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为研究辣椒EST-SSRs标记在主要茄科蔬菜间的通用性,从NCBI数据库下载118 900条辣椒相关EST,对其进行SSR位点搜索,用含SSR位点的辣椒ESTs设计的200对EST-SSRs引物对17份辣椒材料、24份番茄材料、16份茄子材料进行PCR扩增,有效扩增比率分别为98%、94.5%、90.5%,多态性比率分别为35.5%、29.5%、26.5%。多态性引物对辣椒、番茄、茄子的特定亲本及其杂种一代F1的亲缘关系进行检测,均能达到预期效果,试验结果说明从辣椒相关EST数据库中开发的SSR引物在茄科植物中有较好的通用性。 相似文献
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[目的]研究茶树EST-SSRs在山茶科植物中的通用性。[方法]选用来源于茶树EST序列的7对EST-SSRs引物,对山茶科植物的19份材料进行了扩增。[结果]7对EST-SSRs引物中有5对引物能对19个供试材料进行有效扩增,通用性比率为71.43%;扩增率最高的为云南山茶凤山茶、华东山茶彩霞和云南山茶菊瓣,最低的为川滇莲蕊茶和大花杨桐;有效扩增的5对引物对中有4对引物在供试材料中表现出丰富且差异明显的多态性。[结论]从茶树基因组上开发的SSR引物在山茶科植物不同种属植物间有较高的通用性,可用于山茶科植物比较基因组研究和分析标记研究。 相似文献
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【目的】丰富玫瑰茄（Hibiscus sabdariffa L.）SSR分子标记的种类和数量，验证锦葵科作物SSR标记在玫瑰茄中的通用性，进而分析玫瑰茄的遗传多样性。【方法】选取锦葵科红麻、棉花、黄秋葵和木槿等4种作物共62对SSR引物（木槿17对，其他各15对），对8份不同来源的玫瑰茄种质进行多态性分析。【结果】62对SSR引物中有58对具有通用性，占比为93.5%；通用性引物中有48对具有多态性，占比为82.8%；这些引物共扩增出246条条带，其中多态性条带239条，占比97.2%。同时，棉花有14对SSR引物具有多态性，多态性引物比率最高，达86.7%；其次是木槿，有82.4%的引物具有多态性，且其引物多态信息含量值（PIC）最高，为0.685；而黄秋葵和红麻多态性引物比率较低，分别为73.3%和66.7%。另外，聚类分析结果表明，在相似系数0.49处可将8份玫瑰茄种质分为3个各具特点的亚类，其中19FZ-76被单独聚为一类，表明这一种质与其他7份种质亲缘关系最远，遗传差异最大，聚类结果与其表型性状表现一致；而来自缅甸的19FZ-74和漳州本地种遗传相似系数最高，说明这两份种质的... 相似文献
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【目的】利用已完成测序的番茄基因组发展大量的SSR标记,并将这些标记转移到茄子及其他茄科作物上,节省开发SSR标记的成本.【方法】本研究利用近缘物种转移法分析了番茄SSR标记在茄子及其他茄科作物上的通用性情况.【结果和结论】1 046对番茄SSR引物中有887对能在茄子基因组DNA上扩增出产物,425对引物扩增出的带型在番茄与茄子间相似程度高,标记的通用率为40.6%;EST-SSR比基因组SSR的通用性更好,前者通用率为54.5%,后者为38.9%;414个通用SSR标记被电子定位到番茄染色体上,不同染色体来源的标记通用率明显不同;93对引物在2份用于遗传图谱构建的栽培茄子亲本间表现出多态性;获得的425对通用引物在马铃薯、辣椒、枸杞上通用率分别为96.2%、78.1%、54.1%. 相似文献
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茶树EST-SSRs在山茶科植物中的通用性研究（摘要） 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]研究茶树EST-SSRs在山茶科植物中的通用性。[方法]选用来源于茶树EST序列的7对EST-SSRs引物,对山茶科植物的19个种进行了扩增。[结果]7对EST-SSRs引物中有5对引物能对19个供试品种进行有效扩增,通用性比率为71.43%;扩增率最高的为云南山茶凤山茶、华东山茶彩霞和云南山茶菊瓣,最低的为川滇莲蕊茶和大花杨桐;有效扩增的5对引物对中有4对引物在供试材料中表现出丰富且差异明显的多态性。[结论]从茶树基因组上开发的SSR引物在山茶科植物不同种属植物间有较高的通用性,可用于山茶科植物比较基因组研究和分析标记研究。 相似文献
6.
