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1.
转植酸酶基因(phyA2)玉米定性、定量PCR检测 总被引：1，自引：0，他引：1
转植酸酶基因玉米检测是对转植酸酶基因玉米释放进行有效监管的重要前提和技术支撑。本研究根据转植酸酶基因玉米(Zeamays)外源植酸酶基因phyA2序列设计基因特异性引物,进行了定性、定量PCR检测。定性结果显示,该引物可有效检测植酸酶玉米中phyA2基因,而在其他不含植酸酶基因的材料中则检测不到相应基因,表明该引物具有很高的特异性。以玉米内标准基因玉米淀粉合酶异构体zSTSII-2基因(zSSIIb)和植酸酶基因phyA2为对象,进行SYBRGreenⅠ染料法荧光定量PCR反应,绘制2种基因扩增循环数-拷贝数标准曲线图,根据混合样品中(zSSIIb)和植酸酶基因phyA2的拷贝数计算样品中的转基因含量,并做熔解曲线分析。结果表明,zSSIIb和phyA2标准曲线相关系数分别为0.998和0.995,相关性较好,两个基因的熔解曲线均呈单峰型,表明引物特异性较强,混合玉米样品(植酸酶玉米含量分别为1%、0.5%和0.1%)中植酸酶玉米含量分别为1.1%、0.54%和0.17%,实测值与理论值接近。本研究建立了转植酸酶基因玉米定性、定量PCR检测体系,可有效地对转植酸酶基因玉米进行检测。 相似文献
2.
甘蔗宿根矮化病菌PCR检测技术研究 总被引：9，自引：1，他引：9
以甘蔗茎组织总DNA为模板,以16S rRNA基因赖氏细菌属(L eif son ia)通用引物为第一轮引物、甘蔗宿根矮化病菌(L eif son ia xy li subsp.xy li,Lxx)亚种特异引物为第二轮引物建立了Lxx巢式PCR检测技术。根据已报道的Lxx巴西分离物基因组全序列(G enB ank登录号AE 016822.1)设计了扩增致病相关基因片段的3个引物对,经多种组合进行了RCR检验,筛选出两个特异性好、灵敏高的引物对,建立了Lxx的多重PCR检测技术。克隆测序表明,PCR产物与巴西分离物基因组相应区段同一率为99%以上,从而证实了上述PCR技术的正确性。检测结果表明,广东样品的阳性率为90%,海南样品的阳性率为60%。 相似文献
3.
以猪排泄物构建的污染水体为研究对象,通过寄主特异性引物识别水体中猪源拟杆菌16SrRNA基因的特异性基因标记（又称为特异性生物标记）,并根据特异性生物标记的定量检测,确定粪便拟杆菌的污染量,以明确水体受猪场废水污染的程度。在比较3种不同DNA提取方法的基础上,选择并改进CTAB法,建立了一种适合提取水样中猪排泄物总DNA的改良CTAB法。3对不同猪源寄主特异性引物的特异性验证结果表明,引物3（Bac32F／Bacl08R）的特异性好,检出下限在4．09E＋02~1．60E＋03拷贝数之间,更适用于水体中猪源拟杆菌属特异性生物标记的检测。不同混合污水中其他寄主来源的拟杆菌对猪源拟杆菌属特异性生物标记无影响,表明该方法可排除其他寄主来源拟杆菌的干扰,具有很好的特异性。 相似文献
4.
环介导等温扩增技术对牛奶中沙门氏菌快速检测的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
环介导等温扩增技术(LAMP)是一种新型的基因扩增方法,它具有高特异性、高灵敏度、便捷、成本低等特点,因而广泛应用于临床检测.本实验以沙门氏菌高度保守基因fimY基因为靶基因设计两对引物(F3&B3、FIP&BIP),建立LAMP反应体系.经试验分析对体系特异性、Mg2+浓度、反应时间、反应温度进行了优化和摸索,对35株临床菌株均检出达100％,其他阴性菌株基因组均无检出,在人工添加样品检测得其在牛奶中灵敏度为33CFU/管.实验结果表明,该方法耗时少、具有高特异性,适合牛奶中沙门氏菌污染的快速检测. 相似文献
5.
