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1.
[目的]用17对SSR引物对68份柚类种质资源进行遗传背景研究,推演其亲缘关系,为更好地利用这68份材料提供参考.[方法]17对SSR引物进行PCR扩增;用Power Marker V3.25软件计算观测等位变异数(Na)、有效等位变异数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农多样性指数(I)和引物多态信息含量(PIC);用Ntsys2.0计算材料间的遗传距离并进行聚类;用Structure2.3.4推导群体遗传结构.[结果]17对引物扩增出62条多态性条带,平均为3.6470条.计算得出这62个多态性标记位点的平均等位变异数Na为3.4706,平均有效等位变异数Ne为2.1523,平均观测杂合度Ho为0.4542.平均期望杂合度He和香农多样性指数I分别为0.4810和0.8482,多态信息含量(PIC)平均值为0.4198.在遗传距离0.36处将材料分成5个类群,结构分析中将材料分成4个组群,聚类分析和结构分析结果基本一致.[结论]所选材料具有丰富的遗传多样性,聚类和结构分析的结果能直观地了解这68份材料的亲缘关系,并对其中可能的同物异名品种进行筛选. 相似文献
2.
晶帽石斛多态性微卫星开发及种质鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
《贵州农业科学》2015,(10)
为了对石斛属药用植物资源鉴定及种质的GAP生产及保护提供参考,利用筛选出的10对SSR引物对晶帽石斛进行遗传多样性及遗传结构分析。结果表明:平均每个SSR位点等位变异数为5.3个;表观杂合度(Ho)范围为0.164~0.531,期望杂合度(He)范围为0.179~0.518;利用10对SSR引物对石斛属试验材料进行跨种扩增,检测出有9对SSR引物具有种间通用性。用筛选的3对SSR引物检测集约化种植过程中的晶帽石斛组培苗的种质纯度显示,所开发的SSR标记可用于晶帽石斛的遗传多样性分析及组培苗的品种纯度鉴别。 相似文献
3.
从200对SSR引物中筛选出69对条带清晰、多态性强的引物,对80份烟草种质资源材料(来自多个国家和地区)的全基因组DNA进行扩增,采用荧光ABI–3500 xl遗传分析仪进行多态性检测,结果 69对引物在烟草种质材料中共检测出503个多态性条带,平均每对引物可检测到的等位变异数为7.91个,观测杂合度(Ho)平均值为0.276 4,预期杂合度(He)平均值为0.574 7。Shannon’s信息指数I为1.082 6;Nei’s多样性指数H为0.571 1、遗传分化系数Fst为0.141 6,基因流Nm为1.515 3,遗传相似系数为0.55~0.90。说明80份烟草种质的遗传多样性相对丰富,居群间的遗传分化为14.16%,大部分位点均表现偏离Hardy–Weinberg平衡,杂合度不足,居群间基因交流少。 相似文献
4.
为揭示裸大麦育成品种与种质资源材料的遗传结构,利用反转录转座子标记(反转录转座子-微卫星扩增多态性,REMAP;反向反转录转座子扩增多态性,IRAP)与简单重复序列(SSR)标记,分析63份裸大麦的遗传多样性。IRAP、REMAP、SSR标记分别检测到315、143、38个等位变化,变异范围分别为9~58、7~25、2~4个,平均每对引物检测24.23、14.30、2.38个等位变化。REMAP和IRAP单一标记多态性位点贡献率高于SSR标记。反转录转座子标记揭示材料间遗传相似性系数(GS)为0.452~0.937,平均为0.674,在GS值0.620水平上将63份材料分为2大类,分别包含20份和43份材料。SSR标记结果显示材料间GS为0.351~0.973,平均为0.716,在GS值0.620水平上将63份材料区分为2大类,分别包含2份和61份材料。反转录转座子标记聚类结果在GS值0.740水平上能区分西藏野生资源和栽培资源,但SSR标记不能有效区分这2类材料。反转录转座子标记的主坐标及群体结构分析结果与GS聚类分析结果一致性较高;SSR标记群体结构与主坐标分析、GS聚类分析结果存在明显差异。本研究表明,裸大麦材料遗传背景简单,亚类间缺少基因交流,反转录转座子标记在裸大麦品种亲缘关系鉴定中有一定的优势。反转录转座子标记与SSR标记的协同使用可为裸大麦遗传多样性分析、种质鉴定及亲本选配揭示更多有用信息。 相似文献
5.
