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1.
《南京农业大学学报》2017,(6)
[目的]本文旨在研究白菜类作物开花时间候选基因BraA.FLM.a的酶切扩增多态性序列(CAPS)标记开发与利用。[方法]PCR扩增2个亲本的BraA.FLM.a基因外显子2到内含子2区域的特异序列,开发CAPS标记BraA.FLM.a-NlaⅢ,用CAPS标记对F2分离群体的基因型进行检测,并进行Pearson相关性分析研究基因型与开花时间表现型的关系。[结果]通过调查亲本早开花油用型品种‘Yellow sarson’材料YS-143和晚开花芜菁品种‘Vegetable turnip’材料VT-044的开花时间和F2群体的开花时间,发现两亲本的开花时间存在显著性差异。通过PCR扩增克隆了两亲本的BraA.FLM.a基因的特异序列,并在突变位点T-A处开发出CAPS标记BraA.FLM.a-NlaⅢ。在136份F_2分离群体上进行此CAPS标记的验证后,发现T基因型开花时间晚于A基因型的开花时间,并且差异显著(P0.05)。[结论]BraA.FLM.a基因的CAPS标记BraA.FLM.a-NlaⅢ与开花时间表型显著相关,该标记可以用作开花时间的分子选择辅助育种。 相似文献
2.
[目的]对火炬松Pinus taeda生长和松脂产量相关功能基因单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行筛选与分析,为分子标记辅助育种提供技术基础.[方法]利用生物信息学对火炬松cDNA文库进行整理、比对、剪接、注释,挑选出与生长素、赤霉素、细胞分裂素及蒎烯合成相关的非重复序列基因(Unigene)作为候选基因片段,利用MEGA5.0和DnaSP4.0软件对火炬松36个单株的8个候选基因片段进行序列比对和分析.[结果]所测序列总长为5 177 bp,检测到184个SNP位点,平均36.9 bp的基因序列中出现1个SNP位点,其中123个为非同义突变、61个为同义突变SNP位点.核苷酸多态性πa和θw分别为0.020和0.016.对8个候选基因片段内SNP位点进行的连锁不平衡分析显示,随着核苷酸序列长度的延伸,SNP位点的连锁不平衡在基因内部迅速衰退(R2≤0.2).[结论]在火炬松中,基于候选基因内SNP位点间的连锁不平衡作图是可行的. 相似文献
3.
DQB1基因在抗原呈递和免疫系统中发挥重要的作用。为了研究河西绒山羊DQB1基因的核苷酸序列变异和跨种进化,采用PCR-SSCP和测序技术,检测899只河西绒山羊DQB1基因的多态性,并用来自山羊、绵羊和黄牛DQB1基因的33条核苷酸序列构建NJ树。结果表明,河西绒山羊DQB1基因存在6个等位基因和34个核苷酸变异位点,变异位点数目占分析位点数目的15.53%。经与GenBank中山羊DQB1基因的核苷酸序列比对后发现,5个等位基因为首次发现。系统进化研究表明,山羊DQB1基因的所有核苷酸序列均聚在第1支中,部分核苷酸序列与绵羊、牛的序列相似性高于山羊之间的序列相似性。因此,河西绒山羊DQB1基因多态性丰富,在山羊、绵羊和牛中存在跨种多态性。 相似文献
4.
《农业科学与技术》2016,(4)
云麦52系1992年用6AL/6VS易位系92R149作抗病亲本,2007年审定并推广应用的小麦品种,目前仍高抗条锈病、对白粉病表现免疫。为了解其抗病基因,以云麦52为父本与感条锈病和白粉病的小麦不育系K78S杂交构建了F_2群体,对双亲、杂种F_1和F_2群体的抗性鉴定结果表明,杂种F_1对条锈病和白粉病均表现免疫,F_2群体的白粉病和条锈病抗、感分离比经卡方测验均符合3:1,表明云麦52携带1个条锈病显性抗性基因和1个白粉病显性抗性基因。进一步用白粉病抗性基因Pm21的共分离标记SCAR_(1400)和与条锈病抗病基因Yr26紧密连锁的标记XWe173和Xbarc181检测,亲本间和抗、感基因池间在相同位点上都扩增出多态性条带,用已知表型单株验证,表型与基因型极显著相关,SCAR_(1400)、XWe173和Xbarc181检测准确率分别为100%、97.91%和92.70%,因此,云麦52的抗白粉病基因为Pm21,抗条锈病基因为Yr26,均来自于6AL/6VS易位系92R149。此外,该研究结果也证明Pm21和Yr26是具有持久抗性的抗病基因。 相似文献
5.
