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1.
不同牛种GH基因外显子5序列变异研究 总被引：1，自引：0，他引：1
在测定牛亚科3个牛种(雷琼牛、巴州牦牛和巴州蒙古牛)GH基因外显子5序列的基础上,分析了不同牛种的序列变异特点,同时引用其它牛种(普通牛、瘤牛、牦牛和水牛)的序列构建分子系统树以探讨牛亚科家畜的系统发生关系.结果表明,在雷琼牛、巴州牦牛和巴州蒙古牛中共检测到5个变异位点,核苷酸取代方式仅有转换和颠换,核苷酸平均突变率仅为1.66%,说明这3个牛种GH基因外显子5多态性较为贫乏;5个变异位点中仅有1个为错义突变,导致亮氨酸和缬氨酸的转换,但该突变在牛种中分布有差异.从构建的系统树来看,普通牛与瘤牛先聚为一类,然后再与牦牛聚在一起,最后才与水牛聚在一起,与已有的分类结果大体一致.本研究的结果支持中国南方可能是一支瘤牛发源地的推论,也支持中国牦牛在起源进化历程中可能与瘤牛发生了基因交流的观点. 相似文献
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对牛亚科6个群体溶菌酶(LYZ)基因的编码区核苷酸序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank上海福特牛该基因编码区核苷酸序列进行比对分析,并采用邻接法构建分子系统进化树.结果表明:在榆测的样本中(水牛除外),有5个核苷酸多态位点,定义了9种单倍型;群内核苷酸多样性(P1)在0.000 00～0.001 96之间.说明群体内遗传多样件程度较低.构建的分子系统发育树表明,瘤牛、蒙古牛、鲁西黄牛间关系密切,瘤牛和普通牛与牦牛关系相对较近,而与大额牛关系相对较远. 相似文献
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牛生长激素基因外显子5序列变异及其分子进化特征 总被引：2，自引：0，他引：2
通过双向直接测序法测定中国5个牛种生长激素(GH)基因外显子5序列,并且在分析序列变异的基础上探讨GH基因外显子5序列的分子进化特征.序列分析表明,5个牛种GH基因外显子5的遗传变异水平较低,平均核苷酸变异率约为3.48%,而且绝大多数位点的核苷酸替换是同义突变,仅发现1个错义突变位点;从GH基因外显子5序列单倍型构建的分子进化树来看,水牛与普通牛、瘤牛、牦牛及大额牛的分化相对比较明显,其他4个牛种之间并无明显分化,还享有共同的祖先序列.研究结果也说明牛GH基因外显子5在进化过程中由于功能的约束表现相当保守,进化速率缓慢. 相似文献
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运用多种分析软件对13种牛亚科动物及4种对照动物线粒体的编码蛋白基因进行分析。结果表明,牛亚科动物线粒体基因的有效密码子数(ENC)都小于40.50,显示出明显的密码子偏好性,在碱基组成上偏爱以A结尾的密码子。同义密码子使用度(RSCU)表明,共有13个密码子在编码使用上具有偏好性。在聚类分析中,基于线粒体基因密码子偏好性的聚类结果与基于线粒体基因序列的聚类结果基本一致,说明物种的亲缘关系与密码子使用偏好性有关,线粒体基因密码子偏好性和线粒体基因序列均可以用于物种的分类研究。美洲野牛与牦牛聚为一类,爪哇野牛、普通牛、原始牛和瘤牛聚为一类,支持将牦牛划分为牛亚科中的一个独立属即牦牛属的观点。 相似文献
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基于细胞色素b基因序列的中国牛亚科家畜系统发育关系 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】探讨中国牛亚科家畜物种间的系统发育关系,为牛亚科家畜的系统演化历史提供分子证据。【方法】采用PCR产物直接双向测序法,获得普通牛、瘤牛、牦牛、大额牛、沼泽型亚洲水牛和河流型亚洲水牛共6个物种的线粒体DNA Cyt b基因全长序列,运用分子进化软件分析物种间的系统发育关系。【结果】6个牛种的Cyt b基因序列长度均为1 140 bp,没有观察到插入/缺失突变,共检测到220个变异位点,包含213个简约信息位点;Cyt b基因序列变异中转换数明显高于颠换数,转换数和颠换数的比值为5.2,突变没有达到饱和状态。由遗传距离可知,普通牛与瘤牛的亲缘关系最近,而它们与大额牛、牦牛、沼泽型亚洲水牛、河流型亚洲水牛的亲缘关系依次逐渐疏远。牛亚科家畜6个物种分布于4个主要的单系群分支,可划归为家牛属、牦牛属、准野牛属和水牛属;牛种间的分歧时间在0.775—6.43 MYA,亚洲水牛与其它牛种间的分歧时间最长,普通牛与瘤牛的分歧时间最短。大额牛和印度野牛的单系性都没有得到显现,大额牛和印度野牛在线粒体DNA水平上不能清晰地相互区分。【结论】中国牛亚科6个牛种划分为4个分支,分别对应于家牛属、牦牛属、准野牛属和水牛属,家牛属与准野牛属、牦牛属、水牛属的亲缘关系逐渐疏远;6个牛种间的进化分歧时间在0.775—6.43 MYA。大额牛与印度野牛的亲缘关系非常近,两者在较早的世代具有共同的母系起源;不支持大额牛是印度野牛的家养型或驯化种的观点,它们有可能都是现已灭绝的某种野生牛的后代。 相似文献