利用41对SSR引物对82份春小麦种质资源进行遗传多样性分析。供试引物的平均等位位点数为10.93个,引物多样性指数(Hi)变异为0.251 2～2.995 8,多态性信息量(PIC)为0.676 534～0.950 860;选用Xgwm、DP、Wmc和Xbarc 4个系列的SSR引物,不同类型SSR引物的多态信息含量、多样性指数、平均等位位点数间有较大差异。表明,选用合适的引物类型,对遗传多样性研究有重要的意义;在遗传距离0.39处,供试材料通过SSR标记聚类分析可被分成7个大类19个亚类。 相似文献
6.
【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。 相似文献
7.
广西野生大豆种质资源SSR引物筛选 总被引：1，自引：1，他引：0
【目的】筛选出多态性丰富的分子标记引物,为进一步研究广西野生大豆种质资源遗传多样性提供参考。【方法】运用SSR分子标记技术,选择60对核心SSR引物,对22份不同时期收集的广西野生大豆种质资源进行多样性分析,以筛选多态性引物。【结果】60对核心引物的等位变异数为1.0～8.0个,平均为 3.5个,有23个位点表现出良好的多态性、等位变异超过4个;不同连锁群上SSR位点等位变异有所不同,变化范围为1.67～5.00个,其中J连锁群等位变异最低,平均为 1.67个;B2和H连锁群等位变异最高,平均为5.00个。【结论】筛选的23对多态性丰富的SSR引物适合用于广西野生大豆遗传多样性分析。 相似文献
8.
基于SSR标记的李种质资源遗传多样性研究 总被引：1，自引：1，他引：0
《江西农业学报》2017,(2)
利用13对SSR引物对47份李种质资源进行了遗传多样性分析,结果表明:13对引物在47个样品中的平均等位基因数(Na)为10.846,有效等位基因数(Ne)平均值为4.806,观察杂合度(Ho)平均值为0.746,平均期望杂合度(He)为0.774,Shannon多样性指数(I)平均值为1.817,说明供试的李种质资源具有较高的遗传多样性。基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析结果表明:47个李样品被分为3个组,同时能够清楚地鉴别出同物异名的种质资源。基于贝叶斯方法的STRUCTURE聚类分析进一步证实了这一结果。表明日本和美国的李品种与我国南方李品种群亲缘关系较近。 相似文献
9.
《江西农业学报》2022,(2)
利用13对SSR引物对47份李种质资源进行了遗传多样性分析,结果表明:13对引物在47个样品中的平均等位基因数(Na)为10.846,有效等位基因数(Ne)平均值为4.806,观察杂合度(Ho)平均值为0.746,平均期望杂合度(He)为0.774,Shannon多样性指数(I)平均值为1.817,说明供试的李种质资源具有较高的遗传多样性。基于Nei距离的Neighbor-Joining聚类分析结果表明:47个李样品被分为3个组,同时能够清楚地鉴别出同物异名的种质资源。基于贝叶斯方法的STRUCTURE聚类分析进一步证实了这一结果。表明日本和美国的李品种与我国南方李品种群亲缘关系较近。 相似文献
10.
[目的]应用SSR分子标记对8个油棕品种进行遗传结构及多样性分析,以期通过分析具有高杂合度油棕品种的遗传结构来辅助育种.[方法]利用SSR分子标记及PCR银染显色技术筛选多态性引物,分析8个油棕品种的等位基因频率(P)、观测杂合度(Ho)和期望杂合度(He),计算每个转座子的平均等位基因(Na)、每个多态转座子的平均等位基因数(Na/pl)及有效等位基因数(Ne),计算固定指数(Fis)和F-统计量值(Fit和Fst),并基于遗传距离对8个油棕品种进行聚类分析.[结果]开发出27对多态性SSR引物,从中选取15对结果较好的多态性引物对油棕大样本进行检测,挖掘出57个等位基因(Na),平均每个转座子的Na为3.8个,表明8个油棕品种的遗传变异较明显.平均有效等位基因数(Na)和期望杂合度(He)分别为0.6248和0.5902.此外,发现一个高水平的种群分化,F-统计量值(Fst)变化范围为0.1029~0.6010,平均为0.3664.利用多态性SSR分析8个油棕品种的遗传距离,结果发现品种1和品种3的遗传距离最远(1.674),品种3和品种5的遗传距离最近(0.065).[结论]8个油棕品种的多态性相对丰富,物种间杂交程度较小,物种亲缘关系较远,遗传多样性良好. 相似文献
11.
