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相似文献
 共查询到19条相似文献，搜索用时 578 毫秒
1.
玉米细菌性枯萎病菌PCR检测   总被引：1，自引：0，他引：1  
 根据GenBank中玉米细菌性枯萎病菌及其近似种的16S序列差异,设计了一对玉米细菌性枯萎病菌特异性引物Ps2r/Ps3r,该引物能从供试的7株玉米细菌性枯萎病菌中特异性扩增出一条268 bp的预期条带,供试的32株近似种菌株都没有扩增产物;与国内外文献报道的其它5对特异性引物相比,除引物PSA/PSB外,引物DEP1/DEP2、ES16/ESIG2c、HRP1d/HRP3c和CPSL1/CPSR2c在不同程度上对部分近似种菌株出现了扩增。试验结果表明,引物Ps2r/Ps3r和PSA/PSB能特异性扩增玉米细菌性枯萎病菌,得到预期的扩增产物。对不同系列稀释度的DNA和玉米样品中病菌的检测结果表明,由引物Ps1/Ps4和Ps2r/Ps3r组合的巢式PCR方法的检测灵敏度高于引物ITSA/ITSB和PSA/PSB组合的巢式PCR方法,也高于Bio-PCR检测方法;前者可以检测到玉米种子中300 cfu/sample的目的细菌,该检测方法在进境玉米种子样品玉米细菌性枯萎病菌的检疫中具有比较理想的应有潜力和推广价值。  相似文献   

2.
选择玉米内州萎蔫病菌基因组DNA高度特异保守区域设计环介导等温扩增技术(LAMP)引物,通过对其反应条件优化,建立玉米内州萎蔫病菌的LAMP检测体系。实验得出内引物与外引物最佳比例为6∶1,反应最佳温度为64℃。运用玉米内州萎蔫病菌克隆质粒梯度稀释液对LAMP检测体系的灵敏度进行了验证。LAMP检测体系的检测限达到100 fg,与常规PCR相比,该方法的检测限提高了100倍。以多种参比菌DNA为模板对LAMP检测体系的特异性进行了验证,结果表明LAMP检测体系仅对玉米内州萎蔫病菌有扩增,对非靶标菌没有扩增。为玉米内州萎蔫病菌快速高效检测提供了一种新型的检测方法。  相似文献   

3.
菊欧文氏菌分子检测技术的研究   总被引：1，自引：0，他引：1  
 蝴蝶兰细菌性软腐病对蝴蝶兰的生长危害严重, Erwinia chrysanthemi(菊欧文氏菌)、Erwinia carotovora subsp. carotovora(胡萝卜软腐欧文氏菌胡萝卜软腐亚种)是引起蝴蝶兰软腐病的主要病原细菌, 其中E.chrysanthemi被列入我国三类检疫性有害生物。本文对菊欧文氏菌分子检测技术进行了研究, 设计出针对该病原细菌的特异性引物, 应用实时荧光PCR方法检测样品中存在的菊欧文氏菌, 检测灵敏度达到102cfu/mL。  相似文献   

4.
为建立简单、快速和灵敏地检测瓜类细菌性果斑病菌Acidovorax avenae subsp. citrulli(Aac)和番茄细菌性溃疡病菌Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis(Cmm)的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)方法,以Aac的ugpB基因和Cmm的micA基因为靶标,分别设计、合成和筛选特异性引物,摸索和优化各项反应条件和反应体系,成功建立了以钙黄绿素颜色为指示且只需要金属浴恒温反应30～60 min的LAMP扩增体系。特异性分析表明该LAMP方法可以快速检出5株不同的Aac菌株和2株不同的Cmm菌株,其它对照菌株如燕麦嗜酸菌燕麦亚种A. avenae subsp. avenae、丁香假单胞菌Pseudomonas syringae、水稻黄单胞菌水稻致病变种Xanthomonas oryzae pv. oryzae和茄科雷尔氏菌Ralstonia solanacearum则呈现阴性反应;引物比目前报道的LAMP引物有更高的DNA样品检测灵敏度,Aac和Cmm的灵敏度分别为1.72×10~2fg/μL和1.26×10~2fg/μL。研究结果表明,所设计的Aac和Cmm引物特异性好、灵敏度高,更有利于从源头上控制这2种检疫性细菌病害的流行和传播。  相似文献   

