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1.
长链非编码RNA在植物抵御逆境胁迫中起着重要作用。适宜的内参基因是准确评价其表达水平的基础。本研究利用实时荧光定量PCR技术检测16个青花菜LncRNAs表达水平,并通过geNorm、NormFinder、BestKeerper软件进行表达稳定性分析。结果表明：青花菜的16个LncRNAs在不同逆境胁迫下表达稳定性存在差异。其中在弱光胁迫条件下, XLOC_000400表达最稳定;在低温胁迫条件下 XLOC_030832基因稳定性最好;在干旱和渍水胁迫条件下最稳定表达的内参基因分别是 XLOC_007087和 XLOC_012179;高温和盐胁迫处理下最稳定表达的内参基因均为 XLOC_007980。 XLOC_010342和 XLOC_007980在青花菜不同逆境胁迫下的表达稳定性较好。研究结果可为准确定量青花菜不同逆境胁迫下的LncRNAs提供合适的内参基因。 相似文献
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【目的】筛选藜麦在霜霉病菌胁迫下稳定表达的内参基因,为深入开展藜麦抗霜霉病菌相关基因表达的研究提供依据。【方法】通过实时荧光定量PCR技术以及geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析和评价8个候选内参基因在藜麦霜霉病菌胁迫下的表达稳定性,并通过对CqSGAT基因表达进行分析,进一步验证候选内参基因的稳定性。【结果】geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件分析结果均显示,藜麦在霜霉病菌胁迫下稳定性较好的内参基因为CqEF-1a、CqMON1和CqRPS18;geNorm软件分析结果显示,藜麦在霜霉病菌胁迫下最适候选内参基因为CqEF-1a和CqRPS18;以CqSGAT为目标基因对候选内参基因进行验证,发现CqMON1不适合作为藜麦在霜霉病菌胁迫下的内参基因。【结论】藜麦在霜霉病菌胁迫下的最适内参基因为CqEF-1a和CqRPS18。 相似文献
3.
实时荧光定量PCR筛选鸡基因表达最佳内参基因 总被引：1，自引：1，他引：0
为筛选在鸡基因表达时稳定表达的内参基因,本试验以6、14、22及30周龄的地方品种固始鸡与6周龄的商业品种罗斯308肉鸡为试验动物,以B2M、28S、GAPDH、β-actin及HSP70为候选内参基因,利用qRT-PCR对这5个候选内参基因的相对表达量进行测定,通过独立评价软件geNorm、NormFinder、SPSS和Ct值分析法筛选出在不同组织、不同发育时期和不同品种间稳定表达的最佳内参基因。结果表明:在鸡不同组织中,28S为最佳内参基因;在鸡不同发育时期中,GAPDH为最佳内参基因;在不同品种鸡中最佳内参基因组合为GAPDH和28S。综上所述,在以地方品种固始鸡为例的不同组织,不同时期间最佳内参基因分别为28S和GAPDH;以地方品种固始鸡和商业品种罗斯308肉鸡为例的不同品种间最佳内参基因为GAPDH+28S基因组合。综上,本研究筛选出了鸡不同试验条件下的最佳内参基因,为规范鸡基因定量表达分析中内参基因的使用提供参考依据。 相似文献
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以9种不同基因型枸杞的不同组织(茎、叶、花、果)和不同发育期(FS1～FS5)的果实为试材，选取Act-1/Act-3、Ef1a、Gapdh、H3b、Acx4、Pp2a、Rh37、Samc、Tub为候选内参基因，利用实时荧光定量技术(RT-qPCR)检测了9个候选基因在不同基因型枸杞的不同组织和不同发育阶段果实中的表达水平。并采用geNorm、NormFinder、BestKeeper、Delta Ct、RefFinder分析方法，评估候选内参基因的表达稳定性，并选择Beat基因验证内参基因。结果表明，Ef1a为不同基因型枸杞的不同组织和5个发育时期果实中表达较稳定的内参基因，Gapdh为表达最不稳定的内参基因；在宁夏枸杞中表达最稳定的内参基因为Rh37,其次为Ef1a。进一步采用Beat基因对不同基因型枸杞的不同组织(茎、叶、花、果)和5个发育时期果实中的表达模式进行验证，表明Ef1a、Act-1基因可作为枸杞稳定的内参基因。 相似文献
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《青海农林科技》2021,(3)
为筛选适宜芜菁(Brassica rapa L.ssp.rapa)基因表达分析的内参基因,在ICG(http://icg.big.ac.cn/index.php/Main_Page)中以十字花科作物为参照选择10个候选内参基因。实时荧光定量PCR结果显示ACT、TIP41、Tub-a、UBC30、CyP、UBC21 6个内参基因重复性较好,均能特异扩增并有较高的扩增效率,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件对内参基因在不同组织中的表达稳定性进行分析,为芜菁基因差异表达研究提供可靠的内参基因,以确保分析结果的可靠性。结果表明,ACT、Tub-a和CyP的M值大于geNorm程序的默认值1.5,稳定性相对较差,6个候选内参基因的表达稳定性排序为:UBC21=TIP41UBC30ACTTub-aCyP,所以,UBC21和TIP41是最稳定的组合。NormFinder的分析结果显示稳定性排序为TIP41ACTTub-aUBC30UBC21CyP,TIP41为最优内参基因,与geNorm分析结果一致,BestKeeper分析结果同geNorm和NormFinder的结果一致。通过RefFinder软件综合分析得出TIP41和UBC21为芜菁不同组织基因表达分析比较理想的内参基因,本研究首次评价了芜菁内参基因的稳定性,为该物种基因表达分析提供了参考。 相似文献
6.
