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利用RAD-seq简化基因组测序鉴定狼山鸡保种群个体基因组SNP标记,计算个体(间)分子近交系数和分子亲缘系数,结合系谱信息组建高、低近交两个试验组。分析后代繁殖性状近交衰退系数,评价近交对繁殖性状的影响。结果显示:利用FROH、FGRM、FHOM和FUNI四种分子近交系数结合亲缘系数kin估算的后代分子近交系数较为一致。低近交组后代的平均分子近交系数小于0.04,高近交组(6个家系)后代的平均分子近交系数介于0.14~0.25。近交对各繁殖性状的效应表现并不一致。高近交组后代母鸡开产日龄、300日龄产蛋数发生显著衰退(P<0.05,P<0.01),且与分子近交系数呈显著相关(P<0.05,P<0.01);开产体重和开产蛋重未发生显著性衰退(P>0.05)。研究结果为进一步探讨狼山鸡繁殖性状近交衰退分子机制提供了基础。 相似文献
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不同来源大白猪总产仔数近交衰退评估 总被引：2，自引：2，他引：0
旨在评估两个不同来源大白猪群体经过近8个世代的选育后总产仔数（total number of piglets born，TNB）近交衰退的程度。本研究对1 937头大白猪使用GeneSeek GGP Porcine HD芯片进行分型，其中1 039头来自加系大白猪和898头来自法系大白猪，且两品系均有表型记录和系谱记录，系谱共由3 086头大白猪组成。分别使用系谱、SNP和ROH进行个体近交系数估计，并将近交系数作为协变量利用动物模型对总产仔数进行近交衰退评估。为了精准定位导致总产仔数衰退的基因组片段，又进一步对每条染色体以及显著染色体分段计算近交系数并估计其效应，检测是否能引起总产仔数发生近交衰退现象。对于加系群体，FROH、FGRM和FPED估计的近交系数均值分别为0.124、0.042和0.013，其中FROH和FPED相关最高，相关系数为0.358；对于法系群体，FROH、FGRM和FPED均值分别为0.123、0.052和0.007，其中FROH和FGRM相关最高，相关系数为0.371。利用3种不同计算方法所得近交系数用于估计近交衰退时，加系群体的总产仔数均检测到显著的近交衰退，而且当FROH、FGRM和FPED每增加10%时，总产仔数分别减少0.571、0.341和0.823头；但法系群体仅有FROH估计的总产仔数检测到显著近交衰退，FROH每增加10%时，总产仔数减少0.690头。为了锁定相关的染色体和基因组区段，首先利用ROH估计每条染色体近交系数并进行近交衰退分析发现，加系群体中检测到第6、7、8和13号染色体产生了显著近的总产仔数交衰退，而法系群体未检测到与近交衰退相关的染色体。然后，又将与加系总产仔数近交衰退显著相关的4条染色体平均分为2、4、6、8个片段进行近交衰退检测，其中平均分成8段后的染色片段的长度范围为15.1~25.8 Mb。在第6、7和8号染色体分别检测到1、2和3个与总产仔数相关的近交衰退染色体片段。这些区域注释到了CUL7、MAPK14和PPARD基因与胎盘发育相关，AREG和EREG基因与卵母细胞成熟有关。本研究利用3种近交系数计算方法对两个不同来源的大白猪总产仔数进行近交衰退评估，在加系大白猪中3种估计方法都能检测到近交衰退的现象，而法系群体中只有FROH才能检测到。而且通过ROH方法进一步确定了能引起加系大白猪总产仔数衰退的4条染色体和6个特定的染色体区段，还注释到了与繁殖相关的候选基因。这为揭示近交衰退的遗传机制提供了新的研究手段，也为基因组选种选配提供了参考依据。 相似文献
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分析群体近交程度是群体遗传学研究的基本内容．对指导动物育种和保种工作具有重要的意义。畜禽群体近交程度分析包括整理系谱资料、计算个体近交系数和群体平均近交系数、个体间亲缘系数和群体平均亲缘系数以及预测后代近交程度等内容．其核心内容是计算近交和亲缘系数、而计算近交和亲缘系数的方法目前主要有通径回路法与亲子协方差表法两种。相比之下以亲子协方差表法更适合一般系谱资料和容易计算机编程。本文围绕亲子协方差表法、在推导出亲子间近交和亲缘系数关系的基础上，采用先进的计算机语言研制了畜禽群体近交程度分析系统。１分… 相似文献