5.
建立柑橘溃疡病菌的普通LAMP和快速LAMP检测方法,使其能应用于基层检验检疫部门对病害的快速检测.利用柑橘溃疡病菌基因组特有的保守区域设计LAMP引物,通过优化反应条件,建立柑橘溃疡病菌的普通LAMP检测体系;在普通LAMP引物的基础上设计一对环引物,建立柑橘溃疡病菌的快速LAMP检测体系,并以多种参比菌DNA以及健康柑橘叶片基因组DNA为模板对普通LAMP和快速LAMP检测体系的特异性进行了验证,利用柑橘溃疡病菌菌液和DNA溶液梯度稀释液对普通LAMP和快速LAMP检测体系的灵敏度进行了验证.普通LAMP检测体系菌体和DNA检测灵敏度分别达到了2.25×104 cfu和2.03×10-1 ng,快速LAMP检测体系菌体和DNA检测灵敏度分别达到了2.25 cfu和2.03×10-5ng.在特异性测试中,普通LAMP检测体系与快速LAMP检测体系均仅对柑橘溃疡病菌进行扩增,对非靶标菌和柑橘叶片基因组DNA不产生扩增,普通LAMP与快速LAMP检测体系特异性测试结果一致.快速LAMP检测体系在0.5h内就可以达到普通LAMP检测体系的扩增量,是普通LAMP检测体系反应时间的一半,大大提高了检测的效率;快速LAMP检测体系菌悬液和DNA检测灵敏度均比普通LAMP检测体系提高了10 000倍.成功地建立了柑橘溃疡病菌的普通LAMP及快速LAMP检测方法,为柑橘溃疡病菌的检测提供了一种新的简便、快速的检测手段.  相似文献   

6.
玉米细菌性枯萎病菌TaqMan探针实时荧光PCR检测方法的建立   总被引：8，自引：1，他引：8  
成功建立了玉米细菌性枯萎病菌快速检测鉴定的实时荧光PCR方法.该方法根据细菌16S rDNA序列的特异性,设计出对玉米细菌性枯萎病菌具有稳定性点突变特异性探针,并对10种细菌菌株和5种植原体进行了实时荧光PCR.结果表明,只有玉米细菌性枯萎病菌产生荧光信号,而其它参考菌不产生荧光信号,检测的绝对灵敏度是14.2 fg/μl质粒DNA,比常规的PCR电泳检测高约100倍.整个检测过程只需2h,完全闭管,降低了污染的机会,无须PCR后处理.  相似文献   

7.
以SYBR Green I荧光染料为指示剂,针对水稻细菌性条斑病菌糖基转移酶,设计了4条普通LAMP引物,并在此基础上设计了2条LAMP环引物,建立了水稻细菌性条斑病菌的环介导等温扩增可视化快速检测方法。结果表明:水稻细菌性条斑病菌呈荧光的阳性反应,近缘菌株则呈橙色的阴性反应;检测灵敏度DNA为100 fg/μL,菌悬液为3×103 cfu/m L。LAMP技术的建立为现场检疫和大规模检测提供了新的方法。  相似文献   

8.
PCR-DHPLC技术快速检测玉米细菌性枯萎病菌   总被引：1，自引：0，他引：1  
本研究成功建立了玉米细菌性枯萎病菌的PCR检测方法.该方法根据细菌ITS序列的特异性,设计了对玉米细菌性枯萎病菌具有稳定性点突变的特异性引物及探针,并对5株玉米细菌性枯萎病菌及18种植物原性细菌的DNA进行了PCR、实时荧光PCR及PCR结合变性高效液相色谱技术(PCR-DHPLC)检测.结果表明,几种方法特异性强,检测灵敏度均为菌液浓度102 cfu/mL,PCR-DHPLC技术具有检测成本较低、高通量、自动化程度高、污染风险小及鉴定结果准确等特点,能够满足快速、准确诊断玉米细菌性枯萎病菌的要求.  相似文献   

