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【目的】探究秦川牛多形性腺瘤基因1(pleomorphic adenoma gene 1,PLAG1)的组织表达规律,并克隆其启动子区序列,预测分析其关键转录因子结合位点,为探究其转录调控机制提供理论参考。【方法】采集3头20月龄秦川牛成年公牛心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、皮下脂肪、背最长肌、瘤胃组织,用实时荧光定量PCR方法检测PLAG1基因在不同组织中的相对表达量,同时克隆PLAG1基因上游启动子区序列,利用生物信息学软件预测PLAG1基因转录起始位点及启动子核心区域,分析、筛选核心启动子区域的关键转录因子结合位点。【结果】PLAG1基因在秦川牛各组织中均有表达,且在背最长肌中的表达量显著高于其他组织(P<0.05)。PLAG1基因启动子序列全长1 861 bp,生物信息学预测分析发现PLAG1基因核心启动子区位于-297―+42 bp,存在高度保守的Krüppel样因子5(KLF5)、cAMP反应元件结合蛋白1(CREB1)和早期生长反应因子1(EGR1)转录因子结合位点,且CpG岛位于PLAG1基因核心启动子区域内。【结论】PLAG1基因在肌肉组织中高表达,其核心启动子区... 相似文献
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《中国草食动物科学》2020,(4)
以安徽大别山牛为试验群体,采用PCR和直接测序技术检测PLAG1基因的多态性,并探讨其多态性对大别山牛生长性状的影响,为大别山牛体尺性状的标记辅助选择和育种提供理论依据。利用在线软件分析牛PLAG1基因的结构特性,计算等位基因频率、基因型频率和遗传多样性指数,分析HardyWeinberg平衡状态,利用SPSS软件探索PLAG1基因多态性与大别山牛群体体尺性状的相关性。结果显示:牛PLAG1基因编码蛋白质前体结构包含有6个ZnF_C2H2区域和4个low complexity区域,PLAG1基因第1内含子区检测到1个19-bp Indel位点,3’UTR区检测到1个变异位点g.48316CT,二者均属于中度多态(0.25PIC0.50),其中19-bp Indel位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),且DD基因型个体和WD基因型个体的腰角宽和坐骨端宽均显著优于WW基因型个体(P0.05);g.48316CT位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),且CT基因型个体的胸围显著优于TT基因型个体和CC基因型个体(P0.05)。该研究结果初步表明牛PLAG1基因的多态性与其体尺性状显著相关,可以作为大别山牛体尺性状标记辅助选择候选基因之一。 相似文献
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牛Nramp 1基因5'调控区序列的克隆及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用LA-PCR技术扩增牛Nrampl基因2 515 bp的5'调控区序列,构建了重组克隆载体pEASY-T3-Nrampl,对阳性克隆进行了PCR扩增、限制性酶切鉴定,DNA测序及生物信息学分析.结果表明,试验成功构建了包含Nrampl基因5'调控区的重组质粒.经同源性比对发现,Nrampl基因5'调控区在不同物种中具有一定的保守性,在转录起始位点近端的启动子区域,牛与人、鼠、猪、羊的同源性分别是60.50%.58.52%,72.18%,81.95%.经预测,该调控区富含GR、SP1、c-Ets-1、NF-W2等转录因子结合位点.本研究为进一步确定牛Nrampl基因核心启动子区域及该基因的表达调控奠定了理论基础. 相似文献