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根据普通牛线粒体DNA序列设计引物,扩增获得三江黄牛线粒体D-loop区全序列,并以绵羊为外属对牛亚科代表性品种(类群)(九龙牦牛、野牦牛、瘤牛、欧洲野牛、中国水牛、亚洲水牛、德国普通牛、秦川牛、南阳牛、晋南牛、蒙古牛、平武牛、川南牛、凉山牛、湘西牛和昭通牛)的mtDNA D-loop序列进行系统进化分析,以期了解三江黄牛的遗传多样性,分析三江黄牛数量急剧下降的原因并提出参考意见。结果表明,三江黄牛线粒体D-loop区序列长909~911bp,T、C、A、G碱基的平均含量分别为29.08%、24.49%、32.72%和13.71%;三江黄牛共有16种单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.875 7,平均核苷酸多样性(Pi)为0.022 92,遗传多样性较为丰富;三江黄牛与已知牛品种(类群)mtDNA D-loop序列比对结果表明,与凉山牛差异最小(0.11%),与欧洲野牛差异最大(32.63%);系统进化分析显示三江黄牛是中国众多黄牛类群中的一支,与秦川牛、平武牛亲缘关系较近,推测其是由普通牛和瘤牛共同进化而来。 相似文献
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牦牛和黄牛三个微卫星基因座种间特异性等位基因分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用PCR产物直接测序和克隆测序相结合的方法分析了牦牛、普通牛和瘤牛在ILSTS013、ILSTS050和SPS115 3个微卫星基因座上存在的特异性等位基因座位的特异性.结果表明:牦牛、普通牛和瘤牛在这3个基因座上等位基因的DNA序列存在种间特异性差异,依据这些特点可以将牦牛与普通牛和瘤牛在基因型或DNA序列水平上进行区分,这将成为评价牛种间的基因交流水平和建立牛肉及其产品分子追溯系统的可靠分子标记. 相似文献
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峨边花牛肌肉生长抑制素基因cDNA克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]为改良峨边花牛地方品种、提高产肉率及种质资源的保存奠定基础和提供技术依据。[方法]以从乐山峨边花牛骨骼肌中提取总RNA为模板,利用RT-PCR技术扩增获得肌肉生长抑制素基因(MSTN)cDNA片段,将其克隆到T载体上,通过PCR鉴定阳性克隆并对其进行测序鉴定。[结果]通过PCR扩增,得到峨边花牛MSTN基因cDNA的全序列,全长1 135 bp,包含全部的MSTN编码序列,共有3个外显子。将峨边花牛MSTN基因在GenBank上与比利时双肌牛及皮埃蒙特双肌牛比较后发现,峨边花牛在上述2种品种双肌牛的突变位点碱基未发现异常。[结论]成功地克隆峨边花牛的MSTN基因并对其进行测序对于后期表达载体的构建奠定了基础。 相似文献
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渤海黑牛H-FABP基因外显子2的序列测定与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]为改良渤海黑牛地方品种及种质资源的保护提供技术依据。[方法]根据GenBank发表的牦牛心脏脂肪酸结合蛋白基因（H-FABP）的序列设计1对引物,利用PCR技术扩增出渤海黑牛H-FABP基因外显子2的DNA片段,测定其核苷酸序列并进行氨基酸序列的推导,同时将序列与牦牛、山羊、猪、人、小鼠和鸡的外显子2序列进行比较,并且进行系统发生树的构建。[结果]渤海黑牛的H-FABP外显子2核苷酸序列和氨基酸序列与牦牛、山羊、猪、人、小鼠和鸡各物种间同源性分别为100%、97.1%、94.2%、89.0%、83.8%、79.8%,100%、98.2%、94.7%、86.0%、86.0%、77.2%。系统发生结果显示,系统发生树总体分为两支,鸡单独为一支;渤海黑牛、牦牛、山羊、猪、人、小鼠聚在一起成为另一支。[结论]渤海黑牛H-FABP外显子2具有很强的保守性,H-FABP基因外显子2进化树符合物种进化规律。 相似文献
