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1.
《福建农林大学学报(自然科学版)》2020,(2)
采用16S rDNA扩增子测序方法探究了5种植被[艾草(Artemisia argyi)、一年蓬(Erigeron annuus)、马唐(Digitaria sanguinalis)、鬼针草(Bidens pilosa)和飞扬草(Euphorbia hirta)]根际的微生物群落.结果表明,变形杆菌(37.8%±2.1%)、酸杆菌门(17.7%±3.8%)和拟杆菌门(16.5%±6.15%)为此片红壤的主要优势菌群.植被类型在一定程度上影响了根际土壤细菌群落丰度及多样性.在门水平,鬼针草土样中的拟杆菌门和硝化螺旋菌门、一年蓬土样中的放线菌门相对富集;在目水平,假单胞菌目和噬纤维菌目分别在艾草土样和鬼针草土样中相对富集.样本共有的OTUs数目约占各个样本OTUs总数的50%,各样品特有的OTUs占比1%～4%.不同植被覆盖下土样细菌的α-多样性指数无显著性差异,飞扬草土样的物种丰度(Chao1=2 388)和多样性指数(H′=9.508)略高于其它样品,艾草土样的物种丰度(Chao1=2 154)和多样性指数最低(H′=8.964).PCoA与OTU聚类分析显示,鬼针草土样与飞扬草土样的群落组成最为相似,马唐土样与前二者差异最大.结果表明,不同植被下红壤细菌菌群物种组成和多样性相对稳定,但不同植被条件会造成土壤中细菌种群在丰度和个别物种上的差异,表现出各自独特的物种特征. 相似文献
2.
[目的]研究微生物添加剂对甘蔗尾叶青贮细菌多样性的影响,为甘蔗尾叶青贮技术优化提供参考依据.[方法]试验设3个处理:处理1在新鲜甘蔗尾叶中添加1%植物乳杆菌和3%米曲霉,处理2添加1%饲用复合微生物制剂,以新鲜甘蔗尾叶直接青贮为对照处理.青贮原料切碎后与添加剂充分混匀,密封,室温青贮45 d后采样,放入无菌样品袋,-80℃保存.采用Miseq高通量测序分析甘蔗尾叶青贮细菌门、属水平群落结构,并对3个处理的甘蔗尾叶青贮进行感官评定.[结果]对照、处理1和处理2甘蔗尾叶青贮的感官评定等级分别为良好、良好和一般.3个处理甘蔗尾叶青贮细菌共有操作分类单元(OTU)182个,对照、处理1和处理2特有OTUs分别为179、319和3321个,OTUs总数分别为845、1115和3815个.处理2的甘蔗青贮细菌群落Shannon指数和Chao1指数均显著高于对照和处理1(P<0.05,下同),处理1的Shannon指数和Simpson指数显著高于对照,3个处理的覆盖指数均接近1.00.在门水平上,对照和处理1甘蔗尾叶青贮的优势细菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),相对丰度分别为95.92%、2.46%和84.90%、13.79%;处理2的优势细菌门为变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes),相对丰度分别为74.67%、23.52%和1.61%.在属水平上,对照甘蔗尾叶青贮细菌中相对丰度在1.00%以上的属有乳杆菌属(Lactobacil-lus)、梭菌属IV群(Clostridium_IV)和严格梭菌属(Clostridium_sensu_stricto),三者相对丰度分别为84.28%、1.18%和5.14%;处理1中,乳杆菌属、醋酸杆菌属(Acetobacter)和芽孢杆菌属(Bacillus)3个属的相对丰度在1.00%以上,分别为78.56%、12.78%和4.14%;处理2甘蔗尾叶青贮细菌中相对丰度在1.00%以上的属有10个,其中腐败菌肠杆菌科未分类菌属(Enterobacteriaceae_unclassified)(47.64%)、梭菌科未分类菌属(Clostridiaceae_1_unclassified)(7.62%)、梭菌属IV群(Clostridium_IV)(4.79%)和肠杆菌属(Enterobacter)(7.38%)占绝对优势,乳杆菌属相对丰度仅为0.81%.[结论]甘蔗尾叶添加饲用复合微生物制剂进行青贮,其物种数最丰富,但腐败菌未得到抑制;甘蔗尾叶添加植物乳杆菌和米曲霉进行青贮可显著提高甘蔗尾叶青贮细菌群落的繁殖生长,进而提高甘蔗尾叶青贮的微生物多样性及群落相对丰度,可在甘蔗尾叶青贮中应用. 相似文献
3.
