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1.
为了研究双亲杂交衍生的多个群体QTL作图分析的方法,对两个亲本通过任意杂交设计衍生的任意多个相关群体联合分析的方法进行了探讨.其要点是:首先利用染色体上所有标记基因型联合计算该染色体上任一假定位置QTL的条件概率,然后根据混合分布理论建立基于EM算法实现的QTL作图的极大似然估计方法.以双亲杂交衍生的F2和BC群体联合分析为例,用计算机模拟数据研究了QTL遗传力和样本容量两个因素对方法的影响.结果表明,在染色体水平模拟时,相同的遗传力下,F2和BC群体联合分析的统计功效明显高于这两个群体单独分析的统计功效.此外,即使两个群体联合分析时的样本容量与两个群体单独分析时的样本容量相等,联合分析的统计功效亦明显高于单独分析的统计功效.且随着遗传力和样本容量的提高,本方法的统计功效逐步提高.在参数估计的准确度和精确度上,相同的遗传力下,F2和BC群体联合分析普遍高于这2个群体的单独分析,尤其是在低遗传力(5%)和较少样本容量下(50),这种优势更为明显.且随着遗传力和样本容量的提高,各参数估计的准确度和精确度亦逐步提高.为了验证本方法的效用,在全基因组水平进行了模拟分析,同样得到了预期的结果. 相似文献
2.
豆卷叶螟是南京地区的主要食叶性害虫。以抗性亲本溧水中子黄豆和感性亲本南农493-1杂交组合正交F2群体为材料,在田间自然虫源条件下F2单株叶片损失率为抗性指标,利用已构建的SSR分子标记图谱和Windows QTL Cartographer V2.5软件包的复合区间作图法和多区间作图法,定位大豆对豆卷叶螟抗性的QTL。结果表明：利用复合区间作图法检测到位于D1b和K连锁群上的2个QTL;利用多区间作图法则检测到位于A2、D1b、K和N连锁群上的4个QTL和6个互作QTL;其中有两个共同的QTL,至少解释表型变异的19.2%。这些结果为抗性性状的遗传剖析和标记辅助育种提供理论依据。 相似文献
3.
粳稻垩白性状的QTL检测 总被引：1，自引：0，他引：1
利用大粒粳稻DL115与小粒粳稻XL005杂交获得的F2群体200个单株为作图群体,采用复合区间作图方法,利用SSR标记对稻米垩白性状进行了数量性状基因座(QTL)检测。研究结果表明,稻米垩白粒率、垩白大小和垩白度在F3株系均呈连续分布,表现为由多基因控制的数量性状。检测到与稻米垩白性状相关的QTL 8个,分别位于第3（5个）、第5（2个）和第6（1个）染色体上,包括与垩白粒率有关的QTL 3个,与垩白大小相关的QTL 2个,与垩白度有关的QTL 3个。其中位于第3染色体RM6832-RM411、RM15456-RM6832和RM6266-RM15456区间的qPGWC3、qACE3b和qDEC3b,分别解释垩白粒率、垩白大小和垩白度表型变异的43.89%、18.83%和19.57%,为主效QTL。上述3个主效QTL所在染色体上的位置与前人研究结果均不一致,认为是新的QTL。所检测到的8个QTL中,除qPGWC6的增效等位基因来自无垩白亲本XL005外,其他7个QTL的增效等位基因均来自垩白性状值较大的亲本DL115。垩白粒率和垩白大小基因作用表现为部分显性,垩白度基因作用表现为加性。 相似文献
4.
大豆苗期固氮相关性状的QTL分析 总被引：1，自引：1，他引：0
大豆与根瘤菌共生固氮是大豆生长发育所需氮素的主要来源.由于根瘤菌与大豆两者基因型的不同,接种根瘤菌后大豆固氮能力也不同.以合丰25×固新野生大豆杂交组合的重组自交系(RIL)群体F11的104个株系为材料,在严格控菌条件下,用固氮菌株2178进行结瘤匹配鉴定,测定RIL群体及其亲本的固氮酶活性、结瘤数目、侧根数目、根瘤鲜重、茎干重5个指标,对所得数据进行正态分布检验,结合SSR分子数据利用复合区间作图法对其QTL定位分析.结果表明:RIL群体各性状均表现超亲分离,均值介于双亲之间,其偏度和峰度均较小,符合正态分布.这表明所考察性状均为数量性状遗传.应用复合区间作图法进行固氮性状的QTL定位,在Al、L、O、D1b、D2、C2、I连锁群,检测控制固氮的QTL有8个,解释表型变异的7.65%～15.05%,这些QTL及分子标记位点可用于大豆固氮性状的分子标记选择. 相似文献
5.