《南京农业大学学报》2017,(3)
[目的]选择稳定的内参基因是准确分析实时荧光定量PCR(RT-qPCR)结果的重要前提,本文旨在筛选荷花花瓣着色过程中稳定的内参基因,使目标基因的定量更加准确。[方法]以荷花4种不同花色(红、黄、粉、白)品种、不同花发育期(蕾期、初花期、盛花期、末花期)的花瓣为试材,利用RT-qPCR技术检测8个常用看家基因(ACT、EF1α、GAPDH、FPGS、TUA、LEU、CUL和TRY)的表达水平,并结合geNorm、NormFinder和BestKeeper软件对其表达稳定性进行评价。为了进一步验证8个候选基因的稳定性,分别以它们作为内参基因,检测目的基因查耳酮合成酶基因(CHS)的表达。[结果]geNorm软件分析表明,不同荷花花色品种及不同花发育期间,EF1α和ACT表达稳定性最好。NormFinder和BestKeeper软件显示在不同花色品种中,EF1a和ACT的表达均较稳定;在不同花发育期间,NormFinder软件分析显示ACT表达最稳定,EF1α稳定性也相对较高,而BestKeeper软件分析显示EF1α表达最稳定,但ACT稳定性较差。同时研究发现,GAPDH和TRY在所有样品中稳定性都较差。不同软件之间结果的差异可能是由算法不同造成。拟定EF1α和ACT为最适的内参基因,进一步利用CHS的表达分析验证了EF1α和ACT的稳定性。[结论]在荷花不同花色品种及不同花发育期间,使用EF1α和ACT 2个表达最稳定的基因组合,即可获得更为精确的基因表达结果。本研究结果对荷花花瓣着色过程中关键基因表达的RT-qPCR分析具有重要的实用价值。 相似文献
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为研究大豆在不同发育时期的不同组织、不同非生物胁迫下稳定表达的最适内参基因,以大豆“JN28”V1时期的根、茎、叶,R3、R4时期的豆荚,R5、R8时期的子粒,干旱、低温、盐、脱落酸（ABA）胁迫下的根和叶共15个样本为试验材料。选择8个候选内参基因（Actin,β-actin,CYP2,EF1-α,Fbox,GAPDH,TUB4,18SrRNA）进行实时荧光定量PCR检测,并分析8个候选内参基因表达的稳定性。利用geNorm、NormFinder、BestKeeper软件分析后,再经过RefFinder计算筛选出合适的内参基因。结果表明：4个软件的分析结果不同,以RefFinder综合分析结果显示,V1期的根和叶、R3期的豆荚、ABA胁迫下的根,最适的内参基因为Actin;V1期的茎、R4期的豆荚、R8期的子粒,最适内参基因为EF1-α;R5期的子粒、干旱胁迫下的叶,最适内参基因为Fbox;干旱胁迫下的根,最适的内参基因为CYP2;盐胁迫的根、ABA胁迫下的叶,最适内参基因为18SrRNA;低温胁迫下的叶,最适内参基因为β-actin;低温胁迫下的根,最适内参基因为EF1-α和18S... 相似文献
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为了筛选桂花Osmanthus fragrans不同组织基因表达分析中适合的内参基因,以桂花‘堰虹桂’O. fragrans‘Yanhong Gui’花蕾、盛开花序、嫩叶、成熟叶和1年生茎等5个不同组织为材料,利用实时荧光定量聚合酶链式反应（qRT-PCR）检测7个候选内参基因的表达水平,并利用geNorm,NormFinder和BestKeeper软件对各候选内参基因的表达稳定性进行评价,最后利用桂花不同组织中OfCRTISO1基因相对表达水平验证筛选的内参基因的可靠性。结果表明:综合3个软件的评价排序,确定不同组织中最佳内参基因为OfRAN1和OfUBC2,而Of18S是最差内参基因。OfCRTISO1基因相对表达水平分析证实,不同组织中qRT-PCR分析使用OfRAN1和OfUBC2等2个表达最稳定的基因组合,即可获得更为精确的基因表达结果。旨在为桂花组织间重要基因的定量表达分析提供科学依据。图 4 表 4 参34 相似文献
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利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件进行内参基因稳定性分析的方法 总被引：2，自引：0，他引：2
《现代农业科技》2017,(5)