利用SSR对甘蓝型黄籽油菜遗传多样性的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
利用130对引物对50份甘蓝型油菜黄籽种质和1份黑耔种质进行遗传多样性分析,从130对SSR引物中筛选出30对多态性较高的SSR引物进行PCR扩增,通过再次筛选,得到17个多态性较好的引物,一般有3～11务谱带,所选17个引物共检测到126条带.有103条带具多态性片段,一般片段在100～900 bp,平均每个引物有6条多态性谱带,占81.7%.对SSR扩增结果进行UPGMA分析.可将51个品种(系)分为8个类群体,聚类结果与种质来源比较一致. 相似文献
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番茄SSR标记在茄子及其他茄科作物上的通用性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
《华南农业大学学报》2014,(4)
【目的】利用已完成测序的番茄基因组发展大量的SSR标记,并将这些标记转移到茄子及其他茄科作物上,节省开发SSR标记的成本.【方法】本研究利用近缘物种转移法分析了番茄SSR标记在茄子及其他茄科作物上的通用性情况.【结果和结论】1 046对番茄SSR引物中有887对能在茄子基因组DNA上扩增出产物,425对引物扩增出的带型在番茄与茄子间相似程度高,标记的通用率为40.6%;EST-SSR比基因组SSR的通用性更好,前者通用率为54.5%,后者为38.9%;414个通用SSR标记被电子定位到番茄染色体上,不同染色体来源的标记通用率明显不同;93对引物在2份用于遗传图谱构建的栽培茄子亲本间表现出多态性;获得的425对通用引物在马铃薯、辣椒、枸杞上通用率分别为96.2%、78.1%、54.1%. 相似文献
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单、双子叶作物间EST-SSRs引物和标记的通用性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】探讨单、双子叶作物间EST-SSR引物和标记的通用性。【方法】选取30对小麦、8对油菜和14对白菜的EST-SSR引物,分别以10个小麦、10个油菜、5个大豆品种和5个玉米自交系的基因组DNA为模板,进行PCR扩增及扩增产物的多态性分析。【结果】(1)30对小麦EST-SSR引物中,有29,28和26对引物分别在玉米、油菜和大豆中有扩增产物,可扩增率分别为96.7%,93.3%和86.7%;其中分别有12对和9对引物在单子叶作物小麦和玉米及双子叶作物大豆和油菜中的扩增产物显示多态性,有4对引物在4种作物中的扩增产物均显示多态性。(2)22对白菜/油菜EST-SSR引物中,有18,21和22对引物分别在大豆、小麦和玉米中有扩增产物,可扩增率分别为81.8%,95.4%和100%;其中分别有10对和7对引物在单子叶作物小麦和玉米及双子叶作物大豆和油菜中的扩增产物显示多态性,有7对引物在4种作物中的扩增产物均显示多态性。【结论】在单、双子叶作物间开发可通用EST-SSR引物和建立可转化EST-SSR标记是可行的;在单、双子叶作物中均有多态性的EST-SSR标记所对应的基因,涉及贮藏蛋白、核酸的转录及复制、功能基因的表达调控、代谢催化等基础功能。 相似文献
10.