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本研究旨在探索血管活性肠肽Ⅰ型受体(Vasoacitve intestinal peptide type Ⅰ receptor,VIPR-1)基因5'调控区(-496～-1 bp)多态性及其单倍型效应对鸡就巢性的影响,寻找影响肉鸡就巢性的分子标记,为降低或者剔除肉鸡就巢行为的育种研究提供相应依据.采用测序技术对498只清远麻鸡VIPR-1基因5'调控区进行多态性检测及基因型分析,利用最小二乘均数对VIPR-1基因5'调控区的多态位点与就巢性状进行相关分析,利用PHASE软件对多态位点进行单倍型分析.结果,VIPR-1基因5'调控区存在12个多态性位点,G-359T、G-266T、A-134G、A-94G、C-72G对18～43周龄的就巢持续天数影响达到显著水平(P＜0.05),A-94G位点对18～54周龄的就巢率的影响达到显著水平(P＜0.05)；构建的单倍型对18～54周龄的就巢持续天数的影响达到极显著水平(P＜0.01).最小二乘分析结果表明,CCTGGGAAC,CAG/TTGGGGAAGCAC型个体的就巢持续天数比其它单倍型个体极显著的延长(P＜0.01).结果表明,VIPR-1基因5'调控区(-496～-1 bp)可能存在影响鸡就巢行为的分子标记,CCTGGGAAGCAG/TTGGGGAAGCAC型个体对鸡就巢性具有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于家鸡就巢行为的筛选. 相似文献
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试验选择品种差异较大的贵州荷斯坦奶牛和务川黑牛构建不同DNA池,设计1对引物分别扩增2个牛种α-乳清蛋白(alpha-lactalbumin, LALBA)基因5'调控区及第1外显子部分序列总长1126 bp。结果表明,LALBA基因5'调控区存在5个SNPs位点:T-114C、C-166T、A-225C、C-344T、T-778C,T-114C仅在务川黑牛表现多态性。生物信息学软件预测LALBA基因核心启动子区及转录因子结合位点,SNP位点导致11个转录因子结合位点消失,其中1个位于核心启动子区,产生5个新的转录因子结合位点。突变前后RNA二级结构发生明显改变,目标序列未发现CpG岛。 相似文献
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【目的】 试验旨在研究多形性腺瘤基因1（plemorphic adenoma gene 1,PLAG1）基因序列特征、多态性以及对山羊出生体重、体尺的影响。【方法】 以波尔山羊为研究对象,克隆PLAG1基因序列并测序,采用实时荧光定量PCR鉴定其在不同年龄和体重波尔山羊组织中的表达模式,采用Western blotting方法检测PLAG1在不同体重羔羊腿肌中的表达水平,进一步筛选PLAG1基因CDS和3'-UTR区SNP,并分析各位点不同基因型与波尔山羊出生体重、体尺的相关性。【结果】 波尔山羊PLAG1基因CDS全长1 500 bp,编码499个氨基酸,PLAG1蛋白相对保守。组织表达谱显示,PLAG1基因在出生体重较大的羔羊心脏、小肠和腿肌中表达水平显著或极显著高于出生体重较小的羔羊,在胎羊各组织中mRNA表达水平均显著或极显著高于成年母羊（P<0.05;P<0.01）;PLAG1蛋白在出生体重较大的羔羊腿肌中表达量极显著高于出生体重较小的羔羊（P<0.01）。在波尔山羊PLAG1基因3'-UTR区共筛选到6个SNPs位点,分别为：2664 A>G、2712 A>G、2721 T>C、2879 T>A、2990 A>T和3270 A>G。关联分析发现,2664 A>G位点AG基因型个体出生管围显著大于GG基因型（P<0.05）;2721 T>C位点TT基因型个体出生体长显著大于TC基因型（P<0.05）;2879 T>A位点TA基因型个体出生管围显著大于AA基因型（P<0.05）;2990 A>T位点AA基因型个体出生体重显著高于AT基因型（P<0.05）;3270 A>G位点GG基因型个体出生体长显著大于AA基因型,AG基因型个体出生胸围显著大于AA基因型（P<0.05）。【结论】 PLAG1基因在波尔山羊胎羊各组织中表达水平均高于成年母羊,发育早期的表达水平与出生羔羊体重相关。PLAG1基因可作为分子标记用于波尔山羊早期生长选育。 相似文献
