%之间,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体间的差异最大。分子变异分析（AMOVA）得出群体间的遗传分化指数（Fst）为1.000（P〈0.001）,差异极显著。构建的NJ树中,4个群体分为两支,一支为南渡江群体,另一支为长江、钱塘江、西江群体。这些表明中国少鳞鳜群体的遗传多样性较低,不同地理群体之间出现了明显的遗传分化,南渡江群体与长江、钱塘江、西江3个群体之间的分化水平最高。 相似文献
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【目的】明确珠江和长江水系不同光倒刺鲃地理群体的遗传变异及进化关系,为其种质资源保护和可持续开发利用提供科学依据。【方法】从珠江水系（增江、流溪河、北江、连江、漓江、柳江和郁江）和长江水系（阊江、赣江和湘江）的10个支流（群体）采集347尾光倒刺鲃样本,扩增并测定其线粒体DNA（mtDNA）控制区序列;通过MEGA 6.0、DnaSP 6.10和Arlequin 3.5等在线软件统计序列碱基组成、变异位点、遗传距离、核苷酸多样性（π）、单倍型多样性（Hd）及遗传分化系数（Fst）,并进行分子变异分析（AMOVA）、核苷酸错配分布分析、中性检验,以及构建单倍型的系统发育进化树和网络结构图。【结果】光倒刺鲃mtDNA控制区序列长度为519 bp,其中T、C、A、G占比平均值分别为32.57%、19.16%、32.16%和16.11%。在所有mtDNA控制区序列中共检测到62个变异位点,34个单倍型;10个光倒刺鲃群体的Hd平均为0.917,π平均为0.0359,遗传距离为0.0018~0.0790,Fst为-0.0007~0.9978。光倒刺鲃mtDNA控制区序列63.46%的分子遗传变异来自各地理分组间;单倍型网络结构图和系统发育进化树均显示,10个光倒刺鲃群体聚类为三大支系,除了有个别交集外,东江水系、西江水系、赣江水系+湘江水系的光倒刺鲃群体分布在3个不同的独立分支上,而北江+流溪河水系群体分别与东江水系群体和西江水系群体有较多交集。10个光倒刺鲃群体的Fu’s Fs为-1.339~23.759,平均为9.857,但P均大于0.05;Tajima’s D为-2.613~2.824,仅有3个群体的Tajima’s D为显著性负值（P<0.05）;其核苷酸错配分布图谱呈多峰形式,即珠江和长江水系光倒刺鲃群体尚未发生过种群扩张。【结论】珠江和长江水系光倒刺鲃群体遗传多样性总体上偏低,应加强其种质资源保护,尤其是北江水系群体野生资源相对较丰富宜作为重点保护单元。复杂的地形地貌导致珠江和长江水系光倒刺鲃群体形成明显的地理隔离,群体间已发生明显分化,且受各种人为活动干扰导致其种群收缩,因此亟待采取有效防护措施以保证光倒刺鲃种质资源的可持续利用。 相似文献
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为研究野生与养殖小黄鱼群体的遗传多样性,基于mtDNA Cytb基因和D-loop控制区对舟山嵊泗海域(SS)和象山三门口海域(SMK)2个小黄鱼野生群体和1个养殖群体(YZ)的遗传结构与遗传分化等进行比较分析。序列分析结果显示,Cytb基因序列为841 bp,其A+T含量(50.2%)与C+G含量(49.8%)相似;D-loop区序列为629~635 bp,A+T含量(58.9%)远高于C+G含量(41.1%)。SS、SMK和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为26、27和12,SS和SMK群体共享2个单倍型(Hap1和Hap13),SMK和YZ群体共享1个单倍型(Hap41);SS、SMK和YZ群体D-loop区的单倍型数分别为27、30和10,SS和SMK群体共享1个单倍型(Hap4)。多样性分析结果显示,3个群体均属于高单倍型多样性(Hd>0.5),其中,SS和SMK群体单倍型多样性和核苷酸多样性高于YZ群体,表明野生群体多样性略高于养殖群体。遗传分化指数显示,2个小黄鱼野生群体间的分化程度极小,而养殖群体与野生群体间存在中度分化。遗传分化指数和AMOVA分析结果表明,群体内个体的变异是遗传变异的主要来源。Cytb基因和D-loop区序列中性检验结果中SS和SMK群体的Tajima’s D值和Fu and Li's值均为负数,且Cytb基因的Tajima’s D值和Fu and Li's值显著(P<0.05)偏离中性,表明2个野生群体有可能经历过群体扩张。单倍型系统发育树显示,SS、SMK和YZ群体均未表现出明显的地理聚集,群体间互有交叉,表明3个群体间的分化尚不明显。 相似文献
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基于线粒体12SrRNA序列研究凤鲚两个野生群体的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
