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大白菜基因组DNA的提取及AFLP反应体系的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
以大白菜嫩叶为材料,利用改进的CTAB法,提取到高质量的大白菜叶片总DNA,通过优化酶切、连接、预扩增、选择性扩增等试验条件,建立了大白菜AFLP银染反应体系,得到了清晰的大白菜AFLP指纹图谱为大白菜品种的分子标记和大白菜品种间亲缘关系等研究奠定了基础.研究结果表明:(1)DNA模板的质量影响酶切以及后续的连接扩增反应,改良的CTAB提取法可用于大白菜AFLP分析,形成清晰的AFLP指纹.(2)大白菜基因组DNA最佳酶切反应体系为:模板DNA总量150ng,反应体积为12.5μL,EcoR I 1.25 U,Mse I 1.25U,5xReaction Buffer,最佳酶切时间为:37℃酶切4h.连接反应于20℃连接2.5h即达最佳效果.(3)6对引物组合(E-AAC/M-CAG、E-AAG/M-CAC、E-ACA/M-CTG、E-ACT/M-CAC、E-ACT/M-CTT、E-ACT/M-CTC)均获得稳定、清晰的扩增图谱,可进行中国大白菜的遗传变异分析. 相似文献
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马铃薯种质遗传多样性分析的AFLP反应体系优化与引物筛选 总被引：3，自引：0，他引：3
本试验主要对AFLP反应体系进行优化,并用该体系筛选适用于马铃薯种质资源遗传多样性分析的引物。酶切连接、预扩增和选择性扩增体系的优化结果表明,建立的马铃薯AFLP反应体系为:模板DNA160ng,37℃酶切连接12h;预扩增体系中dNTP浓度为0.2mmol/L,TaqDNA聚合酶用量为1U;选择性扩增体系中预扩增产物稀释20倍,引物终浓度为2.5ng/μL。利用优化后的AFLP反应体系,以5个马铃薯品种为试材筛选选择性引物,可以从81对引物组合中选出16对条带丰富且多态性较高的引物组合。本研究为种质资源鉴定、马铃薯遗传多样性以及马铃薯抗病性研究等奠定了良好的基础。 相似文献
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南瓜矮生性研究的AFLP体系的建立 总被引：2，自引：0，他引：2
以南瓜矮生和蔓生的自交系为材料,通过对影响南瓜AFLP反应体系中的关键因素(如DNA的提取方法、酶切和连接反应时间、预扩增产物稀释倍数和银染检测方法等)进行研究,结果表明,采用加入PVP和β-巯基乙醇后的改良CTAB提取法获得的南瓜嫩叶基因组DNA质量较好;5.5 h可以满足酶切和连接反应;酶切连接产物稀释5倍,预扩增... 相似文献
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棉花铃重AFLP标记的初步研究 总被引：2，自引：1，他引：1
本文以陆地棉铃重近等基因系为材料(大铃≥5.4g,小铃≤1.7g),构建大小铃两个近等基因池.利用AFLP标记技术对两基因池进行分析,64对引物组合共产生3840条稳定、清晰扩增带.五条扩增带在两基因池间呈现多态性,其中四条差异带出现在大铃基因池,编号分别为LB-1、LB-2、LB-3和LB-4;一条出现在小铃基因池,编号为SB-1.模板浓度梯度分析表明,在一定范围内,酶切模板浓度对AFLP结果影响较小.利用稍作修改的CTAB法提取的棉花DNA可用于AFLP分析. 相似文献
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《分子植物育种》2016,(1)
对AFLP实验流程中的基因组提取、酶切等关键因素进行优化,建立了芒属植物的AFLP(扩增片段长度多态性)分析体系。本研究分别采用常规CTAB法和改良的CTAB法提取芒属植物基因组DNA,基因组分别用HindⅢ/MseⅠ系统和PstⅠ/MseⅠ系统进行酶切和连接一步反应,连接产物稀释20倍后进行预扩增,预扩产物稀释20倍后进行选择性扩增。结果显示:采用改良CTAB法提取的DNA质量优于常规CTAB法;采用PstⅠ/MseⅠ系统酶切的DNA多态性高于HindⅢ/MseⅠ系统。采用优化后的AFLP体系分析30份供试芒属植物材料,从64对引物中筛选出8对多态性较好的AFLP选择性扩增引物,多态性比率达到100%,表明优化后的AFLP体系适合于芒属植物的分子标记分析,为芒属植物种质遗传多样性的分子研究奠定了技术基础。 相似文献