基于MiSeq分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及群落结构 总被引：2，自引：0，他引：2
采用MiSeq高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃细菌的多样性及菌群结构。选用3只140日龄健康公羊,其平均体质量为(15.53±0.21)kg,饲喂10 d后,于150日龄时采集瘤胃液(样品A),40 d后再次采集瘤胃液(样品F),提取瘤胃液细菌基因组DNA,对细菌16S rDNA序列V4区进行MiSeq测序。结果显示:1)从样品A与样品F中共获得高质量序列338 830条,聚类后得3 400个运算分类单位(OTU);2)样品A的α多样性指数高于样品F的,但其差异无统计学意义;3)门水平上,样品A最高相对丰度为拟杆菌门的(占总序列数的40.87%),其次为厚壁菌门的(27.19%),样品F最高相对丰度为拟杆菌门的(47.12%),其次为变形菌门的(19.99%),再次为厚壁菌门的(18.05%),样品A厚壁菌门的相对丰度极显著高于样品F的(P0.01);4)在属水平上,样品A与样品F的最高相对丰度均为普雷沃氏菌属的(样品A的为25.54%,样品F的为27.67%),样品A中月形单胞菌属、丁酸弧菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸弧菌属、琥珀酸菌属等的相对丰度显著高于样品F的(P0.05)。试验结果表明,川中黑山羊瘤胃中相对丰度最高的菌门为拟杆菌门,相对丰度最高的菌属为普雷沃氏菌属,且两瘤胃样品中部分细菌相对丰度间的差异显著。 相似文献
4.
《甘肃农业大学学报》2021,(4)
【目的】探究合作猪夏季和冬季肠道微生物菌群多样性和组成特征.【方法】采用16S rRNA基因测序技术分析夏季和冬季半放牧饲养的6月龄健康合作猪的粪便菌群结构特征.【结果】合作猪冬季与夏季肠道菌群α多样性指数差异不显著(P0.05),但β多样性冬季显著高于夏季(P0.05);厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和螺旋体门(Spirochaetes)为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群优势菌门,unidentified_Clostridiales细菌属和Terrisporobacter为夏季合作猪和冬季合作猪粪便菌群的优势菌属.菌群组成差异分析显示,在科水平,夏季合作猪粪便菌群中链球菌科(Streptococcaceae)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、丹毒丝菌科(Erysipelotrichaceae)、乳杆菌科(Lactobacillaceae)和消化球菌科(Peptococcaceae)的相对丰度显著高于冬季合作猪(P0.05),而冬季合作猪粪便菌群中甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)的相对丰度显著高于夏季合作猪(P0.05);在种水平,拟普雷沃菌309(Alloprevotella_sp_feline_oral_taxon_309)、梭菌属细菌ID5(Clostridium_sp_ID5)、柏林密螺旋体菌(Treponema_berlinense)和溶纸梭菌(Clostridium papyrosolvens)在夏季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于冬季合作猪(P0.05);反刍甲烷杆菌(Methanobrevibacter_ruminantium)、瘤胃菌属细菌YS3(Rumen_bacterium_YS3)以及毛螺旋菌科细菌YE64 (Bacterium YE64)在冬季合作猪粪便菌群中的相对丰度均显著高于夏季合作猪(P0.05).【结论】合作猪肠道菌群多样性和组成与其适应不同季节气候和饲草种类的变化有关. 相似文献
5.
【目的】明确健康与患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤以及根内细菌群落组成与多样性。【方法】采用Illumina Miseq高通量测序技术,分别对草莓根际土壤、非根际土壤及根内细菌16S rRNA基因的V3～V4区进行扩增并测序,分析健康与患根腐病草莓根际土壤、非根际土壤及根内细菌群落结构与多样性。【结果】健康与患根腐病草莓土壤及根内细菌多样性丰富,健康草莓组共鉴定出细菌30个门、78个纲、131个目、238个科、489个属,患根腐病草莓组共鉴定出细菌30个门、78个纲、131个目、233个科、483个属。门水平上,变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)为根际和非根际土壤的优势菌门,放线菌门和拟杆菌门的相对丰度在健康与患根腐病草莓根际、非根际土壤中存在差异。根内样品中的优势菌门为变形菌门和蓝细菌门(Cyanobacteria),二者的相对丰度在健康与患根腐病草莓根内存在显著性差异。属水平上,鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、新鞘氨醇杆菌属(Novosphin... 相似文献
6.
