黄瓜花叶病毒分离物核酸酶保护试验(RPA)方法的株系分化研究     

田兆丰  裘季燕  刘伟成  李永丹 《植物病理学报》2005,35(Z1):47-51

 采用黄瓜花叶病毒((CMV)亚组Ⅰ株系Fny-CMV及亚组Ⅱ株系Ls-CMV的RNA₂的特定序列片段的cDNA克隆,体外转录,同时掺入³²P标记制备负链RNA探针,再与纯化的甜椒上的CMV中国分离物的RNA进行杂交,检测其与探针之间的同源性。共检测样品分离物3份。试验结果表明:河南新乡和北京密云的CMV甜椒分离物与Fny-CMV的核苷酸有高度同源性,隶属于Fny-CMV为代表的亚组Ⅰ株系。来自福建的样品与亚组Ⅱ的Ls-CMV株系有高度同源性,隶属于CMV亚组Ⅱ株系。本试验同时利用源于我国CMV亚组Ⅰ的K株系的RNA₂两个EcoR Ⅰ位点间1657-2125 nt的核苷酸序列为探针,同样与以上3份CMV中国分离物进行RNA杂交,进一步比较分析了这几个分离物与我国亚组Ⅰ的K-CMV株系的关系,证明了我国CMV存在亚组与株系分化。  相似文献   

来源于桃和苹果的苹果褪绿叶斑病毒的部分分子生物学特性和cp基因的原核表达   总被引：1，自引：0，他引：1  

郑银英  王国平  洪霓  宋艳苏  游红 《植物病理学报》2007,37(4):356-361

 从桃和苹果上分离得到苹果褪绿叶斑病毒ACLSV-HBP和ACLSV-C2个分离物,采用RT-PCR法进行扩增,所获扩增片段经序列测定,其全长分别为1768nt(ACLSV-HBP)和1751nt(ACLSV-C)。这2个分离物扩增片段全长的同源性为83%,mp基因片段核苷酸和推导编码氨基酸序列同源性分别为82.6%和87.1%;cp基因均由582nt组成,其核苷酸和推导编码氨基酸序列同源性分别为87.8%和95.9%。将2个分离物的cp基因与已报道ACLSV分离物进行序列同源性比较,结果显示ACLSV-HBP与SX/2的cp基因核苷酸序列及推导编码氨基酸序列同源性最高,分别为94.0%和96.4%。将ACLSV-HBP分离物的cp基因克隆到原核表达载体pGEX-KG,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,SDS-PAGE分析表明,融合蛋白大小约为46kDa。Western-blot分析表明,该基因在大肠杆菌内得到高效表达,融合蛋白具有抗原性。  相似文献   

葡萄卷叶伴随病毒2号和3号辽宁分离物部分基因组的序列分析   总被引：3，自引：1，他引：2  

王萌  费菲  周涛  程玉琴  范在丰 《植物病理学报》2009,39(5):458-465

 将采自辽宁兴城地区在生长期间具典型卷叶病症状的金星无核(Venus Seedless)葡萄品种休眠枝条,用RT-PCR检测4种葡萄卷叶伴随病毒(Grapevine leafroll-associated viruses,GLRaVs),扩增得到了葡萄卷叶伴随病毒2号(GLRaV-2)和葡萄卷叶伴随病毒3号(GLRaV-3)两种病毒的主要外壳蛋白(major coat protein,CP)基因的完整序列(GenBank登录号分别为FJ786017和FJ786016)。这表明该葡萄植株受到了GLRaV-2和GLRaV-3辽宁分离物(GLRaV-2-LN和GLRaV-3-LN)的复合侵染。根据检测结果,克隆了GLRaV-2-LN基因组3'端CPm (minor capsid protein)、p19(19-kDa protein)和p24(24-kDa protein)基因(GenBank登录号分别为FJ786018、FJ786019和FJ786018)。序列分析表明,GLRaV-3-LN的CP基因全长942 nt,与已报道的国内外其它分离物CP基因全序列相比,核苷酸序列同源性为89.8%~91.8%,由此推导的氨基酸序列同源性为94.9%~97.4%。GLRaV-2-LN的CP、CPm、p19和p24基因全长分别为597 nt、672 nt、486 nt和618 nt。与国外报道的几个分离物的相应蛋白基因全序列相比,核苷酸序列同源性分别为88.3%~100.0%、78.7%~99.9%、75.1%~99.4%和87.5%~99.5%;由此推导的氨基酸序列同源性分别为92.9%~100.0%、89.2%~100.0%、73.9%~99.4%和89.3%~99.0%。  相似文献   