【目的】分析我国不同省(区)的薄皮甜瓜种质资源遗传多样性,为今后薄皮甜瓜的种质资源收集及遗传改良和高效利用提供理论依据。【方法】以来自我国不同省(区)的133份薄皮甜瓜种质为材料,从98对SSR引物中筛选得到12对多态性较高的引物,利用TP-M13-SSR分子标记技术对133份薄皮甜瓜种质材料进行遗传多样性分析,并根据Nei’s遗传距离(D)进行聚类分析,以Structure软件的混合模型聚类法分析其群体遗传结构。【结果】利用12对引物从133份薄皮甜瓜种质材料中共扩增出的等位基因数(Na)为54个,平均每对引物4.5个,有效等位基因数(Ne)为1.120~2.234,平均为1.533;观测杂合度(Ho)为0.023~0.466,平均为0.217;期望杂合度(He)为0.107~0.552,平均为0.319,香农信息指数(I)范围为0.267~1.237,平均为0.642;各位点的多态性信息含量(PIC)为0.104~0.531,平均为0.295,大多数位点表现为中度多态性。聚类分析结果显示,133份薄皮甜瓜种质材料被分为两大类群,第Ⅰ类群为4份厚薄皮甜瓜材料,第Ⅱ类群为129份薄皮甜瓜材料。群体遗传结构分析结果显示,当K=4时,△K出现明显的峰值,说明133份薄皮甜瓜种质材料分为4个组群较合适;133份材料中大部分材料的Q值大于0.6。【结论】供试的12对SSR引物表现为中度多态性,需要用更多的分子标记才能有效鉴别薄皮甜瓜材料。133份薄皮甜瓜种质材料遗传结构较为单一,遗传多样性较低,可能存在同物异名的材料,今后应加强对遗传背景差异大、亲缘关系远的种质资源的发掘利用。 相似文献
12.
《云南农业大学学报(自然科学版)》2019,(6)
【目的】为更好地收集、鉴定和保存地方晒烟品种,高效率地利用地方晒烟种质资源进行烟草品种选育。【方法】以67份地方晒烟品种的DNA为模板,利用筛选获得的25对SSR引物进行PCR扩增,采用二进制记录SSR分析结果,利用NTSY 2.1进行聚类分析,利用POPGENE 32.0进行遗传多样性分析。【结果】(1) 25对SSR引物共检测到83个多态性位点,品种间的遗传相似系数变异范围为0.60～0.84。(2)遗传相似系数为0.62时,可以将67份晒烟品种分成3个类群,第Ⅰ类包括49份晒烟品种,第Ⅱ类包括13份晒烟品种,第Ⅲ类包括5份晒烟品种。(3)在晒烟资源中观测等位基因数的平均值、有效等位基因数的平均值、观测杂合度的平均值、期望杂合度的平均值分别为3.44个、2.762个、0.168、0.597。平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.593,平均Shannon’s指数(I)为1.013。其中期望杂合度的平均值大于0.5。【结论】67份晒烟种质资源之间的遗传多样性较高,晒烟品种间的亲缘关系和品种的地理来源之间无明显相关性。 相似文献
13.
14.