实时荧光定量PCR(RT-qPCR)由于具备灵敏度高、重复性好、特异性强及高通量等优点,已经成为研究基因表达分析的常用方法,但其结果的准确性取决于内参基因。在任何试验条件下都能稳定表达的内参基因几乎不存在,科研工作者为了获得精准的试验结果,首先必须从众多的内参基因中筛选出稳定的内参基因。geNorm、NormFinder和BestKeeper等是专门用于筛选稳定性内参基因的软件,但这3种软件使用方法差异很大,为了让更多的科研人员了解这些软件、节省时间,笔者结合自己的科研经验详细介绍了这3种软件的使用方法,以期为相关科研人员利用这些软件筛选内参基因提供便利。 相似文献
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《山西农业大学学报(自然科学版)》2020,(4)
[目的]实时定量PCR(qPCR)是基因表达研究的重要技术手段,但其结果的准确性取决于内参基因,本研究筛选莲草直胸跳甲不同发育阶段稳定表达的内参基因,为后续基因表达研究奠定基础。[方法]使用qPCR测定了9个昆虫常见的候选内参基因(β-actin、RPL13a、RPS18、UBC、EF-1α、RPS6、GAPDH、α-Tubulin和β-Tubulin)在莲草直胸跳甲不同发育阶段的表达,利用ΔCt、geNorm、NormFinder和BestKeeper 4种程序综合评估了9个内参基因的表达稳定性,并用小分子热激蛋白基因(shsp20. 8)对内参基因的稳定性进行了验证。[结果]莲草直胸跳甲不同发育阶段的最适内参基因为RPS18和RPL13a,shsp20. 8在使用最稳定和最不稳定的内参基因用于数据标准化时,结果差异显著,表达量最高的虫态分别为卵和蛹期。[结论]本文证实了稳定的内参基因对qPCR试验结果准确性至关重要。 相似文献
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少花蒺藜草（Cenchrus pauciflorus Benth.）为禾本科蒺藜草属,是入侵我国北方地区的一年生恶性杂草,少花蒺藜草的入侵态势逐年扩增,因此对于少花蒺藜草的基因研究,以及在分子水平对于防治少花蒺藜草入侵的研究显得尤为重要。本研究以少花蒺藜草转录组数据为基础,候选了6个内参基因,荧光定量PCR检测候选内参基因的表达,通过geNorm、NormFinder、BestKeeper、比较△Ct法和RefFinder五种评价方式,综合评估筛选了最佳内参基因。结果表明,6个候选内参基因的综合排名为TCTP1>RH37>ACX4>TCTP2>GAPDH>TBP,TCTP1基因在少花蒺藜草不同时期不同组织样本中表达最高最稳定,最不稳定表达的是基因TBP,TCTP1为综合评估下少花蒺藜草的最佳内参基因,因此TCTP1可作为内参基因用于少花蒺藜草荧光定量PCR检测研究中。本研究为少花蒺藜草后续的基因研究以及在分子水平上为少花蒺藜草生物防治提供一定的理论基础。 相似文献
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为筛选出在不同激素诱导下番茄中较为稳定的内参基因，本研究以脱落酸(abscisic acid,ABA)、茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA)、水杨酸(salicylic acid,SA)3种外源激素分别诱导处理0、24、48、120 h的感病番茄品种‘Moneymaker’(MM)和抗病番茄自交系62579叶片为试验材料，通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)进行扩增，利用geNorm、NormFinder和BestKeeper 3个软件分析EF1α、L33、Act、Ubi、GAPDH、UK、CAC、TIP41这8个番茄候选内参基因的表达稳定性。结果表明，8个候选内参基因的平均CT值为26～34。综合3个软件的分析结果发现，在ABA诱导下，番茄中较稳定表达的内参基因为L33和Ubi；在MeJA诱导下，番茄中较稳定表达的内参基因为L33和EF1α；在SA诱导下，番茄中较稳定表达的内参基因为EF1α和L33。综上所述，L... 相似文献
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《福建农业科技》2019,(11)