9.
木薯细菌性萎蔫病菌的LAMP快速检测方法   总被引：2，自引：0，他引：2  
建立了一种木薯细菌性萎蔫病菌的环介导恒温扩增快速检测方法,为木薯细菌性萎蔫病的快速检测提供有力的技术支持。针对木薯细菌性萎蔫病菌TAL效应器蛋白质(pthBXam)靶序列的6个位点设计4条特异性引物,并对反应温度和内引物浓度等参数进行了优化,设计的引物与试验中提供的其他黄单胞近缘种都没有扩增反应,表现了较好的特异性。LAMP方法对木薯细菌性萎蔫病菌菌株DNA的检测下限为1pg/μL,比常规PCR灵敏度高100倍。该方法采用SYBR Green I染料法对扩增产物闭管检测,裸眼观察颜色变化判断反应结果,能快速、准确地对田间样品进行检测,没有出现假阳性和假阴性。与其他检测方法相比,LAMP方法检测时间短,效率高,降低了设备投入,易于操作,适合木薯细菌性萎蔫病菌的现场检疫和大规模监测。  相似文献   

10.
为了利用实时环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification,LAMP）技术,特异、灵敏、快速地检测检疫性病原菌玉米晚枯病菌（Cephalosporium maydis）,本研究选择种间遗传距离较高的Tef-1α和H3基因作为特异性基因,进行特异性引物的筛选、检测温度的优化、灵敏度和特异性检测等研究。实验结果表明,最佳引物组合为Tef-2,检测温度为65℃,最小检测限为0.10 pg/μL,且只对玉米晚枯病菌靶基因特异,检测应用结果可靠。环介导等温扩增技术能够用于玉米晚枯病菌的高效特异性检测,可为检验检疫部门对玉米晚枯病菌的检测工作提供有力的保障。  相似文献   

11.
采用环介导等温扩增法(LAMP)快速检测苹果根结线虫   总被引：7，自引：4，他引：3  
为高效、简便、快速地对我国进境植物检疫性有害生物名录中的非中国种—苹果根结线虫Meloidogyne mali进行检疫,通过比较Gen Bank中根结线虫相关序列,以苹果根结线虫28S r DNA非保守区域序列设计环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)的特异性引物,并优化反应条件,建立一种可快速检测苹果根结线虫的LAMP检测体系。结果显示:d NTPs浓度为0.4 mmol/L、Mg~(2+)浓度为5.0 mmol/L、不添加甜菜碱、反应时间为60 min时,LAMP检测体系扩增效率最高;用琼脂糖凝胶电泳、SYBR Green I染色和LFD试纸均能检测到苹果根结线虫的扩增产物。所建立的LAMP检测体系能够从10种供试植物线虫种群中特异性地检测出苹果根结线虫,灵敏度为1/20 000条线虫DNA,比常规PCR灵敏度高10倍。表明所建立的苹果根结线虫LAMP快速检测体系可用于我国口岸进境植物中苹果根结线虫检疫。  相似文献   

12.
利用环介导等温扩增(LAMP)技术快速检测辣椒疫霉菌   总被引：1，自引：0，他引：1  
<正>辣椒疫霉(Phytophthora capsici)是一种重要植物病原菌,能造成植株坏死、果实腐烂,严重影响产量[1]。辣椒疫霉侵染植物的早期病症并不明显,易被忽视。因此,对辣椒疫霉早期快速、准确检测显得尤为重要。聚合酶链式反应(PCR)为动植物病原物检测的重要方法,但需要较昂贵的仪器、试剂与耗材,后期的电泳检测也费时费力,致使这一技术很难在生产一线普及推广。Notomi等2000年研发了环介  相似文献   