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为了解峨边花牛保种场内个体间的近交程度,以便进行科学的繁殖管理,采用亲缘协方差法分析了峨边花牛保种场内81个个体间的近交系数。结果表明:峨边花牛保种场内11个个体存在近交;结合保种场分区轮牧的生产实际,以后代的平均近交程度最小为目标,科学筛选了4头种公牛,并优化了交配方案,建立了推荐交配组合。该研究对于有效防止峨边花牛核心群近交衰退具有重要意义。 相似文献
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淅川畜牧场保存地方品种南阳黑猪已17 年。保种群母猪按每头所反映到的实际近交情况计算的平均近交系数,在1992,年底为0.0442。母猪的繁殖性能,因近交程度的增加有没有变化,直接关系到品种保存的质量。本文统计分析了场内1980年以后出生的部份不同近交程度南阳黑母猪的繁殖成绩。 按远交(即不存在近交,近交系数0.0000)、远亲 (近交系数0.0001～0.0155)、中亲(0.0156～0.0624)、近亲(0.0625～0.1249)、嫡亲(0.1250以上) 相似文献
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小梅山猪最佳近交区域的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
将江苏农林职业技术学院小梅山猪育种中心839窝纯种小梅山猪按其近交系数的大小(F=0～39.9%),分成9组,运用数量遗传原理,探讨小梅山猪以产活仔数为主目标性状的繁殖性能近交效应,发现小梅山猪最佳近交区域为近交系数0.1%～14.9%,较佳近交区域近交系数为15%～19.9%;衰退区域近交系数为20%～39.9%。结果表明:小梅山猪具有安全近交区域广、耐近交能力强等优良特性。 相似文献
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本文估计了褐壳蛋鸡洛岛红(AA)和浅花苏赛克斯(BB)在正反反复选择(RRS)下的近交系数,分析了近交对选择标准饲料利用率及其相关性状和繁殖性状的影响。试验群体由两纯种及其正反交组合和相应的对照组组成。经过7个世代的RRS和近交试验,试验组AA和BB(括弧里为对照组1AA和1BB)用系谱材料计算出的平均累积近交系数分别为2.58％和3.23％(9.33和8.17%)或每代为0.43%(1.35%),用有效群体含量估计出的AA与BB的相应数值为2.91％与2.83％(5.84%与5.92％)或每代为0.42％(0.86％)。1％近交系数导致的孵化率和饲料利用率的近交衰退较严重(0.5％和0.4％),其次是产蛋性状(约0.3％),而体重和蛋重只有0.1％左右。在本研究中,通过连续7代的RRS与合适的留种率等措施,成功地将闭锁群体的近交系数控制在3%以下的低水平,消除或减轻了近交对饲料利用率等重要经济性状的不利影响。 相似文献
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为研究近交对中国荷斯坦牛泌乳性能影响，收集2008年5月至2022年2月河南37家奶牛场67 150头中国荷斯坦牛1～5胎次共128 282条泌乳性能记录数据，筛选后用于分析的数据共23 933头奶牛40 737条数据。个体近交系数Fped是基于系谱信息采用R(v4.1.2)nadiv包计算，将奶牛按照近交系数分为无近交组(Fped=0)、低近交组(Fped≤6.25%)和高近交组(Fped>6.25%)3个组。采用R(v4.1.2)方差分析(aov)函数，分析不同近交系数分组对泌乳性能指标的影响。采用DMU软件(v6)和动物模型按照总数据和分胎次对泌乳性能进行近交衰退评估，在评估模型中近交系数作为协变量，近交系数回归系数即为近交衰退效应值，并进行显著性检验。结果表明：近交对奶牛305 d产奶量、305 d乳脂量和305 d乳蛋白量有极显著影响；近交系数每增加1%,305 d产奶量、305 d乳脂量和305 d乳蛋白量分别减少8.55 kg(P<0.01)、0.22 kg(P<0.... 相似文献