白术矮化病毒病病原的分子鉴定和部分序列分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

牛颜冰  时晓丽  赵慧琪  张西梅  赵保佳 《植物病理学报》2014,44(4):357-362

 本试验在生物学接种的基础上,利用非序列依赖性PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)对白术矮化病毒病病原进行了分子鉴定,序列测定及分析。结果发现,具有矮化症状的白术为黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)所侵染。为明确CMV白术分离物(CMV-Am)的分类地位,本研究进一步克隆了CMV-Am的外壳蛋白基因(CP)和移动蛋白基因(MP)全序列。序列比对分析表明,CMV-Am与CMV亚组ⅠB中株系XJ2序列同源性最高,核苷酸、氨基酸序列同源性分别为98.9%、99.1%。氨基酸序列同源性聚类分析表明,CMV-Am与中国大多数CMV分离物一样,属于CMV亚组ⅠB。  相似文献   

南瓜蚜传黄化病毒湖北和云南分离物的部分序列分析   总被引：2，自引：0，他引：2  

尚巧霞  向海英  韩成贵  李大伟  于嘉林 《植物病理学报》2008,38(1):64-68

 本研究从带有黄化症状的南瓜叶片中提取总RNA,用RT-PCR方法扩增得到来自湖北和云南的南瓜蚜传黄化病毒(CABYV)2个分离物的1375nt特异性核苷酸片段。分别将PCR产物插入到克隆载体pMD19-T并转化大肠杆菌DH5α,对筛选到的阳性克隆进行了序列测定和分析(GenBank登录号为EF488996和EF488997)。所获片段含有部分复制酶基因576nt,非编码区199nt和完整的CP基因600nt,编码一个由199个氨基酸组成的分子量约为22kDa的结构蛋白。湖北和云南分离物与法国分离物、意大利分离物、西班牙分离物、北京分离物和上海分离物的CP基因核苷酸序列和推测氨基酸序列的同源性分别为93.1%~98.5%和91.4%~98.5%。  相似文献   

四个李属坏死环斑病毒分离物的检测鉴定及CP基因序列分析     

朱良俊  商晗武  姜永厚  周京花 《植物保护学报》2009,36(5):403-409

采用RT-PCR方法,从北京昌平、云南昆明、陕西西安和浙江海宁的樱桃和月季罹病叶片中检测到李属坏死环斑病毒,为分析我国李属坏死环斑病毒分子生态学特性,克隆了病毒分离物的CP基因并进行序列分析。结果显示,北京分离物的CP基因长675nt、编码224aa,而西安、昆明和海宁分离物的CP基因均为681nt、编码226aa。序列相似性分析表明,4个分离物的CP基因之间具 有很高的同源性, 各个分离物间的核苷酸同源性在94.8%~99.3%之间, 氨基酸同源性在94.2%~98.7%之间。序列比对与系统发生树的分析结果显示,北京分离物属于GroupⅡ组,昆明、西安和海宁分离物属于Group Ⅰ组。  相似文献   

小麦黄色花叶病毒不同分离物外壳蛋白(CP)基因序列的比较分析     

韩成贵  李大伟  于嘉林 《植物病理学报》1999,29(3):216-220

 核苷酸序列分析结果表明,小麦黄色花叶病毒(W YMV)不同分离物的外壳蛋白基因存在一定的差异。邓州分离物CP基因在其31~33nt处均缺失了3个核苷酸,其余分离物与潢川分离物及日本分离物长度一致,均为882nt。不同分离物CP基因核苷酸序列同源性为97.3%~98.9%,由此推导的氨基酸序列同源性为97.6%~99.3%,外壳蛋白N末端的110个氨基酸和C末端的55个氨基酸在各个分离物间是高度保守的。潢川分离物有5个氨基酸与其它5个分离物明显不同。WYMV不同分离物外壳蛋白序列分析结果进一步确认了WYMV与WSSMV为Bymovirus属的2种不同病毒。  相似文献   