【目的】miR-146a作为抑炎因子,仍然不清楚其是否参与宿主与微生物间的互作,进而影响肠道稳态,因此本文旨在研究miR-146a对小鼠肠道菌群的影响。【方法】以肠道miR-146a特异性敲除小鼠(CKO鼠)及对照小鼠(Flox鼠)为研究对象,利用16S rRNA高通量测序法检测2组空肠段的微生物菌群分布。【结果】测序共获得1 134个用于物种分类的OTUs,包括37门、80纲、161目、198科、261属、117种的细菌;Flox组和CKO组小鼠的空肠微生物中共有46个相同的OTUs;各组肠道微生物中厚壁菌门Firmicutes、拟杆菌门Bacteroidota、疣微菌门Verrucomicrobiota、变形菌门Proteobacteria和脱硫杆菌门Desulfobacterota是优势菌门;2组肠道微生物群落组成整体相似,但CKO组梭状芽孢杆菌纲Clostridia的平均相对丰度高于Flox组(P=0.067),毛螺菌目Lachnospirales平均相对丰度显著高于Flox组(P<0.05),其他层级组成无显著差异。【结论】miR-146a敲除可改变宿主肠道梭状芽孢杆菌... 相似文献
7.
【目的】了解泰山白首乌根际土壤微生物群落结构和组成,为充分利用根际微生物资源,优选根
际促生菌、提高仿野生种植技术提供理论依据及科学支撑。【方法】采用 Illumina MiSeq 高通量测序技术,分析
测定 3 个产地 2 个根茎深度的泰山白首乌根际土壤细菌群落的丰富度和多样性。【结果】测序结果显示,6 个泰
山白首乌根际土壤样品共得到细菌 5 404 个 OTUs,分属于 22 门 63 纲 98 目 170 科 274 属,其中样品 LW20 的优
势菌门为酸杆菌门 Acidobacteria,相对丰度为 24.76%;样品 LW10、LX10、LX20、CQ10、CQ20 的优势菌门均
为变形菌门 Proteobacteria,相对丰度分别为 57.89%、46.00%、38.22%、27.29%、31.05%;样品 LW10 的优势属
为假单胞菌属 Pseudomonas,相对丰度为 22.35%;样品 LW20 的优势属为 Spartobacteria-genera-incertae-sedis,
相对丰度为 21.37%;样品 LX10 的优势属为土壤红杆菌属 Solirubrobacter,相对丰度为 5.57%;样品 LX20 的优
势属为鞘氨醇单胞菌属 Sphingomonas,相对丰度为 4.31%;样品 CQ10 的优势属为 norank-Acidobacteria-Gp4,
相对丰度为 9.58%;样品 CQ20 的优势属为 Streptophyta,相对丰度为 9.02%。【结论】综合比较,样品 CQ10 的
细菌群落丰度和多样性最高,Chao 和 Ace 指数分别为 1 150.41 和 1 102.51;样品 LX10 的细菌群落分布最均匀,
Shannoneven 指数为 0.8315;随着地下根茎深度加深,细菌微生物群落的丰度和多样性降低,不同产地和根茎深
度样品间土壤细菌群落存在显著差异性。 相似文献
8.