【目的】开发抗稻瘟病基因Pi9的荧光分子标记,为抗稻瘟病水稻品种分子育种提供简便、可靠的基因分型检测方法。【方法】利用PCR克隆测序,并比对供体亲本与受体亲本之间抗稻瘟病基因Pi9序列的差异,开发1个基于SNP位点的高通量KASP分子标记。【结果】利用该标记对水稻杂交群体278个单株进行基因分型检测,结果发现141个单株的基因型为T/T,137个单株的基因型为C/C,分型结果与SSR分子标记检测结果一致;通过在岑溪稻瘟病高发区进行稻瘟病鉴定,验证了Pi9-KASP分子标记有较强可靠性。【结论】基于SNP位点开发的Pi9-KASP分子标记可以高效应用于水稻抗稻瘟病品系的种质资源鉴定及分子标记辅助选择育种中。 相似文献
6.
苏淮猪肉滴水损失相关候选基因突变位点的鉴别 总被引：1，自引：0，他引：1
《南京农业大学学报》2021,(2)
[目的]本试验旨在鉴别影响苏淮猪肉滴水损失的关键基因及位点,为苏淮猪肉品质选育提供重要分子标记。[方法]屠宰301头苏淮猪(胴体重平均为58.67 kg),测定肌肉滴水损失,分析含有胁迫相关蛋白(SAP)结构域的肌肉增强因子2激活基因(MAMSTR)rs337473375(CT)位点、抵抗素基因(RETN)rs327132149(GA)位点、兰尼定受体基因(RYR1)g.1843CT位点、磷酸化酶激酶γ1基因(PHKG1)g.8283CA位点以及一磷酸腺苷激活蛋白激酶γ3亚基基因(PRKAG3)p.Arg200Gln位点和p.Ile199Val位点等6个已知影响滴水损失的候选基因功能位点在301头苏淮猪群体中的遗传多态性,使用SAS 9.2软件的混合线性模型分析上述基因多态性与苏淮猪肌肉滴水损失的关联性。[结果]苏淮猪群体肌肉滴水损失平均为1.83%,变异系数为67.88%。其中,母猪肌肉滴水损失极显著低于阉公猪。5个候选基因的6个功能位点在苏淮猪群体中均存在多态性。其中,MAMSTR基因rs337473375(CT)位点C、T等位基因的基因频率分别是0.661和0.339,该位点与猪肉滴水损失极显著关联;RETN基因rs327132149(GA)位点G、A等位基因频率分别为0.032和0.968,该位点与苏淮猪肉滴水损失无关联;RYR1基因g.1843CT位点C、T等位基因的基因频率分别是0.967和0.033,该位点与猪肉滴水损失显著关联,CC型为有利基因型;PHKG1基因g.8283CA位点在苏淮猪群体中未发现遗传多态性,但我们在该位点前一个碱基处发现新的突变rs697732005(AG)位点,其G、A等位基因频率分别为0.264和0.736,此位点与苏淮猪肉滴水损失显著关联,GG型为有利基因型;PRKAG3基因p.Arg200Gln位点在苏淮猪群体中未检测到多态性,但该基因p.Ile199Val位点有多态性,G、A等位基因频率分别为0.834和0.166,且此位点与滴水损失有关联的趋势。[结论]MAMSTR基因rs337473375位点、RYR1基因g.1843CT位点和PHKG1基因的rs697732005位点是影响苏淮猪肉滴水损失的候选基因位点,可作为降低苏淮猪肉滴水损失的潜在分子标记。 相似文献
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藏绵羊DQA1基因多态性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】研究藏绵羊DQA1基因多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各等位基因间的遗传关系,同时分析其进化意义。【方法】采用PCR-SSCP方法检测了900只藏绵羊DQA1基因第2外显子多态性;克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,并分析序列数据。【结果】发现了17个DQA1的等位基因,包括缺失的1种基因,其中5个为发现的新等位基因。16个单倍型序列中发现56个核苷酸多态位点,27个氨基酸多态位点。【结论】藏绵羊DQA1基因第2外显子具有丰富的多态性,群体中可能蕴藏着更多的遗传资源;藏绵羊DQA1基因最初可能是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的;藏绵羊DQA1基因第2外显子序列与牛的DQA1基因第2外显子序列具有较高的同源性,预示绵羊和牛的DQA1基因最早可能来源于它们分歧以前的共同祖先原始序列;DQA1基因在与其相关的特定抗原刺激下发生的免疫应答反应在绵羊和牛上具有相似性;新等位基因C的139位发现了1个新的核苷酸突变位点（A/G）,属同义突变;5个新发现的DQA1等位基因遗传关系较近,可能由同一等位基因突变产生。 相似文献
9.