对豌豆表达序列标签-微卫星(EST-SSR)分子标记在蚕豆中的通用性与应用进行研究,以期为蚕豆开发出新的分子标记.结果表明:163对豌豆EST-SSR引物中有99对可在蚕豆中获得有效扩增,其中36对引物呈现明显的多态性,共检测到等位位点148个,平均每个位点的等位基因变异数为4.1个;各多态性引物的多态信息量(PIC)值变化范围为0.035到0.810,平均PIC值为0.483 4;实际观察杂合度(HO)变化范围为0.000 1到0.700 0,平均值为0.210 3;期望杂合度(HE)变化范围为0.035 7到0.845 2,平均值为0.538 8;主成分分析与非加权配对算术平均法(UPGMA)聚类分析表明,30份蚕豆种质资源可明显分成2大类群.以上结果表明,本研究所开发的豌豆EST-SSR标记在蚕豆上具有通用性和多态性,可为今后蚕豆遗传多样性、种质资源保存、比较作图和分子标记辅助育种提供新的研究依据. 相似文献
15.
中国苦荞SSR分子标记体系构建及其在遗传多样性分析中的应用 总被引：9，自引：3，他引：6
【目的】从分子水平优化并构建用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析的SSR分子标记体系,为综合评价中国苦荞种质资源提供依据。【方法】以50份苦荞种质为试验材料,用正交设计法[L16(45)]筛选适用于苦荞SSR标记分析的PCR反应体系,浓度梯度检测最佳胶分离效果,并从250对不同科属作物SSR引物中筛选出19对引物进行苦荞遗传多样性分析。【结果】优化的苦荞SSR反应体系为DNA模板30 ng,Taq酶2.0 U•L-1,dNTP、引物和Mg2+终浓度分别为150 μmol•L-1、0.1 μmol•L-1、2.0 mmol•L-1,总体积为25 μL,6%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。SSR引物筛选率为7.6%,蓼科同属甜荞的SSR引物适用于苦荞SSR扩增。19对引物共检测到157个等位变异,每对SSR引物检测到的等位变异2-11个,平均等位变异（NA）7.42个,平均多态性信息量（PIC）0.888,平均鉴定力（DP）5.684,2对为SSR骨干引物。利用Popgen Ver.1.31软件,当遗传相似度（GS）为0.578时,50份苦荞材料被分为5个组群,聚类结果与苦荞地理分布相关性不大。四川苦荞资源组群各遗传多样性参数均最高,该区域苦荞种质资源多样性最丰富。利用骨干引物可鉴定部分近缘苦荞品种。【结论】构建的SSR分子标记体系适用于中国苦荞种质资源遗传多样性分析,甜荞SSR引物可用于苦荞SSR标记分析,TBP5和Fes2695为苦荞SSR骨干引物,50份苦荞材料遗传多样性丰富,可划分为5个组群。 相似文献
16.
为了探究叶用芥菜奶奶青菜资源的多样性水平,基于转录组数据研究了奶奶青菜简单重复序列标记(EST-SSR)特征,筛选了适合奶奶青菜的EST-SSR引物,并分析了奶奶青菜的遗传多样性。转录组测序分析共获得46 386条非冗余基因(unigene),其中13 544条unigene序列中含有18 720个简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)位点,SSR的发生频率为29.20%,平均每2.73 kb出现1个SSR,分布频率为40.36%。优势重复序列为单核苷酸,占总SSR数量的49.39%,其次为三核苷酸和二核苷酸,分别占总SSR数量的25.44%和24.13%。AT、AGCT和AAG/CTT分别是单核苷酸、二核苷酸以及三核苷酸的优势重复基元。以30份奶奶青菜和5份其他芸薹属蔬菜为材料,从37对引物中筛选出17对多态性引物,扩增得到135条多态性条带,多态性比例达88.2%。遗传多样性分析结果显示,平均等位基因数(Na)为5.705 9,平均有效等位基因数(Ne)为2.397 8,平均多样性指数(I)为1.036 1,平均观察杂合度(Ho)为0.312 1,平均期望杂合度(He)为0.530 0,平均Nei’s期望杂合度为0.521 9,表明筛选出的17对SSR引物具有较好的遗传多样性。通过非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means, UPGMA)聚类分析,在相似系数为0.677处可将30份叶用芥菜奶奶青菜材料分为3类。试验结果可为叶用芥菜奶奶青菜的种质资源鉴定、亲缘关系分析和分子标记辅助育种等研究提供引物支持和技术参考。 相似文献
17.