筛选生丝微菌表达调控研究中最适合的内参基因,为后续大幅度提高吡咯喹啉醌(PQQ)产量打下基础。利用实时荧光定量PCR (Real-time quantitative PCR,RT-qPCR)技术分析生丝微菌基因组中6个候选内参基因的相对表达情况,通过Best-keeper、geNorm和NormFinder软件分析,评价各个生长时期候选内参基因的表达稳定性,确定最合适的内参基因。结果表明:通过对生丝微菌4个不同生长时期的6个候选内参基因(16S rRNA、gapdh、rec A、ldh、rpoB和S5)的转录情况进行分析和评估,6个候选内参基因均表现出较强的稳定性和特异性,依据3款软件的综合评价,确定gapdh、rec A这两个内参基因在两株菌株不同时期均能稳定表达。从6个候选内参基因中筛选出两个表达稳定的内参基因gapdh基因和rec A基因,用于后续生丝微菌的基因表达调控研究。 相似文献
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[目的]筛选葡萄糖基氟虫腈(GTF)及溶剂二甲基亚砜(DMSO)处理下蓖麻Ricinus communis稳定的内参基因,为研究GTF的韧皮部装载机制提供参考.[方法]选取Actin,ARC,ef1a,SamDC,TUA6为内参基因,通过实时荧光定量PCR分析基因表达量并利用geNorm,NormFinder,BestKeeper,Delta CT软件及RefFinder在线分析工具综合比较不同时间和不同浓度的GTF与DMSO处理后,5个候选内参基因在蓖麻幼苗子叶中表达的稳定性.[结果]各软件分析得出的内参基因稳定性排名依次为geNorm:Actin=ef1a＞ SamDC＞ ARC＞ TUA6;NormFinder: SamDC＞ ARC＞ Actin＞ ef1a＞TUA6;BestKeeper:Actin＞ ef1a＞SamDC＞ ARC＞ TUA6;Delta CT:SamDC＞ Actin＞ ARC＞ ef1a＞TUA6;RefFinder:Actin＞ SamDC＞ ef1a＞ARC＞ TUA6,而单独分析DMSO处理时,稳定性排名则为:ef1a＞ SamDC＞ Actin＞TUA6＞ ARC.[结论]综合分析GTF和DMSO处理,Actin的表达最稳定;在DMSO处理下,则ef1a最为稳定. 相似文献
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二倍体和四倍体泥鳅qRT-PCR分析中内参基因优选 总被引：1，自引：0，他引：1
为筛选在泥鳅中稳定表达的内参基因,以确保泥鳅基因表达分析结果的可靠性,选取ACTB、TUBA、EF1A、GAPDH、TUBB和18SrRNA 6个常用的内参基因作为候选内参基因,分别用BestKeeper、geNorm、NormFinder、ΔCt和RefFinfer软件分析这6个基因在二倍体和四倍体泥鳅胚胎发育阶段、成鱼组织间以及倍性间表达的稳定性。结果显示,在胚胎发育各阶段,TUBB和TUBA的表达最稳定,可作为胚胎发育阶段qRT-PCR分析的内参基因;其中,TUBB在泥鳅倍性间的表达差异不显著,因此,可作为泥鳅胚胎发育中跨倍性qRT-PCR研究的内参基因。在成鱼各组织中,ACTB和18SrRNA的表达最稳定,可用作组织间qRTPCR分析的内参基因;其中,18SrRNA在倍性间的组织表达差异不显著,因此,可作为泥鳅组织间跨倍性qRTPCR的内参基因。 相似文献
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【目的】寻找合适的规范化策略研究猪骨骼肌相关基因。【方法】筛选TATA结合蛋白（TBP）、次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶（HPRT）、核糖体蛋白L4(RPL4)、肽基脯氨酸异构酶A (PPIA)、β-2微球蛋白（B2M）、酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶活化蛋白（YWHAZ）、β-肌动蛋白（ACTB）和甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH） 8个候选内参基因，选取国外引进的长白、约克与杜洛克公猪，进行三元杂交生产的商品猪（DLY），长白、约克猪进行二元杂交的商品猪（LY），成华猪和藏猪共4个品种进行基因表达正常化评价。采用geNorm、NormFinder和BestKeeper3种常用算法评估候选内参基因的稳定性。将3种常用算法的结果进行综合排名。【结果】8个候选内参基因在不同猪种中表现出较高的表达稳定性，但表达循环阈值不同。【结论】运用3种不同的评估算法可以筛选出相似的候选内参基因，该结果可为猪骨骼肌基因表达RT-qPCR分析内参基因的选择提供参考。 相似文献