苹果茎沟病毒梨分离物外壳蛋白基因的克隆和序列分析   总被引：6，自引：1，他引：6  

郑银英  洪霓  王国平  胡红菊 《植物病理学报》2006,36(1):62-67

 选取生物学和血清学特性存在较大差异的苹果茎沟病毒(Apple stem grooving virus,ASGV)梨分离物P-6-1-17、P-4-1-69、P-L2和P-D-21,采用RT-PCR法对3'端进行扩增,所获扩增片段经序列测定,全长分别为1089nt(P-6-1-17、P-L2)和1069nt(P-4-1-69、P-D-21)。4个分离物的CP基因均由714nt组成,其核苷酸和推导编码蛋白氨基酸序列同源性分别为89.8%~96.4%和94.9%~97.9%。将我国4个分离物的CP基因与已报道ASGV分离物及分子变种进行序列同源性比较和系统进化树分析,结果表明我国ASGV分离物至少可分为2个组群,其中生物学表现明显不同于其它分离物的P-L2,其CP基因核苷酸序列显示较大的变异。  相似文献   

黄瓜花叶病毒(CMV)2个山西分离物CP序列测定及亚组分类分析     

张璇  赵慧琪  王德富  郭尚  刘勇  牛颜冰 《植物病理学报》2018,48(1):35-45

 在生物学检测的基础上,利用酶联免疫检测、非序列依赖性PCR(sequence-independent amp-lification, SIA)对感病番茄进行分子鉴定,表现卷叶和花叶症状的番茄均被黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)侵染,分离物分别命名为SXFQ(GenBank登录号为JX993914)和FQ(GenBank登录号为JX993912)。为明确其分类地位,对二者外壳蛋白(coat protein, CP)进行克隆和测序分析。应用DNAMAN软件对本课题组前期检测的7个CMV山西分离物、SXFQ、FQ以及其他3个CMV典型分离物CP序列进行比较分析,发现核苷酸和氨基酸序列最大相似性分别为77.1%~100%和81.6%~100%。氨基酸序列系统进化分析表明,9个CMV山西分离物属于CMV亚组I B的2个分支,其中在指示植物上表现较强症状的SXFQ与其他5个分离物为一分支,在指示植物上表现较弱症状的FQ与其他2个分离物为另一分支。对9个山西分离物CP进行亚组分类分析,结果表明其理化性质、稳定性、疏水性与预测结果相近,2个分支的分离物分别出现相近的氨基酸变异和蛋白结构,存在一定规律性。  相似文献   

侵染香蕉的黄瓜花叶病毒遗传多样性分析     

饶雪琴  吴自林  王婉  周翎  孙洁  李华平 《植物保护学报》2023,50(3):791-799

  相似文献   

李属坏死环斑病毒新疆分离物运动蛋白基因片段的克隆与序列分析     

韩剑  罗明  殷智婷  周国辉  张祥林 《植物保护学报》2015,42(4):564-570

为进一步揭示李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)新疆巴旦木分离物的分子特征、遗传变异及其与宿主之间的相互关系,采用RT-PCR方法扩增并克隆了4个PNRSV新疆巴旦木分离物运动蛋白(move protein,MP)基因片段,并进行了测序及序列同源性分析。结果表明,4个新疆巴旦木PNRSV分离物MP基因片段分别为259、258、254、260 bp;其核苷酸和氨基酸序列与已报道的PNRSV分离物的同源性分别为72.7%~91.7%和75.6%~92.9%,表现出明显差异,其中与美国分离物CH9同源性最高,分别达88.8%~91.7%和82.6%~92.9%;而与同属03亚组的苹果花叶病毒(Apple mosaic virus,Ap MV)同源性较低,仅为51.2%~58.1%和52.3%~61.9%;新疆PNRSV各分离株之间MP基因核苷酸序列同源性较高。系统发育树显示,4个新疆巴旦木PNRSV分离物与Ⅰ组代表毒株PV32的核苷酸序列同源性达88.4%~91.3%,并与Ⅰ组分离物聚集成簇,表明PNRSV新疆巴旦木分离物属于引起严重症状的Ⅰ组株系,且Ⅰ组中各分离物之间表现出一定的寄主相关性,而Ⅱ组和Ⅲ组中各分离物之间未表现出明显的寄主相关性。  相似文献   