《天津农业科学》2015,(5):1-6
为探明由山西不同生态型大豆品种组成的自然群体的遗传多样性,为优异种质资源的筛选和应用提供理论依据,以102个大豆品种组成的自然群体为研究材料,采用59对SSR引物对该群体进行遗传多样性分析。结果表明:59对引物最终筛选出50对多态性好的引物,共检测出157个等位变异,不同位点的等位变异数为2~7个,平均等位变异数为3.14个,其中等位变异数最多的为Satt263,有7个。香农指数变幅为0.097 3~1.668 4,香农指数平均值为0.844 9,多态性信息量的变幅为0.038~0.761,平均每个引物的多态性信息量为0.431。标记将102个大豆材料在遗传距离GD=0.805处聚为3个群组,群组1有52个材料,群组2由48个材料组成,群组3仅有2个材料。 相似文献
18.
利用SRAP和SSR标记对汉中地区主要油菜品种的遗传多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
《四川农业大学学报》2013,(4):370-376
【目的】掌握陕西省汉中地区主要推广油菜品种的遗传多样性,了解其遗传背景,明确各品种间的亲缘关系,为油菜育种提供理论依据。【方法】利用24对有多态性的SRAP标记和17对SSR标记,PCR扩增采用复性变温法,对34份陕西省汉中地区主要推广的油菜品种资源进行遗传多样性分析。【结果】2种不同的复性温度都取得了好的扩增条带,SRAP标记共检测到145个等位变异,平均每个标记检测到6个等位变异,每个SRAP位点的遗传多态性信息含量在0.190.74之间,平均值为0.48。供试材料的遗传相似系数集中在0.560.74之间,平均值为0.48。供试材料的遗传相似系数集中在0.560.94之间。SSR标记共检测到99个等位变异,平均每个标记检测到6个等位变异,每个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.120.94之间。SSR标记共检测到99个等位变异,平均每个标记检测到6个等位变异,每个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.120.74之间,平均值为0.40,遗传相似系数集中在0.620.74之间,平均值为0.40,遗传相似系数集中在0.620.91之间。【结论】SRAP标记的遗传多态性比SSR标记高,SRAP标记聚类更接近系谱分析。陕西省汉中地区主要推广的油菜品种遗传相似度较高,亲缘关系较近。 相似文献
19.
《江苏农业学报》2014,(4)
为分析茄子的遗传多样性,并挖掘与茄子农艺性状和品质性状相关的分子标记位点,选用18对高多态性SSR引物对70份国内外茄子材料进行多态性扫描、遗传多样性分析和群体结构分析。在此基础上采用Tassel2.1 GLM方法进行标记位点与农艺性状和品质性状的关联分析。结果显示,18对SSR引物共检测到130个等位变异位点,平均每个引物7.2个等位变异。各种质遗传相似系数为0.56~0.93,平均0.68。基因多样性指数和Shannon指数变幅分别为0.070 0~0.404 4和0.103 6~0.584 8。通过群体遗传结构分析将供试材料分为5个亚群。与农艺相关性状显著相关(P0.05)的位点有17个。供试材料之间存在一定的遗传差异,但遗传基础比较狭窄。 相似文献
20.
为了分析藜麦种质资源的遗传基础和遗传多样性,为藜麦种质资源的保护与高效利用提供理论依据。本研究以收集到的48份国内外藜麦种质资源为材料,采用简单重复序列(SSR)标记的方法,分析了藜麦种质资源的遗传多样性并构建DNA指纹数据库。结果表明,共筛选出25对多态性SSR分子标记,所有标记共检测到134个等位变异,每对引物检测出3～13个等位变异;Nei’s基因多样性指数(H)为0.107 5～0.368 7,均值为0.242 4;Shannon信息指数(I)为0.204 3～0.551 6,均值为0.383 3;多态性信息含量(PIC)为0.378 8～0.852 2,均值为0.604 2。聚类分析结果表明,48份藜麦种质资源被分为4个组,相近地区或生态环境的种质资源多聚在一组;利用3对SSR引物组合,构建了48份藜麦资源数字指纹图谱。本研究结果表明48份藜麦种质资源遗传多样性丰富;所筛选的SSR标记用于藜麦种质资源遗传多样性分析及品种鉴定是可行的。 相似文献