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为筛选柠檬色百合(Lilium leichtlinii)实时荧光定量PCR稳定的内参基因,以柠檬色百合不同发育时期花被片、根、茎、叶和鳞片为试验材料,测定比较总类胡萝卜素含量;使用RT-PCR和荧光定量PCR检测9个候选内参基因(AP4、Actin、β-TUB、CYP、eIF、GAPDH、RH2、UBC和18S)特异性及表达水平,利用geNorm、NormFinder、Bestkeeper、ΔCT程序和RefFinder网站综合评估候选内参基因表达稳定性;选用八氢番茄红素酶基因PSY对内参基因稳定性进行验证,最终确定合适且稳定的内参基因。结果表明：1)柠檬色百合花被片发育过程中Actin和AP4为9个候选内参基因中最稳定的内参基因,UBC为最不稳定的内参基因。2)柠檬色百合不同器官间eIF和AP4为候选内参基因中最稳定的内参基因,18S为最不稳定的内参基因。3)在柠檬色百合花被片发育过程和不同器官间,以筛选出最稳定的内参基因为参照计算所得PSY基因表达情况与实际测得总类胡萝卜素含量变化趋势一致;以筛选出最不稳定的内参基因作为参照计算所得PSY基因表达情况与总类胡萝... 相似文献
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【目的】实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR，qRT-PCR）以高灵敏度和特异性等优点，成为基因表达分析的主要工具，而选择适合不同条件下工作的内参是qRT-PCR分析的前提。筛选得到适用于杜鹃红山茶不同器官、不同时期花瓣的qRT-PCR分析的内参基因，为后续相关基因功能研究提供可用的内参基因。【方法】选择转录延伸因子编码基因（EF1α）、α-tubulin（TUA）、β-tubulin（TUB）、Ubiquitin（UBQ）、肌动蛋白（Actin）和甘油醛-3-磷酸脱氢酶（Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase，GAPDH）6个看家基因，使用2种不同的计算程序GeNorm和NormFinder评估了6个基因表达的稳定性。进一步通过CaGASA3基因的表达模式验证了所选内参基因的适用性。【结果】在不同器官中通过GeNorm和NormFinder筛选出稳定性最好的基因，排名前2位的均为TUA和GAPDH，GAPDH基因在两种计算程序评估中稳定性均最佳。而在不同时期花瓣中，通过2种程序得出排名前2位的内参基因均为TUB和UBQ；UBQ基因在GeNorm程序评估中稳定性最好，TUB基因在NormFinder程序的评估中稳定性最佳。【结论】杜鹃红山茶不同器官中最佳内参基因为TUA和GAPDH，不同时期花瓣中最适内参基因为TUB和UBQ。 相似文献
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光周期和温度处理能够影响桂花Osmanthus fragrans的基因表达水平和花芽分化过程,通过实时荧光定量聚合酶链式反应（qRT-PCR）分析基因表达已成为研究这些过程机制的重要手段,而筛选出适合光周期和温度处理的内参基因在研究桂花分子机制中尤为重要。为了得到不同光周期和温度处理下桂花中稳定的内参基因,以桂花品种‘佛顶珠’O.fragrans‘Foding Zhu’当年生枝条的第2或第3对幼叶为材料,以OfACT,OfEF1α,OfIDH,OfRAN1,OfTUB,OfUBC2和Of18S等7个基因作为候选内参基因,利用geNorm,NormFinder和BestKeeper 3个软件对候选内参基因的表达稳定性进行比较分析;以昼夜节律相关基因GIGANTEA（GI）对筛选出的最佳内参基因进行验证。结果表明:在不同处理条件下,桂花叶片中OfRAN1和OfIDH为最佳内参基因,Of18S的稳定性最差（geNorm分析结果显示OfRAN1和OfIDH的稳定值为0.347,而Of18S的稳定值为0.601;NormFinder显示OfRAN1和OfIDH的稳定值为0.135和0.206,而Of18S为0.474;BestKeeper显示OfRAN1的稳定值为0.80,OfIDH为0.133,而Of18S为0.474）;GI基因的相对表达水平分析表明（昼夜节律基因GI的表达模式为在白天累积并在夜间下降）,在7个内参基因及OfRAN1和OfIDH的基因组合中,使用OfRAN1和OfIDH的内参基因组合可获得GI基因更为精确的基因表达结果。综上所述,OfRAN1和OfIDH内参基因组合是桂花在不同光周期和温度处理下最佳内参基因组合。这为桂花分子机制研究奠定基础。 相似文献