针对现阶段肉类食品市场中出现的以劣充优的掺假问题,通过视觉、触觉、嗅觉和味觉等传统方法来鉴定肉的外观、色泽、气味和硬度,已不能满足现阶段肉类质量和源性的鉴别要求。基于现代分析仪器和生物技术的肉类掺假识别方法主要包括:基于蛋白质的检测方法、酶联免疫吸附试验(Enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)、色谱分析方法和基于DNA序列的分子生物学检测方法。其中,基于DNA序列的分子生物学检测方法特别是荧光PCR法具有特异性强、灵敏度高,快速准确的优点。本实验运用了多重荧光PCR的技术,建立了检测牛羊肉类中掺杂水貂(Mustela lutreola)、猪(Sus scrofa)、鼠(Mus musculus)3种动物源性成分的检测方法。在3种动物源性的线粒体16S r DNA的保守区设计了一对通用引物,在可变区设计了水貂、猪、鼠3种物种特异性的分子信标探针,分别进行了探针的特异性验证、实验体系的灵敏度验证和样品的检出限实验。特异性验证中,3种探针均可有效排除其他物种DNA的干扰,特异扩增;灵敏度验证实验中,设置了7个DNA浓度稀释梯度,每个梯度6个重复,确定了该体系的灵敏度为0.01 ng/μL;样品检出限实验中,设置了3种掺杂方式,每种方式7个不同的掺杂质量比,每个质量比4个平行样,确定了本实验的样品检测灵敏度可达到1%(质量比)。本研究结果显示,本方法能特异、准确、灵敏地鉴别出牛羊肉中水貂、猪和鼠的掺杂成分,为多物种的源性鉴别提供了科学依据。 相似文献
6.
单核苷酸变异（SNV）是控制人类疾病和动植物经济性状的遗传基础之一,经济、简便和高效的检测体系可助力遗传病筛查和植物碱基编辑与诱变群体中携带SNV的个体的定向筛选。本研究根据扩增阻滞突变系统PCR(ARMS-PCR)的原理,设计了一种适合在水稻混合样本中筛选特定SNV个体的方法 Pool-ARMS。该方法的要点是：设计聚合酶链式反应（PCR）引物、建立特异性扩增携带SNV片段的PCR程序;分析不同组织和样品混合比例提取DNA的扩增效果;建立筛选特定SNV的Pool-ARMS体系。以控制光周期敏感性雄性不育（PGMS）水稻的两个基因为例,通过优化PCR引物和反应程序,建立了利用叶片和芽鞘组织混样提取DNA检测突变的体系,前者突变检出水平为1∶49,后者为1∶24。利用该技术体系对63份碱基编辑水稻幼苗进行检测,结果与Sanger测序分析一致。本研究建立的Pool-ARMS方法有望应用于包括水稻在内的动植物单碱基编辑群体和理化诱变群体中目标变异的定向筛选。 相似文献
7.
环介导等温扩增技术快速检测大西洋鲑的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
为探究环等温扩增技术(LAMP)在鲑科鱼类物种鉴定方面的应用,以大西洋鲑为研究对象,针对其线粒体CR区段设计特异性的LAMP引物,并通过单因素试验和正交试验研究反应体系中d NTP Mix、Mg~(2+)、甜菜碱终浓度对LAMP扩增结果的影响。结果表明,大西洋鲑LAMP扩增的最优条件为:引物SS-CR-F3/SS-CR-B3各0.2 m M,SS-CR-FIP/SS-CR-BIP各1.6 m M,dNTP Mix 1.4 m M,Mg~(2+)6 m M,甜菜碱0.8M,Bst DNA聚合酶8 U,扩增温度为65℃,反应时间60 min。在此条件下LAMP扩增产物电泳检测特异性强、稳定性好,对大西洋鲑DNA的检出限达0.01 ng·μL~(-1),并可对混合样本进行检测。本研究结果为大西洋鲑快速物种鉴定提供了一种重要技术手段,该技术可应用于鲑科鱼类物种鉴别的日常检验检疫和市场监管工作中。 相似文献
8.
高产水稻土细菌多样性的培养法与非培养法比较研究 总被引：2，自引：0，他引：2
利用细菌的通用引物扩增江西余江县高产水稻土红壤细菌总DNA和平板培养细菌混合总DNA的16S rDNA基因片段,在此基础上分别建立两种16S rDNA文库(文库a和文库b)。从两个文库中各随机挑选100个克隆,扩增出阳性克隆中的插入片段后选用HhaⅠ和RsaⅠ两种四碱基酶进行ARDRA(amplified rDNA restriction analysis)分析。统计比较分析发现,文库a的Shannon-Wienner指数、Simpson指数、丰富度、均一度分别为4.432、0.987、18.885和0.973,均高于文库b中相应的多样性参数(分别为2.271、0.758、5.736和0.501),即平板培养方法所展现的细菌群落结构多样性低于土壤中原始的多样性。结果表明,传统培养方法存在着很大的局限性,必须结合新的分子生物学技术手段才能更全面完善地认识土壤微生物群落结构多样性,以期充分利用其中丰富的微生物资源。 相似文献
9.