【目的】水稻Pi9位点由多个串联的同源NLR基因组成，从中已克隆了超过10个优良的稻瘟病抗性基因。论文旨在鉴别水稻亲本Pi9位点抗性基因的组成，促进该位点基因快速、精准地应用于水稻抗性育种。【方法】对比Pi9位点已克隆抗性基因的序列，从中发掘各基因特异的核苷酸位点；然后将各目标基因分别与数据库（Rice Resource Center）中的155个水稻基因组进行比对分析，进一步从中筛选出特异最强的核苷酸位点，用于Pi2、Piz-t、Pi9、Pi9-type5、PigmR和Pid46个抗性基因特异分子标记的开发；以24个抗稻瘟病单基因系、阳性对照和110个四川盆地水稻亲本为鉴定对象，通过优化PCR扩增条件、测序或基因组数据分析检验分子标记鉴定结果的准确性。由于该位点基因的同源性较高、基因间常常拥有一些相同的特异位点，导致许多抗性基因很难用一对分子标记进行精准鉴定，因此采用多对分子标记共同鉴定的方式；另外许多特异位点为单碱基差异，因此需要对差异位点旁的碱基进行特异突变，使引物的3′端具有两个碱基的错配，以提高PCR扩增的特异性。【结果】最终为6个Pi9位点的抗性基因开发了有效的分子标记，发... 相似文献
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水稻抗细菌性条斑病主效基因位点的遗传分析及定位 总被引：1，自引：0，他引：1
《西南农业学报》2020,(1)
【目的】发掘抗水稻细菌性条斑病(BLS)的主效基因,丰富水稻抗病基因位点数量,为水稻抗细菌性条斑病的分子标记辅助选择提供参考依据。【方法】以高抗细菌性条斑病的国际稻品种BJ1与高感细菌性条斑病的本地优质稻品种油占8号为亲本,构建包含251个F_2代单株的定位分离群体,根据不同世代群体对细菌性条斑病的抗性反应分析BJ1的抗性遗传特性;采用混合分组分析法(BSA)结合SSR分子标记对抗性基因进行初步定位,用OriginPro 9.1分析F_2代群体基因型与表型的相关性。【结果】所有BJ1×油占8号的F_1代植株对水稻细菌性条斑病均表现高感或感病,表明BJ1的抗性属于隐性性状;F_2代群体中抗病单株数与感病单株数分别为66和185株,基本符合1∶3 (χ~2=0.19χ■=3.84)的理论分离比例,表明抗源BJ1的抗细菌性条斑病符合单基因遗传模式。SSR分子标记引物RM 258在抗、感DNA池间呈多态性,其扩增F_2代群体的带型与接种鉴定表型符合率达93.0%,基因型与表型显著相关(P0.05,相关系数为0.5705)。对照已公布的水稻分子遗传连锁图,可知RM 258位于第10号染色体上约48.8 cM处。【结论】水稻细菌性条斑病抗源BJ1的抗性受位于第10号染色体上约48.8 cM处的1对隐性主效基因控制,推测是一个新的抗BLS基因位点。 相似文献
11.