以BJ-299、Tx622B、W456、忻粱52和Roma 5个高粱[Sorghum bicolor (L.) Moench]品种的基因组DNA为模板进行PCR扩增以筛选SSR分子标记引物.设计不同的退火温度和扩增程序,对250对SSR引物进行筛选和反应程序的优化.结果表明,250对SSR引物中有223对引物扩增成功,大部分引物的退火温度为55～57℃,共筛选出125对在耐盐碱品种BJ-299与盐碱敏感品种Tx622B间表现出多态性的SSR引物. 相似文献
11.
【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花椰菜的SSR分子标记;利用差异条带对不同花椰菜材料的亲缘关系进行分析。【结果】从转录组数据中得到66 450条Unigene基因,包含10 715个SSR位点,发生频率为12.09%,平均分布距离为5.9kb。SSR位点中优势类型为二核苷酸重复基序,出现频率占总SSR的51.16%;其次是三核苷酸,占总SSR的47.37%。重复序列基序共49种,其中出现频率较高的重复基序主要为AG/CT、GA/TC和AAG/CTT。有1 164个长度≥20bp的SSR位点,获得具有潜在高多态性的SSR引物6 119对。随机设计的40对引物中有31对引物能进行有效扩增,其中有17对引物在24份花椰菜品种中表现出多态性。UPGMA分析显示,在遗传距离为0.625时,17对多态性引物可将24份花椰菜分为3类。【结论】开发的花椰菜SSR标记类型丰富,出现频率高,具有较高的可用性。 相似文献
12.
《西北农林科技大学学报(自然科学版)》2020,(3)
【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花椰菜的SSR分子标记;利用差异条带对不同花椰菜材料的亲缘关系进行分析。【结果】从转录组数据中得到66 450条Unigene基因,包含10 715个SSR位点,发生频率为12.09%,平均分布距离为5.9 kb。SSR位点中优势类型为二核苷酸重复基序,出现频率占总SSR的51.16%;其次是三核苷酸,占总SSR的47.37%。重复序列基序共49种,其中出现频率较高的重复基序主要为AG/CT、GA/TC和AAG/CTT。有1 164个长度≥20 bp的SSR位点,获得具有潜在高多态性的SSR引物6 119对。随机设计的40对引物中有31对引物能进行有效扩增,其中有17对引物在24份花椰菜品种中表现出多态性。UPGMA分析显示,在遗传距离为0.625时,17对多态性引物可将24份花椰菜分为3类。【结论】开发的花椰菜SSR标记类型丰富,出现频率高,具有较高的可用性。 相似文献
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黄玲 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2010,36(3):267-271
利用914对引物(848对SSR引物和66对SFP引物),对籼型广谱持久抗瘟水稻品种湘资3150和籼型感病品种CO39的基因组多态性进行研究.结果表明,881对引物(815对SSR引物和66对SFP引物)有扩增产物,扩增率为96.39%.共筛选到220对多态性引物,多态性检出率为24.10%.SSR标记的多态性检出率为23.58%,低于SFP标记的多态性检出率(30.30%).不同染色体间多态性检出率差异较大,第10染色体的供试引物多态性检出率最高,为30%;第9染色体的多态性检出率最低,为14.55%.不同碱基数目基序的标记间多态性检出率有较大差异,其中4碱基重复型的多态性检出率最高,为27.96%,其后依次为2碱基重复型、复合型、3碱基重复型和单碱基重复型. 相似文献
14.
《浙江农业学报》2020,(27)
为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444 865条unigenes,共鉴定出141 132个SSR位点,发生频率为23.02%,平均每3.45 kb出现一个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以AT和ATAT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125 616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33个条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.756 9处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。 相似文献
15.