《福建农业学报》2021,(6)
【目的】水产养殖中广泛使用抗生素会导致抗生素抗性基因在水环境中的传播。水生植物满江红含有丰富的内生菌,建立满江红内生细菌群落及所含有的抗生素抗性基因的检测方法,可以为水环境中抗性基因的监测提供参考。【方法】用3种不同的培养基对小叶满江红的内生细菌进行培养并对培养物进行宏基因组测序及生物信息学分析。【结果】共得到高质量的序列数据量48.66 G,预测出54 180个基因(ORFs)。通过分类学信息数据库NR共注释出1 712种微生物物种,在总门水平上属38个门,其中3种培养物中变形菌门(Proteobacteria)的物种丰度均占全部门类的99.14%以上。在总属水平,草螺菌属(Herbaspirillum)的丰度为91%左右,伯克霍尔德菌属(Burkholderia)可达1.2%左右。比对抗生素抗性基因数据库ARDB,3个样品共注释到10个与抗生素有关基因ARG,主要针对杆菌肽(bacitracin)和氯霉素(chloramphenicol)产生抗性。与综合抗生素抗性基因数据库CARD进行比对,获得212抗生素相关基因ARO。按照抗性机制分类,其中对抗生素起直接作用的抗性类基因AR的丰度占88%以上;对抗生素有敏感作用的抗性基因AS的丰度均在7%左右;抗生素靶标类抗性基因AT占4%～6%。【结论】通过3种不同的培养基获得的满江红内生细菌的群落结构,抗生素抗性基因类型基本一致。 相似文献
9.
【目的】研究妊娠期小鼠灌喂鼠李糖乳杆菌至分娩前对小鼠粪便中菌群多样性和物种丰度的影响。【方法】选择体重相近(23.33±1.55) g,配种日期相同的昆明妊娠小白鼠30只,将30只妊娠小鼠随机分为2组,每组15只,分别为对照组和试验组。在相同的饲养条件和日粮营养水平下,对照组饲喂基础日粮,试验组饲喂基础日粮的基础上灌喂0.5 mL含有0.125 g鼠李糖乳杆菌的灭菌生理盐水,试验期21 d。【结果】(1)灌喂鼠李糖乳杆菌对小鼠粪便菌群多样性无显著性影响(P>0.05),但降低了试验组Simpson指数。(2)在门水平上,厚壁菌门、拟杆菌门和变形菌门的丰度之和在90%以上,厚壁菌门试验组显著高于对照组(P<0.05),但拟杆菌菌门和变形菌门试验组分别比对照组降低了21.95%(P<0.05)、26.15%(P<0.05)。在科水平上,毛螺菌科、乳酸细菌科和韦荣球菌科试验组显著高于对照组(P<0.05)。在属水平上,乳酸杆菌属、未确定毛螺菌科属与Lachnoclostridium试验组显著高于对照组(P<0.05)。【结论】妊娠期小鼠灌喂鼠李糖乳杆菌,对小鼠粪便菌群多样性无显著性影响,但可以提高小鼠肠道细菌物种丰度,对厚壁菌门、毛螺菌科、乳酸细菌科、韦荣球菌科、乳酸杆菌属、未确定毛螺菌科属和Lachnoclostridium丰度具有显著性影响。 相似文献
10.
[目的]比较稻鸭共育模式与常规管理模式种植水稻的根际土壤微生物种群多样性,为利用土壤微生物多样性开展水稻生态栽培提供科学依据.[方法]采集常规管理模式水稻根际土壤样品(记为S2)和稻鸭共育模式水稻根际土壤样品(记为S3),采用电位法测定土壤pH、重铬酸钾—外加热法测定土壤有机质含量;针对土壤样品真菌ITS1~ITS2区域和细菌16S rDNA扩增子V3~V4区域进行Illumina MiSeq 2×300 bp双末端测序,分析两种模式土壤真菌和细菌的种类及丰度差异.[结果]S3的pH为5.10,有机质含量为23.91 g/kg;S2的pH为5.34,有机质含量为19.84 g/kg.在真菌门水平上,两种管理模式的根际土壤优势门均为子囊菌门(Ascomycota),S3中子囊菌门的相对丰度为42.36%,S2为93.67%,两者相差2.21倍;在真菌属的水平上,S3的优势属为毛壳菌属(Chaetomium),相对丰度为2.63%,而S2的毛壳菌属相对丰度仅为0.26%,两者相差10.12倍;S3中居第2位的属是嗜热真菌属(Mycothermus),相对丰度为2.21%,而S2的嗜热真菌属相对丰度为0.05%,两者相差44.20倍;S2的优势属是黑盘孢属(Melanconiella),相对丰度为6.66%,而S3的黑盘孢属相对丰度为0.26%,两者相差25.62倍.两种管理模式下相对丰度居前2位的细菌门均为变形菌门(Proteobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria),S3中变形菌门的相对丰度为40.90%,S2为29.45%,两者相差1.38倍;S3中酸杆菌门的相对丰度为18.90%,S2为27.84%,两者相差1.47倍;两种管理模式下相对丰度居前10的细菌属相同,其中7个属隶属变形菌门[其中3个属隶属于根瘤菌目(Rhizobiales)、3个属于隶属粘细菌目(Myxococ-cales)、1个属隶属于δ-变形菌纲未分目(unidentified Deltaproteobacteria)]、3个属隶属于酸杆菌门,10个属中仅有红微菌属(Rhodomicrobium)在两种管理模式土壤中相对丰度相差2.23倍(S3为1.18%,S2为0.53%),其他9个属相差均在1.00倍左右.[结论]与常规管理模式比较,稻鸭共育模式的水稻根际土壤pH略低,有机质稍高,真菌的种群结构丰富,而细菌的优势门和优势属无明显差异. 相似文献
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从简速传统的饲料检测中存在操作复杂而误差大等缺点，结合近几年仪器分析在饲料分析中应用的研究进展，对光谱分析、色谱分析、电化学分析技术在饲料分析中的运用进行了概述。 相似文献
12.