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小桐子基因组DNA的提取及ISSR-PCR反应体系的优化 总被引：3，自引：0，他引：3
为从小桐子嫩叶中提取高质量的基因组DNA.采用改良CTAB法提取的基因组DNA通过OD260/OD280比值测定,琼脂糖凝胶电泳和ISSR-PCR扩增检测,结果表明改良CTAB法提取的DNA纯度高.可作为ISSR分子标记的模板.同时,采用正交设计的方法,对影响小桐子ISSR-PCR反应体系中的4个因素(引物、Taq DNA Polymerase、10xBuffer(含Mg2 )、dNTPs)在3个水平上进行优化试验.建立了适合小桐子的既稳定又能扩出最多数量谱带的ISSR最优反应体系,即20μl的反应体系中含有30ng模板DNA、0.2mmol/L dNTP、0.3 U Taq酶Polymerase、0.8μmol/L Primer、3.0hanoi/L10×Buffer(含Mg2 ). 相似文献
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羊耳蒜遗传多样性研究中AFLP反应体系的建立与初步应用 总被引：2，自引：1，他引：1
为研究羊耳蒜种质资源遗传多样性,建立并初步应用羊耳蒜AFLP反应体系。以羊耳蒜幼嫩叶片为材料,采用常规SDS法提取基因组DNA,通过优化AFLP反应体系中的几个关键因素,建立适合羊耳蒜的AFLP银染反应体系,并利用筛选出的引物组合对羊耳蒜的遗传多样性进行初步研究。经EcoRⅠ和MseⅠ酶组合37℃酶切3 h后可将500 ng基因组DNA完全切开;酶切产物和接头经16℃连接过夜后,用带有1个选择性碱基的预扩引物和带有3个选择性碱基的选扩引物分别进行扩增,扩增产物经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,银染,能够得到清晰的扩增图谱。3对引物组合对8个羊耳蒜种群共185个体的扩增共得到221条条带,其中多态性条带195条,多态性条带百分率为88.24%。本研究结果表明建立的AFLP反应体系可用于羊耳蒜种质资源遗传多样性研究。 相似文献
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以鲤科鱼类建鲤为材料,对扩增片断长度多态性(AFLP)反应体系进行优化,建立适合于鲤鱼的AFLP反应体系。通过对AFLP常规流程中基因组DNA提取、酶切-连接、预扩、选扩及电泳-银染过程的优化,初步建立了适合鲤鱼的AFLP分析体系：采用鲤血细胞DNA提取;MseI和 EcoRI37℃双酶切5h;预扩引物为E+A和M+C;选扩引物E+3与M+3浓度配比为1：8,为提高引物与模板的结合效率,选扩程序均采用touch-down程序;最后结合经典AgNO3-Na2CO3银染显色。通过优化的AFLP程序,本实验室从64对引物中筛选出8对多态性引物,为进一步的鲤鱼种质资源研究奠定基础。 相似文献
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为了构建一套适合中国独脚金种质资源的AFLP反应体系,本研究以独脚金幼嫩茎叶为材料,对影响AFLP反应体系的酶切连接反应、预扩增和选择性扩增过程中的一些关键因素进行优化,并利用优化的反应体系对AFLP引物进行筛选。结果表明,最佳的酶切反应体系为DNA模板200 ng,MseⅠ/EcoRⅠ用量3 U,总体积20μL,37℃酶切反应时间3 h,72℃灭活20 min;最佳连接反应体系为T4连接酶5 U,16℃连接过夜;最佳预扩增反应体系为dNTP浓度0.2 mmol/L,Taq DNA聚合酶浓度2 U,总体积25μL;选择性扩增的反应体系为d NTP浓度0.2 mmol/L,Taq DNA聚合酶浓度1 U,预扩增产物稀释5～10倍,总体积10μL。采用优化的AFLP反应体系,对来自3个不同来源地的独脚金样本进行选择性扩增,100对引物组合均能扩增出清晰、丰富的条带,且在参试样本中均能表现出一定的扩增多态性。本研究筛选出的引物组合可用于后续独脚金种质资源遗传多样性的研究,为独脚金遗传多样性研究、种质资源保存和鉴定提供一定的参考。 相似文献
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黄山木兰叶片基因组DNA提取方法的比较研究 总被引：1，自引：0，他引：1
《分子植物育种》2016,(3)