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奶牛有亲缘关系的个体交配产生近交后代,其后代的近交系数为双亲亲缘系数的一半。近交的后果之一是一些性状的平均表型值下降,即“近交退化”(Falconer 1989,Schmidt等1988)。研究表明,近交百分率每增加1个百分点都会导致产奶量下降22～23公斤(50磅)。近交不仅使致死因子的纯合性提高(VonKrosigk and Lush 1958,Young等.1969,Hodges等1979,Hodson and Vanvleck1984,Hermas等1987),而且近交降低了加性的遗传方差。奶牛的繁殖依靠先进的人工授精技术,只有少 相似文献
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[目的]利用德国西门塔尔牛(弗莱维赫牛)与澳大利亚西门塔尔母牛品系间、及德国西门塔尔牛(弗莱维赫牛)与本地肉用母牛选种选配后,培育优秀种群。[方法]通过个体牛只信息和编号、父母代和祖父母代信息和编号,采用近交系数和亲缘系数的计算公式,利用R语言编制程序计算47头德国西门塔尔牛(弗莱维赫牛)的后代母牛个体间亲缘系数和近交系数。[结果]所有个体间均无近交,近交系数为0,群体亲缘系数值在0～0.500 0之间。本试验的牛群主要来自于自繁自育母牛场,做选配时,较好地控制了近交系数,但是,从亲缘系数来看,在群使用的种公牛较少,为防止近交,有必要提高使用种公牛家系的数量,每年都要计算近交系数和亲缘系数。 相似文献
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一种扩展的动态选择规则能够在公母畜间有不同的年龄组数目的世代重叠群体内约束年近交速率为一个预定义值，逐年最大化遗传反应。该规则考虑在世代重叠群体中按性别一年龄分组，通过限制父母亲群体性别一年龄组的平均加性遗传相关的增加，从而限制新生后代平均近交系数的增加。动态选择程序通过输入候选个体的BLUP估计育种值、所有个体的加性遗传相关矩阵和所有性别一年龄组的长期遗传贡献，给出最适宜的选留个体数及其每个选留个体最适宜的后代数。猪核心群随机模拟结果显示该动态选择规则能够获得预定义的近交速率。在相同的近交速率条件下，动态选择比截断选择获得高达10％的更多年遗传进展。 相似文献
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与其他畜禽相比，我国兔新品种培育相对落后，工厂化饲养的主流品种还很大程度依赖国外引进。为节约引种成本和提高引种后的利用效率，本研究分析了引种群体大小与选种方案对引种后繁殖各世代群体生产性能和近交的影响。采用AlphaSimR软件进行群体模拟，共设计了3个不同引种规模、4个选种方案以及3个不同遗传力大小的数量性状，基于系谱信息和动物模型估计个体育种值。结果发现，引种后繁殖各世代群体的生产性能主要取决于性状遗传力的高低与所采用的选种方案，与引种群体大小之间没有明显的相关性。在不同选种方案中，当过分强调性状的性能提高时，群体的近交系数则会快速地上升；相反，不论群体大小如何，在采用随机选种方案时所观察到的近交增量最低。基于这些结果可以看出，在引种群规模较小时，尤其需要注意制定合适的选种方案，以避免过度近交的发生；而当引种群规模较大时，则可以适当强调性能的选育提高。与引种群的大小相比，选种方案对引种后繁殖群体生产性能和近交的影响更加显著。 相似文献
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马鹿小群体近交程度分析与优化交配方案制订 总被引：1，自引：0，他引：1
采用亲缘协方差法分析了哈尔滨市动物园马鹿种群的近交程度。从当前群体中区分出可繁公母鹿,估计每对公母鹿将生后代的近交系数,据此以后代的平均近交程度最小为目标，利用整数线性规划制订了马鹿种群交配方案，从而保证了未来鹿群具有较大的遗传变异。该方法亦可应用于其它动物小群体的保护工作。 相似文献
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1近交系的命名 近交系是由全同胞兄妹或亲子连续20世代交配而育成的，其近交系数应达到或大于98．6％，且所有个体可以追溯到一对共同祖先。亲子配或全同胞配是近交的2种极端形式，也称“急骤近交”。 相似文献