大豆蛋白质含量的QTL定位 总被引：3，自引：1，他引：2
以高蛋白的大豆品种齐黄26和低蛋白的滑皮豆为亲本,杂交获得含170个单株的F2代分离群体,采用SSR分子标记技术,构建了一张包括18个连锁群的分子连锁图谱,覆盖大豆基因组长度1 035.6 cM,标记间平均距离为16.44 cM。利用复合区间作图法,对在济南和冠县衍生出的F2∶3群体的蛋白质含量的进行QTL分析。结果表明:济南试验点定位到3个与蛋白质含量有关的QTL,分布于D2、E和K连锁群上,分别可解释14%、11%和2%的变异;冠县试验点定位到1个与蛋白质含量有关的QTL,位于E连锁群上,可解释3%的变异。通过遗传作图找到3个与所定位的QTL相连锁的SSR标记,这些标记可为大豆分子标记辅助育种提供参考。 相似文献
6.
利用Charleston×东农594构建的F2衍生的149个F2:14～F2:16株系组成的重组自交系群体,采用复合区间作图法(CIM)和多重区间作图法(MIM),连续3 a对一粒荚数、二粒荚数、三粒荚数和四粒荚数共4个荚粒性状进行QTL分析。结果表明:3 a间CIM和MIM分别定位到13个和24个QTL,分布11个连锁群上。采用CIM法,定位到1个控制一粒荚数的QTL在2 a中稳定出现;采用MIM法,定位到1个控制二粒荚数的QTL和1个控制四粒荚数的QTL在2 a中稳定出现,且控制四粒荚数的QTL 2 a的性状贡献率分别为72.5%和37.6%。 相似文献
7.
基于QTL定位的水稻有效穗数杂种优势预测 总被引：7，自引：0，他引：7
以水稻杂交组合珍汕97B×明恢63所衍生的永久F2（IF2）作图群体为遗传材料,采用QTLNetwork 2.0定位软件对有效穗数进行了QTL分析,共检测到8个QTL,分布于6条染色体上。同时根据有效穗数的QTL遗传效应,估算了F1、F2和F3三个杂种世代的有效穗数杂种优势,在预测普通杂种优势的同时,也对环境互作杂种优势进行了预测。上位性QTL对有效穗数杂种优势的形成有重要的贡献。表明基于QTL定位结果的杂种优势预测方法有助于分子标记辅助选育强优势组合。 相似文献
8.
ZHANG Wei-yao WANG Jin-xing ZONG Chun-mei FU Chun-xu WANG Mao-qing SUN Yan-jie HU Guo-hua CHEN Qing-shan 《大豆科学》2012,31(2)
利用Charleston×东农594构建的F2衍生的149个F2:14,F2:16株系组成的重组自交系群体,采用复合区间作图法(CIM)和多重区间作图法(MIM),连续3 a对一粒荚数、二粒荚数、三粒荚数和四粒荚数共4个荚粒性状进行QTL分析.结果表明:3a间CIM和MIM分别定位到13个和24个QTL,分布11个连锁群上.采用CIM法,定位到1个控制一粒荚数的QTL在2a中稳定出现;采用MIM法,定位到1个控制二粒荚数的QTL和1个控制四粒荚数的QTL在2a中稳定出现,且控制四粒荚数的QTL2 a的性状贡献率分别为72.5％和37.6％. 相似文献
9.
本研究以远杂9102×徐州68-4杂交后代衍生的重组自交系(RIL)的188个家系为材料,连续3年种植后检测其含油量及脂肪酸含量。结果表明,该RIL群体的含油量及脂肪酸变异丰富,从中获得了含油量稳定高于高值亲本的后代材料1份,油酸含量稳定高于高值亲本的材料23份。RIL群体的含油量、油酸和亚油酸含量以及油酸/亚油酸比的广义遗传力分别为0.849、0.761、0.874和0.887,表明这些性状的变异主要受基因型控制。利用前期构建的SSR遗传连锁图,结合3年主要品质性状鉴定数据,共检测到82个相关QTL,分布在11个连锁群上,其中与含油量、油酸、亚油酸和油酸/亚油酸比(油亚比)相关的QTL分别为15、21、21和25个,贡献率大于10%的主效QTL有23个,2年能重复检测到QTL有8个,3年重复检测到的有4个。其中,本研究新鉴定出的主效QTL有7个,重复性好的有5个,尤其是LG2上区间GM2839-GNB159,3年均定位到与油酸和油亚比相关的QTL,2年定位到与亚油酸相关的QTL,贡献率为5.80%~28.14%,该区间只有1.63c M。这些QTL的获得对于花生品质性状改良中亲本选配、后代标记辅助选择以及QTL精细定位具有重要意义。 相似文献
10.