番木瓜环斑病毒南瓜分离物外壳蛋白基因的克隆及序列分析          下载免费PDF全文

杨国慧  张仲凯  崔崇士 《植物保护学报》2007,34(3):273-276

利用电镜和酶联免疫法在云南省采集到的5份南瓜病样中检测到番木瓜环斑病毒(Papayaring spot virus,PRSV)。为了进一步从分子水平确定云南省南瓜病毒病原种类,并为下一步转基因育种提供抗性基因,采用反转录PCR(RT-PCR)方法扩增了5个分离物的外壳蛋白(coat protein,CP)基因片段,并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明,番木瓜环斑病毒石屏分离物(PRSV-SP)和番木瓜环斑病毒蒙自分离物(PRSV-MZ)的CP基因长873nt,编码290个氨基酸,番木瓜环斑病毒峨山分离物(PRSV-ES)、番木瓜环斑病毒版纳分离物(PRSV-BN)和番木瓜环斑病毒宾川分离物(PRSV-BC),3个分离物CP基因长867nt,编码288个氨基酸。PRSV5个分离物核苷酸序列的同源性在94%以上,氨基酸序列的同源性在96%以上。与国内外17个分离物相比,核苷酸序列同源性为89.6%~98.7%,氨基酸序列同源性为86.5%~99.6%。其中PRSV-SP和来自于越南分离物PRSV-V47无论是核苷酸序列,还是氨基酸序列同源性都达到了最高,而5个分离物与来自于巴西(PRSV-BR)、美国(PRSV-USA)、墨西哥(PRSV-Y)核苷酸序列同源性均低于90%。  相似文献   

菜豆黄花叶病毒中国和叙利亚蚕豆分离物外壳蛋白的序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

亓鹏  王晓鸣  何月秋 《植物病理学报》2007,37(4):368-376

 病毒病是影响云南省蚕豆生产的重要病害。对采集的蚕豆病毒病标样进行了组织印迹法检测,表明菜豆黄花叶病毒(BYMV)是最主要的病原。据此,以BYMV基因的保守序列设计了一对特异性引物,用BYMV的5个中国云南蚕豆分离物和1个叙利亚蚕豆分离物侵染的蚕豆叶片总RNA为模板,RT-PCR扩增获得了长度为907bp的目标片段。序列分析显示,此片段中包含822bp的外壳蛋白序列。6个分离物间的外壳蛋白核苷酸和推导编码蛋白质的氨基酸序列的同源性分别为86.4%~100.0%和96.7%~100.0%。与GenBank登录的34个具有完整外壳蛋白序列的BYMV分离物进行同源性和系统进化树分析的结果表明,6个分离物在核苷酸和氨基酸水平上与其它分离物的同源性分别为79.1%~97.9%和83.5%~98.5%,BYMV中国蚕豆分离物与日本蚕豆分离物同源性最高。外壳蛋白基因的序列特征揭示,在BYMV中的蚜传相关基序为NAG。  相似文献   