13.
An oligonucleotide probe targeting the rRNA of Erwinia herbicola and Erwinia ananas was designed to detect their cells using fluorescence in situ hybridization. The Cy3-labeled probe hybridized strongly with these species but very weakly with nontarget species such as Erwinia mallotivora, Erwinia nigrifluens, Erwinia cypripedii, Erwinia chrysanthemi, Erwinia carotovora subsp. carotovora, E. carotovora subsp. atroseptica, and Escherichia coli. This technique visualized E. herbicola cells after inoculation of kumquat fruits. The probe is promising as a tool for studying population dynamics of E. herbicola and E. ananas.  相似文献   

14.
Extracellular polysaccharides (EPSs) likely provide phytopathogenic bacteria a selective advantage both inside and outside plants. Despite the relatively scant knowledge about EPS biosynthesis in phytopathogenic bacteria, it clearly is a well controlled, complex, energy-intensive process. Unexpectedly, three phytopathogenic bacteria have been found to autoregulate EPS production in response to extracellular signal compounds (pheromones) that they produce. Like many bacteria, Pantoea stewartii subsp. stewartii produces a N-acyl-homoserine lactone (AHL) autoinducer. However, unlike most AHL-dependent autoinduction systems, that in P. stewartii subsp. stewartii somehow represses EPS production in the absence of autoinducer. Instead of an AHL-dependent system (which it also has), Ralstonia solanacearum uses a novel autoregulator identified as 3-hydroxypalmitic acid methyl ester to regulate EPS biosynthesis. A lack of this autoregulator in R. solanacearum results in repression of EPS biosynthesis by a complex two-component sensor/response regulator signal cascade. Xanthomonas campestris pv. campestris has two partially overlapping autoregulatory systems. The autoregulators are incompletely characterized, but one diffusible signal factor (DSF) is thought to be a fatty acid derivative and the other diffusible factor (DF) may be a butyrolactone. The autoregulation pathways in X. campestris pv. campestris are essentially unknown, but EPS production is controlled by both the DSF and DF systems, whereas production of extracellular enzymes and pigment production are regulated independently. In a confined micro-environment, population density and intercellular concentrations of an autoregulator will increase in parallel, so autoregulation is one way that bacteria can coordinate gene expression to synthesize EPS only at high cell density. However, because there is often limited evidence that it is actually cell density that is being detected, researchers should not assume a priori that autoregulation must function for quorum sensing. Some possible reasons for why phytopathogenic bacteria would benefit from delaying EPS production are discussed.  相似文献   

15.
三重PCR检测黄瓜炭疽病菌、菌核病菌和细菌性萎蔫病菌   总被引：1，自引：0，他引：1  
王楠  王伟 《植物病理学报》2014,44(2):129-138
 本试验建立一种可同时检测黄瓜炭疽病(Colletotrichum orbiculare)、黄瓜菌核病(Sclerotinia sclerotiorum(Lib.)de Bary)和黄瓜细菌性萎蔫病(Erwinia tracheiphila)等黄瓜主要病害病原菌的三重PCR检测体系。采用正交试验设计方法, 对三重PCR的影响因素分析研究, 进行退火温度优化, 并以3个引物组、Taq DNA聚合酶、dNTP和Mg2+ 共6因素3水平进行多重PCR体系优化, 成功建立了适合黄瓜主要病害的三重PCR最佳检测体系, 即25 μL的反应体系中含有0.24 μmol·L-1 CY1/CY2;0.72 μmol·L-1 SSFWD/SSREV;0.336 μmol·L-1 ET-P1/ ET-P2;1 U Taq聚合酶;0.15 mmol·L-1 dNTP;1 mmol·L-1 MgCl2, 最适退火温度为63℃。该方法能够快速从田间黄瓜发病植株和根围土壤中将黄瓜炭疽病菌、黄瓜菌核病菌和黄瓜细菌性萎蔫病菌检测出来, 灵敏度可以达到10 pg·μL-1。  相似文献   