芥蓝的丰产性状是育种的重要目标性状,由于控制芥蓝的产量性状均为数量性状,常规育种进展缓慢,基因定位及分子标记辅助育种可提高选择效率。本研究利用2个产量差异大的芥蓝自交不亲和系冬强♀（产量高）与Lb07M（产量低）为亲本,构建F2分离群体,F2自交获得F2 ∶ 3家系,对产量性状进行了QTL定位分析。对F2 ∶ 3家系中单株重、单薹重、株高、薹高、叶长、叶宽、薹粗进行了调查,利用已构建首张芥蓝变种内的SSR和SRAP遗传图谱,结合田间性状调查数据,用QTLNetwork2.0软件通过混合线性复合区间作图法（MCIM）对7个产量性状进行了QTL分析。在10个连锁群中共定位了8个QTL位点,其中控制单薹重、单株重、株高、叶宽的QTL各1个,分别解释表型变异的18.4％,17.8％,19.1％,15.1％;控制主薹高和叶长的QTL各为2个,共解释表型变异的23.8％、22.1％。芥蓝产量性状的QTL定位结果可为分子标记辅助选择高产品种提供参考。 相似文献
11.
It’s well known that incorporating some existing populations derived from multiple parents may improve QTL mapping and QTL-based breeding programs. However, no general maximum likelihood method has been available for this strategy. Based on the QTL mapping in multiple related populations derived from two parents, a maximum likelihood estimation method was proposed, which can incorporate several populations derived from three or more parents and also can be used to handle different mating designs. Taking a c... 相似文献
12.
Pure lines derived from multiple parents provide abundant variation for genetic study.However,efficient genetic analysis methods and user-friendly software are still lacking.In this study, we developed linkage analysis methods and integrated analysis software for pure-line populations derived from four-way and eight-way crosses.First, polymorphic markers are classified into different categories according to the number of identifiable alleles in the inbred parents.Expected genotypic probability is then derived for each pair of complete markers, and based on them a maximum likelihood estimate(MLE) of recombination frequency is calculated.An EM algorithm is proposed for calculating recombination frequencies in scenarios that at least one marker is incomplete.A linkage map can thus be constructed using estimated recombination frequencies.We describe a software package called GAPL for recombination frequency estimation and linkage map construction in multi-parental pure-line populations.Both simulation studies and results from a reported four-way cross recombinant inbred line population demonstrate that the proposed method and software can build more accurate linkage maps in shorter times than other published software packages.The GAPL software is freely available from www.isbreeding.net and can also be used for QTL mapping in multi-parental populations. 相似文献
13.
利用外引玉米杂交种通过多年连续自交获得1份穗上叶片数为7～10片的自交系LY-1。研究该材料穗上叶片数的遗传特性,分别将其与3个不同穗上叶片数材料L583、LS-1和昌7-2不同遗传背景的自交系杂交,获得3个衍生的后代分离群体。通过穗上叶片数、株高、穗位高和穗高系数的分析,结果表明,F_1的穗上叶片数介于双亲之间,偏高亲值,没有明显杂种优势,表现出不完全显性遗传特性。株高、穗位高以及穗高系数均表现超高值亲本,具有极强的杂种优势。相关分析结果表明,穗上叶片数与穗高系数呈极显著的负相关,株高与穗上叶片数、穗位高以及穗位高与穗高系数均呈极显著正相关。从各性状的遗传力来看,3个群体株高和穗位高的平均遗传力较高,均在75%以上;其次是穗高系数;穗上叶片数的遗传力仅为62.43%。因此,利用LY-1作为多叶资源进行种质改良和新品种选育,可降低穗位相对高度,提高植株的抗倒伏能力。 相似文献
14.