以珍贵渐危植物黄山木兰的嫩叶为材料,利用改良CTAB法、SDS法、高盐低p H法和Bio Teke试剂盒法提取基因组DNA,通过超微量紫外分光光度计检测、琼脂糖凝胶电泳、限制性内切酶消化和EST-SSR引物扩增法系统地检测DNA的质量及得率。结果表明,在DNA纯度和得率方面,改良CTAB法提取的DNA结果最佳,Bio Teke试剂盒法提取的DNA纯度较好但得率较低,SDS法和高盐低p H法提取的DNA有明显的蛋白质杂质、多糖及其他次生代谢物和RNA的污染;酶切消化结果中改良CTAB法和Bio Teke试剂盒法表现良好;EST-SSR引物扩增结果中唯有改良CTAB法提取的DNA扩增目的基因条带数目最多且清晰。综合分析,改良CTAB法是最适合黄山木兰叶片基因组DNA提取的方法。 相似文献
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小麦条锈菌DNA提取方法的比较研究 总被引：7，自引：1，他引：6
以小麦条锈菌夏孢子为实验材料,分析比较了CTAB法、SDS法、尿素法和CTAB/SDS法4种方法对小麦条锈菌基因组DNA的提取效果。结果表明,利用4种方法提取的小麦条锈菌夏孢子DNA的纯度和得率存在一定差异,单位重量夏孢子分离的DNA量依次为：CTAB法＞尿素法＞CTAB/SDS法＞SDS法,而所获得的DNA纯度依次为：CTAB/SDS法＞CTAB法＞SDS法＞尿素法。以不同分离方法获得的小麦条锈菌DNA为模版,利用特异性微卫星引物RJ17进行PCR扩增和电泳分析,4种方法均能满足SSR反应,但CTAB法更适于SSR反应。 相似文献
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摘 要：为了从分子水平对款冬种质资源进行鉴定和遗传多样性分析,分别采用SDS法、CTAB法、改良SDS法和改良CTAB法提取款冬叶片基因组DNA,比较不同方法的提取效果,并用改良CTAB法提取的DNA进行ISSR-PCR扩增体系摸索,建立优化的ISSR-PCR反应体系。结果显示：改良SDS法和改良CTAB法都可以提取出高质量的DNA,最优的ISSR-PCR反应条件为: 20μl反应体系中含DNA模板约20ng,Taq 酶1.0 U,Mg2+ 2.00 mmol/L,dNTPs 0.20 mmol/L,引物0.6 μmol/L,1×PCR缓冲液。 相似文献
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橡胶草基因组DNA提取及RAPD反应体系的优化 总被引：1，自引：1，他引：0
为探索适合橡胶草基因组DNA的提取方法和RAPD反应体系。采用改良CTAB法提取橡胶草叶片总DNA,得到的DNA能满足RAPD分析需要。通过单因子实验法分析DNA浓度、引物浓度、dNTPs浓度、Taq聚合酶以及Mg2+浓度对RAPD扩增结果的影响,建立了适合于橡胶草RAPD分子标记的最佳反应体系,即20 μL体系中包括：模板DNA30 ng、Taq DNA聚合酶1.75 U、dNTPs浓度0.25 mmol/L、Mg2+浓度2.0 mmol/L、引物浓度0.5 μmol/L、10×PCR Buffer 2.0 μL。RAPD扩增反应程序为：94℃预变性5 min,94℃ 30 s,37℃ 30 s,72℃ 70 s,45个循环,最后72℃延伸10 min。该反应体系具有较好的稳定性及可重复性。 相似文献
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树莓基因组DNA的提取及ISSR反应体系的正交优化 总被引：2，自引：1，他引：1
摘 要：以树莓优良野生种质插田泡（Rubus coreanus）为材料,比较了SDS法、CTAB法和改良CTAB法提取树莓基因组DNA的效果,结果发现三种方法均能提取到树莓DNA,但改良CTAB法优于CTAB法和SDS法,其所得的DNA质量最好,杂质最少。通过正交试验设计,对Taq酶,primer,dNTP和DNA用量进行了筛选,建立了树莓ISSR技术最优反应体系,即25 μl反应体系中含有1×PCR Buffer,2 mmol/L Mg2+,1.5 U Taq酶,0.2 μmol/L primer,0.4 mmol/L dNTP和20 ng DNA。采用引物UBC835和UBC873分别对10个树莓品种和8个树莓野生资源进行检验发现,该体系工作效果良好。 相似文献
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仁用杏ISSR分析体系的正交优化 总被引：6，自引：0，他引：6