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通过对20头雷琼牛(Bos indicus)细胞色素b(Cyt b)基因序列(1 140 bp)的比对和分析,共发现7个变异位点,定义了6种单倍型。经与GenBank上6个牛种的Cyt b基因序列进行比较,分析其碱基组成和核苷酸序列变异,计算不同牛种间的kimura双参数遗传距离。以亚洲水牛(Bubalusbubalis)为外群,应用邻接法构建牛属动物分子系统发育树。结果表明:雷琼牛与印度瘤牛(Bos indicus)一样同属于典型的瘤牛,但两者有明显的区别,推测中国可能是世界瘤牛的发源地之一,不支持雷琼牛含有爪哇牛(Bos javanicus)血统的观点。 相似文献
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基于mtDNA cyt b基因全长序列,对中国黄牛、牦牛和水牛的遗传多态性和系统发育关系进行了分析。结果表明,中国黄牛、牦牛和水牛cyt b基因序列中碱基A和T的含量均比较高,A T的平均含量分别为56.6%,58.2%和56.0%。黄牛在cyt b基因全长序列具有较丰富的核苷酸多样性(Pi=0.016 84),水牛的核苷酸多样性相对贫乏(Pi=0.003 51),牦牛的核苷酸多样性介于二者之间(Pi=0.012 28)。中国黄牛与牦牛和欧洲野牛之间的亲缘关系相对较近,而与水牛间的亲缘关系则相对较远,黄牛有普通牛和瘤牛2个母系起源;中国牦牛和斑腾牛以及羯牛的亲缘关系相对较近;中国水牛和沼泽型水牛具有较近的亲缘关系,也可能有2个或者2个以上的母系起源。 相似文献
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牛线粒体D-loop的序列分析及进化关系 总被引：1，自引：0，他引：1
牦牛存在两处10bp和7bp的缺失．10个品种的20条D-loop序列中共有18种单倍型，共检测到164个突变位点，346个突变碱基，其中转换突变235个，颠换突变55个，插人和缺失突变56个．基于聚类分析显示本试验所检测的黄牛中除了鲁西黄牛以外都起源于欧洲原牛，鲁西黄牛来源于两个母系，一个是欧洲原牛，另一个是瘤牛型原牛．牦牛与黄牛起源于不同的母系． 相似文献
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[目的]为绵羊与其他动物的分子系统进化分析奠定基础。[方法]对绵羊Leptin基因的第23、外显子进行PCR扩增和测序,将测序结果与GenBank中绵羊和7个其他物种中相应序列进行比对,并构建绵羊与其他物种的分子系统进化树。[结果]不同物种的Leptin基因的核苷酸序列有较高的保守性。绵羊与山羊、水牛、奶牛、猪、人、家鼠、鸡的同源性分别为99.5%、98.0%、97.3%、93.4%、88.4%、83.9%、82.4%。系统发生树将这些物种总体上分成2支,家鼠与鸡聚为一支;而绵羊与山羊、水牛、猪和人为另一支。绵羊与山羊亲缘关系最近,而与水牛、奶牛、猪、人、家鼠、鸡亲缘关系渐远。[结论]Leptin基因适于进行物种起源、演化、分类以及系统发生关系的研究。 相似文献
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[目的]克隆“大通牦牛”Lfcin基因,为将该基因应用于饲料工业和养殖业提供依据。[方法]利用PCR技术从“大通牦牛”基因组DNA中获得乳铁蛋白素（Lactoferricin,Lfcin）基因序列;将Lfcin基因连接于pGEM-T easy载体,送至生物公司测序;将“大通牦牛”与奶牛的Lfcin基因序列进行比对;同时,对牦牛、奶牛、人、小鼠等物种的Lfcin蛋白进行序列分析和进化树分析。[结果]克隆获得了含“大通牦牛”LF（Lactoferrin）第二外显子的DNA序列,共778bp,其中Lfcin基因编码区长75bp,编码25个氨基酸;序列分析显示,克隆获得的牦牛DNA序列与奶牛该序列存在11个碱基的变异;牦牛和奶牛的Lfcin蛋白质序列完全相同,各物种Lfcin蛋白具有较高的同源性;进化树分析表明Lfcin进化树符合物种进化规律。[结论]该研究为Lfcin基因在原核或真核细胞中的表达研究以及进一步研究Lfcin蛋白的生活活性奠定了基础。 相似文献
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Myostatin基因即肌肉生长抑制素,是一种肌肉生长的负调控因子。以物种最近的牛（Bos taurus cattle登陆号：AB076403）的Myostatin基因序列为模版,根据该基因保守序列,进行引物设计。应用pcr-sscp和测序的方法对东北马鹿Myostatin基因的第3外显子进行了多态性分析。结果表明,位于Myostatin基因DNA序列第3外显子948处发生G→A突变。该突变并没有引起氨基酸的变异,GTA、GTG密码子都编码缬氨酸（val）。 相似文献