SSR标记在疣粒野生稻和普通栽培稻中的多态性研究 总被引：2，自引：2，他引：0
利用SSR标记分析了疣粒野生稻同栽培稻IR24间的遗传多样性,并对引物扩增条带类型进行了比较分析.结果表明,在所用的159对引物中共有153对引物检测到多态性位点,占总引物数的96.8%.在2个材料中共有848个位点扩增出条带,其中扩增条带片段大小相同的有67条,占总带数的7.9%.引物扩增多态性条带可以分为扩增条带片段大小不同、扩增条带数目不同和扩增条带强弱不同3种类型.说明在栽培稻中开发的SSR标记在疣粒野生稻中发生了很大的变异,不适宜进行遗传多样性分析,但仍可以应用于疣粒野生稻进行分子标记辅助选择. 相似文献
16.
为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444 865条unigenes,共鉴定出141 132个SSR位点,出现频率为31.72%,平均每3.45 kb出现1个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以A/T和AT/AT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125 616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33条条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.756 9处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。 相似文献
17.
[目的]分析紫斑百合与栽培百合的亲缘关系,为利用紫斑百合改良栽培百合杂交育种中亲本的选配提供指导.[方法]以6份紫斑百合野生资源和92份市场流行、广泛栽培的百合品种为材料,通过两轮温度梯度PCR筛选引物后,利用SSR引物对DNA进行PCR扩增,并进行UPGMA聚类分析.[结果]从100对SSR引物共筛选获得15对通用性好、多态性高、扩增条带清晰的引物.15对SSR引物在98份百合样品中共检测到93.0个等位位点,平均每对引物6.2个.多态性信息含量(PIC)为0.29-0.84,平均为0.66,其中PIC高于0.50的引物有13对,属于高多态性引物.UPGMA聚类分析结果显示,98份样品聚为两大分支,分支Ⅰ包括紫斑百合、O(东方百合)杂种系和OT杂种系,表明其遗传关系较近,筛选的15对SSR引物可将这3个类群进行有效区分;分支Ⅱ包括LA杂种系、L(麝香百合)杂种系和A(亚洲百合)杂种系,不同的类群间有部分交叉,筛选的15对引物不能对其进行有效区分.[结论]筛选出的15对SSR引物可将98份百合材料分为两大分支,并可应用于分支Ⅰ中3个类群的分子鉴定.紫斑百合与OT杂种系和O杂种系的遗传关系更近,在制定紫斑百合与栽培百合杂交组合时可先从OT杂种系和O杂种系的杂交改良展开研究,特别是聚在紫斑百合附近的优良OT百合品种. 相似文献
18.
山西省主推玉米品种自交系的SSR遗传多样性分析 总被引：3，自引：3，他引：0
利用SSR标记研究了山西省主推玉米品种亲本自交系的遗传多样性。从96对SSR引物中筛选出42对扩增产物具有稳定多态性的引物。42对引物在35份供试材料中共检测出185个等位变异,每对引物检测等位变异3～8个,平均4.4个;每个位点的多态性信息量(PIC)变化为0.307～0.881,平均0.634。UPGMA聚类分析结果表明,35份供试自交系划分为4个类群,生产上主要推广杂交种的亲本大多来自不同的类群。研究结果为山西省玉米进一步育种提供参考。 相似文献
19.
玉米重组自交系群体遗传图谱的构建及标记 总被引：2，自引：0，他引：2
以黄早四和Mo 17为亲本,组建了含239份重组自交系的F9代分离群体.共选取了370对SSR引物用于亲本多态性筛选,结果有126对引物能扩增出清晰的多态性条带.用这些有多态性的引物进一步作群体分析,除有23对引物扩增效果较差外,其余引物在多态性、重复性方面均表现较好.最后,用该重组自交系群体构建了玉米分子标记遗传连锁图谱,该图谱拟合了103个分布于10个连锁群的微卫星标记位点,覆盖玉米整个基因组1 455.4 cM,标记间平均图距14.1 cM. 相似文献
20.
分析了21对豌豆(Pisum sativum)基因组SSR引物在10个蚕豆(Vicia faba)品种中的通用性。结果表明,豌豆基因组SSR引物在蚕豆中的通用性达38.10%,有效引物在蚕豆品种中的多态性比例为100%。 相似文献