本研究建立了一种实时荧光定量PCR快速核酸检测西尼罗病毒的方法。通过序列比对和blast分析，确定西尼罗病毒Caspid蛋白保守区基因为检测的目的基因，引物采用Primer Premier5.0软件进行设计。本研究建立的检测方法利用SYBR Green染料，相比探针成本较低。通过溶解曲线分析表明，建立的检测方法在扩增过程中没有发现有二聚体的产生。本检测体系在用空白对照及类似的乙脑病毒作为扩增对照时，没有发现非特异性产物的生成，表明该体系对于西尼罗病毒的检测是特异的。将阳性对照标准品进行10倍梯度稀释后可检测到102copies/μL样品，表明该检测体系具有较高的检测灵敏度。 相似文献
10.
转基因棉花GHB119品系特异性定量PCR检测方法的建立 总被引：5，自引：0，他引：5
为了保障和促进我国口岸进口转基因产品安全相关法律法规的顺利实施,针对我国农业部未颁发农业转基因生物安全证书的棉花品系GHB119,本研究利用TaqMan实时荧光PCR(Real-time PCR)技术,根据转基因棉花(Gossypium sp.)GHB119 3'端外源插入片段与棉花基因组DNA之间的邻接区序列设计引物和探针,并对引物、探针以及扩增体系进行了筛选和优化,建立了转基因棉花GHB119品系特异性实时荧光定量PCR检测方法。结果表明,建立的检测方法特异于转基因棉花GHB119成分检测,检测下限(limit of detection,LOD)为10拷贝的基因组DNA,定量下限(limit of quantification,LOQ)为25拷贝GHB119基因组DNA,对盲样的定量结果显示,测定值与设定值间的偏差(bias)、标准偏差(standard deviation,SD)、相对标准偏差(relative standard deviation,RSD)等均在可接受范围内。本研究建立的GHB119品系特异性实时荧光定量PCR检测方法特异性好,灵敏度高,能够快速、准确地对混合样品中转基因棉花GHB119成分进行定量检测分析。 相似文献
11.
为了有效筛选出对作物青枯病具有防治效果的生防细菌,本研究采用群体感应淬灭基因aiiA的简并引物进行PCR扩增与室内盆栽防治效果测定相结合的方法进行生防细菌的筛选,并通过传统的细菌学鉴定方法和分子生物学手段明确其分类地位。结果表明,从253株生防菌株中获得了12株含有aiiA基因的生防菌株;进一步盆钵防效测定,获得了一株对烟草青枯病具有较好防治效果的生防菌株B15。该菌株接种处理后,烟草青枯病可推迟2 d 发生,在接种处理14 d后其对烟草青枯病防治效果为68.33%。B15菌株在NA平板培养基上菌落呈圆形、白色、表面有光泽且粗糙,菌体杆状,革兰氏染色阳性,耐盐性为7%;生理生化测定、16S rDNA和gyrB基因序列分析表明,菌株B15为蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)。本研究获得的含有群体感应淬灭基因aiiA的蜡样芽胞杆菌B15菌株,为作物青枯病生物防治提供了新的生防菌株资源。 相似文献
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Aranishi F 《Journal of agricultural and food chemistry》2005,53(3):508-511
Scomber mackerel have been marketed in fresh and frozen forms and as processed seafood worldwide, and three species of Japanese mackerel S. japonicus, Pacific mackerel S. australasicus, and Atlantic mackerel S. scombrus have constituted a significant part of absolute Scombrid consumption in Japan. The present study was undertaken to develop a rapid and reliable method not only for differentiation of Scomber mackerel from related Scombrid fish by PCR amplification using Scomber genus-specific primers but also for identification of three Scomber mackerel species by PCR-RFLP analysis. Alignment of nucleotide sequences of the nuclear 5S ribosomal RNA gene (5S rDNA) among Scombrid fish allowed the selection of oligonucleotide primers specific for the Scomber genus. These primers enabled amplification of the nontranscribed spacer (NTS) of the 5S rDNA from S. japonicus, S. australasicus, and S. scombrus, whereas no amplification was demonstrated from other Scombrid fish. RFLP analysis of the PCR products with ScaI endonuclease generated unique restriction patterns for each Scomber species. This simple, robust, and reproducible PCR-RFLP technique using Scomber genus-specific primers can serve as a routine food inspection program to enforce labeling regulations of marketed Scombrid fish. 相似文献
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为获得拮抗黄曲霉和降解黄曲霉毒素的生物防治菌株,以烟台黄曲霉污染区域土壤为材料,采用稀释分离法和琼脂扩散法,筛选到一株对黄曲霉有抑制作用且可降解黄曲霉毒素的菌株Y-17-3。根据菌株的形态学特征、生理生化试验结合16S rDNA基因序列分析和系统发育树构建,确定菌株 Y-17-3 为空气芽孢杆菌(Bacillus aerius)。该菌株发酵液经硫酸铵沉淀的抗菌活性及稳定性试验,发现70%饱和硫酸铵沉淀的蛋白粗提物抑制黄曲霉活性最强,可降低黄曲霉孢子的萌发率,抑制菌丝的生长和菌丝球的形成,且该蛋白粗提物对温度、pH值和蛋白酶敏感。菌株Y-17-3能够降解黄曲霉毒素B1,培养6 d时的降解率达90%。综上,所分离的空气芽孢杆菌Y-17-3菌株能够通过产生拮抗蛋白来抑制黄曲霉生长,且具有较强的黄曲霉毒素降解能力,在农业生物防治领域具有一定的应用前景。 相似文献