荚果相关性状是花生产量构成的重要成分。为解析花生产量及产量相关性状的遗传基础，挖掘稳定存在的QTL，以荚果大小和重量存在显著差异的中花5号和ICGV 86699为亲本衍生的包含166个重组自交系群体为材料，对3个荚果相关性状中荚果长、荚果宽在5个环境，百果重在6个环境下进行性状考察，并结合群体的基因分型数据进行QTL定位分析。共检测到9个荚果长QTL、10个荚果宽QTL和12个百果重QTL。有10个QTL在多个环境被重复检测到，其中6个QTL在不同地点重复检测到，为稳定表达QTL，且稳定表达的QTL中5个（qPLB06.2、 qPLB06.3、qPWB06.2、qHPWB04.3、qHPWB06.3）在至少1个环境中贡献率超过10%。共发现5个QTL簇，其中位于 B06上的QTL簇Ⅳ和Ⅴ，均在多个环境下检测到稳定调控荚果长、荚果宽和百果重的QTL共定位，表明这些荚果相关性状具有明显的遗传相关性。 相似文献
15.
Ngwako S 《Pakistan journal of biological sciences: PJBS》2008,11(4):553-558
The marker regression and the interval mapping methods were used for the detection of qualitative trait loci (QTL) in Arabidopsis thaliana in a cross between early flowering ecotypes Landsberg erecta and Columbia. The interval mapping method employs pairs of neighbouring markers to obtain maximum linkage information about the presence of a QTL within the enclosed segment of the chromosome, whereas the marker regression approach fits a model to all the marker means on a given chromosome simultaneously and obtains significance tests by simulation. The interval mapping method detected 22 QTL in seven traits and the marker regression method detected 22 QTL in six traits. The two methods detected sixteen QTL at similar positions of the Arabidopsis chromosomes and QTL for similar traits were localised to similar regions of the chromosomes and they showed similar mode of additive effect. This suggested that the two methods are similar in their QTL detection even though they employed different significant levels. 相似文献
16.
茶树炭疽病抗性的QTL分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以茶树SSR遗传连锁图谱为基础,选取龙井43为母本,白毫早为父本的170株F1遗传群体为试验材料,于2014年对该群体分别进行了茶树炭疽病抗性性状的田间观测和室内侵染试验,并采用复合区间作图法对该性状进行QTL定位与分析。结果显示:从F1群体病叶上分离纯化出一种茶树炭疽病病菌HZ-1,经NCBI BLAST比对,其ITS基因序列与炭疽菌(Colletotrichum sp.)的亲缘关系最近,序列相似度为99%。对F1群体的炭疽病抗性表型分析发现,田间环境下的感病单株的占比(41%)高于室内环境(24%)。QTL分析显示,在6个不同的遗传连锁群(Linkage group,LG)上共检测到8个QTLs,单个QTL的LOD阈值变幅为2.53~6.80,单个QTL的表型变异贡献率的变幅为5.6%~13.8%。LG10存在1个控制茶树炭疽病抗性性状的主效QTL,LOD值6.80,表型变异贡献率13.8%。 相似文献
17.
《作物学报(英文版)》2015,(3)
QTL Ici Mapping is freely available public software capable of building high-density linkage maps and mapping quantitative trait loci(QTL) in biparental populations. Eight functionalities are integrated in this software package:(1) BIN: binning of redundant markers;(2) MAP: construction of linkage maps in biparental populations;(3) CMP: consensus map construction from multiple linkage maps sharing common markers;(4) SDL: mapping of segregation distortion loci;(5) BIP: mapping of additive, dominant, and digenic epistasis genes;(6) MET: QTL-by-environment interaction analysis;(7) CSL: mapping of additive and digenic epistasis genes with chromosome segment substitution lines; and(8) NAM: QTL mapping in NAM populations. Input files can be arranged in plain text, MS Excel 2003, or MS Excel 2007 formats. Output files have the same prefix name as the input but with different extensions. As examples, there are two output files in BIN, one for summarizing the identified bin groups and deleted markers in each bin, and the other for using the MAP functionality. Eight output files are generated by MAP, including summary of the completed linkage maps, Mendelian ratio test of individual markers, estimates of recombination frequencies, LOD scores, and genetic distances, and the input files for using the BIP, SDL,and MET functionalities. More than 30 output files are generated by BIP, including results at all scanning positions, identified QTL, permutation tests, and detection powers for up to six mapping methods. Three supplementary tools have also been developed to display completed genetic linkage maps, to estimate recombination frequency between two loci,and to perform analysis of variance for multi-environmental trials. 相似文献