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试验采用21日龄肉鸡的心肌组织作为研究对象用于抽提核蛋白,用蛋白质印记法和电泳迁移率变动分析法研究心肌细胞中与MnSOD基因转录相关的Sp-1和AP-2核转录因子及其结合序列。结果表明,在肉鸡心肌细胞的核蛋白中存有与MnSOD基因转录调控相关的核转录因子Sp-1和AP-2,且能与MnSOD基因启动子区特异性结合位点结合,其中在-79～-58有一个与人和大鼠相同的Sp-1结合位点核心序列(5'-GGGGCGGG-3'),在鸡MnSOD基因启动子区中AP-2结合位点核心序列与现有文献中报道的人和大鼠以及一些病毒AP-2结合位点核心序列不同,分别为位于-34～-14(5'-GGCGCAGGC-3')和-338～-319(5'-CCCAAGGTC-3')。上述结果提示,肉鸡心肌细胞中MnSOD基因的转录调控可能与核转录因子Sp-1和AP-2与MnSOD基因启动子区的特异性结合密切相关。 相似文献
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为探寻湖羊IGF-1基因5′侧翼区多态性及其对羊毛弯曲度性状的影响,选用128只湖羊作为实验材料,对IGF-1基因5'侧翼区进行扩增、测序和PCR-SSCP检测,探讨IGF-1基因5′侧翼区的遗传特征,寻找与羊毛弯曲度性状相关的遗传标记,为湖羊羊毛弯曲度标记辅助选择提供理论依据。结果表明:湖羊IGF-1基因5'侧翼区突变位点有AA、AB、BC三种基因型,基因型频率分别为0.609 4、0.093 8和0.296 8。AB型与AA型相比,在外显子1前的第649 bp有一处G→A突变,BC型与AA型相比,在外显子1前的第651 bp处发生G→C突变,在外显子1前的第649 bp有一处G→A突变。卡方独立性检验结果表明,不同基因型个体羊毛花纹类型和基因型之间不存在显著相关关系(P>0.05)。该研究初步认为,IGF-1基因5'侧翼区多态性与羊毛弯曲度性状之间没有显著关联(P>0.05)。 相似文献
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本试验对贵州关岭牛解偶联蛋白3（uncoupling protein,UCP3）基因5'侧翼区进行克隆,并利用生物信息学软件对其1080 bp的克隆序列进行分析,以研究UCP3基因5'侧翼区特异性转录调控元件的调控机制。软件分析发现关岭牛UCP3基因5'侧翼区含有6个可能的转录起始点和33个潜在转录因子结合位点,与东北虎、家猫、印度水牛、藏羚羊、山羊、绵羊UCP3基因5'侧翼区（-196～+100 bp）序列相似性分别为82%、82%、98%、95%、96%和98%;该区域保守性较强,推测转录起始点上游-200～+1 bp可能是其核心启动子区域,该区域在调控基因转录和翻译方面具有共同的作用。试验成功克隆了UCP3基因5'侧翼区序列1080 bp,初步预测了该基因的核心启动子区。 相似文献
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本研究以胰岛素样生长因子Ⅰ(insulin-like growth factors-Ⅰ, IGF-Ⅰ)基因作为候选基因,运用PCR-RFLP法检测基因变异,并分析其变异与鸡末期产蛋性能的相关性。以绿壳蛋鸡(n=113)作为试验材料,对IGF-Ⅰ基因5'调控区进行遗传多样性研究。研究结果表明,该调控区扩增产物经PstⅠ酶切后出现AA、AB、BB共3种基因型,经χ2检验绿壳蛋鸡在IGF-Ⅰ位点上符合Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。相关分析表明,IGF-Ⅰ基因5'调控区PstⅠ位点对于产蛋末期(14和15月龄)的产蛋性能没有显著影响(P＞0.05)。 相似文献
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《畜牧与兽医》2015,(6):54-59