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为建立耐除草剂转基因作物的高通量检测方法,本试验以目前生产上广泛应用的5种除草剂抗性基因dmo、pat、CP4EPSPS、bar和aad1为靶标进行多重PCR(MPCR)研究。通过引物适用性测试、反应体系中的不同引物浓度和反应程序中的退火温度测试、灵敏度和特异性验证等,建立了能同时检测5种除草剂抗性基因的MPCR检测方法。结果表明,当dmo、pat、CP4EPSPS、bar、aad1基因的检测引物终浓度分别为0.2、0.2、0.3、0.4、0.2μmol·L-1,退火温度为63℃时5种靶标扩增效果较好,且特异性条带清晰且均一。此外,MPCR检测方法具有较好的特异性,对每种靶标的检测灵敏度均可达到0.1%。适用性测试结果显示,MPCR检测方法可对含有5种除草剂抗性基因的多种转基因作物的单个品系或多个品系混合物进行筛选检测。无假阳性和假阴性结果表明,MPCR检测方法对实际样品具有很好的适用性。本试验结果为筛选高效耐除草剂转基因作物检测技术提供了一定的理论依据。 相似文献
15.
John E Moore Jiru Xu B. Cherie Millar J. Stuart Elborn J.R. Rao 《Compost science & utilization》2013,21(2):192-195
Saccaromonospora viridis is a thermophilic actinomycetes organism which is found in mushroom compost, as well as being a causal agent of mushroom worker's lung (MWL) and other hypersensitivity pneumonitis conditions, including farmer's lung. Phenotypically, it is difficult to distinguish the seven species described for this genus based solely on chemtaxonomic characterization, therefore it was the aim of this study to examine partial 16S rDNA PCR amplification and direct sequencing, as an improved molecular means of identification of Saccharomonospora viridis, associated with MWL. The approach adopted in this study was to identify hypervariable regions within the 16S rRNA gene, which could be employed as signature sequences of the seven individual species within this genus and to employ highly conserved flanking primers to allow initial PCR amplification, prior to direct DNA sequencing of the 16S rDNA amplicon, in a partial 16S rDNA-sequence typing technique. Four universal 16S rDNA primer combinations [P11P/P13P, PSL/PSR, XB1(SV)/PSR and XB1(SV)/P13P] were compared for their ability to identify an unknown thermophilic Saccharomonospora organism from MWL. All PCR primer combinations coupled with direct sequencing allowed for the successful identification of the MWL isolate as S. viridis, demonstrating that universal 16S rDNA PCR primer pairs examined, including the P11P/P13P primer pair, flank regions within the 16S rRNA gene, of sufficient hypervariability to be able to reliably differentiate S. viridis from the other species within this genus. This approach may therefore be useful in the identification of Saccharomonospora spp. associated with composting, as well as with allergic alveolitis or pneumonitis associated occupational exposure in agricultural and horticultural environments, including mushroom production. 相似文献
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为了丰富玉米赤霉烯酮(ZEN)解毒菌种库,通过采集湖南省邵阳市等7个省市粮食样品,筛选获得1株能够高效降解ZEN的解淀粉芽孢杆菌NS2。采用高效液相色谱法检测降解前后ZEN的含量发现,液态发酵72 h,该菌对5 mg·L-1 ZEN标准品的降解率高达96.0%,固态发酵72 h,菌株对玉米粉中2.5 mg·L-1 ZEN标准品的降解率高达88.2%。采用高效液相色谱与四级杆飞行时间质谱联用技术检测该菌处理后的ZEN降解产物,未检测出具有毒性作用的α-玉米赤霉烯醇(α-ZOL)、β-玉米赤霉烯醇(β-ZOL)等ZEN的类似物。此外,抗菌活性试验与木聚糖酶、纤维素酶和蛋白酶活性试验显示降解菌NS2还能通过产生具有抗菌作用的次生代谢产物,抑制病原微生物大肠杆菌和鼠伤寒沙门氏菌的生长。上述结果表明,解淀粉芽孢杆菌NS2可以高效降解ZEN,具有潜在应用前景,为ZEN解毒产品的开发与应用奠定了材料基础。 相似文献
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Santaclara FJ Espiñeira M Cabado AG Aldasoro A Gonzalez-Lavín N Vieites JM 《Journal of agricultural and food chemistry》2006,54(22):8461-8470