窄叶突变体的遗传分析,为其基因定位和水稻株型育种提供参考。经甲基磺酸乙酯诱导泸恢17获得的窄叶突变体(nal 11),分别与绵恢727、R30和辐恢838等3个亲本正反交,构建F2群体,考察抽穗期nal 11和绵恢727功能叶的叶宽和叶长,并进行nal 11遗传分析。结果表明:nal 11剑叶长度比杂交亲本绵恢727略短,差异显著,其倒二叶和倒三叶长度则与亲本无差异;该突变体3片功能叶宽度分别仅为绵恢727的63%、61%和79%,明显窄;该突变体与3个杂交亲本正反交,F_1叶片均表现正常宽度,6个F2群体均发生性状分离,正常和窄叶植株比例均符合3:1,说明nal 11是细胞核单基因隐性突变,研究结果为其定位奠定基础。 相似文献
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辽宁绒山羊抑制素A基因遗传变异与双羔性状的关联分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以抑制素A基因(Inhibin alpha subunit gene,INHA)作为辽宁绒山羊双羔性状的候选基因,以便为绒山羊育种工作中分子标记选择提供理论依据。运用测序法寻找辽宁绒山羊INHA基因单核苷酸多态性,筛查到一个新的多态位点-446TC,该位点位于INHA基因的启动子区域。运用PCR-RFLP法验证并分析该位点在辽宁绒山羊双羔群体和单羔群体间的多态性。结果表明,在辽宁绒山羊中双羔和单羔群体中分布A、B两个等位基因,处于中度多态。经χ2检验,样本在该位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),不同基因型在辽宁绒山羊单、双胎群体上差异达到显著水平(P0.05)。 相似文献
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为探讨湘西黄牛的分子遗传特征,寻找与湘西黄牛生长性状相关的分子标记,用PCR和基因测序技术检测了湘西黄牛IGF–IR基因部分序列的碱基突变,并采用PCR–RFLP方法进行了群体遗传多态性分析。结果表明:PCR扩增序列为616 bp,与预期结果相符,测序的序列中存在34个单核苷酸多态性(SNPs)位点,其中1个SNP已有报道(g.551GT),33个SNPs为首次发现;g.551GT位点在湘西黄牛群体中存在A和B 2个等位基因,A为优势等位基因,检测到AA、AB和BB 3种基因型;该位点在湘西黄牛群体中呈中度多态,达到了Hardy–Weinberg平衡状态(P0.05);将湘西黄牛IGF–IR基因的多态性与其生长性状进行关联分析,结果表明,g.551GT位点对湘西黄牛的体高、体长、胸围和体重无显著影响(P0.05)。 相似文献
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利用Xa21基因的PCR标记进行抗白叶枯病水稻育种 总被引：1，自引：0，他引：1
pTA248是与抗白叶枯病基因Xa21紧密连锁的1个PCR标记,采用多个Xa21基因供体和受体水稻亲本以及抗(Xa21)×感组合的F1、F2、F3群体,对利用pTA248标记辅助选择进行水稻抗白叶枯病育种的有关问题,包括抗感亲本间的遗传多态性、pTA248标记与Xa21位点的连锁关系,以及pTA248标记选择的准确性等作了探讨.结果表明,pTA248标记在亲本间具有良好的多态性,与Xa21基因位点紧密连锁,二者间重组率为0%～1.3%,根据该标记的多态性表现可对抗(Xa21)×感组合后代材料中Xa21基因的基因型和表现型做出较为准确的选择. 相似文献
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【目的】解析白菜类作物开花时间的调控位点,定位白菜类作物开花时间相关的候选基因,为白菜类作物抽薹开花时间的遗传改良提供依据。【方法】以116份白菜类作物组成的自然群体作为研究材料,分别种植在温室与露地2个独立的环境中,进行开花时间调查。同时,提取试验材料的DNA样品进行深度为1.2x的重测序,对测序数据用Pooled Mapping法进行过滤、与参考基因组比对,获得全基因组高密度SNP集合。经过条件过滤后,对高质量的SNP集合进行生物信息分析,包括试验材料的群体结构分析和全基因组连锁不平衡分析。从高质量的SNP集合中,随机挑选出2 000个变异位点,用Phy ML软件以最大似然法对116份试验材料进行系统发育树分析。用全部的高质量SNP集合位点通过软件Haploview进行全基因组连锁不平衡分析。最后,将高质量的SNP集合与开花时间数据结合,通过TASSEL和GAPIT软件包以及R程序语言进行全基因组关联分析。根据强关联峰值信号点位置和连锁不平衡区间定位开花时间候选位点,再通过白菜与同源物种拟南芥的基因共线性关系以及基因功能注释分析来预测白菜类作物开花时间相关的候选基因。【结果】不同种植条件下、不同类型的白菜类作物在开花时间上存在广泛差异。试验材料在露地环境下的开花时间高峰期明显早于温室环境下的材料;试验材料在露地环境下的开花时间总体表现出偏正态分布,而在温室环境下,开花时间各个阶段呈现出较为均衡的分布。温室与露地环境下的开花时间呈显著正相关。通过生物信息学分析最终得到的高质量SNP位点共103万个。