利用在线预测软件对牛C4A基因的5'侧翼区序列进行生物信息学分析,成功构建了一系列表达载体,利用双荧光素酶报告基因检测系统分析牛C4A基因的5'侧翼区启动活性。分别通过定点突变技术构建突变质粒,研究调控C4基本表达和诱导表达的转录因子结合位点。利用EMSA技术验证转录因子在研究细胞系中存在与否。结果显示,C4A基因启动子序列转录起始位点上游169 bp为报告基因荧光值最高的片段,即为启动子核心区;其中SP1(-169~-158)、E-box(-122~-117)和AP-1(-80~-71)是调控C4基本表达的主要转录因子结合位点,且3个转录因子在Hep G2细胞系中真实存在。 相似文献
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本研究旨在了解湖羊FSHR基因5′-UTR序列特征和转录因子调控,为揭示湖羊FSHR基因转录调控机制提供依据。采集3只成年湖羊母羊的心、肝、脾、肺、肾、胃、肌肉、大肠、小肠、子宫和卵巢11种组织,采用PCR扩增和克隆测序技术获得湖羊FSHR基因5′-UTR序列,生物信息学方法分析其序列特征,RT-PCR技术分析转录因子PAX4在湖羊11种组织中的表达情况;合成湖羊PAX4基因过表达载体pcDNA3.1-PAX4,并将其转染到猪卵巢颗粒细胞(GCs),用流式细胞仪测定了GCs的细胞凋亡率。双荧光素酶报告基因系统检测PAX4对湖羊FSHR基因转录活性的影响。结果表明,湖羊FSHR基因5′-UTR全长为161bp,含有典型的E-box、CAAT-box和GC-box等转录调控元件以及GATA-2、Sp1和PAX4等转录因子结合位点。转录因子PAX4在湖羊各组织中均有表达,其中在卵巢组织中等表达。湖羊PAX4过表达载体可在卵巢颗粒细胞高效表达(P0.01)。过表达湖羊PAX4基因后,卵巢颗粒细胞凋亡率显著上升(P0.05),卵巢颗粒细胞和COS-7细胞中FSHR基因5′-UTR双荧光素酶报告载体的荧光素酶活性显著(P0.05)或极显著(P0.01)下调。综上表明,转录因子PAX4抑制湖羊FSHR基因转录活性,从而促进卵巢颗粒细胞凋亡。 相似文献
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《畜牧兽医学报》2017,(1)
本研究旨在了解牦牛FKBP6基因5′调控区和启动子区特征,为探讨牦牛和犏牛睾丸组织中FKBP6基因差异表达机制提供依据。利用克隆测序获得牦牛FKBP6基因5′调控区序列,采用生物信息学方法分析其序列特征;采用双荧光素酶报告基因系统鉴定牦牛FKBP6基因核心启动子区,利用生物信息学软件预测与精子发生有关的转录因子结合位点。通过克隆测序和序列拼接获得了1 354bp的牦牛FKBP6基因5′调控区序列,与普通牛的一致性为99.71%;牦牛FKBP6基因5′调控区序列含有潜在的启动子区、典型的CAAT-Box和CpG岛,但未见TATA-Box;荧光素酶活性分析发现,牦牛FKBP6基因的核心启动子区位于5′调控区的-263~-167nt区域,含有CAAT-Box、E-Box、CTCF和CREB等与精子发生相关的转录因子结合位点。牦牛FKBP6基因核心启动子的鉴定和精子发生相关转录因子结合位点的发现为进一步研究牦牛睾丸组织中FKBP6基因的表达调控奠定了基础。 相似文献
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旨在鉴定胱硫醚β合酶(Cystathionine beta synthase,CBS)基因5′调控区和核心启动子特征,为研究蛋鸡骨骼中该基因的表达调控机制提供依据。采集68周龄罗曼蛋鸡胫骨组织,利用酚-氯仿法提取基因组DNA,以UCSC数据库中CBS基因序列为模板设计5′调控区扩增引物,利用生物信息方法分析5′调控区序列特征并进行转录因子结合位点预测,并构建双荧光素酶报告基因重组载体,通过转染DF-1细胞系后检测双荧光素酶活性,进行CBS基因的核心启动子区鉴定。结果表明,蛋鸡CBS基因5′调控区含有潜在的核心启动子区、典型的CpG岛和多个转录因子Sp1结合位点;不同长度片段均具有启动子活性,但不同片段活性存在显著差异,其中F4片段(-155~+131bp)具有最高的转录活性,确定该片段为核心启动子区。蛋鸡CBS基因5′调控区结构特征与核心启动子的鉴定和转录因子结合位点的发现为研究该基因在骨骼中的表达调控机制奠定了基础。 相似文献