我国部分地区常见农作物上黄瓜花叶病毒分离物核酸多样性分析   总被引：2，自引：2，他引：0  

陈玉珍  谭新球  朱春晖  孙书娥  刘勇  张德咏 《植物保护学报》2016,43(3):427-433

为明确我国黄瓜花叶病毒株系分化及系统进化基本情况,从湖南、新疆、青海和海南4省区采集1 367个样品对其进行酶联免疫和RT-PCR检测,并对分离获得的15个黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)纯化分离物CP、MP、2b核苷酸序列进行相似性和进化树分析及生物学性状比较。结果表明,辣椒、龙葵和黄瓜的CMV阳性检出率较高,分别为54.13%、29.19%和18.46%。进化树分析显示CMV-Q5与CMV亚组II的亲缘性较高;CMV-N7为新发现的重组株系,其CP、2b基因属于CMV亚组IB,MP基因却属于CMV亚组II;其余13个分离物均属于CMV亚组IB。CMV-N7和CMV-Q5在系统寄主心叶烟和枯斑寄主苋色藜上引发的症状相似,但比对照株系CMV-P3613(IB)的发病时间要晚1~2 d,系统花叶较温和,枯斑较小。表明在以上4省区常见农作物上广泛流行的CMV存在分子变异。  相似文献   

黄瓜花叶病毒两个甜瓜分离物的基因组及其侵染性克隆     

刘莉铭  彭斌  刘美  吴会杰  康保珊  古勤生 《植物保护学报》2023,50(1):178-186

为明确黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus,CMV）甜瓜分离物的分子变异情况及其侵染性,对2个甜瓜分离物CH99和XH18的基因组进行克隆、测序和分析,并通过构建全长cDNA克隆分析其侵染性。结果显示,黄瓜花叶病毒甜瓜CH99分离物3条RNA长度分别为3 356、3 049和2 211 nt,甜瓜XH18分离物3条RNA长度分别为3 381、3 048和2 217 nt。分离物CH99与XH18的核苷酸序列一致性为89.40%～95.80%,氨基酸序列一致性为90.00%～97.80%,CH99分离物与其他CMV分离物的核苷酸和氨基酸序列一致性平均值分别为79.23%～89.29%和73.52%～93.90%,XH18分离物与其他CMV分离物的核苷酸和氨基酸序列一致性平均值分别为79.81%～89.83%和74.02%～95.14%。遗传发育分析显示,这2个分离物均属于亚组IB成员。接种试验结果显示,分离物CH99和XH18的侵染性克隆构建成功,这2个分离物均能系统侵染本生烟、甜瓜和黄瓜,并在本生烟和甜瓜上引起较严重的症状,在黄瓜上引起的症状较弱,而二者均不能侵染西...  相似文献   

我国部分省市草莓种苗中黄瓜花叶病毒的检测分析     

王佳  周宇  祝宁  陈柳  任俊达  杨爱珍  韩成贵  尚巧霞 《植物病理学报》2021,50(6):649-656

 为明确黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)在草莓上的发生和危害情况,利用RT-PCR方法对不同产地的不同品种草莓种苗进行检测,并对CMV草莓分离物的部分核苷酸序列进行了分析。结果表明,CMV侵染草莓后产生的症状主要为植株不同部位的畸形、变色,但有些无明显症状的植株也可以检测出CMV。共检测了我国7个不同省市的220个草莓种苗样品,其中北京、云南、辽宁、河北、四川和陕西的草莓种苗样品中均可检出CMV,内蒙古的种苗中未检出CMV。检测的6个不同草莓品种均含CMV,但北京和内蒙古的‘红颜'种苗未检出CMV,云南的‘圣诞红'种苗CMV检出率仅为2.6%。利用RT-PCR技术扩增草莓种苗中CMV的特异性核苷酸片段并对PCR产物测序,得到包含部分外壳蛋白基因及3'端非编码区共430 bp的2个草莓分离物序列。获得的2个分离物序列的核苷酸序列同源性为90.97%,序列比对分析结果表明2个分离物分属于CMV不同亚组,其中北京草莓分离物Bjcmz归属于亚组IA,河北分离物Hbcmc归属于亚组IB。  相似文献   