事件树分析和故障树分析都是系统可靠性分析方法，各有长短，相辅相成，互相结合可以取长补短和提高可靠性分析质量，本文提出了ＥＴＡ与ＦＴＡ结合的依据，方法，步骤与应用范围，并分析了ＳＮ１０－１０型断路器操作过程的可靠性，作为这种结合的示例。 相似文献
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为了提高小麦的品质,确定小麦品种的优良品质性状,进而选育出更为优质的小麦品种。本研究以35个小麦品种为试材,对蛋白质含量、降落值、湿面筋含量等8个品质性状进行相关分析和聚类分析。相关分析结果表明：降落值与蛋白质,湿面筋与蛋白质,降落值与湿面筋,稳定性与降落值,弱化度与吸水率呈极显著相关;稳定性与蛋白质,弱化度与降落值呈显著负相关。聚类分析结果表明：供试35个小麦品种在遗传距离3水平上可聚为4个大类。类群Ⅰ为‘中涡18’;‘远育17’、‘太麦2号’、‘乐麦Z0708’、‘淮师0812’和‘良源508’聚为类群Ⅱ：‘荃麦102099’、‘HS44’和‘安1211’聚为类群Ⅲ：类群Ⅳ共有26个小麦品种,其中包括保‘丰1269’、‘华成870’、‘皖科101547’、‘民得利2号’、‘龙麦一号’、‘鉴20651’、‘亳麦0610’、‘金丹6166’、‘安农1203’、‘保丰2018’、‘JM-1’、‘王家坝1110’、‘安农大0622’、‘GR123’、‘安1243’、‘绿雨9号’、‘皖麦4308’、‘阜0652’、‘皖麦52’、‘蜀鑫麦318’、‘宿11037’、‘豪麦56’、‘阜100’、‘中麦1023’、‘诺丰568’和‘奥特麦1号’。通过本次实验,为选育优质小麦品种和杂交组配提供了理论依据。 相似文献
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基因芯片是一种高通量研究生命规律的技术,但是如何从海量的基因芯片数据中获得生物信息依旧是一个难题。基因集合分析技术可以从这些海量的生物数据中揭示出潜在的被影响的生物过程。 相似文献
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SAS软件是目前世界上应用最广泛的数据分析软件之一,它具有强大的统计功能和较好的人面交互性。本文通过实例介绍了如何用SAS软件进行农业试验的直线回归分析和多重线性回归分析。 相似文献
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基于社会网络分析的美国ILS图书情报院校关系研究 总被引：1，自引：0，他引：1
以ALA认证的ILS哲学博士的美国院校为研究对象,将这些院校的ILS师资背景相关数据转换为一个多量矩阵,运用社会网络分析法和社会网络分析软件UCINET,对社会网络图进行分析,得出美国图书情报院校之间的联系。 相似文献
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笔者针对水利水保工程设计以及施工招标进行分析讨论,希望能在论述中为水利工程设计以及施工招标工作带来一些可行性思路,为水利工程建设做出贡献。 相似文献