16.
Validation data is presented for a conventional PCR test that specifically detects the quarantine pathogen Pantoea stewartii subsp. stewartii in maize leaf and seed samples and does not cross‐react with the non‐pathogenic P. stewartii subsp. indologenes. The PCR tests currently recommended by the EPPO Diagnostic Protocol PM 7/60 (2) for initial screening bear the risk of false positives as they detect both subspecies of P. stewartii. The test presented here has high analytical sensitivity (102 cells mL–1 in leaf extracts, at least 103 cells mL?1 in seed extracts), high repeatability and high reproducibility and performed well on the two matrices tested: maize seed and leaf extract. Its improved analytical specificity and analytical sensitivity compared to the currently recommended tests lead the authors to suggest that this test should be included as a first screening test in the diagnostic protocol for P. stewartii subsp. stewartii when it is next revised.  相似文献   

17.
本研究选取番茄溃疡病菌(Clavibacter michiganensis subsp.michiganensis,Cmm)致病岛上的chpC基因的部分序列,作为环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)靶标片段进行LAMP引物设计。对反应体系优化后进行特异性测定,结果表明供试的89株番茄溃疡病菌中86株检测结果为阳性,3株为阴性,供试的14株非番茄溃疡病菌(其他重要植物病原细菌)均为阴性。检测番茄溃疡病菌菌悬液样品的阈值为4.8×10~5 CFU·mL~(-1),对DNA样品的检测阈值为1.8×10~(-2) ng·μL~(-1),并据此建立了番茄溃疡病菌的LAMP检测方法。将该方法应用于番茄种子携带Cmm的检测,通过提取种子浸提液样品的总DNA,实现了对番茄种子携带Cmm的直接检测。与普通PCR相比,该方法更加快捷简便,不依赖PCR仪等昂贵的仪器设备,可以丰富现有的番茄溃疡病菌分子检测体系,为口岸等检疫部门提供简单易行的检测初筛手段。  相似文献   

18.
The phylogenetic relationships among Erwinia amylovora biovar 4 (the pathogen of bacterial shoot blight of pear in Japan), other biovars of E. amylovora, and Erwinia pyrifoliae were investigated using the sequences of 16S rRNA, gyrB, and rpoD genes. The tested isolates formed two distinct monophyletic groups in the phylogenetic trees constructed based on the gyrB gene, rpoD gene, or a combination of the three genes: group 1 contained E. amylovora biovars 1, 2, and 3; group 2 contained E. amylovora bv. 4 and E. pyrifoliae. This phylogenetic analysis showed that E. amylovora bv. 4 was more closely related to E. pyrifoliae than to other biovars of E. amylovora. The nucleotide sequence data reported are available in the DDBJ/EMBL/GenBank databases under the accession numbers AB242876 to AB242925.  相似文献   

19.
为实现我国非重要的检疫性杂草——苍耳属Xanthium杂草快速高效的分子鉴定,利用Illumina二代测序平台对白苍耳X.albinum、意大利苍耳X.italicum、直刺苍耳X.ripicola、刺苍耳X.spinosum、柱果苍耳X.cylindricum、宾州苍耳X.pennsylvanicum、蝟实苍耳X.echinatum、苍耳X.sibiricum和北美苍耳X.strumarium共9种苍耳属杂草进行转录组测序,获得的unigene序列数分别为103 362、93 506、87 452、83 822、70 994、66 397、57 598、57 164和57 134个。利用生物信息分析方法对9种苍耳属杂草转录组进行简单重复序列（simple sequence repeat,SSR）和物种间的特异性序列预测和筛选。经过PCR试验验证,筛选获得了可以有效鉴定上述9种杂草的6对SSR引物和13对特异性引物,提高了苍耳属杂草鉴定的准确率。  相似文献   

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