我国部分省市草莓种苗中黄瓜花叶病毒的检测分析     

王佳  周宇  祝宁  陈柳  任俊达  杨爱珍  韩成贵  尚巧霞 《植物病理学报》2020,50(6):649-656

 为明确黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)在草莓上的发生和危害情况,利用RT-PCR方法对不同产地的不同品种草莓种苗进行检测,并对CMV草莓分离物的部分核苷酸序列进行了分析。结果表明,CMV侵染草莓后产生的症状主要为植株不同部位的畸形、变色,但有些无明显症状的植株也可以检测出CMV。共检测了我国7个不同省市的220个草莓种苗样品,其中北京、云南、辽宁、河北、四川和陕西的草莓种苗样品中均可检出CMV,内蒙古的种苗中未检出CMV。检测的6个不同草莓品种均含CMV,但北京和内蒙古的‘红颜'种苗未检出CMV,云南的‘圣诞红'种苗CMV检出率仅为2.6%。利用RT-PCR技术扩增草莓种苗中CMV的特异性核苷酸片段并对PCR产物测序,得到包含部分外壳蛋白基因及3'端非编码区共430 bp的2个草莓分离物序列。获得的2个分离物序列的核苷酸序列同源性为90.97%,序列比对分析结果表明2个分离物分属于CMV不同亚组,其中北京草莓分离物Bjcmz归属于亚组IA,河北分离物Hbcmc归属于亚组IB。  相似文献   

合肥地区发生的西瓜花叶病的病原鉴定   总被引：1，自引：1，他引：0  

张大伟  李世访  范卫红  成卓敏  王杰 《植物病理学报》2004,34(5):474-476

 从合肥市郊区的西瓜病叶上分离出一病毒分离物,该分离物的热钝化温度为60~65℃,稀释终点为10^-4~10^-5,寄主体外存活期为20~23 d,电镜观察病毒粒子约750 nm×13 nm。参考已发表的小西葫芦黄化花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV) CP基因序列设计引物,RT-PCR扩增得到CP基因片段。将该CP片段克隆到pGEM-3Zf (+)中,测序结果表明,该CP基因全长840 nt,共编码279个氨基酸,与国内报道的ZYMV CP基因的核苷酸序列同源性为83.0%~97.3%,氨基酸序列的同源性为91.8%~99.8%,证明该分离物为ZYMV。  相似文献   

我国不同CMV分离物2b基因片段的RT-PCR扩增及其序列比较   总被引：6，自引：2，他引：6  

庄木  王晓武  谢丙炎  郑文光  冯兰香  方智远 《植物病理学报》2003,33(2):146-150

 本研究根据黄瓜花叶病毒2b基因的保守序列设计引物,利用一步RT-PCR技术对多个不同寄主和不同地理来源的黄瓜花叶病毒分离物的2b基因片段进行扩增,获得了含该基因全长约90%的cDNA片段(300bp)。序列测定与比较分析结果表明,国内不同CMV分离物2b基因片段核酸序列同源性达93%以上,推测的氨基酸序列同源性超过90%,且均属于亚组Ⅰ。  相似文献   

香蕉束顶病毒海口分离物基因组的克隆及序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

冯团诚  王健华  刘志昕 《植物病理学报》2010,40(1):40-50

 以海口香蕉束顶病株的幼嫩假茎和叶片总DNA为模板,通过反向PCR法克隆了香蕉束顶病毒(Banana bunchy top virus,BBTV)海口分离物(命名为BBTV-HaiKou)的6个DNA组分的全长序列。结果表明,DNA1~6序列全长分别为1106、1040、1058、1040、1013和1082nt。各组分非编码区各包含一个茎环共同区和一个主要共同区,同源性分别为91.55%和88.45%。各组分编码区均编码一个开放可读框(ORF),其中DNA1 ORF内部还有一个小的ORF。序列分析表明,BBTV-HaiKou分离物与其它分离物间的DNA1最为保守,DNA2变异最大。DNA1组分核苷酸序列与亚洲组、南太平洋组各分离物及ABTV (Abacá bunchy top virus)分离物同源性分别为93.1%~99.1%,89.6%~90.7%和76.2%~77.4%,相应的编码蛋白氨基酸序列同源性在BBTV和ABTV中分别为93.4%~100%和85.7%。根据Karan等的分类方法,确定BBTV-HaiKou分离物属于亚洲组成员。  相似文献