对凤鲚Coilia mystus长江群体和珠江群体的线粒体DNA(m itochondrial DNA,m tDNA)的12SrRNA基因片断序列进行分析。排列比对后,获得该基因365 bp的一致序列。在所测得的42个序列中,共检测到6种单倍型,其中长江群体有2种,珠江群体有4种。长江群体和珠江群体的单倍型多样性指数分别为0.5263和0.6104,核苷酸多样性指数分别为0.144%和0.192%。凤鲚长江群体内部的遗传距离为0.3%,珠江群体内部的遗传距离为0.3%～0.5%,长江群体与珠江群体之间的遗传距离为0.8%～1.4%。邻接树显示长江凤鲚和珠江凤鲚各自形成一个单系类群。AMOVA分析显示群体间的变异占总变异的82.80%,提示两者可能有相互隔离的遗传结构。 相似文献
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采用PCR技术扩增了鸭绿江、长江、钱塘江、闽江、西江5个群体36尾斑鳜（Siniperca scherzeri Steindachner）mtDNA控制区的基因序列。在长度818bp片断序列中共检测到112个多态性核苷酸位点，具有20种单倍型，不同地理群体的单倍型表型不同，鸭绿江、钱塘江群体中含有多个特异性的核苷酸位点。用MEGA3．0构建了NJ分子树，鸭绿江、长江、钱塘江、西江群体内的个体均能单独聚成群，而闽江群体未能单独成群，个体分别与长江、西江群体聚在一起。这些表明我国斑鳜不同群体间有较明显的遗传分化。 相似文献
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宁夏六盘山地区是甘肃鼢鼠的典型分布区,本研究旨在探讨宁夏境内六盘山地区甘肃鼢鼠遗传多样性及其遗传分化。通过测定甘肃鼢鼠线粒体DNA控制区全序列,分析了六盘山地区6个不同地理种群甘肃鼢鼠遗传多样性与遗传结构。获得了长度为894~897 bp的D-loop序列,定义了20种单倍型,共检出72个变异位点,整体的平均单倍型多样性高（Hd=0.988±0.016）、核苷酸多样性高（Pi=0.022 94±0.001 47）。6个地理种群之间地理距离与遗传距离呈极显著正相关关系（P<0.01）。歧点分布和中性检验均说明宁夏甘肃鼢鼠种群数量保持稳定。基于最大似然法（ML）和贝叶斯法（MB）构建的分子系统进化树表明,6个地理种群,得到3个稳定的分支。泾源、固原和隆德种群聚为一支,海原和西吉种群聚为一支,彭阳种群形成独立的进化分支。结果表明,宁夏六盘山地区甘肃鼢鼠各地理种群间因地理隔离及气候、地形的差异产生了较明显的分化,呈现出了较明显的地理分布格局。 相似文献
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【目的】明确长江下游翘嘴鲌（Culter alburnus）群体遗传多样性的丰富程度和进化历史,为其育种及遗传改良打下基础。【方法】在长江下游水域（淀山湖、高邮湖、太湖、长荡湖及长江江苏段）设点捕获收集翘嘴鲌野生样本,基于线粒体COII基因序列分析5个翘嘴鲌野生群体的遗传多样性,使用DNASPv5计算群体单倍型并进行Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验,运用Arlequin 3.5进行遗传多样性分析、群体分子方差分析（AMOVA）及计算遗传距离和基因流（Nm）。【结果】 5个翘嘴鲌野生群体197个个体的COII基因序列有效长度为425 bp,存在31个变异位点,变异率为7.29%;其碱基含量排序为T （29.61%） >C （28.03%） >A （24.19%） >G （18.17%）,AT含量为53.8%,CG含量为46.2%。31个变异位点在197个个体中共定义出13种单倍型（hap1~hap13）,单倍型多样性指数（Hd）为0.273~0.603,以长江群体和长荡湖群体的最高,太湖群体的最低;核苷酸多样性指数（Pi） 为0.001~0.017,以长荡湖群体的最高,淀山湖群体的最低。5个翘嘴鲌野生群体间的遗传距离为0.002~0.015,即群体间无显著差异;不同群体间的Nm为2.443~54.325,以太湖群体与淀山湖群体间的Nm最大（54.325）,长荡湖群体与淀山湖群体间的Nm最小（2.443）; AMOVA分析结果显示,不同群体间的遗传变异为10.47%,而群体内的遗传变异为89.53%。在5个翘嘴鲌野生群体中,仅长江群体的Tajima’s D和Fu’Fs均为负值且具有显著意义,故推测该群体曾发生过群体扩张现象。【结论】长江下游翘嘴鲌群体表现出低单倍型多样性和高核苷酸多样性,遗传多样性较丰富,群体间存在遗传分化但分化程度差异不显著。因此,后续研究应增加野生翘嘴鲌群体的样品数量和调查水域,全面而系统地评估长江下游各水域翘嘴鲌的种质资源状况,为建立自然保护区及人工增殖放流提供科学依据。 相似文献
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通过资源调查摸清我国长江中下游地区6个鹅品种的保存现状，同时结合微卫星标记对种群结构和动态进行了检测。结果显示，6个鹅品种均处于正常保种状态； 群体平均杂合度最高的是太湖鹅（0.690），最低的是武冈铜鹅（0.567），各鹅种的平均杂合度为0.640。用UPGMA法进行聚类分析，将6个鹅品种聚为3类，四川白鹅、武冈铜鹅、道州灰鹅、酃县白鹅聚为第1类；溆浦鹅为第2类；太湖鹅为第3类。根据资源调查及分子研究结果提出了保种意见。 相似文献