本研究以仁用杏丰仁为试材,采用经改良的CTAB法提取实验材料幼叶基因组DNA.利用正交设计法,从Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq/DNA聚合酶及模板DNA用最5种因素4水平出发,构建和优化仁用杏ISSR-PCR反应体系,并采用直观分析和方差分析相结合的方法分析正交实验结果,最终建立了仁用杏ISSR-PCR最佳反应体系总体积20μL:1.5 U Taw DNA聚合酶、2.0 mmol/L MgCl_2、0.15 mmol/L dNTPs、0.35μmol/L引物、30～60 ng模板DNA.在优化体系的基础上筛选出 13个扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物,并通过梯度PCR试验,确定每个引物的最适退火温度.经对最佳反应体系和程序进行了验证,结果显示该体系具有扩增稳定性. 相似文献
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豆粉基因组DNA不同提取方法的比较 总被引：1，自引：1，他引：0
以市售豆粉为材料,分别采用热解法、异丙醇沉淀法、CTAB法、SDS法、高盐低pH法等以及它们的改良方法提取基因组DNA,并对提取的DNA进行光密度、琼脂糖凝胶电泳和PCR检测。结果表明除改进高盐低pH法外,其它所有方法提取的基因组DNA均可满足PCR检测要求。同时,综合考虑基因组DNA的纯度和浓度,此研究认为豆粉基因组DNA提取方法的优劣依次为：改进热解法、改进异丙醇沉淀法、热解法、异丙醇沉淀法、高盐低pH法、改进CTAB法、CTAB法和改进SDS法。这几种豆粉基因组DNA提取方法都具有操作简单、耗时短、利于快速检测的优点。 相似文献
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正交设计优化扁蓿豆ISSR反应体系的研究(英文) 总被引：6，自引：0，他引：6
以扁蓿豆(Medicago ruthenica)为试材,采用改良的CTAB法提取DNA,利用正交设计L16(45)探讨10×PCRBuffer(含Mg2+)、dNTPs、引物、TaqDNA聚合酶及模板DNA用量对扁蓿豆ISSR-PCR反应的影响,正交试验的结果采用直观分析和方差分析相结合。建立了扁蓿豆的ISSR-PCR优化反应体系,在25μL反应体系中,TaqDNA聚合酶1.5U,10×PCR Buffer(含Mg2+)2.0 mmol/L,模板DNA0.5 ng/μL,dNTPs 0.6 mmol/L,引物0.9μmol/L。同时探讨引物HZD09211的最适退火温度为52.3℃。2个不同引物对20份扁蓿豆材料DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示该体系具有较高的稳定性。 相似文献
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根据GenBank中发表的猪圆环病毒2型(porcine circovirus type 2, PCV-2)基因组序列,利用Primier5设计了一对特异性引物,分别采用CTAB法和DNA试剂盒提取猪脾脏总DNA,用PCR方法扩增猪PCV-2基因保守区序列,并对PCR扩增程序进行优化,对PCR检测方法的敏感性、重复性做了研究。结果显示扩增的目的片段约为573 bp,94°C 30 sec,60°C 30 sec,72°C 30 sec,30个循环扩增效果最好;模板DNA最低稀释倍数为100倍,即能检测到最低模板DNA的质量为25.8 ng;同一组织不同部位PCR检测的重复性较好;该检测方法为PCV-2的快速检测提供了方法和依据。 相似文献
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太行花DNA提取的优化和适用分子标记检测 总被引：1，自引：1，他引：0
比较了常规CTAB法、改良CTAB法和SDS法对太行花叶片总DNA的提取效果,并对改良CTAB法提取的DNA在多种分子标记中的适用性进行了测试。结果表明：常规CTAB法提取的DNA难以完全溶解,且有褐化现象;SDS法提取的DNA产率及纯度都很低;改良CTAB法提取的DNA产率高且稳定,无明显降解,杂质少,OD260/OD280比值在1.8左右。以改良CTAB法提取的DNA为模板,应用叶绿体和线粒体通用引物扩增出了特异性的高效产物,ISSR和RAPD引物对总DNA的扩增也获得理想结果。因此,改良CTAB法适用于太行花总DNA提取,其产物能满足核、叶绿体和线粒体基因组分子实验的要求。 相似文献