试验材料的群体结构分析表明在系统发育树上各亚群内部分布较为集中,不同亚群之间的分布与材料的地理起源密切相关。全基因组衰减平均LD为2.3 kb,表明在116份白菜类作物构建的群体内存在较为频繁的重组和突变。对不同条件下的开花时间进行全基因组关联分析,用复合模型检测到54个(P4)强关联峰值信号点,一般模型检测到87个(P5)。通过进一步分析强关联信号点的连锁不平衡(linkage disequilibrium,LD)区段,得到存在强连锁关系(r20.33)的峰值信号点共33个(温室环境下27个,露地环境下19个)。其中,在温室与露地环境下的共定位位点13个。根据33个关联候选位点,再通过白菜与同源物种拟南芥的基因共线性关系以及基因功能注释分析筛选出白菜类作物开花时间相关的候选基因14个,其中温室与露地环境下共定位候选基因3个(FUL、PHYB和FPF1)。在露地条件下定位到开花关键基因FT1。【结论】不同条件下开花时间的相关性分析表明,遗传效应在开花早晚中起着决定性作用。全基因组关联分析共鉴定出33个与开花时间相关的显著关联信号。通过连锁不平衡分析、白菜与同源物种拟南芥的基因共线性关系以及基因功能注释分析初步鉴定出14个白菜类作物开花时间相关的候选基因。 相似文献
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【目的】对火炬松Pinus taeda生长和松脂产量相关功能基因单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）位点进行筛选与分析,为分子标记辅助育种提供技术基础。【方法】利用生物信息学对火炬松cDNA文库进行整理、比对、剪接、注释,挑选出与生长素、赤霉素、细胞分裂素及蒎烯合成相关的非重复序列基因（Unigene）作为候选基因片段,利用MEGA5.0和DnaSP4.0软件对火炬松36个单株的8个候选基因片段进行序列比对和分析。【结果】 所测序列总长为5 177 bp,检测到184个SNP位点,平均36.9 bp的基因序列中出现1个SNP位点,其中123个为非同义突变、61个为同义突变SNP位点。核苷酸多态性πa和θw分别为0.020和0.016。对8个候选基因片段内SNP位点进行的连锁不平衡分析显示,随着核苷酸序列长度的延伸,SNP位点的连锁不平衡在基因内部迅速衰退（R2≤0.2）。【结论】在火炬松中,基于候选基因内SNP位点间的连锁不平衡作图是可行的。 相似文献
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通过对线粒体细胞色素b(Cyt b)基因和控制区(D-loop)进行序列特征和遗传多样性检测,分析达氏鳇(Huso dauricus)亲鱼群体30个个体的序列特征及遗传多样性。结果表明,Cyt b基因长1 138 bp,G+C含量为47.03%,共定义单倍型5个、多态性位点(S)2个,简约信息位点1个,单倍型多样性指数(H_d)为0.372,平均核苷酸差异数(K)为0.384,核苷酸多样性指数(π)为0.000 34;D-loop区序列全长845 bp,G+C含量为37.41%,共定义单倍型6个,多态性位点8个,简约信息位点3个,单倍型多样性指数为0.424,平均核苷酸差异数为1.069,核苷酸多样性指数为0.001 27。基于线粒体D-loop与Cyt b序列的研究结果表明,养殖达氏鳇亲鱼群体的遗传多样性偏低,在利用达氏鳇亲鱼进行繁殖育苗时要注意近交的影响。 相似文献
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[目的]研究新疆棕色棉纤维色素决定基因的QTL定位,为分子标记辅助选择育种提供理论依据.[方法]通过中棉所41号和彩色棉1号杂交的F2群体作为QTL定位群体,在整个棉花基因组中选择350条引物,应用复合区间做图法,对棕色棉纤维色素决定基因进行QTL定位.[结果]经过亲本筛选后,共得到多态性引物45对.分别用此45对引物对F2代群体的137个单株进行扩增,检测到9个QTL连锁群,其中两个有效QTL位点定位到15号染色体上,分别命名为qFC15-1和qFC15-2,可解释表型变异率分别为16.3和0.5.[结论]筛选获得2个棕色棉纤维色素决定基因QTL位点,为进一步克隆该基因奠定基础. 相似文献
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利用Xa21基因的PCR标记进行抗白叶枯病水稻育种 总被引：3，自引：0，他引：3
pTA2 48是与抗白叶枯病基因Xa2 1紧密连锁的 1个PCR标记 ,采用多个Xa2 1基因供体和受体水稻亲本以及抗 (Xa2 1)×感组合的F1 、F2 、F3 群体 ,对利用pTA2 48标记辅助选择进行水稻抗白叶枯病育种的有关问题 ,包括抗感亲本间的遗传多态性、pTA2 48标记与Xa2 1位点的连锁关系 ,以及pTA2 48标记选择的准确性等作了探讨。结果表明 ,pTA2 48标记在亲本间具有良好的多态性 ,与Xa2 1基因位点紧密连锁 ,二者间重组率为 0 %～1.3% ,根据该标记的多态性表现可对抗 (Xa2 1)×感组合后代材料中Xa2 1基因的基因型和表现型做出较为准确的选择。 相似文献