Legislation regarding the labeling of processed products is an important issue in the protection of consumer rights. This labeling is especially important in products that cannot be identified on the basis of their morphological characters, because these are removed from the animal in the transformation process. The goal of this study was the identification of mussel species using Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) and Forensically Informative Nucleotide Sequencing (FINS) methodologies. The molecular marker selected was 18S rDNA (nuclear small-subunit rDNA gene), which allows identification at the genus level and at the species level in some cases. The genera included in this study were Mytilus, Perna, Aulacomya, Semimytilus, Brachidontes, Choromytilus, and Perumytilus. Different markers were used for genetic identification at the species level. To identify the species included in the genus Perna and Choromytilus, a fragment of ITS 1 (Internal Transcribed Spacer 1) was amplified by multiplex PCR and digested with restrictases. The species of Mytilus were identified by length polymorphism and RFLP of the polyphenolic adhesive protein gene. This methodology was validated with products manufactured in the authors' pilot plant and applied to commercial samples. Therefore, this sequential method can be completely or partially used to determine the mussel genus or species present in any food product. 相似文献
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为了建立茶用菊枯萎病抗性鉴定的方法,了解茶用菊种质资源对枯萎病抗性的差异,筛选抗性种质用于抗病育种,本研究以茶用菊为试验材料,通过枯萎病病原菌分离、形态学和真菌18S rDNA/ITS鉴定和致病力研究,开展茶用菊资源苗期枯萎病人工接种鉴定,并筛选优异抗病种质。结果表明,从发病的福白菊植株上分离到M15和M16 2株枯萎病病原菌菌株,经鉴定,这2株菌株均属于尖孢镰刀菌,致病力检测发现M15为强致病力菌株。通过枯萎病抗性鉴定,筛选到七月白1份高抗品种,杭白菊、苏菊7号等9份抗病品种,滁菊、亳菊等17份中抗品种,福白菊、苏菊6号等3份感病品种以及皇菊1份高感品种。本研究建立了一种高效的茶用菊品种抗枯萎病的鉴定方法,为茶用菊抗枯萎病品种改良奠定了基础。 相似文献
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20.
Rønning SB Rudi K Berdal KG Holst-Jensen A 《Journal of agricultural and food chemistry》2005,53(23):8874-8880
We report the development of an oligonucleotide microarray for the simultaneous detection of six important cereal food plant species from the Poaceae based on the chloroplast trnL intron sequence. We used universal primers to amplify the trnL intron from wheat, rye, barley, oat, rice, and maize, followed by a cyclic labeling of oligonucleotides probes and subsequent hybridization to an oligonucleotide microarray. In single taxon analyses, positive signals were produced with a high signal-to-noise ratio. The assay also enabled the analysis of mixed samples. The results obtained for real food samples were in agreement with the ingredient labels, but positive results for grains not declared on the ingredients list were observed in three out of 10 samples, which indicates that the final products and/or the declared ingredients were probably botanically impure or contaminated. The combination of the sensitivity of a universal polymerase chain reaction with the specificity of the labeling reaction allows this protocol to be applied in routine analyses of food samples, as demonstrated by successful analysis of processed composite food products. 相似文献