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试验旨在了解角蛋白5(keratin 5, K5)可能的调控序列。本研究根据UCSC公布的牛K5基因5'侧翼区设计PCR引物,扩增了内蒙古绒山羊K5基因部分启动子序列。通过产物纯化、连接、转化,并对测序结果进行了生物信息学分析。结果扩增得到内蒙古绒山羊K5基因启动子序列长度为1452 bp(GenBank登录号为:JQ277735),与牛和人相应序列的相似性分别为91.5%和74%。转录起始位点位于翻译起始密码子ATG上游－101 bp位置;含有两个TATA 盒,分别位于翻译起始位点上游－129—－124 bp(ATAAAA)和－178—－174 bp(TTAAT)位置;通过在线分析软件预测发现(按5'→3')SRY,MZF1,v-Myb,SRY,AP-1,CDP CR,HNF-4,AML-1a,HSF2,AP-4,AP2,AP2,Sp1,Nkx-2,Sp1和GATA-1转录因子结合位点。其中,转录因子SRY(TGTGTTT),和CDP CR(GATTGATGGC)是绒山羊特有的;转录因子HNF-4,AML-1a,HSF2,AP-4,AP2,Sp1,Nkx-2和GATA-1(AGCCATCATG)在绒山羊、牛和人K5启动子上的结合位点高度保守。两个最小增强子分别位于翻译起始位点ATG上游－140—－91 bp和－114—－67 bp位置,含有24 bp(GCGGCTCCCAGGTAACAGAGCCGC)重叠区,预测其与绒山羊K5基因的转录调控有关。试验确定了内蒙古绒山羊K5基因启动子的转录起始位置、转录因子结合位点及最小增强子序列,为进一步研究绒山羊K5基因的表达调控机制奠定了理论基础。 相似文献
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利用分子生物学手段研究MyoD基因遗传多态性与阿勒泰羊产肉量的关系,旨在为今后用分子标记辅助育种方法提高阿勒泰羊产肉性能提供科学依据。本试验以120只阿勒泰羊周岁公羊为研究对象,选取MyoD基因的5'调控区和外显子1的部分片段,采用PCR-SSCP技术检测其遗传多态性,并与周岁体重进行关联分析,研究MyoD基因的多态性与阿勒泰羊产肉性能的关系。结果表明,MyoD-P1基因座(MyoD基因5'调控区)无多态性;MyoD-P2基因座(外显子1)有多态性,存在3种基因型:AA、AB和BB,测序结果显示该处发生了碱基突变A→G,为错义突变,该突变导致其编码的氨基酸由组氨酸变为丙氨酸,经关联分析发现,该突变对阿勒泰羊产肉性能有显著影响(P<0.05)。阿勒泰羊MyoD基因外显子1上的点突变可能是影响阿勒泰羊产肉性能的重要位点,MyoD基因可望作为阿勒泰羊产肉性能的候选基因。 相似文献
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野生与家养乌苏里貉FSHβ和FSHR基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
对野生和家养乌苏里貉的FSHβ基因部分序列、FSHR基因5'端上游调控区和外显子10进行扩增和测序,获得序列长度分别为1257、757和1398 bp,提交GenBank,登录号分别为HQ385977、HQ385978和HQ385979。BLAST比较分析3段序列外显子区,与犬的同源性分别为99%、98%和98%。利用DNAMAN软件对2只野生与2只家养貉进行多序列比对,结果分析,3个基因片段中分别检测到12、10和3个变异位点,其中编码区碱基的突变位点分别有2、1和0个;将2只野生貉的序列相比较,发现3段序列分别有6、9和3个多态位点,而将2只家养貉的序列相比后分别有2、1和0个多态位点,说明野生貉更具有遗传多样性。 相似文献